Name: quantification of information encoded by gene expression levels during lifespan modulation under broad-range dietary restriction in c. elegans
Uploaded: 2017-08-16T15:00:00
Duration: 9 min 23 s
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試薬の Bargmann とホロビッツの実習に感謝いたします。いくつかの系統は、CGC、研究インフラ プログラム (P40 OD010440) の NIH のオフィスによって資金が供給されるによって提供されました。我々 はまた原稿のコメントを M. 交響楽団をありがちましょう。この研究は、Wellcome の信頼 (Q.C. にプロジェクト助成金 087146)、BBSRC (BB/H020500/1 と Q.C. に BB/M00757X/1)、欧州研究評議会 (Q.C. に NeuroAge 242666)、米国国立衛生研究所 (R01AG035317、HL を R01GM088333) および米国によって支えられました。全米科学財団 (HL、M.Z. を 0946809 GRFP を 0954578)。

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ここでは、食事制限以前に公開されたプロトコルよりも食品の濃度のはるかに広い範囲をカプセル化するための新しい方法を提案する.このメソッドはc. の elegans博士文学に見られる 2 つの別々 であった現象をリンク、細菌の剥奪とする両方の栄養効果を許可する古典的な食餌療法の制限 1 つのプロトコルを検討しました。広い範囲 DR パラダイムを使用すると、特定環境のキューに対して単一細胞遺伝子発現を調べることと、この細胞が情報をエンコードする方法を決定するための一般的なフレームワークを提案する.我々 のフレームワークは、それぞれ寿命と定量的イメージングを実行する方法を示す 2 つの実験的プロトコルの広い範囲の下でこれらの実験のプロトコルから博士データで提供されている計算解析で調べて、このフレームワーク条件が異なる食品遺伝子の発現量や寿命の変化によってコード化された情報を定量化します。
広い範囲 DR パラダイムを用いた寿命実験を含む六つの異なる食品レベル (表 1)。これは食物剥奪10,11などの少ない食品レベルで寿命を調べることや、食べる 2遺伝的背景35を使用してよりもより労働集約的なアプローチを必要とします。ただし、1 つの条件の下での寿命で調べて DR の遺伝子の役割の解釈を制限できます。たとえば、我々 は最近、12 (図 1 a) 野生型動物に比べて食品の濃度への応答の双方向の減衰があるdaf 7変異を示した。食品がない場合は、 daf 7変異株は野生型動物と比較して、寿命の短縮を表示します。場合我々 はのみ食餌剥奪を検討していたと解釈しているが実はdaf 7の役割がより複雑な場合のみ寿命延長,のため必要なものとしてdaf 7遺伝子。したがって、プロトコルのこの部分の重要な結果は興味の遺伝子かどうかを確立する食品豊富に変化に対する寿命の全体的な応答を調節に関与しています。
他の方法と比較してこのプロトコルの主要な利点の 1 つは、寿命分析を受けている動物の子孫の生産を除去するために手法を使用することです。ほとんどの研究は、滅菌のレンダリングに大人の生殖細胞系列の増殖を抑制するのに薬物 FuDR を使用します。しかし、最近の研究は、FuDR 治療が寿命17,18,19,20,21, への呼び出しに条件と遺伝子特定結果を示しています。汎用性に質問します。このプロトコルで無くすための子孫のを通じたは 24 h RNAi のキチン卵殻の形成を阻害する卵 5遺伝子をターゲットと動物の治療受精線虫卵母細胞の結果、死22,23。この方法の利点は、それは非常に遅い演技線虫の寿命の主要な調節因子である生殖細胞系列に干渉しないので。
広い範囲 DR プロトコルの 1 つの潜在的な注意点は、細菌濃度の厳格な管理を確保するための細菌の増殖を抑える抗生物質の使用に依存です。ワームの腸内細菌の増殖はc. の elegans16の死の主要な原因として知られています。したがって、NGM 寒天培地での carbenicillin などの静菌性の抗生物質の使用は細菌の増殖を防ぐことができます、非抗生物質コントロール16と比較してワームの寿命を増加させます。細菌への影響とは関係なく線虫の寿命を延ばす抗生物質リファンピシン36およびテトラサイクリン家族37,38, のメンバーなどの特定の種類が示されています。増殖。ただし、carbenicillin またはストレプトマイシンが細菌増殖への影響とは関係なく長寿を高めることができる文献の証拠はないです。
寿命は環境については、神経回路網の遺伝子発現によるルーティング、生理学から送信する複雑な計算の出力として見なすことができます。私たちプロトコルがどのように特定の遺伝子を理解する方法論を提供しますこの環境情報の流れに影響を与えます。この問題に対処する信頼性の高い画像処理を単一細胞レベルでの遺伝子発現応答の分布を決定する必要があります。見積もることができる平均応答遺伝子の発現の変化食品の豊富なだけでなく、また大規模な集団から完全に統計的分布、本手法の適用性のための重要な要件を表します。食品豊富に遺伝子発現応答の正確な説明では、神経回路で採用されているコーディングの作戦と同様、特定のニューロンで符号化される情報を定量化する情報理論の適用ことができます。
このプロトコルで説明されているメソッドのイメージングおよび計算の側面は、生物学的文脈のより大きいセットに適用されます。私たちの仕事ではセンシング, しかし、情報処理機能の解析に限定されない特定のセルタイプまたは特定の環境手がかり小規模ニューラル ネットの食品に関与に着目。将来は、これらの方法論は多様な入力変数は、任意の生理学的な出力に影響する可能性のある拡張できます。これらのアプローチは遺伝子調節ネットワークがどのようにエンコードするか、プロセスのより良い理解に貢献し、情報を発信します。

すべての生物は、感知し、彼らの生存を確保するため環境の変化に対応することができる必要があります。動物では、神経系は主な検出器と環境に関する情報のトランスデューサーし生物の生存1に影響を与える可能性があります変更する生理学的応答を調整します。豊富な食品は、環境的には複数のコンテキストでよく研究採餌2などの食品関連の動作を制御するだけでなく、動物の寿命にも影響します。食品豊富に変更による寿命の変調食餌療法の制限 (DR) と呼ばれる現象で、広範な進化的保存3。
