Name: expedited radiation biodosimetry by automated dicentric chromosome identification (adci) and dose estimation
Uploaded: 2017-09-04T13:00:00
Duration: 10 min 33 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Expedited Radiation Biodosimetry by Automated Dicentric Chromosome Identification ADCI and Dose Estimation at JoVE.com

Siamo grati al Dr. Ruth Wilkins, radiobiologia e protezione Division presso Health Canada e Farrah Flegal, Canadian Nuclear Laboratories e il loro personale di laboratorio per l'accesso ai dati immagine metafase dai loro laboratori di citogenetica biodosimetry. Questa carta è stata sostenuta da un contratto da costruire in Canada Innovation Program a CytoGnomix (numero di serie. EN579-172270/001/SC). La versione iniziale di ADCI e sviluppo di algoritmi sono stati sostenuti dal fondo di innovazione occidentale; Scienze naturali e ingegneria Research Council of Canada (NSERC Discovery Grant 371758-2009); U.S. Public Health Service (DART-DOSE CMCR, 5U01AI091173-0); la Fondazione Canada per l'innovazione; Canada ricerca sedie e CytoGnomix Inc.

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PKR e JHMK stato cofondatore di CytoGnomix, che è commercializzando ADCI e detiene brevetti correlati. YL e BCS sono dipendenti di CytoGnomix. ADCI è protetto da copyright, e il metodo di localizzazione del centromero in ADCI è brevettato (Pat. N. 8.605.981; Pat tedesca. N. 112011103687).

