Name: profiling anti-neu5gc igg in human sera with a sialoglycan microarray assay
Uploaded: 2017-07-13T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Profiling Anti-Neu5Gc IgG in Human Sera with a Sialoglycan Microarray Assay at JoVE.com

यह काम इज़राइल कैंसर रिसर्च फंड से एक रिसर्च कैरियर डेवलपमेंट अवार्ड, इजरायल नेशनल नैनोटेक्नोलॉजी इनिशिएटिव से अनुदान और निजीकृत थेरोनोस्टिक्स (वीपी-के) के लिए नैनोमेडिसिन पर एक फोकल टेक्नोलॉजी एरिया के लिए हैम्सले चैरिटेबल ट्रस्ट और राष्ट्रीय स्वास्थ्य अनुदान R01GM076360 (XC करने के लिए) संस्थानों

ह्यूमन सीरा नमूने इज़राइली ब्लड बैंक से प्राप्त किए गए थे और हेलसिंकी घोषणापत्र और तेल अवीव विश्वविद्यालय संस्थानिक समीक्षा बोर्ड के अनुसार इसका उपयोग किया गया था। 1. अर्रे निर्माण योजना औ?...

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	<li>Padler-Karavani, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aiming+at+the+sweet+side+of+cancer:+Aberrant+glycosylation+as+possible+target+for+personalized-medicine.">Aiming at the sweet side of cancer: Aberrant glycosylation as possible target for personalized-medicine.</a> Cancer Lett. 352 (1), 102-112 (2014).</li><li>Amon, R., Reuven, E. M., Leviatan Ben-Arye, ., Padler-Karavani, S., V, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycans+in+immune+recognition+and+response.">Glycans in immune recognition and response.</a> Carbohydr Res. 389, 115-122 (2014).</li><li>H&#228;uselmann, I., Borsig, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Altered+tumor-cell+glycosylation+promotes+metastasis.">Altered tumor-cell glycosylation promotes metastasis.</a> Front Oncol. 4, (2014).</li><li>Tangvoranuntakul, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+uptake+and+incorporation+of+an+immunogenic+nonhuman+dietary+sialic+acid.">Human uptake and incorporation of an immunogenic nonhuman dietary sialic acid.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 100 (21), 12045-12050 (2003).</li><li>Bardor, M., Nguyen, D. H., Diaz, S., Varki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanism+of+uptake+and+incorporation+of+the+non-human+sialic+acid+N-glycolylneuraminic+acid+into+human+cells.">Mechanism of uptake and incorporation of the non-human sialic acid N-glycolylneuraminic acid into human cells.</a> J Biol Chem. 280 (6), 4228-4237 (2005).</li><li>Padler-Karavani, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+in+specificity,+abundance,+and+composition+of+anti-Neu5Gc+antibodies+in+normal+humans:+potential+implications+for+disease.">Diversity in specificity, abundance, and composition of anti-Neu5Gc antibodies in normal humans: potential implications for disease.</a> Glycobiology. 18 (10), 818-830 (2008).</li><li>Padler-Karavani, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+xeno-autoantibodies+against+a+non-human+sialic+acid+serve+as+novel+serum+biomarkers+and+immunotherapeutics+in+cancer.">Human xeno-autoantibodies against a non-human sialic acid serve as novel serum biomarkers and immunotherapeutics in cancer.</a> Cancer Res. 71 (9), 3352-3363 (2011).</li><li>Cao, H., Chen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=General+consideration+on+sialic+acid+chemistry.">General consideration on sialic acid chemistry.</a> Methods Mol Biol. 808, 31-56 (2012).</li><li>Deng, L., Chen, X., Varki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploration+of+sialic+Acid+diversity+and+biology+using+sialoglycan+microarrays.">Exploration of sialic Acid diversity and biology using sialoglycan microarrays.</a> Biopolymers. 99 (10), 650-665 (2013).</li><li>Liang, C. H., Hsu, C. H., Wu, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sialoside+Arrays:+New+Synthetic+Strategies+and+Applications.">Sialoside Arrays: New Synthetic Strategies and Applications.</a> Top Curr Chem. 367, 125-149 (2015).</li><li>Song, X., Heimburg-Molinaro, J., Smith, D. F., Cummings, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycan+microarrays+of+fluorescently-tagged+natural+glycans.">Glycan microarrays of fluorescently-tagged natural glycans.</a> Glycoconj J. 32 (7), 465-473 (2015).</li><li>Muthana, S. M., Gildersleeve, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycan+microarrays:+powerful+tools+for+biomarker+discovery.">Glycan microarrays: powerful tools for biomarker discovery.</a> Cancer Biomark. 14 (1), 29-41 (2014).</li><li>Rillahan, C. D., Paulson, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycan+microarrays+for+decoding+the+glycome.">Glycan microarrays for decoding the glycome.</a> Annu Rev Biochem. 80, 797-823 (2011).</li><li>Heimburg-Molinaro, J., Song, X., Smith, D. F., Cummings, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparation+and+analysis+of+glycan+microarrays.">Preparation and analysis of glycan microarrays.