Name: generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis
Uploaded: 2017-12-12T12:30:00
Duration: 10 min 5 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis at JoVE.com

А.л. была поддержана канадских выпускников стипендию от канадской институтов медицинских исследований. Эта работа была поддержана грантов из генома Британской Колумбии и Канады институтов медицинских исследований (КНИИЗ-120589) в рамках канадской эпигенетики, окружающей среды и здравоохранения исследовательский консорциум инициативы и программы Института исследований Терри Фокс Проект Грант #TFF-122869 м.х. и Терри Фокс научно-исследовательский институт новый следователь Award (Грант № 1039) для м.х.

<ol>
	<li>Simpson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+Positioning:+Occurrence,+Mechanisms,+and+Functional+Consequences.">Nucleosome Positioning: Occurrence, Mechanisms, and Functional Consequences.</a> Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 40, 143-184 (1991).</li><li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Twenty-five+years+of+the+nucleosome,+fundmamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome.">Twenty-five years of the nucleosome, fundmamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li><li>Schones, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+nucleosome+positioning+in+the+human+genome.">Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome.</a> Cell. 132 (5), 887-898 (2008).</li><li>Segal, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genomic+code+for+nucleosome+positioning.">A genomic code for nucleosome positioning.</a> Nature. 442 (7104), 772-778 (2006).</li><li>Shiio, Y., Eisenman, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+sumoylation+is+associated+with+transcriptional+repression.">Histone sumoylation is associated with transcriptional repression.</a> PNAS. 100 (23), 13225-13230 (2003).</li><li>Li, L., Lorzadeh, A., Hirst, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+variation:+An+emerging+vantage+point+for+cancer+biology.">Regulatory variation: An emerging vantage point for cancer biology.</a> Wiley Interdiscip. Rev. Syst. Biol. Med. 6 (1), 37-59 (2014).</li><li>Jiang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+the+acetylation+mechanism+by+GCN5+histone+acetyltransferase.">Investigation of the acetylation mechanism by GCN5 histone acetyltransferase.</a> PLoS ONE. 7 (5), (2012).</li><li>Kouzarides, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+in+transcriptional+control.">Histone methylation in transcriptional control.</a> Curr. Opin. Genet. Dev. 12 (2), 198-209 (2002).</li><li>Brind'Amour, J., Liu, S., Hudson, M., Chen, C., Karimi, M. M., Lorincz, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+ultra-low-input+native+ChIP-seq+protocol+for+genome-wide+profiling+of+rare+cell+populations.">An ultra-low-input native ChIP-seq protocol for genome-wide profiling of rare cell populations.</a> Nat. Commun. 6, 6033 (2015).</li><li>Lorzadeh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+Density+ChIP-Seq+Identifies+Distinct+Chromatin+Modification+Signatures+Associated+with+MNase+Accessibility.">Nucleosome Density ChIP-Seq Identifies Distinct Chromatin Modification Signatures Associated with MNase Accessibility.</a> Cell Rep. 17 (8), 2112-2124 (2016).</li><li>Noll, M., Kornberg, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Action+of+micrococcal+nuclease+on+chromatin+and+the+location+of+histone+H1.">Action of micrococcal nuclease on chromatin and the location of histone H1.</a> J. Mol. Biol. 109 (3), 393-404 (1977).</li><li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+generating+high-resolution+maps+of+genome+wide+protein+binding.">A simple method for generating high-resolution maps of genome wide protein binding.</a> eLife. 4, 09225 (2015).</li><li>Brogaard, K., Xi, L., Wang, J. -. P., Widom, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+map+of+nucleosome+positions+in+yeast+at+base-pair+resolution.">A map of nucleosome positions in yeast at base-pair resolution.</a> Nature. , (2012).</li><li>Cui, K., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+approaches+to+determining+nucleosome+occupancy+in+metazoans+using+MNase-Seq.">Genome-wide approaches to determining nucleosome occupancy in metazoans using MNase-Seq.</a> Methods Mol. Biol. 833, 413-419 (2012).</li><li>Mieczkowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MNase+titration+reveals+differences+between+nucleosome+occupancy+and+chromatin+accessibility.">MNase titration reveals differences between nucleosome occupancy and chromatin accessibility.</a> Nat. Commun. 7, 11485 (2016).</li><li>Basu, S., Campbell, H. M., Dittel, B. N., Ray, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+of+Specific+Cell+Population+by+Fluorescence+Activated+Cell+Sorting+(FACS).">Purification of Specific Cell Population by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS).</a> JOVE. (41), (2010).</li><li>Rohland, N., Reich, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cost-effective,+high-throughput+DNA+sequencing+libraries+for+multiplexed+target+capture.">Cost-effective, high-throughput DNA sequencing libraries for multiplexed target capture.</a> Genome Res. 22 (5), 939-946 (2012).</li><li>Zheng, Y., Josefowicz, S. Z., Kas, A., Chu, T. T., Gavin, M. A., Rudensky, A. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+of+Foxp3+target+genes+in+developing+and+mature+regulatory+T+cells.">Genome-wide analysis of Foxp3 target genes in developing and mature regulatory T cells.</a> Nature. 445 (7130), 936-940 (2007).</li><li>Krishnakumar, R., Gamble, M. J., Frizzell, K. M., Berrocal, J. G., Kininis, M., Kraus, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reciprocal+Binding+of+PARP-1+and+Histone+H1+at+Promoters+Specifies+Transcriptional+Outcomes.">Reciprocal Binding of PARP-1 and Histone H1 at Promoters Specifies Transcriptional Outcomes.</a> Science. 319 (5864), 819-821 (2008).</li><li>Mendenhall, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Locus-specific+editing+of+histone+modifications+at+endogenous+enhancers.">Locus-specific editing of histone modifications at endogenous enhancers.</a> Nat. Biotechnol. 31 (12), 1133-1136 (2013).</li><li>Landt, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq+guidelines+and+practices+of+the+ENCODE+and+modENCODE+consortia.">ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.</a> Genome Res. 22 (9), 1813-1831 (2012).</li><li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+Combinations+of+Lineage-Determining+Transcription+Factors+Prime+cis-Regulatory+Elements+Required+for+Macrophage+and+B+Cell+Identities.">Simple Combinations of Lineage-Determining Transcription Factors Prime cis-Regulatory Elements Required for Macrophage and B Cell Identities.</a> Mol. Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li><li>Feng, J., Liu, T., Qin, B., Zhang, Y., Liu, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+ChIP-seq+enrichment+using+MACS.">Identifying ChIP-seq enrichment using MACS.</a> Nat. Protoc. 7 (9), 1728-1740 (2012).</li><li>Fraley, C., Raftery, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MCLUST:+Software+for+Model-Based+Cluster+Analysis.">MCLUST: Software for Model-Based Cluster Analysis.</a> J. Classif. 16 (2), 297-306 (1999).</li></ol>

