Name: mapping genome-wide accessible chromatin in primary human t lymphocytes by atac-seq
Uploaded: 2017-11-13T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq at JoVE.com

هذا العمل معتمد من قبل "مؤسسة العلوم إسرائيل" (منحة 748/14)، ومنح "ماري كوري التكامل" (CIG)-FP7-الناس-20013-CIG-618763 والأساسية برنامج التخطيط و "لجنة الميزانية" و "مؤسسة العلوم إسرائيل" منح رقم 41/11.

جميع الإجراءات التي أقرها مجلس المراجعة المؤسساتية في جامعة بار ايلان والبروتوكول يتبع المبادئ التوجيهية التي وضعتها اللجنة الموافقة على هذه التجارب-
 1-تنقية من السذاجة CD4 + الخلايا البشرية والاستقطاب لخلايا Th2 ومساعد تي 1 (Th1) ملاحظة: هنا يمكننا وصف الإجراء ب?...

<ol>
	<li>Buenrostro, J. D., Giresi, P. G., Zaba, L. C., Chang, H. Y., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transposition+of+native+chromatin+for+fast+and+sensitive+epigenomic+profiling+of+open+chromatin,+DNA-binding+proteins+and+nucleosome+position.">Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position.</a> Nat Methods. 10 (12), 1213-1218 (2013).</li><li>Buenrostro, J. D., Wu, B., Chang, H. Y., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATAC-seq:+A+method+for+assaying+chromatin+accessibility+genome-wide.">ATAC-seq: A method for assaying chromatin accessibility genome-wide.</a> Curr Protoc Mol Biol. , 21.29.1-21.29.9 (2015).</li><li>Thurman, R. E., Rynes, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+accessible+chromatin+landscape+of+the+human+genome.">The accessible chromatin landscape of the human genome.</a> Nature. 489 (7414), 75-82 (2012).</li><li>Song, L., Crawford, G. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNase-seq:+a+high-resolution+technique+for+mapping+active+gene+regulatory+elements+across+the+genome+from+mammalian+cells.">DNase-seq: a high-resolution technique for mapping active gene regulatory elements across the genome from mammalian cells.</a> Cold Spring Harb Protoc. (2), (2010).</li><li>Simon, J. M., Giresi, P. G., Davis, I. J., Lieb, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+formaldehyde-assisted+isolation+of+regulatory+elements+(FAIRE)+to+isolate+active+regulatory+DNA.">Using formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements (FAIRE) to isolate active regulatory DNA.</a> Nat Protoc. 7 (2), 256-267 (2012).</li><li>Cui, K., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-Wide+Approaches+to+Determining+Nucleosome+Occupancy+in+Metazoans+Using+MNase-Seq.">Genome-Wide Approaches to Determining Nucleosome Occupancy in Metazoans Using MNase-Seq.</a> Methods Mol Biol. 833, 413-419 (2012).</li><li>Qu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Individuality+and+Variation+of+Personal+Regulomes+in+Primary+Human+T+Cells.">Individuality and Variation of Personal Regulomes in Primary Human T Cells.</a> Cell Syst. 1 (1), 51-61 (2015).</li><li>Scharer, C. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATAC-seq+on+biobanked+specimens+defines+a+unique+chromatin+accessibility+structure+in+na&#239;ve+SLE+B+cells.">ATAC-seq on biobanked specimens defines a unique chromatin accessibility structure in na&#239;ve SLE B cells.</a> Sci Rep. 6, 27030 (2016).</li><li>Seb&#233;-Pedr&#243;s, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Dynamic+Regulatory+Genome+of+Capsaspora+and+the+Origin+of+Animal+Multicellularity.">The Dynamic Regulatory Genome of Capsaspora and the Origin of Animal Multicellularity.</a> Cell. 165 (5), 1224-1237 (2016).</li><li>Lu, Z., Hofmeister, B. T., Vollmers, C., DuBois, R. M., Schmitz, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+ATAC-seq+with+nuclei+sorting+for+discovery+of+cis-regulatory+regions+in+plant+genomes.">Combining ATAC-seq with nuclei sorting for discovery of cis-regulatory regions in plant genomes.</a> Nucleic Acids Res. 45 (6), e41 (2016).</li><li>Davie, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+Transcription+Factors+and+Regulatory+Regions+Driving+In+Vivo+Tumor+Development+by+ATAC-seq+and+FAIRE-seq+Open+Chromatin+Profiling.">Discovery of Transcription Factors and Regulatory Regions Driving In Vivo Tumor Development by ATAC-seq and FAIRE-seq Open Chromatin Profiling.</a> PLOS Genet. 11 (2), (2015).</li><li>Villar, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhancer+Evolution+across+20+Mammalian+Species.">Enhancer Evolution across 20 Mammalian Species.</a> Cell. 160 (3), 554-566 (2015).</li><li>Lara-Astiaso, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+state+dynamics+during+blood+formation.">Chromatin state dynamics during blood formation.</a> Science. 345 (6199), 943-949 (2014).</li><li>Prescott, S. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhancer+Divergence+and+cis-Regulatory+Evolution+in+the+Human+and+Chimp+Neural+Crest.">Enhancer Divergence and cis-Regulatory Evolution in the Human and Chimp Neural Crest.</a> Cell. 163 (1), 68-83 (2015).</li><li>Wu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+landscape+of+accessible+chromatin+in+mammalian+preimplantation+embryos.">The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos.</a> Nature. 534 (7609), 652-657 (2016).</li><li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+chromatin+accessibility+reveals+principles+of+regulatory+variation.">Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation.</a> Nature. 523 (7561), 486-490 (2015).</li><li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lineage-specific+and+single-cell+chromatin+accessibility+charts+human+hematopoiesis+and+leukemia+evolution.">Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis and leukemia evolution.</a> Nat Genet. 48 (10), 1193-1203 (2016).</li><li>Jenner, R. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+transcription+factors+T-bet+and+GATA-3+control+alternative+pathways+of+T-cell+differentiation+through+a+shared+set+of+target+genes.">The transcription factors T-bet and GATA-3 control alternative pathways of T-cell differentiation through a shared set of target genes.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 106 (42), 17876-17881 (2009).</li><li>DeAngelis, M. M., Wang, D. G., Hawkins, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solid-phase+reversible+immobilization+for+the+isolation+of+PCR+products.">Solid-phase reversible immobilization for the isolation of PCR products.</a> Nucleic Acids Res. 23 (22), 4742-4743 (1995).</li><li>Aird, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analyzing+and+minimizing+PCR+amplification+bias+in+Illumina+sequencing+libraries.">Analyzing and minimizing PCR amplification bias in Illumina sequencing libraries.</a> Genome Biol. 12 (2), R18 (2011).</li><li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome.">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome Biol. 10 (3), R25 (2009).</li><li>Li, H., Handsaker, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Sequence+Alignment/Map+format+and+SAMtools.">The Sequence Alignment/Map format and SAMtools.</a> Bioinformatics. 25 (16), 2078-2079 (2009).</li><li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BEDTools:+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features.">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li><li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Model-based+Analysis+of+ChIP-Seq+(MACS).">Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137 (2008).</li><li>Meyer, C. A., Shirley Liu, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+and+mitigating+bias+in+next-generation+sequencing+methods+for+chromatin+biology.">Identifying and mitigating bias in next-generation sequencing methods for chromatin biology.</a> Nat Rev Genet. 15 (11), 709-721 (2014).</li><li>He, H. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Refined+DNase-seq+protocol+and+data+analysis+reveals+intrinsic+bias+in+transcription+factor+footprint+identification.">Refined DNase-seq protocol and data analysis reveals intrinsic bias in transcription factor footprint identification.</a> Nat Methods. 11 (1), 73-78 (2013).</li><li>Madrigal, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+Accounting+for+Sequence-Specific+Bias+in+Genome-Wide+Chromatin+Accessibility+Experiments:+Recent+Advances+and+Contradictions.">On Accounting for Sequence-Specific Bias in Genome-Wide Chromatin Accessibility Experiments: Recent Advances and Contradictions.</a> Front Bioeng Biotechnol. 3, 1-4 (2015).</li><li>Qin, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChiLin:+a+comprehensive+ChIP-seq+and+DNase-seq+quality+control+and+analysis+pipeline.">ChiLin: a comprehensive ChIP-seq and DNase-seq quality control and analysis pipeline.</a> BMC Bioinformatics. 17 (1), (2016).</li><li>Bao, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+ATAC-seq+approach+reveals+lineage-specific+reinforcement+of+the+open+chromatin+landscape+via+cooperation+between+BAF+and+p63.">A novel ATAC-seq approach reveals lineage-specific reinforcement of the open chromatin landscape via cooperation between BAF and p63.</a> Genome Biol. 16 (1), 284 (2015).</li><li>Maurano, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+localization+of+common+disease-associated+variation+in+regulatory+DNA.">Systematic localization of common disease-associated variation in regulatory DNA.</a> Science. 337 (6099), 1190-1195 (2012).</li></ol>

