Name: detection of rare mutations in ctdna using next generation sequencing
Uploaded: 2017-08-24T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection of Rare Mutations in CtDNA Using Next Generation Sequencing at JoVE.com

Dette arbejde støttes af Geneplus – Beijing Institute.

tumor prøver og blodprøver blev opnået efter en protokol, der er godkendt af etiske udvalg af Peking University folk &#39; s Hospital. Skriftligt informeret samtykke blev opnået fra patienterne til at bruge deres prøver. Deltagerne blev screenet efter følgende kriterier: kvinde, avanceret Non-Small Cell lungekræft, EGFR p.L858R mutation indiceret ved tidligere Sanger sekventering, sygdomsprogression efter to session af EGFR målrettet terapi med Erlotinib, og ER-FF., som blev anvendt til ctDNA til at analysere å...

<ol>
	<li>Kennedy, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+ultralow-frequency+mutations+by+Duplex+Sequencing.">Detecting ultralow-frequency mutations by Duplex Sequencing.</a> Nat. Protoc. 9, 2586-2606 (2014).</li><li>Shendure, J., Ji, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+DNA+sequencing.">Next-generation DNA sequencing.</a> Nat Biotechnol. 26, 1135-1145 (2008).</li><li>Bettegowda, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+circulating+tumor+DNA+in+early-+and+late-stage+human+malignancies.">Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies.</a> Sci. Transl. Med. 6, (2014).</li><li>Bratman, S. V., Newman, A. M., Alizadeh, A. A., Diehn, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+clinical+utility+of+ultrasensitive+circulating+tumor+DNA+detection+with+CAPP-Seq.">Potential clinical utility of ultrasensitive circulating tumor DNA detection with CAPP-Seq.</a> Expert Rev. Mol. Diagn. 15, 715-719 (2015).</li><li>Diaz, L. A., Bardelli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Liquid+biopsies:+genotyping+circulating+tumor+DNA.">Liquid biopsies: genotyping circulating tumor DNA.</a> J. Clin. Oncol. 32, 579-586 (2014).</li><li>Crowley, E., Di Nicolantonio, F., Loupakis, F., Bardelli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Liquid+biopsy:+monitoring+cancer-genetics+in+the+blood.">Liquid biopsy: monitoring cancer-genetics in the blood.</a> Nat. Rev. Clin. Oncol. 10, 472-484 (2013).</li><li>Su, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+platform+for+rapid+detection+of+multiple+oncogenic+mutations+with+relevance+to+targeted+therapy+in+non-small-cell+lung+cancer.">A platform for rapid detection of multiple oncogenic mutations with relevance to targeted therapy in non-small-cell lung cancer.</a> J. Mol. Diagn. 13, 74-84 (2011).</li><li>Kukita, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-fidelity+target+sequencing+of+individual+molecules+identified+using+barcode+sequences:+de+novo+detection+and+absolute+quantitation+of+mutations+in+plasma+cell-free+DNA+from+cancer+patients.">High-fidelity target sequencing of individual molecules identified using barcode sequences: de novo detection and absolute quantitation of mutations in plasma cell-free DNA from cancer patients.</a> DNA Res. 22, 269-277 (2015).</li><li>Schmitt, M. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequencing+small+genomic+targets+with+high+efficiency+and+extreme+accuracy.">Sequencing small genomic targets with high efficiency and extreme accuracy.</a> Nat. Methods. 12, 423-425 (2015).</li><li>Schmitt, M. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+ultra-rare+mutations+by+next-generation+sequencing.">Detection of ultra-rare mutations by next-generation sequencing.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 109, 14508-14513 (2012).