Авторы заявляют, что они не имеют никаких финансовых интересов.

Учитывая комбинаторной природы chromatin изменения и нуклеосома позиционирования в регуляцию, метод, который позволяет одновременное измерение этих функций может обеспечить новое понимание эпигеномные регулирования. NdChIP-seq представленные здесь — это родной чип seq протокол оптимизирован для включения одновременного допроса изменения гистона и нуклеосома плотности в редких Главные ячейки9,10. ndChIP-seq использует ферментативного пищеварения хроматина, соединяно к паре конец массивно параллельной последовательности и модель распределения Гаусса смесь, позволяет для изменения гистона расследования на уровне одного нуклеосомой и Деконволюция epigenomic профилей, движимый неоднородности населения. Используя этот протокол, мы уже ранее сообщали уникальный распределения размеров иммуно осаждают фрагмент, определяется в паре конец читать границ, связанные с конкретными хроматина государств определяется ChromHMM10,24.
Качество ndChIP-seq библиотеки зависит от нескольких факторов, таких как специфичность антитела и чувствительность, оптимальные условия MNase пищеварение и качество хроматина. Специфичность Антитела, которые используются имеет решающее значение в производстве успешной ndChIP-seq библиотеки. Антитело идеально показывает высокое сродство против epitope интерес с мало перекрестной реактивности с другие epitopes. Не менее важно выбрать магнитные бусы с высоким сродством для антитела выбора.
MNase пищеварение является критической и чувствительных к времени и концентрации реакции в этом протоколе. Таким образом, при обработке нескольких образцов, важно, что каждый реакции инкубированы для эквивалентное количество времени (см. шаг 2.2). Качество хроматина является еще одним фактором, который существенно влияние итоги ndChIP след разобщенном хроматина приводит к югу оптимальный профиль MNase пищеварение и результаты в библиотеках с низким соотношение сигнал-шум. Первичные пробы с низкой жизнеспособности клеток или деградации хроматина, такие как формалин Исправлена парафин врезанных тканей (FFPE) не рекомендуются для этого протокола.
Добавление ПОС во время извлечения хроматина уменьшает нежелательные (то есть, случайные) хроматина фрагментации и сохраняет целостность гистона хвосты. Таким образом пик необходимо добавить буфера lysis и буфера иммунопреципитации просто предварительного использования. В то время как при выборе клетки через проточной цитометрии, выберите для жизнеспособных клеток и обеспечить клетки сортируются на низкий расход потока для повышения точности оценки номер ячейки и жизнеспособность клеток. Избегайте сортировки непосредственно в буфер lysis клетки. Буфер оболочка будет разбавить литического буфера и препятствует эффективной permeabilization клеточной мембраны к MNase. В зависимости от типа клетки или организма титрование MNase может потребоваться для получения оптимального пищеварения.
ndChIP-seq на клетки млекопитающих требует минимального последовательности глубины 50 миллионов в паре читает (25 миллионов фрагменты) для узких знаки и 100 миллионов в паре читает (50 миллионов фрагменты) для широкие знаки и ввод. Алгоритм распределения Гаусса смесь не будет оптимально выполнять библиотек, которые были упорядочены на глубину значительно ниже этой рекомендации. ndChIP-seq не будет классифицировать промоутеров с мало разделения между значение взвешенного распределения для моно - и ди нуклеосома фрагмент длиной в моно - или ди нуклеосома доминировали промоутеров. Таким образом эти промоутеров должны быть удалены в ходе последующего анализа. Биологическая реплицирует могут быть сгенерированы для увеличить уверенность в предсказал дистрибутивов и выявления технических изменчивость в MNase конструкции пищеварение и библиотека.
В отличие от предыдущих итерациях родной чип seq протоколов ndChIP-seq обеспечивает средства для расследования комбинаторные эффект изменения структуры и гистонов хроматина, используя фрагмент размер поста иммунопреципитации интегрировать нуклеосома плотности, определяется MNase доступность, с гистонов изменения измерений. Применение ndChIP-seq первичной клетки и ткани будет роман уяснения интегративный характер эпигеномные регулирования и идентификации эпигеномные подписей из-за неоднородности населения.

