Name: generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis
Uploaded: 2017-12-12T12:30:00
Duration: 10 min 5 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis at JoVE.com

अल कनाडा के स्वास्थ्य अनुसंधान के संस्थानों से स्नातक छात्रवृत्ति द्वारा समर्थित किया गया । इस काम के जीनोम ब्रिटिश कोलंबिया और कनाडा के Epigenetics, पर्यावरण और स्वास्थ्य अनुसंधान कंसोर्टियम पहल के भाग के रूप में स्वास्थ्य अनुसंधान के कनाडाई संस्थानों (CIHR-१२०५८९) से अनुदान द्वारा समर्थित किया गया था और टेरी फॉक्स अनुसंधान संस्थान के कार्यक्रम द्वारा परियोजना अनुदान #TFF-१२२८६९ को M.H. और एक टेरी फॉक्स अनुसंधान संस्थान के नए जांचकर्ता पुरस्कार (अनुदान # १०३९) को M.H.

<ol>
	<li>Simpson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+Positioning:+Occurrence,+Mechanisms,+and+Functional+Consequences.">Nucleosome Positioning: Occurrence, Mechanisms, and Functional Consequences.</a> Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 40, 143-184 (1991).</li><li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Twenty-five+years+of+the+nucleosome,+fundmamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome.">Twenty-five years of the nucleosome, fundmamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li><li>Schones, D. 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G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq+guidelines+and+practices+of+the+ENCODE+and+modENCODE+consortia.">ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.</a> Genome Res. 22 (9), 1813-1831 (2012).</li><li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+Combinations+of+Lineage-Determining+Transcription+Factors+Prime+cis-Regulatory+Elements+Required+for+Macrophage+and+B+Cell+Identities.">Simple Combinations of Lineage-Determining Transcription Factors Prime cis-Regulatory Elements Required for Macrophage and B Cell Identities.</a> Mol. Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li><li>Feng, J., Liu, T., Qin, B., Zhang, Y., Liu, X. 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लेखकों की घोषणा है कि वे कोई प्रतिस्पर्धा वित्तीय हितों की है ।

