Name: chromatin immunoprecipitation (chip) protocol for low-abundance embryonic samples
Uploaded: 2017-08-29T14:00:00
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저자는이 프로토콜의 설립 동안에 그의 우수한 기술 지원에 대 한 1 월 Appel 감사합니다. Rada Iglesias 실험실에서 작업 CMMC 교내에서 지원 자금, DFG 연구 보조금 (RA 2547/1-1, RA 2547/2-1, 그리고 테 1007/3-1), UoC 고급 연구원 그룹 그랜트, 그리고 CECAD 그랜트.

기관 동물 관리 및 사용 위원회 (IACUC) 승인이 독일 동물 보호 지침에 따라 닭 배아 실험을 수행 하는 데 필요한 했다. 로컬 지침에 따라 닭 HH44 (18 일) 배아와 이전 실험만 IACUC 승인이 필요합니다. 그러나,이 연구에 사용 된 배아 배아 개발의 초기 단계에서 모두 있었다 (즉, HH19 (72 h)).
 참고:이 프로토콜의 목적에서 정량 또는 다음-세대 시퀀싱 (즉, 칩 seq) 히스톤 ?...

<ol>
	<li>Jenuwein, T., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+the+histone+code.">Translating the histone code.</a> Science. 293 (5532), 1074-1080 (2001).</li><li>Kouzarides, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+modifications+and+their+function.">Chromatin modifications and their function.</a> Cell. 128 (4), 693-705 (2007).</li><li>Wang, Z., Schones, D. E., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+human+epigenomes.">Characterization of human epigenomes.</a> Curr Opin. 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D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+modifications+at+human+enhancers+reflect+global+cell-type-specific+gene+expression.">Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.</a> Nature. 459 (7243), 108-112 (2009).</li><li>Rada-Iglesias, A., Bajpai, R., Swigut, T., Brugmann, S. A., Flynn, R. A., Wysocka, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+unique+chromatin+signature+uncovers+early+developmental+enhancers+in+humans.">A unique chromatin signature uncovers early developmental enhancers in humans.</a> Nature. 470 (7333), 279-283 (2011).</li><li>Creyghton, M. 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A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Master+transcription+factors+and+mediator+establish+super-enhancers+at+key+cell+identity+genes.">Master transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes.</a> Cell. 153 (2), 307-319 (2013).</li><li>Valouev, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+of+transcription+factor+binding+sites+based+on+ChIP-Seq+data.">Genome-wide analysis of transcription factor binding sites based on ChIP-Seq data.</a> Nat Methods. 5 (9), 829-834 (2008).</li><li>Dahl, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broad+histone+H3K4me3+domains+in+mouse+oocytes+modulate+maternal-to-zygotic+transition.">Broad histone H3K4me3 domains in mouse oocytes modulate maternal-to-zygotic transition.</a> Nature. 537 (7621), 548-552 (2016).</li><li>Rotem, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+ChIP-seq+reveals+cell+subpopulations+defined+by+chromatin+state.">Single-cell ChIP-seq reveals cell subpopulations defined by chromatin state.</a> Nat Biotech. 33 (11), 1165-1172 (2015).</li><li>Schmidl, C., Rendeiro, A. F., Sheffield, N. C., Bock, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIPmentation:+fast,+robust,+low-input+ChIP-seq+for+histones+and+transcription+factors.">ChIPmentation: fast, robust, low-input ChIP-seq for histones and transcription factors.</a> Nat Methods. 12 (10), 963-965 (2015).</li><li>Zhang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelic+reprogramming+of+the+histone+modification+H3K4me3+in+early+mammalian+development.">Allelic reprogramming of the histone modification H3K4me3 in early mammalian development.</a> Nature. 537 (7621), 553-557 (2016).</li><li>Hamburger, V., Hamilton, H. 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M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+factors:+from+enhancer+binding+to+developmental+control.">Transcription factors: from enhancer binding to developmental control.</a> Nat Rev Genetics. 13 (9), 613-626 (2012).</li></ol>

다른 세포질 문맥4,,518에 척 추가 있는 게놈의 기능적인 주석을 개선 하기 위해 Epigenomic의 히스톤 수정 칩 seq를 사용 하 여 프로 파일링을 사용할 수 있습니다. 이러한 epigenomic 프로필 사용할 수 있습니다, 다른 것 들 중, 증강 요소, (즉, 활성, 준비, 또는 태세), 강화의 규제 상태를 정의 하 고 다른 생물에 주요 셀 정체성 ?...

