Name: plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean
Uploaded: 2017-12-23T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean at JoVE.com

Эта работа частично была поддержана дель Dirección General de по личной истории, DGAPA/PAPIIT-НАУ (Грант нет. IN219916 Мирча и IA205117 для М-K. A) и y Consejo Nacional de наук Tecnològia (КОНАСИТ Грант № 240614 м.л.).

1. Идентификация, изоляции и клонирование P. Vulgaris Нин промоутер
<ol>
	<li>Определите последовательность промоутер для гена интереса. Есть несколько баз данных генома и инструменты анализа для растений, таких как Phytozome, Ensembl растения, NCBI, и т.д. А бобовых промоутер P. vulgaris Нин (PvNIN; ...

<ol>
	<li>Hern&#225;ndez-Garcia, C. M., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+validation+of+promoters+and+cis-actingregulatory+elements.">Identification and validation of promoters and cis-actingregulatory elements.</a> Plant Science. 217-218, 109-119 (2014).</li><li>Dhanapal, A. P., Govindaraj, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unlimited+Thirst+for+Genome+Sequencing,+Data+Interpretation,+and+Database+Usage+in+Genomic+Era:+The+Road+towards+Fast-Track+Crop+Plant+Improvement.">Unlimited Thirst for Genome Sequencing, Data Interpretation, and Database Usage in Genomic Era: The Road towards Fast-Track Crop Plant Improvement.</a> Genetics Research International. , 684321 (2015).</li><li>Nanjareddy, N., Arthikala, M. K., Blanco, L., Arellano, E. S., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protoplast+isolation,+transient+transformation+of+leaf+mesophyll+protoplasts+and+improved+Agrobacterium-mediated+leaf+disc+infiltration+of+Phaseolus+vulgaris:+Tools+for+rapid+gene+expression+analysis.">Protoplast isolation, transient transformation of leaf mesophyll protoplasts and improved Agrobacterium-mediated leaf disc infiltration of Phaseolus vulgaris: Tools for rapid gene expression analysis.</a> BMC Biotechnol. 16 (1), 53 (2016).</li><li>Pumplin, N., Zhang, X., Noar, R. D., Harrison, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polar+localization+of+a+symbiosis-specific+phosphate+transporter+is+mediated+by+a+transient+reorientation+of+secretion.">Polar localization of a symbiosis-specific phosphate transporter is mediated by a transient reorientation of secretion.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (11), E665-E672 (2012).</li><li>Kryvoruchko, I. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MtSWEET11,+a+Nodule-Specific+Sucrose+Transporter+of+Medicago+truncatula.">MtSWEET11, a Nodule-Specific Sucrose Transporter of Medicago truncatula.</a> Plant Physiol. 171 (1), 554-565 (2016).</li><li>Suzaki, T., Yano, K., Ito, M., Umehara, Y., Suganuma, N., Kawaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Positive+and+negative+regulation+of+cortical+cell+division+during+root+nodule+development+in+Lotus+japonicus+is+accompanied+by+auxin+response.">Positive and negative regulation of cortical cell division during root nodule development in Lotus japonicus is accompanied by auxin response.</a> Development. 139 (21), 3997-4006 (2012).</li><li>Suzaki, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endoreduplication-mediated+initiation+of+symbiotic+organ+development+in+Lotus+japonicus.">Endoreduplication-mediated initiation of symbiotic organ development in Lotus japonicus.</a> Development. 141 (12), 2441-2445 (2014).</li><li>Qin, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+high-affinity+phosphate+transporter+GmPT5+regulates+phosphate+transport+to+nodules+and+nodulation+in+soybean.">The high-affinity phosphate transporter GmPT5 regulates phosphate transport to nodules and nodulation in soybean.