Name: modified terminal restriction fragment analysis for quantifying telomere length using in-gel hybridization
Uploaded: 2017-07-10T10:30:00
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लेखकों ने पिट्सबर्ग कैंसर इंस्टीट्यूट की बायोबाहैवैयेशनल ऑन्कोलॉजी विश्वविद्यालय की सुविधा का समर्थन स्वीकार किया है जो कि पुरस्कार पी 30 सीए047 9 04 द्वारा भाग में समर्थित है

1. जीनोमिक डीएनए निकालना <ol><li> निर्माता के निर्देशों के अनुसार, एक वाणिज्यिक डीएनए निष्कर्षण किट का उपयोग करके कोशिकाओं से जीनोमिक डीएनए निष्कर्षण (यहाँ, सेल लाइन बीजे-एचटीआरटीटी) का विश्लेषण करना। </li><li> ...

<ol>
	<li>Herbert, B. S., Shay, J. W., Wright, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+telomeres+and+telomerase.">Analysis of telomeres and telomerase.</a> Curr Protoc Cell Biol. , 16 (2003).</li><li>Mender, I., Shay, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomere+Restriction+Fragment+(TRF)+Analysis.">Telomere Restriction Fragment (TRF) Analysis.</a> Bio Protoc. 5 (22), (2015).</li><li>Blackburn, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomeres+and+Telomerase:+The+Means+to+the+End+(Nobel+lecture).">Telomeres and Telomerase: The Means to the End (Nobel lecture).</a> Angew Chem Int Ed Engl. 49 (41), 7405-7421 (2010).</li><li>Greider, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomerase+Discovery:+The+Excitement+of+Putting+Together+Pieces+of+the+Puzzle+(Nobel+lecture).">Telomerase Discovery: The Excitement of Putting Together Pieces of the Puzzle (Nobel lecture).</a> Angew Chem Int Ed Engl. 49 (41), 7422-7439 (2010).</li><li>Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+Ends:+Just+the+Beginning+(Nobel+lecture).">DNA Ends: Just the Beginning (Nobel lecture).</a> Angew Chem Int Ed Engl. 49 (41), 7386-7404 (2010).</li><li>Watson, J. M., Riha, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomeres,+Aging,+and+Plants:+From+Weeds+to+Methuselah+-+A+Mini-Review.">Telomeres, Aging, and Plants: From Weeds to Methuselah - A Mini-Review.</a> Gerontology. 57 (2), 129-136 (2011).</li><li>Lu, W., Zhang, Y., Liu, D., Songyang, Z., Wan, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomeres-Structure,+Function,+and+Regulation.">Telomeres-Structure, Function, and Regulation.</a> Exp Cell Res. 319 (2), 133-141 (2013).</li><li>MacNeil, D. E., Bensoussan, H. J., Autexier, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomerase+Regulation+from+Beginning+to+the+End.">Telomerase Regulation from Beginning to the End.</a> Genes (Basel). 7 (9), 64 (2016).</li><li>Fouquerel, E., Opresko, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Convergence+of+The+Nobel+Fields+of+Telomere+Biology+and+DNA+Repair.">Convergence of The Nobel Fields of Telomere Biology and DNA Repair.</a> Photochem Photobiol. , (2016).</li><li>Bernadotte, A., Mikhelson, V. M., Spivak, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Markers+of+Cellular+Senescence.+Telomere+Shortening+as+a+Marker+of+Cellular+Senescence.">Markers of Cellular Senescence. Telomere Shortening as a Marker of Cellular Senescence.</a> Aging (Albany NY). 8 (1), 3-11 (2016).</li><li>Opresko, P. L., Shay, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomere-Associated+Aging+Disorders.">Telomere-Associated Aging Disorders.</a> Ageing Res Rev. , 1568-1637 (2016).</li><li>Chiodi, I., Mondello, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomere+and+Telomerase+Stability+in+Human+Diseases+and+Cancer.">Telomere and Telomerase Stability in Human Diseases and Cancer.</a> Front Biosci (Landmark Ed). 1 (21), 203-224 (2016).</li><li>Blackburn, E. H., Epel, E. S., Lin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+Telomere+Biology:+A+Contributory+and+Interactive+Factor+in+Aging,+Disease+Risks,+and+Protection.">Human Telomere Biology: A Contributory and Interactive Factor in Aging, Disease Risks, and Protection.</a> Science. 350 (6265), 1193-1198 (2015).</li><li>Lindqvist, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Psychiatric+Disorders+and+Leukocyte+Telomere+Length:+Underlying+Mechanisms+Linking+Mental+Illness+with+Cellular+Aging.">Psychiatric Disorders and Leukocyte Telomere Length: Underlying Mechanisms Linking Mental Illness with Cellular Aging.</a> Neurosci Biobehav Rev. 55, 333-364 (2015).</li><li>Bodelon, C., Savage, S. A., Gadalla, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomeres+in+Molecular+Epidemiology+Studies.">Telomeres in Molecular Epidemiology Studies.</a> Prog Mol Biol Transl Sci. 125 (113), (2014).</li><li>Kimura, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+telomere+length+by+the+Southern+blot+analysis+of+terminal+restriction+fragment+lengths.">Measurement of telomere length by the Southern blot analysis of terminal restriction fragment lengths.</a> Nat Protoc. 5 (9), 1596-1607 (2010).</li><li>Haussmann, M. F., Mauck, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TECHNICAL+ADVANCES:+New+strategies+for+telomere-based+age+estimation.">TECHNICAL ADVANCES: New strategies for telomere-based age estimation.</a> Mol Ecol Resour. 8 (2), 264-274 (2008).</li><li>Nussey, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+telomere+length+and+telomere+dynamics+in+evolutionary+biology+and+ecology.">Measuring telomere length and telomere dynamics in evolutionary biology and ecology.</a> Methods Ecol Evol. 5 (4), 299-310 (2014).</li><li>Delany, M. E., Krupkin, A. B., Miller, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organization+of+telomere+sequences+in+birds:+evidence+for+arrays+of+extreme+length+and+for+in+vivo+shortening.">Organization of telomere sequences in birds: evidence for arrays of extreme length and for in vivo shortening.</a> Cytogenet Cell Genet. 90 (1-2), 139-145 (2000).</li><li>Baerlocher, G. M., Vulto, I., de Jong, G., Lansdorp, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flow+cytometry+and+FISH+to+measure+the+average+length+of+telomeres+(flow+FISH).">Flow cytometry and FISH to measure the average length of telomeres (flow FISH).</a> Nat Protoc. 1 (5), 2365-2376 (2006).</li><li>Sanders, J. L., Newman, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomere+length+in+epidemiology:+a+biomarker+of+aging,+age-related+disease,+both,+or+neither.">Telomere length in epidemiology: a biomarker of aging, age-related disease, both, or neither.</a> Epidemiol Rev. 35, 112-131 (2013).</li><li>Parikh, D., Fouquerel, E., Murphy, C. T., Wang, H., Opresko, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomeres+are+partly+shielded+from+ultraviolet-induced+damage+and+proficient+for+nucleotide+excision+repair+of+photoproducts.">Telomeres are partly shielded from ultraviolet-induced damage and proficient for nucleotide excision repair of photoproducts.</a> Nat Commun. 6, 8214 (2015).</li></ol>

