Name: odelay: a large-scale method for multi-parameter quantification of yeast growth
Uploaded: 2017-07-03T14:00:00
Duration: 11 min 19 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about ODELAY: A Large-scale Method for Multi-parameter Quantification of Yeast Growth at JoVE.com

يقر المؤلفون بدعم هذا العمل من خلال المنح U54 RR022220 و P50 GM076547 إلى جد من المعاهد الوطنية الأمريكية للصحة. فدم هو زميل ما بعد الدكتوراه مع المعاهد الكندية للبحوث الصحية. كما نشكر مركز لوكسمبورغ للطب الحيوي للنظم وجامعة لوكسمبورغ على الدعم.

<ol>
	<li>Zwietering, M. H., Jongenburger, I., Rombouts, F. M., van't Riet, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+of+the+bacterial+growth+curve.">Modeling of the bacterial growth curve.</a> Appl Environ Microbiol. 56 (6), 1875-1881 (1990).</li><li>Sellick, C. A., Campbell, R. N., Reece, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Galactose+metabolism+in+yeast-structure+and+regulation+of+the+leloir+pathway+enzymes+and+the+genes+encoding+them.">Galactose metabolism in yeast-structure and regulation of the leloir pathway enzymes and the genes encoding them.</a> Int Rev Cell Mol Biol. 269, 111-150 (2008).</li><li>Yoshikawa, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+phenotypic+analysis+for+identification+of+genes+affecting+growth+under+ethanol+stress+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Comprehensive phenotypic analysis for identification of genes affecting growth under ethanol stress in Saccharomyces cerevisiae.</a> FEMS Yeast Res. 9 (1), 32-44 (2009).</li><li>Bryan, A. K., Goranov, A., Amon, A., Manalis, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+mass,+density,+and+volume+during+the+cell+cycle+of+yeast.">Measurement of mass, density, and volume during the cell cycle of yeast.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (3), 999-1004 (2010).</li><li>Baryshnikova, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+fitness+and+genetic+interactions+in+yeast+on+a+genome+scale.">Quantitative analysis of fitness and genetic interactions in yeast on a genome scale.</a> Nat Methods. 7 (12), 1017-1024 (2010).</li><li>Costanzo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetic+landscape+of+a+cell.">The genetic landscape of a cell.</a> Science. 327 (5964), 425-431 (2010).</li><li>Collins, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+dissection+of+protein+complexes+involved+in+yeast+chromosome+biology+using+a+genetic+interaction+map.">Functional dissection of protein complexes involved in yeast chromosome biology using a genetic interaction map.</a> Nature. 446 (7137), 806-810 (2007).</li><li>Zackrisson, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scan-o-matic:+High-Resolution+Microbial+Phenomics+at+a+Massive+Scale.">Scan-o-matic: High-Resolution Microbial Phenomics at a Massive Scale.</a> G3 (Bethesda). 6 (9), 3003-3014 (2016).</li><li>Bean, G. J., Jaeger, P. A., Bahr, S., Ideker, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+ultra-high-density+screening+tools+for+microbial+'omics'.">Development of ultra-high-density screening tools for microbial 'omics'.</a> PloS One. 9 (1), e85177 (2014).</li><li>Levy, S. F., Ziv, N., Siegal, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bet+hedging+in+yeast+by+heterogeneous,+age-correlated+expression+of+a+stress+protectant.">Bet hedging in yeast by heterogeneous, age-correlated expression of a stress protectant.</a> PLoS Biol. 10 (5), e1001325 (2012).</li><li>Herricks, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One-Cell+Doubling+Evaluation+by+Living+Arrays+of+Yeast.">One-Cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast.</a> ODELAY! G3 (Bethesda). 7 (1), 279-288 (2017).</li><li>Mast, F. D., Ratushny, A. V., Aitchison, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systems+cell+biology.">Systems cell biology.</a> J Cell Biol. 206 (6), 695-706 (2014).</li><li>Edelstein, A. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advanced+methods+of+microscope+control+using+&#181;Manager+software.">Advanced methods of microscope control using &#181;Manager software.</a> J Biol Methods. 1 (2), e10 (2014).</li></ol>

الكتاب ليس لديهم ما يكشف.

