Name: overlapping peptide library to map qa-1 epitopes in a protein
Uploaded: 2017-12-20T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Overlapping Peptide Library to Map Qa-1 Epitopes in a Protein at JoVE.com

ونحن نشكر "غارسيا بينيلوب" لها المساعدة التقنية وإعداد هذه المخطوطة. أيد هذا العمل منحة الابتكار البحوث (تلاعب) من قسم الطب في جامعة لوما ليندا (681205-2967) ومنحة رائدة من "الجمعية الوطنية للتصلب المتعدد" (PP1685) باختصار.

أجريت جميع التجارب امتثالا رعاية الحيوان المؤسسية واستخدام بروتوكول أقرته لجنة الاستخدام في جامعة تكساس في ال باسو، وجامعة لوما ليندا ورعاية الحيوان.
1-إنشاء مكتبة OLP تغطي كامل طول البروتين
<ol>
	<li>تصميم على مكتبة OLP فيه الببتيدات جميع 15-مير في الطول، وتتداخل الببتيدات المتا...

<ol>
	<li>Aldrich, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+Tap-dependent+leader+peptide+recognized+by+alloreactive+T+cells+specific+for+a+class+Ib+antigen.">Identification of a Tap-dependent leader peptide recognized by alloreactive T cells specific for a class Ib antigen.</a> Cell. 79 (4), 649-658 (1994).</li><li>Vance, R. E., Kraft, J. R., Altman, J. D., Jensen, P. E., Raulet, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mouse+CD94/NKG2A+is+a+natural+killer+cell+receptor+for+the+nonclassical+major+histocompatibility+complex+(MHC)+class+I+molecule+Qa-1(b).">Mouse CD94/NKG2A is a natural killer cell receptor for the nonclassical major histocompatibility complex (MHC) class I molecule Qa-1(b).</a> J Exp Med. 188 (10), 1841-1848 (1998).</li><li>Oliveira, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nonpolymorphic+MHC+Qa-1+mediates+CD8++T+cell+surveillance+of+antigen-processing+defects.">The nonpolymorphic MHC Qa-1 mediates CD8+ T cell surveillance of antigen-processing defects.</a> J Exp Med. 207 (1), 207-221 (2010).</li><li>Nagarajan, N. A., Gonzalez, F., Shastri, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nonclassical+MHC+class+Ib-restricted+cytotoxic+T+cells+monitor+antigen+processing+in+the+endoplasmic+reticulum.">Nonclassical MHC class Ib-restricted cytotoxic T cells monitor antigen processing in the endoplasmic reticulum.</a> Nat Immunol. 13 (6), 579-586 (2012).</li><li>Hu, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+regulatory+CD8+T+cells+in+Qa-1-deficient+mice.">Analysis of regulatory CD8 T cells in Qa-1-deficient mice.</a> Nat Immunol. 5 (5), 516-523 (2004).</li><li>Tang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+immunity+by+a+novel+population+of+Qa-1-restricted+CD8alphaalpha+TCRalphabeta++T+cells.">Regulation of immunity by a novel population of Qa-1-restricted CD8alphaalpha+TCRalphabeta+ T cells.</a> J Immunol. 177 (11), 7645-7655 (2006).</li><li>Leavenworth, J. W., Tang, X., Kim, H. J., Wang, X., Cantor, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amelioration+of+arthritis+through+mobilization+of+peptide-specific+CD8++regulatory+T+cells.">Amelioration of arthritis through mobilization of peptide-specific CD8+ regulatory T cells.</a> J Clin Invest. 123 (3), 1382-1389 (2013).</li><li>Wu, Y., Zheng, Z., Jiang, Y., Chess, L., Jiang, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+specificity+of+T+cell+regulation+that+enables+self-nonself+discrimination+in+the+periphery.">The specificity of T cell regulation that enables self-nonself discrimination in the periphery.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 106 (2), 534-539 (2009).</li><li>Panoutsakopoulou, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+autoimmune+disease+after+vaccination+with+autoreactive+T+cells+that+express+Qa-1+peptide+complexes.">Suppression of autoimmune disease after vaccination with autoreactive T cells that express Qa-1 peptide complexes.</a> J Clin Invest. 113 (8), 1218-1224 (2004).</li><li>Tang, X., Maricic, I., Kumar, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anti-TCR+antibody+treatment+activates+a+novel+population+of+nonintestinal+CD8+alpha+alpha++TCR+alpha+beta++regulatory+T+cells+and+prevents+experimental+autoimmune+encephalomyelitis.">Anti-TCR antibody treatment activates a novel population of nonintestinal CD8 alpha alpha+ TCR alpha beta+ regulatory T cells and prevents experimental autoimmune encephalomyelitis.