</a> Plant Physiol. 159 (4), 1634-1643 (2012).</li><li>Wang, Z., Panfeng, L., Yan, Y., Chi, Y., Fan, B., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+Functional+Analysis+of+a+Novel+Group+of+Legume-specific+WRKY+and+Exo70+Protein+Variants+from+Soybean.">Expression and Functional Analysis of a Novel Group of Legume-specific WRKY and Exo70 Protein Variants from Soybean.</a> Sci Rep. 6, 32090 (2016).</li><li>Montiel, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene+is+required+for+root+infection+by+Rhizobia.">A Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene is required for root infection by Rhizobia.</a> Plant Cell Physiol. 53 (10), 1751-1767 (2012).</li><li>Arthikala, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PvRbohB+negatively+regulates+Rhizophagus+irregularis+colonization+in+Phaseolus+vulgaris.">PvRbohB negatively regulates Rhizophagus irregularis colonization in Phaseolus vulgaris.</a> Plant Cell Physiol. 54 (8), 1391-1402 (2013).</li><li>Arthikala, M. K., S&#225;nchez-L&#243;pez, R., Nava, N., Santana, O., C&#225;rdenas, L., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RbohB+a+Phaseolus+vulgaris+NADPH+oxidase+gene,+enhances+symbiosome+number,+bacteroid+size,+and+nitrogen+fixation+in+nodules+and+impairs+mycorrhizal+colonization.">RbohB a Phaseolus vulgaris NADPH oxidase gene, enhances symbiosome number, bacteroid size, and nitrogen fixation in nodules and impairs mycorrhizal colonization.</a> New Phytol. 202 (3), 886-900 (2014).</li><li>Barraza, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Down-regulation+of+PvTRE1+enhances+nodule+biomass+and+bacteroid+number+in+the+common+bean.">Down-regulation of PvTRE1 enhances nodule biomass and bacteroid number in the common bean.</a> New Phytol. 197 (1), 194-206 (2013).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+autophagy-related+kinase+is+essential+for+the+symbiotic+relationship+between+Phaseolus+vulgaris+and+both+rhizobia+and+arbuscular+mycorrhizal+fungi.">An autophagy-related kinase is essential for the symbiotic relationship between Phaseolus vulgaris and both rhizobia and arbuscular mycorrhizal fungi.</a> Plant Cell. 28 (9), 2326-2341 (2016).</li><li>Nanjareddy, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Legume+TOR+Protein+Kinase+Regulates+Rhizobium+Symbiosis+and+Is+Essential+for+Infection+and+Nodule+Development.">A Legume TOR Protein Kinase Regulates Rhizobium Symbiosis and Is Essential for Infection and Nodule Development.</a> Plant Physiol. 172 (3), 2002-2020 (2016).</li><li>Fr&#252;hling, M., Schr&#246;der, G., Hohnjec, N., P&#252;hler, A., Perlick, A. M., K&#252;ster, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+promoter+of+the+Vicia+faba+L.+gene+VfEnod12+encoding+an+early+nodulin+is+active+in+cortical+cells+and+nodule+primordia+of+transgenic+hairy+roots+of+Vicia+hirsuta+as+well+as+in+the+prefixing+zone+II+of+mature+transgenic+V.+hirsuta+root+nodules.">The promoter of the Vicia faba L. gene VfEnod12 encoding an early nodulin is active in cortical cells and nodule primordia of transgenic hairy roots of Vicia hirsuta as well as in the prefixing zone II of mature transgenic V. hirsuta root nodules.</a> Plant Science. 160 (1), 67-75 (2000).</li><li>Szabados, L., Ratet, P., Grunenberg, B., de Bruijn, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+analysis+of+the+Sesbania+rostrata+leghemoglobin+glb3+gene+5'-upstream+region+in+transgenic+Lotus+corniculatus+and+Nicotiana+tabacum+plants.">Functional analysis of the Sesbania rostrata leghemoglobin glb3 gene 5'-upstream region in transgenic Lotus corniculatus and Nicotiana tabacum plants.</a> Plant Cell Online. 2 (10), 973-986 (1990).