Name: generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis
Uploaded: 2017-12-12T12:30:00
Duration: 10 min 5 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis at JoVE.com

وأيد أ. ل. "منحة الدراسات العليا الكندية" من "المعاهد الكندية للبحوث الصحية". وأيد هذا العمل من المنح المقدمة من كولومبيا البريطانية الجينوم والكندي معاهد للبحوث الصحية (استوفوا-120589) كجزء من التخلق الكندي، والبيئة ومبادرة اتحاد البحوث الصحية وقبل "البرنامج معهد البحوث تيري فوكس" منح المشروع #TFF-122869 M.H. ومعهد أبحاث تيري فوكس محقق جائزة جديدة (منحة # 1039) إلى محمد

<ol>
	<li>Simpson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+Positioning:+Occurrence,+Mechanisms,+and+Functional+Consequences.">Nucleosome Positioning: Occurrence, Mechanisms, and Functional Consequences.</a> Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 40, 143-184 (1991).</li><li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Twenty-five+years+of+the+nucleosome,+fundmamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome.">Twenty-five years of the nucleosome, fundmamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li><li>Schones, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+nucleosome+positioning+in+the+human+genome.">Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome.</a> Cell. 132 (5), 887-898 (2008).</li><li>Segal, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genomic+code+for+nucleosome+positioning.">A genomic code for nucleosome positioning.</a> Nature. 442 (7104), 772-778 (2006).</li><li>Shiio, Y., Eisenman, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+sumoylation+is+associated+with+transcriptional+repression.">Histone sumoylation is associated with transcriptional repression.</a> PNAS. 100 (23), 13225-13230 (2003).</li><li>Li, L., Lorzadeh, A., Hirst, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+variation:+An+emerging+vantage+point+for+cancer+biology.">Regulatory variation: An emerging vantage point for cancer biology.</a> Wiley Interdiscip. Rev. Syst. Biol. Med. 6 (1), 37-59 (2014).</li><li>Jiang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+the+acetylation+mechanism+by+GCN5+histone+acetyltransferase.">Investigation of the acetylation mechanism by GCN5 histone acetyltransferase.</a> PLoS ONE. 7 (5), (2012).</li><li>Kouzarides, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+in+transcriptional+control.">Histone methylation in transcriptional control.</a> Curr. Opin. Genet. Dev. 12 (2), 198-209 (2002).</li><li>Brind'Amour, J., Liu, S., Hudson, M., Chen, C., Karimi, M. M., Lorincz, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+ultra-low-input+native+ChIP-seq+protocol+for+genome-wide+profiling+of+rare+cell+populations.">An ultra-low-input native ChIP-seq protocol for genome-wide profiling of rare cell populations.</a> Nat. Commun. 6, 6033 (2015).</li><li>Lorzadeh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+Density+ChIP-Seq+Identifies+Distinct+Chromatin+Modification+Signatures+Associated+with+MNase+Accessibility.">Nucleosome Density ChIP-Seq Identifies Distinct Chromatin Modification Signatures Associated with MNase Accessibility.</a> Cell Rep. 17 (8), 2112-2124 (2016).</li><li>Noll, M., Kornberg, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Action+of+micrococcal+nuclease+on+chromatin+and+the+location+of+histone+H1.">Action of micrococcal nuclease on chromatin and the location of histone H1.</a> J. Mol. Biol. 109 (3), 393-404 (1977).</li><li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+generating+high-resolution+maps+of+genome+wide+protein+binding.">A simple method for generating high-resolution maps of genome wide protein binding.