Funzionalità e limitazioni del software
Il protocollo descritto in questo documento introduce la procedura graduale tipica usata in ADCI per importare ed elaborare immagini di metafase citogenetica, creare radiazioni curve di calibrazione e stimare la dose biologica nelle persone o nei campioni esposti a sconosciuto livelli di radiazione. Tuttavia, non è necessario eseguire queste istruzioni in sequenza. Ad esempio, molti campioni di prova della dose sconosciuta possono essere elaborati e analizzati utilizzando la stessa curva di taratura pre-calcolate. Inoltre, una volta completata l'elaborazione, la selezione delle immagini e DC modelli di filtraggio può essere iterata da parte dell'utente. Applicazione di un modello di selezione immagine appropriata dipende dalle caratteristiche e qualità dei dati dell'immagine di metafase, che a sua volta si basa sia sul protocollo di laboratorio utilizzato per preparare le cellule e i criteri di rigore utilizzati per selezionare le celle con automatizzato sistemi di cattura di metafase. Morfologie di cromosoma saranno diverso tra biodosimetry e laboratori di citogenetiche, e così, i modelli di selezione immagine dovrebbero essere valutati dall'utente per determinare se i modelli di selezione immagine predefiniti forniti con il software sarà sufficienti per produrre le stime delle dosi precise, o se personalizzato modelli definiti dall'utente soglie devono essere creati. Basandoci sulla nostra esperienza, l'efficacia di modelli di selezione immagine risente l'origine e la qualità delle immagini delle cellule. Gli utenti possono progettare i propri criteri di selezione immagine utilizzando diverse combinazioni di filtri per eliminare il falso positivo DCs e modelli di selezione immagine e i valori di soglia corrispondenti per selezionare le immagini desiderate. C'è flessibilità in ingresso di curve di calibrazione e stima della dose, come coefficienti della curva lineare-quadratica e frequenze DC possono essere modificati o inseriti manualmente.
Anche se il software è completamente automatizzato, immagini possono essere recensione e selezionati manualmente. Questa funzionalità è disponibile per includere o rimuovere immagini singolarmente elaborate attraverso la funzione di Visualizzatore di microscopio nella GUI principale. Tuttavia, grazie all'automazione, il software è molto più efficiente rispetto con il manuale notante di immagini di metafase e contando DCs. Un campione costituito da 1000 immagini possa essere elaborato in 20 (tiff) per 40 min (jpg) su una workstation di prestazioni multi-core. Questo software sarà particolarmente utile in situazioni critiche o laboriosi, come eventi in cui individui multipli sono stati esposti o sono stati ritenuti sospetto di essere stati esposti a radiazioni, o dove il tempo-sensibile diagnosi e trattamento le decisioni sono fondamentali.
Rilevamento preciso e accurato elevato throughput di DCs, come pure la stima di dose sono necessari per la valutazione automatica di radiazione. Altre alternative disponibili per il software non soddisfare entrambi questi requisiti. Un'analisi citogenetica utente-assistita, basata sulle immagini (DCScore, Metasystems17) sistema richiede la verifica manuale del candidato DCs, a causa di un errore elevato tasso attribuibile alla non corretta si sovrappone tra cromosomi e il sistema non determina dose di radiazioni. DCScore non sarebbero altrettanto efficaci come ADCI in un evento di radiazioni che coinvolgono un gran numero di soggetti potenzialmente esposti. Sistemi di microscopia di grande apertura in grado di raccogliere immagini di più cellule di metafase18, tuttavia, non analizzarli. "CABAS"19 e "Stima di Dose"20 software può generare calibrazione curve e stima della dose, ma non segnano DCs. Altri saggi di biodosimetry che non sono basati su analisi DC includono H2AX fluorescenza, sonde di ibridazione in situ di fluorescenza con DNA mirati a specifici cromosomi, espressione genica, micronucleo e l'urina e biomarcatori respiratorie. Questi metodi sono meno specifici e sensibili per le radiazioni ionizzanti, possono essere più costosi, in alcuni casi, sono più che richiede tempo e generalmente non sono stati standardizzati attraverso molteplici laboratori di riferimento. La maggior parte di queste tecniche non rilevano radiazioni stabile risposte, quindi non possono essere utilizzati per la valutazione a lungo termine (&#62; post-esposizione di 7 giorni) della dose di radiazione. Al contrario, questo può valutare gli individui fino a 90 giorni di post-esposizione e in grado di elaborare dati da qualsiasi microscopio del laboratorio di citogenetica sistema di imaging. Tuttavia, se un campione è disegnato &#62; 4 settimane post-esposizione, sensibilità è ridotta a causa del decadimento di aberrazioni dicentrico1,2,3 e il software non risolve attualmente frequenze DC per ritardi nel prelievo individui esposti.
Questo software ha alcune limitazioni. Modelli di selezione immagine esistente selezionare immagini di metafase accettabile per la maggior parte, ma in alcuni casi, non riescono a eliminare immagini insoddisfacente, che possono ridurre la precisione del rilevamento di DC. È ancora una questione aperta come progettare un modello di selezione immagine soddisfacente che elimina tutte le cellule in metafase inadatto. Il software fornisce una stima accurata per campioni esposti a dosi di radiazioni elevate (≥ 2 Gy). Nonostante i notevoli progressi nel ridurre il numero di falsi positivi DCs16, questi oggetti non sono stati eliminati. Abbassare le cellule di metafase di qualità a bassa dose di radiazioni (soprattutto &#60; 1 Gy) sono più inclini a rilevamento del falso positivo DC. Di conseguenza, campioni di basso dosaggio non sono stati inclusi quando si genera la curva di taratura utilizzata per la stima della dose dei campioni di prova HC. Tuttavia, se una curva contenente campioni di basso dosaggio è desiderata, un valore inferiore di SVM Sigma riduce la conta falsi positivi nei campioni di basso dosaggio ma può provocare calo dei rendimenti DC in campioni di dose elevata. Figura 8 confronta la curva HC utilizzata per la stima della dose (Sigma = 1.5) con una curva di calibrazione misura con campioni di dose aggiuntiva di basso valore inferiore del sigma SVM (1.0). Nei campioni con un numero insufficiente di cellule in metafase e/o immagini di metafase di scarsa qualità, non è possibile stimare le esposizioni biologiche a basso dosaggio, potenzialmente con conseguente deviazioni da fisici dose superiore a 0,5 Gy.
Il software non può valutare con precisione tipi di radiazioni se le loro curve dose-risposta migliore adattano un modello lineare o quasi lineare. Finora, è stato testato solo con campioni esposti a X e raggi Gamma. Se un'altra fonte di radiazione è esaminata, gli utenti devono verificare i campioni di test e calibrazione sono esposti allo stesso tipo di radiazioni. Il software utilizza la massima verosimiglianza o minimi quadrati raccordo per costruire una curva dose-risposta utilizzando un modello lineare-quadratica. Attualmente non esiste alcuna opzione per imporre una rigorosa curva lineare, appropriato per le esposizioni di particelle ad alta energia, tuttavia tale funzionalità sarà disponibile in futuro.
Sviluppo futuro
Nostri sforzi sono concentrati sul miglioramento di modelli di selezione immagine e misura della dose precisa, in particolare dei campioni esposti a dosi di radiazione bassa. Versioni successive del software fornirà errore standard misure le stime delle dosi e intervalli di confidenza sulle curve di calibrazione. Inoltre, una versione high-performance computing del software per il supercomputer Blue Gene (BG/Q, IBM) è in fase di sviluppo per la tempestiva valutazione di individui esposti in un evento di massa-incidente radiazione. Alcuni componenti del software sono già stati testati e distribuiti su questa piattaformaLass = "xrif" > 11.

