Name: a computational method to quantify fly circadian activity
Uploaded: 2017-10-28T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity at JoVE.com

우리는 비디오 콘텐츠에 대 한 Stanislav Lazopulo에 감사입니다.

1. 측정 비행 운동을 사용 하 여 초파리 활동 모니터 (댐) 참고: 자세한 내용은 참조 참조 5.
<ol><li>개별 준비 끝에 음식 튜브를 비행 하 고 다른 면. 음식 끝 음식을 밖으로 건조 하지 않도록 밀봉 되어야 한다.
	<ol><li>50 mL 비 커에 비행 식품의 5-6 g을 넣어. 그래서 그것이 그것을 녹기 쉽게 음식을 작은 조각으로 잘라</li>
		<li>32 연결 고무 밴드와 함께 개별 유...

<ol>
	<li>Pittendrigh, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circadian+systems:+general+perspective.">Circadian systems: general perspective.</a> Biological Rhythms. II, 57-80 (1981).</li><li>Zhang, E. E., Kay, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clocks+not+winding+down:+unravelling+circadian+networks.">Clocks not winding down: unravelling circadian networks.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 11 (11), 764-776 (2010).</li><li>Tataroglu, O., Emery, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+ticks+of+the+Drosophila+circadian+clock.">The molecular ticks of the Drosophila circadian clock.</a> Curr Opin Insect Sci. 7, 51-57 (2015).</li><li>Plautz, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+Drosophila+period+gene+transcription+in+living+animals.">Quantitative analysis of Drosophila period gene transcription in living animals.</a> J Biol Rhythms. 12 (3), 204-217 (1997).</li><li>Chiu, J. C., Low, K. H., Pike, D. H., Yildirim, E., Edery, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+locomotor+activity+to+study+circadian+rhythms+and+sleep+parameters+in+Drosophila.">Assaying locomotor activity to study circadian rhythms and sleep parameters in Drosophila.</a> J Vis Exp. (43), e2157 (2010).</li><li>Helfrich-F&#246;rster, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+control+of+morning+and+evening+components+in+the+activity+rhythm+of+Drosophila+melanogaster--sex-specific+differences+suggest+a+different+quality+of+activity.">Differential control of morning and evening components in the activity rhythm of Drosophila melanogaster--sex-specific differences suggest a different quality of activity.</a> J Biol Rhythms. 15 (2), 135-154 (2000).</li><li>Dautzenberg, F. M., Neysari, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Irreversible+binding+kinetics+of+neuropeptide+Y+ligands+to+Y2+but+not+to+Y1+and+Y5+receptors.">Irreversible binding kinetics of neuropeptide Y ligands to Y2 but not to Y1 and Y5 receptors.</a> Pharmacology. 75 (1), 21-29 (2005).</li><li>Lazopulo, A., Syed, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mathematical+model+provides+mechanistic+links+to+temporal+patterns+in+Drosophila+daily+activity.">A mathematical model provides mechanistic links to temporal patterns in Drosophila daily activity.</a> BMC Neuroscience. 17 (1), 14 (2016).</li><li>Donelson, N., Kim, E. Z., Slawson, J. B., Vecsey, C. G., Huber, R., Griffith, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+positional+tracking+for+long-term+analysis+of+Drosophila+sleep+and+locomotion+using+the+&amp;#34;tracker&amp;#34;+program.">High-resolution positional tracking for long-term analysis of Drosophila sleep and locomotion using the &amp;#34;tracker&amp;#34; program.</a> PloS ONE. 7 (5), e37250 (2012).</li><li>Schlichting, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Neural+Network+Underlying+Circadian+Entrainment+and+Photoperiodic+Adjustment+of+Sleep+and+Activity+in+Drosophila.">A Neural Network Underlying Circadian Entrainment and Photoperiodic Adjustment of Sleep and Activity in Drosophila.</a> J Neurosci. 36 (35), 9084-9096 (2016).</li><li>Guo, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circadian+neuron+feedback+controls+the+Drosophila+sleep-activity+profile.">Circadian neuron feedback controls the Drosophila sleep-activity profile.</a> Nature. 536 (7616), 292-297 (2016).</li></ol>