</a> J Immunol. 178 (10), 6043-6050 (2007).</li><li>Holderried, T. A., Lang, P. A., Kim, H. J., Cantor, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+disruption+of+CD8++Treg+activity+enhances+the+immune+response+to+viral+infection.">Genetic disruption of CD8+ Treg activity enhances the immune response to viral infection.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (52), 21089-21094 (2013).</li><li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+Non-classical+Myelin+Epitopes+to+Treat+Experimental+Autoimmune+Encephalomyelitis.">Targeting Non-classical Myelin Epitopes to Treat Experimental Autoimmune Encephalomyelitis.</a> Sci Rep. 6, 36064 (2016).</li><li>Lo, W. F., Dunn, C. D., Ong, H., Metcalf, E. S., Soloski, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+and+host+factors+involved+in+the+major+histocompatibility+complex+class+Ib-restricted+presentation+of+Salmonella+Hsp+60:+novel+pathway.">Bacterial and host factors involved in the major histocompatibility complex class Ib-restricted presentation of Salmonella Hsp 60: novel pathway.</a> Infect Immun. 72 (5), 2843-2849 (2004).</li><li>Xu, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nucleocapsid+protein+of+Rift+Valley+fever+virus+is+a+potent+human+CD8++T+cell+antigen+and+elicits+memory+responses.">The nucleocapsid protein of Rift Valley fever virus is a potent human CD8+ T cell antigen and elicits memory responses.</a> PLoS One. 8 (3), e59210 (2013).</li><li>Schumacher, T. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptide+selection+by+MHC+class+I+molecules.">Peptide selection by MHC class I molecules.</a> Nature. 350 (6320), 703-706 (1991).</li><li>Zhang, X., Goncalves, R., Mosser, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+isolation+and+characterization+of+murine+macrophages.">The isolation and characterization of murine macrophages.</a> Curr Protoc Immunol. , (2008).</li><li>Guo, H. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Different+length+peptides+bind+to+HLA-Aw68+similarly+at+their+ends+but+bulge+out+in+the+middle.">Different length peptides bind to HLA-Aw68 similarly at their ends but bulge out in the middle.</a> Nature. 360 (6402), 364-366 (1992).</li><li>Soloski, M. J., Metcalf, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+involvement+of+class+Ib+molecules+in+the+host+response+to+infection+with+Salmonella+and+its+relevance+to+autoimmunity.">The involvement of class Ib molecules in the host response to infection with Salmonella and its relevance to autoimmunity.</a> Microbes Infect. 3 (14-15), 1249-1259 (2001).</li><li>Smith, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dendritic+cells+use+endocytic+pathway+for+cross-priming+class+Ib+MHC-restricted+CD8alphaalpha+TCRalphabeta++T+cells+with+regulatory+properties.">Dendritic cells use endocytic pathway for cross-priming class Ib MHC-restricted CD8alphaalpha+TCRalphabeta+ T cells with regulatory properties.</a> J Immunol. 182 (11), 6959-6968 (2009).</li><li>Kalra, A., Mukherjee, P., Chauhan, V. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+fine+specificity+of+the+immune+response+to+a+Plasmodium+falciparum+rhoptry+neck+protein,+PfAARP.">Characterization of fine specificity of the immune response to a Plasmodium falciparum rhoptry neck protein, PfAARP.</a> Malar J. 15, 457 (2016).</li><li>Kambayashi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nonclassical+MHC+class+I+molecule+Qa-1+forms+unstable+peptide+complexes.">The nonclassical MHC class I molecule Qa-1 forms unstable peptide complexes.</a> J Immunol. 172 (3), 1661-1669 (2004).</li></ol>

هنا، لقد قمنا بوصف بروتوكول لتحليل [ابيتوبس] 1 سؤال وجواب في بروتين. فيما يتعلق بهذا البروتوكول، كما أبلغ عدة استراتيجيات أخرى سابقا. CD8 أولاً، متمكنة+ واستخدمت خطوط الخلايا T واستنساخ للتعرف على قدم1. وثانيا، استخدمت فكرة سؤال وجواب 1-ملزم المفترضة من تحليل قدم للتعرف على ...