البروتوكول أتاك-seq الموصوفة هنا قد استخدمت بنجاح لتحليل الكروماتين موجوداً في الخلايا الأولية (Th1 البشرية، Th2 الخلايا، وخلايا ب) فضلا عن خطوط الخلايا المستزرعة (MCF10A خلايا سرطان الثدي البشرية والخلايا جليوبلاستوما U261). تطبيق أتاك-seq لأنواع خلايا أخرى قد تتطلب بعض التحسين البروتوكول، ولا سيم...

أتاك-seq1،2 هو أسلوب قوي يتيح تحديد مناطق الكروماتين فتح التنظيمية3 ونوكليوسومي لتحديد المواقع. يتم تطبيق هذه المعلومات لاستنتاج موقع وهوية، والنشاط من عوامل النسخ. حساسية للأسلوب لقياس التغيرات الكمية في هيكل الكروماتين يتيح دراسة نشاط العوامل الكروماتين، بما في ذلك remodelers الكروماتين والمعدلات، فضلا عن النشاط الترانسكربتي من الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني1. وبالتالي يوفر أتاك-seq نهج قوية وغير منحازة لفك رموز الآليات التي تحكم تنظيم النسخي في أي نوع من الخلايا للفائدة. يصف لنا تكييف أتاك-seq لخلايا Th1 و Th2 البشرية الأساسية.
أتاك-seq، تحميل مفرط Tn5 ترانسبوساسي مع محولات لتفتيت الحمض النووي الأزواج الجيل التالي التسلسل (خ ع) مع وضع علامات الحمض النووي مع محولات (أي، في عملية "تاجمينتيشن")1. وبعد التضخيم بكر، مكتبات الحمض النووي الناجم عن ذلك مستعدون للجيل التالي التسلسل (الشكل 1). تم الكشف عن تاجمينتاتيون تفضيلية من الكروماتين موجوداً بتحليل التخصيب المحلية أتاك-seq ترتيب القراءة.
الإجراءات التجريبية قصيرة ومتطلب لمواد انطلاق أقل، مقارنة بالأساليب الأخرى لقياس إمكانية الوصول الكروماتين ونوكليوسومال لتحديد المواقع مثل seq الدناز4و فير-seq5seq منسى6، قد تشجيع استخدام seq أتاك في النظم البيولوجية متعددة بما في ذلك الخلايا البشرية الابتدائية1،7 والعينات السريرية8، فضلا عن الكائنات الحية أحادي الخلية9،10من النباتات، ذباب الفاكهة11 ، ومختلف الثدييات12.
هوية النسخ يمكن كشف العوامل التي من المحتم أن المكاني موجوداً بتحليل في إثراء زخارف تسلسل الملزمة أو الجمع بين أتاك-seq الكروماتين إيمونوبريسيبيتيشن (رقاقة) تليها (تسلسل الحمض النووي الفائق تشيبسيق). تمكين هذا النهج تحديد عوامل النسخ الخاصة بنسب هامة هيماتوبويسيس في13من الماوس. تتيح طبيعة أتاك-seq غير متحيزة والعالمية دراسة تنظيم الجينات في الكائنات الحية التي لا تتوفر الكواشف مثل الأجسام المضادة لتحليل الرقائق. على سبيل المثال، الاختلافات التطورية في رابطة الدول المستقلة-وحددت المناطق التنظيمية بدراسة الخلايا الجمجمة العصبي كريست من البشر والشمبانزي14، التغيرات الإنمائية في العناصر التنظيمية خلال أوائل الماوس embryogenesis15، والتغيرات في المناظر الطبيعية التنظيمية خلال دورة الحياة من أحادي الخلية أووزارزاكي جيم-9، والتطور من المروجين ومحسنات عبر أنواع الثدييات 2012.
وكان أتاك-seq مفيداً لقياس إمكانية الوصول الكروماتين في الخلايا المفردة، وبالتالي الكشف عن التغير داخل الخلية السكان، التي عادة ما يتهرب من الدراسات على نطاق الجينوم7،16أيضا. وبالإضافة إلى ذلك، يمكن استخدام seq أتاك لدراسة التغيرات التي تحدث في المناطق التنظيمية الحمض النووي في ظروف المرض، التي عينات نادرة. على سبيل المثال، يمكن استخدام seq أتاك لدراسة التغيرات في المناظر الطبيعية التنظيمية أثناء ظهور سرطان الدم النقوي الحاد (AML)17 أو رأس-مدفوعة أونكوجينيسيس11.