이 작품 플라이 운동 패턴의 양적 설명을 제공 하는 계산 도구를 사용 하 여에 대 한 지침을 제공 합니다. 도구로 구성 된 4 개의 지 수 모양 및 크기의 M과 E 봉우리를 함께 설명 하는 수학적 모델 운동 데이터를 맞는. 모델 매개 변수에 대 한 최종 값 피팅 파워 스펙트럼 데이터의 원시 데이터를 사용 하 여 데이터 binning 또는 필터링 매개 변수 값에 부과할 수 있다 artefactual 효과 피할 수에서 얻을 수...

Circadian clock은 약 24 시간 동안 함께 내 생 생화학 발진기와 동물에 거의 유비 쿼터 스 이며 식물1,2. 시계는 생명체의 내부 프로세스와 외부 빛 어두운 주기에 동작을 동기화 하는 데 도움이 됩니다. Circadian clock의 유전자 구조는 1960 년대부터 널리 공부 하고있다 D. melanogaster과일 파리를 사용 하 여. 이 곤충에 circadian 시계의 핵심 구성 4 개의 단백질: 기간, 영원한, 클록 및 주기. 다른 분자와 함께 이러한 핵심 구성 요소는 생산 하는 시계 유전자3,4의 거의 정현파 진동 피드백 루프를 형성 합니다. 파리에서 circadian 시계 널리 비행 활동 개별 튜브5의 중간 건너 단일 적외선 빔으로 탐지 되는 기간 운전 녹음을 사용 하 여 공부 된다. 일반 비행 녹화는 두 잘 구별할 수 봉우리와 복잡 한 모달 패턴: 밤의 끝에서 시작 되 고 최대 조명 설정; 때 아침 피크 (M) 그리고 하루의 끝에서 시작 되 고 최대6해제 조명 저녁 피크 (E). 흥미롭게도, 이러한 행동 기록의 모양 관찰된 시간적 패턴에 기여 하는 추가 메커니즘의 동작을 제안, 분자 수준에서 관찰 하는 간단한 정현파 진동에서 매우 다르다. 이러한 숨겨진된 메커니즘을 더 잘 이해 하기 우리는 시간적 패턴의 양적 설명을 제공 하는 전산 도구를 개발 했습니다.
우리의 작품에서는, 운동 리듬 비행 활동 패턴을 모방 하는 파형 정의 됩니다. 간단한 사인파 활동에서 관찰 된 리듬 변화를 모델링 하는 데 사용할 수 없습니다, 이후 다양 한 신호 형태를 선택 하는 간단한 녹음에서 모든 돌출 하는 특징을 테스트 했습니다. 과일 파리 circadian 행동 자주 활성화 및 비활성화7의 지 수 패턴을가지고 시계 뉴런의 활동에 의해 제어 됩니다. 지 역학 및 데이터의 시각적 분석 동기 지 수 조건 9 개의 독립적인 매개 변수 4 개 지 수 구성 하 고 밀접 하 게 닮은 비행 활동 패턴8모델을 구축 하. 운전 데이터, 우리는 또한 그것의 파워 스펙트럼 분석. 전형적인 비행 활동 스펙트럼 고조파 T0/2, T0/3, 등, circadian 기간 T0에서 예상된 기본 피크 이외에 여러 봉우리를 보여줍니다. 푸리에 정리에 따라 순수 사인파만 더 복잡 한 파형의 기본 기간 (그림 1) 고조파에 여러 스펙트럼 봉우리를 표시 하는 동안 전력 스펙트럼에 단일 피크를 생성 합니다. 따라서, 비행 활동8비 정현파 시간적 패턴을 감안할 때, 데이터의 다중 피크 파워 스펙트럼은 수학적와 진동의 여러 시기의 존재를 반드시 의미 하지는 않습니다. 중요 한 것은, 제안된 모델 파형의 파워 스펙트럼 또한 기본 기간, 따라서 강조는 우리의 모델 데이터에 설명 비행 시간에서 및 주파수에 높은 충실도 비행 운전 기록에 유사한의 모든 고조파에 봉우리를 보여줍니다.
시간 해상도 몇 분 또는 그 이하의 비행 활동에서 데이터 시끄러운, 어려운 원시 데이터에서 직접 매개 변수를 추출 하 고 나타납니다. 더 긴 시간 간격으로 데이터를 범주화 잡음 레벨을 줄일 수 있습니다 하지만, 모델 매개 변수 추정에 영향을 미칠 수 있는 방식으로 데이터를 변경할 수 있습니다. 우리 따라서 매개 변수에서에서 얻을 녹음의 파워 스펙트럼 분석 식을 사용 하 여 모델 기능8 (참조 추가 파일 1 참조8)의 푸리에 변환에서 계산 예상된 전력 스펙트럼에 대 한. 전력 스펙트럼에서 매개 변수를 얻는이 방법은 binning 또는 원시 활동 데이터의 필터링 등의 추가 조작 없이 정확한 매개 변수 값을 생성 합니다. 수학 세부 모델 및 야생 형 및 돌연변이 데이터 응용 프로그램의 참조8에 설명 되어 있습니다. 프로토콜 여기 계산 도구를 사용 하 여 단계별 지침에 초점을 맞추고 여.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1389">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:296px;">Drosophila Activity Monitor</td>
			<td style="width:81px;">TriKinetics</td>
			<td style="width:201px;">DAM2, DAM5</td>
			<td style="width:811px;">Measures fly locootion using single infrared beam</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:296px;">MatLab</td>
			<td style="width:81px;">Mathworks</td>
			<td style="width:201px;"></td>
			<td>Computing environment and programming language, MatLab should include Optimization and Symbolic Math toolboxes</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:296px;">Drosophila melanogaster&#160;</td>
			<td style="width:81px;"></td>
			<td style="width:201px;">per[S], per[L], iso31(wild type)</td>
			<td>Our analysis can be performed with fly mutants of any circadian period</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a computational method to quantify fly circadian activity