</li><li>Madsen, L. H., Tirichine, L., Jurkiewicz, A., Sullivan, J. T., Heckmann, A. B., Bek, A. S., Ronson, C. W., James, E. K., Stougaard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+network+governing+nodule+organogenesis+and+infection+in+the+model+legume+Lotus+japonicus.">The molecular network governing nodule organogenesis and infection in the model legume Lotus japonicus.</a> Nat Commun. 12, 1-10 (2010).</li><li>Montiel, J., Arthikala, M. K., Quinto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phaseolus+vulgaris+RbohB+functions+in+lateral+root+development.">Phaseolus vulgaris RbohB functions in lateral root development.</a> Plant Signal Behav. 8 (1), 1-3 (2013).</li><li>Nanjareddy, K., Arthikala, M. K., G&#243;mez, B. M., Blanco, L., Lara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differentially+expressed+genes+in+mycorrhized+and+nodulated+roots+of+common+bean+are+associated+with+defense,+cell+wall+architecture,+N+metabolism,+and+P+metabolism.">Differentially expressed genes in mycorrhized and nodulated roots of common bean are associated with defense, cell wall architecture, N metabolism, and P metabolism.</a> PLoS ONE. 12 (8), e0182328 (2017).</li><li>Karimi, M., Inz&#233;, D., Depicker, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gateway+vectors+for+Agrobacterium-mediated+plant+transformation.">Gateway vectors for Agrobacterium-mediated plant transformation.</a> Trends Plant Sci. 7 (5), 193-195 (2002).</li><li>Broughton, W. J., Dilworth, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+leghemoglobin+synthesis+in+snake+beans.">Control of leghemoglobin synthesis in snake beans.</a> Biochem J. 125 (4), 1075-1080 (1971).</li><li>Jefferson, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+chimeric+genes+in+plants,+the+GUS+gene+fusion+system.">Assaying chimeric genes in plants, the GUS gene fusion system.</a> Plant Mol Biol Rep. 5 (4), 387-405 (1987).</li><li>Cho, H. J., Farrand, S. K., Noel, G. R., Widholm, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-efficiency+induction+of+soybean+hairy+roots+and+propagation+of+the+soybean+cyst+nematode.">High-efficiency induction of soybean hairy roots and propagation of the soybean cyst nematode.</a> Planta. 210 (2), 195-204 (2000).</li><li>Deng, Y., Mao, G., Stutz, W., Yu, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generation+of+Composite+Plants+in+Medicago+truncatula+used+for+Nodulation+Assays.">Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays.</a> J. Vis. Exp. (49), e2633 (2011).</li><li>Kumagai, H., Kouchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+silencing+by+expression+of+hairpin+RNA+in+Lotus+japonicus+roots+and+root+nodules.">Gene silencing by expression of hairpin RNA in Lotus japonicus roots and root nodules.</a> Mol Plant Microbe Interact. 16 (8), 663-668 (2003).</li><li>Okamoto, S., Yoro, E., Suzaki, T., Kawaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hairy+Root+Transformation+in+Lotus+japonicus.">Hairy Root Transformation in Lotus japonicus.</a> Bio-protocol. 3 (12), e795 (2013).</li><li>Jacobs, T. B., Martin, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+CRISPR+Vector+Construction+and+Characterization+of+DNA+Modifications+by+Generation+of+Tomato+Hairy+Roots.">High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots.</a> J. Vis. Exp. (110), e53843 (2016).</li><li>Estrada-Navarrete, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agrobacterium+rhizogenes-transformation+of+the+Phaseolus+spp.:+a+tool+for+functional+genomics.">Agrobacterium rhizogenes-transformation of the Phaseolus spp.: a tool for functional genomics.</a> Mol Plant Microbe Interact. 19 (12), 1385-1393 (2006).</li></ol>

