Name: plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean
Uploaded: 2017-12-23T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean at JoVE.com

यह काम आंशिक रूप से Dirección जनरल डी Asuntos डेल पर्सनल Académico, DGAPA/PAPIIT-उणां (अनुदान सं द्वारा समर्थित किया गया था । एम. एल. और IA205117 को एम-के IN219916 । क) तथा द Consejo Nacional डे Ciencia y Tecnològia (CONACYT अनुदान सं. २४०६१४ ते एमएल).

1. P की पहचान, अलगाव, और क्लोनिंग
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	<li>रुचि के जीन के लिए प्रवर्तक अनुक्रम की पहचान करें । ऐसे Phytozome, Ensembl पौधों, NCBI, आदि के रूप में पौधों के लिए उपलब्ध कई जीनोम डेटाबेस और विश्लेषण उपकरण हैं । एक फली प्रवर्?...

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	<li>Hern&#225;ndez-Garcia, C. M., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+validation+of+promoters+and+cis-actingregulatory+elements.">Identification and validation of promoters and cis-actingregulatory elements.</a> Plant Science. 217-218, 109-119 (2014).</li><li>Dhanapal, A. P., Govindaraj, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unlimited+Thirst+for+Genome+Sequencing,+Data+Interpretation,+and+Database+Usage+in+Genomic+Era:+The+Road+towards+Fast-Track+Crop+Plant+Improvement.">Unlimited Thirst for Genome Sequencing, Data Interpretation, and Database Usage in Genomic Era: The Road towards Fast-Track Crop Plant Improvement.</a> Genetics Research International. , 684321 (2015).</li><li>Nanjareddy, N., Arthikala, M. K., Blanco, L., Arellano, E. S., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protoplast+isolation,+transient+transformation+of+leaf+mesophyll+protoplasts+and+improved+Agrobacterium-mediated+leaf+disc+infiltration+of+Phaseolus+vulgaris:+Tools+for+rapid+gene+expression+analysis.">Protoplast isolation, transient transformation of leaf mesophyll protoplasts and improved Agrobacterium-mediated leaf disc infiltration of Phaseolus vulgaris: Tools for rapid gene expression analysis.</a> BMC Biotechnol. 16 (1), 53 (2016).</li><li>Pumplin, N., Zhang, X., Noar, R. D., Harrison, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polar+localization+of+a+symbiosis-specific+phosphate+transporter+is+mediated+by+a+transient+reorientation+of+secretion.">Polar localization of a symbiosis-specific phosphate transporter is mediated by a transient reorientation of secretion.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (11), E665-E672 (2012).</li><li>Kryvoruchko, I. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MtSWEET11,+a+Nodule-Specific+Sucrose+Transporter+of+Medicago+truncatula.">MtSWEET11, a Nodule-Specific Sucrose Transporter of Medicago truncatula.</a> Plant Physiol. 171 (1), 554-565 (2016).</li><li>Suzaki, T., Yano, K., Ito, M., Umehara, Y., Suganuma, N., Kawaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Positive+and+negative+regulation+of+cortical+cell+division+during+root+nodule+development+in+Lotus+japonicus+is+accompanied+by+auxin+response.">Positive and negative regulation of cortical cell division during root nodule development in Lotus japonicus is accompanied by auxin response.</a> Development. 139 (21), 3997-4006 (2012).</li><li>Suzaki, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endoreduplication-mediated+initiation+of+symbiotic+organ+development+in+Lotus+japonicus.">Endoreduplication-mediated initiation of symbiotic organ development in Lotus japonicus.</a> Development. 141 (12), 2441-2445 (2014).</li><li>Qin, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+high-affinity+phosphate+transporter+GmPT5+regulates+phosphate+transport+to+nodules+and+nodulation+in+soybean.">The high-affinity phosphate transporter GmPT5 regulates phosphate transport to nodules and nodulation in soybean.</a> Plant Physiol. 159 (4), 1634-1643 (2012).</li><li>Wang, Z., Panfeng, L., Yan, Y., Chi, Y., Fan, B., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+Functional+Analysis+of+a+Novel+Group+of+Legume-specific+WRKY+and+Exo70+Protein+Variants+from+Soybean.">Expression and Functional Analysis of a Novel Group of Legume-specific WRKY and Exo70 Protein Variants from Soybean.</a> Sci Rep. 6, 32090 (2016).</li><li>Montiel, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene+is+required+for+root+infection+by+Rhizobia.">A Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene is required for root infection by Rhizobia.</a> Plant Cell Physiol. 53 (10), 1751-1767 (2012).</li><li>Arthikala, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PvRbohB+negatively+regulates+Rhizophagus+irregularis+colonization+in+Phaseolus+vulgaris.">PvRbohB negatively regulates Rhizophagus irregularis colonization in Phaseolus vulgaris.</a> Plant Cell Physiol. 54 (8), 1391-1402 (2013).</li><li>Arthikala, M. K., S&#225;nchez-L&#243;pez, R., Nava, N., Santana, O., C&#225;rdenas, L., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RbohB+a+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene,+enhances+symbiosome+number,+bacteroid+size,+and+nitrogen+fixation+in+nodules+and+impairs+mycorrhizal+colonization.">RbohB a Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene, enhances symbiosome number, bacteroid size, and nitrogen fixation in nodules and impairs mycorrhizal colonization.</a> New Phytol. 202 (3), 886-900 (2014).</li><li>Barraza, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Down-regulation+of+PvTRE1+enhances+nodule+biomass+and+bacteroid+number+in+the+common+bean.">Down-regulation of PvTRE1 enhances nodule biomass and bacteroid number in the common bean.</a> New Phytol. 197 (1), 194-206 (2013).