Name: plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean
Uploaded: 2017-12-23T12:30:00
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この仕事は部分的に総局・ デ ・ Asuntos ・ デル ・によって支えられた個人的な Académico、DGAPA/PAPIIT-ウナム (付与なし。蘇州妙林鋼と M K に IA205117 IN219916A) と国立ナシオナル デ サイエンス y Tecnològia (CONACYT グラント号 240614 ミリリットルに)。

1. 識別、分離、およびp. 尋常性ニン プロモーターのクローニング
<ol>
	<li>興味の遺伝子のプロモーターを識別します。Phytozome、Ensembl 植物、NCBI、等A マメ科植物プロモーター P. 尋常性ニン (PvNIN; などの植物に使用できるいくつかのゲノム データベースと解析ツールがあります。Phvul.009G115800) はこの研究20で使用されました。</li>
	<li>デザイン oligos ゲー?...

<ol>
	<li>Hern&#225;ndez-Garcia, C. M., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+validation+of+promoters+and+cis-actingregulatory+elements.">Identification and validation of promoters and cis-actingregulatory elements.</a> Plant Science. 217-218, 109-119 (2014).</li><li>Dhanapal, A. P., Govindaraj, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unlimited+Thirst+for+Genome+Sequencing,+Data+Interpretation,+and+Database+Usage+in+Genomic+Era:+The+Road+towards+Fast-Track+Crop+Plant+Improvement.">Unlimited Thirst for Genome Sequencing, Data Interpretation, and Database Usage in Genomic Era: The Road towards Fast-Track Crop Plant Improvement.</a> Genetics Research International. , 684321 (2015).</li><li>Nanjareddy, N., Arthikala, M. K., Blanco, L., Arellano, E. S., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protoplast+isolation,+transient+transformation+of+leaf+mesophyll+protoplasts+and+improved+Agrobacterium-mediated+leaf+disc+infiltration+of+Phaseolus+vulgaris:+Tools+for+rapid+gene+expression+analysis.">Protoplast isolation, transient transformation of leaf mesophyll protoplasts and improved Agrobacterium-mediated leaf disc infiltration of Phaseolus vulgaris: Tools for rapid gene expression analysis.</a> BMC Biotechnol. 16 (1), 53 (2016).</li><li>Pumplin, N., Zhang, X., Noar, R. D., Harrison, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polar+localization+of+a+symbiosis-specific+phosphate+transporter+is+mediated+by+a+transient+reorientation+of+secretion.">Polar localization of a symbiosis-specific phosphate transporter is mediated by a transient reorientation of secretion.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (11), E665-E672 (2012).</li><li>Kryvoruchko, I. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MtSWEET11,+a+Nodule-Specific+Sucrose+Transporter+of+Medicago+truncatula.">MtSWEET11, a Nodule-Specific Sucrose Transporter of Medicago truncatula.</a> Plant Physiol. 171 (1), 554-565 (2016).</li><li>Suzaki, T., Yano, K., Ito, M., Umehara, Y., Suganuma, N., Kawaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Positive+and+negative+regulation+of+cortical+cell+division+during+root+nodule+development+in+Lotus+japonicus+is+accompanied+by+auxin+response.">Positive and negative regulation of cortical cell division during root nodule development in Lotus japonicus is accompanied by auxin response.</a> Development. 139 (21), 3997-4006 (2012).</li><li>Suzaki, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endoreduplication-mediated+initiation+of+symbiotic+organ+development+in+Lotus+japonicus.">Endoreduplication-mediated initiation of symbiotic organ development in Lotus japonicus.</a> Development. 141 (12), 2441-2445 (2014).</li><li>Qin, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+high-affinity+phosphate+transporter+GmPT5+regulates+phosphate+transport+to+nodules+and+nodulation+in+soybean.">The high-affinity phosphate transporter GmPT5 regulates phosphate transport to nodules and nodulation in soybean.</a> Plant Physiol. 159 (4), 1634-1643 (2012).</li><li>Wang, Z., Panfeng, L., Yan, Y., Chi, Y., Fan, B., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+Functional+Analysis+of+a+Novel+Group+of+Legume-specific+WRKY+and+Exo70+Protein+Variants+from+Soybean.">Expression and Functional Analysis of a Novel Group of Legume-specific WRKY and Exo70 Protein Variants from Soybean.</a> Sci Rep. 6, 32090 (2016).</li><li>Montiel, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene+is+required+for+root+infection+by+Rhizobia.">A Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene is required for root infection by Rhizobia.</a> Plant Cell Physiol. 53 (10), 1751-1767 (2012).</li><li>Arthikala, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PvRbohB+negatively+regulates+Rhizophagus+irregularis+colonization+in+Phaseolus+vulgaris.">PvRbohB negatively regulates Rhizophagus irregularis colonization in Phaseolus vulgaris.</a> Plant Cell Physiol. 54 (8), 1391-1402 (2013).</li><li>Arthikala, M. K., S&#225;nchez-L&#243;pez, R., Nava, N., Santana, O., C&#225;rdenas, L., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RbohB+a+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene,+enhances+symbiosome+number,+bacteroid+size,+and+nitrogen+fixation+in+nodules+and+impairs+mycorrhizal+colonization.">RbohB a Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene, enhances symbiosome number, bacteroid size, and nitrogen fixation in nodules and impairs mycorrhizal colonization.</a> New Phytol. 202 (3), 886-900 (2014).</li><li>Barraza, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Down-regulation+of+PvTRE1+enhances+nodule+biomass+and+bacteroid+number+in+the+common+bean.">Down-regulation of PvTRE1 enhances nodule biomass and bacteroid number in the common bean.</a> New Phytol. 197 (1), 194-206 (2013).