Name: expedited radiation biodosimetry by automated dicentric chromosome identification (adci) and dose estimation
Uploaded: 2017-09-04T13:00:00
Duration: 10 min 33 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Expedited Radiation Biodosimetry by Automated Dicentric Chromosome Identification ADCI and Dose Estimation at JoVE.com

Мы признательны д-р Рут Уилкинс, радиобиологии и Отдел охраны в Министерство здравоохранения Канады и Фарра Флегалом, канадский ядерных лабораторий и их персонал лаборатории для доступа к данным изображения метафазы от их цитогенетических Биодозиметрические лаборатории. Этот документ был поддержан контракт от построения в Канаде инновационной программы CytoGnomix (серийный номер EN579-172270/001/SC). В первоначальной версии ADCI и разработка алгоритмов были поддержаны в Западной инновационный фонд; Естественных наук и инженерии исследовательский совет Канады (СЕНТИ обнаружения Грант 371758-2009); Служба общественного здравоохранения США (DART-доза CMCR, 5U01AI091173-0); Канадский фонд для инновационной деятельности; Канада исследований стульев и CytoGnomix Inc.

<ol>
	<li>Brewen, J. G., Preston, R. J., Littlefield, L. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Radiation-Induced+Human+Chromosome+Aberration+Yields+Following+an+Accidental+Whole-Body+Exposure+to60+Co+&#947;-Rays.">Radiation-Induced Human Chromosome Aberration Yields Following an Accidental Whole-Body Exposure to60 Co &#947;-Rays.</a> Radiat Res. 49 (3), 647-656 (1972).</li><li>Bender, M. A., Gooch, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Persistent+Chromosome+Aberrations+in+Irradiated+Human+Subjects.">Persistent Chromosome Aberrations in Irradiated Human Subjects.</a> Radiat Res. 16 (1), 44-53 (1962).</li><li>INTERNATIONAL ATOMIC ENERGY AGENCY. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Cytogenetic Dosimetry: Applications in Preparedness for and Response to Radiation Emergencies. , (2011).</li><li>Rogan, P. K., Li, Y., Wilkins, R. C., Flegal, F. N., Knoll, J. H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Radiation+Dose+Estimation+by+Automated+Cytogenetic+Biodosimetry.">Radiation Dose Estimation by Automated Cytogenetic Biodosimetry.</a> Radiat Prot Dosimetry. 172 (1-3), 207-217 (2016).</li><li>Arachchige, A. S., Samarabandu, J., Knoll, J., Khan, W., Rogan, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+image+processing+algorithm+for+accurate+extraction+of+the+centerline+from+human+metaphase+chromosomes.">An image processing algorithm for accurate extraction of the centerline from human metaphase chromosomes.</a> 2010 IEEE International Conference on Image Processing. , 3613-3616 (2010).</li><li>Arachchige, A. S., Samarabandu, J., Knoll, J., Khan, W., Rogan, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Accurate+Image+Processing+Algorithm+for+Detecting+FISH+Probe+Locations+Relative+to+Chromosome+Landmarks+on+DAPI+Stained+Metaphase+Chromosome+Images.">An Accurate Image Processing Algorithm for Detecting FISH Probe Locations Relative to Chromosome Landmarks on DAPI Stained Metaphase Chromosome Images.</a> 2010 Canadian Conference on Computer and Robot Vision. , 223-230 (2010).</li><li>Arachchige, A. S., Samarabandu, J., Rogan, P. K., Knoll, J. H. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intensity+integrated+Laplacian+algorithm+for+human+metaphase+chromosome+centromere+detection.">Intensity integrated Laplacian algorithm for human metaphase chromosome centromere detection.</a> 2012 25th IEEE Canadian Conference on Electrical and Computer Engineering (CCECE). , 1-4 (2012).</li><li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Towards+large+scale+automated+interpretation+of+cytogenetic+biodosimetry+data.">Towards large scale automated interpretation of cytogenetic biodosimetry data.</a> 2012 IEEE 6th International Conference on Information and Automation for Sustainability. , 30-35 (2012).