Name: a modified yeast-one hybrid system for heteromeric protein complex-dna interaction studies
Uploaded: 2017-07-24T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies at JoVE.com

We bedanken SS Wang, M. Amar en A. Galla voor het kritisch lezen van het manuscript. Onderzoek dat in deze publicatie is gerapporteerd, werd ondersteund door het Nationaal Instituut voor Algemene Medische Wetenschappen van de National Institutes of Health onder onderscheidingsnummers RO1GM067837 en RO1GM056006 (naar SAK). De inhoud is uitsluitend de verantwoordelijkheid van de auteurs en vertegenwoordigt niet noodzakelijkerwijs de officiële standpunten van de National Institutes of Health.

<html> 1. Construeren en Reporter Plasmide Bereiding <ol><li> PCR amplificeert de promotorregio&#39;s / &quot;fragmenten&quot; (bij voorkeur ~ 250-500 bp) van het doel DNA dat geanalyseerd moet worden voor verdere kloning in de invoervector onder toepassing van E. coli (TOP10). </li><li> Bij sequentiebepaling, subcloneer de positieve kloon in een compatibele pGLacZi expressievector 7 zoals eerder beschreven 8 , 9 , <s...

<ol>
	<li>Saghbini, M., Hoekstra, D., Gautsch, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Media+formulations+for+various+two-hybrid+systems.">Media formulations for various two-hybrid systems.</a> Methods Mol Biol. 177, 15-39 (2001).</li><li>Reece-Hoyes, J. S., Marian Walhout, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yeast+one-hybrid+assays:+A+historical+and+technical+perspective.">Yeast one-hybrid assays: A historical and technical perspective.</a> Methods. 57 (4), 441-447 (2012).</li><li>Rigaut, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+generic+protein+purification+method+for+protein+complex+characterization+and+proteome+exploration.">A generic protein purification method for protein complex characterization and proteome exploration.</a> Nat Biotechnol. 17 (10), 1030-1032 (1999).</li><li>Puig, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Tandem+Affinity+Purification+(TAP)+Method:+A+General+Procedure+of+Protein+Complex+Purification.">The Tandem Affinity Purification (TAP) Method: A General Procedure of Protein Complex Purification.</a> Methods. 24 (3), 218-229 (2001).</li><li>Gavin, A. -. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+organization+of+the+yeast+proteome+by+systematic+analysis+of+protein+complexes.">Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes.</a> Nature. 415 (6868), 141-147 (2002).</li><li>Tripathi, P., Carvallo, M., Hamilton, E. E., Preuss, S., Kay, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+B-BOX32+interacts+with+CONSTANS-LIKE3+to+regulate+flowering.">Arabidopsis B-BOX32 interacts with CONSTANS-LIKE3 to regulate flowering.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 114 (1), 172-177 (2017).</li><li>Helfer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LUX+ARRHYTHMO+encodes+a+nighttime+repressor+of+circadian+gene+expression+in+the+Arabidopsis+core+clock.">LUX ARRHYTHMO encodes a nighttime repressor of circadian gene expression in the Arabidopsis core clock.</a> Curr Biol : CB. 21 (2), 126-133 (2011).</li><li>Pruneda-Paz, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-scale+resource+for+the+functional+characterization+of+Arabidopsis+transcription+factors.">A genome-scale resource for the functional characterization of Arabidopsis transcription factors.</a> Cell Rep. 8 (2), 622-632 (2014).</li><li>Wanke, D., Harter, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Plant+Regulatory+DNA+sequences+by+the+Yeast-One-Hybrid+Assay.">Analysis of Plant Regulatory DNA sequences by the Yeast-One-Hybrid Assay.</a> Methods Mol Biol. 479, 291-309 (2009).</li><li>Klein, P., Dietz, K. -. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+DNA-Binding+Proteins+and+Protein-Protein+Interactions+by+Yeast+One-Hybrid+and+Yeast+Two-Hybrid+Screen.">Identification of DNA-Binding Proteins and Protein-Protein Interactions by Yeast One-Hybrid and Yeast Two-Hybrid Screen.</a> Methods Mol Biol. 639, 171-192 (2010).</li><li>Breton, G., Kay, S. A., Pruneda-Paz, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+Arabidopsis+Transcriptional+Regulators+by+Yeast+One-Hybrid+Screens+Using+a+Transcription+Factor+ORFeome.">Identification of Arabidopsis Transcriptional Regulators by Yeast One-Hybrid Screens Using a Transcription Factor ORFeome.</a> Methods Mol Biol. 1398, 107-118 (2016).</li><li>Deplancke, B., Vermeirssen, V., Arda, H. E., Martinez, N. J., Walhout, A. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gateway-Compatible+Yeast+One-Hybrid+Screens.">Gateway-Compatible Yeast One-Hybrid Screens.</a> CSH Protoc. 2006 (5), (2006).</li><li>Deplancke, B., Dupuy, D., Vidal, M., Walhout, A. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gateway-compatible+yeast+one-hybrid+system.">A gateway-compatible yeast one-hybrid system.</a> Genome Res. 14 (10B), 2093-2101 (2004).</li></ol>