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+autophagy-related+kinase+is+essential+for+the+symbiotic+relationship+between+Phaseolus+vulgaris+and+both+rhizobia+and+arbuscular+mycorrhizal+fungi.">An autophagy-related kinase is essential for the symbiotic relationship between Phaseolus vulgaris and both rhizobia and arbuscular mycorrhizal fungi.</a> Plant Cell. 28 (9), 2326-2341 (2016).</li><li>Nanjareddy, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Legume+TOR+Protein+Kinase+Regulates+Rhizobium+Symbiosis+and+Is+Essential+for+Infection+and+Nodule+Development.">A Legume TOR Protein Kinase Regulates Rhizobium Symbiosis and Is Essential for Infection and Nodule Development.</a> Plant Physiol. 172 (3), 2002-2020 (2016).</li><li>Fr&#252;hling, M., Schr&#246;der, G., Hohnjec, N., P&#252;hler, A., Perlick, A. M., K&#252;ster, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+promoter+of+the+Vicia+faba+L.+gene+VfEnod12+encoding+an+early+nodulin+is+active+in+cortical+cells+and+nodule+primordia+of+transgenic+hairy+roots+of+Vicia+hirsuta+as+well+as+in+the+prefixing+zone+II+of+mature+transgenic+V.+hirsuta+root+nodules.">The promoter of the Vicia faba L. gene VfEnod12 encoding an early nodulin is active in cortical cells and nodule primordia of transgenic hairy roots of Vicia hirsuta as well as in the prefixing zone II of mature transgenic V. hirsuta root nodules.</a> Plant Science. 160 (1), 67-75 (2000).</li><li>Szabados, L., Ratet, P., Grunenberg, B., de Bruijn, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+analysis+of+the+Sesbania+rostrata+leghemoglobin+glb3+gene+5'-upstream+region+in+transgenic+Lotus+corniculatus+and+Nicotiana+tabacum+plants.">Functional analysis of the Sesbania rostrata leghemoglobin glb3 gene 5'-upstream region in transgenic Lotus corniculatus and Nicotiana tabacum plants.</a> Plant Cell Online. 2 (10), 973-986 (1990).</li><li>Madsen, L. H., Tirichine, L., Jurkiewicz, A., Sullivan, J. T., Heckmann, A. B., Bek, A. S., Ronson, C. W., James, E. K., Stougaard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+network+governing+nodule+organogenesis+and+infection+in+the+model+legume+Lotus+japonicus.">The molecular network governing nodule organogenesis and infection in the model legume Lotus japonicus.</a> Nat Commun. 12, 1-10 (2010).</li><li>Montiel, J., Arthikala, M. K., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phaseolus+vulgaris+RbohB+functions+in+lateral+root+development.">Phaseolus vulgaris RbohB functions in lateral root development.</a> Plant Signal Behav. 8 (1), 1-3 (2013).</li><li>Nanjareddy, K., Arthikala, M. K., G&#243;mez, B. M., Blanco, L., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differentially+expressed+genes+in+mycorrhized+and+nodulated+roots+of+common+bean+are+associated+with+defense,+cell+wall+architecture,+N+metabolism,+and+P+metabolism.">Differentially expressed genes in mycorrhized and nodulated roots of common bean are associated with defense, cell wall architecture, N metabolism, and P metabolism.</a> PLoS ONE. 12 (8), e0182328 (2017).</li><li>Karimi, M., Inz&#233;, D., Depicker, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gateway+vectors+for+Agrobacterium-mediated+plant+transformation.">Gateway vectors for Agrobacterium-mediated plant transformation.</a> Trends Plant Sci. 7 (5), 193-195 (2002).</li><li>Broughton, W. J., Dilworth, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+leghemoglobin+synthesis+in+snake+beans.">Control of leghemoglobin synthesis in snake beans.</a> Biochem J. 125 (4), 1075-1080 (1971).</li><li>Jefferson, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+chimeric+genes+in+plants,+the+GUS+gene+fusion+system.">Assaying chimeric genes in plants, the GUS gene fusion system.</a> Plant Mol Biol Rep. 5 (4), 387-405 (1987).</li><li>Cho, H. J., Farrand, S. K., Noel, G. R., Widholm, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-efficiency+induction+of+soybean+hairy+roots+and+propagation+of+the+soybean+cyst+nematode.">High-efficiency induction of soybean hairy roots and propagation of the soybean cyst nematode.</a> Planta. 210 (2), 195-204 (2000).</li><li>Deng, Y., Mao, G., Stutz, W., Yu, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generation+of+Composite+Plants+in+Medicago+truncatula+used+for+Nodulation+Assays.">Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays.</a> J. Vis. Exp. (49), e2633 (2011).</li><li>Kumagai, H., Kouchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+silencing+by+expression+of+hairpin+RNA+in+Lotus+japonicus+roots+and+root+nodules.">Gene silencing by expression of hairpin RNA in Lotus japonicus roots and root nodules.</a> Mol Plant Microbe Interact. 16 (8), 663-668 (2003).</li><li>Okamoto, S., Yoro, E., Suzaki, T., Kawaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hairy+Root+Transformation+in+Lotus+japonicus.">Hairy Root Transformation in Lotus japonicus.</a> Bio-protocol. 3 (12), e795 (2013).</li><li>Jacobs, T. B., Martin, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+CRISPR+Vector+Construction+and+Characterization+of+DNA+Modifications+by+Generation+of+Tomato+Hairy+Roots.">High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots.</a> J. Vis. Exp. (110), e53843 (2016).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agrobacterium+rhizogenes-transformation+of+the+Phaseolus+spp.:+a+tool+for+functional+genomics.">Agrobacterium rhizogenes-transformation of the Phaseolus spp.: a tool for functional genomics.</a> Mol Plant Microbe Interact. 19 (12), 1385-1393 (2006).</li></ol>