線虫の線虫は、生物の基本的な質問に対処するため強力なモデル システムです。RNAi とin vivo遺伝子編集のテクニックなど、ワームのゲノムの操作を可能にする技術の茄多が開発されています。ワームとその光透過性の小さな物理サイズも両方の転写と並進蛍光レポーターの生体内イメージングとマイクロ4などの高速技術の有用性に自分自身を貸します。一緒に、これらのツールがどのように神経回路直接動物の動作を調べるに活きます。
線虫 c. エレガンスbacterivore、細菌濃度5,6,7,8 を操作することによって豊富な食品の正確な制御を可能にするいくつかの方法が公開されています。.線虫研究コミュニティの中で博士は、2 つの異なるコンテキストで研究されています。それは他の有機体で食品レベルの高いレスポンスで見られる変化をミラー、最初に '古典的な DR' を呼ぶことができます。このコンテキストで広告自由のレベルから食べ物豊富を減少、までの最適条件に達すると、このポイントの長寿食品6,7、さらなる削減と減少した後増加寿命の結果します。 9。DR は、線虫の研究されている 2 番目のコンテキストは、ワームの寿命を増加して、細菌食品ソース10,11の完全な除去して栄養不足です。これらの 2 つの異なるパラダイムに起因する DR の複雑さを調べることができますを示した Entchev ら (2015) で12、同時にコンテキストで '広い範囲 DR' と呼びます。以下のプロトコルを使用して、我々 は遺伝子の新しいクラスを識別 DR に関与する双方向食品豊富に寿命応答を調節して食品12 (図 1) を感覚神経回路に関与しています。
環境の変化への動物の応答を統合生理学環境情報を伝える複雑な規制の相互作用に感覚のシステムをリンクする生物学的プロセスのシーケンス。このような「情報の流れ」機構詳細はよく知られているが、遺伝学的ツールはさまざまな生物学的コンポーネント間で複雑な計算を編成する方法への洞察力を取得する使用できます。Daf-7 tph 1がc. の elegans12で寿命を調節する食品検知の神経回路を通して食べ物、豊かなに関する環境情報の伝送にかかわることを示した私たちの最近の作品,1314情報理論の数理的枠組を適用すると、 daf 7との遺伝子発現変動によって表されるビットの面での環境情報の量を定量化することができました 1 tph。異なる食品レベルにわたって特定のニューロン。これからができましたし、エンコードの戦略この神経回路とそれを制御する遺伝的方法で採用されている (図 2) を明らかにすること。
次のプロトコルでは、特定のニューロンで表現される興味のある遺伝子の影響とどのように彼らが食品情報の流れ寿命環境から参加を理解するための手順の概要を説明します。一般的に言えば、2 つ実験的プロトコルおよび計算ワークフロー体制に分割されます。実験的側面の変異を持つことが重要です広い範囲の下で検査することができます興味のある遺伝子の博士の忠実な転写記者がさまざまな食品のレベルで遺伝子の発現レベルを定量化する必要も。本手法で説明した計算の分析を実施することができる、データセット式分布の意味のある見積もりを提供する十分な大きさにする必要があります。にもかかわらず、解析のテンプレート ソース コードを提供する、ユーザーは、計算体制全体で広く使用する情報理論の言語に精通している必要があります。ソース コードは、R および C++ で書かれています。したがって、ある程度のプログラミング能力も有意義な方法でそれらを適用する必要です。

<table style="border-collapse:collapse;width:465pt" width="620">
	<colgroup>
		<col style="width:177pt" width="236" />
		<col style="width:67pt" width="89" />
		<col style="width:68pt" width="91" />
		<col style="width:153pt" width="204" />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="width:177pt;height:30.0pt" width="236">Carbenicillin di-Sodium salt</td>
			<td class="xl18" style="width:67pt" width="89">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18" style="width:68pt" width="91">C1389-5G</td>
			<td class="xl18" style="width:153pt" width="204">Antibiotic</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">Streptomycin Sulphate salt</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">S6501-50G</td>
			<td class="xl18">Antibiotic</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">&#160;Isopropyl &#946;-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">I6758-10G</td>
			<td class="xl18">Inducer for RNAi plates</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">Sodium Chloride (NaCl)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">71380-1KG-M</td>
			<td class="xl18">Used in S basal, and NGM agar</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">di-Potassium Hydrogen Phosphate(K2HPO4)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">1.05104.1000</td>