Radiazione biodosimetry utilizza marcatori biologici, principalmente le aberrazioni cromosomiche quali cromosomi dicentrici (DCs) e traslocazioni cromosomiche per misurare dosi di radiazioni che gli individui sono esposti a. Una dose biologicamente assorbita potrebbe essere diversa dalla dose fisica misurata dagli strumenti a causa della variabilità tra individui. Allo stesso modo, radiazione di una certa dose di fisica può produrre diverse esposizioni biologiche dovute a sottostanti condizioni fisiologiche o ambientali. Conoscenza della dose biologica è di particolare importanza per la diagnosi ed il trattamento.
Il dosaggio di DC è il gold standard della organizzazione mondiale della sanità (OMS) e Agenzia internazionale per energia atomica (AIEA) per valutare l'esposizione a radiazioni biologico nelle persone. E ' stato il primo test consigliato dall'AIEA e che per la valutazione della dose di radiazione. Frequenza DC è relativamente stabile per circa 4 settimane dopo l'esposizione di radiazioni1 e loro correlazione quantitativa con la dose di radiazione emessa è accurata, che rendono DCs il biomarcatore ideale. Il rapporto tra la dose di radiazione (a cui fa riferimento in unità Gray [Gy]) e la frequenza di DC (indicato come numero di DCs per cella) può essere espressa come una funzione lineare-quadratica.
L'analisi citogenetica di DC è stato lo standard industriale per circa 55 anni2. È stata eseguita manualmente, che richiedono 1-2 giorni per analizzare i dati di microscopio da un campione di sangue. Diverse centinaia a diverse migliaia di immagini sono necessarie per stimare con precisione l'esposizione a radiazioni a seconda della dose3. A dosi superiori a 1 Gy, AIEA raccomanda un minimo di 100 DCs essere rilevato. Esame di 250-500 immagini di metafase è pratica comune nei laboratori di citogenetica biodosimetry. Per campioni con esposizioni &#60; 1 Gy, 3.000-5.000 immagini sono suggeriti dovuto la probabilità inferiore di formazione DC. In entrambi i casi, è un'attività intensa di lavoro.
Laboratori di citogenetica biodosimetry creano proprio in vitro le curve di calibrazione biodosimetry di radiazione prima di valutare le dosi biologiche in campioni di prova. I campioni di sangue da individui di controllo normali, sono esposti a radiazioni e linfociti sono quindi colta e preparati per l'analisi del cromosoma di metafase. Utilizzando questi campioni, hanno ricevute le dosi biologiche sono tarate per il note fisiche dosi emesse da una sorgente di radiazione standard. Dopo immagini delle cellule di metafase sono stati registrati, esperti esaminare immagini, contano DCs e calcolare le frequenze DC per ogni campione. Una curva di calibrazione è costruita montando una curva lineare-quadratica per le frequenze di DC a tutte le dosi. Quindi, l'esposizione in esempio di test da individui possono essere dedotte abbinando le frequenze DC per le dosi calibrate sulla curva o specificandoli nella formula quadratica lineare corrispondente.
Ci hanno automatizzato sia il rilevamento dei controller di dominio e determinazione per accelerare questa procedura utilizzando il software della dose. Identificatore di cromosoma dicentrico automatizzati e Dose Estimator (ADCI) utilizza immagine di macchina basata su apprendimento tecniche di lavorazione per rilevare e discriminare i cromosomi dicentrici (DCs) da monocentric cromosomi (MCs) e altri oggetti e automatizza radiazione stima della dose. Il software mira a significativamente ridurre o eliminare la necessità per la verifica manuale dei conteggi di DC e ad accelerare la stima della dose tramite l'automazione. Esso è stato sviluppato con il coinvolgimento dei laboratori di riferimento biodosimetry a salute Canada (HC) e laboratori nucleari canadesi (CNL). Loro feedback farà in modo che le prestazioni continuerà a soddisfare criteri di AIEA per questo test.
Il software svolge le seguenti funzioni: 1) filtro DCs e selezionando immagini cellulare ottimale metafase per analisi, riconoscimento 2) cromosoma, rilevamento di DC e DC frequenza determinazione e 3) stimare la dose di radiazioni da dose-calibrato, dati relativi alla radiazione citogenetica. Questo software elabora gruppi di immagini di metafase da stesso individuo (definiti un campione), conta il numero di controller di dominio in ogni utilizzo immagine tecniche di lavorazione e restituisce la dose di radiazione stimato ricevuta da ciascun campione in unità di grigi (Gy).