Во время функционального анализа генов исследование картин выражения гена играет решающую роль в понимании пространственных и временных регуляции генов в естественных условиях. Хорошо известный метод для изучения картин выражения гена является клонирование гена промоутер обла...

Промоутеров являются важными молекулярных биологических инструментами, которые играют решающую роль в понимании регуляции экспрессии генов интерес. Учредителями являются последовательностей ДНК, расположенных вверх по течению перевода последовательностей инициации кодон гена и они несут Центральной нормативная информация генов; Таким образом их правильные аннотации и характеристика имеют жизненно важное значение для понимания функции гена. В зависимости от выражения шаблоны завод промоутеров, классифицируются как учредительный, ткане-, или развития этап конкретных и индуцибельной1. Достижения в области транскриптомики технологий, улучшение компьютерного моделирования и наличие все большего числа последовательности генома для различных видов растений способствовали крупномасштабных предсказание промоутер последовательности2.
С другой стороны важно также установить промоутер оценки инструментов и методов генетической трансформации, которые являются быстрый, эффективный и воспроизводимость. В отличие от других растений, модель функциональные характеристики общих генов бин бобовых (P. vulgaris) препятствует главным образом благодаря непокорных характер sp. фасоль для стабильной генетической трансформации. Переходных преобразований системы служат в качестве альтернативы для быстрого гена функциональная характеристика исследования3. В бобовых симбиоза научные исследования взаимодействие между бобовых растения-хозяина и ризобиальной бактерия является одним из самых шансов справиться с возникающими модель систем для функционального анализа конкреций специфичных генов и промоутер исследований. До настоящего времени, были несколько бобовых промоутеров, связанные с этим симбиозов характеризуется, viz., PT4 Люцерна truncatula 4, SWEET115, Lotus japonicus Циклоп, UBQ6, VAG17, глицин макс PT5 8, Exo70J9, P. vulgaris RbohB10,11,12, TRE113, PI3K14, TOR15, и т.д. СНГ элементы непосредственно влияют на регулирование ген. Фактор транскрипции ENBP1A связывается с регулирования региона СНГ (−692 bp) ранних nodulin VfENOD12, и это облегчает экспрессии гена репортера в конкреций Примордия Vicia Фаба16. Замена регулирования регионов СНГ (−161 для −48 bp) конкреций конкретной промоутера Легоглобин GLB3 с гетерологичных усечено промоутеров δ-p35S и δ-pNOS, привели к потере специфики конкреций и снижение активности промоутер17 .
Предыдущие доклады показывают, что фактор транскрипции Нин требуется для начала ризобиальной инфекции в клетках корневого волоска и необходимы также для органогенеза конкреций в japonicus л18. В настоящем исследовании мы описываем протокол для идентификации, изоляции, клонирование и характеристика конкреций конкретной промоутера в общие корни волосатые бин. Для достижения этой цели, мы выбрали ризобиальной промоутер Нин симбиоз конкретных P. vulgaris и клонирования в transcriptional fusion журналисту химерных гусь enhanced::GFP. Кроме того этот протокол описывает быстрое и универсальная система генетической трансформации в P. vulgaris , используя A. rhizogenes индуцированных волосатые корни. Эта система генерирует волосатые корни в менее чем за 2 недели после преобразования. Наконец мы оценивали пространственно-временных выражение Нин промоутер в rhizobia колонизировали корневого узелки, ГСУ окрашивание.
Процедура, описанная здесь может быть полезным не только для изучения11 узелки и микоризации бобовых растений, но и для изучения промоутер выражений шаблонов в корни19. Кроме того этот протокол является простой в использовании в неспециализированных лабораториях.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1125">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Primers for qRT-PCR assay</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pNIN Forward</td>
			<td>CACC ATA GCT CCC CAA AAT GGT AT</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pNIN Reverse</td>
			<td style="width:253px;">CAT CTT CCT TCC ACT AAC TAA C</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M13 Forward</td>
			<td>GTA AAA CGA CGG CCA G</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">M13 Reverse</td>
			<td>CAG GAA ACA GCT ATG AC</td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name</td>
			<td style="width:253px;">Company</td>
			<td style="width:460px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">REAGENTS</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td style="width:460px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">K243520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gateway LR Clonase II Enzyme Mix&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">11791100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">pBGWFS7.0&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Plant systems biology</td>
			<td style="width:460px;">https://gateway.psb.ugent.be/vector/show/pBGWFS7/search/index/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Platinum Taq DNA Polymerase</td>
			<td style="width:253px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:460px;">10966018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">DNeasy Plant Mini Kit</td>
			<td style="width:253px;">Qiagen</td>
			<td>69104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">PureLink Quick Gel Extraction Kit</td>
			<td style="width:253px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:460px;">K210012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Platinum Pfx DNA Polymerase</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">11708013</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:245px;">Certified Molecular Biology Agarose</td>
			<td style="width:253px;">Bio-Rad</td>
			<td>1613102</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">One Shot TOP10 Chemically Competent E. coli</td>
			<td style="width:253px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:460px;">C404006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Nacl</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">S7653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Tryptone</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">T7293-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Yeast extract</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">Y1625-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bacteriological agar</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">A5306-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Kanamycin sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">60615-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Spectinomycin sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>PHR1441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Ethyl alcohol</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Bacteriological peptone</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">P0556</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Calcium chloride</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">C1016</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Nalidixic acid</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">N8878</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Magnesium sulfate</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">M7506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Gel loading solution</td>
			<td style="width:253px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:460px;">G7654</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Name</td>
			<td style="width:253px;">Company</td>
			<td style="width:460px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">EQUIPMENT</td>
			<td style="width:253px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Thermocycler</td>
			<td style="width:253px;">Veriti Thermal Cycler</td>
			<td style="width:460px;">4375786</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Centrifuge</td>
			<td style="width:253px;">Sigma</td>
			<td style="width:460px;">Sigma 1-14K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Gel documentation unit</td>
			<td style="width:253px;">Carestream&#160;</td>
			<td style="width:460px;">Gel Logic 212 PRO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">MaxQ SHKE6000 6000 Shaking Incubator - 115VAC</td>
			<td style="width:253px;">Thermo scientific</td>
			<td style="width:460px;">EW-51708-70</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Plant growth chamber</td>
			<td style="width:253px;">MRC</td>
			<td>PGI-550RH&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Horizantal laminarair flow cabinate</td>
			<td style="width:253px;">Lumistell</td>
			<td style="width:460px;">LH-120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Fluorescent microscope</td>
			<td style="width:253px;">Leica&#160;</td>
			<td style="width:460px;">DM4500 B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Petridish</td>
			<td style="width:253px;">sym laboratorios</td>
			<td style="width:460px;">90X15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">Scalpel Blade&#160;</td>
			<td style="width:253px;">Fisher scientific</td>
			<td style="width:460px;">53223</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:245px;">Falcon 15mL Conical Centrifuge Tubes</td>
			<td style="width:253px;">Fisher scientific</td>
			<td style="width:460px;">14-959-53A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:245px;">22 mL glass tubes</td>
			<td style="width:253px;">Thomas scientific</td>
			<td style="width:460px;">45048-16150</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

