Name: generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis
Uploaded: 2017-12-12T12:30:00
Duration: 10 min 5 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis at JoVE.com

Al Kanada yüksek lisans burs Kanada Sağlık Araştırma enstitüleri tarafından desteklenmiştir. Bu eser genom British Columbia ve Kanada Enstitüleri Sağlık Araştırma (CIHR-120589) Kanadalı epigenetik, çevre ve Sağlık Araştırma Konsorsiyumu girişiminin bir parçası olarak gelen hibe ve Terry Fox Araştırma Enstitüsü Program tarafından desteklenmiştir Proje Grant #TFF-122869 M.H. ve bir Terry Fox Araştırma Enstitüsü yeni Araştırmacı Ödülü (Grant # 1039) M.H. için

<ol>
	<li>Simpson, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+Positioning:+Occurrence,+Mechanisms,+and+Functional+Consequences.">Nucleosome Positioning: Occurrence, Mechanisms, and Functional Consequences.</a> Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 40, 143-184 (1991).</li><li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Twenty-five+years+of+the+nucleosome,+fundmamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome.">Twenty-five years of the nucleosome, fundmamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li><li>Schones, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+regulation+of+nucleosome+positioning+in+the+human+genome.">Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome.</a> Cell. 132 (5), 887-898 (2008).</li><li>Segal, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genomic+code+for+nucleosome+positioning.">A genomic code for nucleosome positioning.</a> Nature. 442 (7104), 772-778 (2006).</li><li>Shiio, Y., Eisenman, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+sumoylation+is+associated+with+transcriptional+repression.">Histone sumoylation is associated with transcriptional repression.</a> PNAS. 100 (23), 13225-13230 (2003).</li><li>Li, L., Lorzadeh, A., Hirst, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+variation:+An+emerging+vantage+point+for+cancer+biology.">Regulatory variation: An emerging vantage point for cancer biology.</a> Wiley Interdiscip. Rev. Syst. Biol. Med. 6 (1), 37-59 (2014).</li><li>Jiang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+the+acetylation+mechanism+by+GCN5+histone+acetyltransferase.">Investigation of the acetylation mechanism by GCN5 histone acetyltransferase.</a> PLoS ONE. 7 (5), (2012).</li><li>Kouzarides, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+methylation+in+transcriptional+control.">Histone methylation in transcriptional control.</a> Curr. Opin. Genet. Dev. 12 (2), 198-209 (2002).</li><li>Brind'Amour, J., Liu, S., Hudson, M., Chen, C., Karimi, M. M., Lorincz, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+ultra-low-input+native+ChIP-seq+protocol+for+genome-wide+profiling+of+rare+cell+populations.">An ultra-low-input native ChIP-seq protocol for genome-wide profiling of rare cell populations.</a> Nat. Commun. 6, 6033 (2015).</li><li>Lorzadeh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+Density+ChIP-Seq+Identifies+Distinct+Chromatin+Modification+Signatures+Associated+with+MNase+Accessibility.">Nucleosome Density ChIP-Seq Identifies Distinct Chromatin Modification Signatures Associated with MNase Accessibility.</a> Cell Rep. 17 (8), 2112-2124 (2016).</li><li>Noll, M., Kornberg, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Action+of+micrococcal+nuclease+on+chromatin+and+the+location+of+histone+H1.">Action of micrococcal nuclease on chromatin and the location of histone H1.</a> J. Mol. Biol. 109 (3), 393-404 (1977).