Name: sample preparation for endopeptidomic analysis in human cerebrospinal fluid
Uploaded: 2017-12-04T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sample Preparation for Endopeptidomic Analysis in Human Cerebrospinal Fluid at JoVE.com

Tanveer Batth や同僚と事前分別方法の設定でのアドバイスに感謝します。
この作品はスウェーデン研究評議会、Wallström、Sjöblom 財団、銃とベルティル Stohne 財団 Stiftelse、マグナス Bergwall 財団、Åhlén 財団、Alzheimerfonden、Demensförbundet、Stiftelsen のためからの資金によって支えられました。ガムラ ・ Tjänarinnor、クヌートとアリス バレンベリー財団、Frimurarestiftelsen、気の狂ったアメリカの Götalandsregionen。
このプロジェクトのための資金の主な受信者はカイ Blennow、ヘンリック ・社会行動」論とヨハン ・ Gobom.

下記プロトコルは、内因性ペプチドの大規模な量が人間の CSF15でした以前の研究で使用される 1 つの洗練されたバージョンです。元のプロトコルへの更新は、脳脊髄液の化学的前処理を少し修正するだけでなく、オフラインの高 pH RP HPLC 前の分別のために使用されるグラデーションの最適化を含みます。
倫理的配慮
ス?...

<ol>
	<li>Wimo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+worldwide+costs+of+dementia+2015+and+comparisons+with+2010.">The worldwide costs of dementia 2015 and comparisons with 2010.</a> Alzheimers Dement. 13 (1), 1-7 (2017).</li><li>Scheltens, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Alzheimer's+disease.">Alzheimer's disease.</a> Lancet. 388 (10043), 505-517 (2016).</li><li>Dubois, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advancing+research+diagnostic+criteria+for+Alzheimer's+disease:+the+IWG-2+criteria.">Advancing research diagnostic criteria for Alzheimer's disease: the IWG-2 criteria.</a> Lancet Neurol. 13 (6), 614-629 (2014).</li><li>Olsson, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CSF+and+blood+biomarkers+for+the+diagnosis+of+Alzheimer's+disease:+a+systematic+review+and+meta-analysis.">CSF and blood biomarkers for the diagnosis of Alzheimer's disease: a systematic review and meta-analysis.</a> Lancet Neurol. 15 (7), 673-684 (2016).</li><li>Spellman, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+evaluation+of+a+multiplexed+mass+spectrometry+based+assay+for+measuring+candidate+peptide+biomarkers+in+Alzheimer's+Disease+Neuroimaging+Initiative+(ADNI)+CSF.">Development and evaluation of a multiplexed mass spectrometry based assay for measuring candidate peptide biomarkers in Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) CSF.</a> Proteomics Clin Appl. 9 (7-8), 715-731 (2015).</li><li>H&#246;glund, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Alzheimer's+disease&#8212;Recent+biomarker+developments+in+relation+to+updated+diagnostic+criteria.">Alzheimer's disease&#8212;Recent biomarker developments in relation to updated diagnostic criteria.</a> Clin Chim Acta. 449, 3-8 (2015).</li><li>Stark, M., Danielsson, O., Griffiths, W. J., Jornvall, H., Johansson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptide+repertoire+of+human+cerebrospinal+fluid:+novel+proteolytic+fragments+of+neuroendocrine+proteins.">Peptide repertoire of human cerebrospinal fluid: novel proteolytic fragments of neuroendocrine proteins.</a> J Chromatogr B Biomed Sci Appl. 754 (2), 357-367 (2001).</li><li>Yuan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+cerebrospinal+fluid+peptidomics.">Human cerebrospinal fluid peptidomics.</a> J Mass Spectrom. 40 (2), 176-181 (2005).</li><li>Berven, F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-analytical+influence+on+the+low+molecular+weight+cerebrospinal+fluid+proteome.">Pre-analytical influence on the low molecular weight cerebrospinal fluid proteome.</a> Proteomics Clin Appl. 1 (7), 699-711 (2007).</li><li>Zougman, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrated+analysis+of+the+cerebrospinal+fluid+peptidome+and+proteome.">Integrated analysis of the cerebrospinal fluid peptidome and proteome.</a> J Proteome Res. 7 (1), 386-399 (2008).</li><li>Holtta, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptidome+analysis+of+cerebrospinal+fluid+by+LC-MALDI+MS.">Peptidome analysis of cerebrospinal fluid by LC-MALDI MS.</a> PLoS One. 7 (8), e42555 (2012).</li><li>Holtta, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+integrated+workflow+for+multiplex+CSF+proteomics+and+peptidomics-identification+of+candidate+cerebrospinal+fluid+biomarkers+of+Alzheimer's+disease.">An integrated workflow for multiplex CSF proteomics and peptidomics-identification of candidate cerebrospinal fluid biomarkers of Alzheimer's disease.