Name: clock scan protocol for image analysis: imagej plugins
Uploaded: 2017-06-19T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins at JoVE.com

Vi takker Dr. Tanja Maritzen og Dr. Fabian Feutlinske (Leibniz Institute of Molecular Pharmacology, Berlin, Tyskland) for å dele med oss ​​deres versjon av Fuji ImageJ Clock Scan-plugin og inspirere oss til å utvikle denne versjonen av programmet. Vi er også takknemlige for Dr. Fritz Melchers (Department of Lymphocyte Development, Max Planck Institute for Infection Biology) for hans gode tillatelse til å bruke bildene fra databasen til avdelingen hans med det formål å teste og forbedre plugin. Støtte: Senter for Translational Neurosciences; NIH-tilskudd: P30-GM110702-03.

1. Programvareinstallasjon <ol><li> Installer de nyeste versjonene av kombinert Java og ImageJ eller Fiji ImageJ som anbefalt på de respektive nettstedene (se materialtabell for lenker til de tilhørende nettstedene). I teksten nedenfor blir begge programmene referert til som &quot;ImageJ&quot;. </li><li> Kopier &quot;Clock_Scan-1.0.1. Jar&quot; og &quot;Multi_Clock_Scan-1.0.1.jar&quot; pluginfiler ved hjelp av lenken som er oppgitt i materialetabell og lim dem inn i ImageJ-plugin-katalogen. Alternativt kan du bruke ...

<ol>
	<li>Dobretsov, M., Romanovsky, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term="Clock-scan"+protocol+for+image+analysis.">"Clock-scan" protocol for image analysis.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 291, 869-879 (2006).</li><li>Feutlinske, F., Browarski, M., Ku, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stonin1+mediates+endocytosis+of+the+proteoglycan+NG2+and+regulates+focal+adhesion+dynamics+and+cell+motility.">Stonin1 mediates endocytosis of the proteoglycan NG2 and regulates focal adhesion dynamics and cell motility.</a> Nat Commun. 6, 8535 (2015).</li><li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9, 671-675 (2012).</li><li>Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fiji:+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis.">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9, 676-682 (2012).</li><li>Dobretsov, M., Hastings, S. L., Stimers, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-uniform+expression+of+alpha+subunit+isoforms+of+the+Na+/K++pump+in+rat+dorsal+root+ganglia+neurons.">Non-uniform expression of alpha subunit isoforms of the Na+/K+ pump in rat dorsal root ganglia neurons.</a> Brain Res. 821, 212-217 (1999).</li><li>Hayar, A., Gu, C., Al-Chaer, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+method+for+patch+clamp+recording+and+calcium+imaging+of+neurons+in+the+intact+dorsal+root+ganglion+in+rats.">An improved method for patch clamp recording and calcium imaging of neurons in the intact dorsal root ganglion in rats.</a> J Neurosci Methods. 173, 74-82 (2008).</li><li>Dobretsov, M., Pierce, D., Light, K. E., Kockara, N. T., Kozhemyakin, M., Wight, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+mouse+model+to+selectively+identify+alpha3+Na,K-ATPase+expressing+cells+in+the+nervous+system.">Transgenic mouse model to selectively identify alpha3 Na,K-ATPase expressing cells in the nervous system.</a> Society for Neuroscience. , 1 (2015).</li><li>Lein, E. S., Hawrylycz, M. J., Ao, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+atlas+of+gene+expression+in+the+adult+mouse+brain.">Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain.</a> Nature. 445, 168-176 (2007).</li><li>Romanovsky, D., Mrak, R. E., Dobretsov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Age-dependent+decline+in+density+of+human+nerve+and+spinal+ganglia+neurons+expressing+the+alpha3+isoform+of+Na/K-ATPase.">Age-dependent decline in density of human nerve and spinal ganglia neurons expressing the alpha3 isoform of Na/K-ATPase.</a> Neuroscience. 310, 342-353 (2015).</li><li>Campbell, J., Singh, D., Hollett, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+selective+photoconductive+stimulation+of+live+neurons.">Spatially selective photoconductive stimulation of live neurons.</a> Front Cell Neurosci. 8, 142 (2014).</li><li>Yuryev, M., Pellegrino, C., Jokinen, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+Calcium+Imaging+of+Evoked+Calcium+Waves+in+the+Embryonic+Cortex.">In vivo Calcium Imaging of Evoked Calcium Waves in the Embryonic Cortex.</a> Front Cell Neurosci. 9, 500 (2015).</li><li>Qiao, M., Sanes, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+Method+for+Labeling+Electrically+Coupled+Cells:+Application+to+Retina.">Genetic Method for Labeling Electrically Coupled Cells: Application to Retina.</a> Front Mol Neurosci. 8, 81 (2015).</li></ol>

Clock Scan Protocol: Clock Scan-protokollen er et raskt og enkelt verktøy for bildeanalyse. Fordelene ved denne protokollen, sammenlignet med eksisterende vanlige tilnærminger til bildeanalyse (som lineære pikselintensitetsskanninger eller beregning av gjennomsnittlig pikselintensitet av avkastningen), er beskrevet i detaljer i tidligere publikasjoner 1 , 9 . Kort fortalt tillater denne protokollen generering av integrerte radiale pikselinten...