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+autophagy-related+kinase+is+essential+for+the+symbiotic+relationship+between+Phaseolus+vulgaris+and+both+rhizobia+and+arbuscular+mycorrhizal+fungi.">An autophagy-related kinase is essential for the symbiotic relationship between Phaseolus vulgaris and both rhizobia and arbuscular mycorrhizal fungi.</a> Plant Cell. 28 (9), 2326-2341 (2016).</li><li>Nanjareddy, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Legume+TOR+Protein+Kinase+Regulates+Rhizobium+Symbiosis+and+Is+Essential+for+Infection+and+Nodule+Development.">A Legume TOR Protein Kinase Regulates Rhizobium Symbiosis and Is Essential for Infection and Nodule Development.</a> Plant Physiol. 172 (3), 2002-2020 (2016).</li><li>Fr&#252;hling, M., Schr&#246;der, G., Hohnjec, N., P&#252;hler, A., Perlick, A. M., K&#252;ster, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+promoter+of+the+Vicia+faba+L.+gene+VfEnod12+encoding+an+early+nodulin+is+active+in+cortical+cells+and+nodule+primordia+of+transgenic+hairy+roots+of+Vicia+hirsuta+as+well+as+in+the+prefixing+zone+II+of+mature+transgenic+V.+hirsuta+root+nodules.">The promoter of the Vicia faba L. gene VfEnod12 encoding an early nodulin is active in cortical cells and nodule primordia of transgenic hairy roots of Vicia hirsuta as well as in the prefixing zone II of mature transgenic V. hirsuta root nodules.</a> Plant Science. 160 (1), 67-75 (2000).</li><li>Szabados, L., Ratet, P., Grunenberg, B., de Bruijn, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+analysis+of+the+Sesbania+rostrata+leghemoglobin+glb3+gene+5'-upstream+region+in+transgenic+Lotus+corniculatus+and+Nicotiana+tabacum+plants.">Functional analysis of the Sesbania rostrata leghemoglobin glb3 gene 5'-upstream region in transgenic Lotus corniculatus and Nicotiana tabacum plants.</a> Plant Cell Online. 2 (10), 973-986 (1990).</li><li>Madsen, L. H., Tirichine, L., Jurkiewicz, A., Sullivan, J. T., Heckmann, A. B., Bek, A. S., Ronson, C. W., James, E. K., Stougaard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+network+governing+nodule+organogenesis+and+infection+in+the+model+legume+Lotus+japonicus.">The molecular network governing nodule organogenesis and infection in the model legume Lotus japonicus.</a> Nat Commun. 12, 1-10 (2010).</li><li>Montiel, J., Arthikala, M. K., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phaseolus+vulgaris+RbohB+functions+in+lateral+root+development.">Phaseolus vulgaris RbohB functions in lateral root development.</a> Plant Signal Behav. 8 (1), 1-3 (2013).</li><li>Nanjareddy, K., Arthikala, M. K., G&#243;mez, B. M., Blanco, L., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differentially+expressed+genes+in+mycorrhized+and+nodulated+roots+of+common+bean+are+associated+with+defense,+cell+wall+architecture,+N+metabolism,+and+P+metabolism.">Differentially expressed genes in mycorrhized and nodulated roots of common bean are associated with defense, cell wall architecture, N metabolism, and P metabolism.</a> PLoS ONE. 12 (8), e0182328 (2017).</li><li>Karimi, M., Inz&#233;, D., Depicker, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gateway+vectors+for+Agrobacterium-mediated+plant+transformation.">Gateway vectors for Agrobacterium-mediated plant transformation.</a> Trends Plant Sci. 7 (5), 193-195 (2002).</li><li>Broughton, W. J., Dilworth, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+leghemoglobin+synthesis+in+snake+beans.">Control of leghemoglobin synthesis in snake beans.</a> Biochem J. 125 (4), 1075-1080 (1971).</li><li>Jefferson, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+chimeric+genes+in+plants,+the+GUS+gene+fusion+system.">Assaying chimeric genes in plants, the GUS gene fusion system.</a> Plant Mol Biol Rep. 5 (4), 387-405 (1987).</li><li>Cho, H. J., Farrand, S. K., Noel, G. R., Widholm, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-efficiency+induction+of+soybean+hairy+roots+and+propagation+of+the+soybean+cyst+nematode.">High-efficiency induction of soybean hairy roots and propagation of the soybean cyst nematode.</a> Planta. 210 (2), 195-204 (2000).</li><li>Deng, Y., Mao, G., Stutz, W., Yu, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generation+of+Composite+Plants+in+Medicago+truncatula+used+for+Nodulation+Assays.">Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays.</a> J. Vis. Exp. (49), e2633 (2011).</li><li>Kumagai, H., Kouchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+silencing+by+expression+of+hairpin+RNA+in+Lotus+japonicus+roots+and+root+nodules.">Gene silencing by expression of hairpin RNA in Lotus japonicus roots and root nodules.</a> Mol Plant Microbe Interact. 16 (8), 663-668 (2003).</li><li>Okamoto, S., Yoro, E., Suzaki, T., Kawaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hairy+Root+Transformation+in+Lotus+japonicus.">Hairy Root Transformation in Lotus japonicus.</a> Bio-protocol. 3 (12), e795 (2013).</li><li>Jacobs, T. B., Martin, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+CRISPR+Vector+Construction+and+Characterization+of+DNA+Modifications+by+Generation+of+Tomato+Hairy+Roots.">High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots.</a> J. Vis. Exp. (110), e53843 (2016).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agrobacterium+rhizogenes-transformation+of+the+Phaseolus+spp.:+a+tool+for+functional+genomics.">Agrobacterium rhizogenes-transformation of the Phaseolus spp.: a tool for functional genomics.</a> Mol Plant Microbe Interact. 19 (12), 1385-1393 (2006).</li></ol>