</li><li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+generating+high-resolution+maps+of+genome+wide+protein+binding.">A simple method for generating high-resolution maps of genome wide protein binding.</a> eLife. 4, 09225 (2015).</li><li>Brogaard, K., Xi, L., Wang, J. -. P., Widom, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+map+of+nucleosome+positions+in+yeast+at+base-pair+resolution.">A map of nucleosome positions in yeast at base-pair resolution.</a> Nature. , (2012).</li><li>Cui, K., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+approaches+to+determining+nucleosome+occupancy+in+metazoans+using+MNase-Seq.">Genome-wide approaches to determining nucleosome occupancy in metazoans using MNase-Seq.</a> Methods Mol. Biol. 833, 413-419 (2012).</li><li>Mieczkowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MNase+titration+reveals+differences+between+nucleosome+occupancy+and+chromatin+accessibility.">MNase titration reveals differences between nucleosome occupancy and chromatin accessibility.</a> Nat. Commun. 7, 11485 (2016).</li><li>Basu, S., Campbell, H. M., Dittel, B. N., Ray, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+of+Specific+Cell+Population+by+Fluorescence+Activated+Cell+Sorting+(FACS).">Purification of Specific Cell Population by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS).</a> JOVE. (41), (2010).</li><li>Rohland, N., Reich, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cost-effective,+high-throughput+DNA+sequencing+libraries+for+multiplexed+target+capture.">Cost-effective, high-throughput DNA sequencing libraries for multiplexed target capture.</a> Genome Res. 22 (5), 939-946 (2012).</li><li>Zheng, Y., Josefowicz, S. Z., Kas, A., Chu, T. T., Gavin, M. A., Rudensky, A. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+of+Foxp3+target+genes+in+developing+and+mature+regulatory+T+cells.">Genome-wide analysis of Foxp3 target genes in developing and mature regulatory T cells.</a> Nature. 445 (7130), 936-940 (2007).</li><li>Krishnakumar, R., Gamble, M. J., Frizzell, K. M., Berrocal, J. G., Kininis, M., Kraus, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reciprocal+Binding+of+PARP-1+and+Histone+H1+at+Promoters+Specifies+Transcriptional+Outcomes.">Reciprocal Binding of PARP-1 and Histone H1 at Promoters Specifies Transcriptional Outcomes.</a> Science. 319 (5864), 819-821 (2008).</li><li>Mendenhall, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Locus-specific+editing+of+histone+modifications+at+endogenous+enhancers.">Locus-specific editing of histone modifications at endogenous enhancers.</a> Nat. Biotechnol. 31 (12), 1133-1136 (2013).</li><li>Landt, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-seq+guidelines+and+practices+of+the+ENCODE+and+modENCODE+consortia.">ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.</a> Genome Res. 22 (9), 1813-1831 (2012).</li><li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+Combinations+of+Lineage-Determining+Transcription+Factors+Prime+cis-Regulatory+Elements+Required+for+Macrophage+and+B+Cell+Identities.">Simple Combinations of Lineage-Determining Transcription Factors Prime cis-Regulatory Elements Required for Macrophage and B Cell Identities.</a> Mol. Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li><li>Feng, J., Liu, T., Qin, B., Zhang, Y., Liu, X. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+ChIP-seq+enrichment+using+MACS.">Identifying ChIP-seq enrichment using MACS.</a> Nat. Protoc. 7 (9), 1728-1740 (2012).</li><li>Fraley, C., Raftery, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MCLUST:+Software+for+Model-Based+Cluster+Analysis.">MCLUST: Software for Model-Based Cluster Analysis.</a> J. Classif. 16 (2), 297-306 (1999).</li></ol>