De bestaande Y1H standaardprocedure is geschikt voor het identificeren van een enkelvoudige eiwitbietbinding aan het DNA-aas. Met diverse technische wijzigingen is het bestaande systeem aangewend voor het definiëren van transcriptie regulerende netwerken. TF&#39;s zijn echter bekend als een onderdeel van complexen die twee of meer TF&#39;s of eiwitten omvatten, waarbij slechts enkele van de TF in staat zijn om aan het DNA te binden. Proteïnen of TF&#39;s die alleen de eiwitbindende domeinen bezitten en het vermogen he...

<html> In het algemeen, om eiwit-DNA-interacties te begrijpen, is de Y1H-analyse het voorkeurssysteem dat succesvol is gebruikt in een laboratoriuminstelling 1 . De basis Y1H analyse omvat twee componenten: a) een reporterconstruct met DNA van belang die succesvol is gekloneerd stroomopwaarts van een gen dat codeert voor een reporter eiwit; En b) een expressieconstruct dat een fusie-eiwit tussen de TF van belang en een gist transcriptie activatie domein (AD) zal genereren. Het DNA van belang wordt vaak aangeduid als &#39;aas&#39;, terwijl het fusie-eiwit bekend staat als &#39;prooi&#39;. In de afgelopen jaren zijn meerdere versies van de Y1H-test ontwikkeld om aan specifieke behoeften te voldoen met hun eigen voordelen 2 . De bestaande Y1H-analyse kan succesvol worden geïmplementeerd om de interactie van één eiwit tegelijkertijd te identificeren en te valideren met zijn DNA-aas, maar ontbreekt aan de mogelijkheid om heterodimere of multimere eiwit-DNA-interacties te identificeren. &quot;&gt; De hier beschreven methode is een gewijzigde versie van de bestaande Y1H waardoor onderzoekers gelijktijdig meerdere eiwitten kunnen binden die binden aan hun doel DNA-sequentie (en). Het doel van deze analyse is om het eiwit van belang uit te drukken met een activatie domein (pDEST22: TF) en de activatie van de kandidaat-DNA-regio&#39;s die gefuseerd zijn aan een verslaggever in de aanwezigheid en / of afwezigheid van de interactieve eiwitpartner (pDEST32ΔDBD-TF) in het gistsysteem beoordelen. Deze analyse zal ons toelaten om te bepalen of de interactie tussen deze twee Eiwitten zijn nodig voor het activeren van het doel. Dit is een GATEWAY-kloningsysteem en is daarom uitvoerbaar in een reguliere laboratoriumomgeving. Dit protocol is gebaseerd op directe transformatie, die het gemak van de co-transformatie van verschillende TF&#39;s in een gistsysteem mogelijk maakt . Zo is het een voordelige strategie om de eiwitcomplexen te binden die binden aan hun mogelijke DNA-doelen voor in vitro moleculaire en functionele validatie fOf elk systeem. Huidige technieken zoals Tandem affiniteitszuivering (TAP) methoden zijn kostbaar en arbeidsintensief, maar laten opsporen van proteïen heterrocomplexen op grote schaal 3 , 4 , 5 . Deze gemodificeerde gist-hybride kan met succes op een kleine schaal worden uitgevoerd ( Figuur 1 ) en is ook kosteneffectief. De Y1.5H-analyse kan onderzoekers over de gehele gemeenschap vergemakkelijken om hun hypothese te testen en te valideren om de rol van multimere eiwitcomplex te binden aan een gemeenschappelijk DNA-doelwit met behulp van een heterologe systeem. Op grond van de bevindingen kan de hypothese in vivo in het voorkeursonderzoek worden gevalideerd. Onlangs hebben we deze benadering gebruikt om de rol van een TF en zijn wijze van actie te bepalen om bloei in Arabidopsis 6 te regelen.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="846">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pDEST22 vector</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000101</td>
			<td style="width:332px;">Pro-Quest Two hybrid system kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pDEST32delatDBD</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000102</td>
			<td>Pro-Quest Two hybrid system kit; this vecor is modified. It is pDEST32 minus DNA binding Domain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">K240020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">YM4271 Strain</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">K1603-1</td>
			<td>MATCHMAKER One-Hybrid System</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pEXP-AD502</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000101</td>
