Name: evaluating in vitro dna damage using comet assay
Uploaded: 2017-10-11T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay at JoVE.com

Denna forskning stöds av intramurala forskningsprogrammet NIH, NCI och CCR. Alla författare fick intramurala forskningsbidrag från NIH, NCI och CCR.

1. förbereda reagenser <ol><li>1 x PBS <ol><li>Späd 10 x 100 mL PBS med 900 mL dH 2 O och justera pH till 7,4 med hjälp av en pH-mätare. Förvara i rumstemperatur.</li>
	</ol></li> <li>Lysis lösning (LS) <ol><li>förbereda 2,5 M NaCl, 100 mM dinatrium EDTA, 10 mM Tris base och 200 mM NaOH i 900 mL dH 2 O; det vanligen tar ca 20 min att låta blandningen att helt upplösa. Justera pH till 10 med hjälp av en pH-mätare. Lägg till 1% natrium lauryl sarcosinat...

<ol>
	<li>Ostling, O., Johanson, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microelectrophoretic+study+of+radiation-induced+DNA+damages+in+individual+mammalian+cells.">Microelectrophoretic study of radiation-induced DNA damages in individual mammalian cells.</a> Biochem Biophys Res Commun. 123 (1), 291-298 (1984).</li><li>Singh, N. P., McCoy, M. T., Tice, R. R., Schneider, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+technique+for+quantitation+of+low+levels+of+DNA+damage+in+individual+cells.">A simple technique for quantitation of low levels of DNA damage in individual cells.</a> Exp Cell Res. 175 (1), 184-191 (1988).</li><li>Tice, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+cell+gel/comet+assay:+guidelines+for+in+vitro+and+in+vivo+genetic+toxicology+testing.">Single cell gel/comet assay: guidelines for in vitro and in vivo genetic toxicology testing.</a> Environ Mol Mutagen. 35 (3), 206-221 (2000).</li><li>Shah, A. J., Lakkad, B. C., Rao, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotoxicity+in+lead+treated+human+lymphocytes+evaluated+by+micronucleus+and+comet+assays.">Genotoxicity in lead treated human lymphocytes evaluated by micronucleus and comet assays.</a> Indian J Exp Biol. 54 (8), 502-508 (2016).</li><li>Azqueta, A., Collins, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+essential+comet+assay:+a+comprehensive+guide+to+measuring+DNA+damage+and+repair.">The essential comet assay: a comprehensive guide to measuring DNA damage and repair.</a> Arch Toxicol. 87 (6), 949-968 (2013).</li><li>Goldstein, M., Kastan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+DNA+damage+response:+implications+for+tumor+responses+to+radiation+and+chemotherapy.">The DNA damage response: implications for tumor responses to radiation and chemotherapy.</a> Annu Rev Med. 66, 129-143 (2015).</li><li>Gavande, N. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+repair+targeted+therapy:+The+past+or+future+of+cancer+treatment?.">DNA repair targeted therapy: The past or future of cancer treatment?.</a> Pharmacol Ther. 160, 65-83 (2016).</li><li>Torgovnick, A., Schumacher, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+repair+mechanisms+in+cancer+development+and+therapy.">DNA repair mechanisms in cancer development and therapy.</a> Front Genet. 6, 157 (2015).</li><li>Weston, V. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+PARP+inhibitor+olaparib+induces+significant+killing+of+ATM-deficient+lymphoid+tumor+cells+in+vitro+and+in+vivo.">The PARP inhibitor olaparib induces significant killing of ATM-deficient lymphoid tumor cells in vitro and in vivo.</a> Blood. 116 (22), 4578-4587 (2010).</li><li>Brown, J. S., O'Carrigan, B., Jackson, S. P., Yap, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+DNA+Repair+in+Cancer:+Beyond+PARP+Inhibitors.">Targeting DNA Repair in Cancer: Beyond PARP Inhibitors.</a> Cancer Discov. 7 (1), 20-37 (2017).</li><li>Lu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemosensitivity+of+IDH1-Mutated+Gliomas+Due+to+an+Impairment+in+PARP1-Mediated+DNA+Repair.">Chemosensitivity of IDH1-Mutated Gliomas Due to an Impairment in PARP1-Mediated DNA Repair.</a> Cancer Res. 77 (7), 1709-1718 (2017).</li><li>Konca, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+cross-platform+public+domain+PC+image-analysis+program+for+the+comet+assay.">A cross-platform public domain PC image-analysis program for the comet assay.</a> Mutat Res. 534 (1-2), 15-20 (2003).</li><li>Valverde, M., Rojas, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+and+occupational+biomonitoring+using+the+Comet+assay.">Environmental and occupational biomonitoring using the Comet assay.</a> Mutat Res. 681 (1), 93-109 (2009).</li><li>Collins, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+comet+assay+for+DNA+damage+and+repair:+principles,+applications,+and+limitations.">The comet assay for DNA damage and repair: principles, applications, and limitations.</a> Mol Biotechnol. 26 (3), 249-261 (2004).</li><li>Karbaschi, M., Cooke, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+method+for+the+high-throughput+processing+of+slides+for+the+comet+assay.">Novel method for the high-throughput processing of slides for the comet assay.</a> Sci Rep. 4, 7200 (2014).</li></ol>

Komet analysen är ett effektivt verktyg att mäta enkel- och dubbel-strand DNA raster på cellnivå. Analysen har tillämpats allmänt som ”golden standard” i studier avseende gentoxicitet och biologisk övervakning13, alltifrån bas lesioner, DNA antipyridinantikropp, läkemedelsutveckling och alkali känsliga platser. I den aktuella studien visade vi två distinkta stegvisa protokoll för basiska och neutrala komet analyser, respektive. Kombinera enstaka cell elektrofores, fluorescerande mi...

Komet analysen utvecklades först av Östling och Johanson 1984 genom att påvisa migration av DNA fragment från atomkärnor under en neutral villkor1. Tekniken utvecklades senare av Singh et al., visar att ett alkaliskt tillstånd ökade väsentligt den specificitet och reproducerbarhet av assay2. Sedan dess har neutral komet analysen mestadels används för att upptäcka dubbelsträngat DNA raster, medan den alkaliska komet-analysen är mer känsliga för mindre mängder DNA-skador, inklusive enkelrum och Dubbelrum strand DNA bryts, alkali-labila platser, DNA-DNA eller DNA-protein cross-linking och DNA single-strand raster är associerad med ofullständig excision reparation platser3,4. Båda analyserna ge visualisering av fragmenterade DNA och tillhandahålla ett okomplicerat sätt att utvärdera kvantitativt DNA-skador. Komet analysen betraktas som en känslig metod för in vitro och i vivo genetiska toxikologiska studier och är tillämplig på olika forskningsområden, som tidigt läkemedelskandidat urval, miljöövervakning, biologisk övervakning, och grundläggande forskning om DNA-skador och reparation5.
Principen om analysen är att under ett elektriskt fält, fragmenterade DNA migrerar ut ur nucleoid kroppen (även känd som ”komet huvudet”) och bildar en DNA fläck i agarosgel (även känd som ”komet tail”). Med nukleotid färgning, kan omfattningen av DNA-skador kvantifieras genom att analysera ”kometer” bildas av denna enda cell elektrofores. Beräkning av svansen nu kan ytterligare bidra till att jämföra DNA-skador bland olika experimentella grupper. