Name: study of protein-protein interactions in autophagy research
Uploaded: 2017-09-09T13:00:00
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यह काम तुर्की के वैज्ञानिक और प्रौद्योगिकीय अनुसंधान परिषद (TUBITAK) १००१ अनुदान 107T153, Sabanci विश्वविद्यालय द्वारा समर्थित किया गया था । एसईबी और NMK एक TUBITAK BIDEB २२११ पीएच. डी. अध्ययन के लिए छात्रवृत्ति द्वारा समर्थित हैं ।

1. इम्यूनोफ्लोरेसेंस <ol> <li> HEK293T उच्च ग्लूकोज मध्यम में DMEM मानव भ्रूण गुर्दे की कोशिकाओं को बनाए रखने, और N2A कम ग्लूकोज मध्यम में neuroblast माउस DMEM कोशिकाओं, एक 5% सह में 2 -humidified मशीनी पर ३७ & #176; सी. 10% गर्मी निष्क्रि?...

<ol>
	<li>Oral, O., Akkoc, Y., Bayraktar, O., Gozuacik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physiological+and+pathological+significance+of+the+molecular+cross-talk+between+autophagy+and+apoptosis.">Physiological and pathological significance of the molecular cross-talk between autophagy and apoptosis.</a> Histol Histopathol. 31, 479-498 (2016).</li><li>Korkmaz, G., Tekirdag, K. A., Ozturk, D. G., Kosar, A., Sezerman, O. U., Gozuacik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MIR376A+is+a+regulator+of+starvation-induced+autophagy.">MIR376A is a regulator of starvation-induced autophagy.</a> PLoS One. 8, e82556 (2013).</li><li>Itah, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrodynamic+cavitation+kills+prostate+cells+and+ablates+benign+prostatic+hyperplasia+tissue.">Hydrodynamic cavitation kills prostate cells and ablates benign prostatic hyperplasia tissue.</a> Exp Biol Med (Maywood). 238, 1242-1250 (2013).</li><li>Gozuacik, D., Kimchi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Autophagy+as+a+cell+death+and+tumor+suppressor+mechanism).">Autophagy as a cell death and tumor suppressor mechanism).</a> Oncogene. 23, 2891-2906 (2004).</li><li>Erzurumlu, Y., Kose, F. A., Gozen, O., Gozuacik, D., Toth, E. A., Ballar, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+unique+IBMPFD-related+P97/VCP+mutation+with+differential+binding+pattern+and+subcellular+localization.">A unique IBMPFD-related P97/VCP mutation with differential binding pattern and subcellular localization.</a> Int J Biochem Cell Biol. 45, 773-782 (2013).</li><li>Kuzuoglu-Ozturk, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Autophagy-related+gene,+TdAtg8,+in+wild+emmer+wheat+plays+a+role+in+drought+and+osmotic+stress+response.">Autophagy-related gene, TdAtg8, in wild emmer wheat plays a role in drought and osmotic stress response.</a> Planta. 236, 1081-1092 (2012).</li><li>Longatti, A., Tooze, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vesicular+trafficking+and+autophagosome+formation.">Vesicular trafficking and autophagosome formation.</a> Cell Death Differ. 16, 956-965 (2009).</li><li>Erbil, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RACK1+Is+an+Interaction+Partner+of+ATG5+and+a+Novel+Regulator+of+Autophagy.">RACK1 Is an Interaction Partner of ATG5 and a Novel Regulator of Autophagy.</a> J Biol Chem. 291, 16753-16765 (2016).</li><li>Gozuacik, D., Yagci-Acar, H. F., Akkoc, Y., Kosar, A., Dogan-Ekici, A. I., Ekici, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anticancer+use+of+nanoparticles+as+nucleic+acid+carriers.">Anticancer use of nanoparticles as nucleic acid carriers.</a> J Biomed Nanotechnol. 10, 1751-1783 (2014).</li><li>Phizicky, E. M., Fields, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-protein+interactions:+methods+for+detection+and+analysis.">Protein-protein interactions: methods for detection and analysis.</a> Microbiol Rev. 59, 94-123 (1995).</li><li>Uetz, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comprehensive+analysis+of+protein-protein+interactions+in+Saccharomyces+cerevisiae.">A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae.</a> Nature. 403, 623-627 (2000).</li></ol>

प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन के अध्ययन के लिए Immunoprecipitation और इम्यूनोफ्लोरेसेंस तकनीक महत्वपूर्ण हैं । हालांकि इन दो तकनीकों आमतौर पर इस्तेमाल किया और अच्छी तरह से स्थापित कर रहे हैं, कई मानदंडों को इन तकनीक?...

Macroautophagy (autophagy, स्पेसिफिकेशंस) एक सेलुलर तनाव तंत्र है कि थोक कोशिका, प्रोटीन की ज़ब्ती की विशेषता है, और डबल झिल्ली बुलबुले में organelles autophagic बुलबुले कहा जाता है । डबल झिल्ली की बाहरी परत के फ्यूजन के माध्यम से, autophagic बुलबुले और उनके माल lysosomes करने के लिए वितरित कर रहे हैं और उसमें नीचा1. Autophagy सभी कोशिका प्रकार में और सभी जीवों में कम बेसल स्तर पर होता है, ऐसे प्रोटीन क्षरण और organelle के रूप में समस्थिति कार्यों का प्रदर्शन (उदा, mitochondria) कारोबार । ऐसे भुखमरी के रूप में सेलुलर तनाव के लिए अग्रणी शर्तों के तहत, autophagy तेजी से विनियमित है और सेल ऊर्जा का स्तर और बुनियादी चयापचय1,2,3बनाए रखने के लिए अनुमति देता है ।
लगभग 30 autophagy जीन खमीर से क्लोन किया गया है और उनके प्रोटीन उत्पादों को autophagic प्रक्रिया के विभिंन चरणों में एक भूमिका निभाते हुए दिखाया गया है, पुटिका nucleation, विस्तार, पुटिका फ्यूजन के लिए देर endosome/lysosome, और कार्गो क्षरण सहित 4 , 5. इन जीनों के बहुमत के Orthologs की पहचान की गई है और विभिंन जीवों में अध्ययन अपने सेलुलर कार्यों के संरक्षण की पुष्टि की6। पिछले दशक में अध्ययन से पता चला कि कई autophagy से संबंधित प्रोटीन परिसरों और प्रोटीन-प्रोटीन बातचीत मौजूद है और है कि वे एक जटिल और नियंत्रित तरीके से autophagy रास्ते नियंत्रित करते हैं । चौराहों, बैकअप, प्रतिक्रिया, और feedforward तंत्र मौजूद है, और वे अंय संबंधित घटनाओं के साथ autophagy समंवय करने के लिए सेल की अनुमति (जैसे vesicular स्राव, lysosome के रूप में, endosomal छंटाई और परिवहन7, आदि.) एक निष्पक्ष खमीर-दो संकर स्क्रीन में एक चारा के रूप में autophagy प्रोटीन ATG5 का उपयोग कर, (ATG5 एक प्रमुख autophagy प्रोटीन conjugating प्रणाली की तरह E2 में शामिल है कि भुखमरी प्रेरित LC3 में autophagy लिपिड मध्यस्थता), हम पहचान लिया है रिसेप्टर सक्रिय C-कळेनासे 1 (RACK1; GNB2L1) के रूप में एक सशक्त और एक उपंयास autophagy घटक8। महत्वपूर्ण बात, स्क्रीन से पता चला है कि ATG5-RACK1 बातचीत शास्त्रीय autophagy उत्प्रेरण (यानी, भुखमरी और mTOR निषेध) द्वारा autophagy प्रेरण के लिए अपरिहार्य था ।
इम्यूनोफ्लोरेसेंस आधारित तरीकों सामांयतः प्रोटीन प्रोटीन बातचीत की निगरानी के लिए प्रयोग किया जाता है । इन तकनीकों को मुख्य रूप से एंटीबॉडी आधारित हैं, और बातचीत की कल्पना और सेलुलर स्थानीयकरण की पुष्टि करने में मदद । इस तकनीक में, फ्लोरोसेंट टैग संयुग्मित एंटीबॉडी कि ब्याज की प्रोटीन के लिए विशिष्ट है आम तौर पर विशिष्ट धुंधला के लिए प्रयोग किया जाता है । प्रत्येक प्रोटीन अलग फ्लोरोसेंट रंगों को युग्मित एंटीबॉडी के साथ लेबल किया जा सकता है । प्रोटीन-विशिष्ट एंटीबॉडी का उपयोग करना, एक संकेत में ओवरलैप जब छवियों को विलय कर रहे हैं, फोकल माइक्रोस्कोप के तहत प्रोटीन के सह स्थानीयकरण इंगित करता है. तकनीक कोशिकाओं या यहां तक कि ऊतकों के लिए लागू है । इम्यूनोफ्लोरेसेंस तकनीक संपर्क गतिशीलता के बारे में सुराग प्रदान करते हैं, और मदद के आकार और प्रोटीन परिसरों के वितरण की पहचान, जबकि सेलुलर आकृति विज्ञान में सामान्य परिवर्तन ट्रैकिंग के तहत9. Immunoprecipitation एक और आमतौर पर इस्तेमाल किया एंटीबॉडी आधारित तकनीक है कि दिया प्रोटीन के बीच बातचीत के विश्लेषण के लिए अनुमति देता है10। इस तकनीक का प्रयोग, ब्याज की प्रोटीन कोशिकाओं या ऊतक विशिष्ट एंटीबॉडी का उपयोग कर निष्कर्षों से अलग कर रहे हैं, प्रोटीन है कि एक परिसर में या ब्याज की एक प्रोटीन के साथ संपर्क में हैं की वर्षण में जिसके परिणामस्वरूप. सह immunoprecipitation, जहां प्रोटीन और उसके सह-संपर्क का पता चला रहे हैं, दो प्रोटीन के बीच न केवल बातचीत से पता चलता है, लेकिन विभिंन परिस्थितियों के तहत बातचीत की अपनी ताकत उपाय कर सकते है11।
इस प्रोटोकॉल की पुष्टि करें और ATG5-RACK1 और RACK1-LC3 बातचीत की विशेषता के लिए इस्तेमाल किया गया है कि विस्तार से महत्वपूर्ण तकनीकों में वर्णन करता है । ध्यान इम्यूनोफ्लोरेसेंस और immunoprecipitation तकनीक पर है, महत्वपूर्ण कदम और autophagy अनुसंधान के लिए नुकसान के जोर के साथ, साथ ही समस्या निवारण सुझाव ।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="716">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Trypsin EDTA Solution A</td>
			<td style="width:181px;">Biological Industries&#160;</td>
			<td style="width:133px;">BI03-050-1A</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">PBS</td>
			<td style="width:181px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:133px;">SH-30256.01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">DMEM (high glucose)</td>
			<td style="width:181px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:133px;">5671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">DMEM (low glucose)</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td>5546</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Trypan Blue</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">T8154</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Hemocytometer</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td>Z359629-1EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">coverslides</td>
			<td>Jena Bioscience</td>
			<td>CSL-103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">slides</td>
			<td style="width:181px;">Isolab</td>
			<td>I.075.02.005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Poly-L-Lysine</td>
			<td style="width:181px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:133px;">P8920</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Torin</td>
			<td>Tocris</td>
			<td style="width:133px;">4247</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">DMSO</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">VWRSAD2650</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">EBSS</td>
			<td style="width:181px;">Biological Industries&#160;</td>
			<td style="width:133px;">BI02-010-1A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Paraformaldehyde (PFA)</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">15812-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">BSA</td>
			<td>Sigma</td>