निम्नलिखित वैद्युतकणसंचलन, जीनोमिक डीएनए धब्बा 800 बीपी से अधिक है यह तब हो सकता है यदि प्रतिबंध एंजाइमों में दोषपूर्ण होते हैं या यदि अतिरिक्त एंजाइम (जैसा ऊपर वर्णित है) की आवश्यकता होती है। दूसरा संभ?...

गुणसूत्रों के सिरों पर स्थित टेलोमेरेस अनुक्रम TTAGGG (मानव क्रोमोसोम पर) की न्यूक्लियोटाइड दोहराता है जो सेलुलर आनुवंशिक जानकारी 3 , 4 , 5 की सुरक्षा करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। टेलोमेरेस लंबाई में कई हजार जोड़े हैं और डीएनए प्रतिकृति के दौरान बाकी गुणसूत्रों की अखंडता की रक्षा के लिए काम करते हैं। गुणसूत्रों की प्रतिकृति सही नहीं है, जिसके परिणामस्वरूप गुणसूत्र के छोर पूरी तरह से प्रतिलिपि नहीं किए जा रहे हैं। प्रतिकृति में इस अक्षमता को &quot;अंत-प्रतिकृति समस्या&quot; कहा जाता है और इसके परिणामस्वरूप कुछ खुराक 6 , 7 के दौरान प्रत्येक टेलेमोरे के दोहराव के नुकसान में परिणाम मिलता है। टेलोमेरेस द्वारा सेल डिवीजन के बाद टेलोमेरे की लंबाई बहाल की जा सकती है, एंजाइम खो गया टेलोमरे दृश्य 8 , 9 की जगह लेता है। टेलोमेरेस, हालांकि, नहीं हैज्यादातर मानव दैहिक कोशिकाओं में सक्रिय होता है और नतीजतन, समय के साथ, टेलोमोरेस कम हो जाएगा, अंततः सेलुलर सेलनेस 10 में परिणाम होगा। टेलोमरे को छोटा करने के कारण, telomeres उम्र बढ़ने और उम्र से संबंधित बीमारियों का खतरा biomarker के रूप में माना जाता है 11 , 12 इसके अतिरिक्त, टेलोमोरे लंबाई आनुवंशिक, पर्यावरण और जीवन शैली के कारकों और ऑक्सीडेटिव तनाव जैसे अन्य उत्तेजनाओं से प्रभावित हो सकती है, यह दर्शाता है कि टेलोमोरे लंबाई विषैविक, महामारी विज्ञान और व्यवहारिक अध्ययनों में जैवमार्कर के रूप में एक भूमिका निभा सकते हैं 13 , 14 , 15 । यह आलेख एक संशोधित टर्मिनल प्रतिबंध टुकड़ा (टीआरएफ) विश्लेषण का उपयोग करके टेलोमरे लम्बाई को मापने के लिए एक तकनीक को दर्शाता है जो कि मेन्डर और शै 2 और किमुरा एट अल 16 , और हर्बर्ट, शे और रेग के समानएचटी 1 और हाउसमैन और मॉक 17 परंपरागत रूप से, टीआरएफ विश्लेषण में एक दक्षिणी दाग ​​प्रक्रिया शामिल है। दक्षिणी ब्लोट को टेलोमोरे की लंबाई के अध्ययन के लिए &quot;सोना-मानक&quot; माना जाता है और महामारी विज्ञान के अध्ययन में ल्यूकोसाइट टेलोमोरे लंबाई की जांच के लिए सक्रिय रूप से उपयोग किया जाता है। यह टीआरएफ विश्लेषण टेस्टोमोर दोहराव के पीछे छोड़ने वाला पचाने वाला जीनोमिक डीएनए का उपयोग करता है। डीएनए टुकड़े तब जेल वैद्युतकणसंचलन से अलग हो जाते हैं, विकृत हो जाते हैं और एक नाइट्रोकेल्यूलोज झिल्ली को स्थानांतरित कर दिया जाता है। टेलोमेरे दृश्यों को एक टेलोमेरे ऑलिगोनक्लियोटाइड जांच के लिए हाइब्रिज्ड किया गया है। अलग-अलग टेल्मोरेस को झिल्ली तक स्थानांतरित करने के बजाय, अन्य टीआरएफ तकनीक डीएनए के बिना और बिना-बिना जेल संकरण तकनीकों का उपयोग करते हैं। अंतराल टेलोमोरेस का पता लगाने पर दोषपूर्णता को शामिल करना महत्वपूर्ण है, जो कि कुछ प्रजातियों में 19 की सूचना मिली है। कार्यवाही की कमी के कारण केवल वें का पता लगाया जा सकता हैटर्मिनल टेलोमेरेस पर एकल फंसे हुए डीएनए ओवरहेन्ज और इंटरस्टिस्टिकल टेलोमरे दृश्य 18 में बाँध नहीं करेंगे। टीआरएफ़ विश्लेषण के अलावा, टेमोमोरे की लंबाई को मापने के लिए कई अन्य तकनीकें हैं, जिनमें प्रत्येक के अपने फायदे और नुकसान हैं। फ्लो-फिश तकनीक फ्लो साइमेट्रेट्री 16 , 20 का उपयोग करते हुए एक विशिष्ट सेल प्रकार की व्यक्तिगत कोशिकाओं के औसत टेलोरोमीटर लंबाई को माप सकती है। हालांकि यह सटीक रूप से उच्च विशिष्ट जांच वाले टेल्मोरेस को टैग कर सकता है और स्वचालन के माध्यम से मानव त्रुटि को कम कर सकता है, फ्लो-एफआईएसएच महाग, कम कुशल है और ताजा नमूनों और अत्यधिक कुशल तकनीशियनों की आवश्यकता है, जिसमें महामारी विज्ञान के अध्ययन के लिए अपनी क्षमता सीमित है 16 । इसके अलावा, यह विधि सेल आबादी में गुणसूत्रों की संख्या में संभावित परिवर्तन के लिए खाता नहीं है। एक अन्य तकनीक, qPCR, महामारी विज्ञान के अध्ययन के लिए टेलोमोरे लंबाई को मापने के साधन के रूप में व्यापक