Yazarlar onlar rakip hiçbir mali çıkarları var bildirin.

Kromatin modifiye ve transkripsiyon yönetmelikte konumlandırma nucleosome Kombinatorik doğası göz önüne alındığında, bu özelliklerin simultane ölçümleri sağlayan bir yöntem epigenetik yönetmelik yeni görüşler sağlamak olasıdır. Burada sunulan ndChIP seq Histon değişiklik ve nadir Primer hücre9,10nucleosome dansitesi eşzamanlı sorgu sağlamak için en iyi duruma getirilmiş bir yerel ChIP-seq protokoldür. ndChIP-seq kullanır Kromatin Enzimatik sindirim, soruşturma Histon değişiklikler tek nucleosome düzeyinde için eşleştirilmiş uç kitlesel paralel sıralama ve Gauss karışım dağıtım modeli birleştiğinde sağlar ve deconvolution epigenomic profilleri heterojen bir nüfus içinde tarafından tahrik. Bu iletişim kuralını kullanan, daha önce IMMUNO çöktürülmüş parçası boyutları, eşleştirilmiş uç sınırları, ChromHMM10,24tarafından tanımlanan belirli Kromatin Birleşik Devletleri ile ilişkili okumak tarafından belirlenen benzersiz bir dağıtım bildirdin.
NdChIP-seq kitaplığa kalitesini antikor özgüllük ve duyarlılık, optimal MNase sindirim koşullar ve Kromatin kalitesini gibi birden fazla faktöre bağlıdır. Başarılı ndChIP-seq Kütüphane üretiminde kullanılan antikor özgüllük önemlidir. İdeal bir antikor diğer epitopları ile küçük çapraz reaktivite ile ilgi epitope karşı yüksek afinite gösterir. Seçim antikor için en yüksek benzeşimli manyetik boncuklar seçmek aynı derecede önemlidir.
MNase sindirim bu protokolündeki kritik ve zaman ve konsantrasyon duyarlı bir tepkidir. Bu nedenle, birden fazla örnekleri işlerken her reaksiyon zaman eşit miktarda için inkübe önemli (bkz. Adım 2.2). Kromatin kalitesini önemli ölçüde ndChIP-devamı parçalanmış Kromatin ile potansiyel müşteriler alt-optimal MNase sindirim profil ve kitaplıkları sonuçlarında düşük sinyal gürültü oranı, sonucunu etkiler başka bir faktördür. Düşük birincil numune canlılığı hücre veya parafin gömülü (FFPE) doku formalin sabit tavsiye edilmez bu iletişim kuralı için gibi Kromatin, bozulmuş.
Bir PIC ek Kromatin ayıklama sırasında azaltır istenmeyen (Yani, rasgele) Kromatin parçalanma ve korur bütünlüğünü Histon kuyrukları. Bu nedenle, PIC lizis tampon ve immunoprecipitation tampon sadece önceki için kullanmak için eklenmesi gerekir. Akış Sitometresi ile seçme hücreleri için hücrelerin seçin ve olun iken hücreleri hücre canlılık ve hücre sayı tahmin doğruluğu artırmak için düşük akış hızı sıralanır. Hücre lizis arabelleğine doğrudan sıralama kaçının. Kılıf arabellek lizis arabellek sulandırmak ve hücre zarının etkili permeabilization MNase için engeller. Hücreleri veya organizma türüne bağlı olarak, MNase titrasyon en iyi sindirim almak için gerekli.
ndChIP-seq memeli hücreleri üzerinde dar işaretleri ve 100 milyon eşleştirilmiş okuma (50 milyon parçaları) için geniş işaretleri ve giriş için en az sıralama derinlik 50 milyon eşleştirilmiş okur (25 milyon parçaları) gerektirir. Gauss karışım dağıtım algoritma bir derinlik önemli ölçüde bu öneri aşağıda sıralı kütüphaneler çalışmayacaktır. ndChIP-seq rehberleri ile mono ve di nucleosome parçası uzunlukta parçalara mono veya di hakim nucleosome rehberleri ağırlıklı dağıtım değeri arasında küçük bir ayrım sınıflandırmak değil. Bu nedenle, bu Organizatör daha sonraki analiz kaldırılması gerekir. Biyolojik çoğaltır öngörülen dağıtımları güven artırmak ve MNase sindirim ve Kütüphane inşaat teknik değişkenliği tanımlamak için oluşturulabilir.
Önceki tekrarlamalar yerli ChIP-seq iletişim kurallarının ndChIP seq parçası boyutu yazı immunoprecipitation nucleosome yoğunluğu entegre kullanarak Kromatin yapısı ve Histon değişikliği Kombinatorik etkisini araştırmak için araçlar sağlar, Histon değişiklik ölçümleri kullanarak MNase erişilebilirliği belirler. NdChIP-seq uygulama Primer hücre ve dokulara epigenetik yönetmelik bütünleştirici niteliği yeni anlayışlar sağlamak ve heterojenlik nüfus içinde nedeniyle epigenetik imzalar tanımlanmasına izin.