فحص أوديلاي لديه عدة نقاط حاسمة لضمان القياسات المظهرية يمكن الاعتماد عليها وموثوق بها. النقطة الحرجة الأولى هي إعداد ثابت للثقافات الخميرة. يجب توخي الحذر لحصاد خلايا الخميرة من النمو اللوغاريتمي. إذا كانت الثقافات قد المشبعة، ثم سيتم زيادة عدم التجانس سكانها والتي قد تشوش عدم التجانس الناجم عن العوامل الوراثية أو البيئية (على سبيل المثال، مصدر الكربون) 11 . النقطة الحرجة الثانية هي التحضير المستمر لوسائل الإعلام. بشكل عام، ينبغي إنشاء كمية كبيرة من 10X حل وسائل الإعلام الأسهم ثم استخدامها على مر الزمن لتقليل آثار دفعة. إن صياغة وسائل الإعلام بالوزن، كلما أمكن، يساعد على تحسين اتساق الوسط مع مرور الوقت من خلال ضمان كثافة الأجار والمحتوى الكلي للماء من الاغاروز يمكن رصدها عن كثب. النقطة الحرجة الثالثة تنطوي على تقليل أو القضاء على أي تشوه الميكانيكية للأغاروز ليديا. التشوه الميكانيكي للوسائط الأكثر شيوعا يحدث أثناء فصل الاغاروز عن الشرائح الزجاجية. كما هو الحال مع العديد من التقنيات المخبرية، مطلوب الممارسة لإتقان هذه الخطوة. التباين في وقت التأخر كما هو مبين في الشكل 4 ، وغالبا ما ترتبط واحدة من العوامل الثلاثة: تشوه الميكانيكية من وسط الاغاروز، والاختلاف في سمك أجار مصبوب، أو مصدر ضوء غير مستقر. إذا كان الوسيط الاغاروز يختلف في Z- الارتفاع عبر مجموعة رصدت، قد تطغى ارتفاع الارتفاع نطاق روتين ضبط تلقائي للصورة، مما تسبب في الصور الأولية لتكون قليلا من التركيز. لهذا السبب، والتحقق من ارتفاع التركيز في بقع متعددة في المركز وعلى طول حواف مجموعة رصدت لضمان روتين ضبط تلقائي للصورة لديه ما يكفي من Z- مجموعة للعثور على التركيز. إذا لزم الأمر، استخدم لوحة ضبط تلقائي للصورة لزيادة نطاق التركيز وزيادة عدد خطوات التركيز. شرط ثالث ممكنأيون التي قد تؤدي إلى ضعف التركيز هو مصدر الضوء غير مستقر أو الخفقان، والتي يمكن أن تعطل درجة التركيز المحسوبة ل Z- الارتفاع محددة. تنغستن لمبات الهالوجين تميل إلى وميض جيدا قبل المصابيح تحترق. ويلاحظ تأثير ضعف التركيز في مثال واحد حيث تنحني منحنيات النمو بين النقاط الزمنية الأولى والثانية ( الشكل 5 A )، في حين أن البقعة المجاورة ليس لديها نفس الانخفاض ( الشكل 5 B ). في هذه الحالة، تم تخفيف حالة التركيز الفقراء عن طريق استبدال مصدر ضوء الهالوجين التنغستن. في الممارسة العملية، وجد الباحثون أن للحد من وميض من 100W لمبات الهالوجين التنغستن، تحتاج المصابيح لتحل محل كل 500 ساعة أو تقريبا كل 2 أشهر عندما المجاهر هي تحت الاستخدام الكثيف. لتجنب قضايا التركيز الفقراء من لمبة الخفقان، واستبدال مصدر ضوء الهالوجين التنغستن في كثير من الأحيان أو استبدال لمبة الهالوجين مع مصدر ضوء الصمام الثنائي. لمثال على مجموعة البيانات التي تظهر تباين منخفض في أوقات مضاعفة وكذلك فترات تأخر أكثر اتساقا هو مبين في الشكل 6 . وقد اتخذت هذه البيانات مع إضاءة الصمام الثنائي الذي يوفر إضاءة أكثر استقرارا مع مرور الوقت أثناء تنفيذ ضبط تلقائي للصورة. في حين أن العديد من النقاط المذكورة هنا لتحسين إعداد وسائل الإعلام قد تبدو واضحة، في الأدب معظم الشاشات على نطاق واسع لا تكرار جيدا مع بعضها البعض 8 ، 11 . ولذلك، فقد وصفنا بعناية إعداد الثقافات ووسائل الإعلام الاغاروز بحيث يمكن إنشاء شاشات المظهري أكثر استنساخا. مقايسة أوديلاي محدودة حاليا في الإنتاجية عند مقارنته بتثبيت الفحوصات القائمة مثل المصفوفات الجينية الاصطناعية أو فحص المسح الضوئي- O- ماتيك. في حين أن هذه الأساليب تزيد من عدد من السلالات التي يتم قياسها، فإنها تفتقر إلى القدرة على حل الخلايا الفردية أوبالتالي لا يمكن قياس التغاير السكاني التي نلاحظ داخل سلالات الخميرة نسلي. أصل هذا التغاير السكاني ليس مفهوما حاليا، ولكن دمج التكنولوجيا والحساب كما هو موضح هنا يتيح فرصة لمعالجة موضوعية الآليات الخلوية الكامنة 12 . ويود المؤلفون أن نلاحظ أن أوديلاي هو الأمثل حاليا فقط للعلامة التجارية المجهر محددة ونوع الجسم. تعديل أوديلاي لأنظمة المجهر الأخرى هو على التوالي إلى الأمام ولكن سوف تتطلب معرفة أبي المصدر المفتوح 13 . ومع ذلك، يتم كتابة كل من أبي وكذلك البرامج النصية أوديلاي أن تتكيف بسهولة لأنظمة مختلفة والفحوصات التجريبية. في حين تم تطوير أوديلاي أصلا للخميرة، وكنا قادرين على الاستفادة من ذلك دون تعديل لمراقبة نمو المتفطرة سميغماتيس . مراقبة المستعمرة الأخرى التي تشكل الكائنات الحية الدقيقة هوممكن مع التعديلات على شفرة المصدر المقدمة 11 . بشكل عام، أوديلاي هو أداة قوية ومرنة لمقارنة الكائنات الحية الدقيقة التي تزرع في ظل ظروف بيئية مختلفة واضطرابات وراثية.