</a> Curr Protoc Protein Sci. 12 (10), (2011).</li><li>Park, S., Gildersleeve, J. C., Blixt, O., Shin, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Carbohydrate+microarrays.">Carbohydrate microarrays.</a> Chem Soc Rev. 42 (10), 4310-4326 (2013).</li><li>Struwe, W. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+minimum+information+required+for+a+glycomics+experiment+(MIRAGE)+project:+sample+preparation+guidelines+for+reliable+reporting+of+glycomics+datasets.">The minimum information required for a glycomics experiment (MIRAGE) project: sample preparation guidelines for reliable reporting of glycomics datasets.</a> Glycobiology. 26 (9), 907-910 (2016).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+minimum+information+required+for+a+glycomics+experiment+(MIRAGE)+project:+improving+the+standards+for+reporting+glycan+microarray-based+data.">The minimum information required for a glycomics experiment (MIRAGE) project: improving the standards for reporting glycan microarray-based data.</a> Glycobiology. , (2016).</li><li>Hara, S., Yamaguchi, M., Takemori, Y., Furuhata, K., Ogura, H., Nakamura, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+mono-O-acetylated+N-acetylneuraminic+acids+in+human+and+rat+sera+by+fluorometric+high-performance+liquid+chromatography.">Determination of mono-O-acetylated N-acetylneuraminic acids in human and rat sera by fluorometric high-performance liquid chromatography.</a> Anal Biochem. 179 (1), 162-166 (1989).</li><li>Padler-Karavani, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cross-comparison+of+protein+recognition+of+sialic+acid+diversity+on+two+novel+sialoglycan+microarrays.">Cross-comparison of protein recognition of sialic acid diversity on two novel sialoglycan microarrays.</a> J Biol Chem. 287 (27), 22593-22608 (2012).</li><li>Padler-Karavani, V., Varki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+impact+of+the+non-human+sialic+acid+N-glycolylneuraminic+acid+on+transplant+rejection+risk.">Potential impact of the non-human sialic acid N-glycolylneuraminic acid on transplant rejection risk.</a> Xenotransplantation. 18 (1), 1-5 (2011).</li><li>Samraj, A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+red+meat-derived+glycan+promotes+inflammation+and+cancer+progression.">A red meat-derived glycan promotes inflammation and cancer progression.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 112 (2), 542-547 (2015).</li><li>Pearce, O. M., L&#228;ubli, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sialic+acids+in+cancer+biology+and+immunity.">Sialic acids in cancer biology and immunity.</a> Glycobiology. 26 (2), 111-128 (2016).</li><li>Alisson-Silva, F., Kawanishi, K., Varki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+risk+of+diseases+associated+with+red+meat+intake:+Analysis+of+current+theories+and+proposed+role+for+metabolic+incorporation+of+a+non-human+sialic+acid.">Human risk of diseases associated with red meat intake: Analysis of current theories and proposed role for metabolic incorporation of a non-human sialic acid.</a> Mol Aspects Med. 51, 16-30 (2016).</li><li>Pearce, O. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inverse+hormesis+of+cancer+growth+mediated+by+narrow+ranges+of+tumor-directed+antibodies.">Inverse hormesis of cancer growth mediated by narrow ranges of tumor-directed antibodies.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 111 (16), 5998-6003 (2014).</li><li>Pham, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+for+a+novel+human-specific+xeno-auto-antibody+response+against+vascular+endothelium.">Evidence for a novel human-specific xeno-auto-antibody response against vascular endothelium.</a> Blood. 114 (25), 5225-5235 (2009).</li><li>Reuven, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+immunogenic+Neu5Gc+in+bioprosthetic+heart+valves.">Characterization of immunogenic Neu5Gc in bioprosthetic heart valves.</a> Xenotransplantation. 23 (5), 381-392 (2016).</li><li>Ghaderi, D., Taylor, R. E., Padler-Karavani, V., Diaz, S., Varki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implications+of+the+presence+of+N-glycolylneuraminic+acid+in+recombinant+therapeutic+glycoproteins.">Implications of the presence of N-glycolylneuraminic acid in recombinant therapeutic glycoproteins.</a> Nat Biotechnol. 28 (8), 863-867 (2010).</li></ol>

एक सफल ग्लाइकैन माइक्रोएरे के निर्माण के लिए सावधानीपूर्वक योजना की आवश्यकता है और प्रोटोकॉल में कई महत्वपूर्ण कदम शामिल हैं। इनमें निम्न शामिल हैं: (1) ब्लॉक और प्लेट लेआउट की योजना बना जो कि बाद के सभ?...