</a> J Proteome Res. 14 (2), 654-663 (2015).</li><li>Hansson, K. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expanding+the+cerebrospinal+fluid+endopeptidome.">Expanding the cerebrospinal fluid endopeptidome.</a> Proteomics. 17 (5), (2017).</li><li>Guldbrandsen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-depth+characterization+of+the+cerebrospinal+fluid+(CSF)+proteome+displayed+through+the+CSF+proteome+resource+(CSF-PR).">In-depth characterization of the cerebrospinal fluid (CSF) proteome displayed through the CSF proteome resource (CSF-PR).</a> Mol Cell Proteomics. 13 (11), 3152-3163 (2014).</li><li>Kroksveen, A. C., Opsahl, J. A., Aye, T. T., Ulvik, R. J., Berven, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomics+of+human+cerebrospinal+fluid:+discovery+and+verification+of+biomarker+candidates+in+neurodegenerative+diseases+using+quantitative+proteomics.">Proteomics of human cerebrospinal fluid: discovery and verification of biomarker candidates in neurodegenerative diseases using quantitative proteomics.</a> J Proteomics. 74 (4), 371-388 (2011).</li><li>H&#246;ltt&#228;, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single+dose+of+the+&#947;-secretase+inhibitor+semagacestat+alters+the+cerebrospinal+fluid+peptidome+in+humans.">A single dose of the &#947;-secretase inhibitor semagacestat alters the cerebrospinal fluid peptidome in humans.</a> Alzheimers Res Ther. 8 (1), 11 (2016).</li><li>Cao, Z., Tang, H. Y., Wang, H., Liu, Q., Speicher, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+Comparison+of+Fractionation+Methods+for+In-depth+Analysis+of+Plasma+Proteomes.">Systematic Comparison of Fractionation Methods for In-depth Analysis of Plasma Proteomes.</a> J Proteome Res. 11 (6), 3090-3100 (2012).</li><li>Chiu, C. W., Chang, C. L., Chen, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+peptide+fractionation+strategies+used+in+proteome+analysis.">Evaluation of peptide fractionation strategies used in proteome analysis.</a> J Sep Sci. 35 (23), 3293-3301 (2012).</li><li>Gilar, M., Olivova, P., Daly, A. E., Gebler, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Orthogonality+of+separation+in+two-dimensional+liquid+chromatography.">Orthogonality of separation in two-dimensional liquid chromatography.</a> Anal Chem. 77 (19), 6426-6434 (2005).</li><li>Batth, T. S., Francavilla, C., Olsen, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Off-line+high-pH+reversed-phase+fractionation+for+in-depth+phosphoproteomics.">Off-line high-pH reversed-phase fractionation for in-depth phosphoproteomics.</a> J Proteome Res. 13 (12), 6176-6186 (2014).</li><li>Yang, F., Shen, Y., Camp, D. G., Smith, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-pH+reversed-phase+chromatography+with+fraction+concatenation+for+2D+proteomic+analysis.">High-pH reversed-phase chromatography with fraction concatenation for 2D proteomic analysis.</a> Expert Rev Proteomics. 9 (2), 129-134 (2012).</li><li>Blennow, K., Hampel, H., Weiner, M., Zetterberg, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cerebrospinal+fluid+and+plasma+biomarkers+in+Alzheimer+disease.">Cerebrospinal fluid and plasma biomarkers in Alzheimer disease.</a> Nat Rev Neurol. 6 (3), 131-144 (2010).</li><li>Moglich, A., Krieger, F., Kiefhaber, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+basis+for+the+effect+of+urea+and+guanidinium+chloride+on+the+dynamics+of+unfolded+polypeptide+chains.">Molecular basis for the effect of urea and guanidinium chloride on the dynamics of unfolded polypeptide chains.</a> J Mol Biol. 345 (1), 153-162 (2005).</li><li>Ho&#776;ltta&#776;, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Integrated+Workflow+for+Multiplex+CSF+Proteomics+and+Peptidomics+Identification+of+Candidate+Cerebrospinal+Fluid+Biomarkers+of+Alzheimer&#8217;s+Disease.">An Integrated Workflow for Multiplex CSF Proteomics and Peptidomics Identification of Candidate Cerebrospinal Fluid Biomarkers of Alzheimer&#8217;s Disease.</a> J Proteome Res. 14 (2), 654-663 (2014).</li></ol>