النمو الظاهري من الكائنات الدقيقة هي مؤشر قوي على اللياقة البدنية الكامنة وراءها إلى حالة بيئية معينة. يتم فصل النمو بشكل كلاسيكي إلى 3 أنظمة نمو مختلفة: مرحلة التأخر، مرحلة السجل، ونمو المرحلة الثابتة 1 . كل مرحلة نمو يمكن أن تكشف عن جوانب مختلفة من اللياقة البدنية التي تعتمد على مختلف الظروف البيئية والجينية. على سبيل المثال، وقت التأخر، أو طول الوقت الذي ينفقه الكائن الحي في مرحلة التأخر قبل بداية النمو الأسي، يمكن أن يكون مؤشرا على قدرة الكائن الحي على الاستجابة للظروف البيئية المتغيرة 2 . الوقت مضاعفة خلال النمو مرحلة سجل، المقياس الأكثر شيوعا من اللياقة الخلوية، ويكشف عن الكفاءة الكلية لقدرة الكائن الحي على تقسيم عن طريق التمثيل الغذائي واستخدام المواد البيئية للتكرار. المرحلة الثابتة، حيث النمو بعد تسجيل مرحلة خفض بسرعة، هو مؤشر آخر على اللياقة البدنية، والذي هو منتظملي تستخدم كنقطة نهاية النمو في المقايسات النمو الخميرة القائمة على بقعة. العديد من المقايسات نمو الخميرة المتاحة حاليا وتعتبر الطرق القياسية لتقييم الظواهر النمو في الخميرة 3 ، 4 ، 5 . وتستند هذه المقايسات في المقام الأول على أساليب لزراعة الخميرة سواء على وسائل الإعلام الصلبة أو في السائل. على وسائل الاعلام الصلبة، فحوصات تربط مستعمرة نقل عدد قليل من الخلايا على أجار الصلبة مع دبوس، وخلايا الخميرة يسمح للنمو لفترة محددة من الزمن. ثم يتم تصوير المستعمرات ويتم مقارنة أحجامها عند نقطة النهاية النهائية 6 . وقد أثبتت هذه المقايسات تعلق مستعمرة قوية وقابلة للتوليد لتوليد شاشات على نطاق الجينوم. في الآونة الأخيرة، تم دمج التصوير الدوري باستخدام الماسحات الضوئية المسطحة والكاميرات عدسة واحدة ريفلكس (سلر) في هذه المقايسات لتسجيل نمو مستعمرة مع مرور الوقت 7 ، 8، 9 . ومع ذلك، فإن حل هذه الأجهزة يمنعهم من الكشف عن خلايا واحدة، وبالتالي فإن هذه المقايسات تعلق مستعمرة لا تلاحظ مباشرة تأخر الوقت ولا يمكن أن نلاحظ الاختلاف بين الخلايا الفردية التي تنمو لتصبح مستعمرات. كما تم استخدام مقايسات النمو المستندة إلى السائل لأداء الشاشات على نطاق الجينوم 3 . أظهر اقتران مقايسة النمو السائل مع الفحص المجهري الفاصل الزمني عدم التجانس السكاني في الوقت مضاعفة من الخلايا الفردية متطابقة وراثيا، والذي يوفر منظورا هاما لفهم التنظيم الجيني والتكيف البيئي. ومع ذلك، هذا المقياس لا يقيس جوانب أخرى من النمو مثل الوقت تأخر والقدرة على التحمل 10 . هنا نقدم طريقة لتوصيف كل مراحل النمو الثلاث من مستعمرة تشكيل الكائنات الحية الدقيقة على وسائل الإعلام الصلبة باستخدام مقايسة نحن مصطلح أوديلاي 11 . أوديلاي يتكون من أوتيليزينغ عالية الإنتاجية الوقت الفاصل بين المجهري لتسجيل الصور من خلايا واحدة تنمو إلى مستعمرات على وسائل الإعلام الصلبة. هذا السكان من الخلايا الفردية التي تنمو إلى مستعمرات تكشف عن عدم التجانس السكان الكامنة، والتي لم يتم الكشف عن غيرها من القياسات أقل حساسية مثل التهديف نهاية نقطة التهديف. علينا أن نظهر طريقة على الخميرة، ولكن أوديلاي يمكن تطبيقها على أي الكائن الذي يظهر التباين في مجال الفحص المجهري مشرق.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1013">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Agarose UltraPure</td>
			<td style="width:131px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">16500500</td>
			<td style="width:413px;">Gel Temp 36C, Gel Strength (1%) 1.2g/sq cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Yeast Extract Peptone (YEP)</td>
			<td style="width:131px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP1422-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Complete Suplement Mixture (CSM)</td>