</li><li>Newman, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+ultrasensitive+method+for+quantitating+circulating+tumor+DNA+with+broad+patient+coverage.">An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage.</a> Nat. Med. 20, 548-554 (2014).</li><li>Newman, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrated+digital+error+suppression+for+improved+detection+of+circulating+tumor+DNA.">Integrated digital error suppression for improved detection of circulating tumor DNA.</a> Nat Biotechnol. 34 (5), 547-555 (2016).</li><li>Alix-Panabie&#768;res, C., Schwarzenbach, H., Pantel, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circulating+tumor+cells+and+circulating+tumor+DNA.">Circulating tumor cells and circulating tumor DNA.</a> Annu. Rev. Med. 63, 199-215 (2012).</li><li>Dawson, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+circulating+tumor+DNA+to+monitor+metastatic+breast+cancer.">Analysis of circulating tumor DNA to monitor metastatic breast cancer.</a> N. Engl. J. Med. 368, 1199-1209 (2013).</li><li>Li, H., Durbin, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+and+accurate+short-read+alignment+with+Burrows-+Wheeler+transform.">Fast and accurate short-read alignment with Burrows- Wheeler transform.</a> Bioinformatics. 25, 1754-1760 (2009).</li><li>Youn, A., Simon, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+cancer+driver+genes+in+tumor+genome+sequencing+studies.">Identifying cancer driver genes in tumor genome sequencing studies.</a> Bioinformatics. 27, 175-181 (2011).</li><li>Forshew, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noninvasive+identification+and+monitoring+of+cancer+mutations+by+targeted+deep+sequencing+of+plasma+DNA.">Noninvasive identification and monitoring of cancer mutations by targeted deep sequencing of plasma DNA.</a> Sci. Transl. Med. 4, (2012).</li><li>Kobayashi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EGFR+mutation+and+resistance+of+non-small-cell+lung+cancer+to+gefitinib.">EGFR mutation and resistance of non-small-cell lung cancer to gefitinib.</a> N. Engl. J. Med. 352, 786-792 (2005).</li><li>Kuang, Y., Rogers, A., Yeap, Y., Wang, L., Makrigiorgos, M., Vetrand, K., Thiede, S., Distel, R. J., Ja&#776;nne, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noninvasive+detection+of+EGFR+T790M+in+gefitinib+or+erlotinib+resistant+non-small+cell+lung+cancer.">Noninvasive detection of EGFR T790M in gefitinib or erlotinib resistant non-small cell lung cancer.</a> Clin. Cancer Res. 15, 2630-2636 (2009).</li><li>Taniguchi, K., Uchida, J., Nishino, K., Kumagai, T., Okuyama, T., Okami, J., Higashiyama, M., Kodama, K., Imamura, F., Kato, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+detection+of+EGFR+mutations+in+circulating+tumor+DNA+derived+from+lung+adenocarcinomas.">Quantitative detection of EGFR mutations in circulating tumor DNA derived from lung adenocarcinomas.</a> Clin. Cancer Res. 17, 7808-7815 (2011).</li><li>Leary, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+personalized+tumor+biomarkers+using+massively+parallel+sequencing.">Development of personalized tumor biomarkers using massively parallel sequencing.</a> Sci. Transl. Med. 2, (2010).</li><li>Forshew, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noninvasive+identification+and+monitoring+of+cancer+mutations+by+targeted+deep+sequencing+of+plasma+DNA.">Noninvasive identification and monitoring of cancer mutations by targeted deep sequencing of plasma DNA.</a> Sci. Transl. Med. 4, (2012).</li><li>Bratman, S. V., Newman, A. M., Alizadeh, A. A., Diehn, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+clinical+utility+of+ultrasensitive+circulating+tumor+DNA+detection+with+CAPP-Seq.">Potential clinical utility of ultrasensitive circulating tumor DNA detection with CAPP-Seq.</a> Expert Rev. Mol. Diagn. 15, 715-719 (2015).</li></ol>