</li><li>Ranjan, R., Arachchige, A. S., Samarabandu, J., Knoll, J. H. M., Rogan, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automatic+Detection+of+Pale+Path+and+Overlaps+in+Chromosome+Images+using+Adaptive+Search+Technique+and+Re-thresholding.">Automatic Detection of Pale Path and Overlaps in Chromosome Images using Adaptive Search Technique and Re-thresholding.</a> International Conference on Computer Vision Theory and Applications. , 462-466 (2017).</li><li>Arachchige, A. S., Samarabandu, J., Knoll, J. H. M., Rogan, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intensity+Integrated+Laplacian-Based+Thickness+Measurement+for+Detecting+Human+Metaphase+Chromosome+Centromere+Location.">Intensity Integrated Laplacian-Based Thickness Measurement for Detecting Human Metaphase Chromosome Centromere Location.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 60 (7), 2005-2013 (2013).</li><li>Rogan, P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automating+dicentric+chromosome+detection+from+cytogenetic+biodosimetry+data.">Automating dicentric chromosome detection from cytogenetic biodosimetry data.</a> Radiat Prot Dosimetry. 159 (1-4), 95-104 (2014).</li><li>Li, Y., Knoll, J. H., Wilkins, R. C., Flegal, F. N., Rogan, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+discrimination+of+dicentric+and+monocentric+chromosomes+by+machine+learning-based+image+processing.">Automated discrimination of dicentric and monocentric chromosomes by machine learning-based image processing.</a> Microsc Res Tech. 79 (5), 393-402 (2016).</li><li>Subasinghe, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Centromere+detection+of+human+metaphase+chromosome+images+using+a+candidate+based+method.">Centromere detection of human metaphase chromosome images using a candidate based method.</a> F1000Res. 5, 1565 (2016).</li><li>Wilkins, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+annual+Canadian+biodosimetry+network+intercomparisons.">Evaluation of the annual Canadian biodosimetry network intercomparisons.</a> Int J Radiat Biol. 91 (5), 443-451 (2015).</li><li>Liu, J., Li, Y., Wilkins, R., Flegal, F., Knoll, J. H. M., Rogan, P. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+Cytogenetic+Biodosimetry+Through+Automation+Of+Dicentric+Chromosome+Curation+And+Metaphase+Cell+Selection.">Accurate Cytogenetic Biodosimetry Through Automation Of Dicentric Chromosome Curation And Metaphase Cell Selection.</a> F1000Research. 6, 1396 (2017).</li><li>Schunck, C., Johannes, T., Varga, D., L&#246;rch, T., Plesch, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+developments+in+automated+cytogenetic+imaging:+unattended+scoring+of+dicentric+chromosomes,+micronuclei,+single+cell+gel+electrophoresis,+and+fluorescence+signals.">New developments in automated cytogenetic imaging: unattended scoring of dicentric chromosomes, micronuclei, single cell gel electrophoresis, and fluorescence signals.</a> Cytogenet Genome Res. 104 (1-4), 383-389 (2004).</li><li>Ramakumar, A., Subramanian, U., Prasanna, P. G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+sample+processing+and+sample+management;+the+functional+evolution+of+classical+cytogenetic+assay+towards+automation.">High-throughput sample processing and sample management; the functional evolution of classical cytogenetic assay towards automation.</a> Mutat Res Genet Toxicol Environ Mutagen. 2015, 132-141 (2015).</li><li>Deperas, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CABAS:+a+freely+available+PC+program+for+fitting+calibration+curves+in+chromosome+aberration+dosimetry.">CABAS: a freely available PC program for fitting calibration curves in chromosome aberration dosimetry.</a> Radiat Prot Dosimetry. 124 (2), 115-123 (2007).</li><li>Ainsbury, E. A., Lloyd, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dose+estimation+software+for+radiation+biodosimetry.">Dose estimation software for radiation biodosimetry.</a> Health Phys. 98 (2), 290-295 (2010).</li></ol>

PKR и JHMK одним из CytoGnomix, который коммерциализация ADCI и соответствующих патентов. YL и BCS являются сотрудниками CytoGnomix. ADCI защищено авторскими правами, и запатентовал Метод локализации центромер ADCI (нас ПЭТ. № 8,605,981; Немецкие ПЭТ. № 112011103687).