रूप से स्वीकृत है <suअन्य तरीकों के मुकाबले छोटी मात्रा में डीएनए के लिए इसकी उच्च-थ्रुपुट, कम लागत और आवश्यकता के कारण पी वर्ग = &quot;एक्सएएफ&quot;&gt; 16। हालांकि, qPCR केवल एक प्रतिलिपि जीन के सापेक्ष औसत टेलोरोमेरिक डीएनए सामग्री को माप सकता है और इस प्रकार, औसत टेलोमोरे लंबाई का एक अप्रत्यक्ष अनुमान है। यह दक्षिणी ब्लोटों की तुलना में तुलनात्मक अध्ययनों में भिन्नता का एक उच्च गुणांक भी पैदा करता है, जिससे संदेहास्पद सटीकता 21 हो सकती है । टीआरएफ प्रक्रिया की अपनी कमियां हैं जो कुछ अध्ययनों के लिए इसका उपयोग सीमित करती हैं। टीआरएफ तकनीकों को अन्य तरीकों (2 से 3 μg प्रति नमूना के बीच) की तुलना में डीएनए की बड़ी मात्रा की आवश्यकता होती है। यह चिकित्सीय नमूनों की टेलोमोरे लंबाई का परीक्षण करने के लिए तकनीक के अनुप्रयोगों को सीमित करता है जिसके लिए पर्याप्त जीनोमिक डीएनए एकत्र किया जा सकता है, और अपमानजनक डीएनए नमूनों पर इस्तेमाल नहीं किया जा सकता है। इसके अतिरिक्त, टीआरएफ़ विश्लेषण महंगा और परिश्रम श्रमिक है, परिणाम प्राप्त करने के लिए 4-5 दिनों की आवश्यकता होती है। हालांकि, टीआरएफ़ भिन्नता का एक कम गुणांक पैदा करता हैअपनी प्रजनन क्षमता प्रदान करना हालांकि यह प्रोटोकॉल परंपरागत दक्षिणी दाग ​​( सीटू जेल संकरण में उपयोग) से भिन्न है, दो तकनीकों मौलिक रूप से समान हैं। यहां प्रस्तुत तकनीक एक दक्षिणी धब्बा और इन-जेल संकरण का संयोजन है; इन-जेल संकरण के साथ दक्षिणी ब्लोट से डीएनए denaturing चरण जोड़ना। इस संयोजन में दक्षिणी धब्बों की तुलना में बेहतर जांच सिग्नल की ताकत के अतिरिक्त लाभ हैं और हमारी प्रयोगशाला में लगातार मात्रात्मक परिणाम उत्पन्न हुए हैं। इसके अतिरिक्त, रसायनमितीय जांच के बजाय रेडियोधर्मी जांच का उपयोग उच्च संकेत तीव्रता पैदा करता है और फॉस्फोरिमेगर के साथ विजुअलाइजेशन और मात्रा का ठहराव के लिए अनुमति देता है, जो टीआरएफ उपयोगकर्ता के अनुकूल के विश्लेषण करता है।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="618">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Biologics</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">Rsa1, restriction enzyme</td>
			<td style="width:116px;">New England Biolabs, Inc</td>
			<td style="width:119px;">R0167S</td>
			<td style="width:167px;">10,000 U/mL, DNA digestion.&#160; Comes with Cutsmart Buffer (digestion buffer)</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:216px;">Hinf1, restriction enzyme</td>
			<td style="width:116px;">New England Biolabs, Inc</td>
			<td style="width:119px;">R0155S</td>
			<td style="width:167px;">10,000 U/mL, DNA digestion.&#160; Comes with Cutsmart Buffer (digestion buffer)</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Seakem GTG Agarose</td>
			<td style="width:116px;">Lonza</td>
			<td style="width:119px;">50071</td>
			<td style="width:167px;">electrophoresis grade agarose</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Optikinase&#160;</td>
			<td style="width:116px;">affymetrix</td>
			<td style="width:119px;">78334X 500 UN</td>
			<td style="width:167px;">T4 Polynucleotide Kinase</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">SYBR Green Nucleic Acid Stain I</td>
			<td style="width:116px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">S7567</td>
			<td style="width:167px;">Syber Green</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">exactGene DNA Ladder 24- kB</td>
			<td style="width:116px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">BP2580100</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">C-Strand Probe (3&#39;-(G3AT2)4-&#39;5)</td>
			<td style="width:116px;">Integrated DNA Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">Custom ordered DNA oligonucleotide</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Gamma-ATP-P32</td>