대부분의 동물 및 식물에서 circadian 시계 행동 및 분자 프로세스를 조정 하 고 매일 빛 어두운 주기에 그들을 동기화. 이 임시 컨트롤의 기반이 되는 기본 메커니즘은 널리 초파리 melanogaster 과일 파리를 사용 하 여 모델 생물. 로 공부 파리, 시계는 일반적으로 기간 운전 기록 분석 하 여 공부 했다. 이런 녹화 프로그램 활동의 두 개의 봉우리와 복잡 한 모달 패턴: 새벽, 주위에 일어나 아침 피크와 황혼 주위에 일어나는 저녁 피크. 매우 다른 정현파 진동 파형 관찰 시계 유전자, 시계 뿐만 아니라 메커니즘 행동 데이터의 관찰 된 패턴 제작에 깊은 영향을 미칠 제안에 함께이 두 봉우리 형태. 여기 우리는 비행 활동에서 시간적 패턴을 수학적으로 설명 하 최근에 개발 된 계산 메서드를 사용 하 여 지침을 제공 합니다. 방법 4 지 수 기간 및 완전 형태와 아침의 크기와 활동의 저녁 봉우리를 설명 하는 9 개의 독립적인 매개 변수 구성 된 모델 파형으로 활동 데이터 맞는. 추출 된 매개 변수는 일반적으로 관찰 된 모달 활동 패턴 비행 운전 리듬에 기초 하는 기판의 운동 메커니즘을 명료 하 게 도울 수 있다.