जीन के कार्यात्मक विश्लेषण के दौरान, जीन अभिव्यक्ति पैटर्न का अध्ययन vivo मेंजीन के स्थानिक और लौकिक विनियमन को समझने में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है । एक अच्छी तरह से ज्ञात विधि जीन अभिव्यक्ति पै...

प्रवर्तक महत्वपूर्ण आणविक जैविक उपकरण हैं जो ब्याज के जीन की अभिव्यक्ति के नियमन को समझने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं. प्रवर्तकों डीएनए जीन अनुक्रम के अनुवाद दीक्षा codon के ऊपर स्थित अनुक्रम कर रहे है और वे जीन की केंद्रीय नियामक जानकारी ले; इसलिए, उनके सही एनोटेशन और लक्षण वर्णन जीन समारोह को समझने के लिए महत्वपूर्ण हैं । अभिव्यक्ति पैटर्न के आधार पर, संयंत्र प्रवर्तकों के रूप में वर्गीकृत किया जाता है, ऊतक विशिष्ट, या विकास-चरण-विशिष्ट और inducible1। transcriptomic प्रौद्योगिकियों में प्रगति, कंप्यूटर मॉडलिंग में सुधार, और विभिन्न प्रजातियों के पौधे के लिए जीनोम दृश्यों की बढ़ती संख्या की उपलब्धता प्रमोटर जुगाड़ की बड़े पैमाने पर भविष्यवाणी की सुविधा है2.
दूसरी ओर, यह भी प्रमोटर मूल्यांकन उपकरण और आनुवंशिक परिवर्तन तकनीक है कि तेजी से कर रहे हैं, कुशल स्थापित करने के लिए महत्वपूर्ण है, और प्रतिलिपि । अंय मॉडल संयंत्रों के विपरीत, आम बीन फली के कार्यात्मक लक्षण वर्णन (पी.) जीन मुख्य रूप से Phaseolus सपा के अड़ियल स्वभाव के कारण में बाधा है । स्थिर आनुवंशिक परिवर्तन के लिए । क्षणिक परिवर्तन प्रणालियों तेजी से जीन कार्यात्मक लक्षण वर्णन3अध्ययन के लिए एक विकल्प के रूप में सेवा । फली सहजीवन अनुसंधान में, फली मेजबान संयंत्र और rhizobial जीवाणु के बीच बातचीत पिंड के कार्यात्मक विश्लेषण के लिए सबसे योग्य मॉडल प्रणालियों में से एक है विशिष्ट जीन और प्रमोटर अध्ययन । अब तक इन symbioses से संबंधित कई फली प्रवर्तकों की विशेषता रही है, यथा, मेडिकागो truncatula PT44, SWEET115, लोटस japonicus Cyclops, UBQ6, VAG17, Glycine मैक्स PT5 8, Exo70J9, पी. के. RbohB10,11,12, TRE113, PI3K14, टो15, आदि । सीआईएस तत्वों सीधे जीन विनियमन को प्रभावित । प्रतिलेखन कारक ENBP1A जल्दी nodulin VfENOD12 के एक सीआईएस विनियामक क्षेत्र (− ६९२ bp) के लिए बाइंड कर देता है, और यह primordia Vicia16के पिंड faba में एक रिपोर्टर जीन की अभिव्यक्ति की सुविधा । सीआईएस विनियामक क्षेत्रों का प्रतिस्थापन (− १६१ से − ४८ बीपी) पिंड-विशिष्ट प्रवर्तक leghemoglobin GLB3 के heterologous के साथ कटा हुआ प्रवर्तकों δ-p35S और δ-pNOS, पिंड विशिष्टता और कम प्रमोटर गतिविधि की हानि के परिणामस्वरूप17 .
पिछली रिपोर्टों से पता चलता है कि प्रतिलेखन कारक जड़ बालों की कोशिकाओं में rhizobial संक्रमण की दीक्षा के लिए नीं आवश्यक है और एल japonicus18में पिंड organogenesis के लिए भी आवश्यक है । वर्तमान अध्ययन में, हम पहचान, अलगाव, क्लोनिंग के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन है, और आम बीन बालों की जड़ों में पिंड-विशिष्ट प्रमोटर के लक्षण वर्णन । इस लक्ष्य को प्राप्त करने के लिए, हम एक rhizobial सहजीवन-विशिष्ट नीं प्रवर्तक का चयन किया और एक transcriptional फ्यूजन में chimeric रिपोर्टर गस को क्लोन-बढ़ाया:: GFP । इसके अलावा, इस प्रोटोकॉल पी. ए. rhizogenes प्रेरित बालों की जड़ों का उपयोग कर में आनुवंशिक परिवर्तन की एक तेजी से और बहुमुखी प्रणाली का वर्णन । इस प्रणाली से कम 2 हफ्तों में परिवर्तन के बाद बालों जड़ों उत्पंन करता है । अंत में, हम गस धुंधला द्वारा rhizobia बृहदांत्र जड़ पिंड में नीं प्रमोटर की spatiotemporal अभिव्यक्ति का आकलन किया ।
यहां वर्णित प्रक्रिया न केवल nodulation और फली संयंत्रों के mycorrhization11 के अध्ययन के लिए उपयोगी हो सकती है, लेकिन यह भी जड़ें19में प्रमोटर अभिव्यक्ति पैटर्न के अध्ययन के लिए । इसके अलावा, इस प्रोटोकॉल गैर विशेष प्रयोगशालाओं में उपयोग करने के लिए आसान है ।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1125">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Primers for qRT-PCR assay</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pNIN Forward</td>
			<td>CACC ATA GCT CCC CAA AAT GGT AT</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pNIN Reverse</td>
			<td style="width:253px;">CAT CTT CCT TCC ACT AAC TAA C</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M13 Forward</td>
			<td>GTA AAA CGA CGG CCA G</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M13 Reverse</td>
			<td>CAG GAA ACA GCT ATG AC</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name</td>
			<td style="width:253px;">Company</td>
			<td style="width:460px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">REAGENTS</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">K243520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gateway LR Clonase II Enzyme Mix&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">11791100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">pBGWFS7.0&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Plant systems biology</td>