			<td style="width:133px;">&#160;A4503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Saponin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td style="width:133px;">84510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">LC3 Antibody</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">L7543</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">Anti-Rabbit IgG Alexa Fluor 568</td>
			<td style="width:181px;">&#160;Invitrogen</td>
			<td style="width:133px;">A11011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">RACK1 Antibody</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td style="width:133px;">&#160;sc-17754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anti-Mouse IgG Alexa Fluor 488</td>
			<td style="width:181px;">&#160;Invitrogen</td>
			<td style="width:133px;">A11001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">NP-40</td>
			<td style="width:181px;">Applichem</td>
			<td style="width:133px;">A16694.0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Sodium Chloride</td>
			<td style="width:181px;">Applichem</td>
			<td style="width:133px;">A9242.5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium deoxycholate</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">30970</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium dodecyl sulphate (SDS)</td>
			<td style="width:181px;">Biochemika</td>
			<td style="width:133px;">A2572</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Trizma Base</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">T1503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Triton-X&#160;</td>
			<td style="width:181px;">Applichem</td>
			<td style="width:133px;">4975</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium orthovanadate</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">450243</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">ATG5 Antibody</td>
			<td>Sigma</td>
			<td style="width:133px;">A0856</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glycerol</td>
			<td style="width:181px;">Applichem</td>
			<td style="width:133px;">A4453</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">&#946;-Mercaptoethanol&#160;</td>
			<td style="width:181px;">Applichem</td>
			<td style="width:133px;">A1108.0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bromophenol blue&#160;</td>
			<td style="width:181px;">Applichem</td>
			<td style="width:133px;">A3640.0005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Non-Fat milk</td>
			<td style="width:181px;">Applichem</td>
			<td style="width:133px;">A0830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Tween 20</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">P5927</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Sodium Azide</td>
			<td style="width:181px;">Riedel de Haen</td>
			<td style="width:133px;">13412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phenol red&#160;</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">114537-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">anti-rabbit IgG , HRP conjugated</td>
			<td>Jackson Immuno.&#160;</td>
			<td style="width:133px;">1110305144</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Luminol</td>
			<td style="width:181px;">Fluka</td>
			<td style="width:133px;">9253</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Coumeric Acid</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">C9008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Hydrogen Peroxide</td>
			<td style="width:181px;">Merck</td>
			<td style="width:133px;">K35522500604</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">anti mouse IgG, HRP conjugated</td>
			<td style="width:181px;">Jackson Immuno.</td>
			<td style="width:133px;">115035003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">&#946;-Actin Antibody</td>
			<td style="width:181px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:133px;">A5441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Normal rabbit serum</td>
			<td style="width:181px;">Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td style="width:133px;">sc-2027</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Rapamycin</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">&#160;R0395</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Protein A-Agarose Beads</td>
			<td style="width:181px;">Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td style="width:133px;">sc-2001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">fetal bovine serum&#160;</td>
			<td style="width:181px;">Biowest</td>
			<td>S1810-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">penicillin/streptomycin solution</td>
			<td style="width:181px;">Biological Industries&#160;</td>
			<td>03-031-1B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">L-glutamine&#160;</td>
			<td style="width:181px;">Biological Industries&#160;</td>
			<td>BI03-020-1B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Bradford Solution</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">6916</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Nitocellulose membrane</td>
			<td style="width:181px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:133px;">A10083108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="23">
			<td height="23" style="height:23px;width:235px;">X-ray Films</td>
			<td style="width:181px;">Fujifilm</td>
			<td style="width:133px;">47410 19289</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:235px;">Protease inhibitor</td>
			<td style="width:181px;">Sigma</td>
			<td style="width:133px;">P8340</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

