Name: dissection of human retina and rpe-choroid for proteomic analysis
Uploaded: 2017-11-12T14:00:00
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VBM はドリス ・ デューク慈善財団助成金 [K08EY020530、R01EY024665、R01EY025225、R01EY024698、R21AG050437]、NIH の補助金によってサポートされている #: 2013103、および研究を防ぐため失明 (RPB)、ニューヨーク、NY。MT と GV が NIH によってサポートされて T32GM007337 を付与します。

本研究はアイオワの大学によって承認された &#39; s 制度検討委員会ヘルシンキ宣言に掲げる原則に従っている。
 1 Foveal と黄斑の生検パンチ <ol><li>開くと蝶人間の目は、その前の文書に記載されている、組織の 4 の別のフラップので構成されます。 。5</li> <li>シャーレは、2 枚に開いた人間の目に始まり、中心窩の上 4 mm のパンチ生検ツールの中心、?...

<ol>
	<li>Chirco, K. R., Sohn, E. H., Stone, E. M., Tucker, B. A., Mullins, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+and+molecular+changes+in+the+aging+choroid:+implications+for+age-related+macular+degeneration.">Structural and molecular changes in the aging choroid: implications for age-related macular degeneration.</a> Eye (Lond). , (2016).</li><li>Zhang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+proteome+of+human+iris,+ciliary+body,+retinal+pigment+epithelium,+and+choroid.">Defining the proteome of human iris, ciliary body, retinal pigment epithelium, and choroid.</a> Proteomics. 16 (7), 1146-1153 (2016).</li><li>Funke, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glaucoma+related+Proteomic+Alterations+in+Human+Retina+Samples.">Glaucoma related Proteomic Alterations in Human Retina Samples.</a> Sci Rep. 6, 29759 (2016).</li><li>Decanini, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+retinal+pigment+epithelium+proteome+changes+in+early+diabetes.">Human retinal pigment epithelium proteome changes in early diabetes.</a> Diabetologia. 51 (6), 1051-1061 (2008).</li><li>Skeie, J. M., Mahajan, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissection+of+human+vitreous+body+elements+for+proteomic+analysis.">Dissection of human vitreous body elements for proteomic analysis.</a> J Vis Exp. (47), (2011).</li><li>Skeie, J. M., Mahajan, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+landscape+of+the+human+choroid-retinal+pigment+epithelial+complex.">Proteomic landscape of the human choroid-retinal pigment epithelial complex.</a> JAMA Ophthalmol. 132 (11), 1271-1281 (2014).</li><li>Skeie, J. M., Tsang, S. H., Mahajan, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evisceration+of+mouse+vitreous+and+retina+for+proteomic+analyses.">Evisceration of mouse vitreous and retina for proteomic analyses.</a> J Vis Exp. (50), (2011).</li><li>Skeie, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+analysis+of+vitreous+biopsy+techniques.">Proteomic analysis of vitreous biopsy techniques.</a> Retina. 32 (10), 2141-2149 (2012).</li><li>Skeie, J. M., Mahajan, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+interactions+in+the+mouse+vitreous-retina+complex.">Proteomic interactions in the mouse vitreous-retina complex.</a> PLoS One. 8 (11), e82140 (2013).</li><li>Mahajan, V. B., Skeie, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translational+vitreous+proteomics.">Translational vitreous proteomics.</a> Proteomics Clin Appl. 8 (3-4), 204-208 (2014).</li><li>Skeie, J. M., Roybal, C. N., Mahajan, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+insight+into+the+molecular+function+of+the+vitreous.">Proteomic insight into the molecular function of the vitreous.</a> PLoS One. 10 (5), e0127567 (2015).</li><li>Velez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Medicine:+Personalized+Proteomics+for+the+Diagnosis+and+Treatment+of+Idiopathic+Inflammatory+Disease.">Precision Medicine: Personalized Proteomics for the Diagnosis and Treatment of Idiopathic Inflammatory Disease.</a> JAMA Ophthalmol. 134 (4), 444-448 (2016).</li><li>Velez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+analysis+of+elevated+intraocular+pressure+with+retinal+detachment.">Proteomic analysis of elevated intraocular pressure with retinal detachment.</a> Am J Ophthalmol Case Rep. 5, 107-110 (2017).</li><li>Skeie, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+biorepository+for+ophthalmic+surgical+specimens.">A biorepository for ophthalmic surgical specimens.</a> Proteomics Clin Appl. 8 (3-4), 209-217 (2014).</li><li>Ferrer, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain+protein+preservation+largely+depends+on+the+postmortem+storage+temperature:+implications+for+study+of+proteins+in+human+neurologic+diseases+and+management+of+brain+banks:+a+BrainNet+Europe+Study.">Brain protein preservation largely depends on the postmortem storage temperature: implications for study of proteins in human neurologic diseases and management of brain banks: a BrainNet Europe Study.</a> J Neuropathol Exp Neurol. 66 (1), 35-46 (2007).</li><li>Ahmed, M. M., Gardiner, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preserving+protein+profiles+in+tissue+samples:+differing+outcomes+with+and+without+heat+stabilization.">Preserving protein profiles in tissue samples: differing outcomes with and without heat stabilization.</a> J Neurosci Methods. 196 (1), 99-106 (2011).</li><li>Kanshin, E., Tyers, M., Thibault, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sample+Collection+Method+Bias+Effects+in+Quantitative+Phosphoproteomics.">Sample Collection Method Bias Effects in Quantitative Phosphoproteomics.</a> J Proteome Res. 14 (7), 2998-3004 (2015).</li><li>Crecelius, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+quantitative+post-mortem+changes+in+the+gray+matter+of+the+human+frontal+cortex+proteome+by+2-D+DIGE.">Assessing quantitative post-mortem changes in the gray matter of the human frontal cortex proteome by 2-D DIGE.</a> Proteomics. 8 (6), 1276-1291 (2008).</li><li>Oka, T., Tagawa, K., Ito, H., Okazawa, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+changes+of+the+phosphoproteome+in+postmortem+mouse+brains.">Dynamic changes of the phosphoproteome in postmortem mouse brains.</a> PLoS One. 6 (6), e21405 (2011).</li><li>Nagy, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+postmortem+interval+on+biomolecule+integrity+in+the+brain.">Effects of postmortem interval on biomolecule integrity in the brain.</a> J Neuropathol Exp Neurol. 74 (5), 459-469 (2015).</li><li>Mukherjee, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+analysis+of+frozen+tissue+samples+using+laser+capture+microdissection.">Proteomic analysis of frozen tissue samples using laser capture microdissection.</a> Methods Mol Biol. 1002, 71-83 (2013).</li></ol>