遺伝子の機能解析の中には、遺伝子発現パターンの研究は生体内で遺伝子の空間的で、一時的な規則を理解する上で重要な役割を果たしています。遺伝子発現パターンを勉強するよく知られているメソッドは、興味の遺伝子プロモーター領域のクローンを作成する蛍光マーカー遺伝子(GFP、RFP 等)など β-グルクロニダーゼ レポーター遺伝子の上流。ここで、ルート結節の共生 (RNS...

プロモーターは、興味の遺伝子の発現調節機構を理解する上で重要な役割を果たす重要な分子生物学的ツールです。プロモーターは、dna 塩基配列を上流にある翻訳の系列の遺伝子の開始コドンと彼らを運ぶ遺伝子の中央の規制情報したがって、正しい注釈、特性は、遺伝子の機能を理解することに不可欠です。発現パターンに応じて植物プロモーターは、構成、組織固有または開発段階固有および誘導の1として分類されます。トランスクリプトーム技術、コンピュータ モデルの改善および別の植物種のためのゲノム配列の数の増加の可用性の進歩はプロモーター配列2の大規模な予測を容易にしました。
その一方で、プロモーター評価ツールと、高速で効率的、かつ再現性のある形質転換技術の確立に重要ですも。他のモデル植物とは異なり、豆マメ (P. 尋常性) の共通の遺伝子の機能解析はインゲンマメsp 安定な形質転換のための反抗的な性質のために主に阻害します。一時的な変形システムは、迅速な遺伝子機能解析研究3のための代替として機能します。マメ科共生研究のマメ科植物と根粒菌の相互作用は、根粒特異遺伝子のプロモーターの研究機能の解析に最も扱いやすいモデル システムの 1 つです。これまでのところ、これらの共生に関連するいくつかのマメ科植物プロモーターがされている特徴、すなわち、ウマゴヤシ分子PT44SWEET115、ミヤコグササイクロプス UBQ6VAG17、グリシン最大 PT58Exo70J9, P. 尋常性RbohB10、11,12、TRE113、PI3K14、TOR15、など。Cis要素直接遺伝子に影響を与えます。転写因子 ENBP1A は初期 nodulin VfENOD12 のCisの規制地域 (−692 bp) に結合し、これはソラマメ16の根粒原基におけるレポーター遺伝子の発現を促進します。Cisの規制領域の置換 (−48 bp −161) 根粒特異プロモーターの異種のレグヘモグロビン GLB3 プロモーター δ p35S と δ pNOS、根粒特異性の損失で起因し、プロモーター活性17 低下.
以前のレポートを示す転写因子ニン根毛細胞における根粒菌感染の開始に必要なミヤコグサ18根粒器官形成に欠かせないも.現在の研究では、識別、分離、クローニングおよび一般的な豆毛状根における根粒特異プロモーターのキャラクタリゼーションのためのプロトコルについて述べる。、これを達成するためには、 P. 尋常性の根粒菌共生固有ニン プロモーターを選択され、キメラ記者 GUS enhanced::GFP 転写融合のクローンします。さらに、このプロトコルでは、 A. 体の獲得による毛状根を用いたP. 尋常性における遺伝的変換処理の迅速かつ汎用性の高いシステムについて説明します。このシステムは、変換後の 2 週間以内に毛状根を生成します。最後に、GUS 染色によって植民地化された根粒菌根粒でニン プロモーターの時空間の発現を検討しました。
ここで説明する手順は、だけでなく、マメ科植物の根粒形成と mycorrhization の11の研究でも根19プロモーター発現パターンの調査のために役立ちます。さらに、このプロトコルは、非専門の所で使いやすいです。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1125">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Primers for qRT-PCR assay</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pNIN Forward</td>
			<td>CACC ATA GCT CCC CAA AAT GGT AT</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pNIN Reverse</td>
			<td style="width:253px;">CAT CTT CCT TCC ACT AAC TAA C</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M13 Forward</td>
			<td>GTA AAA CGA CGG CCA G</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M13 Reverse</td>
			<td>CAG GAA ACA GCT ATG AC</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name</td>
			<td style="width:253px;">Company</td>
			<td style="width:460px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">REAGENTS</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">K243520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gateway LR Clonase II Enzyme Mix&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">11791100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">pBGWFS7.0&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Plant systems biology</td>
			<td style="width:460px;">https://gateway.psb.ugent.be/vector/show/pBGWFS7/search/index/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Platinum Taq DNA Polymerase</td>
			<td style="width:253px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:460px;">10966018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">DNeasy Plant Mini Kit</td>
			<td style="width:253px;">Qiagen</td>
			<td>69104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">PureLink Quick Gel Extraction Kit</td>
			<td style="width:253px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:460px;">K210012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Platinum Pfx DNA Polymerase</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">11708013</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:245px;">Certified Molecular Biology Agarose</td>
			<td style="width:253px;">Bio-Rad</td>