mapping genome-wide accessible chromatin in primary human t lymphocytes by atac-seq

المقايسة "الكروماتين" ترانسبوساسي موجوداً مع التسلسل الفائق (أتاك-seq) أسلوب يستخدم لتحديد مناطق الكروماتين (موجوداً) مفتوحة. وتمثل هذه المناطق التنظيمية عناصر الحمض النووي (مثلاً، المروجين، معززات، موضع مراقبة المناطق، عوازل) للنسخ التي ربط العوامل. رسم الخرائط في الساحة الكروماتين موجوداً نهج قوية للكشف عن العناصر التنظيمية النشطة عبر الجينوم. هذه المعلومات بمثابة نهج غير متحيز لاكتشاف شبكة عوامل النسخ ذات الصلة، والآليات لهيكل الكروماتين التي تنظم برامج التعبير الجيني. أتاك-seq بديل قوية وحساسة الدناز أنا تحليل حساسية مقترنة بالجيل التالي التسلسل (الدناز-seq) وساعدت فورمالدهايد عزل العناصر التنظيمية (فير-seq) لتحليل المجين على نطاق المنظومة من الكروماتين إمكانية الوصول، وتسلسل المواقع الحساسة نوكلاس ميكروكوككال (seq منسى) لتحديد المواقع نوكليوسومي. نقدم بروتوكول أتاك-seq مفصلة الأمثل للخلايا البشرية المناعية الأولية أي خلايا CD4 + الخلايا الليمفاوية (مساعد تي 1 (Th1) وخلايا Th2). هذا البروتوكول شامل يبدأ مع الخلية الحصاد، ثم يصف الإجراء الجزيئية من الكروماتين تاجمينتيشن، إعداد نموذج لتسلسل الجيل المقبل، ويشمل أيضا طرق واعتبارات للتحليلات الحسابية المستخدمة في تفسير النتائج. وعلاوة على ذلك، لتوفير الوقت والمال، قدمنا تدابير مراقبة الجودة لتقييم المكتبة seq أتاك قبل التسلسل. الأهم من ذلك، المبادئ الواردة في هذا البروتوكول تسمح التكيف مع خطوط الخلايا والخلايا الأولية محصنة وغير المتمتعين بالمناعة البشرية الأخرى. كما ستكون هذه المبادئ التوجيهية مفيدة للمختبرات التي لا يتقن مع أساليب تسلسل الجيل القادم.