分子量限外ろ過11内因性ペプチドの回収率の開発済みプロトコルに高 pH RP HPLC 事前分別ステップの導入相対的なサンプルの複雑さの低減し、5 倍より大きいのそれにより許可サンプル ボリュームを検討します。、これはターンでは、ペプチド各画分に存在のサブセットの濃度を増加し、それにより低豊富なペプチドの検出のチャンスを改善します。
並列...

現在、神経変性疾患には、脳脊髄液 (CSF) のバイオ マーカーに研究変形させています。アルツハイマー病、以上 6000 万に影響を与える最も一般的な神経変性疾患の人々 世界中1,2, ペプチド アミロイド ・ ベータ蛋白タウの微小管安定化から成るバイオ マーカーの三重項とリン酸化タウ フォーム、高い感度と特異性、病気を検出することができます診断研究条件3に含まれています。パーキンソン病や多発性硬化症などの他の神経変性疾患におけるプロテオーム研究はいくつかは、現在臨床研究4,5 の評価中、数多くのバイオ マーカー候補を識別しました。、6。
CSF にはタンパク質と一緒に内因性ペプチド7,8,9,10、11,12の豊富さも含まれています。多くの脳由来蛋白質の開裂製品を構成する、これらのペプチドはまた疾患バイオ マーカーの可能性のある重要な源を表します。試料調製及び LC-MS 分析 (簡単なプロトコル スキームに含まれている図 1ひと脳脊髄液で識別された内因性ペプチドの在庫の増加、臨床において CSF endopeptidomic 解析を有効にする方法を開発しました。).最近の研究でこのメソッドのアプリケーションは拡大の既知の CSF endopeptidome 10 倍13非特定診断のいくつかの個人から CSF 標本約 16,400 内因性 CSF ペプチドの同定結果になったメソッドは、定量化の定圧ラベリング手法と組み合わせて必要に応じて使用できます。
サンプル準備
髄液中蛋白質量の主な情報源は血漿成分 (アルブミンや免疫グロブリンなど) 血液脳関門14,15上を通過します。彼らの高い豊富な低豊富で脳由来サンプル コンポーネントの検出を阻害します。内因性ペプチドは、LC-MS 分析、それによって低い豊富なペプチドの検出を有効にするのに使用される CSF ペプチド エキス量が大きくなり、高豊富なタンパク質から容易に分離できます。
ここで提示されたプロトコル、分子量カットオフ (MWCO) ろ過タンパク質端数から CSF ペプチドを分離する使用されました。前のいくつかで使用されているメソッドは、8,9,10、11,12,16を研究します。ろ過ステップは高 pH 移動相勾配上で実行オフラインの RP HPLC 事前分別手順が続いた。主な違いをされている pH タンデムで RP HPLC の 2 つの手順を実行するとして、異なるペプチド電荷状態の結果として変更されたペプチド保持から主に 2 つのステップの選択性の違いの結果します。酸性条件下で LC MS 前に pH が高いペプチド事前分別のアプリケーションは効率的なペプチドの同定の17,18, の増加で、さらに複雑な生物学的にこの目的のために優れている証明します。サンプルより直交分離モード19、強い猫イオン交換 (SCX) や RP20などと比較して。プールごと 12回画 (例えば1、13、25、37、49 分画)、RP hplc 高解像力のためまだ大きく異なる由来ペプチドの共同の溶出を避け、連結スキームが使われます、分析時間を短くにはLC-MS の分数はステップ20,21です。
ペプチドの同定
Peptidomic 研究におけるペプチドの同定とは異なるプロテオーム研究のデータベース検索で酵素胸の谷間は指定できませんし、結果として、識別率が通常より低い11。最近の研究13示した適応の得点を使用してスコアリング アルゴリズム各ソフトウェア プログラムの既定値が変更されたときを Sequest とマスコットを用いる生体内ペプチドの同定率大幅に改良されました。アルゴリズム パーコレーター、生体内ペプチドの最適なスコアリング アルゴリズムがトリプシン ペプチド13のそれと異なることを示します。2 つのフラグメント イオンの指紋ベースの検索エンジンを補完する研究では、ピーク (BSI) ソフトウェアを使用して自動ペプチドde novoシーケンスに基づく識別が見つかったという点での大幅に大きいセットの識別ペプチド。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1564">
	<tbody>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;width:547px;">&#160;1 M Triethylammonium bicarbonate</td>
			<td style="width:339px;">Fluka, Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:339px;">17902-100ML</td>
			<td style="width:339px;">TEAB</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">&#160;8 M Guanidinium hydrochloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G7294-100ML</td>
			<td>GdnHCl</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;width:547px;">Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride</td>
			<td>Pierce</td>
			<td>20490</td>
			<td>TCEP</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Iodoacetamide</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>I1149-5G</td>
			<td>IAA</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Hydroxylamine 50% (w/w)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>457804-50ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Acetonitrile, Far UV, HPLC gradient grade</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>271004-2L</td>
			<td>AcN</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Formic acid</td>
			<td>Fluka, Sigma-Aldrich&#160;</td>
			<td>56302-1mL-F</td>
			<td>FA</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Triflouroacetic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T6508-10AMP</td>