Возможности и ограничения программного обеспечения
Протокол, описанные в настоящем документе представляет типичный поэтапный процедура, используемая в ADCI для импорта и обработки изображений цитогенетических метафаза, создания излучения калибровочных кривых и оценки биологических дозы в отдельных лиц или образцы подвергаются неизвестно уровни радиации. Однако нет необходимости выполнять эти инструкции последовательно. Например многие опытные образцы неизвестных дозы могут быть обработаны и проанализированы с использованием той же вычисляемых калибровочной кривой. Кроме того после завершения обработки выбора изображения и фильтрации модели DC может быть повторен до пользователем. Применение соответствующего изображения выбор модели зависит от характеристик и качества данных метафаза изображения, которая в свою очередь опирается как на лабораторных протокол, используемый для подготовки клетки и жесткости критериев, используемых для выделения ячеек с автоматизированной метафаза захвата систем. Хромосома морфологии будут отличаться между Биодозиметрические и цитогенетического лаборатории, и таким образом, выбор моделей изображения должны быть оценены пользователю определить, будет ли достаточным для предопределенный выбор модели поставляются с программным обеспечением производить оценки точной дозы, или ли пользовательские модели с пользователем пороговые значения должны быть созданы. Основываясь на нашем опыте, эффективность изображения выбор модели зависит от источника и качества изображения клетки. Пользователи могут разрабатывать свои собственные критерии выбора изображения, используя различные комбинации фильтров для ликвидации ложных положительных DCs и изображения выбор моделей и соответствующие пороговые значения, чтобы выбрать нужные изображения. Существует гибкость в калибровочных кривых и оценки дозы, как коэффициентов линейной квадратичной кривой и частоты постоянного тока может быть изменено или вручную вводятся.
Хотя программное обеспечение полностью автоматизирован, изображения можно вручную обзор и выбран. Эта возможность доступна включить или удалить индивидуально обработанные изображения через функцию просмотра микроскопа в основной графический интерфейс пользователя. Тем не менее за счет автоматизации, программное обеспечение является значительно более эффективным по сравнению с ручным скоринга метафаза изображений и подсчета DCs. Образец, состоящий из 1000 изображения могут быть обработаны в 20 (tiff) 40 мин (jpg) на рабочей станции производительность многоядерных процессоров. Это программное обеспечение будет особенно полезным в врем критически или трудоемких ситуациях, например, события в которой несколько лиц стали жертвами или были предположительно подверглись воздействию радиации, или где срочных диагностику и лечение решения имеют решающее значение.
Точного и аккуратного высокой пропускной способности обнаружения контроллеров домена, а также дозы оценки необходимы для оценки без присмотра излучения. Другие доступные альтернативы для программного обеспечения не выполняют оба эти требования. При содействии пользователя, на основе образа цитогенетического анализа (DCScore, метасистемной17) системы требует ручной проверки кандидата DCs, ошибкой высокий показатель объясняется нескорректированной перекрытий между хромосом, и система не определить доза радиации. DCScore не будет столь эффективным, как ADCI в событии излучения с участием большого числа потенциально облучаемых лиц. Большой апертурой микроскопа можно собирать образы нескольких метафаза клетки18, однако, они не анализировать их. 19 «CABAS» и «Дозы оценивают» программное обеспечение20 может генерировать калибровочных кривых и оценки дозы, но не забиваешь DCs. Другие Биодозиметрические анализов, которые не основаны на анализе DC включают H2AX флуоресценции, флуоресценции в situ гибридизация ДНК зонды ориентированы на конкретные хромосом, экспрессии генов, пробирного микроядро и мочи и дыхательных биомаркеров. Эти методы являются конкретными и чувствительных для ионизирующего излучения, могут быть более дорогостоящими, в некоторых случаях, больше времени и обычно не были стандартизированы через несколько эталонных лабораторий. Большинство из этих методов не обнаруживать стабильные излучения ответы, поэтому они не могут использоваться для оценки долгосрочной перспективе (&#62; 7 дней после контакта) дозы излучения. Напротив это можно оценить лиц до 90 дней после воздействия и может обрабатывать данные из любого цитогенетика лабораторный Микроскоп изображений системы. Однако если выборка &#62; 4 недель после контакта, чувствительность снижается из-за распада dicentric аберраций1,2,3 и программное обеспечение в настоящее время не исправить DC частот для задержек в выборки облучаемых лиц.