			<td style="width:460px;">https://gateway.psb.ugent.be/vector/show/pBGWFS7/search/index/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Platinum Taq DNA Polymerase</td>
			<td style="width:253px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:460px;">10966018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">DNeasy Plant Mini Kit</td>
			<td style="width:253px;">Qiagen</td>
			<td>69104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">PureLink Quick Gel Extraction Kit</td>
			<td style="width:253px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:460px;">K210012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Platinum Pfx DNA Polymerase</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">11708013</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:245px;">Certified Molecular Biology Agarose</td>
			<td style="width:253px;">Bio-Rad</td>
			<td>1613102</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">One Shot TOP10 Chemically Competent E. coli</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">C404006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Nacl</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">S7653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tryptone</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">T7293-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Yeast extract</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">Y1625-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bacteriological agar</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">A5306-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Kanamycin sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">60615-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Spectinomycin sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>PHR1441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethyl alcohol</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bacteriological peptone</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">P0556</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Calcium chloride</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">C1016</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Nalidixic acid</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">N8878</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesium sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">M7506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Gel loading solution</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">G7654</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name</td>
			<td style="width:253px;">Company</td>
			<td style="width:460px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EQUIPMENT</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Thermocycler</td>
			<td style="width:253px;">Veriti Thermal Cycler</td>
			<td style="width:460px;">4375786</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Centrifuge</td>
			<td style="width:253px;">Sigma</td>
			<td style="width:460px;">Sigma 1-14K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Gel documentation unit</td>
			<td style="width:253px;">Carestream&#160;</td>
			<td style="width:460px;">Gel Logic 212 PRO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">MaxQ SHKE6000 6000 Shaking Incubator - 115VAC</td>
			<td style="width:253px;">Thermo scientific</td>
			<td style="width:460px;">EW-51708-70</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Plant growth chamber</td>
			<td style="width:253px;">MRC</td>
			<td>PGI-550RH&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Horizantal laminarair flow cabinate</td>
			<td style="width:253px;">Lumistell</td>
			<td style="width:460px;">LH-120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Fluorescent microscope</td>
			<td style="width:253px;">Leica&#160;</td>
			<td style="width:460px;">DM4500 B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Petridish</td>
			<td style="width:253px;">sym laboratorios</td>
			<td style="width:460px;">90X15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Scalpel Blade&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Fisher scientific</td>
			<td style="width:460px;">53223</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Falcon 15mL Conical Centrifuge Tubes</td>
			<td style="width:253px;">Fisher scientific</td>
			<td style="width:460px;">14-959-53A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">22 mL glass tubes</td>
			<td style="width:253px;">Thomas scientific</td>
			<td style="width:460px;">45048-16150</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean

जीन कोडिंग अनुक्रम के ऊपर अनुक्रम प्रमोटर जुगाड़ के रूप में पद पर हैं । प्रवर्तकों के अभिव्यक्ति पैटर्न का अध्ययन करने से जीन विनियमन और लक्ष्य जीनों के spatiotemporal अभिव्यक्ति पैटर्न को समझने में बहुत महत्वपूर्ण हैं. दूसरी ओर, यह भी प्रमोटर मूल्यांकन उपकरण और आनुवंशिक परिवर्तन तकनीक है कि तेजी से कर रहे हैं, कुशल स्थापित करने के लिए महत्वपूर्ण है, और प्रतिलिपि । इस अध्ययन में हमने rhizobial सहजीवन-विशिष्ट पिंड स्थापना के spatiotemporal अभिव्यक्ति पैटर्न की जांच की (नीं) ट्रांसजेनिक बालों की जड़ों में Phaseolus के प्रवर्तक । संयंत्र जीनोम डेटाबेस और विश्लेषण उपकरण हम पहचान, पृथक का उपयोग करना, और एक transcriptional संलयन में P. नीं प्रमोटर क्लोन chimeric रिपोर्टर β-glucuronidase (गस) गस-बढ़ाया: GFP । इसके अलावा, इस प्रोटोकॉल पी एग्रोबेक्टीरियम rhizogenes प्रेरित बालों की जड़ों का उपयोग कर में आनुवंशिक परिवर्तन की एक तेजी से और बहुमुखी प्रणाली का वर्णन । इस प्रणाली के परिवर्तन के बाद 10 से 12 दिनों में ≥ 2 सेमी बालों वाली जड़ें उत्पंन करता है । इसके बाद, हमने पोस्ट-टीका के आवधिक अंतरालों पर Rhizobium inoculated बालों की जड़ों में निं न प्रवर्तक की spatiotemporal अभिव्यक्ति का मूल्यांकन किया । हमारे गस गतिविधि द्वारा दर्शाया परिणाम बताते है कि nodulation की प्रक्रिया के दौरान नीं प्रमोटर सक्रिय था । साथ में, वर्तमान प्रोटोकॉल दर्शाता है कि कैसे की पहचान करने के लिए, अलग, क्लोन, और आम बीन बालों की जड़ों में एक संयंत्र प्रवर्तक विशेषताएं । इसके अलावा, इस प्रोटोकॉल गैर विशेष प्रयोगशालाओं में उपयोग करने के लिए आसान है ।