سؤال وجواب-1 ينتمي إلى مجموعة من هيستوكومباتيبيليتي الرئيسية غير الكلاسيكية المعقدة 1b جزيئات (MHC-Ib) في الفئران. في homolog الإنسان هو هلا-هاء وقد أثبتت الأدلة السابقة أن جزيئات سؤال وجواب-1 الوظائف البيولوجية الهامة. أولاً، سؤال وجواب-1 الجزيئات تلعب دوراً مهما في مسح الخلايا للسلامة الهيكلية والوظيفية. وفي هذا الصدد، تطورت جزيئات سؤال وجواب-1 عدة استراتيجيات لرصد وظيفة طبيعية للخلية. واحد هذه الاستراتيجية تمكن جزيئات سؤال وجواب-1 نموذج المجمعات مع زعيم مجهزة ببتيد (حانمه)، أي سؤال وجواب-1 حاسما المعدل (قدم) التي يتم معالجتها من جزيئات MHC-Ia الكلاسيكية في هيولى1. هذه المجمعات سؤال وجواب-1/قدم في وقت لاحق عرض على سطح الخلية وربط لمستقبلات NKG2A المثبطة في ناغورني كاراباخ الخلايا تمنع ناغورني كاراباخ قتل النشاط2. إذا فقدت التعبير عن جزيئات MHC-Ia، يصبح الحساسة إلى ناغورني كاراباخ أسفر عن مقتل2خلية (مثل خلية خبيثة). الاستراتيجية الأخرى التي تمكن جزيئات 1 سؤال وجواب لتشكيل جديد سؤال وجواب-1/حانمه المجمعات على سطح خلية قصور في برنامج المشورة التقنية (متعهد النقل المرتبطة بتجهيز مستضد)3 و/أو آراب (أمينوبيبتيداسي هيولى المرتبطة تجهيز مستضد)4 (كل القصور غالباً ما تحدث في الخلايا الخبيثة). يمكن ثم سلم الخلية التي تعرب عن هذه المجمعات سؤال وجواب-1/حانمه الجديدة والقضاء بسؤال وجواب 1-المقيدة-CD8 حانمه-المحددة+ تي الخلايا. ثانيا، حمل جزيئات سؤال وجواب-1 تنظيم المناعة5. وفي هذا الصدد، أظهرت مجمعات سؤال وجواب-1/حانمه لحفز CD8+ خلايا تي (تريغ) التنظيمية الهامة للوقاية من الأضرار بوساطة جهاز المناعة الذاتي-الأنسجة6،،من78 ،،من910. وثالثاً، سؤال وجواب 1-المقيدة-CD8+ تريغ الخلايا قد ثبت أن تحد من الاستجابات المناعية ضد العدوى الفيروسية11.
ولذلك، زيادة معينة محددة حانمه سؤال وجواب-1-ريستريكتريد CD8+ تي الخلايا استراتيجية واعدة يحتمل أن للقضاء على خلايا غير طبيعية لتعزيز النظام المناعي للتحكم في الحجم الاستجابات المناعية الناجمة عن الفيروس. في حين أنه لم يحدد ما إذا كانت زيادة محددة حانمه CD8 سؤال وجواب 1-المقيدة-+ تي الخلايا يمكن أن تعزز مراقبة محصنة وتحد من الاستجابات المناعية الناجمة عن الفيروس، ولدينا مختبرات وغيرها قد أظهرت بوضوح أن يمكن زيادة التحصين مع [ابيتوبس] سؤال وجواب-1 وظيفة CD8 سؤال وجواب 1-المقيدة-+ تريغ الخلايا المحددة لخلايا CD4 الذاتية المسببة للأمراض+ تي الخلايا، مما أدى إلى السيطرة الفعالة على CD4+ أمراض المناعة الذاتية بوساطة الخلايا تي في نماذج متنوعة من الحيوانات مثل النخاع حساسية التجريبية (نموذج حيوان البشرية التصلب المتعدد)6،10،7من التهاب المفاصل الناجم عن الكولاجين (نموذج حيوان من التهاب المفاصل الرثياني البشرية)، و السكري غير البدناء (نموذج حيوان مرض السكري من النوع البشري 1)8. بالإضافة إلى ذلك، لقد اكتشفنا أن التحصين مع حانمه سؤال وجواب-1 خاصة بأنسجة ويؤدي إلى محددة السيطرة على الالتهاب المناعي بوساطة في هذه الأنسجة من خلال زيادة CD8 الخلايا+ تريغ12. النجاحات المذكورة أعلاه من الدراسات الإكلينيكية تشير إلى حاجة لإجراء تقييم كامل للتحصين حانمه 1 سؤال وجواب لعلاج أمراض المناعة بوساطة الأنسجة على حدة، ويحتمل أن تكون للعلاج من الأمراض الأخرى المرتبطة بأوجه القصور في برنامج المشورة التقنية و آراب.
وبناء على ذلك، هناك طلب لتكنولوجيا التي يمكن موثوق بها وسرعة تحليل [ابيتوبس] 1 سؤال وجواب في بروتين. وفي هذا الصدد، وصف عدد محدود من هامة بيولوجيا 1 سؤال وجواب [ابيتوبس]. تم تحديد معظم هذه [ابيتوبس] سؤال وجواب-1 سيرينديبيتوسلي خلال دراسة CD8+ تي الخلية الردود على البكتيريا13والخلايا ناقصة في الحنفية3، قاصرة عن آراب4خلايا والخلايا التي تسبب ع6، 9. ولذلك يستحسن تقنية إنتاجية عالية للتعرف على [ابيتوبس] سؤال وجواب-1 هامة بيولوجيا في بروتين محددة. في ما يلي، يمكننا وصف استراتيجية متداخلة لمكتبة ببتيد (OLP) الخرائط الوظيفية [ابيتوبس] 1 سؤال وجواب في بروتين باستخدام CD8 سؤال وجواب-1-ريسرتيكتيد+ خلية T خطوط محددة لتجمع OLP (OLP_pool) من البروتين.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>The protein to be analyzed</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Sequence of the protein can be obtained from NCBI</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dimethyl sulfoxide (DMSO)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Cat#: D2650 SIGMA</td>