study of protein-protein interactions in autophagy research

प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन सेलुलर संकेत करने वाले कैस्केडिंग को समझने और उपंयास मार्ग घटकों और प्रोटीन गतिशीलता की पहचान करने के लिए महत्वपूर्ण हैं । सेलुलर गतिविधियों के बहुमत प्रोटीन के बीच शारीरिक बातचीत की आवश्यकता है । इन इंटरैक्शन का विश्लेषण और मैप करने के लिए, विभिंन प्रायोगिक तकनीकों के साथ ही bioinformatics उपकरण विकसित किए गए थे । Autophagy एक सेलुलर रीसाइक्लिंग तंत्र है कि कोशिकाओं को विभिंन तनाव के साथ सामना करने की अनुमति देता है, पोषक तत्व अभाव, रसायन सहित, और हाइपोक्सिया । आदेश में बेहतर autophagy-संबंधित संकेतन घटनाओं को समझने के लिए और उपंयास कारकों है कि autophagy में प्रोटीन परिसरों को विनियमित खोजने के लिए, हम प्रोटीन प्रोटीन संपर्क स्क्रीन प्रदर्शन किया । इन स्क्रीनिंग परिणामों के सत्यापन इम्यूनोफ्लोरेसेंस और immunoprecipitation तकनीकों के उपयोग की आवश्यकता है । इस प्रणाली में, विशिष्ट autophagy से संबंधित प्रोटीन-प्रोटीन बातचीत है कि हम Neuro2A (N2A) और HEK293T सेल लाइनों में परीक्षण किया गया पता चला । तकनीकी प्रक्रियाओं का विवरण इस दृश्य प्रयोग कागज में समझाया जाता है ।

चित्रा 1 में इस प्रोटोकॉल का उपयोग कर प्राप्त एक सह-स्थानीयकरण परिणाम का एक उदाहरण दिखाया गया है । हमारे हाल ही के पेपर से एक आंकड़ा8प्रस्तुत किया है । यहां अंतर्जात RACK1 प्रोटीन का दाग...