Ökaryotik genom 146 baz çifti tarafından DNA1,2sinirlari dört Histon proteinleri (örneğin, H2A, H2B, H3 ve H4) iki kopyası oluşur nucleosome yapıları tekrar üzerinden Kromatin içine paketlenmiştir. Kromatin remodeling kompleksleri gen organizatörü sınırları içindeki nucleosome konumunu kontrol etmek ve erişilebilirlik DNA transkripsiyon faktörleri ve RNA polimeraz makine3değiştirerek gen ekspresyonu yönetmelikte katılmak, 4.
Histon nucleosome içinde amino terminal kuyrukları asetilasyon, metilasyon, fosforilasyon, ubiquitylation, sumoylation, formylation ve belirli amino asitler5 prokollajen dahil olmak üzere çeşitli kovalent değişiklik için tabi olan , 6 , 7 , 8. pozisyonları ve bu değişiklikler derecelerde dikte Kromatin yapısı ve Denetim erişimi etkinleştirme transkripsiyon7izin moleküler komplekslerin etkisi Kromatin devlet. Her iki nucleosome yoğunluğu ve Histon değişikliği oynamak verilen bu bir rol gen transkripsiyonu yerel denetiminde, nucleosome yoğunluğu ve Histon değişiklik9eş zamanlı ölçüm sağlar yerel bir çip yaklaşım geliştirdiğimiz, 10.
Yerel ChIP-seq endonükleaz micrococci nükleaz (MNase) çekirdeği11,12,13 konumlandırma nucleosome eşlemek için kaldıraçlı bir özellik içinde yerel durumunda olduğu gibi Kromatin sindirmek için yararlanır , 14 , 15. nucleosome yoğunluğu ChIP-seq (ndChIP-seq) MNase MNase erişilebilirlik Histon değişiklik10ile birleştirmek ölçümler oluşturmak için Kromatin bölgeleri açmak için tercihli erişim özelliğinin avantajı alır. ndChIP-seq nadir Primer hücre, doku ve kültürlü hücreleri olarak Histon değişiklikleri profilleme için uygundur. Burada, sıralı veri kümeleri için yukarıda açıklanan analitik çerçeve çalışma10 parça boyutu yazı immunoprecipitation, eşleştirilmiş uç için sınırları, okuyun tarafından belirlenen entegre uygun nesil sağlar detaylı bir iletişim kuralı mevcut aynı anda MNase erişilebilirlik Histon değişiklik ölçümleri ile araştırmak. Daha önce bu protokolün uygulamaya 10.000 birincil insan kordon kanı CD34 türetilmiş+ hücreleri ve insan embriyonik kök hücreleri ortaya bunlar içinde Kromatin yapısı ve Histon değişiklikler arasındaki benzersiz ilişkileri hücre türleri10 . Aynı anda nucleosome erişilebilirlik ve Histon değişiklik ölçmek için onun yetenek göz önüne alındığında, ndChIP-seq açığa epigenomic özellikleri bir tek nucleosome düzeyde bir hücre nüfus ve türdeş olmayan imzalar içine çözme özelliği olan onların kurucu unsurları. Türdeş olmayan hücresel nüfus ndChIP seq tarafından keşfi soruşturma bivalent rehberleri, hem H3K4me3, etkin bir işareti ve H3K27me3, baskıcı bir işareti, mevcut10nerede örneğidir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	
	<tbody>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 7.5</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15567-027</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M Tris-HCl &#8211;pH 8</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15568-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5M EDTA</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AM9260G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5M NaCl</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001385276</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Triton X-100</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001412354</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Deoxycholate</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >1001437582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SDS</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >15525-017</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium-Bicarbonate</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >100% EtOH</td>
			<td >NA</td>
			<td >NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V-bottom 96 well plate (AB 1400)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >AB-1400-L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P2 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P10 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F144802</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P20 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P100 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P200 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Gilson P1000 pipetman</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >F123603</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micrococcal Nuclease&#160;</td>
			<td >NEB</td>
			<td >M0247S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermo Mixer C (Heating block mixer)</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >5382000023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P20</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multi 12-channel Pippet P200</td>
			<td >Rainin</td>
			<td >17013805</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >0.5 ml LoBind tube</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22431005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plastic Plate Cover</td>
			<td >Edge Bio</td>
			<td >48461</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PCR cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSD-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Aluminum Plate Cover</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >MSF-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Elution buffer (EB buffer)</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19086</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1M DTT</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >646563</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Eppendorf 5810R centrifuge&#160;</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td >22625004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ultrapure water</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein G dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protein A dynabeads</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >10001D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease inhibitor Cocktail</td>
			<td >Calbiochem</td>
			<td >539134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Rotating platform</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >1b109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Plate magnet</td>
			<td >Alpaqua</td>
			<td >2523</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Domed 12-cap strip</td>
			<td >Bio Rad</td>
			<td >TCS1201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Buffer G2</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >1014636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Protease</td>
			<td >Qiagen</td>
			<td >19155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
		<td>Tube Magnet (DynaMag-2)</td>
			<td >LabCore</td>
			<td >730-006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >V shape Plastic reservoir</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >S0100A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Vortex</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >C1801</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Mini Fuge</td>
			<td >Mettler Toledo</td>
			<td >XS2035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Analytical scale</td>
			<td >Mandel</td>
			<td >LB109-12052010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick Ligation Reaction Buffer, 5X</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B6058S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase I, Large (Klenow) Fragment</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0210S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Klenow Fragment (3&#39;-5&#39; exo)</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0212S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 DNA Polymerase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0203S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >T4 Polynucleotide Kinase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Deoxynucleotide Solution mix, 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0447S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >dATP Solution 10mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>N0440S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quick T4 DNA Ligase</td>
			<td >NEB</td>
			<td>M0202T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Adenosine 5&#39;-Triphosphate (ATP), 25mM</td>
			<td >NEB</td>
			<td>P0756S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA Polymerase</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>F549L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >NEBuffer 2</td>
			<td >NEB</td>
			<td>B7002S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hank&#39;s buffered salt solution</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>14025076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fetal bovine serum&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>A3160702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >phosphate buffer saline&#160;</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td>10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me3</td>
			<td >Cell Signaling</td>
			<td >9751S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K4me1</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410037</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K27me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >pAb-069-050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K36me3</td>
			<td >Abcam</td>
			<td >ab9050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >H3K9me3</td>
			<td >Diagenode</td>
			<td >C15410056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SeraMag&#160; super-paramagnetic beads</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