			<td>DMSO should be sterile and cell culture tested.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kb-/-Db-/- mice</td>
			<td>The Lackson Laboratory</td>
			<td>Stock#: 019995</td>
			<td>We used Taconic H2-KbH2-Db doube knockout mice (Cat#: 4215-F and 4215-M) which however are not available anymore.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AIM V Serum Free Medium</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Cat#: 12055091</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mercaptoethanol</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Cat#: 21985023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium pyruvate</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Cat#: 11360070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nonessential Amino Acids</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Cat#: 11140076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads CD8 Positive Isolation Kit</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Cat#: 11333D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bio-Gel P-100</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>Cat#: 150-4171</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phoshate Balanced Solution (PBS)</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>Cat#: 20012027</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trasfer pipette</td>
			<td>Globe Scientific</td>
			<td>Mfg#: 137238</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murine M-CSF</td>
			<td>PeproTech</td>
			<td>Cat#: 315-02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>48-well tissue culture plates</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>Cat#: CC7682-7548</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning Costar TC-treated Multiple well Plates, 96-well, V-shaped bottom</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Cat#: Z372129 Sigma</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1ml deep 06-well PP plate, sterile</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>Item#: 1896-1110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recombinant murine IL-2</td>
			<td>PeproTech</td>
			<td>Cat#: 212-12</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recombinant murine IL-7</td>
			<td>PeproTech</td>
			<td>Cat#L: 217-17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capture anti-IFN-&#947; antibody</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>Cat#: 551881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ELISPOT plate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Cat#: S2EM004M99</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C1R</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>Cat#: ATCC CRL-1993</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C1R.Qa-1b</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Custom made (GenBank access#: NM_010398.3)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qa-1 lentiviral vector</td>
			<td>GeneCopoeia</td>
			<td>Product#: Mm02955</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Detection anti-IFN-&#947; antibody</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>Cat#: 551881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween20</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Cat#: P9416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Streptavidin-HRP</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>Cat#: BD557630</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AEC substrate</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>Cat#: 551951</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ImmunoSpot Analyzer</td>
			<td>ImmunoSpot</td>
			<td></td>
			<td>Any immunoSpot analyer should work for this purpose.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