			<td>TFA</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Ammonium hydroxide solution</td>
			<td>Sigma-Aldrich&#160;</td>
			<td>30501-1L-1M</td>
			<td>NH4OH</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Unit with Ultracel-30 membrane</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>UFC903024</td>
			<td>MWCO-filter</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Sep-Pak C18, 100 mg</td>
			<td>Waters</td>
			<td>WAT023590</td>
			<td>SPE-column</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Resprep 12-port SPE Manifold&#160;</td>
			<td>Restek</td>
			<td>26077</td>
			<td>Vacuum manifold</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">TMT10plex Isobaric Label Reagent Set</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>90110</td>
			<td>TMT10plex</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">UltiMate 3000 RSLCnano LC System</td>
			<td>Dionex</td>
			<td>5200.0356</td>
			<td>Online sample separation</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Ultimate 3000 RPLC Rapid Separation Binary System</td>
			<td>Dionex</td>
			<td>IQLAAAGABHFAPBMBEZ</td>
			<td>Offline high-pH fractionation</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Orbitrap Fusion Tribrid mass spectrometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td style="width:339px;">IQLAAEGAAPFADBMBCX</td>
			<td>Mass spectrometer for sample analysis</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Proteome Discoverer 2.0&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>IQLAAEGABSFAKJMAUH</td>
			<td>Proteomics search platform</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Mascot v2.4</td>
			<td>Matrix Science</td>
			<td style="width:339px;">&#160;-&#160;</td>
			<td>Proteomics search engine</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Sequest HT</td>
			<td>Thermo</td>
			<td style="width:339px;">&#160;-&#160;</td>
			<td>Proteomics search engine</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">PEAKS v7.5&#160;</td>
			<td>Bioinformatic Solutions Inc.)</td>
			<td style="width:339px;">&#160;-&#160;</td>
			<td>Proteomics search engine</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Acclaim PepMap 100, 75 &#181;m x 2 cm, C18, 100 &#197; pore size, 3 &#181;m particle size</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>164535</td>
			<td>Trap column (nano HPLC)</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Acclaim PepMap C18, 75 &#181;m x 500 mm, 100&#197; pore size,&#160;2 &#181;m particle size</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>164942</td>
			<td>Separation Column (nano HPLC)</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">Savant SpeedVac High Capacity Concentrators</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>SC210A-230</td>
			<td>SpeedVac/Vacuum concentrator</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;">XBridge Peptide BEH C18 Column, 130&#197;, 3.5 &#181;m, 2.1 mm X 250 mm</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186003566</td>
			<td>Separation Column (micro HPLC)</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sample preparation for endopeptidomic analysis in human cerebrospinal fluid