			<td style="width:131px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">MP114560222</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Polyethylene Glycol 3350 (av. mol. wt. 3000-3700)</td>
			<td style="width:131px;">SigmaAldrich</td>
			<td style="width:119px;">P2906</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Yeast Strain BY4741</td>
			<td style="width:131px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">95400.BY4741</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Yeast Strain BY4742</td>
			<td style="width:131px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:119px;">95400.BY4742</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">50mL Falcon tubes</td>
			<td style="width:131px;">Corning</td>
			<td style="width:119px;">430291</td>
			<td>1 case</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">15mL Falcon tubes</td>
			<td style="width:131px;">Corning</td>
			<td style="width:119px;">352096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2 x 3 inch 1.0mm thick slides 1/2 gross</td>
			<td style="width:131px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">48382-179</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">96 well plate flat bottom</td>
			<td style="width:131px;">Corning&#160;</td>
			<td style="width:119px;">353072</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Hydra liquid handleing robot</td>
			<td style="width:131px;">Thermo</td>
			<td style="width:119px;">1096-DT-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Hamilton Microlab Star Liquid Handleing Robot</td>
			<td style="width:131px;">Hamilton</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">hydra 100 mL tips Extended Length DARTS</td>
			<td style="width:131px;">Thermo</td>
			<td style="width:119px;">5527</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Synergy H4 Plate Reader</td>
			<td style="width:131px;">Biotek</td>
			<td style="width:119px;">H4MLFAD</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Leica DMI6000 B Microscope</td>
			<td style="width:131px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Leica 10X/0.3NA objective</td>
			<td style="width:131px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;">11506289</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">Hamamatsu ORCA Flash 4.0 Camera</td>
			<td style="width:131px;">Hamamatsu</td>
			<td style="width:119px;">C11440-22CU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">MATLAB with image processing tool box</td>
			<td style="width:131px;">Mathworks</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">MicroManager</td>
			<td style="width:131px;">Open Imaging</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>https://micro-manager.org/</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:351px;">ODELAY Microscope Control (MATLAB scripts and GUI)</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>www.aitchisonlab.com\ODELAY for Matlab scripts and software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">ODELAY Microscope Chamber</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>www.aitchisonlab.com\ODELAY for Mechanincal Drawings</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:351px;">ODELAY Agar Molds</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>www.aitchisonlab.com\ODELAY for mold drawings</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