النتيجة النهائية لهذا البروتوكول مكتبة seq أتاك من عادة 3-20 نانوغرام/ميليلتر. عند تشغيل في وضع نظام لتحليل سلامة الحمض النووي (انظر الجدول للمواد والمعدات)، أنها تظهر مظهر يشبه سلم2 (الشكل 3A). عادة ما يكون متوسط حجم شظايا من الحمض النووي...

Watch this Scientific Journal Video about Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq at JoVE.com

Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

المقايسة "الكروماتين" ترانسبوساسي موجوداً إلى جانب التسلسل الفائق (أتاك-seq) أسلوب المجين على نطاق المنظومة لكشف الكروماتين موجوداً. هذا بروتوكول أتاك-seq خطوة بخطوة، من الجزيئية للتحليل الحسابي النهائي، الأمثل للخلايا البشرية الليمفاوية (Th1/Th2). يمكن اعتماد هذا البروتوكول من الباحثين دون خبرة سابقة في أساليب تسلسل الجيل القادم.

رسم خرائط الجينوم المنظومة الكروماتين موجوداً في الخلايا الليمفاوية تي البشرية الأولية التي أتاك-Seq

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) is a method used for the identification of open (accessible) regions ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Genome-wide Determination of Mammalian Replication Timing by DNA Content Measurement

تحديد الجينوم على نطاق توقيت النسخ المتماثل الثدييات بواسطة الحمض النووي قياس المحتوى

Replication of the genome occurs during S phase of the cell cycle in a highly regulated process that ensures the fidelity of DNA duplication. Each genomic ...

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

رسم الخرائط على نطاق الجينوم من التفاعلات البروتين الحمض النووي مع تشيك-سيق في<em&gt; ساكاروميسز سيريفيسياي</em

Genome-wide mapping of protein-DNA interactions is critical for understanding gene regulation, chromatin remodeling, and other chromatin-resident ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) in Mouse T-cell Lines

Chromatin Immunoprecipitation ChIP in Mouse T-cell Lines

كروماتين إمونوبريسيبيتاتيون (رقاقة) في الماوس خلايا T- خطوط

Signaling pathways regulate gene expression programs via the modulation of the chromatin structure at different levels, such as by post-translational ...

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions

ريتروفيرال المسح الضوئي: تعيين مواقع تكامل ملف لتحديد المناطق التنظيمية الخاصة بالخلية

Moloney murine leukemia (MLV) virus-based retroviral vectors integrate predominantly in acetylated enhancers and promoters. For this reason, mLV ...

Determining Genome-wide Transcript Decay Rates in Proliferating and Quiescent Human Fibroblasts

تحديد معدلات تسوس نسخة على نطاق الجينوم في الخلايا الليفية البشرية المتكاثرة وهادئة

Quiescence is a temporary, reversible state in which cells have ceased cell division, but retain the capacity to proliferate. Multiple studies, including ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

جيل من الكروماتين على نطاق الجينوم تكيف التقاط المكتبات من الأجنة المورفولوجية محكم نظموا في وقت مبكر

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

مروج التقاط مرحبا c: عالية الاستبانة، وعلى نطاق الجينوم التنميط التفاعلات المروج

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

CRISPR-Mediated Reorganization of Chromatin Loop Structure

كريسبر بوساطة إعادة تنظيم هيكل حلقة الكروماتين

Recent studies have clearly shown that long-range, three-dimensional chromatin looping interactions play a significant role in the regulation of gene ...

Genome-wide Surveillance of Transcription Errors in Eukaryotic Organisms

المراقبة على نطاق الجينوم من أخطاء النسخ في الكائنات الحية حقيقية النواة

Accurate transcription is required for the faithful expression of genetic information. Surprisingly though, little is known about the mechanisms that ...

ATAC-seq Assay with Low Mitochondrial DNA Contamination from Primary Human CD4+ T Lymphocytes

أتاك-seq المقايسة مع الحمض النووي منخفضة التلوث من الابتدائي البشرية CD4 + تي الخلايا اللمفية

ATAC-seq has become a widely used methodology in the study of epigenetics due to its rapid and simple approach to mapping genome-wide accessible ...