Name: a modified yeast-one hybrid system for heteromeric protein complex-dna interaction studies
Uploaded: 2017-07-24T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies at JoVE.com

Vi takker SS Wang, M. Amar og A. Galla for kritisk lesing av manuskriptet. Forskning rapportert i denne publikasjonen ble støttet av National Institute of General Medical Sciences av National Institutes of Health under prisnummer RO1GM067837 og RO1GM056006 (til SAK). Innholdet er bare forfatterens ansvar og representerer ikke nødvendigvis den offisielle oppfatningen av National Institutes of Health.

<html> 1. Konstruere og reportere plasmidpreparasjon <ol><li> PCR amplifiserer promotorregionene / &quot;fragmentene&quot; (fortrinnsvis ~ 250-500 bp) av mål-DNA som skal analyseres for ytterligere kloning i inngangsvektoren ved bruk av E. coli (TOP10). </li><li> Ved sekvenseringsbekreftelse, subklone den positive klonen i en kompatibel pGLacZi ekspresjonsvektor 7 som tidligere beskrevet 8 , 9 , 10<...

<ol>
	<li>Saghbini, M., Hoekstra, D., Gautsch, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Media+formulations+for+various+two-hybrid+systems.">Media formulations for various two-hybrid systems.</a> Methods Mol Biol. 177, 15-39 (2001).</li><li>Reece-Hoyes, J. S., Marian Walhout, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Yeast+one-hybrid+assays:+A+historical+and+technical+perspective.">Yeast one-hybrid assays: A historical and technical perspective.</a> Methods. 57 (4), 441-447 (2012).</li><li>Rigaut, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+generic+protein+purification+method+for+protein+complex+characterization+and+proteome+exploration.">A generic protein purification method for protein complex characterization and proteome exploration.</a> Nat Biotechnol. 17 (10), 1030-1032 (1999).</li><li>Puig, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Tandem+Affinity+Purification+(TAP)+Method:+A+General+Procedure+of+Protein+Complex+Purification.">The Tandem Affinity Purification (TAP) Method: A General Procedure of Protein Complex Purification.</a> Methods. 24 (3), 218-229 (2001).</li><li>Gavin, A. -. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+organization+of+the+yeast+proteome+by+systematic+analysis+of+protein+complexes.">Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes.</a> Nature. 415 (6868), 141-147 (2002).</li><li>Tripathi, P., Carvallo, M., Hamilton, E. E., Preuss, S., Kay, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+B-BOX32+interacts+with+CONSTANS-LIKE3+to+regulate+flowering.">Arabidopsis B-BOX32 interacts with CONSTANS-LIKE3 to regulate flowering.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 114 (1), 172-177 (2017).</li><li>Helfer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LUX+ARRHYTHMO+encodes+a+nighttime+repressor+of+circadian+gene+expression+in+the+Arabidopsis+core+clock.">LUX ARRHYTHMO encodes a nighttime repressor of circadian gene expression in the Arabidopsis core clock.</a> Curr Biol : CB. 21 (2), 126-133 (2011).</li><li>Pruneda-Paz, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-scale+resource+for+the+functional+characterization+of+Arabidopsis+transcription+factors.">A genome-scale resource for the functional characterization of Arabidopsis transcription factors.</a> Cell Rep. 8 (2), 622-632 (2014).</li><li>Wanke, D., Harter, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Plant+Regulatory+DNA+sequences+by+the+Yeast-One-Hybrid+Assay.">Analysis of Plant Regulatory DNA sequences by the Yeast-One-Hybrid Assay.</a> Methods Mol Biol. 479, 291-309 (2009).</li><li>Klein, P., Dietz, K. -. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+DNA-Binding+Proteins+and+Protein-Protein+Interactions+by+Yeast+One-Hybrid+and+Yeast+Two-Hybrid+Screen.">Identification of DNA-Binding Proteins and Protein-Protein Interactions by Yeast One-Hybrid and Yeast Two-Hybrid Screen.</a> Methods Mol Biol. 639, 171-192 (2010).</li><li>Breton, G., Kay, S. A., Pruneda-Paz, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+Arabidopsis+Transcriptional+Regulators+by+Yeast+One-Hybrid+Screens+Using+a+Transcription+Factor+ORFeome.">Identification of Arabidopsis Transcriptional Regulators by Yeast One-Hybrid Screens Using a Transcription Factor ORFeome.</a> Methods Mol Biol. 1398, 107-118 (2016).</li><li>Deplancke, B., Vermeirssen, V., Arda, H. E., Martinez, N. J., Walhout, A. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gateway-Compatible+Yeast+One-Hybrid+Screens.">Gateway-Compatible Yeast One-Hybrid Screens.</a> CSH Protoc. 2006 (5), (2006).</li><li>Deplancke, B., Dupuy, D., Vidal, M., Walhout, A. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+gateway-compatible+yeast+one-hybrid+system.">A gateway-compatible yeast one-hybrid system.</a> Genome Res. 14 (10B), 2093-2101 (2004).</li></ol>