plant promoter analysis: identification and characterization of root nodule specific promoter in the common bean

Вверх по течению последовательности кодирования последовательностей гена называются в качестве промоутера последовательности. Изучая выражение закономерности промоутеров очень важны в понимании гена регулирования и моделей пространственно-временных выражение генов-мишеней. С другой стороны важно также установить промоутер оценки инструментов и методов генетической трансформации, которые являются быстрый, эффективный и воспроизводимость. В этом исследовании мы исследовали пространственно-временных выражению ризобиальной симбиоз конкретных конкреций начала (НИН) промоутер Phaseolus vulgaris трансгенных волосатые корни. Использование баз данных генома растений и инструменты анализа, мы определили, изолированные и клонированных P. vulgaris Нин промоутер в transcriptional fusion журналисту химерных β-глюкуронидазы (GUS) гусь enhanced::GFP. Кроме того этот протокол описывает быстрое и универсальная система генетической трансформации в P. vulgaris , используя Agrobacterium rhizogenes индуцированных волосатые корни. Эта система создает ≥2 см волосатые корни на 10-12 дней после преобразования. Далее мы оценивали пространственно-временных выражение Нин промоутер в волосатые корни Rhizobium прививку периодическими интервалами после прививки. Наши результаты, изображенные на активность GUS показывают, что промоутер Нин был активен в процессе узелки. Вместе настоящий Протокол показано, как определить, изолировать, клонировать и характеризуют завод промоутер в общие корни волосатые бин. Кроме того этот протокол является простой в использовании в неспециализированных лабораториях.