क्रोमेटिन संशोधन और transcriptional विनियमन में nucleosome पोजीशनिंग की मिश्रित प्रकृति को देखते हुए, एक विधि है कि इन सुविधाओं के एक साथ माप सक्षम बनाता है epigenetic विनियमन में नए अंतर्दृष्टि प्रदान करने की संभावना है । ndChIP-seq प्रोटोकॉल यहां प्रस्तुत एक देशी चिप-seq दुर्लभ प्राथमिक कोशिकाओं में citrullinated संशोधन और nucleosome घनत्व के एक साथ पूछताछ को सक्षम करने के लिए अनुकूलित प्रोटोकॉल है9,10। ndChIP-seq क्रोमेटिन के एंजाइमी पाचन का इस्तेमाल करता है कि, जब युग्मित करने के लिए युग्मित अंत व्यापक समानांतर अनुक्रमण और एक गाऊसी मिश्रण वितरण मॉडल, एकल citrullinated स्तर पर जांच nucleosome संशोधनों के लिए अनुमति देता है और एक आबादी के भीतर विविधता द्वारा संचालित epigenomic प्रोफाइल का deconvolution । इस प्रोटोकॉल का उपयोग करते हुए, हमने पहले bliss-उपजी अंश आकारों का एक अद्वितीय वितरण रिपोर्ट किया है, जो कि ChromHMM10,24द्वारा परिभाषित विशिष्ट क्रोमेटिन राज्यों के साथ संबद्ध, युग्मित-अंत में पढ़ी गई सीमाओं द्वारा निर्धारित है ।
एक ndChIP-seq पुस्तकालय की गुणवत्ता एंटीबॉडी विशिष्टता और संवेदनशीलता, इष्टतम MNase पाचन शर्तों, और क्रोमेटिन की गुणवत्ता के रूप में कई कारकों पर निर्भर करता है । इस्तेमाल किया एंटीबॉडी की विशिष्टता सफल ndChIP-seq पुस्तकालय के उत्पादन में महत्वपूर्ण है । एक आदर्श एंटीबॉडी अंय epitopes के साथ थोड़ा पार जेट के साथ ब्याज की epitope के खिलाफ उच्च समानता से पता चलता है । यह पसंद के एंटीबॉडी के लिए सबसे अधिक अपनत्व के साथ चुंबकीय मोतियों का चयन करने के लिए समान रूप से महत्वपूर्ण है ।
MNase पाचन इस प्रोटोकॉल में एक महत्वपूर्ण और समय और एकाग्रता के प्रति संवेदनशील प्रतिक्रिया है । इसलिए, जब कई नमूनों प्रसंस्करण, यह महत्वपूर्ण है कि प्रत्येक प्रतिक्रिया समय की एक समतुल्य राशि के लिए मशीन है (चरण २.२ देखें) । क्रोमेटिन की गुणवत्ता एक और पहलू है कि काफी ndChIP के परिणाम प्रभाव-seq. खंडित क्रोमेटिन एक उप इष्टतम MNase पाचन प्रोफ़ाइल और परिणाम के लिए एक कम संकेत के साथ पुस्तकालयों में शोर अनुपात के लिए सुराग है । कम कोशिका व्यवहार्यता या नीचा क्रोमेटिन के साथ प्राथमिक नमूनों, जैसे formalin-फिक्स्ड आयल-एंबेडेड (FFPE) ऊतक इस प्रोटोकॉल के लिए अनुशंसित नहीं हैं ।
क्रोमेटिन निष्कर्षण के दौरान एक तस्वीर के अलावा अवांछित (अर्थात, यादृच्छिक) क्रोमेटिन विखंडन कम कर देता है और citrullinated पूंछ की अखंडता को बरकरार रखता है । जैसे, PIC lysis बफर और immunoprecipitation बफर बस का उपयोग करने से पहले करने के लिए जोड़ा जा करने की जरूरत है. जबकि फ्लो cytometry के माध्यम से कोशिकाओं का चयन, व्यवहार्य कोशिकाओं के लिए चयन करें और सुनिश्चित कोशिकाओं को एक कम प्रवाह की दर से हल कर रहे है कक्ष संख्या अनुमान और कोशिकाओं की व्यवहार्यता की सटीकता में वृद्धि हुई है । lysis बफ़र में सीधे कक्षों को सॉर्ट करने से बचें । म्यान बफर lysis बफर को पतला करेगा और MNase करने के लिए कोशिका झिल्ली के प्रभावी permeabilization को रोकता है । कोशिकाओं या जीव का एक प्रकार के आधार पर, MNase के अनुमापन इष्टतम पाचन प्राप्त करने के लिए आवश्यक हो सकता है ।
ndChIP-seq स्तनधारी कक्षों पर एक न्यूनतम sequencing गहराई ५०,०००,००० युग्मित-पढ़ता (२५,०००,००० अंशों) के लिए संकीर्ण चिह्न और १००,०००,००० युग्मित-पढ़ता (५०,०००,००० अंशों) के लिए व्यापक चिह्न और इनपुट की आवश्यकता है । गाऊसी मिश्रण वितरण एल्गोरिथ्म श्रेष्ठ रूप से इस अनुशंसा के नीचे एक गहराई के लिए अनुक्रम किया गया है जो लायब्रेरीज़ पर निष्पादित नहीं करेगा । ndChIP-seq मोनो के लिए भारित वितरण मूल्य के बीच थोड़ा जुदाई के साथ प्रमोटर वर्गीकृत नहीं होगा और di-nucleosome टुकड़ा लंबाई मोनो में या डि-nucleosome हावी प्रवर्तकों. इसलिए, इन प्रवर्तकों को बाद के विश्लेषण में निकाला जाना चाहिए । जैविक प्रतिकृति भविष्यवाणी वितरण में विश्वास बढ़ाने के लिए उत्पंन किया जा सकता है और MNase पाचन और पुस्तकालय निर्माण में तकनीकी परिवर्तनशीलता की पहचान ।
देशी चिप-seq प्रोटोकॉल की पिछले पुनरावृत्ति के विपरीत, ndChIP-seq क्रोमेटिन घनत्व को एकीकृत करने के लिए citrullinated संरचना और immunoprecipitation संशोधन के अंश आकार पोस्ट का उपयोग करके मिश्रित प्रभाव की जांच करने का साधन प्रदान करता है, citrullinated संशोधन मापन के साथ, MNase पहुँच द्वारा निर्धारित. प्राथमिक कोशिकाओं और ऊतकों को ndChIP-seq के आवेदन epigenetic विनियमन के एकीकृत प्रकृति में उपंयास अंतर्दृष्टि प्रदान करते है और जनसंख्या के भीतर विविधता के कारण epigenetic हस्ताक्षर की पहचान की अनुमति होगी ।