Il software è stato progettato per gestire una gamma di strutture cromosomiche, conteggi e densità. Tuttavia, l'algoritmo esegue in modo ottimale nelle immagini di metafase che contiene un complemento completo nei pressi di cromosomi ben separati, lineare4. Immagini che contengono altamente sovrapposti set di cromosomi, più cellule, cellule in metafase incompleta, sorella cromatidio della separazione, i nuclei, oggetti non-cromosomici e altri difetti possono ridurre la precisione dell'algoritmo. Modelli di selezione immagine e altri segmentazione oggetto soglie possono filtrare la maggior parte delle immagini sub-ottimale e falsi positivi DCs dedicati.
Cromosoma dicentrico rilevamento viene eseguito quando viene elaborata un'immagine. L'algoritmo tenta di determinare quali oggetti in un'immagine sono i cromosomi e quindi individua le due regioni più probabile di essere centromeri su ogni cromosoma. Quindi, una serie di supporto differenti Vector Machine (SVM) modelli di apprendimento distinguere cromosomi come DCs o normale, monocentric cromosomi. I modelli SVM differiscono nella sensibilità e specificità di rilevazione DC (Vedi punto 3.1.4 qui sotto), che può interessare le frequenze di DC che sono determinate in un campione.
ADCI elabora set di Giemsa - (o DAPI-) tinto immagini digitali di metafase (in formato TIFF o JPG) per uno o più campioni. Il software analizza DCs in entrambi esempi di taratura e prova. Le dosi di fisiche (in Gy) dei campioni di calibrazione sono noti e sono utilizzate nella generazione di una curva di calibrazione. Le dosi fisiche e biologiche degli individui con le esposizioni sconosciute vengono dedotti dal software dalla curva di calibrazione generato dal computer. Anche se laboratori utilizzano tecniche comparabili, le curve di calibrazione da diversi laboratori variano spesso3. Entrambi esempi di curva e test di calibrazione dal laboratorio stesso devono essere elaborati per la stima della dose esatta in campioni di prova.
Questo software offre velocità, precisione e scalabilità quali indirizzi la produttività necessaria per gestire un evento in cui molti individui contemporaneamente devono essere testati. E ' stato sviluppato dal 2008-20174,5,6,7,8,9,10,11,12 ,13. Utilizzando hardware computer recente, questo desktopSoftware per PC in grado di elaborare e dose di radiazioni di stima in un campione di 500 equivalenti di genoma di metafase in 10-20 min 4. Il codice è basato su un insieme di segmentazione di immagini proprietarie e machine learning algoritmi per l'analisi del cromosoma. Esperto di analisi di ogni cromosoma 3 Gy radiazioni ha dato esattezze paragonabili a ADCI. In una serie di 6 campioni di esposizioni sconosciute (precedentemente utilizzate in un esercizio di competenza internazionale), il software stimato dosi entro 0,5 Gy dei valori ottenuti da revisione manuale dei dati stessi di HC e CNL, che soddisfi i requisiti dell'AIEA per triage biodosimetry. Inoltre, standardizzazione interlaboratorio e, infine, la riproducibilità della dose stima beneficio dall'avere un controller di dominio comune, automatizzato, segnando algoritmo. Tuttavia, il software permette personalizzazione dell'immagine di filtraggio e criteri di selezione, che consente differenze nei metodi di preparazione del cromosoma e sorgenti di taratura di radiazione per essere presi in considerazione.
Questo software è un'interfaccia di utente grafica (GUI) - basati su sistema che analizza set di immagini di cromosoma contenente Giemsa (o DAPI) - macchiato cellule in metafase per le anomalie che derivano dall'esposizione a radiazioni ionizzanti. I set di immagine sono fotografati digitalmente con un sistema di microscopio luce (o epifluorescente) e ogni insieme corrisponde a un campione diverso. Il software utilizza tecniche per rilevare e discriminare le DCs da MCs e altri oggetti di elaborazione delle immagini. Empiricamente derivati segmentazione filtri eliminano quindi automaticamente i falsi positivi DCs senza intaccare il vero DCs. Infine, il software automaticamente filtra indesiderati immagini basati su varie strutture di immagine trovate immagini di metafase di scarsa qualità con modelli di selezione immagine pre-calcolate (o specificato dall'utente). Queste immagini includono quelli contenenti eccessiva o insufficiente numero di oggetti "rumorosi", più cromosomi sovrapposti, immagini mancanti cromosomi in metafase, un numero eccessivo di sorella cromatidi4. I dati di immagine automaticamente a cura vengono utilizzati per generare la curva di calibrazione di dose da campioni della dose di radiazione noti e sono utilizzati per stimare le esposizioni di prova campioni esposti a dosi sconosciute.