सियास अम्लीय शर्करा हैं जो सेल-स्पेस ग्लाइकोप्रोटीन और वर्मीशैबल्स में ग्लाइकोलीपिड्स पर ग्लाइकन चेन को कवर करते हैं। सीआ अभिव्यक्ति कैंसर कोशिकाओं 1 में संशोधित की गई है और प्रगति और / या मेटास्टेसिस 2 , 3 के साथ संबंध है। स्तनधारियों में प्रमुख सेआ रूपों में से दो हैं Neu5Ac और इसकी हाइड्रोक्सीलाइटेड फॉर्म, Neu5Gc 2 सीएनएएच एंजाइम जीन एन्कोडिंग के विशिष्ट निष्क्रियता के कारण मानव Neu5Gc को संश्लेषित नहीं कर सकते। यह गैर-मानव Sia metabolically मानव कोशिकाओं के रूप में &quot;स्व&quot;, आहार Neu5Gc युक्त खाद्य पदार्थ ( जैसे, लाल मांस) 4 , 5 से उत्पन्न होने वाली है। Neu5Gc मानव एपिथेलिया और एंडोथेलिया की कोशिका सतहों पर निम्न स्तर पर मौजूद है, लेकिन यह विशेष रूप से कार्सिनोमा में जम जाता है। Neu5Gc मानव humoral प्रतिरक्षा प्रणाली 2 , 6 द्वारा विदेशी के रूप में मान्यता प्राप्त है।Neu5Gc-ग्लाइकान की प्रतिजनी जटिलता Neu5Gc संशोधन, लिंकेज, अंतर्निहित ग्लाइकान और मचान, और उनके घनत्व सहित कई स्तरों पर उत्पन्न हो सकती है, सभी मनुष्यों 6 में विरोधी Neu5Gc एंटीबॉडी प्रतिक्रिया की जटिलता से परिलक्षित। इनमें से कुछ एंटीबॉडी कार्सिनोमा बायोमार्कर और संभावित इम्युनोथेराप्पटिक्स 7 के रूप में कार्य करते हैं। विभिन्न सियालोग्लाइकेन्स 8 के chemoenzymatic संश्लेषण के आगमन ने ऐसे एंटीबॉडी के अधिक गहराई से विश्लेषण के लिए मार्ग प्रशस्त किया, जो ग्लाइकैन माइक्रोएरे तकनीक 9 , 10 के प्रयोग से सहायता प्रदान की गई थी। इस प्रकार, प्राकृतिक और सिंथेटिक कार्बोहाइड्रेट के बड़े पुस्तकालयों की आसान तैयारी और हेरफेर के साथ, कार्बन डाइऑक्साइड 10 , 11 के असंख्य कार्बोहाइड्रेट्स के इंटरैक्शन की जांच के लिए ग्लाइकन माइक्रोएरे एक शक्तिशाली उच्च-थ्रुपुटन प्रौद्योगिकी बन गए हैं , </sup&gt; 12 , 13 सरणी प्रारूप में, कम मात्रा में सामग्री का उपयोग किया जाता है, और जैविक रूप से संबंधित ग्लाइकेंस के इस बहुविकल्प प्रदर्शन से एक प्रयोग में हजारों बाध्यकारी बातचीत की जांच की अनुमति मिलती है। महत्वपूर्ण बात यह है कि बायोमार्कर की खोज के लिए और विभिन्न नमूने 7 , 12 में प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं की निगरानी के लिए भी यह तकनीक लागू की जा सकती है। सफल glycan माइक्रोएरे निर्माण के लिए तीन महत्वपूर्ण पहलुओं पर विचार करना आवश्यक है: प्रिंटर रोबोट प्रकार, ग्लाइकन संयुग्मन रसायन विज्ञान, और पहचान प्रकाशिकी। मुद्रण उपकरण के विचार के अनुसार, दो तकनीकों उपलब्ध हैं: संपर्क और गैर संपर्क प्रिंटर संपर्क प्रिंटिंग में, 1-48 इस्पात पिन एक मल्टी-प्लस सॉकेट प्लेट में गिलीकन समाधान युक्त डूबा हो जाते हैं और ग्लास स्लाइड सतह से सीधे संपर्क करके फ़ंक्शनल ग्लास स्लाइड पर देखा जाता है। समाधान राशि डीस्लाइड के लिए लाइव स्लाइड की सतह पर सुस्त अवधि का एक फ़ंक्शन होता है। आम तौर पर, नमूने पहले स्लाइड सतह पर मुद्रित होने से पहले एक ग्लास ब्लॉक (एकरूप स्पॉट तक पहुंचने के लिए) पर पूर्व-देखा जाता है। गैर-संपर्क प्रिंटर ( जैसे, पाइज़ो-इलेक्ट्रॉनिक प्रिंटर) में, ग्लाइकेंस नियंत्रित इलेक्ट्रिक सिग्नल का उपयोग कर गिलास केशिका से मुद्रित होते हैं। प्रिंटिंग से संपर्क करने के लिए अधिक सटीक मुद्रण प्राप्त करने के लिए बिजली के संकेत को पतला कैलिब्रेट किया जा सकता है। धब्बे के आकार और आकारिकी अपेक्षाकृत अधिक सजातीय हैं। एक अतिरिक्त लाभ प्रिंटिंग के बाद स्रोत प्लेट में वापस नमूनाकरण के रीसाइक्लिंग है। फिर भी, पाइज़ो-इलेक्ट्रॉनिक प्रिंटर का मुख्य नुकसान प्रिंटिंग टिप सीमा (4 या 8) है, जिसके परिणामस्वरूप बहुत लंबे मुद्रण