</a> eLife. 4, 09225 (2015).</li><li>Brogaard, K., Xi, L., Wang, J. -. P., Widom, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+map+of+nucleosome+positions+in+yeast+at+base-pair+resolution.">A map of nucleosome positions in yeast at base-pair resolution.</a> Nature. , (2012).</li><li>Cui, K., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+approaches+to+determining+nucleosome+occupancy+in+metazoans+using+MNase-Seq.">Genome-wide approaches to determining nucleosome occupancy in metazoans using MNase-Seq.</a> Methods Mol. Biol. 833, 413-419 (2012).</li><li>Mieczkowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MNase+titration+reveals+differences+between+nucleosome+occupancy+and+chromatin+accessibility.">MNase titration reveals differences between nucleosome occupancy and chromatin accessibility.</a> Nat. Commun. 7, 11485 (2016).</li><li>Basu, S., Campbell, H. M., Dittel, B. N., Ray, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+of+Specific+Cell+Population+by+Fluorescence+Activated+Cell+Sorting+(FACS).">Purification of Specific Cell Population by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS).</a> JOVE. (41), (2010).</li><li>Rohland, N., Reich, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cost-effective,+high-throughput+DNA+sequencing+libraries+for+multiplexed+target+capture.">Cost-effective, high-throughput DNA sequencing libraries for multiplexed target capture.</a> Genome Res. 22 (5), 939-946 (2012).</li><li>Zheng, Y., Josefowicz, S. Z., Kas, A., Chu, T. T., Gavin, M. A., Rudensky, A. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+of+Foxp3+target+genes+in+developing+and+mature+regulatory+T+cells.">Genome-wide analysis of Foxp3 target genes in developing and mature regulatory T cells.</a> Nature. 445 (7130), 936-940 (2007).</li><li>Krishnakumar, R., Gamble, M. J., Frizzell, K. M., Berrocal, J. G., Kininis, M., Kraus, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reciprocal+Binding+of+PARP-1+and+Histone+H1+at+Promoters+Specifies+Transcriptional+Outcomes.">Reciprocal Binding of PARP-1 and Histone H1 at Promoters Specifies Transcriptional Outcomes.</a> Science. 319 (5864), 819-821 (2008).</li><li>Mendenhall, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Locus-specific+editing+of+histone+modifications+at+endogenous+enhancers.">Locus-specific editing of histone modifications at endogenous enhancers.</a> Nat. Biotechnol. 31 (12), 1133-1136 (2013).</li><li>Landt, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq+guidelines+and+practices+of+the+ENCODE+and+modENCODE+consortia.">ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.</a> Genome Res. 22 (9), 1813-1831 (2012).</li><li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+Combinations+of+Lineage-Determining+Transcription+Factors+Prime+cis-Regulatory+Elements+Required+for+Macrophage+and+B+Cell+Identities.">Simple Combinations of Lineage-Determining Transcription Factors Prime cis-Regulatory Elements Required for Macrophage and B Cell Identities.</a> Mol. Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li><li>Feng, J., Liu, T., Qin, B., Zhang, Y., Liu, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+ChIP-seq+enrichment+using+MACS.">Identifying ChIP-seq enrichment using MACS.</a> Nat. Protoc. 7 (9), 1728-1740 (2012).</li><li>Fraley, C., Raftery, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MCLUST:+Software+for+Model-Based+Cluster+Analysis.">MCLUST: Software for Model-Based Cluster Analysis.</a> J. Classif. 16 (2), 297-306 (1999).</li></ol>