युकेरियोटिक जीनोम क्रोमेटिन में दोहरा nucleosome संरचनाओं कि चार citrullinated प्रोटीन की दो प्रतियां (जैसे, H2A, H2B, H3, और H4) डीएनए के १४६ आधार जोड़े द्वारा घिरा1,2से मिलकर पैक किया जाता है । क्रोमेटिन remodeling परिसरों जीन प्रवर्तक सीमाओं के भीतर नियंत्रण nucleosome स्थिति और प्रतिलेखन कारकों को डीएनए की पहुंच और आरएनए पोलीमरेज़ मशीनरी को बदलने के द्वारा जीन अभिव्यक्ति के विनियमन में भाग लेने के लिए3, 4.
nucleosome के भीतर histones के एमिनो टर्मिनल पूंछ acetylation, मिथाइल, फास्फारिलीकरण, ubiquitylation, sumoylation, formylation, और विशिष्ट अमीनो एसिड की hydroxylation सहित विभिन्न आबंध संशोधनों के अधीन हैं5 , ६ , 7 , 8. पदों और इन संशोधनों के डिग्री एक क्रोमेटिन राज्य है कि प्रभाव क्रोमेटिन संरचना और आणविक परिसरों कि प्रतिलेखन7के सक्रियकरण की अनुमति के नियंत्रण का उपयोग करते हैं । यह देखते हुए कि दोनों nucleosome घनत्व और citrullinated संशोधन जीन प्रतिलेखन के स्थानीय नियंत्रण में एक भूमिका निभाते हैं, हम एक देशी चिप दृष्टिकोण है कि nucleosome घनत्व और citrullinated संशोधन के एक साथ माप9सक्षम बनाता है विकसित, 10.
देशी चिप-seq endonuclease micrococci nuclease (MNase) के नाभिक के भीतर अपने पैतृक राज्य में बरकरार क्रोमेटिन पचाने के लिए का लाभ लेता है11,12, एक संपत्ति है कि nucleosome स्थिति13 नक्शा करने के लिए leveraged किया गया है , 14 , 15. Nucleosome घनत्व चिप-seq (ndChIP-seq) MNase के क्षेत्रों को खोलने के लिए क्रोमेटिन के अधिमानी उपयोग की संपत्ति का लाभ लेता है माप है कि संशोधन के साथ MNase पहुंच गठबंधन उत्पंन करने के लिए 10 । ndChIP-seq दुर्लभ प्राथमिक कोशिकाओं, ऊतकों, और प्रसंस्कृत कोशिकाओं में citrullinated संशोधनों की रूपरेखा के लिए उपयुक्त है । यहां, हम एक विस्तृत प्रोटोकॉल है कि अनुक्रम datasets एक पहले वर्णित विश्लेषणात्मक फ़्रेम काम10 कि टुकड़ा आकार पोस्ट immunoprecipitation को एकीकृत करता है, युग्मित अंत से निर्धारित की सीमाओं के लिए उपयुक्त की पीढ़ी को सक्षम बनाता है पेश करते हैं, के लिए इसके साथ ही citrullinated संशोधन माप के साथ MNase पहुंच की जांच । पहले, १०,००० प्राथमिक मानव गर्भनाल रक्त व्युत्पंन CD34+ कोशिकाओं और मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं के लिए इस प्रोटोकॉल के आवेदन क्रोमेटिन संरचना और इन सेल प्रकार के भीतर citrullinated संशोधनों के बीच अद्वितीय संबंधों को पता चला10 . इसके साथ ही nucleosome पहुंच और citrullinated संशोधन को मापने की क्षमता को देखते हुए, ndChIP-seq एक सेल जनसंख्या में epigenomic सुविधाओं का खुलासा करने में सक्षम है एक एकल nucleosome स्तर पर, और विषम हस्ताक्षरों को हल करने में उनके घटक तत्त्वे आहेत. ndChIP द्वारा विषम सेलुलर आबादी की खोज का एक उदाहरण-seq bivalent प्रमोटरों की जांच है, जहां दोनों H3K4me3, एक सक्रिय निशान, और H3K27me3, एक दमन के निशान, मौजूद है10।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	
	<tbody>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 7.5</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15567-027</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 8</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15568-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5M EDTA</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AM9260G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5M NaCl</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001385276</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Triton X-100</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001412354</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Deoxycholate</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001437582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SDS</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15525-017</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Bicarbonate</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >100% EtOH</td>
			<td >NA</td>
			<td >NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V-bottom 96 well plate (AB 1400)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AB-1400-L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P2 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P10 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144802</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P20 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P100 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P200 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P1000 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123603</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micrococcal Nuclease&#160;</td>
			<td >NEB</td>
			<td >M0247S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermo Mixer C (Heating block mixer)</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5382000023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P20</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P200</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013805</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plastic Plate Cover</td>
			<td >Edge Bio</td>
			<td >48461</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PCR cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSD-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Aluminum Plate Cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSF-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Elution buffer (EB buffer)</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19086</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M DTT</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >646563</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Eppendorf 5810R centrifuge&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22625004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ultrapure water</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein G dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein A dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease inhibitor Cocktail</td>
			<td >Calbiochem</td>
			<td >539134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Rotating platform</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >1b109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plate magnet</td>
			<td >Alpaqua</td>
			<td >2523</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Domed 12-cap strip</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >TCS1201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Buffer G2</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >1014636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
		<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >LabCore</td>
			<td >730-006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V shape Plastic reservoir</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >S0100A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Vortex</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >C1801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Mini Fuge</td>
			<td >Mettler Toledo</td>
			<td >XS2035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Analytical scale</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >LB109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick Ligation Reaction Buffer, 5X</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B6058S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase I, Large (Klenow) Fragment</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0210S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Klenow Fragment (3&#39;-5&#39; exo)</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0212S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 DNA Polymerase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0203S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 Polynucleotide Kinase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Deoxynucleotide Solution mix, 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0447S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dATP Solution 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0440S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick T4 DNA Ligase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0202T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Adenosine 5&#39;-Triphosphate (ATP), 25mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>P0756S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>F549L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >NEBuffer 2</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B7002S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hank&#39;s buffered salt solution</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>14025076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fetal bovine serum&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>A3160702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >phosphate buffer saline&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me3</td>
			<td >Cell Signaling</td>
			<td >9751S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me1</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410037</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K27me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >pAb-069-050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K36me3</td>
			<td >Abcam</td>
			<td >ab9050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K9me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SeraMag&#160; super-paramagnetic beads</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis

हम एक संशोधित देशी क्रोमेटिन immunoprecipitation अनुक्रमण (चिप-seq) प्रयोगात्मक एक गाऊसी मिश्रण वितरण आधारित विश्लेषण पद्धति (nucleosome घनत्व चिप-seq; ndChIP-seq) के साथ संगत प्रोटोकॉल मौजूद है कि की पीढ़ी को सक्षम बनाता है citrullinated संशोधन जीनोम के साथ micrococcal nuclease (MNase) पहुंच के संयुक्त माप चौड़ा । Nucleosome स्थिति और स्थानीय घनत्व, और उनके citrullinated उपइकाईयों के posttranslational संशोधन, संगीत समारोह में अभिनय के लिए स्थानीय प्रतिलिपि राज्यों को विनियमित । ndChIP-seq द्वारा उत्पन्न citrullinated संशोधन के साथ nucleosome पहुँच के मिश्रित मापन इन सुविधाओं के साथ-साथ पूछताछ के लिए अनुमति देता है. ndChIP-seq पद्धति प्राथमिक कोशिकाओं को पार से जोड़ने के लिए दुर्गम आधारित चिप-seq प्रोटोकॉल की छोटी संख्या के लिए लागू है । साथ में ले लिया, ndChIP-seq स्थानीय nucleosome घनत्व के साथ संयोजन में citrullinated संशोधन की माप सक्षम बनाता है साझा तंत्र है कि दुर्लभ प्राथमिक कोशिका आबादी के भीतर आरएनए प्रतिलेखन को विनियमित में नई अंतर्दृष्टि प्राप्त करने के लिए ।