अवधि होती है, जिससे स्लाइड स्थिरता, तापमान, आर्द्रता और नमूना वाष्पीकरण पर विशेष ध्यान देने की आवश्यकता होती है। गैर-संपर्क इंकजेट प्रिंटर को बड़ा नमूना संस्करण 14 की आवश्यकता है। <p clasS = &quot;jove_content&quot;&gt; प्रिंटिंग विधियों के लिए सीमित उपलब्ध विकल्पों के विपरीत, ग्लाइकन संयुग्मन रसायन विज्ञान एक अधिक जटिल विचार है, जिसमें से चुनने के कई विकल्प हैं। चयनित स्थलांतरण रसायन विज्ञान को ग्लिकेन्स और स्लाइड की सतह प्रतिक्रियाशील दोनों सक्रिय समूहों के लिए खाता होना चाहिए। ग्लाइकैंस को एक विशिष्ट माइक्रोएरे की सतह पर स्थिर कर दिया जाना चाहिए, या तो कृत्रिम रूप से संश्लेषित या स्वाभाविक रूप से अलग, सभी को एक समान प्रतिक्रियाशील समूह की आवश्यकता होती है। इसके अलावा, ग्लाइकन्स को शुद्ध और समरूप होना चाहिए। दूसरी ओर, स्थिरीकरण की सतह और रसायन विज्ञान को पुनरुत्पादन और विश्वसनीय लगाव घनत्व प्रदान करना चाहिए। एकाधिक स्थिरीकरण विधियों को सहसंयोजक या गैर-सहसंयोजक (शारीरिक अवशोषण) संलग्नक 10 , 11 , 12 , 13 के साथ विकसित किया गया है। मुद्रित ग्लाइकैन माइक्रोएरे प्रौद्योगिकी पर अत्यधिक विस्तृत जानकारी के लिए अनिश्चितडी जांचकर्ता, इन उत्कृष्ट समीक्षाओं को देखें 13 , 15 महत्वपूर्ण रूप से, एक Glycomics प्रयोग (मिराज) पहल के लिए हाल ही में न्यूनतम जानकारी आवश्यक नमूना तैयार करने के लिए 16 और 17 का विश्लेषण करती है इस बढ़ते क्षेत्र में मानकों में सुधार करने के लिए glycan माइक्रोएरे से डेटा रिपोर्ट करने के लिए दिशा-निर्देशों का वर्णन है। यहां, हम एक 16-अच्छी तरह से प्रारूप में एक विशिष्ट संपर्क नैनो प्रिंटर का उपयोग करने वाले सियालोग्लाइकन माइक्रोएरे के निर्माण के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल का वर्णन करते हैं। प्रत्येक ग्लाइकेंस में एक प्राथमिक अमाइन होता है जो कि ईपीओक्सी-सक्रिय ग्लास स्लाइड्स को उनके सहसंयोजक लिंक में मध्यस्थता करता है। हम विभिन्न मानव सीरा नमूनों, एंटीबॉडी, और सिया-बाध्यकारी संयंत्र लैक्टिन का उपयोग करके एक स्लाइड के विकास और विश्लेषण का भी वर्णन करते हैं। सियालोग्लिक्कैन माइक्रोएरे एशेज में कई प्रमुख कदम शामिल हैं जिनमें सरणी निर्माण, प्रसंस्करण, विकास और विश्लेषण शामिल हैं। एरे का निर्माण AR की योजना बना रहा हैरे लेआउट, ग्लाइकेंस और स्रोत प्लेट तैयार करना, नैनो प्रिंटर को प्रोग्रामिंग करना, और स्लाइड्स प्रिंट करना। इसके बाद, स्लाइड संसाधित, विकसित और विश्लेषण ( चित्रा 1 ) हैं।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1205">
	<tbody>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:269px;">Primary-amine containing sialoglycans</td>
			<td style="width:235px;">Glycohub, Inc., Davis, CA, USA (http://www.glycohub.com/services)</td>
			<td style="width:227px;">Contact info@glycohubusa.com for compound requests</td>
			<td style="width:476px;">Printed glycans</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:269px;">Monosodium phosphate monohydrate</td>
			<td style="width:235px;">Sigma</td>
			<td style="width:227px;">S9638</td>
			<td style="width:476px;">Printing buffer component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Disodium phosphate heptahydrate</td>
			<td style="width:235px;">Sigma</td>
			<td style="width:227px;">S9390</td>
			<td style="width:476px;">Printing buffer component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Phosphate buffered saline</td>
			<td style="width:235px;">Hy-Labs</td>