このプロトコルでは、人間の脳脊髄液 (CSF) の内因性ペプチドを識別する手法について説明します。この目的のため分子量カットオフ (MWCO) ろ過に基づく開発済み、質量分析は、オフラインの高 pH の逆相高速液体クロマトグラフィー事前分別ステップと結合されました。
CSF への分泌は、中枢神経系の細胞に流す分子の除去のための主要な経路です。したがって、中枢神経系の多くのプロセスは、CSF、貴重な診断液、それはレンダリングに反映されます。CSF は、濃度範囲 8-9 桁の蛋白質を含んでいる、複雑な組成を持ちます。タンパク質以外にも先行研究はまた内因性ペプチドの大規模な数の存在を示しています。蛋白質より少なく広く研究、一方、これらのバイオ マーカーとして潜在的な利益可能性がありますも保持します。
内因性ペプチド MWCO のろ過により CSF 蛋白質含量から引き離されてしまいます。サンプルのタンパク質含有量の大半を外して研究サンプル ボリュームとそれによりまた内因性ペプチドの総量を増やすことが可能です。濾過ペプチド混合物の複雑さは、逆相液体クロマトグラフィー質量分析の前にアルカリの ph (RP) 高速液体クロマトグラフィー事前分別ステップを含むで修正されました。分別が結合された分析時間消費は、12 に 60 分画を集めたシンプルな連結方式で、まだほとんど共溶出を避けながらそれにより減る。
3 つの異なるペプチド ・ タンパク質同定ソフトウェア プログラムを使用して、その後結果を組み合わせることによって自動化されたペプチッド同定を行った。別のプログラムは 3 つの間重複 id の 15% 未満に匹敵するのではなく、相補的な.

ここで説明する方法を適用されており、サンプルの事前分別 (表 1) の導入の前に 3 つの研究で評価。最初の研究は、MALDI ターゲット プレートの CSF 分数をスポッティングのためのオフラインの LC を使用、730 の識別された内因性ペプチド11の結果します。2 次試験で定圧ラベリングが採用されました。同時に識別および CSF endopeptidome ・ プロテオーム解析における潜在的なバ?...