Output del software possono essere visualizzati e salvati come: 1) basato su testo output visualizzato nella console, 2) trame che possono essere salvati come immagini e 3) di report in formato HTML. Molti aspetti del software sono personalizzabili per soddisfare le esigenze specifiche dei diversi laboratori. Laboratori individuali forniscono solitamente i campioni di test e calibrazione preparato e raccolti basata sul protocollo citogenetico convalidato in quel laboratorio. Questo mantiene l'uniformità della preparazione del campione e permette curve di calibrazione generate dai campioni di calibrazione chiaramente da applicare per testare campioni derivati usando lo stesso protocollo. Curve di calibrazione possono essere create anche da coefficienti di curva o frequenze DC alle dosi definite. Le stime più accurate di dose sono ottenute filtrando immagini di qualità inferiore e falsi positivi DCs (FPs). Selezione dei sottoinsiemi di immagine ottimale all'interno di ogni campione viene eseguita utilizzando 'Modelli di immagine selezione' che eliminano immagini scadente che tendono a introdurre FPs. Una serie di modelli pre-convalidate sono inclusi con il software, tuttavia ulteriori modelli con soglie personalizzate e filtri possono essere creati e salvati dall'utente.
Una volta che il software viene caricato correttamente, la principale interfaccia grafica (GUI) è presentato (Vedi Figura 1). Da questa interfaccia, campioni, ciascuno composto da una cartella di file immagine di metafase cella, possono essere selezionate e lavorate per identificare controller di dominio, curve di calibrazione possono essere create e confrontate e dose di esposizione di radiazioni di campioni può essere determinata.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56245/56245fig1.jpg"> 
Figura 1: The settori principali dell'interfaccia di utente grafica includono: un elenco di campioni (1), un elenco di calibrazione delle curve (2), il processo di coda (3), che controlla lo stato del rilevamento di DC in ogni set di immagini di ogni campione, una trama display (4), che riassume le statistiche o altre proprietà quantitativa di un set di immagini nei campioni o curve di calibrazione e una console (5) che contiene un testo descrittivo come uscite di ogni operazione eseguita dal programma. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56245/56245fig1large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Automated Dicentric Chromosome Identifier and Dose Estimator (ADCI)</td>
			<td>CytoGnomix</td>
			<td>NA</td>
			<td>ADCI software is released in a binary installation package file for Microsoft Windows 7, 8, 8.1 and 10; 235 Mb of disk storage are required for a typical installation. The software has been tested with Intel or AMD x86-64 processors; at least 1 Gb RAM is recommended. Analyses have been benchmarked on a computer configured with an Intel I7 processor and 16 Gb RAM. Operation of ADCI requires an active license and a USB-based hardware dongle, which must remain plugged in while the software is executing. The dongle encodes the software expiry date. Each time the software is started, this date is read. The software will allow access to the program if the current date and time precedes the expiration time-date stamp. Extending an expired software license can be accomplished by obtaining a new dongle or by renewing the license with an updated key at startup.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital images of metaphase cell nuclei</td>
			<td>Examples: Metasystems, Leica Microsystems</td>
			<td>M-Search (Metasystems), Cytovision (Leica) software</td>
			<td>High resolution TIFF format; typically &#62;250 digital images generated with a microscope imaging capture system (minimum 63x magnification objective, 10x magnification ocular).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSI Leopard Pro (recommended, optional)</td>
			<td>Micro-Star International</td>
			<td>MSI GP62 6QF 480CA Leopard Pro</td>
			<td>Multi-core performance workstation.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