overlapping peptide library to map qa-1 epitopes in a protein

سؤال وجواب-1 (هلا ه في الإنسان) ينتمي إلى مجموعة من هيستوكومباتيبيليتي الرئيسية غير الكلاسيكية المعقدة 1b جزيئات (MHC-Ib). البيانات الأخيرة تشير إلى أن جزيئات سؤال وجواب-1 تلعب أدواراً هامة في مسح الخلايا للسلامة الهيكلية والوظيفية، وحمل النظام المناعي، وتحد من الاستجابات المناعية للعدوى الفيروسية. بالإضافة إلى ذلك، زيادة وظيفية من سؤال وجواب 1-المقيدة-CD8+ تي الخلايا عن طريق حانمه التحصين قد أظهرت الآثار العلاجية في عدة نماذج حيوانية أمراض المناعة الذاتية، مثل النخاع حساسية التجريبية، الكولاجين-الناجم عن التهاب المفاصل، ومرض السكري غير السمنة. ولذلك، هناك حاجة ملحة لأسلوب الذي يمكن، بسرعة وكفاءة تحديد الوظيفية [ابيتوبس] 1 سؤال وجواب في بروتين. هنا، يمكننا وصف بروتوكول يستخدم CD8 سؤال وجواب 1-المقيدة-+ خلية T خطوط محددة لمكتبة ببتيد (OLP) متداخلة لتحديد سؤال وجواب-1 [ابيتوبس] في بروتين. تحتوي هذه المكتبة OLP على 15-مير الببتيدات المتداخلة التي تغطي كامل طول البروتين، وتداخل الببتيدات المتاخمة بالأحماض الأمينية 11. باستخدام هذا البروتوكول، حددنا مؤخرا حانمه سؤال وجواب-1 9-مير في المايلين أوليجوديندروسيتي بروتين سكري (موج). وأبدى هذا حانمه موج سؤال وجواب-1 المعين حديثا لحمل CD8 حانمه على حدة، وسؤال وجواب 1-المقيدة-+ تي الخلايا أن التنظيم المناعي المحسن المايلين على حدة. ولذلك، هذا البروتوكول مفيد للتحقيق في المستقبل من رواية أهداف ومهام CD8 سؤال وجواب 1-المقيدة-+ تي الخلايا.

تصميم مكتبة OLP تغطي كامل طول البروتين
بداية في ن-المحطة من البروتين، هو كل الببتيد الأحماض الأمينية 15 (15-مير). ومن ثم، الببتيد الأول يمتد من الموضع 1 إلى موضع 15. ن-محطة الببتيد الثاني يتداخل مع ج-محطة الببتيد الأولى قبل 11 من الأحماض الأمينية. و?...

Watch this Scientific Journal Video about Overlapping Peptide Library to Map Qa-1 Epitopes in a Protein at JoVE.com

Overlapping Peptide Library to Map Qa-1 Epitopes in a Protein

مكتبة الببتيد المتداخلة لتعيين سؤال وجواب-1 [ابيتوبس] في بروتين

سؤال وجواب-1 (هلا ه في الإنسان) ينتمي إلى مجموعة من جزيئات معقدة 1b histocompatibility الرئيسية غير الكلاسيكية. لقد ثبت التحصين مع [ابيتوبس] سؤال وجواب 1-ملزم زيادة تنظيم خاص بالانسجة المناعية، والتخفيف من عدة أمراض المناعة الذاتية. هذه الوثيقة يصف لنا استراتيجية مكتبة ببتيد متداخلة لتحديد سؤال وجواب-1 [ابيتوبس] في بروتين.

Qa-1 (HLA-E in human) belongs to a group of non-classical major histocompatibility complex 1b (MHC-Ib) molecules. Recent data suggest that Qa-1 molecules ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Use of Interferon-&gamma; Enzyme-linked Immunospot Assay to Characterize Novel T-cell Epitopes of Human Papillomavirus

Use of Interferon-ÃƒÅ½Ã‚Â³ Enzyme-linked Immunospot Assay to Characterize Novel T-cell Epitopes of Human Papillomavirus

استخدام مضاد للفيروسات، γ الإنزيم المرتبط الفحص Immunospot لوصف الرواية تي خلية الحواتم من فيروس الورم الحليمي البشري

A protocol has been developed to overcome the difficulties of isolating and characterizing rare T cells specific for pathogens, such as human ...