			<td style="width:116px;">Perkin Elmer</td>
			<td style="width:119px;">BLU502Z</td>
			<td style="width:167px;">Radioisotope</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Qiagen Blood and Cell Culture DNA Mini Kit</td>
			<td style="width:116px;">Qiagen</td>
			<td align="right" style="width:119px;">13323</td>
			<td style="width:167px;">DNA extraction kit</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">GE Illustra Microspin G-25 column</td>
			<td style="width:116px;">GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td style="width:119px;">27-5325-01</td>
			<td style="width:167px;">For purification of readioactive oligo probe</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Ficoll 400</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">non-ionic synthetic polymer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Equipment/Software</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Owl A5 Gel electrophoresis system (20 cm x 25 cm)</td>
			<td style="width:116px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">A5</td>
			<td style="width:167px;">Gel electrophoresis</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Horizon 11.4 Gel electrophoresis system (11 cm x 14 cm)</td>
			<td style="width:116px;">Corel Life Sciences</td>
			<td align="right" style="width:119px;">11068020</td>
			<td style="width:167px;">Gel electrophoresis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Nylon mesh, 50, 12&#34; x 12&#34;</td>
			<td style="width:116px;">Ted Pellam, Inc</td>
			<td style="width:119px;">41-12105</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">GE Storage Phosphor Screens</td>
			<td style="width:116px;">GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td style="width:119px;">28-9564-75</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Phosphor Screen Exposure Cassette</td>
			<td style="width:116px;">GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td style="width:119px;">63-0035-44</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Isotemp Hybridzation Incubator</td>
			<td style="width:116px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">13-247-20Q</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Cylindrical hybridization tubes</td>
			<td style="width:116px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">13-247-300</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">The Belly Dancer orbital shaker</td>
			<td style="width:116px;">Sigma-aldrich</td>
			<td style="width:119px;">Z768499-1EA</td>
			<td style="width:167px;">Orbital shaker</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Typhoon 9400</td>
			<td style="width:116px;">ABI</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">For imaging of gels and phosphor screens</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">GraphPad Prism 6</td>
			<td style="width:116px;">GraphPad</td>
			<td style="width:119px;">Version 6.05</td>
			<td style="width:167px;">Graphing Program</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Microsoft Excel</td>
			<td style="width:116px;">Microsoft</td>
			<td style="width:119px;">Office 365</td>
			<td style="width:167px;">Spreadsheet program</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Nanodrop</td>
			<td style="width:116px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">Nanodrp 2000</td>
			<td style="width:167px;">Spectrophotometer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