odelay: a large-scale method for multi-parameter quantification of yeast growth

النمو الظواهر من الكائنات الحية الدقيقة هي مؤشر قوي على اللياقة البدنية الجينية الكامنة ويمكن فصلها إلى 3 أنظمة النمو: مرحلة تأخر، مرحلة السجل، ومرحلة ثابتة. كل مرحلة نمو يمكن أن تكشف عن جوانب مختلفة من اللياقة البدنية التي ترتبط مختلف الظروف البيئية والجينية. ومن الصعب عموما الحصول على قياسات عالية الدقة وكمية لجميع مراحل النمو الثلاث. هنا نقدم طريقة مفصلة لتوصيف جميع مراحل النمو 3 على وسائل الاعلام الصلبة باستخدام مقايسة يسمى خلية واحدة مضاعفة تقييم صفائف المعيشة من الخميرة (أوديلاي). أوديلاي يحدد النماذج الظاهرية للنمو من الخلايا الفردية المتنامية إلى مستعمرات على وسائل الإعلام الصلبة باستخدام الفاصل الزمني الفاصل الزمني. هذه الطريقة يمكن أن يلاحظ مباشرة التغاير السكاني مع كل معلمة النمو في الخلايا المتطابقة وراثيا المتنامية في المستعمرات. هذا التباين السكاني يقدم منظورا فريدا لفهم التنظيم الجيني والتخلق الوراثي، والاستجابات لوالاضطرابات الجينية والبيئية. في حين أثبتت طريقة أوديلاي باستخدام الخميرة، ويمكن استخدامه على أي مستعمرة تشكيل الكائنات الحية الدقيقة التي مرئية من قبل المجهر الميدان مشرق.