			<td class="xl18">Used in S basal, and NGM agar</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">Potassium di-Hydrogen Phosphate (KH2PO4)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">P9791-1KG</td>
			<td class="xl18">Used in S basal, and NGM agar</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl19" height="40" style="width:177pt;height:30.0pt" width="236">Magnesium Sulphate (MgSO4)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">M2643-1KG</td>
			<td class="xl18">Used in NGM agar</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl19" height="40" style="width:177pt;height:30.0pt" width="236">Calcium Chloride (CaCl2)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">C5670-500G</td>
			<td class="xl18">Used in NGM agar</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl19" height="40" style="width:177pt;height:30.0pt" width="236">Sodium Hydroxide (NaOH)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">71687-500G</td>
			<td class="xl18">Used for bleaching</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl19" height="40" style="width:177pt;height:30.0pt" width="236">Pluronic-F127</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">P2443-1KG</td>
			<td class="xl18">Used in imaging</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl19" height="40" style="width:177pt;height:30.0pt" width="236">Sodium Hypochlorite (NaClO)</td>
			<td class="xl18">Sigma-Aldrich</td>
			<td class="xl18">1.05614.2500</td>
			<td class="xl18">Used for bleaching</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">LB Broth</td>
			<td class="xl18">Invitrogen</td>
			<td class="xl20">12780052</td>
			<td class="xl18">Used to grow bacteria</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">Adavanced TC 6 cm Tissue Culture plates</td>
			<td class="xl18">Greiner Bio-One</td>
			<td class="xl21" style="width:68pt" width="91">628960</td>
			<td class="xl18">Plates for lifespan</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">CellStar 10cm Tissue Culture plates</td>
			<td class="xl18">Greiner Bio-One</td>
			<td class="xl20">664160</td>
			<td class="xl18">Plates for imaging</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">Low Retention P200 tips</td>
			<td class="xl18">Brandt</td>
			<td class="xl20">732832</td>
			<td class="xl18">Tips for handling worms in liquid</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">Agar</td>
			<td class="xl18">BD</td>
			<td class="xl20">214510</td>
			<td class="xl18">Agar for NGM, RNAi and NSC plates</td>
		</tr>
		<tr height="40" style="height:30.0pt">
			<td class="xl18" height="40" style="height:30.0pt">Bacto-peptone</td>
			<td class="xl18">BD</td>
			<td class="xl20">211820</td>
			<td class="xl18">Peptone for NGM, RNAi and NSC plates</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantification of information encoded by gene expression levels during lifespan modulation under broad-range dietary restriction in c. elegans