modified terminal restriction fragment analysis for quantifying telomere length using in-gel hybridization

टेलोमोरे की लंबाई को मापने के लिए कई अलग-अलग तकनीकों हैं, प्रत्येक के अपने फायदे और नुकसान के साथ पारंपरिक दृष्टिकोण, टेलोमेरे प्रतिबंध फ्रेगमेंट (टीआरएफ) विश्लेषण, एक डीएनए संकरण तकनीक का उपयोग करता है जिससे जीनोमिक डीएनए नमूने पाचन एंजाइमों के साथ पच रहे हैं, टेलमोरे डीएनए पुनरावृत्तियों और कुछ उप-टेलोरोमिक डीएनए को छोड़कर। इन्हें agarose जेल वैद्युतकणसंचलन द्वारा अलग किया जाता है, एक फिल्टर झिल्ली को स्थानांतरित किया जाता है और ऑल्गोन्यूक्लियोटाइड जांच के लिए हाइब्रिज्ड किया जाता है, या तो कैममिलाइनेसिसेंस या रेडियोधर्मिता के साथ टेल्मोरे प्रतिबंध प्रतिबंधों को कल्पना करता है। पीसीआर जैसे अन्य तकनीकों की तुलना में डीएनए की बड़ी मात्रा की आवश्यकता होती है, तो यह दृष्टिकोण कोशिकाओं की आबादी के टेलोमोरे लंबाई वितरण को माप सकता है और पूर्ण किलोबाज़ में अभिव्यक्त माप को अनुमति देता है। यह पांडुलिपि टेलीमोरे लंबाई का निर्धारण करने के लिए संशोधित डीएनए संकरण प्रक्रिया को दर्शाता है। जीनोमिक डीएनए पहले प्रतिबंध एंजाइमों के साथ पच जाता है (जो कटौती नहीं करते हैंTelomeres) और agarose जेल वैद्युतकणसंचलन द्वारा अलग। जेल तब सूख जाता है और डीएनए विकृत और रेडियोलैबैड ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड जांच के लिए स्वस्थानी रूप में संकरित होता है । यह स्वस्थानी संकरण में टेलोमरे डीएनए के नुकसान से बचा जाता है और संकेत तीव्रता में सुधार करता है। हाइब्रिडिजेशन के बाद, जैल को फॉस्फोर स्क्रीन के उपयोग से चित्रित किया जाता है और टेलोमरे लम्बाई ग्राफ़िंग प्रोग्राम का उपयोग करके मात्रा निर्धारित की जाती है। यह प्रक्रिया डीआरएस के प्रयोगशालाओं द्वारा विकसित की गई थी। वुडिंग राइट और जैरी शय टेक्सास विश्वविद्यालय के दक्षिणपश्चिमी 1 , 2 यहां, हम कुछ संशोधनों के साथ, इस प्रक्रिया का विस्तृत वर्णन प्रस्तुत करते हैं।