Это программное обеспечение имеет некоторые ограничения. Существующие модели выбора изображения выберите основном приемлемым метафаза изображения, но в некоторых случаях не ликвидации неудовлетворительного изображений, которые могут уменьшить точность обнаружения DC. Это по-прежнему открытым вопрос как разработать удовлетворительное изображение выбор модель, которая устраняет все непригодные метафаза клетки. Программное обеспечение предоставляет точные оценки для образцов, подвержены более высокие дозы облучения (≥ 2 гр). Несмотря на значительный прогресс в деле сокращения числа ложных положительных DCs16эти объекты не были устранены. Снижение качества метафаза клетки в дозе радиации низкого (особенно &#60; 1 гр) являются более склонными к ложных положительных обнаружения DC. Таким образом низкие дозы образцы не были включены, при генерации калибровочной кривой, используемых для оценки дозы HC испытательных образцов. Однако, если желательно кривой, содержащие образцы низкой дозы, меньшее значение SVM Сигма снижает ложных положительных графов в образцах низкой дозы может привести к снижению урожайности DC в высокой дозе образцы. Рисунок 8 сравнивает кривой HC, используемых для оценки дозы (Сигма = 1,5) с калибровочной кривой подходят с образцами дополнительные низкой дозы на меньшее значение Сигма SVM (1.0). В образцах с недостаточным количеством метафаза клеток и/или низкого качества метафаза изображения может оказаться невозможным точно оценить биологические воздействия низких доз, потенциально приводит к отклонениям от физической дозе, превышающей 0,5 гр.
Программное обеспечение не может точно оценить типы излучения, если их доза реакция кривых наиболее подходят линейной или вблизи линейная модель. До настоящего времени он был протестирован только с образцами, подвергается X - и гамма-лучей. Если рассматривается другой источник излучения, пользователи должны убедиться, поверочные и испытательные образцы подвергаются воздействию того же типа излучения. Программное обеспечение использует максимального правдоподобия или наименьших квадратов, арматура для построения кривой доза ответ с помощью линейной квадратичной модели. Существует в настоящее время отсутствует возможность налагать строгие линейной кривой, соответствующие воздействия частиц высоких энергий, однако такие функциональные возможности будут доступны в будущем.
Будущее развитие
Наши постоянные усилия направлены на улучшение изображения выбор модели и точной дозы измерения, в частности, воздействию низких доз облучения образцы. Последующие версии будет предоставлять стандартная ошибка измерения дозы оценки и доверительные интервалы на калибровочных кривых. Кроме того высокой производительности вычислений версии программного обеспечения для суперкомпьютера Голубой Ген (BG/Q, IBM) находится в стадии разработки для своевременной оценки лиц, подвергающихся в событии массовые жертвы излучения. Некоторые компоненты программного обеспечения уже были испытаны и развернуты на этой платформеЛасс = «внешней» > 11.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Automated Dicentric Chromosome Identifier and Dose Estimator (ADCI)</td>
			<td>CytoGnomix</td>
			<td>NA</td>
			<td>ADCI software is released in a binary installation package file for Microsoft Windows 7, 8, 8.1 and 10; 235 Mb of disk storage are required for a typical installation. The software has been tested with Intel or AMD x86-64 processors; at least 1 Gb RAM is recommended. Analyses have been benchmarked on a computer configured with an Intel I7 processor and 16 Gb RAM. Operation of ADCI requires an active license and a USB-based hardware dongle, which must remain plugged in while the software is executing. The dongle encodes the software expiry date. Each time the software is started, this date is read. The software will allow access to the program if the current date and time precedes the expiration time-date stamp. Extending an expired software license can be accomplished by obtaining a new dongle or by renewing the license with an updated key at startup.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital images of metaphase cell nuclei</td>
			<td>Examples: Metasystems, Leica Microsystems</td>
			<td>M-Search (Metasystems), Cytovision (Leica) software</td>
			<td>High resolution TIFF format; typically &#62;250 digital images generated with a microscope imaging capture system (minimum 63x magnification objective, 10x magnification ocular).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSI Leopard Pro (recommended, optional)</td>
			<td>Micro-Star International</td>
			<td>MSI GP62 6QF 480CA Leopard Pro</td>
			<td>Multi-core performance workstation.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