generation of native chromatin immunoprecipitation sequencing libraries for nucleosome density analysis

Biz (ChIP-seq) deneysel protokol oluşturulmasını sağlayan bir Gauss karışım dağıtımı tabanlı analiz yöntemi ile (nucleosome yoğunluğu ChIP-seq; ndChIP-seq) uyumlu sıralama değiştirilmiş yerli Kromatin immunoprecipitation mevcut micrococcal nükleaz (MNase) erişilebilirlik Histon değişiklik genom çapında ile kombine ölçümleri. Nucleosome konum ve yerel yoğunluğu ve onların Histon alt birimleri, ardından değiştirilmesi yerel transkripsiyon Birleşik düzenleyen konserde hareket. Kombinatorik ölçümleri nucleosome erişilebilirlik ndChIP-seq tarafından oluşturulan Histon değişiklik ile bu özellikleri aynı anda sorgulama için sağlar. NdChIP-seq metodoloji Primer hücre tabanlı ChIP-seq protokolleri cross-linking için ulaşılmaz küçük sayılar için geçerlidir. Birlikte ele alındığında, ndChIP-seq nadir İlköğretim hücre popülasyonlarının içinde RNA transkripsiyonu düzenleyen paylaşılan mekanizmaları yeni görüşler elde etmek için yerel nucleosome yoğunluğu ile birlikte Histon değişiklik ölçüm sağlar.

Watch this Scientific Journal Video about Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis at JoVE.com

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

Nucleosome yoğunluk analiz için kitaplıklarına sıralama yerli Kromatin Immunoprecipitation nesil

Biz (ChIP-seq) metodolojisi sıralı veri kümeleri micrococcal nükleaz (MNase) erişilebilirlik entegre bir nucleosome yoğunluğu ChIP-seq analitik çerçeve için uygun üretimi için sıralama değiştirilmiş yerli Kromatin immunoprecipitation mevcut Histon değişiklik ölçümleri ile.

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

Yeni nesil Sıralama için Uygun Bitki Organelleri DNA Zenginleştirme Yöntemlerinin Optimizasyonu ve Karşılaştırmalı Analizi

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

Kromatin İmmunopresipitasyon Yöntemi Kullanılarak c-KIT Ligand Promotör Analizi

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

Fare T-hücresi Hatlarında Kromatin İmmünopresipitasyonu (ChIP)

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Kromatin Immunoprecipitation (ChIP) protokolü için düşük-bereket embriyonik örnekleri

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Genom çapında kromatin Conformation yakalama kitaplıklardan sıkıca aşamalı erken Drosophila embriyo nesil

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Histon değişiklikler Saccharomyces cerevisiae üzerinden Kromatin Immunoprecipitation (ChIP)

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue

Kromatin Immunoprecipitation fare kahverengi yağ dokusunun

Most cellular processes are regulated by transcriptional modulation of specific gene programs. Such modulation is achieved through the combined actions of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

Mammalin hücrelerinde Micrococcal Nüklenleri kullanarak kromatin Immünopmamitasyon tahlil

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (ChIP-seq)

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing ChIP-seq

Kromatin İmmünenasyon ve Yüksek İş Kelejisi Kullanarak Salmonella Biyofilmde CsgD Düzenleyici Hedeflerin Keşfedilmesi (ChIP-seq)

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a technique that can be used to discover the regulatory targets of transcription ...

Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples

Bozulmuş FFPE-RNA Örneklerinin Dizileştirilmesi ve Analizi için Optimizasyon

Gene expression analysis by RNA sequencing (RNA-seq) enables unique insights into clinical samples that can potentially lead to mechanistic understanding ...