			<td style="width:227px;">BP-507/500D</td>
			<td style="width:476px;">Printing buffer/ incubation/washing buffer</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Tris-base</td>
			<td style="width:235px;">Sigma</td>
			<td style="width:227px;">T1503</td>
			<td style="width:476px;">Slide blocking reagent</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Glycerol</td>
			<td style="width:235px;">Sigma</td>
			<td style="width:227px;">G-7893</td>
			<td style="width:476px;">Printing buffer component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Ethanolamine</td>
			<td style="width:235px;">Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td style="width:227px;">0700/08</td>
			<td style="width:476px;">Slide blocking reagent</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Ovalbumin (Grade V)</td>
			<td style="width:235px;">Sigma</td>
			<td style="width:227px;">A5503</td>
			<td style="width:476px;">Slide Blocking protein</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Tween-20</td>
			<td style="width:235px;">Sigma</td>
			<td style="width:227px;">P7949</td>
			<td style="width:476px;">Slide washing detergent</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Alexa 555-Hydrazide</td>
			<td style="width:235px;">Thermo-Fisher Scientific</td>
			<td style="width:227px;">A20501MP</td>
			<td style="width:476px;">Marker on array</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:269px;">ChromPure Human IgG, whole molecule</td>
			<td style="width:235px;">Jackson Immunoresearch</td>
			<td style="width:227px;">009-000-003</td>
			<td style="width:476px;">Printing component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Biotinylated- SNA</td>
			<td style="width:235px;">Vector Laboratories</td>
			<td style="width:227px;">B-1305</td>
			<td style="width:476px;">Plant Lectin &#8211; binding Sia-alpha2&#8211;6-linked</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Biotinylated-MALII</td>
			<td style="width:235px;">Vector Laboratories</td>
			<td style="width:227px;">B-1265</td>
			<td style="width:476px;">Plant Lectin &#8211; binding Sia-alpha2&#8211;3-linked</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Chicken-anti Neu5Gc IgY</td>
			<td style="width:235px;">BioLegend</td>
			<td style="width:227px;">146903</td>
			<td style="width:476px;">Primary detection</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Cy3-Streptavidin</td>
			<td style="width:235px;">Jackson Immunoresearch</td>
			<td style="width:227px;">016-160-0848</td>
			<td style="width:476px;">Biotin binding</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Cy3-anti Human IgG</td>
			<td style="width:235px;">Jackson Immunoresearch</td>
			<td style="width:227px;">109-165-088</td>
			<td style="width:476px;">Secondary detection against human IgG</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Cy3-anti Chicken IgY</td>
			<td style="width:235px;">Jackson Immunoresearch</td>
			<td style="width:227px;">703-165-155</td>
			<td style="width:476px;">Secondary detection against chicken IgY</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Human sera samples</td>