Цель этого исследования заключалась в оценке пространственно-временных выражению конкреций-конкретных P. vulgaris Нин. Для этого был выбран 700 bp региона вверх по течению кодон инициации перевода по Нин Джин и набор oligos был разработан, как изображено на <strong class="xfig"...

Watch this Scientific Journal Video about Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean at JoVE.com

Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

Завод промоутер анализ: Определение и характеристика корень конкреций конкретной промоутера в общей бин

Промоутер выражение анализа имеют решающее значение для улучшения понимания регуляции генов и пространственно-временных выражение генов-мишеней. Здесь мы представляем протокол идентификации, изолировать и клонирования растений промоутера. Кроме того мы описывают характеристики конкреций конкретной промоутера в общие корни волосатые бин.

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...

Research

JoVE Journal

Biology

Identification and Characterization of Protein Glycosylation using Specific Endo- and Exoglycosidases

Идентификация и характеристика гликозилирования белков с использованием конкретных эндо-и exoglycosidases

Glycosylation, the addition of covalently linked sugars, is a major post-translational modification of proteins that can significantly affect processes ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Идентификация пост-трансляционных модификаций растительных белковых комплексов

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1&#945; Promoter Using Gibson Assembly

Generation of Plasmid Vectors Expressing FLAG-tagged Proteins Under the Regulation of Human Elongation Factor-1ÃƒÅ½Ã‚Â± Promoter Using Gibson Assembly

Генерация плазмидных векторов выражая флага меченных белков соответствии с Положением удлинения Человеческий фактор-1α промотора, используя Gibson Ассамблею

Gibson assembly (GA) cloning offers a rapid, reliable, and flexible alternative to conventional DNA cloning methods. We used GA to create customized ...

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Боковые Корень Индуцибельная системы в<em&gt; Arabidopsis</em&gt; И кукурузы

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is ...

Methods to Discover Alternative Promoter Usage and Transcriptional Regulation of Murine Bcrp1

Методы Обнаружение использования альтернативных Promoter и транскрипционной регуляции мышиных Bcrp1

Gene expression in different tissues is often controlled by alternative promoters that result in the synthesis of mRNA with unique &#8212; usually ...

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

Идентификация новых регуляторов транспирации растений путем масштабного теплового скрининга в Helianthus Annuus

Plant adaptation to biotic and abiotic stresses is governed by a variety of factors, among which the regulation of stomatal aperture in response to water ...

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing for Spatial and Temporal Tissue-Specific Gene Expression Analysis in Plants

Лазер-Захват Микродиссеция РНК-секвенирования для пространственной и временной ткани-специфический анализ экспрессии генов в растениях

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

Дивергенция корневой микробиоты в различных средах обитания на основе взвешенных корреляционных сетей

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...

An Improved Chemotaxis Assay for the Rapid Identification of Rhizobacterial Chemoattractants in Root Exudates

Улучшенный анализ хемотаксиса для быстрой идентификации ризобактериальных хемоаттрактантантов в корневых экссудатах

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward ...

Isolation and Characterization of Intact Phycobilisome in Cyanobacteria

Выделение и характеристика интактной фикобилисомы в цианобактериях

In cyanobacteria, phycobilisome is a vital antenna protein complex that harvests light and transfers energy to photosystem I and II for photochemistry. ...