<html> ويظهر مثال صور من الخميرة المتنامية في الوقت الفاصل بين المجهري في الشكل 3B . بعد معالجة الصور الفاصل الزمني، يتم عرض مجموعة بيانات تمثيلية مقارنة سلالات الخميرة BY4741 و BY4742 في الشكل 4 . في هذا المثال مجموعة البيانات، هناك القليل جدا من الاختلاف في مضاعفة الوقت بين المواقف المختلفة على لوحة. إذا تم إعداد المتوسطة الاغاروز سيئة، ثم انحراف واضح في كل من مضاعفة الوقت والوقت تأخر سوف تكون واضحة في مواقف البقعة التي تتزامن مع المنطقة المشوهة من هلام الاغاروز. في حين أن أوقات مضاعفة تبدو موحدة نسبيا، وهذا المثال يبين الاختلافات في قياسات الوقت تأخر. ويظهر الشكل 6 مجموعة بيانات أكثر اتساقا. في هذه البيانات كل من الوقت تأخر ومضاعفة الوقت موحدة. <html> فيليز / ftp_upload / 55879 / 55879fig1.jpg &quot;/&gt; الشكل 1: الجمعية العفن أغار. وترد مكونات قالب أجار في ( A ). تجميع قاعدة كما هو مبين في ( B ) ومن ثم المشبك قاعدة مع مقاطع الموثق الصغيرة. وضع القطع تستقيم أطول في تجويف القاعدة ( C ) ومن ثم معسكر الشرائح إلى القالب كما هو مبين في ( D ). وجهة نظر جانبية تبين زاوية القالب والتوجه للقالب كيرف اللازمة لفصل متسق من أجار من الشريحة الزجاجية ( E ). لاحظ موقف الإبهام و فورفينجرز، فضلا عن خط مستقيم من أجار فصل من الشريحة ( F ) ولاحظ السهم الأفقي. يجب أن يتحرك خط الفصل بالتساوي بعيدا في اتجاه الأسهم العمودية. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55879/55879fig1large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <html> = &quot;jove_content&quot; فو: كيب-together.within-بادج = &quot;1&quot;&gt; <img alt="الشكل 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55879/55879fig2.jpg" /> الشكل 2: سونيكاتيون وإكتشاف الأسلوب. يصوتن لوحة في الماء الجليدي واستخدام حامل دلو الطرد المركزي للمساعدة في دعم لوحة ( A ). وضع لوحات من الخطوات 3.8.1 للخروج على لوحة الاغاروز ( B ). أيضا، وترتيب النصائح بحيث اليسار معظم مربع طرف لديه طرف واحد في موقف C10 وبعد ذلك أربع نصائح أخرى مع نهايات قطع حتى لا تحطم حامل لوحة ( C ). وضع النصائح المتبقية في أربعة مربعات بحيث يتم احتلال الداخلية 24 وظائف نصائح ( D ). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55879/55879fig2large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> 55879fig3.jpg &quot;/&gt; الشكل 3: أوديلاي واجهة المستخدم الرسومية. لقطة شاشة لواجهة المستخدم الرسومية ل &quot;ODELAY_Microscopecontrol.m&quot; ( A ). هذه الواجهة تسمح رصد الكاميرا وضبط إعدادات الإضاءة المجهر ل إبيفلورزنت وسائط مشرق الميدان. تشير الأسهم الحمراء إلى أزرار التركيز والمرسلة التي تنشط الكاميرا للحصول على الصور بسرعة وفتح مصراع الضوء المرسلة على التوالي. وتستخدم الأسهم الزرقاء لتحريك مرحلة المنشأ ومن ثم وضع الأصل مع زر &quot;الأصل المنشأ&quot; و &quot;تعيين&quot; زر. الأسهم الخضراء تشير إلى &quot;إعادة تعيين&quot; و &quot;أوديلاي !!!&quot; الأزرار التي تعيد تعيين أوضاع صورة أوديلاي إلى الظروف الحالية وتبدأ مجموعة صور أوديلاي. الوقت الفاصل بين الصور من الخميرة التي تنمو على المتوسطة الصلبة في 0 و 3 و 6 و 9 ساعة بعد اكتشاف ( B ). لقطة شاشة لواجهة المستخدم الرسومية ل &quot;ODELAY_IPT.m&quot; أو ث<html> ه أوديلاي صورة أداة معالجة ( C ). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55879/55879fig3large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الشكل 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55879/55879fig4.jpg" /> الشكل 4: مثال إخراج أوديلاي. تقارن مجموعة البيانات هذه السلالات BY4741 و BY4742 على وسائط يبد. هذا الرقم هو مثال على شريحة أغاروس المعدة جيدا. ومع ذلك، إعدادات ضبط تلقائي للصورة ليست الأمثل. البيانات المقدمة في كل عمود، من اليسار إلى اليمين، هي: القدرة الاستيعابية في لوغ 2 من منطقة المستعمرة؛ مضاعفة الوقت، نظرا في دقيقة. و تأخر الوقت، نظرا في دقيقة. في هذا المثال، مضاعفة مرات من جميع البقع على خط أجار الشريحة حتى جيدا مع كمية صغيرة من زيادة مضاعفة الوقت نحو العمود. ومع ذلك، تختلف فترات التأخر اختلافا كبيرا في مجموعة البيانات هذه._upload / 55879 / 55879fig4large.jpg &quot;تارجيت =&quot; _ بلانك &quot;&gt; الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم. <img alt="الشكل 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55879/55879fig5.jpg" /> الشكل 5: أمثلة منحنى النمو. يوضح هذا المثال كيف يمكن أن يؤدي التركيز الأولي الضعيف إلى زيادة وقت التأخير (t لاغ ) المقدر ( A )، في حين أن الموضع المجاور يظهر وقت تأخر أقصر ( B ). t د هو مضاعفة الوقت في دقيقة، و t تأخر هو الوقت تأخر في دقيقة. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55879/55879fig5large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الشكل 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55879/55879fig6.jpg" /> الشكل 6: مثال لتجربة الاختبار المنفذة بشكل جيد. هزامبل من سلالة BY4742 اختبارها بعد استبدال لمبة الهالوجين التنغستن مع إضاءة الصمام الثنائي وضمان ضبط تلقائي للصورة يتم تعيين بشكل صحيح. ويبدو أن جميع الأوقات مضاعفة تتداخل بشكل جيد ويبدو أن فترات التأخر متسقة. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55879/55879fig6large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a>