expedited radiation biodosimetry by automated dicentric chromosome identification (adci) and dose estimation

Dose di radiazione biologica può essere stimato da frequenze di cromosoma dicentrico in cellule di metafase. L'esecuzione di queste analisi citogenetica del cromosoma dicentrico è tradizionalmente un processo manuale e laborioso, non adatto per gestire il volume di campioni che possono richiedere l'esame a seguito di un evento di massa dell'incidente. Software automatizzato di identificatore di cromosoma dicentrico e Dose Estimator (ADCI) automatizza questo processo esaminando insiemi di immagini di metafase utilizzando tecniche di elaborazione immagine basata su apprendimento di macchina. Il Seleziona software immagini appropriate per analisi rimuovendo immagini inadatti, classifica ogni oggetto come un centromero-contenenti del cromosoma o non-cromosoma, più ulteriormente contraddistingue i cromosomi come monocentric cromosomi (MCs) o dicentrico cromosomi (DCs), determina la frequenza DC all'interno di un campione e le stime di dose di radiazione biologica confrontando la frequenza di campionamento DC con curve di calibrazione calcolate utilizzando campioni di calibrazione. Questo protocollo viene descritto l'utilizzo del software ADCI. In genere, sia calibrazione (dose nota) e insiemi di test (sconosciuto dose) di immagini di metafase sono importati per eseguire la stima accurata dose. Immagini ottimali per l'analisi possono essere trovati automaticamente utilizzando filtri di immagine preimpostati o possono anche essere filtrati attraverso ispezione manuale. Il software elabora le immagini all'interno di ogni campione e frequenze DC vengono calcolate a diversi livelli di rigore per la chiamata a controller di dominio, utilizzando un'approccio di apprendimento della macchina. Curve di taratura lineare-quadratica vengono generate in base sulle frequenze di DC in campioni di calibrazione esposti a dosi fisiche conosciute. Dosi di campioni esposti a livelli di radiazioni incerto sono stimate da loro frequenze DC utilizzando queste curve di calibrazione. Rapporti possono essere generati su richiesta e forniscono la sintesi dei risultati di uno o più campioni, di una o più curve di calibrazione o di stima di dose.