히스톤 포스트 번역 상 수정 녹음 방송, 복제 및 DNA 복구1,2,3를 포함 하 여 다양 한 chromatin 종속 프로세스에 직접 참여 하는. 또한, 다른 히스톤 수정 보여 긍정적인 (예를 들어, H3K4me3 및 H3K27ac) 또는 음수 (예를 들어, H3K9me3 및 H3K27me3) 유전자 발현 상관 관계 광범위 하 게 정의 될 수 있는 활성화 또는 억압 적인 히스톤 표시로 각각2,은3. 따라서, 글로벌 히스톤 수정 지도, epigenomic 지도 라고도 기능적으로 척 추가 있는 게놈4,5주석을 강력 하 고 보편적인 도구로 떠오르고 있다. 예를 들어 원심 규제 시퀀스와 같은 강화를 확인할 수 있습니다에 따라 특정 chromatin 서명의 존재 (예를 들어, 활성 강화: H3K4me1 및 H3K27ac)는 근 위 발기인 지구에서 그들을 구분 (예를 들어, 활성 발기인: H3K4me3)6,,78. 다른 한편으로, 정체성 규정 하는 주요한 세포 기능을 가진 유전자는 일반적으로 넓은 chromatin 도메인 기본 유전자의 transcriptionally 활성 또는 비활성 상태에 따라 H3K4me3 또는 H3K27me3, 각각 표시 된9 발견 ,10. 마찬가지로, 주요 셀 정체성 유전자의 표현을 자주 여러 고 공간적 제어를 클러스터 강화 (즉, 슈퍼 강화), 광범위 한 H3K27ac 표시 된 도메인11로 확인 될 수 있다 보인다.
현재, 히스톤 수정 지도 칩 (칩 microarrays 결합) 같은 이전 방법에 비해 더 적은 소음, 큰 범위, 및 낮은 적은 유물 높은 해상도 제공 하는 칩 seq 기술을 사용 하 여 생성 됩니다. 비용12. 그럼에도 불구 하 고, epigenomic 맵 칩 seq 기술을 사용 하 여 생성의 한계, 주로 관심의 샘플에서 칩을 성공적으로 수행 하는 능력을 연관 있다. 전통적인 칩 프로토콜은 일반적으로 수백만의 세포를 체 외에서 세포를이 방법의 적용 라인 또는 세포는 제한 쉽게 격리 수 vivo에서 (예를 들어, 혈액 세포) 필요 합니다. 지난 몇 년 동안, 여러 수정된 칩 프로토콜 낮은 셀 숫자와 호환 설명된13,14,,1516되었습니다. 그러나, 이러한 프로토콜은 다음-세대 시퀀싱 (즉, 칩 seq)와 결합 하도록 특별히 설계 된 그리고 그들은 일반적으로 임시 라이브러리 준비 방법13,14, 를 사용 하 여 15 , 16.
여기, 우리는 히스톤 수정 프로필 중간에 낮은 셀 숫자 (5 x 104 -5 x 105 셀)를 사용 하 여 조사 하는 데 사용할 수 있는 칩 프로토콜 설명 (즉, 칩 정량) 중 선택한 loci 또는 전역 (즉, 칩 seq) (그림 1). 칩 seq 기술 결합 때 우리의 칩 프로토콜 표준 라이브러리 준비 방법, 따라서 많은 실험실10에 광범위 하 게 액세스할 수 있도록 함께 사용할 수 있습니다. 이 프로토콜은 여러 히스톤 부호를 조사 하기 위해 사용 되었습니다 (예를 들어, H3K4me3, H3K27me3, 및 H3K27ac) 다른 닭 배아 조직 (예를 들어, 척추 신경 관 (SNT), frontonasal 굴지, 및 epiblast)에. 그러나, 우리는 그것은 다른 유기 체는 생물학적 및 임상 관련 샘플만 얻을 수 낮은 금액에 광범위 하 게 적용 해야 예상.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Reagent</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSA powder</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>3737.3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Saline buffer (PBS)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>D8537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCL pH8.0</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T1503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>3957.2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>8043.2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EGTA</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>3054.2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na-Deoxycholate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>D6750-24</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-lauroylsarcosine</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>61743-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hepes</td>
			<td>Applichem</td>
			<td>A3724,0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LiCl</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>3739.2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NP-40</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>I3021-100ml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>1833</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protein G/magnetic beads</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>1004D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>37% Formaldehyde</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>252549-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNase</td>
			<td>Peqlab</td>
			<td>12-RA-03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>46.35 E</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na-butyrate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>SLB2659V</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase inhibitor</td>
			<td>Roche</td>
			<td>5892791001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SYBRgreen Mix</td>
			<td>biozym</td>
			<td>617004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dH2O</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>W4502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1Kb ladder</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>SM1333</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Orange G</td>
			<td>Sigma Alrich</td>
			<td>03756-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>16500-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.25% Trypsin-EDTA (1X)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>25200-072</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Octylphenol Ethoxylate (Triton X 100)</td>
			<td>Roth</td>
			<td>3051.4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM (Dulbecco&#180;s Modified Eagle Medium)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>31331-028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel loading tips Multiflex</td>
			<td>A.Hartenstein</td>