			<td>Pro-Quest Two hybrid system kit</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:225px;">GATEWAY LR Clonase II enzyme mix</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">11791020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">YPDA media</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630410</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">SD-Agar</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">SD minimal media</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630411</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Uracil DO Supplement</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Tryptophan Do Supplement</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630413</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Tris Base</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">BP152-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">EDTA</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">S311-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">LiAc</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">L4158</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Saplmon Sperm (10mg/ml)</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">15632011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">96 well round bottom Plate</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td align="right">650101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">PEG3350</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">1546547</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">96-deep well block</td>
			<td style="width:132px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:157px;">1896-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Sealable Foil</td>
			<td style="width:132px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:157px;">2923-0110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Araseal</td>
			<td style="width:132px;">Excel Scientific</td>
			<td style="width:157px;">B-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">2-mercaptoethanol</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">034461-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">ONPG</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">73660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Na2CO3</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">223484</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Na2HPO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">S3264</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">NaH2PO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">S3139</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">KCL</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">BP366-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">MgSO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">83266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">HCL</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">SA54-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Drybath</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fischer</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Voretx</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fischer</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Centrifgue</td>
			<td style="width:132px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:157px;">Centrifuge 5810R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Plate Reader</td>
			<td style="width:132px;">Molecular Device</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td>SPECTRAMAX PLUS Microplate Spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:225px;">Incubator</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:157px;">Model No. 5250- 37 Degree, 6250-30 degrees</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Shaker Incubator</td>
			<td style="width:132px;">New Brunswick</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Water Bath</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:157px;">IsoTemp 205</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Puncher</td>
			<td style="width:132px;"></td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">50 ml Falocn</td>
			<td style="width:132px;">BD Falcon</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Beaker</td>
			<td style="width:132px;">Nalgene</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Flask</td>
			<td style="width:132px;">Nalgene</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Petriplates (150mm)</td>
			<td style="width:132px;">Greiner bio-one</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a modified yeast-one hybrid system for heteromeric protein complex-dna interaction studies

In de loop der jaren is de gist-hybride test een belangrijke techniek voor de identificatie en validatie van fysieke interacties tussen eiwitten zoals transcriptiefactoren (TF&#39;s) en hun DNA-doelwit. De hier geplaatste methode maakt gebruik van het onderliggende concept van de Y1H, maar wordt verder gemodificeerd om eiwitcomplexen te binden en te valideren die binden aan hun doel DNA. Derhalve wordt het aangeduid als de gemodificeerde gist-een-hybride (Y1.5H) -assay. Deze analyse is kosteneffectief en kan gemakkelijk uitgevoerd worden in een reguliere laboratoriuminstelling. Alhoewel het gebruik van een heterologe systeem, zou de beschreven methode een waardevol instrument kunnen zijn om het heteromeer eiwitcomplex te binden aan hun DNA-doelwit (en) voor functionele genomica in elk systeem van studie, met name plantgenetica, te testen en te valideren.