組織後コレクション、検体の取扱い、トリートメントが重要な考慮事項14です。後者は下流解析を傾けることができる蛋白質の構造に損傷の恐れがありますので、液体窒素中での保存は、化学固定法より優先されます。さらに、液体窒素保存サンプルの凍結を伴わない方法をお勧めします。特に、フェレールら4 ° C または 0 ° C15で保存されているも?...

網膜、網膜色素上皮、脈絡膜は、蛋白質の表現、生理機能、病理学的感受率1,2の重要な地域の違いを示す複雑な組織です。たとえば、加加齢黄斑変性 (AMD)、網膜色素変性症、中心性漿液性網膜症は、各などの疾患を示す特徴的な局在中心窩、黄斑、網膜周辺部1,3、以内 4,6。どのように異なる網膜領域は独立してサンプリングすることができますを示す方法を紹介します。このメソッドの全体的な目標は、プロテオーム解析の人間の網膜と網膜色素上皮・脈絡膜の中心窩、黄斑および周辺地域から組織サンプルのコレクションのための信頼できるガイドを提供することです。開発し、この技術の使用のための理論的根拠では、これら特定の網膜領域、これらの領域の生理学的および病態生理学的機能に分子洞察が得られる可能性があります重要なのプロテオーム解析。
このアプローチは、相対地域病感受性のプロテオミクス基盤を明らかにするため、新しい具体的な治療目標の識別を容易にするお約束します。確かに、硝子体と網膜とのやり取りのプロテオーム研究は分子組成と健康と病気の組織5,7,8の機能に重要な洞察を提供しています。,9,10,11,12,13。 ただし、異なる網膜領域の明確な比較プロテオーム解析が欠けています。技術は、信頼性と再現性のある組織のコレクションのアプローチを示すことによって他の方法上の利点を提供するこれらの大いに必要な研究をサポートするのに役立ちます。もっとそう、アプローチは非常にアクセス可能な標準サイズと容易に入手できる組織パンチ生検ツールを活用です。本手法では、プロテオミクス処理、タンパク質の安定性の低下の重要な考慮事項のためのティッシュの適切なコレクション ・を強調しています。したがって、このメソッドは、プロテオーム因子の下流の分子解析を考慮した調査に最適です。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="691">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">4-mm skin punch biopsy tool</td>
			<td style="width:189px;">Miltex</td>
			<td style="width:119px;">REF 33-34</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">8-mm skin punch biopsy tool</td>
			<td style="width:189px;">Miltex</td>
			<td style="width:119px;">REF 33-37</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">0.12 Colibri Forceps</td>
			<td style="width:189px;">Stephens Instruments</td>
			<td style="width:119px;">S5-1145</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Wescott Scissors</td>
			<td style="width:189px;">Sklar Surgical Instruments</td>
			<td style="width:119px;">64-3146</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Microfuge tubes</td>
			<td style="width:189px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:119px;">#022364111</td>
			<td>1.5 mL</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Liquid Nitrogen</td>
			<td style="width:189px;">Praxair, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">7727-37-9 [R]</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dissection of human retina and rpe-choroid for proteomic analysis