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Study of Protein-protein Interactions in Autophagy Research

यहां प्रस्तुत है दो एंटीबॉडी आधारित प्रोटीन-प्रोटीन इंटरेक्शन रिसर्च तकनीक: इम्यूनोफ्लोरेसेंस और immunoprecipitation । इन तकनीकों सेलुलर संकेत रास्ते के उपंयास घटकों की खोज के लिए और प्रोटीन गतिशीलता को समझने के लिए प्रोटीन के बीच शारीरिक बातचीत का अध्ययन करने के लिए उपयुक्त हैं ।

Autophagy रिसर्च में प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन का अध्ययन

Protein-protein interactions are important for understanding cellular signaling cascades and identifying novel pathway components and protein dynamics. ...

Research

JoVE Journal

Biology

Testing Visual Sensitivity to the Speed and Direction of Motion in Lizards

छिपकली में और गति की गति और दिशा के लिए दृश्य संवेदनशीलता परीक्षण

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of ...

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid MYTH System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

भाजित Ubiquitin आधार झिल्ली खमीर (मिथक) दो - हाइब्रिड सिस्टम: प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत की पहचान करने के लिए एक शक्तिशाली उपकरण

The fundamental biological and clinical importance of integral membrane proteins prompted the development of a yeast-based system for the high-throughput ...

In-vivo Detection of Protein-protein Interactions on Micro-patterned Surfaces

In-vivo Detection of Protein-protein Interactions on Micro-patterned Surfaces

में vivo माइक्रो नमूनों सतहों पर प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत की जांच

Unraveling the interaction network of molecules in-vivo is key to understanding the mechanisms that regulate cell function and metabolism. A multitude of ...

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

Imaging Protein-protein Interactions in vivo

इमेजिंग प्रोटीन - प्रोटीन सहभागिता Vivo में</em

Protein-protein interactions are a hallmark of all essential cellular processes. However, many of these interactions are transient, or energetically weak, ...

Do-It-Yourself Device for Recovery of Cryopreserved Samples Accidentally Dropped into Cryogenic Storage Tanks

Cryopreserved नमूने की वसूली के लिए डिवाइस - यह खुद गलती क्रायोजेनिक भंडारण टैंक में गिरा

Liquid nitrogen is colorless, odorless, extremely cold (-196 &deg;C) liquid kept under pressure. It is commonly used as a cryogenic fluid for long term ...

A Liquid Phase Affinity Capture Assay Using Magnetic Beads to Study Protein-Protein Interaction: The Poliovirus-Nanobody Example

एक तरल चरण आत्मीयता कब्जा चुंबकीय मोती का उपयोग करने के लिए प्रोटीन से प्रोटीन सहभागिता अध्ययन परख: उदाहरण पोलियो वायरस Nanobody

In this article, a simple, quantitative, liquid phase affinity capture assay is presented. Provided that one protein can be tagged and another protein ...

Protein-protein Interactions Visualized by Bimolecular Fluorescence Complementation in Tobacco Protoplasts and Leaves

तंबाकू protoplasts और पत्तियों में Bimolecular प्रतिदीप्ति complementation द्वारा कल्पना प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत

Many proteins interact transiently with other proteins or are integrated into multi-protein complexes to perform their biological function. Bimolecular ...

Investigating Protein-protein Interactions in Live Cells Using Bioluminescence Resonance Energy Transfer

Bioluminescence प्रतिध्वनि ऊर्जा हस्तांतरण का प्रयोग जीवित कोशिकाओं में प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत की जांच कर

Assays based on Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) provide a sensitive and reliable means to monitor protein-protein interactions in live ...

Combining Single-molecule Manipulation and Imaging for the Study of Protein-DNA Interactions

प्रोटीन डीएनए सहभागिता के अध्ययन के लिए एकल अणु हेरफेर और इमेजिंग का मेल

The paper describes the combination of optical tweezers and single molecule fluorescence detection for the study of protein-DNA interaction. The method ...

Probing High-density Functional Protein Microarrays to Detect Protein-protein Interactions

उच्च घनत्व कार्यात्मक प्रोटीन जांच प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत का पता लगाने के लिए

High-density functional protein microarrays containing ~4,200 recombinant yeast proteins are examined for kinase protein-protein interactions using an ...