Målet med dette arbeidet er å presentere en Clock Scan-protokoll som er plattformfri og fritt tilgjengelig for enhver forsker som er interessert i denne typen bildeanalyse. Clock Scan-protokollen ble opprinnelig utviklet i 2006 1 , med det formål å forbedre eksisterende metoder for pixelintensitetskvantifisering innen konvekse formede interesseområder (ROI), en metode som har bedre integrerende kapasitet og forbedret romlig oppløsning. Under oppkjøpet samler protokollen sekvensielt flere radiale pikselintensitetsprofiler, skannes fra ROI-senteret til grensen, eller til en forhåndsbestemt avstand utenfor avkastningen for å måle &quot;bakgrunns&quot; -pikselintensiteten. Protokollen skalerer disse profilene i henhold til celleradius, målt i retning av skanningen. Dermed er avstanden fra sentrum til ROI-grensen for hver enkelt radial skanning alltid 100% av X-skalaen. Endelig er programmet gjennomsnittlig for denne personenAl profiler i en integrert radial pikselintensitetsprofil. På grunn av skalering er den gjennomsnittlige pixelintensitetsprofilen, produsert av &quot;Clock Scan&quot; -protokollen, avhengig av ROI-størrelsen, heller ikke innenfor rimelige grenser, på avkastningsformen. Denne metoden tillater direkte sammenligning eller, om nødvendig, gjennomsnittlig eller subtraksjon av profiler av forskjellige avkastning. Protokollen tillater også korreksjon av integrerte pikselintensitetsprofiler, av hvilket som helst gjenstand for bakgrunnsstøy, ved en enkel subtraksjon av gjennomsnittsintensiteten til piksler plassert utenfor objektet. Selv om det bare er testet i biologiske prøver, gir protokollen et verdifullt tillegg til andre eksisterende bildeanalyseværktøy som brukes i studier av bilder av fysiske eller kjemiske prosesser som er arrangert rundt et opprinnelsessted (for eksempel diffusjon av stoffer fra en punktkilde ) 1 . Imidlertid var hovedbegrensningen av den opprinnelige bildeanalysemetoden at protokollen var devSpredt som en Visual Basic 6 (VB6) (kode, og derfor var den plattformavhengig og vanskelig å distribuere (krever VB6). For å løse dette problemet og for å bli med lignende nylig innsats av andre etterforskere 2 , konverterte vi VB6 Clock Scan Programkoden i to Java-baserte plugins, kompatibel med NIH-sponsede og fritt tilgjengelige open-source og plattformuavhengige bildeanalyseprogrammer, ImageJ 3 og Fiji ImageJ 4. Videre har disse pluginene nå flere nye funksjoner som utvider muligheten Av den opprinnelige protokollen for å behandle flere ROI og bildestabler. Mange bildeanalyseprogrammer er ikke brukervennlige med hensyn til å utføre statistisk analyse av flere objekter, og dermed vises det bare bare representative data. Med Multi Clock Scan ImageJ-pluginet, Det er mulig å lette analysen av flere objekter samtidig. En robust statistisk vurdering av mikroskopi data,Med hensyn til signalintensitetsfordeling i enkeltceller / objekter, er det nå mulig med denne plugin-utvidelsen. Her beskriver vi Clock Scan-pluginene og viser eksempler på deres applikasjoner i bildeanalyse.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="896">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Computer</td>
			<td style="width:71px;">Any</td>
			<td style="width:289px;"></td>
			<td style="width:320px;">compatible with software listed below</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">ImageJ or Fiji ImageJ</td>
			<td style="width:71px;">NIH</td>
			<td>https://imagej.nih.gov/ij/ or https://fiji.sc/</td>
			<td>bundled with Java 1.8 or higher</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Clock-scan plugins</td>
			<td style="width:71px;">freeware</td>
			<td>https://sourceforge.net/projects/clockscan/</td>
			<td>Clock_Scan-1.0.1 jar and Multi_Clock_Scan-1.0.1/ jar</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">Origin 9.0</td>
			<td>OriginLab</td>
			<td style="width:289px;">Northampton, MA, USA</td>
			<td style="width:320px;">This program was used to generate some graphs of the original Clock Scan data. Any other graphic software can be used to perform this function</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