Den eksisterende Y1H standardprosedyren er egnet for å identifisere en enkelt proteinbyttbinding til dens DNA-agn. Med ulike tekniske modifikasjoner har det eksisterende systemet blitt utnyttet for å definere transkripsjonelle regulatoriske nettverk. Imidlertid er TFs kjent for å fungere som en del av komplekser som involverer to eller flere TF&#39;er eller proteiner, med bare noen av TF som er i stand til å binde til DNA. Proteiner eller TF som bare har de proteinbindende domener og mangler evnen til å binde til D...

<html> Generelt, for å forstå protein-DNA-interaksjoner, er Y1H-analysen det foretrukne systemet vellykket anvendt i en laboratorieinnstilling 1 . Den grunnleggende Y1H-analysen omfatter to komponenter: a) en reporterkonstruksjon med DNA av interesse som er klonet suksessivt oppstrøms for et gen som koder for et reporterprotein; Og b) en uttrykkskonstruksjon som vil danne et fusjonsprotein mellom TF av interesse og et gjær-transkripsjonsaktiveringsdomene (AD). DNA av interesse er ofte referert til som &quot;agn&quot; mens fusjonsproteinet er kjent som &quot;byttedyr&quot;. I de siste årene har flere versjoner av Y1H-analysen blitt utviklet for å dekke spesifikke behov med sine egne fordeler 2 . Den eksisterende Y1H-analysen kan vellykkes implementeres for å identifisere og validere samhandling av ett protein av gangen med DNA-agn, men mangler evnen til å identifisere heterodimer eller multimer protein-DNA-interaksjoner. &quot;&gt; Metoden beskrevet her er en modifisert versjon av eksisterende Y1H som gjør det mulig for forskere samtidig å studere flere proteiner som er bindende til deres mål-DNA-sekvens (er). Målet med denne analysen er å uttrykke protein av interesse med et aktiveringsdomene (pDEST22: TF) og evaluere aktiveringen av kandidat-DNA-områdene fusjonert til en reporter i nærvær og / eller fravær av den samvirkende proteinpartner (pDEST32ΔDBD-TF) i gjærsystemet. Denne analysen vil tillate oss å bestemme om samspillet mellom disse to Proteiner er påkrevd for aktivering av målet. Dette er et GATEWAY kloningskompatibelt system og derfor mulig å bruke i en vanlig laboratorieinnstilling. Denne protokollen er basert på direkte transformasjon, noe som gir enkel samtransformasjon av forskjellige TF i et gjærsystem . Det er således en fordelaktig strategi for å validere proteinkompleksene som binder til deres mulige DNA-mål for in vitro molekylær og funksjonell validering fEller noe system. Nåværende teknikker som Tandem affinitetsrensning (TAP) metoder er kostbare og arbeidsintensive, men tillater deteksjon av proteintrokomplekser i stor skala 3 , 4 , 5 . Denne modifiserte gjær-en-hybrid kan vellykkes utføres i en vanlig laboratorieinnstilling i liten skala ( figur 1 ) og er også kostnadseffektiv. Y1.5H-analysen kan lette forskere på tvers av samfunnet for å teste og validere deres hypotese mot å definere rollen som multimer proteinkompleksbinding til et felles DNA-mål ved bruk av et heterologt system. Basert på funnene kunne hypotesen valideres in vivo i det foretrukne studiestudiet. Nylig har vi brukt denne tilnærmingen til å definere rollen som en TF og dens virkemåte for å regulere blomstring i Arabidopsis 6 .