Eksistensen af cirkulerende tumor DNA (ctDNA) blev opdaget mere end 30 år siden, men anvendelsen af ctDNA analyser er stadig ikke rutinemæssig i klinisk praksis. Interesse i den praktiske anvendelse af ctDNA metoder er steget med udvikling af teknologier til registrering af ctDNA og analyse. Tumor kontrol med ctDNA tilbyder en minimalt invasiv metode til vurdering af mikroskopisk residual sygdom, svar til terapi og tumor molekylære profiler under baggrund af tumor udvikling og intratumoral heterogenitet<sup class="xre...

Next generation sequencing (NGS), et kraftfuldt værktøj til at undersøge mysterier af genomet, kan give en stor mængde af oplysninger, som kan afsløre genetiske ændringer. Anvendelsen af NGS analyse i klinikken er blevet mere almindelige, især for personlig medicin. En af de største begrænsninger af NGS, er imidlertid en høj fejlprocent. Selv om det anses for egnet til at studere nedarvede mutationer, er analyse af sjældne mutationer stærkt begrænset1,2, især når analyserer DNA fremstillet af en "flydende biopsi".
Cirkulerende tumor er DNA (ctDNA) fri for celle DNA (cfDNA) i blodet, der er udgydt fra tumorceller. I de fleste tilfælde er mængden af ctDNA meget lav, hvilket gør dens detektion og analyse meget udfordrende. Men ctDNA har mange attraktive funktioner: isolationen er minimalt invasiv, det kan blive opdaget i de tidlige stadier af tumorvækst, ctDNA niveauet afspejler terapeutisk effektivitet og ctDNA indeholder DNA mutationer findes i både primær og metastatisk læsioner 3 , 4 , 5. derfor, i betragtning af den hurtige udvikling af NGS teknik og analyse, anvendelse af ctDNA påvisning er blevet mere attraktive.
Forskellige massivt parallel sekventering metoder har været udnyttet til registrering af ctDNA, men ingen af disse tilgange er blevet accepteret til rutinemæssig brug i klinikker på grund af deres begrænsninger: lav følsomhed, manglende alsidighed og en forholdsvis høj pris6 ,7,8. For eksempel, korrigerer duplex sekventering, baseret på et entydigt id tag (UID), gentagne gange fejl i konsensus begge veje, afhjælpe de fleste sekventering fejl. Gennemførligheden af denne metode er dog tabt på grund af dens høje pris og lav data udnyttelse9,10. Ligeledes har CAPP-FF. og dens forbedrede iteration, CAPP-IDES11,12, større funktionalitet i cfDNA opdagelse, selvom nøjagtighed og universalitet i disse metoder skal forbedres.
For at imødekomme de aktuelle behov for nøjagtig ctDNA detektion og analyse, udviklet vi en ny strategi, berige sjældne Mutation sekventering (ER-Seq). Denne metode kombinerer følgende: unikke sekventering adaptere til effektivt at inddrive ctDNA molekyler, med tovejs fejlkorrektion og evnen til at skelne mellem en enkelt mutation af &#62; 1 × 107 vildtype nukleotider; 1021 kb sonder, som beriger måling af målområder, der dækker over 95% af de tumor-relaterede mutationer fra 12 tumorer, herunder lungekræft, kolorektal cancer, mavekræft, brystkræft, nyrekræft, kræft i bugspytkirtlen, leverkræft, kræft i skjoldbruskkirtlen, livmoderhalskræft, esophageal kræft og endometrie carcinom (tabel 1). og baseline database screening gør det effektivt og nemt at præcist registrere sjældne mutationer i ctDNA.
For at opbygge en baseline database, skal du finde alle genmutationer af ER-Seq fra en række af den samme type prøver (~ 1000 i begyndelsen). Disse virkelige mutationer skal verificeres af flere andre pålidelige påvisningsmetoder og analyse. Næste, opsummere mønster af falske mutationer og klynge alle de falske mutationer for at bygge den første grundlinje database. Fortsæt med at tilføje falsk mutationer har fundet fra efterfølgende sekventering eksperimenter til denne database. Derfor, denne oprindelige database bliver en dynamisk udvidet database, som væsentligt forbedrer sekventering nøjagtighed.
For at fremme fremskridt i tumor diagnose og overvågning, præsenterer vi ER-FF., en lav pris og realistisk metode til erhvervelse af universal data. Vi præsenterer en case study, som gennemgik ER-Seq analyse, demonstrere dets nøjagtighed til påvisning af sjældne mutationer og muligheden for brug i klinikken.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>55114</td>
			<td>DNA Extraction from Peripheral Blood for cfDNA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAamp DNA Blood Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>51105</td>
			<td>DNA Extraction from Peripheral Blood for gDNA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quant-iT dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>Measure cfDNA concentration</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quant-iT dsDNA BR Assay Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>Q32853</td>
			<td>Measure library concentration</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent DNA 1000 Reagents</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-1504</td>
			<td>Measure cfDNA and library fragments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illumina</td>
			<td>NEB</td>
			<td>E7645L</td>
			<td>Library Preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agencourt SPRIselect Reagent</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>B23317</td>
			<td>DNA fragment screening and purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl (10 mM, pH 8.0)-100ML</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>93283</td>
			<td>Dissolution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>xGen Lockdown Probes</td>
			<td>IDT</td>
			<td>&#8212;&#8212;</td>
			<td>xGen Custom Probe</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human Cot-1 DNA</td>
			<td>Life</td>
			<td>15279-011</td>
			<td>Targeted DNA capture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads M-270 Streptavidin</td>
			<td>Life</td>
			<td>65305</td>
			<td>Targeted DNA capture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>xGen Lockdown Reagents</td>
			<td>IDT</td>
			<td>1072281</td>
			<td>Targeted DNA capture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KAPA HiFi HotStart ReadyMix</td>
			<td>KAPA</td>
			<td>KK2602</td>
			<td>post-capture PCR enrichment libraries</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KAPA Library Quantification Kit</td>
			<td>KAPA</td>
			<td>KK4602</td>
			<td>Measure library concentration</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NextSeq 500 High Output Kit v2((150 cycles)</td>
			<td>illumina</td>
			<td>FC-404-2002</td>
			<td>Sequence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge5810</td>
			<td>eppendorf</td>
			<td>5810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop8000</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>8000</td>
			<td>Measure gDNA concentration</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 2.0</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td></td>
			<td>Quantify</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 2100 Bioanalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermoMixer C</td>
			<td>eppendorf</td>
			<td></td>
			<td>Incubation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>16-tube DynaMagTM-2 Magnet</td>
			<td>Life</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Concentrator plus</td>
			<td>eppendorf</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR</td>
			<td>AB</td>
			<td>simplyamp</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QPCR</td>
			<td>AB</td>
			<td>7500Dx</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NextSeq 500</td>
			<td>illumina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection of rare mutations in ctdna using next generation sequencing