感覚系は、検出、処理、およびその環境に対応する動物を許可します。豊富な食品は動物生理・行動に大きな影響を持つ環境のキューです。最近では、食料豊富で線虫線虫の寿命の変調はより複雑な以前は認識を示した。食品レベルの変化に寿命の応答性は、神経回路内の情報処理を制御することによって動作する特定の遺伝子によって決定されます。体制は、遺伝学的解析、ハイスループット定量イメージングおよび情報理論を組み合わせたものです。ここでは、我々 は食餌療法の制限の広い範囲に生理学的な関連性のある遺伝子を特徴付けるためのこれらのテクニックの使用方法について説明します。具体的には、このワークフローは興味の遺伝子が広い範囲の食餌療法の制限の下での寿命を調節する方法を明らかにするためです。その後、遺伝子の発現が食品レベルによってどのように変化するかを確立するにはそして最後に、食品環境の豊かさについて遺伝子発現によって伝えられる情報量の定量化と公平を提供します。いくつかの遺伝子は神経回路のコンテキストで同時に調べたところ、このワークフローは回路で採用されているコーディング戦略を検出できます。

野生型 N2 ひずみと共に興味の遺伝子の変異で寿命実験により、1 つは、これらの遺伝子が食品を幅広く DR に応えて役割を持っているかどうかを確立できます。野生型応答は、図 1Aに示されているものに匹敵する必要があります。不均一の効果によって食糧条件に反映されます、変異によってこの応答の任意の変調は、ポイントのさらなる調査で、食糧豊富で変化に正しく対応するワームの能力をこれらの遺伝子に影響を示します、広い範囲の DR にこれらの遺伝子の表現応答が保証されます。ただし、変異体の長寿応答を野生型と大きく異なるできない場合遺伝子いる平均寿命のレベルで少なくとも広い範囲博士の効果を伝達の役割。突然変異を引き起こす制服シフト全体の寿命の応答の遺伝子にある長寿の食品に依存しない効果を持っています。これは興味の遺伝子の発現が食品応答、情報がこれらの遺伝子によって運ばれる場合は寿命に転送されないの可能性を除外しません。
プロトコルの次の段階は、興味の遺伝子のため広い範囲 DR の下の表現のレベルの変更方法を決定することです。図 1Bには、ASI の感覚ニューロンの食品レベルでの変更への応答を示していますdaf-7の転写記者の表現のレベルをこのを示します。Daf-7(-)変異株における転写のレポーターの発現が変更されます。興味のある遺伝子が寿命のレベルで本当に食品反応 1 つは彼らの表現が食物と一緒にまた変更することを期待できます。同様に、変異の背景で転写記者は広い範囲の DR への応答発現プロファイルが必要です。しかし、それも野生型背景の興味の遺伝子の転写の記者式の中に、食品対応変更が表示されないことが可能です。このような状況で転写後調節作用このプロトコルの範囲外にある可能性があります。
ダイアナら (2017) で13ASI のdaf 7と ADF と NSM tph 1の式の値を抽出しました。図 2Aでは、与えられた餌レベルの ASI と ADF 式分布の推定を示しています。ワーム画像から複数の読み出しにしたことにより、各ニューロンも全神経回路 (図 2B 2 C) の組合せの情報が個別にエンコードされる情報の量だけではなく分析ができます。これらの 2 つの情報理論的手段を組み合わせた食品についての情報を伝えるニューロンで採用されているエンコードの戦略の観点からのシステムを特徴づけることができます。回路の冗長部分の量は、各ニューロンにおける相互情報量の和をとると、回路の組合せのリードアウトを考慮して得られた共同相互情報 (チャネル容量) を減算することによって取得できます。その差額の正の値は部品間で累積的な情報、全体の回路によってエンコードされた実際の情報より大きいためエンコード戦略の冗長な文字を表します。逆に負の値は、エンコードされた真の情報がそのコンポーネント (図 2B) の合計よりも大きいために、シナジー戦略を反映します。遺伝子発現制御、例えばダイアナらのより高い順序役割を探索する異なった遺伝子型の間で情報や冗長性を比較できます。(2017)13 daf 7突然変異の効果は相乗 (図 2C 2 D) に冗長] 状態からエンコード戦略を切り替えます。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56292/56292fig1.jpg"> 
図 1: 広い範囲博士の下で寿命と遺伝子発現の応答(A) 平均寿命野生型 N2 ひずみ (黒線) の広い範囲博士への複雑な応答が表示されます。この応答の大きさは (赤い線) daf 7遺伝子の null 変異で減衰します。誤差範囲は、Entchevらからプールされたデータ、平均値の標準誤差を表す(2015)12. 野生型バック グラウンド (黒線) でdaf 7遺伝子の転写記者の平均値 (B) 発現レベルはまた広い範囲の DR に複雑な非単調応答を表示します。Daf-7(-)遺伝的背景でこの転写レポーターの発現は高減衰率し、食品レベルの変化に少し応答を示しています。誤差範囲を表す、Entchevらで一つの試験からのデータの平均の標準誤差(2015)12.<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56292/56292fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56292/56292fig2.jpg"> 
図 2:手法。グリッド寸法 30 × 30 を使用して 'ks' R パッケージから得られる ASI の ADF とdaf 7式のtph 1式の二次元密度推定の (A) のイラスト。Tph 1とdaf 7 (全体) の共同表現でエンコードされた情報の (B) の可視化と個別に (部品の合計) の ADF、ASI、NSM ニューロン。エンコーディングの冗長と相乗効果の文字は右側、積み上げ棒グラフの高さと完全な回路によってエンコードされる情報の違いによって表されます。(C) daf-7(-)変異体と野生型の動物でエンコードされた食品情報比較変異体にみられる相互情報の削減 (D) 相乗エンコーディングへスイッチと一緒に伴われます。パネル B ~ D ダイアナらから適応されます。(2017)13.<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56292/56292fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<table fo:keep-together.within-page="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>細菌濃度 (セル/ml)</td>