इस अध्ययन का मकसद पिंडी-विशिष्ट पी. spatiotemporal की अभिव्यक्ति पैटर्न का आंकलन करना था । ऐसा करने के लिए, निं न जीन की अनुवाद दीक्षा codon के ७०० bp क्षेत्र के ऊपर का चयन किया गया था और चित्?...

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Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

पौध प्रवर्तक विश्लेषण: आम बीन में मूल पिंडी विशिष्ट प्रवर्तक की पहचान और लक्षण वर्णन

प्रवर्तक अभिव्यक्ति विश्लेषण जीन विनियमन और लक्ष्य जीन की spatiotemporal अभिव्यक्ति की समझ में सुधार करने के लिए महत्वपूर्ण हैं । इस के साथ साथ हम एक प्रोटोकॉल की पहचान करने के लिए प्रस्तुत, अलग, और एक संयंत्र प्रवर्तक क्लोन । इसके अलावा, हम आम बीन बालों की जड़ों में पिंडी विशेष प्रमोटर के लक्षण वर्णन ।

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...

Research

JoVE Journal

Biology

Identification and Characterization of Protein Glycosylation using Specific Endo- and Exoglycosidases

और प्रोटीन ग्लाइकोसिलेशन का उपयोग विशिष्ट एंडो और exoglycosidases की पहचान लक्षण वर्णन

Glycosylation, the addition of covalently linked sugars, is a major post-translational modification of proteins that can significantly affect processes ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

संयंत्र प्रोटीन परिसरों के बाद translational संशोधनों की पहचान

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1&#945; Promoter Using Gibson Assembly

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1ÃƒÅ½Ã‚Â± Promoter Using Gibson Assembly

प्लास्मिड वैक्टर की पीढ़ी गिब्सन विधानसभा का उपयोग मानव बढ़ाव फैक्टर-1α प्रमोटर के विनियमन के तहत झंडा टैग प्रोटीन व्यक्त

Gibson assembly (GA) cloning offers a rapid, reliable, and flexible alternative to conventional DNA cloning methods. We used GA to create customized ...

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

में पार्श्व रूट inducible प्रणाली<em&gt; एराबिडोप्सिस</em&gt; और मक्का

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is ...

Methods to Discover Alternative Promoter Usage and Transcriptional Regulation of Murine Bcrp1

तरीके वैकल्पिक प्रमोटर उपयोग और murine Bcrp1 की Transcriptional नियमन डिस्कवर के लिए

Gene expression in different tissues is often controlled by alternative promoters that result in the synthesis of mRNA with unique &#8212; usually ...

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

हेलिएथस एन्युस में बड़े पैमाने पर थर्मल इमेजिंग स्क्रीनिंग द्वारा पौधों के वाष्पीकरण के उपन्यास नियामकों की पहचान

Plant adaptation to biotic and abiotic stresses is governed by a variety of factors, among which the regulation of stomatal aperture in response to water ...

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing for Spatial and Temporal Tissue-Specific Gene Expression Analysis in Plants

पौधों में स्थानिक और लौकिक ऊतक-विशिष्ट जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण के लिए लेजर-कैप्चर माइक्रोडिसेक्शन आरएनए-अनुक्रमण

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

भारित सहसंबंध नेटवर्क के आधार पर विभिन्न आवासों में रूट माइक्रोबायोटा का विचलन

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...

An Improved Chemotaxis Assay for the Rapid Identification of Rhizobacterial Chemoattractants in Root Exudates

रूट एक्सूडेट्स में Rhizobacterial Chemoattractants की तेजी से पहचान के लिए एक बेहतर Chemotaxis परख

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward ...

Isolation and Characterization of Intact Phycobilisome in Cyanobacteria

सायनोबैक्टीरिया में बरकरार Phycobilisome के अलगाव और लक्षण वर्णन

In cyanobacteria, phycobilisome is a vital antenna protein complex that harvests light and transfers energy to photosystem I and II for photochemistry. ...