डीओएन (1, 2 और 3 माइक्रोग्राम) की तीन कोशिकाओं को सेल लाइन बीजे-एचटीआरटी (टेलोमोरेज़ अमर मानव फीरोजफिब्लास्ट्स) से अलग किया गया था और मानव परिधीय रक्त मोनोन्यूक्लियर कोशिकाओं (पीबीएमसी) को टे?...

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Modified Terminal Restriction Fragment Analysis for Quantifying Telomere Length Using In-gel Hybridization

इस अनुच्छेद में, एक संशोधित टर्मिनल प्रतिबंध टुकड़ा विश्लेषण का उपयोग करके टेलोमोरे लंबाई की मात्रा निर्धारित करने के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल पर चर्चा की गई है जो टेलीमोरे लंबाई के तेज और कुशल प्रत्यक्ष माप प्रदान करता है। यह तकनीक टेलोमोरे लंबाई की मात्रा निर्धारित करने के लिए डीएनए के विभिन्न सेल स्रोतों पर लागू की जा सकती है।

इन-जेल हाइब्रिडिजेशन का इस्तेमाल करते हुए टेलीमोएरे की मात्रा को बढ़ा देने के लिए संशोधित टर्मिनल प्रतिबंध टुकड़ा विश्लेषण

There are several different techniques for measuring telomere length, each with their own advantages and disadvantages. The traditional approach, Telomere ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Laparoscopic Pancreatoduodenectomy With Modified Blumgart Pancreaticojejunostomy

संशोधित Blumgart Pancreaticojejunostomy के साथ लेप्रोस्कोपिक पॅन्क्रिएटोड्यूओडेनेक्टॉमी

Minimally invasive pancreatic resections are technically demanding but rapidly increasing in popularity. In contrast to laparoscopic distal ...

Simple and Rapid Method to Obtain High-quality Tumor DNA from Clinical-pathological Specimens Using Touch Imprint Cytology

स्पर्श छाप Cytology का उपयोग नैदानिक रोग नमूनों से उच्च गुणवत्ता वाले ट्यूमर डीएनए प्राप्त करने के लिए सरल और तेजी से विधि

It is critical to determine the mutational status in cancer before administration and treatment of specific molecular targeted drugs for cancer patients. ...