人間の網膜は、しっかりと血管脈絡層に複合体である感覚の neuroretina と基になる網膜色素上皮 (RPE) ので構成されます。網膜の異なる領域は、解剖学的および分子異なります、ユニークな機能を促進し、病気に対する差動感受性を示します。これらの地域や層のそれぞれのプロテオーム解析は加加齢黄斑変性 (AMD)、糖尿病、緑内障など多くの病気の分子プロセスに重要な洞察力を提供できます。ただし、定量的プロテオーム解析を行うことができます前に網膜領域と層の分離が不可欠です。ここでは、解離と中心窩、黄斑および周辺網膜領域と網膜色素上皮-脈絡膜複合体の基になる、地域のパンチ生検と組織人間の目からレイヤーを手動で削除を含むコレクションの手法について述べる。液体クロマトグラフィー/タンデム質量分析法 (MS/LC-MS) などの下流のプロテオーム解析と同様に、一次元の SDS-PAGE 使えます切り裂かれた網膜各層については、蛋白質を識別するために網膜疾患の分子バイオ マーカーを明らかに。

網膜と網膜色素上皮-脈絡膜組織は、個々 の調査に合わせてさまざまな方法で処理できます。コレクションの後、研究者は網膜と網膜色素上皮-脈絡膜組織斑部、外側黄斑および周辺網膜 (図 1) からのサンプルを所有しています。具体的には、隣接する様相の少量、反対色、黄斑部中心窩領域パンチが含まれます。黄斑のパンチには、隣接する周?...

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Dissection of Human Retina and RPE-Choroid for Proteomic Analysis

人間の網膜は中心窩、黄斑の周辺部網膜など、分子の機能と異なる領域で構成されます。ここでは、細かく分析し、下流のプロテオーム解析のこれらの異なる網膜領域を収集パンチ生検と組織人間の目からレイヤーを手動で削除を使用して、メソッドについて述べる。

プロテオーム解析のための人間の網膜と網膜色素上皮・脈絡膜の解剖

The human retina is composed of the sensory neuroretina and the underlying retinal pigmented epithelium (RPE), which is firmly complexed to the vascular ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

ブルーネイティブPAGEおよびタンパク質相関プロファイリングによってアフィニティー精製タンパク質複合体の解決

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Fractionation for Resolution of Soluble and Insoluble Huntingtin Species

水溶性と不溶性の Huntingtin 種の解像度の分別

The accumulation of misfolded proteins is central to pathology in Huntington's disease (HD) and many other neurodegenerative disorders. Specifically, a ...

Split-BioID &#8212; Proteomic Analysis of Context-specific Protein Complexes in Their Native Cellular Environment

Split-BioID ÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã‚Â Proteomic Analysis of Context-specific Protein Complexes in Their Native Cellular Environment

ネイティブな携帯電話環境におけるコンテキスト固有蛋白質複合体の分割-BioID-プロテオーム解析

To complement existing affinity purification (AP) approaches for the identification of protein-protein interactions (PPI), enzymes have been introduced ...

Purification and Reconstitution of TRPV1 for Spectroscopic Analysis

精製と TRPV1 の分光学的解析のための再構成

Polymodal ion channels transduce multiple stimuli of different natures into allosteric changes; these dynamic conformations are challenging to determine ...

Sampling and Pretreatment of Tooth Enamel Carbonate for Stable Carbon and Oxygen Isotope Analysis

安定炭素・酸素同位体分析の炭酸塩のサンプリングと歯のエナメル質の前処理

Stable carbon and oxygen isotope analysis of human and animal tooth enamel carbonate has been applied in paleodietary, paleoecological, and ...

Dynamic Proteomic and miRNA Analysis of Polysomes from Isolated Mouse Heart After Langendorff Perfusion

動的プロテオミクスおよび miRNA 蛍光灌流後分離されたマウス心臓ポリソームの分析

Studies in dynamic changes in protein translation require specialized methods. Here we examined changes in newly-synthesized proteins in response to ...

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

多量ホモ測定器と無料、フリー、オープン ソースの明るさ解析ソフトウェアを使用しての体外校正無料定量化

Number and brightness is a calibration-free fluorescence fluctuation spectroscopy (FFS) technique for detecting protein homo-oligomerization. It can be ...

Proteomic Analysis of Human Macrophage Polarization Under a Low Oxygen Environment

低酸素環境下におけるヒトのマクロファージ偏光のプロテオーム解析

Macrophages are innate immune cells involved in a number of physiological functions ranging from responses to infectious pathogens to tissue homeostasis. ...

Analysis of Fucosylated Human Milk Trisaccharides in Biotechnological Context Using Genetically Encoded Biosensors

遺伝子組み換え生物のコンテキストで次の人間ミルク三糖類の分析エンコード バイオ センサー

Human milk oligosaccharides (HMOs) are complex carbohydrate components of human breast milk that exhibit plentiful benefits on infant health. However, ...

Analysis and Specification of Starch Granule Size Distributions

デンプン顆粒サイズ分布の解析と仕様

Starch from all plant sources are made up of granules in a range of sizes and shapes having different occurrence frequencies, i.e., exhibiting a size and ...