Use of Artificial Sputum Medium to Test Antibiotic Efficacy Against Pseudomonas aeruginosa in Conditions More Relevant to the Cystic Fibrosis Lung

Use of Artificial Sputum Medium to Test Antibiotic Efficacy Against Pseudomonas aeruginosa in Conditions More Relevant to the Cystic Fibrosis Lung

استخدام متوسط ​​البلغم الاصطناعي لاختبار فعالية المضادات الحيوية لمكافحة<em&gt; الزائفة الزنجارية</em&gt; في شروط أكثر ملاءمة لالرئة التليف الكيسي

There  is growing concern about the relevance of in vitro antimicrobial  susceptibility tests when applied to isolates of P. aeruginosa from  cystic ...

A Comparative Approach to Characterize the Landscape of Host-Pathogen Protein-Protein Interactions

A المنهج المقارن لتوصيف المشهد من المضيف الممرض البروتين البروتين التفاعلات

Significant efforts were gathered to generate  large-scale comprehensive protein-protein interaction network maps. This is  instrumental to understand the ...

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

Total Protein Extraction and 2-D Gel Electrophoresis Methods for Burkholderia Species

مجموع استخراج بروتين و 2-D طرق جل الكهربائي ل<em&gt; بيركولديريا</em&gt; الأنواع

The investigation of  the intracellular protein levels of bacterial species is of importance to  understanding the pathogenic mechanisms of diseases ...

A RAPID Method for Blood Processing to Increase the Yield of Plasma Peptide Levels in Human Blood

طريقة سريعة لمعالجة الدم إلى زيادة الغلة من مستويات البلازما الببتيد في الدم البشري

Research in the field of food intake regulation is gaining importance. This often includes the measurement of peptides regulating food intake. For the ...

Analysis of Simian Immunodeficiency Virus-specific CD8+ T-cells in Rhesus Macaques by Peptide-MHC-I Tetramer Staining

Analysis of Simian Immunodeficiency Virus-specific CD8+ T-cells in Rhesus Macaques by Peptide-MHC-I Tetramer Staining

تحليل قردي نقص المناعة CD8 للفيروسات محددة<sup&gt; +</sup&gt; خلايا تي في القرد قرود المكاك التي كتبها الببتيد-MHC-I Tetramer تلطيخ

Peptide-major histocompatibility complex class I (pMHC-I) tetramers have been an invaluable tool to study CD8+ T-cell responses. Because these reagents ...

Peptide Scanning-assisted Identification of a Monoclonal Antibody-recognized Linear B-cell Epitope

تحديد حاتمة الخطي B-خلية المعترف بها الأجسام المضادة وحيدة النسيلة-الببتيد الضوئي بمساعدة

The identification of an antigenic epitope by the immune system allows for the understanding of the protective mechanism of neutralizing antibodies that ...

Creation of a Dense Transposon Insertion Library Using Bacterial Conjugation in Enterobacterial Strains Such As Escherichia Coli or Shigella flexneri

Creation of a Dense Transposon Insertion Library Using Bacterial Conjugation in Enterobacterial Strains Such As Escherichia Coli or Shigella flexneri

إنشاء "الكثيفة ينقول الإدراج المكتبة استخدام البكتيرية التصريف" في "انتيروباكتيريال سلالات مثل" الإشريكيّة القولونية أو دوسنتاريا فليكسنيري

Transposon mutagenesis is a method that allows gene disruption via the random genomic insertion of a piece of DNA called a transposon. The protocol below ...

Overexpression and Purification of Human Cis-prenyltransferase in Escherichia coli

Overexpression and Purification of Human Cis-prenyltransferase in Escherichia coli

أوفيركسريسيون وتنقية الإنسان<em&gt; رابطة الدول المستقلة</em&gt; -prenyltransferase في<em&gt; الإشريكية القولونية</em

Prenyltransferases (PT) are a group of enzymes that catalyze chain elongation of allylic diphosphate using isopentenyl diphosphate (IPP) via multiple ...

A Novel Feeder-free System for Mass Production of Murine Natural Killer Cells In Vitro

A Novel Feeder-free System for Mass Production of Murine Natural Killer Cells In Vitro

نظام تغذية خالية رواية للإنتاج الضخم للخلايا القاتلة الطبيعية مورين في المختبر

Natural killer (NK) cells belong to the innate immune system and are a first-line anti-cancer immune defense; however, they are suppressed in the tumor ...