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Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Nucleosome घनत्व विश्लेषण के लिए देशी क्रोमेटिन Immunoprecipitation अनुक्रमण पुस्तकालयों की पीढ़ी

हम एक संशोधित नेटिव क्रोमेटिन immunoprecipitation sequencing (चिप-seq) पद्धति की पीढ़ी के लिए अनुक्रम डेटासेट एक nucleosome घनत्व चिप के लिए उपयुक्त-seq विश्लेषणात्मक ढांचा घालमेल micrococcal nuclease (MNase) पहुंच citrullinated संशोधन माप के साथ ।

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए उपयुक्त प्लांट ऑगेलरल डीएनए संवर्धन के तरीके का अनुकूलन और तुलनात्मक विश्लेषण

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

क्रोमैटिन इम्युनोपर्रेबिज़ का उपयोग करने वाली सी-केट लिगेंड प्रमोटर का विश्लेषण

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

माउस टी-सेल लाइनों में क्रोमैटिन इम्युनोपेरिगेशन (चिप)

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

क्रोमेटिन Immunoprecipitation (चिप) कम बहुतायत भ्रूण के नमूनों के लिए प्रोटोकॉल

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

जीनोम की पीढ़ी चौड़ा क्रोमेटिन अनुरूप कब्जा पुस्तकालयों जल्दी Drosophila भ्रूण का मंचन

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae से citrullinated संशोधनों की क्रोमेटिन Immunoprecipitation (चिप)

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue

Murine ब्राउन वसा ऊतक के क्रोमेटिन Immunoprecipitation

Most cellular processes are regulated by transcriptional modulation of specific gene programs. Such modulation is achieved through the combined actions of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

क्रोमैटिन इम्यूनोएमिनेशन असेसे मैमलियन सेल में माइक्रोकोकल न्यूक्लेस का उपयोग करते हुए

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (ChIP-seq)

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing ChIP-seq

क्रोमेटिन इम्यूनोप्रिसिप्रिशन और हाई-थ्रूपुट अनुक्रमण (ChIP-seq) का उपयोग करके साल्मोनेला बायोफिल्म में सीएसजीडी नियामक लक्ष्यों की खोज

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a technique that can be used to discover the regulatory targets of transcription ...

Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples

अवक्रमित एफएफपीई-आरएनए नमूनों के अनुक्रमण और विश्लेषण के लिए अनुकूलन

Gene expression analysis by RNA sequencing (RNA-seq) enables unique insights into clinical samples that can potentially lead to mechanistic understanding ...