الكتاب يعلن أن لديهم لا تضارب المصالح المالية.

نظراً لطبيعة اندماجي وتعديل الكروماتين ونوكليوسومي لتحديد المواقع في تنظيم النسخي، أسلوب يتيح لقياسات متزامنة من هذه الميزات من المرجح أن توفر رؤى جديدة في التنظيم جينية. البروتوكول seq ندتشيب المقدمة هنا بروتوكول seq رقاقة أصلي الأمثل لتمكين الاستجواب المتزامنة وتعديل هيستون وكثافة نوكليوسومي في الخلايا الأولية نادرة9،10. يستخدم seq ندتشيب الهضم الأنزيمي من الكروماتين، عندما يقترن إلى إقران نهاية تسلسل موازية على نطاق واسع ونموذج توزيع خليط ضبابي، يسمح للتعديلات هيستون التحقيق على المستوى نوكليوسومي واحد deconvolution ملامح ابيجينوميك بدافع عدم التجانس داخل مجموعة من سكان. باستخدام هذا البروتوكول، أبلغنا قبل توزيع أحجام يفتت عجلت المناعية، يحدد نهاية إقران قراءة الحدود، المرتبطة بالدول الكروماتين محددة يحددها تشرومهمم10،24بصورة فريدة من نوعها.
نوعية مكتبة seq ندتشيب يعتمد على عدة عوامل، مثل جسم خصوصية وحساسية ومناسي الهضم الظروف المثلى، ونوعية الكروماتين. الخصوصية للأجسام المضادة التي تستخدم أمر حاسم في إنتاج مكتبة seq ندتشيب ناجحة. جسم مثالي يظهر تقارب عالية ضد حانمه الاهتمام مع تفاعلية عبر قليلاً مع أخرى [ابيتوبس]. من المهم أيضا اختيار حبات مغناطيسية مع تقارب أعلى للأجسام المضادة لخيار.
مناسى الهضم رد فعل الحرجة والحساسة الوقت والتركيز في هذا البروتوكول. ولذلك، عند معالجة عينات متعددة، من المهم أن كل فعل هو المحتضنة لمبلغ معادل من الوقت (راجع الخطوة 2، 2). نوعية الكروماتين هو عامل آخر آثار إلى حد كبير نتيجة ما يليها ندتشيب Fragmented الكروماتين يؤدي إلى تشكيل جانبي دون المستوى أمثل لهضم منسى والنتائج في المكتبات مع إشارة منخفضة بنسبة الضوضاء. خلية صلاحية العينات الأولية مع منخفضة أو المتدهورة الكروماتين، مثل الفورمالين--الثابتة الأنسجة (FFPE) جزءا لا يتجزأ من البارافين لا ينصح لهذا البروتوكول.
إضافة الموافقة المسبقة عن علم أثناء استخراج الكروماتين يقلل غير مرغوب فيها (أي، عشوائي) الكروماتين التجزؤ ويحافظ على سلامة من ذيول هيستون. على هذا النحو، يحتاج إلى الموافقة المسبقة عن علم لإضافتها إلى المخزن المؤقت لتحلل والمخزن المؤقت إيمونوبريسيبيتيشن السابقة فقط لاستخدام. أثناء تحديد الخلايا عن طريق التدفق الخلوي، حدد خلايا قابلة للحياة وضمان يتم فرز الخلايا بمعدل تدفق منخفض لزيادة دقة تقدير عدد الخلايا وقدرتها على البقاء للخلايا. تجنب فرز الخلايا مباشرة إلى المخزن المؤقت لتحلل. المخزن المؤقت غمد سيخفف المخزن المؤقت تحلل ويمنع permeabilization فعالة من غشاء الخلية إلى منسى. اعتماداً على نوع من الخلايا أو الكائن الحي، قد يلزم المعايرة لمنسى للحصول على الهضم الأمثل.
يتطلب seq ندتشيب في خلايا الثدييات عمق تسلسل الحد أدنى من 50 مليون إقران-يقرأ (شظايا 25 مليون) لعلامات الضيق و 100 مليون إقران-القراءات (50 مليون الشظايا) علامات عريضة والمدخلات. خوارزمية توزيع خليط ضبابي لن تؤدي على النحو الأمثل في المكتبات التي قد تم تعيين تسلسل على عمق كبير تحت هذه التوصية. سيتم تصنيف seq ندتشيب لا المروجين مع القليل من الفصل بين قيمة التوزيع المرجح لأطوال جزء مونو ودي نوكليوسومي إلى مروجي مونو-أو دي-نوكليوسومي التي تهيمن عليها. ولذلك، يجب إزالة هذه المروجين في التحليل اللاحق. يمكن أن تتولد replicates البيولوجية لزيادة الثقة في التوزيعات المتوقعة وتحديد التغير التقني في بناء مكتبة والهضم منسى.
خلافا للتكرارات السابقة الأصلية seq رقاقة البروتوكولات، seq ندتشيب يوفر وسيلة للتحقيق في تأثير اندماجي لتعديل هيكل وهيستون الكروماتين باستخدام جزء حجم وظيفة إيمونوبريسيبيتيشن لدمج nucleosome الكثافة، تحدد إمكانية مناسى، مع هستون تعديل القياسات. سيتم تطبيق seq ندتشيب الابتدائية الخلايا والأنسجة ثاقبة رواية الطبيعة التكاملية للتنظيم جينية وتسمح بتحديد هوية جينية التوقيعات بسبب عدم التجانس بين السكان.