			<td>GS21</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>qPCR Plates</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>721,985,202</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>384 well</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>721,985,202</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5 mL tubes</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>72,706</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100-1000&#181;l Filter tips</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>70,762,211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-20&#181;l Filter tips</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>70,760,213</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-200&#181;l Filter tips</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>70,760,211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.5-10&#181;l Filter tips</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>701,116,210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H3K27me3 antibody</td>
			<td>Active Motif</td>
			<td>39155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H3K27ac antibody</td>
			<td>Active Motif</td>
			<td>39133</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H3K4me3 antibody</td>
			<td>Active Motif</td>
			<td>39159</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H3K4me2 antibody</td>
			<td>Active Motif</td>
			<td>39141</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>End Repair Mix</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-121-4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paramagnetic beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Resuspension buffer</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-121-4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>A-Tailing Mix</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-121-4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ligation Mix</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-121-4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNA Adapter Indexes</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>RS-122-2101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stop Ligation Buffer</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-121-4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Primer Cocktail</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-121-4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enhanced PCR Mix</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-121-4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Genomic DNA ladder</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-5582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Elution Buffer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>19086</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sample Buffer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-5582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Library Quantification Kit</td>
			<td>Kapa Biosystems</td>
			<td>KK4835 &#8211; 07960204001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fertile chicken white eggs</td>
			<td>LSL Rhein Main</td>
			<td>KN: 15968</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Needle (Neoject)</td>
			<td>A.Hartenstein</td>
			<td>10001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe (Ecoject 10ml)</td>
			<td>Dispomed witt oHG</td>
			<td>21010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Hermle</td>
			<td>Z 216 MK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermoshaker</td>
			<td>ITABIS</td>
			<td>MKR13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator</td>
			<td>Active Motive</td>
			<td>EpiShear probe sonicator</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>Bioruptor Plus</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotator</td>
			<td>Stuart</td>
			<td>SB3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Variable volume (5&#8211;1,000 &#956;l) pipettes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Timer</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnetic holder</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>DynaMag-2 12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Table spinner</td>
			<td>Heathrow Scientific</td>
			<td>Sprout</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mixer</td>
			<td>LMS</td>
			<td>VTX 3000L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Real-Time PCR Cycler</td>
			<td>Roche</td>
			<td>Light Cycler; Serial Nr.5662</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Cycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>Gene Amp PCR System 9700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA and RNA quality control system</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>Agilent 4200 TapeStation System</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps</td>
			<td>Dumont</td>
			<td>5-Inox-H</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Perforated spoon</td>
			<td>World precision instruments</td>
			<td>501997</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