Analyse af cirkulerende tumor DNA (ctDNA) ved hjælp af næste generation sequencing (NGS) er blevet et værdifuldt redskab for udvikling af klinisk onkologi. Anvendelsen af denne metode er dog udfordrende på grund af sin lav følsomhed til at analysere spor mængden af ctDNA i blodet. Derudover kan metoden generere falske positive og negative resultater fra denne sekvensering og efterfølgende analyse. For at forbedre gennemførligheden og pålideligheden af ctDNA påvisning i klinikken, præsenterer her vi en teknik, som beriger sjældne mutationer til sekvensering, berige sjældne Mutation sekventering (ER-Seq). ER-Seq kan skelne en enkelt mutation fra 1 x 107 vildtype nukleotider, hvilket gør det et lovende redskab til at afsløre ekstremt lavfrekvente genetiske ændringer og dermed vil være meget nyttige i at studere sygdom heterogenicity. I kraft af den unikke sekventering adapter ligatur, denne metode giver mulighed for en effektiv inddrivelse af ctDNA molekyler, samtidig med at korrigere for fejl begge veje (fornuft og antisensstoffer). Vores udvalg af 1021 kb sonder beriger måling af målområder, der dækker over 95% af de tumor-relaterede driver mutationer i 12 tumorer. Denne omkostningseffektive og universel metode giver et unikt vellykket akkumulering af genetiske data. Efter effektivt frafiltrere baggrund fejl, kan ER-seq præcist afsløre sjældne mutationer. Ved hjælp af en case study, præsenterer vi en detaljeret protokol demonstrere sonde design, bibliotek konstruktion og mål DNA fange metoder, mens også herunder data analyse arbejdsproces. Processen med at gennemføre denne metode typisk tager 1-2 dage.

1021 kb sonder beriget destinationsområderne bruges i ER-Seq er vist i tabel 1, som dækker over 95% af genmutationer i 12 almindelige tumorer. Den brede vifte af disse sonder gør denne proces gælder for et flertal af kræftpatienter. Derudover gør vores unikke sekventering adaptere og baseline database screening det muligt at påvise sjældne mutationer netop.
På grund af de forskellige e...

Watch this Scientific Journal Video about Detection of Rare Mutations in CtDNA Using Next Generation Sequencing at JoVE.com

Detection of Rare Mutations in CtDNA Using Next Generation Sequencing

Dette manuskript beskriver en teknik til at påvise mutationer af lav frekvens i ctDNA, ER-FF. Denne metode er differentieret ved sin unikke brug af bidirektionelle fejlkorrektion, speciel baggrund filter og effektiv molekylære tilegnelse.