يتم حزم الجينوم حقيقية النواة في الكروماتين عن طريق تكرار الهياكل نوكليوسومي التي تتكون من نسختين من أربعة من البروتينات هستون (مثلاً، H2A H2B، H3 و H4) مقيداً ب 146 أزواج قاعدة الحمض النووي1،2. مجمعات الكروماتين يعيد السيطرة على الموقف نوكليوسومي داخل حدود المروج الجينات والمشاركة في تنظيم التعبير الجيني عن طريق تغيير إمكانية الحصول على الحمض النووي لعوامل النسخ و الآلات رنا بوليميراز3، 4.
الأمينية ذيول هيستونيس داخل نوكليوسومي المحطة الطرفية تتعرض لمختلف التعديلات التساهمية، بما في ذلك أسيتيليشن، مثلايشن، الفسفرة، أوبيكويتيليشن، سومويليشن، فورميليشن، وهيدروكسيليشن من الأحماض الأمينية المحددة5 , 6 , 7 , 8-المناصب ودرجات من هذه التعديلات تملي دولة الكروماتين التي تؤثر على الكروماتين هيكل ومراقبة الوصول إلى المجمعات الجزيئية التي تسمح لتفعيل النسخ7. نظراً لأن كلا نوكليوسومي الكثافة وهستون تعديل تلعب دوراً في السيطرة المحلية على النسخ الجيني، طورنا نهجاً رقاقة أصلية التي تمكن من قياس متزامنة من هستون تعديل9، وكثافة نوكليوسومي 10.
Seq رقاقة الأصلي يستفيد من نوكلاس المكوّرات اندونوكليسي (منسى) لهضم الكروماتين سليمة في حالته الأصلية داخل نواة11،12، هي خاصية التي قد تم الاستدانة من أجل تعيين الموضع13 nucleosome , 14 , 15-نوكليوسومي الكثافة رقاقة-seq (ندتشيب-seq) يستفيد من خاصية الوصول التفضيلي مناسى لفتح مناطق الكروماتين لتوليد القياسات التي تجمع بين سهولة الوصول مناسى هستون تعديل10. seq ندتشيب مناسبة لتحديد سمات التعديلات هستون في نادرة الابتدائية الخلايا والأنسجة والخلايا المزروعة. نقدم هنا، بروتوكول تفصيلية التي تمكن من توليد تسلسل مجموعات البيانات مناسبة ل عمل إطار تحليلي هو موضح سابقا10 يدمج جزء حجم وظيفة إيمونوبريسيبيتيشن، يحدد نهاية إقران قراءة الحدود، إلى التحقيق الوصول مناسى مع هستون تعديل القياسات في نفس الوقت. سابقا، اشتقاق تطبيق هذا البروتوكول على دم الحبل السري البشري الأساسي 10,000 CD34+ الخلايا والخلايا الجذعية الجنينية البشرية وكشف العلاقات فريدة من نوعها بين تعديلات الهيكل وهيستون الكروماتين داخل هذه الخلية أنواع10 . ونظرا لقدرته على قياس في نفس الوقت nucleosome إمكانية الوصول إلى وتعديل هستون، seq ندتشيب قادرة على الكشف عن ميزات ابيجينوميك في عدد سكان خلية على مستوى واحد نوكليوسومي، وحل التواقيع غير متجانسة في ما العناصر المكونة لها. مثال للاستكشاف غير المتجانسة السكان الخلوية seq ندتشيب تحقيق مروجين الثنائي التكافؤ، حيث H3K4me3 وعلامة نشط، و H3K27me3، علامة قمعية، وهي الحالي10.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	
	<tbody>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 7.5</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15567-027</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 8</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15568-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5M EDTA</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AM9260G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5M NaCl</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001385276</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Triton X-100</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001412354</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Deoxycholate</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001437582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SDS</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15525-017</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Bicarbonate</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >100% EtOH</td>
			<td >NA</td>
			<td >NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V-bottom 96 well plate (AB 1400)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AB-1400-L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P2 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P10 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144802</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P20 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P100 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P200 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P1000 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123603</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micrococcal Nuclease&#160;</td>
			<td >NEB</td>
			<td >M0247S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermo Mixer C (Heating block mixer)</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5382000023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P20</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P200</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013805</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plastic Plate Cover</td>
			<td >Edge Bio</td>
			<td >48461</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PCR cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSD-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Aluminum Plate Cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSF-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Elution buffer (EB buffer)</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19086</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M DTT</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >646563</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Eppendorf 5810R centrifuge&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22625004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ultrapure water</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein G dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein A dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease inhibitor Cocktail</td>
			<td >Calbiochem</td>
			<td >539134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Rotating platform</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >1b109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plate magnet</td>
			<td >Alpaqua</td>
			<td >2523</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Domed 12-cap strip</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >TCS1201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Buffer G2</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >1014636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
		<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >LabCore</td>
			<td >730-006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V shape Plastic reservoir</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >S0100A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Vortex</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >C1801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Mini Fuge</td>
			<td >Mettler Toledo</td>
			<td >XS2035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Analytical scale</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >LB109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick Ligation Reaction Buffer, 5X</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B6058S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase I, Large (Klenow) Fragment</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0210S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Klenow Fragment (3&#39;-5&#39; exo)</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0212S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 DNA Polymerase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0203S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 Polynucleotide Kinase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Deoxynucleotide Solution mix, 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0447S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dATP Solution 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0440S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick T4 DNA Ligase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0202T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Adenosine 5&#39;-Triphosphate (ATP), 25mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>P0756S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>F549L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >NEBuffer 2</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B7002S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hank&#39;s buffered salt solution</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>14025076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fetal bovine serum&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>A3160702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >phosphate buffer saline&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me3</td>
			<td >Cell Signaling</td>
			<td >9751S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me1</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410037</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K27me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >pAb-069-050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K36me3</td>
			<td >Abcam</td>
			<td >ab9050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K9me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SeraMag&#160; super-paramagnetic beads</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis

نحن نقدم إيمونوبريسيبيتيشن الكروماتين أصلية معدلة تسلسل البروتوكول التجريبية (الرقائق-seq) متوافقة مع خليط ضبابي توزيع على أساس تحليل منهجية (كثافة nucleosome seq رقاقة؛ seq ندتشيب) التي تمكن من توليد القياسات مجتمعة من إمكانية الوصول إلى نوكلياسي ميكروكوككال (مناسى) مع هستون تعديل الجينوم على نطاق المنظومة. موقف نوكليوسومي وكثافة المحلية، وتعديل تلك المفارز هستون، بوستترانسلاشونال تعمل بصورة متضافرة لتنظيم الدول النسخ المحلية. قياسات اندماجي للوصول نوكليوسومي مع هستون تعديل التي تم إنشاؤها بواسطة seq ندتشيب يسمح باستجواب واحد من هذه الميزات. منهجية seq ندتشيب ينطبق على عدد صغير من الخلايا الأولية غير قابلة للوصول على أساس رقاقة seq البروتوكولات العابرة للربط. أخذت معا، تمكن seq ندتشيب قياس هستون تعديل في تركيبة مع كثافة نوكليوسومي المحلية للحصول على رؤى جديدة في الآليات المشتركة التي تنظم الجيش الملكي النيبالي النسخ داخل الخلية الأولية نادرة السكان.

Watch this Scientific Journal Video about Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis at JoVE.com

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

جيل من الكروماتين الأصلية إيمونوبريسيبيتيشن تسلسل المكتبات لتحليل كثافة نوكليوسومي

نحن نقدم إيمونوبريسيبيتيشن الكروماتين أصلية معدلة التسلسل (الرقائق-seq) منهجية لتوليد تسلسل مجموعات البيانات مناسبة ل nucleosome كثافة seq رقاقة إطارا تحليلياً إدماج ميكروكوككال nuclease (مناسى) إمكانية الوصول مع هستون تعديل القياسات.

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

الأمثل والتحليل المقارن لطرق التخصيب الحمض النووي النباتي أورغانيلار مناسبة للجيل القادم التسلسل

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

تحليل ج- كيت يجند المروج باستخدام الكروماتين مناعي

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

كروماتين إمونوبريسيبيتاتيون (رقاقة) في الماوس خلايا T- خطوط

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

الكروماتين إيمونوبريسيبيتيشن (رقاقة) بروتوكول لعينات جنينية وفرة منخفضة

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

جيل من الكروماتين على نطاق الجينوم تكيف التقاط المكتبات من الأجنة المورفولوجية محكم نظموا في وقت مبكر

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

إيمونوبريسيبيتيشن الكروماتين (رقاقة) من "التعديلات هستون" من Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue

إيمونوبريسيبيتيشن الكروماتين للنسيج الدهني البنى موريني

Most cellular processes are regulated by transcriptional modulation of specific gene programs. Such modulation is achieved through the combined actions of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

الكروماتين المناعية الترسيب الفحص باستخدام النوكلور اتوcleases Micrococcal في خلايا الثدييات

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (ChIP-seq)

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing ChIP-seq

اكتشاف الأهداف التنظيمية CsgD في السالمونيلا biofilm باستخدام كروماتين ايمونوبريسيبيتيشن والتسلسل عاليه الانتاجيه (رقاقه-seq)

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a technique that can be used to discover the regulatory targets of transcription ...

Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples

الأمثل لتسلسل وتحليل العينات FFPE-RNA المتدهورة

Gene expression analysis by RNA sequencing (RNA-seq) enables unique insights into clinical samples that can potentially lead to mechanistic understanding ...