			<td>光学濃度 (600 ナノメートル)</td>
			<td>希釈倍率 (前期)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.12E + 10</td>
			<td>56.000</td>
			<td>0.00</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.00E + 09</td>
			<td>10.000</td>
			<td>5.60</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6.32E + 08</td>
			<td>3.160</td>
			<td>3.16</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6.32E + 07</td>
			<td>0.316</td>
			<td>10.00</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.00E + 07</td>
			<td>0.100</td>
			<td>3.16</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0 (基底 S)</td>
			<td>0.000</td>
			<td>NA</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
表 1: 食品レベルと幅広い博士で使用希釈倍率細菌l 濃度 (セル/mL) 広い範囲 DR プロトコル、それぞれ外径600測定と前から各濃度を達成するために必要な希釈倍率で使用します。
<table fo:keep-together.within-page="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td></td>
			<td colspan="7">寿命の実験の温度</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>日</td>
			<td>12.5 ° C</td>
			<td>15 ° C</td>
			<td>17.5 ° C</td>
			<td>20 ° C</td>
			<td>22.5 ° C</td>
			<td>25 ° C</td>
			<td>27.5 ° C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-12</td>
			<td colspan="7">NGM プレートに新鮮なすべての株をチャンクし、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-11</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-10</td>
			<td colspan="7">Daf-7(-) 系統の P0 生成を設定し、20 ° c (プレートごと 1 L4、5 の板) を維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-9</td>
			<td colspan="7">野生型株の P0 生成を設定し、20 ° c (プレートごと 1 L4、5 の板) を維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-8</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-7</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-6</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-5</td>
			<td colspan="7">Daf-7(-) 系統の F1 世代を設定し、20 ° c (プレートごと 1 L4、90 板) を維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-4</td>
			<td colspan="7">野生型株の F1 世代を設定し、20 ° c (プレートごと 1 L4, 30 プレート) を維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-3</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-2</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-1</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0</td>
			<td colspan="7">F2 L4 幼虫を選ぶ &#62; 卵 5 RNAi プレートし、20 ° c (24 プレート プレートあたり 15 L4) を維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1</td>
			<td colspan="7">1 日間の古い大人を NSC プレート 2.0 e + 9 セル/ml 食品レベルでシードに移動し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2</td>