Watch this Scientific Journal Video about ODELAY: A Large-scale Method for Multi-parameter Quantification of Yeast Growth at JoVE.com

ODELAY: A Large-scale Method for Multi-parameter Quantification of Yeast Growth

نقدم طريقة لقياس النماذج الظاهرية للنمو من خلايا الخميرة الفردية لأنها تنمو إلى مستعمرات على وسائل الإعلام الصلبة باستخدام الوقت الفاصل بين المجهري وصفت، خلية واحدة مضاعفة تقييم صفائف المعيشة من الخميرة (أوديلاي). ويمكن ملاحظة عدم التجانس السكاني للخلايا المتطابقة وراثيا المتزايد في المستعمرات بشكل مباشر وكمي.

أوديلاي: طريقة على نطاق واسع لالمعلمات المتعددة الكمي للنمو الخميرة

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

على نطاق واسع من شاشات مكتبات Metagenomic

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Batch Immunostaining for Large-Scale Protein Detection in the Whole Monkey Brain

Immunostaining دفعي للكشف عن البروتين واسعة النطاق في الدماغ القرد الجامعة

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

العزلة وتوقعات بنمو كبير من الكبار الإنسان خلايا غشائي السلف تشكيل مستعمرة

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

اسماك الزرد نطاق واسع ، واستنادا في الجسم الحي شاشة جزيء صغير

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture

بمساعدة الحاسوب على نطاق واسع التصور النوعي والكمي لقداس جزيرة البنكرياس والتوزيع الحجم والعمارة

The pancreatic islet is a unique micro-organ composed of several hormone secreting endocrine cells such as beta-cells (insulin), alpha-cells (glucagon), ...

Yeast Colony Embedding Method

أسلوب الخميرة مستعمرة التضمين

Patterning of  different cell types in embryos is a key mechanism in metazoan development. Communities of microorganisms, such as colonies and biofilms ...

Growth Assays to Assess Polyglutamine Toxicity in Yeast

نمو فحوصات لتقييم السمية في الخميرة Polyglutamine

Protein misfolding is associated with many human diseases, particularly neurodegenerative diseases, such as Alzheimer&#x2019;s disease, Parkinson's ...

Multi-parameter Measurement of the Permeability Transition Pore Opening in Isolated Mouse Heart Mitochondria

متعدد المعلمة قياس نفاذية المسام افتتاح المرحلة الانتقالية في القلب ماوس متفرقة الميتوكوندريا

The mitochondrial permeability transition pore (mtPTP) is a non specific channel that forms in the inner mitochondrial membrane to transport solutes with ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Infinium الفحص على نطاق واسع لتطبيقات SNP التنميط الجيني

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

استراتيجية للحساسية، مقياس كبيرة الكمية الايض

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...