			<td style="width:235px;">Israeli Blood Bank</td>
			<td style="width:227px;"></td>
			<td style="width:476px;">Primary detection</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Compressed Nitrogen (Grade 5)</td>
			<td style="width:235px;"></td>
			<td style="width:227px;"></td>
			<td style="width:476px;">General dusting/drying tool</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Epoxy-coated slides</td>
			<td style="width:235px;">Corning</td>
			<td style="width:227px;">40044</td>
			<td style="width:476px;">Slides</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;width:269px;">Epoxy-coated slides</td>
			<td style="width:235px;">PolyAn</td>
			<td style="width:227px;">2D 104-00-221</td>
			<td style="width:476px;">Slides. In this type of slides the surface is more hydrophobic (compared to Coring slides) therefore the glycans Print Buffer would need to be supplemented with 0.005% Tween-20 to obtain 100 &#181;m size spots.</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">384-well microtiter plate</td>
			<td style="width:235px;">Genetix</td>
			<td style="width:227px;">2070</td>
			<td style="width:476px;">Printing plate</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">VWR lab marker</td>
			<td style="width:235px;">VWR</td>
			<td style="width:227px;">52877-310</td>
			<td style="width:476px;">Slide labeling</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Staining Tube</td>
			<td style="width:235px;">ArrayIt</td>
			<td style="width:227px;">MST</td>
			<td style="width:476px;">Slide developing tool</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Staining bath</td>
			<td style="width:235px;">VWR</td>
			<td style="width:227px;">25608-904</td>
			<td style="width:476px;">Slide developing tool</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Slides glass holders</td>
			<td style="width:235px;">VWR</td>
			<td style="width:227px;">631-9321</td>
			<td style="width:476px;">Slide developing tool</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">GenePix Scanner</td>
			<td style="width:235px;">Molecular devices</td>
			<td style="width:227px;">4000B</td>
			<td style="width:476px;">Slide scanner</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">LM-60 NanoPrinter</td>
			<td style="width:235px;">ArrayIt</td>
			<td style="width:227px;">LM-60</td>
			<td style="width:476px;">Array printer</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Pins</td>
			<td style="width:235px;">ArrayIt</td>
			<td style="width:227px;">946MP3</td>
			<td style="width:476px;">Printing pins</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">ProPlate Module</td>
			<td style="width:235px;">Grace Bio-Labs</td>
			<td style="width:227px;">P37004</td>
			<td style="width:476px;">Slide developing module</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:269px;">Distilled water</td>
			<td style="width:235px;">Bio-Lab</td>
			<td style="width:227px;">2321020500</td>
			<td style="width:476px;">Required for arrayer and humidifier</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:269px;">Electronic Multi Pippete, 8 Channel , volume range 2-125 &#956;L</td>