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Expedited Radiation Biodosimetry by Automated Dicentric Chromosome Identification ADCI and Dose Estimation

Accelerato radiazione Biodosimetry automatizzato di identificazione del cromosoma dicentrico (ADCI) e stima della Dose

L'analisi citogenetica del cromosoma dicentrico (DC) quantifica l'esposizione a radiazioni ionizzanti. Il software automatizzato di identificatore di cromosoma dicentrico e l'estimatore di Dose con precisione e rapidamente stima dose biologica da DCs in cellule di metafase. Esso distingue monocentric cromosomi e altri oggetti da DCs e le stime di dose di radiazione biologica dalla frequenza di DCs.

Biological radiation dose can be estimated from dicentric chromosome frequencies in metaphase cells. Performing these cytogenetic dicentric chromosome ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Expedited Radiation Biodosimetry by Automated Dicentric Chromosome Identification (ADCI) and Dose Estimation

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization (mFISH) and Spectral Karyotyping (SKY) in Irradiated Mice

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization mFISH and Spectral Karyotyping SKY in Irradiated Mice

Rilevazione di Inter-aberrazioni cromosomiche stabili per fluorescenza multipla<em&gt; In Situ</em&gt; Ibridazione (mFISH) e spettrale cariotipo (SKY) in topi irradiati

Ionizing radiation (IR) induces numerous stable and unstable chromosomal aberrations. Unstable aberrations, where chromosome morphology is substantially ...

Ricerca

Genetica

Pooled shRNA Screen for Reactivation of MeCP2 on the Inactive X Chromosome

In pool shRNA schermo per riattivazione di MeCP2 sul cromosoma di X inattivo

Forward genetic screens using reporter genes inserted into the heterochromatin have been extensively used to investigate mechanisms of epigenetic control ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

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Identificazione di High-throughput di combinazioni di farmaci sinergici con il metodo2 di sovrapposizione

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

Identificazione di High-throughput di sequenze regolatorie del Gene mediante sequenziamento di nuova generazione di cromosoma circolare conformazione catturare (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing (RIPiT-Seq)

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing RIPiT-Seq

Identificazione delle impronte di RNA:Complessi proteici tramite l'immunoprecipitazioni dell'RNA in Tandem seguita dal sequenziamento (RIPiT-Seq)

RNA immunoprecipitation in tandem (RIPiT) is a method for enriching RNA footprints of a pair of proteins within an RNA:protein (RNP) complex. RIPiT ...

Identification of Host Pathways Targeted by Bacterial Effector Proteins using Yeast Toxicity and Suppressor Screens

Identificazione dei percorsi host mirati dalle proteine degli effetti batterici utilizzando la tossicità del lievito e gli schermi soppressori

Intracellular bacteria secrete virulence factors called effector proteins into the host cytosol that act to subvert host proteins and/or their associated ...

Preparation of Meiotic Chromosome Spreads from Zebrafish Spermatocytes

Preparazione delle scime cromosomiche meiotiche da Spermatociti di pesce zebra

Meiosis is the key cellular process required to create haploid gametes for sexual reproduction. Model organisms have been instrumental in understanding ...

Inducing Hairy Roots by Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation in Tartary Buckwheat (Fagopyrum tataricum)

Inducing Hairy Roots by Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation in Tartary Buckwheat Fagopyrum tataricum

Indurre radici pelose di Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation in Tartary Buckwheat (Fagopyrum tataricum)

Tartary buckwheat (TB) [Fagopyrum tataricum (L.) Gaertn] possesses various biological and pharmacological activities because it contains abundant ...

Identification of Enhancer-Promoter Contacts in Embryoid Bodies by Quantitative Chromosome Conformation Capture (4C)

Identification of Enhancer-Promoter Contacts in Embryoid Bodies by Quantitative Chromosome Conformation Capture 4C

Identificazione dei contatti Enhancer-Promoter nei corpi embrionali mediante Quantitative Chromosoma Conformation Capture (4C)

During mammalian development, cell fates are determined through the establishment of regulatory networks that define the specificity, timing, and spatial ...

Chromosome Screening of Human Preimplantation Embryos by Using Spent Culture Medium: Sample Collection and Chromosomal Ploidy Analysis

Screening cromosomico di embrioni umani preimpianto mediante l'utilizzo di terreno di coltura esausto: raccolta del campione e analisi della ploidia cromosomica

In clinical in vitro fertilization (IVF), the prevailing method for PGT-A requires biopsy of a few cells from the trophectoderm (TE). This is the lineage ...