expedited radiation biodosimetry by automated dicentric chromosome identification (adci) and dose estimation

Доза излучения биологических можно оценить от частот dicentric хромосом метафазы клеток. Выполнение этих анализов цитогенетических dicentric хромосомы традиционно является ручной, трудоемкий процесс, не хорошо подходит для обработки количества образцов, которые могут потребовать рассмотрения в результате массовых жертв событий. Автоматизированная Dicentric хромосомы идентификатор и доза оценщик (ADCI) программное обеспечение автоматизирует этот процесс путем изучения наборы метафаза изображений с использованием методов обработки изображений на основе обучения машины. Программное обеспечение выбирает соответствующие изображения для анализа путем удаления непригодных изображений, классифицирует каждый объект как содержащие центромер хромосомы или не хромосома, дальнейшего отличает хромосом как моноцентральные хромосом (MCs) или dicentric хромосомы (DCs), определяет частоту DC в образец и оценки дозы облучения биологических путем сравнения частоты выборки DC с калибровочных кривых, рассчитываются с использованием калибровочных образцов. Этот протокол описывает использование ADCI программного обеспечения. Как правило калибровки (известный дозы) и наборы тестов (неизвестный доза) метафаза изображения импортируются для выполнения точной дозы оценки. Оптимального изображения для анализа автоматически с помощью фильтров предустановленных изображений можно найти или также можно фильтровать путем ручного досмотра. Программное обеспечение обрабатывает изображения в пределах каждого образца и DC частоты рассчитываются на различных уровнях жесткости для вызова DCs, с использованием машинного обучения подход. Линейно квадратической калибровочные кривые формируются на основании частоты постоянного тока в калибровочных образцов известных физических дозы. Дозы испытательные образцы подвергаются неопределенной радиационного оцениваются от их частоты постоянного тока, используя эти калибровочных кривых. Отчеты могут быть получены по запросу и предоставлять резюме результатов из одного или более образцов, одного или нескольких калибровочных кривых или оценки дозы.

Watch this Scientific Journal Video about Expedited Radiation Biodosimetry by Automated Dicentric Chromosome Identification ADCI and Dose Estimation at JoVE.com

Expedited Radiation Biodosimetry by Automated Dicentric Chromosome Identification ADCI and Dose Estimation

Ускоренной излучения Биодозиметрические, автоматизированной идентификации Dicentric хромосомы (ADCI) и оценки дозы

Assay цитогенетических dicentric хромосомы (DC) дает количественную оценку воздействия ионизирующего излучения. Программное обеспечение автоматизированных Dicentric хромосомы идентификатор и доза оценщик точно и быстро оценки биологических дозы от РСУ в клетках метафаза. Это отличает моноцентральные хромосом и других объектов от РСУ и оценки дозы облучения биологических от частоты DCs.