Геном эукариот упаковывается в хроматина через повторение нуклеосома структур, которые состоят из двух копий четырех гистоновых белков (например, H2A, H2B, H3 и H4) ограничивается 146 пар оснований ДНК1,2. Chromatin remodeling комплексы управления нуклеосома позиция в пределах границ промоутера генов и участвуют в регуляции экспрессии генов, изменяя доступность ДНК факторов транскрипции и РНК-полимеразы машины3, 4.
Амино терминала хвосты гистонов в пределах нуклеосома подвергаются различные ковалентных изменений, в том числе ацетилирования, метилирование, фосфорилирование, ubiquitylation, sumoylation, formylation и гидроксилирования конкретных аминокислоты5 , 6 , 7 , 8. позиции и степени эти изменения определяют состояние хроматина, влияние хроматина структуры и контроля доступа молекулярных комплексов, которые позволяют активация транскрипции7. Учитывая, что оба изменения плотности и гистонов нуклеосома играют определенную роль в местные управления транскрипции гена, мы разработали собственный чип подход, который позволяет одновременное измерение плотности нуклеосомой и гистонов модификация9, 10.
Родной чип seq использует нуклеиназы микрококков эндонуклеазы (MNase) переваривать нетронутыми хроматина в его родной состоянии внутри ядра11,12, свойство, которое использовала для сопоставления нуклеосома позиционирования13 , 14 , 15. нуклеосома плотность чип seq (ndChIP-seq) использует свойство преференциального доступа MNase открыть регионов хроматина произвести измерения, которые сочетают доступность MNase с гистонов модификации10. ndChIP-seq подходит для профилирования изменения гистона в редких начальных клеток, тканей и культивируемых клеток. Здесь мы представляем подробный протокол, который позволяет создавать последовательности наборов данных для ранее описанных аналитические рамки работы10 , которая интегрирует фрагмент размер поста иммунопреципитация, определяется в паре конец читать границ, чтобы одновременно Исследуйте MNase доступность с гистонов изменения измерений. Ранее, применение настоящего протокола к 10000 первичной человеческой пуповинной крови производных CD34+ клеток и человеческих эмбриональных стволовых клеток показали уникальные отношения между изменения структуры и гистонов хроматина в рамках этих клеток типы10 . Учитывая его способность одновременно измерять нуклеосома доступность и изменения гистона, ndChIP-seq способен выявить особенности epigenomic в популяции клеток на уровне одного нуклеосома и урегулировании гетерогенных подписей в их составные элементы. Пример исследования гетерогенных клеточных популяций, ndChIP-seq являются расследование двухвалентные промоутеров, где H3K4me3, активный Марк и H3K27me3, репрессивные Марк, настоящий10.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	
	<tbody>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 7.5</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15567-027</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 8</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15568-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5M EDTA</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AM9260G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5M NaCl</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001385276</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Triton X-100</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001412354</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Deoxycholate</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001437582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SDS</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15525-017</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Bicarbonate</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >100% EtOH</td>
			<td >NA</td>
			<td >NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V-bottom 96 well plate (AB 1400)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AB-1400-L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P2 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P10 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144802</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P20 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P100 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P200 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P1000 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123603</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micrococcal Nuclease&#160;</td>
			<td >NEB</td>
			<td >M0247S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermo Mixer C (Heating block mixer)</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5382000023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P20</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P200</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013805</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plastic Plate Cover</td>
			<td >Edge Bio</td>
			<td >48461</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PCR cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSD-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Aluminum Plate Cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSF-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Elution buffer (EB buffer)</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19086</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M DTT</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >646563</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Eppendorf 5810R centrifuge&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22625004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ultrapure water</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein G dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein A dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease inhibitor Cocktail</td>
			<td >Calbiochem</td>
			<td >539134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Rotating platform</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >1b109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plate magnet</td>
			<td >Alpaqua</td>
			<td >2523</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Domed 12-cap strip</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >TCS1201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Buffer G2</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >1014636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
		<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >LabCore</td>
			<td >730-006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V shape Plastic reservoir</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >S0100A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Vortex</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >C1801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Mini Fuge</td>
			<td >Mettler Toledo</td>
			<td >XS2035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Analytical scale</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >LB109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick Ligation Reaction Buffer, 5X</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B6058S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase I, Large (Klenow) Fragment</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0210S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Klenow Fragment (3&#39;-5&#39; exo)</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0212S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 DNA Polymerase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0203S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 Polynucleotide Kinase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Deoxynucleotide Solution mix, 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0447S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dATP Solution 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0440S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick T4 DNA Ligase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0202T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Adenosine 5&#39;-Triphosphate (ATP), 25mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>P0756S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>F549L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >NEBuffer 2</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B7002S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hank&#39;s buffered salt solution</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>14025076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fetal bovine serum&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>A3160702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >phosphate buffer saline&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me3</td>
			<td >Cell Signaling</td>
			<td >9751S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me1</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410037</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K27me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >pAb-069-050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K36me3</td>
			<td >Abcam</td>
			<td >ab9050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K9me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SeraMag&#160; super-paramagnetic beads</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis

Мы представляем модифицированных родной хроматина иммунопреципитации виртуализации (чип seq) экспериментальный протокол совместим с Гаусса смесь на основе анализа методологии распределения (плотность нуклеосома чип seq; ndChIP-seq) который позволяет поколение Комбинированные измерения доступности Микрококковая Нуклеаза (MNase) с гистонов модификации генома широкий. Нуклеосома позиции и локальной плотности и Посттрансляционная модификация их гистона субблоков, действовать согласованно для регулирования местных транскрипции государств. Комбинаторные измерения доступности нуклеосома с гистонов модификации, порожденных ndChIP-seq позволяет одновременное допрос этих функций. NdChIP-seq методология применима к небольшим количеством первичных элементов недоступны для сшивки на основе чипа seq протоколы. Взятые вместе, ndChIP-seq обеспечивает измерение изменения гистона в сочетании с местными нуклеосома плотность получить новое понимание общих механизмов, которые регулируют транскрипции РНК внутри популяций редких главной ячейки.

Watch this Scientific Journal Video about Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis at JoVE.com

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Поколения родной Chromatin иммунопреципитации секвенирования библиотек для анализа плотности нуклеосома

Мы представляем модифицированных родной хроматина иммунопреципитации виртуализации (чип seq) методологии для генерации последовательности наборов данных для нуклеосома плотность чип seq аналитические рамки интеграции доступность Микрококковая Нуклеаза (MNase) с измерения изменения гистона.

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

Оптимизация и сравнительный анализ методов обогащения органической ДНК растений, подходящих для последующей последовательности следующего поколения

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

Анализ промотора c-KIT-лиганда с использованием иммунопреципитации хроматина

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

Иммунопреципитация хроматина (ChIP) в линиях Т-клеток мыши

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Протокол иммунопреципитации (чип) Chromatin для Low изобилие эмбриональных образцов

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Поколение генома общесистемной Chromatin конформации захвата библиотек из плотно поставил раннего дрозофилы эмбрионов

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Иммунопреципитации Chromatin (чип) изменения гистона от Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue

Иммунопреципитации Chromatin мышиных коричневый жировой ткани

Most cellular processes are regulated by transcriptional modulation of specific gene programs. Such modulation is achieved through the combined actions of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

Хроматин ИммунопрецитатА Ассасси использованием микрококковой nucleases в клетках млекопитающих

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (ChIP-seq)

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing ChIP-seq

Открытие CsgD нормативных целей в сальмонеллы Biofilm Использование хроматина иммунопреципатации и высокой пропускной способности секвенирования (ChIP-seq)

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a technique that can be used to discover the regulatory targets of transcription ...

Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples

Оптимизация для секвенирования и анализа деградированных образцов FFPE-РНК

Gene expression analysis by RNA sequencing (RNA-seq) enables unique insights into clinical samples that can potentially lead to mechanistic understanding ...