			<td colspan="7">NSC プレート移動 2 日間の古い大人シードに関する実験条件と実験的な温度</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>7</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>8</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>9</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>11</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>13</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>16</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>17</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>18</td>
			<td>転送</td>
			<td>転送</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>19</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>21</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22</td>
			<td>転送</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
表 2: 異なる温度で寿命のスケジュールを実施します。幅広い DR 寿命実験例としてdaf-7(-)と野生型株を使用して異なる温度に設定するための手順の概略です。各実験食品レベルの新鮮な板への転送は、温度の上昇とともに減少します。これは高温動物はより急速に老化しているという事実とこれ以上のアカウントには転送ごとの物理的な損傷になりやすい。
<table fo:keep-together.within-page="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>日</td>
			<td>Ima</td></tr></tbody></table>銀杏パイプライン
		
		<tr>
			<td>-14</td>
			<td>Daf(-) バック グラウンドでチャンク レポーター系統。20 ° C で維持します。</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-13-</td>
			<td>野生型バック グラウンドでチャンク レポーター系統。20 ° C で維持します。</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-12</td>
			<td>Daf-7(-) レポーター系統の P0 生成を設定します。10 cm NGM プレートごと 3 L4 幼虫を使用します。2 プレートを使用し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-10</td>
			<td>野生型記者系統の P0 生成を設定します。10 cm NGM プレートごと 3 L4 幼虫を使用します。2 プレートを使用し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-8</td>
			<td>Daf-7(-) レポーター系統の F1 世代を設定します。10 cm NGM プレートごと 3 L4 幼虫を使用します。12 プレートを使用し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-6</td>
			<td>野生型記者系統の F1 世代を設定します。10 cm NGM プレートごと 3 L4 幼虫を使用します。4 プレートを使用し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-3</td>
			<td>漂白剤は午後、daf-7(-) 記者系統 (~ 5 pm) 3 10 cm NGM プレートに卵を預けるし、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-2</td>
			<td>漂白剤野生型記者系統 (〜 10 午前) 朝と預金の NGM プレート 3 10 cm の卵し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0</td>
			<td>10 cm の卵 5 RNAi プレート L4 を洗います。ひずみあたり 3 プレートを使用し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1</td>
			<td>NSC プレート 2.0 e + 9 細胞を播種する 1 日大人を洗う/ml ひずみあたり 3 プレートを使用し、20 ° C で維持</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2</td>
			<td>NSC プレート洗浄 2 日大人実験食品レベルで種をまいた。実験温度ひずみとシフトあたり 3 プレートを使用します。</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3</td>
			<td>新鮮な NSC プレートに転送します。ひずみあたり 3 プレートを使用し、実験温度に維持します。</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5</td>
			<td>新鮮な NSC プレートに転送します。ひずみあたり 3 プレートを使用し、実験温度に維持します。</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6</td>
			<td>オフ板の動物をピックアップし、イメージングのための準備します。</td>
		</tr>
	

テーブル 3: イメージング パイプラインのスケジュール。イメージング実験例として、異なる温度でdaf-7(-)と野生型の背景に蛍光転写記者系統を用いた広帯域博士のセットアップに必要な手順の概略。

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Quantification of Information Encoded by Gene Expression Levels During Lifespan Modulation Under Broad-range Dietary Restriction in C. elegans

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