De algemene plaatopzetprocedure voor de co-transformatie van DNA-gebieden in de gistcellen met eiwit van belang ( Figuur 2 ). De plaatopstelling kan worden gewijzigd volgens de behoefte van het experiment en het aantal geteste DNA-gebieden / fragmenten. Na dag 5 van het protocol moet een goed gegroeide en positieve plaat zichtbaar zijn zoals in figuur 3 . In onze studie werd het promotorgebied van 2600 bp stroomopwaarts vanaf he...

Watch this Scientific Journal Video about A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies at JoVE.com

A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies

Een gemodificeerd Yeast-One Hybrid System voor Heteromere Proteïne Complex-DNA Interactie Studies

De gemodificeerde gist-een-hybride analyse die hier wordt beschreven is een uitbreiding van de klassieke gist-hybride (Y1H) -assay om de heteromeer eiwitcomplex-DNA-interactie te onderzoeken en valideren in een heterologe systeem voor elke functionele genomica-studie.

Over the years, the yeast one-hybrid assay has proven to be an important technique for the identification and validation of physical interactions between ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Method for Identifying Small Molecule Inhibitors of the Protein-protein Interaction Between HCN1 and TRIP8b

Methode voor het identificeren van kleinmoleculige remmers van het eiwit-eiwit interactie tussen HCN1 en TRIP8b

Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels are expressed ubiquitously throughout the brain, where they function to regulate the ...

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Gebruik Steiger Liposomen lipide-proximale eiwit-eiwit interacties reconstitueren<em&gt; In Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Visualization of Protein-protein Interaction in Nuclear and Cytoplasmic Fractions by Co-immunoprecipitation and In Situ Proximity Ligation Assay

Visualization of Protein-protein Interaction in Nuclear and Cytoplasmic Fractions by Co-immunoprecipitation and In Situ Proximity Ligation Assay

Visualisatie van eiwit-eiwit interacties in nucleaire en cytoplasmatische fracties door Co-immunoprecipitatie en<em&gt; In Situ</em&gt; Proximity Ligatie Assay

Protein-protein interactions are involved in thousands of cellular processes and occur in distinct spatial context. Traditionally, co-immunoprecipitation ...

Recombinant Protein Expression, Crystallization, and Biophysical Studies of a Bacillus-conserved Nucleotide Pyrophosphorylase, BcMazG

Recombinant Protein Expression, Crystallization, and Biophysical Studies of a Bacillus-conserved Nucleotide Pyrophosphorylase, BcMazG

Recombinant Proteïne Expressie, Kristallisatie en Biofysische Studies van a<em&gt; Bacillus</em&gt; -conserveerd nucleotide pyrophosphorylase, BcMazG

To overcome safety restrictions and regulations when studying genes and proteins from true pathogens, their homologues can be studied. Bacillus anthracis ...

A Yeast 2-Hybrid Screen in Batch to Compare Protein Interactions

Een gist 2-Hybrid scherm in Batch om te vergelijken eiwitinteractie

Screening for protein-protein interactions using the yeast 2-hybrid assay has long been an effective tool, but its use has largely been limited to the ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

Een fluorescentie schommelingen spectroscopie Assay voor eiwit-eiwitinteractie op cel contacten

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Hoge gevoeligheid meten van transcriptie Factor-DNA-bindende affiniteiten concurrerende getitreerd wordt met behulp van fluorescentie microscopie

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Application of Biolayer Interferometry (BLI) for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Application of Biolayer Interferometry BLI for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Toepassing van Biolayer interferometrie (BLI) voor het bestuderen van eiwit-eiwit interacties in transcriptie

A transcription factor&#160;(TF) is a protein that regulates gene expression by interacting with the RNA polymerase, another TF, and/or template DNA. GrgA ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

Kwantificering van eiwit interactie netwerk dynamiek met Multiplexed co-immunoprecipitatie

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...

Creating Highly Specific Chemically Induced Protein Dimerization Systems by Stepwise Phage Selection of a Combinatorial Single-Domain Antibody Library

Het creëren van zeer specifieke chemisch geïnduceerde eiwit Dimerization systemen door stepwise Phage selectie van een Combinatoriale één-domein antilichamen bibliotheek