chromatin immunoprecipitation (chip) protocol for low-abundance embryonic samples

Chromatin immunoprecipitation (칩) post-translationally 수정된 히스톤, 히스톤 변형, 녹음 방송 요인, 또는 주어진된 장소에서 또는 게놈 넓은 규모로 chromatin 수정 효소의 지역화를 매핑하기 위한 널리 사용 기법입니다. 다음-세대 시퀀싱 (즉, 칩 Seq) 칩 분석 실험의 조합 세계적으로 유전자 규제 네트워크를 폭로 하 고 특히 비 코딩 규제 시퀀스의 유전자의 기능 주석 개선 하기 강력한 접근 이다. 칩 프로토콜은 일반적으로 많은 양의 세포 소재, 따라서 희귀 세포 유형 또는 작은 조직 생 검 조사 하는 것이 방법의 적용 제외 필요 합니다. 칩 분석 결과 얻어질 수 있는 일반적으로 생체 내에서 초기 척추 embryogenesis 동안 생물 학적 물질의 양을와 호환을 위해 여기 있는 단계 수를 완료 하는 데 필요한 간단한 칩 프로토콜 설명 합니다 분석 결과 샘플 손실을 최소화 하기 위해 감소 했다. 이 칩 프로토콜은 다양 한 배아 닭고기와 성인 마우스 조직 낮은 중간 셀 숫자 (5 x 104 -5 x 105 셀)를 사용 하 여 다른 히스톤 수정 조사를 성공적으로 사용 되었습니다. 중요 한 것은,이 프로토콜은 표준 라이브러리 준비 방법을 사용 하 여 칩 seq 기술과 호환, 관련성이 높은 배아 조직에 지도 글로벌 epigenomic 제공.

우리의 칩 프로토콜의 성능을 설명 하기 위해 수행 하는 칩 seq 실험 HH19 닭 배아에서 풀링된 SNT 섹션을 사용 하 여, HH22의 상 악 굴지 닭 배아, 그리고 무대 HH3 닭 배아의 바인딩 프로필을 조사 하 다양 한 히스톤 수정 (즉, H3K4me2, H3K27ac, H3K4me3, 및 H3K27me3). 일단 칩 DNAs 가져온 쥡니다 효율 해당 입력된 DNAs (그림 3)의 agarose 젤 전기 이동 법에 의해 평...

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Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

여기, 우리는 chromatin immunoprecipitation (칩) 및 칩 seq 라이브러리 준비 프로토콜 낮은 풍부한 닭 배아 샘플에서 글로벌 epigenomic 프로 파일 생성을 설명 합니다.

낮은 풍부 배아 샘플 chromatin Immunoprecipitation (칩) 프로토콜

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Sequential Salt Extractions for the Analysis of Bulk Chromatin Binding Properties of Chromatin Modifying Complexes

바인딩 속성 수정 복합물 Chromatin의 대량 Chromatin의 분석에 대 한 순차적 소금 기사

Elucidation of the binding properties of chromatin-targeting proteins can be very challenging due to the complex nature of chromatin and the heterogeneous ...

연구

유전학

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Chromatin Immunoprecipitation을 이용한 c-KIT 리간드 프로모터 분석

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

마우스 T- 세포주에서 Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

네이티브 Chromatin Immunoprecipitation Nucleosome 밀도 분석을 위한 라이브러리를 시퀀싱의 세대

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

히스톤 수정 Saccharomyces cerevisiae 에서 chromatin Immunoprecipitation (칩)

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

CRISPR-Mediated Reorganization of Chromatin Loop Structure

Recent studies have clearly shown that long-range, three-dimensional chromatin looping interactions play a significant role in the regulation of gene ...

Chromatin Immunoprecipitation of Murine Brown Adipose Tissue

Murine 갈색 지방이 많은 직물의 염색 질 Immunoprecipitation

Most cellular processes are regulated by transcriptional modulation of specific gene programs. Such modulation is achieved through the combined actions of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay Using Micrococcal Nucleases in Mammalian Cells

포유류 세포에서 미세 Coccal 뉴클레아제사용 염색질 면역침전 분석

To express cellular phenotypes in organisms, living cells execute gene expression accordingly, and transcriptional programs play a central role in gene ...

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing (ChIP-seq)

Discovering CsgD Regulatory Targets in Salmonella Biofilm Using Chromatin Immunoprecipitation and High-Throughput Sequencing ChIP-seq

크로마틴 면역침전 및 고처리량 시퀀싱(ChIP-seq)을 이용한 살모넬라 바이오필름의 CsgD 규제 목표 발견

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a technique that can be used to discover the regulatory targets of transcription ...

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease ChIP-Exo

크롬 마틴 면역 침전 -엑소뉴클레아제 (ChIP-Exo)를 사용하여 마우스 줄기 세포 유래 뉴런에서 단백질 DNA 상호 작용의 고해상도 매핑

Identification of specific protein-DNA interactions on the genome is important for understanding gene regulation. Chromatin immunoprecipitation coupled ...