여기에 제시 된 방법 비행 운동 패턴에 주요 특징의 정량화를 허용 한다. 정량화 피팅 모델 4 지 수 기간의 구성 된 활동 데이터에 의해 이루어집니다.
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/55977/55977eq1.jpg">
모델 활동 패턴을 설명 하는 9 개의 독립적인 매개 변수가 있다. 매개 변수 bM...

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A Computational Method to Quantify Fly Circadian Activity

비행 Circadian 활동 척도를 계산 방법

비행 circadian 운전 리듬에서 본 주요 임시 기능을 계량 하는 방법을 제시 합니다. 정량화 피팅 멀티 파라메트릭 모델 파형으로 비행 활동 함으로써 이루어집니다. 모델 매개 변수 형태와 아침의 크기와 일상 활동의 저녁 봉우리를 설명합니다.

In most animals and plants, circadian clocks orchestrate behavioral and molecular processes and synchronize them to the daily light-dark cycle. ...

Research

JoVE Journal

Behavior

Topographical Estimation of Visual Population Receptive Fields by fMRI

자기 공명하여 Visual 인구 받아들이는 필드의 지형 평가

Visual cortex is retinotopically organized so that neighboring populations of cells map to neighboring parts of the visual field. Functional magnetic ...

연구

행동분석학

A Method for Remotely Silencing Neural Activity in Rodents During Discrete Phases of Learning

학습의 개별 단계에서 설치류에서 원격 음소거 신경 활동하는 방법

This protocol describes how to temporarily and remotely silence neuronal activity in discrete brain regions while animals are engaged in learning and ...

A Method to Quantify Visual Information Processing in Children Using Eye Tracking

Method는 눈 추적을 사용하여 어린이의 시각 정보 처리를 정량화하기

Visual problems that occur early in life can have major impact on a child's development. Without verbal communication and only based on observational ...

Psychophysical Tracking Method to Measure Taste Preferences in Children and Adults

정신 물리학 추적 방법은 어린이와 성인의 맛의 기본 설정을 측정하는

The Monell two-series, forced-choice, paired-comparison tracking method provides a reliable measure of sweet taste preferences from childhood to ...

A Method to Test the Effect of Environmental Cues on Mating Behavior in Drosophila melanogaster

A Method to Test the Effect of Environmental Cues on Mating Behavior in Drosophila melanogaster

환경에서 신호의 결합 효과에 미치는 영향을 시험하는 방법<em&gt; Drosophila melanogaster</em

An individual's sexual drive is influenced by genotype, experience and environmental conditions. How these factors interact to modulate sexual behaviors ...

A Method to Study Adaptation to Left-Right Reversed Audition

왼쪽 오른쪽에 적응을 연구 하는 방법 반대로 오디션

An unusual sensory space is one of the effective tools to uncover the mechanism of adaptability of humans to a novel environment. Although most of the ...

Visual Classical Conditioning in Wood Ants

나무 개미에 비주얼 고전 컨디셔닝

Several species of insects have become model systems for studying learning and memory formation. Although many studies focus on freely moving animals, ...

Modified Blood Collection from Tail Veins of Non-anesthetized Mice with a Vacuum Blood Collection System and Eyeglass Magnifier

진공 혈액 수집 시스템 및 안경 돋보기와 비 취 쥐의 꼬리 정 맥에서 혈 수정된

Blood sample collection is the basis of experimental animal research. It is of importance to obtain adequate blood samples for various research purposes. ...

A Laboratory Method to Measure Contagious Yawning in Rats

쥐에서 전염성 하품을 측정하는 실험실 방법

Communication is an essential aspect of animal social life. Animals may influence one another and come together in schools, flocks, and herds. ...

Using the Race Model Inequality to Quantify Behavioral Multisensory Integration Effects

레이스 모델 부등식을 사용하여 행동 다감각 통합 효과를 정량화

Multisensory integration research investigates how the brain processes simultaneous sensory information. Research on animals (mainly cats and primates) ...