Watch this Scientific Journal Video about Sample Preparation for Endopeptidomic Analysis in Human Cerebrospinal Fluid at JoVE.com

Sample Preparation for Endopeptidomic Analysis in Human Cerebrospinal Fluid

ひと脳脊髄液 (CSF) の内因性ペプチドの質量分析法である. します。分子量カットオフろ過、クロマトグラフィーによる事前分別、質量分析、ペプチドの同定戦略の後の組み合わせを採用し、約 10 倍に比べて知られている CSF ペプチドームを展開することが可能だった先行研究。

ひと脳脊髄液中の Endopeptidomic の分析のための試料作製

This protocol describes a method developed to identify endogenous peptides in human cerebrospinal fluid (CSF). For this purpose, a previously developed ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Isolation of Cerebrospinal Fluid from Rodent Embryos for use with Dissected Cerebral Cortical Explants

解剖大脳皮質植で使用するための齧歯類の胚から脳脊髄液の分離

The CSF is a complex fluid with a dynamically varying proteome throughout development and in adulthood. During embryonic development, the nascent CSF ...

A Simple One-step Dissection Protocol for Whole-mount Preparation of Adult Drosophila Brains

A Simple One-step Dissection Protocol for Whole-mount Preparation of Adult Drosophila Brains

大人のホールマウントの準備のためのシンプルなワンステップ解剖プロトコル<em&gt;ショウジョウバエ</em&gt;ブレインズ

There is an increasing interest in using Drosophila to model human brain degenerative diseases, map neuronal circuitries in adult brains, and study the ...

High-throughput Analysis of Locomotor Behavior in the Drosophila Island Assay

High-throughput Analysis of Locomotor Behavior in the Drosophila Island Assay

ショウジョウバエ島アッセイにおける歩行行動の高スループット解析

Advances in next-generation sequencing technologies contribute to the identification of (candidate) disease genes for movement disorders and other ...

An Improved Method for Collection of Cerebrospinal Fluid from Anesthetized Mice

麻酔下のマウスから脳脊髄液のコレクションのための改良法

The cerebrospinal fluid (CSF) is a valuable body fluid for analysis in neuroscience research. It is one of the fluids in closest contact with the central ...

In Vivo Imaging of Cerebrospinal Fluid Transport through the Intact Mouse Skull using Fluorescence Macroscopy

蛍光マクロスコピーを用いた無傷マウス頭蓋骨を介した脳脊髄液輸送の生体内イメージング

Cerebrospinal fluid (CSF) flow in rodents has largely been studied using ex vivo quantification of tracers. Techniques such as two-photon microscopy and ...

3D Kinematic Analysis for the Functional Evaluation in the Rat Model of Sciatic Nerve Crush Injury

坐骨神経クラッシュ損傷のラットモデルにおける機能的評価のための3D運動学的解析

Compared to the Sciatic Functional Index (SFI), kinematic analysis is a more reliable and sensitive method for performing functional evaluations of ...

Cochlear Surface Preparation in the Adult Mouse

大人のマウスにおける人工内耳表面製剤

Auditory processing in the cochlea depends on the integrity of the mechanosensory hair cells. Over a lifetime, hearing loss can be acquired from numerous ...

Preparation of Acute Human Hippocampal Slices for Electrophysiological Recordings

電気生理学的記録のための急性ヒト海馬スライスの調製

Epilepsy affects about 1% of the world population and leads to a severe decrease in quality of life due to ongoing seizures as well as high risk for ...

A Pilot Study on the Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation of A&#946; and Tau Levels in Rhesus Monkey Cerebrospinal Fluid

A Pilot Study on the Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation of AÃƒÅ½Ã‚Â² and Tau Levels in Rhesus Monkey Cerebrospinal Fluid

アカゲザル脳脊髄液中のAβおよびタウレベルの反復経頭蓋磁気刺激に関するパイロット研究

Previous studies have demonstrated that a non-invasive light-flickering regime and auditory tone stimulation could affect A&#946; and tau metabolism in ...

Comprehensive Understanding of Inactivity-Induced Gait Alteration in Rodents

げっ歯類における不活動誘発歩行変化の包括的理解

It is well known that disuse affects neural systems and that joint motions become altered; however, which outcomes properly exhibit these characteristics ...