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="846">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pDEST22 vector</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000101</td>
			<td style="width:332px;">Pro-Quest Two hybrid system kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pDEST32delatDBD</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000102</td>
			<td>Pro-Quest Two hybrid system kit; this vecor is modified. It is pDEST32 minus DNA binding Domain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">K240020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">YM4271 Strain</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">K1603-1</td>
			<td>MATCHMAKER One-Hybrid System</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pEXP-AD502</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000101</td>
			<td>Pro-Quest Two hybrid system kit</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:225px;">GATEWAY LR Clonase II enzyme mix</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">11791020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">YPDA media</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630410</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">SD-Agar</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">SD minimal media</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630411</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Uracil DO Supplement</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Tryptophan Do Supplement</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630413</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Tris Base</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">BP152-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">EDTA</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">S311-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">LiAc</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">L4158</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Saplmon Sperm (10mg/ml)</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">15632011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">96 well round bottom Plate</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td align="right">650101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">PEG3350</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">1546547</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">96-deep well block</td>
			<td style="width:132px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:157px;">1896-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Sealable Foil</td>
			<td style="width:132px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:157px;">2923-0110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Araseal</td>
			<td style="width:132px;">Excel Scientific</td>
			<td style="width:157px;">B-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">2-mercaptoethanol</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">034461-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">ONPG</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">73660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Na2CO3</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">223484</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Na2HPO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">S3264</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">NaH2PO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">S3139</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">KCL</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">BP366-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">MgSO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">83266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">HCL</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">SA54-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Drybath</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fischer</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Voretx</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fischer</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Centrifgue</td>
			<td style="width:132px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:157px;">Centrifuge 5810R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Plate Reader</td>
			<td style="width:132px;">Molecular Device</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td>SPECTRAMAX PLUS Microplate Spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:225px;">Incubator</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:157px;">Model No. 5250- 37 Degree, 6250-30 degrees</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Shaker Incubator</td>
			<td style="width:132px;">New Brunswick</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Water Bath</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:157px;">IsoTemp 205</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Puncher</td>
			<td style="width:132px;"></td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">50 ml Falocn</td>
			<td style="width:132px;">BD Falcon</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Beaker</td>
			<td style="width:132px;">Nalgene</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Flask</td>
			<td style="width:132px;">Nalgene</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Petriplates (150mm)</td>
			<td style="width:132px;">Greiner bio-one</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a modified yeast-one hybrid system for heteromeric protein complex-dna interaction studies

Gjennom årene har gjær-en-hybrid-analysen vist seg å være en viktig teknikk for identifisering og validering av fysiske interaksjoner mellom proteiner som transkripsjonsfaktorer (TFs) og deres DNA-mål. Metoden som presenteres her bruker det underliggende konseptet av Y1H, men modifiseres videre for å studere og validere proteinkomplekser som binder til deres mål-DNA. Derfor er det referert til som den modifiserte gjær-en-hybrid-analysen (Y1.5H). Denne analysen er kostnadseffektiv og kan enkelt utføres i en vanlig laboratorieinnstilling. Selv om man bruker et heterologt system, kan den beskrevne metoden være et verdifullt verktøy for å teste og validere den heteromeriske proteinkompleksbindingen til deres DNA-mål for funksjonell genomikk i et hvilket som helst system av studier, særlig plantegenomikk.