clock scan protocol for image analysis: imagej plugins

Klokke-skanningsprotokollen for bildeanalyse er et effektivt verktøy for å kvantifisere gjennomsnittspikselintensiteten innenfor, ved grensen og utenfor (bakgrunn) en lukket eller segmentert konveks formet region av interesse, hvilket fører til genereringen av en gjennomsnittlig integrert radial pixel- Intensitetsprofil. Denne protokollen ble opprinnelig utviklet i 2006, som et visuelt grunnleggende 6-skript, men som sådan hadde det begrenset distribusjon. For å løse dette problemet og for å delta i lignende nyliglige anstrengelser fra andre, konverterte vi den opprinnelige klokkeskanningsprotokollkoden til to Java-baserte plugins kompatibelt med NIH-sponsede og fritt tilgjengelige bildeanalyseprogrammer som ImageJ eller Fiji ImageJ. Videre har disse pluginene flere nye funksjoner, som ytterligere utvider kapasiteten til den opprinnelige protokollen, for eksempel analyse av flere interessegrupper og bildestabler. Sistnevnte trekk ved programmet er spesielt nyttig i applikasjoner der det er viktig å bestemme endringer som er relatertTil tid og sted. Dermed kan klokke-skanneanalysen av stabler av biologiske bilder potensielt påføres spredning av Na + eller Ca ++ i en enkelt celle, samt analyse av spredningsaktivitet ( f.eks . Ca ++- bølger) i synaptisk populasjon -forbindelse eller mellomromskoblede celler. Her beskriver vi disse nye klokke skanne plugins og vise noen eksempler på deres applikasjoner i bildeanalyse.

Bildene som brukes her for illustrasjonsformål, hentes fra databaser opprettet under vår tidligere celle- og vevbiologiske studier 5 , 6 , 7 og fra Allen Mouse Brain Atlas 8 . Begge programtilleggene ble vellykket testet ved hjelp av ImageJ 1.50i / Java 1.8.0_77, ImageJ 2.0.0-rc-44 / 1.50e / Java 1.8.9_66 og Fiji ImageJ 2.0.0-rc54 / 1.51g / Java 1.8.0_66 programmiljø. ...

Watch this Scientific Journal Video about Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins at JoVE.com

Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins

Dette papiret beskriver to nye ImageJ-plugins for &#39;Clock Scan&#39; bildeanalyse. Disse pluginene utvider funksjonaliteten til det opprinnelige visuelle grunnleggende 6-programmet og, viktigst, gjør programmet tilgjengelig for et stort forskningsmiljø ved å kombinere det med ImageJ gratis bildeanalyseprogramvarepakken.

Klokke Scan protokoll for bildeanalyse: ImageJ Plugins

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Neuronal and Astrocyte Co-Culture Assay for High Content Analysis of Neurotoxicity

High Content Analysis (HCA) assays combine cells and detection reagents with automated imaging and powerful image analysis algorithms, allowing ...

Robotics and Dynamic Image Analysis for Studies of Gene Expression in Plant Tissues

Gene expression in plant tissues is typically studied by destructive extraction of compounds from plant tissues for in vitro analyses. The methods ...

LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

LeafJ: En ImageJ Plugin for Semi-automatisk Leaf Shape Måling

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

Automatisert analyse av Dynamic Ca<sup&gt; 2 +</sup&gt; Signaler i bildesekvenser

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...

A Protocol for Lentiviral Transduction and Downstream Analysis of Intestinal Organoids

En protokoll for Lentiviral Transduksjon og Nedstrøms Analyse av Intestinal Organoids

Intestinal crypt-villus structures termed organoids, can be kept in sustained culture three dimensionally when supplemented with the appropriate growth ...

Rapid Analysis of Circadian Phenotypes in Arabidopsis Protoplasts Transfected with a Luminescent Clock Reporter

Rask analyse av i døgn fenotyper i Arabidopsis Protoplaster tilført med en selvlysende klokke Reporter

The plant circadian clock allows the anticipation of daily changes to the environment. This anticipation aids the responses to temporally predictable ...

Automated Quantification and Analysis of Cell Counting Procedures Using ImageJ Plugins

Automatisert Kvantifisering og analyse av Cell Telle prosedyrer ved hjelp ImageJ Plugins

The National Institute of Health&#39;s ImageJ is a powerful, freely available image processing software suite. ImageJ has comprehensive particle analysis ...

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

Laboratoriet protokoll for genetisk Gut innhold analyser av akvatiske Macroinvertebrates bruke gruppe-spesifikke rDNA primere

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...

Quantifying Mitophagy in C. elegans and a Liver Cancer Cell Line

Detection of Mitophagy in Caenorhabditis elegans and Mammalian Cells Using Organelle-Specific Dyes

Detection of Mitophagy in Caenorhabditis elegans and Mammalian Cells Using Organelle-Specific Dyes (Video) | JoVE 

Påvisning av mitophagi i Caenorhabditis elegans og pattedyrceller ved bruk av organelle-spesifikke fargestoffer

Mitochondria are essential for various biological functions, including energy production, lipid metabolism, calcium homeostasis, heme biosynthesis, ...