Biological radiation dose can be estimated from dicentric chromosome frequencies in metaphase cells. Performing these cytogenetic dicentric chromosome ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Expedited Radiation Biodosimetry by Automated Dicentric Chromosome Identification (ADCI) and Dose Estimation

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization (mFISH) and Spectral Karyotyping (SKY) in Irradiated Mice

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization mFISH and Spectral Karyotyping SKY in Irradiated Mice

Обнаружение Inter-хромосомных аберраций Стабильные многократными флюоресценции<em&gt; В Ситу</em&gt; Гибридизация (mFISH) и спектральное кариотипирование (SKY) в облученных мышей

Ionizing radiation (IR) induces numerous stable and unstable chromosomal aberrations. Unstable aberrations, where chromosome morphology is substantially ...

Pooled shRNA Screen for Reactivation of MeCP2 on the Inactive X Chromosome

Обобщённые индуцируемый экран для повторной активации MeCP2 на неактивных Х-хромосома

Forward genetic screens using reporter genes inserted into the heterochromatin have been extensively used to investigate mechanisms of epigenetic control ...

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

High-throughput Identification of Synergistic Drug Combinations by the Overlap2 Method

Высок объём идентификации наркотиков синергических сочетаний методом дублирования2

Although antimicrobial drugs have dramatically increased the lifespan and quality of life in the 20th century, antimicrobial resistance threatens our ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

Высок объём идентификации генов регулирования последовательностей с использованием следующего поколения последовательности круговой хромосома конформации захвата (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing (RIPiT-Seq)

Identification of Footprints of RNA:Protein Complexes via RNA Immunoprecipitation in Tandem Followed by Sequencing RIPiT-Seq

Идентификация следов РНК:Белковые комплексы через РНК иммунопреципиция в Тандеме После секвенирования (RIPiT-Seq)

RNA immunoprecipitation in tandem (RIPiT) is a method for enriching RNA footprints of a pair of proteins within an RNA:protein (RNP) complex. RIPiT ...

Identification of Host Pathways Targeted by Bacterial Effector Proteins using Yeast Toxicity and Suppressor Screens

Идентификация хост Пути целевых бактериальных протеинов с использованием дрожжей токсичности и супрессорэкранов

Intracellular bacteria secrete virulence factors called effector proteins into the host cytosol that act to subvert host proteins and/or their associated ...

Preparation of Meiotic Chromosome Spreads from Zebrafish Spermatocytes

Приготовление Мейотических хромосомных спредов из сперматозоидов зебрафиш

Meiosis is the key cellular process required to create haploid gametes for sexual reproduction. Model organisms have been instrumental in understanding ...

Inducing Hairy Roots by Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation in Tartary Buckwheat (Fagopyrum tataricum)

Inducing Hairy Roots by Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation in Tartary Buckwheat Fagopyrum tataricum

Индуцирование волосатых корней агробактериями rhizogenes- Посредника Преобразование в тартарной гречихе(Фагопырум татарикум)

Tartary buckwheat (TB) [Fagopyrum tataricum (L.) Gaertn] possesses various biological and pharmacological activities because it contains abundant ...

Identification of Enhancer-Promoter Contacts in Embryoid Bodies by Quantitative Chromosome Conformation Capture (4C)

Identification of Enhancer-Promoter Contacts in Embryoid Bodies by Quantitative Chromosome Conformation Capture 4C

Идентификация контактов Enhancer-Promoter в эмбриоидных телах по количественному захвату конформации хромосомы (4C)

During mammalian development, cell fates are determined through the establishment of regulatory networks that define the specificity, timing, and spatial ...

Chromosome Screening of Human Preimplantation Embryos by Using Spent Culture Medium: Sample Collection and Chromosomal Ploidy Analysis

Хромосомный скрининг преимплантационных эмбрионов человека с использованием отработанной питательной среды: забор образцов и анализ хромосомной плоидности

In clinical in vitro fertilization (IVF), the prevailing method for PGT-A requires biopsy of a few cells from the trophectoderm (TE). This is the lineage ...