			<td>1613102</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">One Shot TOP10 Chemically Competent E. coli</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">C404006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Nacl</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">S7653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tryptone</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">T7293-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Yeast extract</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">Y1625-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bacteriological agar</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">A5306-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Kanamycin sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">60615-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Spectinomycin sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>PHR1441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethyl alcohol</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bacteriological peptone</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">P0556</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Calcium chloride</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">C1016</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Nalidixic acid</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">N8878</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesium sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">M7506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Gel loading solution</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">G7654</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name</td>
			<td style="width:253px;">Company</td>
			<td style="width:460px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EQUIPMENT</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Thermocycler</td>
			<td style="width:253px;">Veriti Thermal Cycler</td>
			<td style="width:460px;">4375786</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Centrifuge</td>
			<td style="width:253px;">Sigma</td>
			<td style="width:460px;">Sigma 1-14K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Gel documentation unit</td>
			<td style="width:253px;">Carestream&#160;</td>
			<td style="width:460px;">Gel Logic 212 PRO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">MaxQ SHKE6000 6000 Shaking Incubator - 115VAC</td>
			<td style="width:253px;">Thermo scientific</td>
			<td style="width:460px;">EW-51708-70</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Plant growth chamber</td>
			<td style="width:253px;">MRC</td>
			<td>PGI-550RH&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Horizantal laminarair flow cabinate</td>
			<td style="width:253px;">Lumistell</td>
			<td style="width:460px;">LH-120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Fluorescent microscope</td>
			<td style="width:253px;">Leica&#160;</td>
			<td style="width:460px;">DM4500 B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Petridish</td>
			<td style="width:253px;">sym laboratorios</td>
			<td style="width:460px;">90X15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Scalpel Blade&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Fisher scientific</td>
			<td style="width:460px;">53223</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Falcon 15mL Conical Centrifuge Tubes</td>
			<td style="width:253px;">Fisher scientific</td>
			<td style="width:460px;">14-959-53A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">22 mL glass tubes</td>
			<td style="width:253px;">Thomas scientific</td>
			<td style="width:460px;">45048-16150</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean

シーケンスを符号化する遺伝子の上流の配列は、プロモータ配列として名づけられます。プロモーターの発現パターンを勉強している非常に重要な遺伝子発現制御と標的遺伝子の時空間の発現パターンを理解します。その一方で、プロモーター評価ツールと、高速で効率的、かつ再現性のある形質転換技術の確立に重要ですも。この研究では、遺伝子組換えの毛状根のインゲンの根粒菌の共生固有結節創業 (NIN) プロモーターの時空間の発現パターンを調べた。植物ゲノム データベースと我々 を識別、分析ツールを使用して孤立してキメラの記者に転写融合でP. 尋常性ニン プロモーターをクローン (GUS) の β-グルクロニダーゼ活性ガス enhanced::GFP。さらに、このプロトコルは、 P. 尋常性サツマイモネコブセンチュウによる毛状根を用いた遺伝的変容の迅速かつ汎用性の高いシステムを説明します。このシステムでは、変換後 10 〜 12 日間で ≥2 cm 毛状根を生成します。次に、根粒菌接種後接種の定期的な間隔で毛状根におけるニン プロモーターの時空間表現を評価しました。ガスの活動によって描かれた結果表示ニン プロモーターが根粒形成のプロセス中にアクティブだった。一緒に、この議定書は、識別、分離、クローン、および一般的な豆毛状根の植物プロモーターを特徴付ける方法を示します。さらに、このプロトコルは、非専門の所で使いやすいです。

本研究の目的は、根粒特異P. 尋常性ニンの時空間の表現パターンを評価することだった。これを行うには、700 bp の領域は上流のニン遺伝子の翻訳開始コドンが選ばれ、oligos のセットは、図 1 aに示されている、設計されました。高忠実度のポリメラーゼを使用して、ニン プロモーター断片が増幅された、(図 1 b</stron...

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Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

植物プロモーター解析: 同定とルート、インゲンの根粒特異的プロモーターの解析

プロモーター発現解析は遺伝子の規則の理解と標的遺伝子発現の時空間を改善するために重要です。ここを識別、分離、および植物プロモーターのクローンを作成するためのプロトコルを提案する.さらに、一般的な豆毛状根における根粒特異プロモーターの特性について述べる。

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...

Research

JoVE Journal

Biology

Identification and Characterization of Protein Glycosylation using Specific Endo- and Exoglycosidases

特定のエンド - およびエキソグリコシダーゼを用いたタンパク質のグリコシル化の同定と特性評価

Glycosylation, the addition of covalently linked sugars, is a major post-translational modification of proteins that can significantly affect processes ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

植物タンパク質複合体の翻訳後修飾の同定

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1&#945; Promoter Using Gibson Assembly

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1ÃƒÅ½Ã‚Â± Promoter Using Gibson Assembly

ギブソンアセンブリを使用して、ヒト伸長因子1αプロモーターの制御下でFLAGタグ化タンパク質を発現するプラスミドベクターの作製

Gibson assembly (GA) cloning offers a rapid, reliable, and flexible alternative to conventional DNA cloning methods. We used GA to create customized ...

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

側根誘導系で<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;とトウモロコシ

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is ...

Methods to Discover Alternative Promoter Usage and Transcriptional Regulation of Murine Bcrp1

代替プロモーターの使用およびマウスBcrp1の転写調節を発見する方法

Gene expression in different tissues is often controlled by alternative promoters that result in the synthesis of mRNA with unique &#8212; usually ...

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

ヘリアンサス・アンヌウスにおける大規模な熱画像スクリーニングによる植物蒸散の新規レギュレーターの同定

Plant adaptation to biotic and abiotic stresses is governed by a variety of factors, among which the regulation of stomatal aperture in response to water ...

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing for Spatial and Temporal Tissue-Specific Gene Expression Analysis in Plants

植物における空間的および時間的組織特異的な遺伝子発現解析のためのレーザー捕捉マイクロ解離RNAシーケンシング

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

重み付け相関ネットワークに基づく異なる生息地における根内微生物叢の発散

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...

An Improved Chemotaxis Assay for the Rapid Identification of Rhizobacterial Chemoattractants in Root Exudates

根の滲出液中の根茎細菌の化学誘引物質の迅速な同定のための改良された気化症アッセイ

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward ...

Isolation and Characterization of Intact Phycobilisome in Cyanobacteria

シアノバクテリアにおけるインタクトフィコビリソームの分離と特徴付け

In cyanobacteria, phycobilisome is a vital antenna protein complex that harvests light and transfers energy to photosystem I and II for photochemistry. ...