Droplet Digital TRAP (ddTRAP): Adaptation of the Telomere Repeat Amplification Protocol to Droplet Digital Polymerase Chain Reaction

Droplet Digital TRAP ddTRAP: Adaptation of the Telomere Repeat Amplification Protocol to Droplet Digital Polymerase Chain Reaction

छोटी बूंद डिजिटल ट्रैप (ddTRAP): छोटी बूंद डिजिटल Polymerase चेन रिएक्शन करने के लिए Telomere दोहराने प्रवर्धन प्रोटोकॉल के अनुकूलन

The telomere repeat amplification protocol (TRAP) is the most widely used assay to detect telomerase activity within a given a sample. The polymerase ...

Testing Targeted Therapies in Cancer using Structural DNA Alteration Analysis and Patient-Derived Xenografts

संरचनात्मक डीएनए परिवर्तन विश्लेषण और रोगी-व्युत्पन्न Xenografts का उपयोग कर कैंसर में लक्षित चिकित्सा का परीक्षण

We present here an integrative approach for testing efficacy of targeted therapies that combines the next generation sequencing technolo-gies, therapeutic ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

कोलोरेक्टल कैंसर कोशिकाओं की त्रि-आयामी स्फेरॉइड संस्कृतियों में प्रोबायोटिक्स के सेल-फ्री सुपरनेंट का उपयोग करके सेल डेथ का मूल्यांकन करना

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...

Mapping the Structure-Function Relationships of Disordered Oncogenic Transcription Factors Using Transcriptomic Analysis

ट्रांसक्रिप्टोमिक विश्लेषण का उपयोग करके अव्यवस्थित ओंकोजेनिक ट्रांसक्रिप्शन कारकों के संरचना-फ़ंक्शन संबंधों का मानचित्रण

Many cancers are characterized by chromosomal translocations which result in the expression of oncogenic fusion transcription factors. Typically, these ...

Chemical Conjugation of a Purified DEC-205-Directed Antibody with Full-Length Protein for Targeting Mouse Dendritic Cells In Vitro and In Vivo

Chemical Conjugation of a Purified DEC-205-Directed Antibody with Full-Length Protein for Targeting Mouse Dendritic Cells In Vitro and In Vivo

एक शुद्ध DEC-205-विट्रो में माउस Dendritic कोशिकाओं को लक्षित करने के लिए पूर्ण लंबाई प्रोटीन के साथ एंटीबॉडी निर्देशित और वीवो में रासायनिक Conjugation

Targeted antigen delivery to cross-presenting dendritic cells (DC) in vivo efficiently induces T effector cell responses and displays a valuable approach ...

Natural Killer (NK) and CAR-NK Cell Expansion Method using Membrane Bound-IL-21-Modified B Cell Line

Natural Killer NK and CAR-NK Cell Expansion Method using Membrane Bound-IL-21-Modified B Cell Line

मेम्ब्रेन बाउंड-आईएल-21-मॉडिफाइड बी सेल लाइन का उपयोग करके प्राकृतिक हत्यारा (एनके) और सीएआर-एनके सेल विस्तार विधि

Chimeric antigen receptor (CAR)-modified immune cell therapy has become an emerging treatment for cancers and infectious diseases. NK-based immunotherapy, ...

CAM-Delam Assay to Score Metastatic Properties by Quantifying Delamination and Invasion Capacity of Cancer Cells

कैम-Delam परख कैंसर कोशिकाओं के Delamination और आक्रमण क्षमता परिमाणित द्वारा मेटास्टेटिक गुण स्कोर करने के लिए

The major cause of cancer-related deaths is metastasis formation (i.e., when cancer cells spread from the primary tumor to distant organs and form ...

Multiparametric Tumor Organoid Drug Screening Using Widefield Live-Cell Imaging for Bulk and Single-Organoid Analysis

थोक और एकल-ऑर्गेनॉइड विश्लेषण के लिए वाइडफील्ड लाइव-सेल इमेजिंग का उपयोग करके मल्टीपैरामीट्रिक ट्यूमर ऑर्गेनॉइड ड्रग स्क्रीनिंग

Patient-derived tumor organoids (PDTOs) hold great promise for preclinical and translational research and predicting the patient therapy response from ex ...