Den generelle plateoppsettprosedyre for co-transformasjon av DNA-regioner i gjærceller med protein av interesse ( figur 2 ). Plateoppsettet kan modifiseres i henhold til behovet for eksperimentet og antall DNA-regioner / fragmenter som er testet. Etter dag 5 i protokollen bør en vellokket og positiv plate være synlig som i figur 3 . I vår studie ble promotorområdet 2600 bp oppstrøms fra starten av transkripsjonsstartstedet...

Watch this Scientific Journal Video about A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies at JoVE.com

A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies

Et modifisert gjær-ett hybrid system for Heteromer Proteinkompleks-DNA-interaksjonsstudier

Den modifiserte gjær-en-hybrid-analysen beskrevet her er en forlengelse av den klassiske gjær-en-hybrid-analysen (Y1H) for å studere og validere den heteromere proteinkompleks-DNA-interaksjonen i et heterologt system for enhver funksjonell genomisk studie.

Over the years, the yeast one-hybrid assay has proven to be an important technique for the identification and validation of physical interactions between ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Method for Identifying Small Molecule Inhibitors of the Protein-protein Interaction Between HCN1 and TRIP8b

Metode for å identifisere lavmolekylære inhibitorer av protein-protein samhandling mellom HCN1 og TRIP8b

Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels are expressed ubiquitously throughout the brain, where they function to regulate the ...

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Bruke Stillas liposomer for å rekonstituere Lipid-proksimale Protein-protein interaksjoner<em&gt; In Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Visualization of Protein-protein Interaction in Nuclear and Cytoplasmic Fractions by Co-immunoprecipitation and In Situ Proximity Ligation Assay

Visualization of Protein-protein Interaction in Nuclear and Cytoplasmic Fractions by Co-immunoprecipitation and In Situ Proximity Ligation Assay

Visualisering av Protein-protein Interaksjon i Kjerne- og cytoplasmatiske Fraksjoner av Co-immunoprecipitation og<em&gt; In Situ</em&gt; Nærhet hemorroider Assay

Protein-protein interactions are involved in thousands of cellular processes and occur in distinct spatial context. Traditionally, co-immunoprecipitation ...

Recombinant Protein Expression, Crystallization, and Biophysical Studies of a Bacillus-conserved Nucleotide Pyrophosphorylase, BcMazG

Recombinant Protein Expression, Crystallization, and Biophysical Studies of a Bacillus-conserved Nucleotide Pyrophosphorylase, BcMazG

Rekombinant Proteinuttrykk, Krystallisering og Biofysiske Studier av a<em&gt; Bacillus</em&gt; -konserverte nukleotidpyrofosforylase, BcMazG

To overcome safety restrictions and regulations when studying genes and proteins from true pathogens, their homologues can be studied. Bacillus anthracis ...

A Yeast 2-Hybrid Screen in Batch to Compare Protein Interactions

En gjær 2-Hybrid skjerm i Batch sammenligne Protein interaksjoner

Screening for protein-protein interactions using the yeast 2-hybrid assay has long been an effective tool, but its use has largely been limited to the ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

En fluorescens svingninger spektroskopi analysen av Protein-Protein interaksjoner i celle-celle kontakter

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Høy følsomhet måling av transkripsjon faktor-DNA Binding slektskap av konkurransedyktige titrering bruker fluorescens mikroskopi

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Application of Biolayer Interferometry (BLI) for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Application of Biolayer Interferometry BLI for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Anvendelse av Biolayer laboratoriefasiliteter (BLI) for å studere protein-protein interaksjoner i transkripsjon

A transcription factor&#160;(TF) is a protein that regulates gene expression by interacting with the RNA polymerase, another TF, and/or template DNA. GrgA ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

Kvantifisering av protein samspill nettverk dynamikk ved hjelp av multiplekset co-Immunutfelling

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...