			<td style="width:235px;">Thermo-Fisher Scientific (Matrix)</td>
			<td style="width:227px;">MA-2131 Impact2 Equalizer 384</td>
			<td style="width:476px;">Multi pippete for sample dispansing into 384-well plate</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

profiling anti-neu5gc igg in human sera with a sialoglycan microarray assay

कोशिकाओं में कार्बोहाइड्रेट चेन (ग्लाइकन्स) का एक ढेर लगा हुआ है जो आमतौर पर कैंसर में बदल जाता है और इसमें सैयलिक एसिड (सीआ) अभिव्यक्ति में भिन्नताएं शामिल हैं ये अम्लीय शर्करा है जो 9-कार्बन रीढ़ की हड्डी हैं और कोशिका सतहों पर कैप वर्टेब्रेट ग्लाइकेंस हैं। स्तनधारियों में प्रमुख सेआ रूपों में से दो हैं एन -केटेलेनेरमिनिक एसिड (नेयु 5 एसी) और इसका हाइड्रोक्सिलाटेड फॉर्म, एन- ग्लाइकोलेनेमैनिक एसिड (नेऊ 5 जीसी)। जीन एन्कोडिंग cytidine 5&#39;monophosphate-Neu5Ac (CMP-Neu5Ac) हाइड्रॉक्सीलेज़ (सीएमएएच) के निष्क्रिय होने के कारण मानव अंतर्जात Neu5Gc का उत्पादन नहीं कर सकते। लाल मांस और डेयरी के आहार उपभोग के माध्यम से मानव कोशिकाओं द्वारा विदेशी Neu5Gc का अधिग्रहण किया जाता है और बाद में कोशिका की सतह पर विविध ग्लाइकन्स पर दिखाई देता है, जो ज्यादातर कार्सिनोमा पर जमा होता है। नतीजतन, इंसान ने एंटी Neu5Gc एंटीबॉडी को परिचालित किया है जो कैंसर और अन्य पुरानी सूजन-मध्यस्थता वाली बीमारियों में विविध भूमिका निभाते हैं और जो संभावित नैदानिक ​​और चिकित्सीय रोग बन रहे हैंrgets। यहां, हम मानवीय सेरा में इस तरह के एंटी-नेऊ 5 जीसी एंटीबॉडी का आकलन करने के लिए एक उच्च-थ्रूपुट सिआलाोग्लिक्कैन माइक्रोएरे परख का वर्णन करते हैं। Neu5Gc युक्त ग्लाइकैंस और उनके मिलान किए गए जोड़े नियंत्रण (Neu5Ac युक्त ग्लाइकान), प्रत्येक मुख्य प्राथमिक अमाइन के साथ, ईवॉक्सी-लेपित गिलास स्लाइड से संयोजक रूप से जुड़े हुए हैं। हम एक विशिष्ट नैनो प्रिंटर का उपयोग करके 56 स्लाइड्स के मुद्रण को एक 16-अच्छी तरह प्रारूप में दिखाते हैं, जो प्रिंट प्रति 896 एरे तक पैदा करने में सक्षम है। एंटी Neu5Gc एंटीबॉडी विशिष्टता, तीव्रता और विविधता के मूल्यांकन के लिए प्रत्येक स्लाइड 16 अलग-अलग मानव सीरा नमूनों को स्क्रीन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। प्रोटोकॉल इस मजबूत उपकरण की जटिलता का वर्णन करता है और एक सरणी प्रारूप में विभिन्न नैदानिक ​​नमूनों में Neu5Gc आहार कार्बोहाइड्रेट एंटीजन के प्रति प्रतिक्रिया की जांच करने के उद्देश्य के लिए एक बुनियादी दिशानिर्देश प्रदान करता है।

सरणी मुद्रण, विकास और विश्लेषण: कई ग्लिकेन नमूनों के साथ एक सैलोग्लाइकैन माइक्रोएरे को प्रिंट करना और 16 अलग-अलग ब्लॉकों में मानव आईजीजी एसटीडी घटता मुद्रण सुनिश्चित...

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Profiling Anti-Neu5Gc IgG in Human Sera with a Sialoglycan Microarray Assay

साइलोग्लाइकेन माइक्रोएरे परख के साथ मानव सेरा में एंटी-नेऊ 5 जीसी आईजीजी को प्रोफाइलिंग करना

एक सियालोग्लिकैन माइक्रोएरे परख मानव-तंत्र में एंटी-नेयू 5 जीसी एंटीबॉडी का मूल्यांकन करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, जिससे कैंसर और अन्य पुरानी सूजन-मध्यस्थता वाले मानव रोगों के लिए यह एक संभावित उच्च-थ्रूपुट डायग्नोस्टिक परख बना सकता है।

Cells are covered with a cloak of carbohydrate chains (glycans) that is commonly altered in cancer and that includes variations in sialic acid (Sia) ...