Påvisning af sjældne mutationer i CtDNA ved hjælp af næste Generation Sequencing

The analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) using next-generation sequencing (NGS) has become a valuable tool for the development of clinical oncology. ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Next Generation Sequencing for the Detection of Actionable Mutations in Solid and Liquid Tumors

Next Generation Sequencing til påvisning af søgsmål mutationer i fast og flydende tumorer

As our understanding of the driver mutations necessary for initiation and progression of cancers improves, we gain critical information on how specific ...

Using RNA-sequencing to Detect Novel Splice Variants Related to Drug Resistance in In Vitro Cancer Models

Using RNA-sequencing to Detect Novel Splice Variants Related to Drug Resistance in In Vitro Cancer Models

Brug RNA-sekventering til Detect Novel Splice Varianter Relateret til Drug Resistance i<em&gt; In vitro</em&gt; Kræft Modeller

Drug resistance remains a major problem in the treatment of cancer for both hematological malignancies and solid tumors. Intrinsic or acquired resistance ...

Development of a Human Preclinical Model of Osteoclastogenesis from Peripheral Blood Monocytes Co-cultured with Breast Cancer Cell Lines

Udvikling af en menneskelig prækliniske Model af Osteoclastogenesis fra perifert blod monocytter Co kulturperler med bryst kræft cellelinjer

The crosstalk between tumor cells and bone cells in the bone microenvironment is crucial to understanding the mechanism of bone metastasis formation. We ...

An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

En integreret Platform for Genome-wide kortlægning af kromatin stater ved hjælp af høj overførselshastighed ChIP-sekventering i Tumor væv

Histone modifications constitute a major component of the epigenome and play important regulatory roles in determining the transcriptional status of ...

Detection of a CDH1 Rare Transcript Variant in Fresh-frozen Gastric Cancer Tissues by Chip-based Digital PCR

Detection of a CDH1 Rare Transcript Variant in Fresh-frozen Gastric Cancer Tissues by Chip-based Digital PCR

Påvisning af en CDH1 sjældne udskrift Variant i frisk frosset gastrisk kræft væv af Chip-baserede digitale PCR

CDH1a, a non-canonical transcript of the CDH1 gene, has been found to be expressed in some gastric cancer (GC) cell lines, whereas it is absent in normal ...

Oncogenic Gene Fusion Detection Using Anchored Multiplex Polymerase Chain Reaction Followed by Next Generation Sequencing

Onkogen Genfusions detektering ved hjælp af forankret multiplex Polymerasekæde reaktion efterfulgt af næste generations sekvensering

Gene fusions frequently contribute to the oncogenic phenotype of many different types of cancer. Additionally, the presence of certain fusions in samples ...

A Rapid Screening Workflow to Identify Potential Combination Therapy for GBM using Patient-Derived Glioma Stem Cells

En hurtig screeningsarbejdsgang til identifikation af potentiel kombinationsbehandling for GBM ved hjælp af patientafledte gliomstamceller

The glioma stem cells (GSCs) are a small fraction of cancer cells which play essential roles in tumor initiation, angiogenesis, and drug resistance in ...

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Rumlig profilering af protein- og RNA-ekspression i væv: En tilgang til finjustering af virtuel mikrodissektion

Multiplexing enables the assessment of several markers on the same tissue while providing spatial context. Spatial Omics technologies allow both protein ...

Generation and Culturing of High-Grade Serous Ovarian Cancer Patient-Derived Organoids

Generering og dyrkning af højkvalitets serøs ovariecancer patientafledte organoider

Organoids are 3D dynamic tumor models that can be grown successfully from patient-derived ovarian tumor tissue, ascites, or pleural fluid and aid in the ...

Engineering Oncogenic Heterozygous Gain-of-Function Mutations in Human Hematopoietic Stem and Progenitor Cells

Engineering onkogen heterozygot gain-of-function mutationer i humane hæmatopoietiske stamceller og stamceller

Throughout their lifetime, hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) acquire somatic mutations. Some of these mutations alter HSPC functional ...