The overall goal of the sialoglycan microarray assay is to evaluate Anti-Neu5Gc IgG in human sera in a high-throughput manner against a diverse collection of sialoglycans. This method can help answer key questions in the glycoimmunology field, such as how Anti-Neu5Gc antibodies are involved with various human diseases including cancer, heart diseases, and xenotransplantation. The main advantage of this technique is that it allows high-throughput profiling of Anti-Neu5Gc antibodies against a myriad of sialoglycan antigens.Demonstrating the procedure will be Sharon Yehuda, a master student from my laboratory. Careful and detailed planning of array fabrication and layout is important to ensure success. This process is detailed in the text protocol and the supplementary information.Dilute each glycan to 100 micromolar in a total volume of 100 microliters of glycan printing buffer in microcentrifuge tubes. Next, prepare primary amine containing fluorescent dye to one milligram per millimeter with marker buffer. Then, dilute to one microgram per milliliter in a one milliliter total volume.Prepare human IgG standard curve dilutions as described in the text protocol. Place the 384 well plate on ice. Using an electronic multi-pipette, aliquot seven microliters of each glycan, marker, and stardard curve IgG according to the plate layout found in the text protocol.Cover the plate with parafilm and spin down for two minutes at 250 times g and 12 degrees Celsius. Printing must be carried out in dust-free area with a humidity of 60 to 70%Here, all steps are carried out in a clean room with appropriate gloves and clothing for protection. Turn on the nano printer machine and humidifier.After programming the printing machine as described in the text protocol, position the 384 well plate with aliquoted samples into its location on the arrayer deck and remove the parafilm cover. At this point, start printing. Number the slides with an alcohol solvent-resistant marking pen, and store them in a vacuum-sealed box in the dark.To process the arrays, first remove a slide from the vacuum-sealed box and place it in a chemical hood for five minutes, array facing up, to evaporate the excess liquid. Next, hydrate the slide by placing it it in a staining tube filled with deionized water. Cover the tube with foil and incubate for five minutes with slow and gentle shaking at room temperature.To block the reactive epoxy groups on the slide, dip the slide into the 50 milliliter staining tube filled with pre-warmed ethanolamine blocking solution. Cover the tube with foil and incubate for 30 minutes with slow and gentle shaking at room temperature. Discard the ethanolamine blocking solution into the appropriate biohazard trash receptacle.Then, place the slide in a new, clean staining tube filled with 50 degree celsius deionized water. Cover the tube with foil and incubate for 10 minutes with slow and gentle shaking at room temperature. Discard the water and transfer the slides to a glass staining holder.Place the apparatus into a swinging plate holder and centrifuge the slide dry. Next, place the slide onto a 16-well divider. After pre-wetting the wells, use a multi-pipette to aliquot 200 microliters of PBST into the slide wells.Then, place them in a covered, humid chamber and shake for five minutes. Remove the PBST by flicking and tapping gently on a clean paper towel. Then, aliquot 200 microliters of PBS-Ovalbumine blocking buffer into each well.Place the slides in a humid chamber and incubate for one hour at room temperature with gentle shaking. Next, prepare the primary detection, diluted in PBS-OVA blocking buffer as described in the text protocol. Flick PBS-OVA blocking buffer off the slide and add 200 microliters of primary antibody per well.Incubate the slides in a humid chamber for two hours. Then, flick the primary detection off the slide and wash three times with PBST. Incubate the slide in PBST for five minutes in a humid chamber before washing a final time with PBST.Then, wash once with PBS. Next, prepare the secondary antibody in PBS as described in the text protocol. Flick the PBS off the slide and add 200 microliters of secondary antibody.Flick the secondary antibody off the slide and wash four times with PBST as before. Carefully remove the frame, then place the slides into a 50 milliliter slide staining tube filled with PBS and shake for five minutes. Next, fill two slide staining baths with deionized water.Place the slide into the slide holder and dip the slide into the first bath. Quickly dip the slide ten times. Then, transfer the slide to the second bath and dip ten more times.After dipping, incubate the slide for ten minutes at room temperature with shaking. Following incubation, discard the water and transfer the slide to a glass staining holder. Place the glass staining holder in a swinging plate holder and centrifuge the slide dry.Open the scanner door and place the slide inside, array facing down. At this point, start the scanning. Save the scanned slides as a TIFF file.To prepare a slide for analysis, select Load Array List"and upload the appropriate GAL file that maps the arrays in each block on the slide. Slides were developed with 16 different primary detection moieties, one in each block. The plant Lectin SNA binds a2-6 linked sialic acid.Whereas the plant Lectin MALII binds a2-3 linked sialic acid. Polyclonal Anti-Neu5Gc IgY binds Neu5Gc-containing sialoglycans but does not bind Neu5Ac-containing sialoglycans. To profile Anti-Neu5Gc IgG, 12 sera from healthy human donors were analyzed on the printed sialoglycan microarray and developed using fluorescently labeled anti-human IgG in normalized to nanograms per microliter.All tested human sera contained various levels of Anti-Neu5Gc IgG with almost no recognition of the matched pairs of Neu5Ac-containing sialoglycans. Furthermore, Anti-Neu5Gc IgG recognition patterns are highly diverse between these 12 different sera, both in the level of intensity and diversity. After watching this video, you should have a good understanding of how to profile Anti-Neu5Gc antibodies in various human samples in a high-throughput manner, using a glycan microarray system.

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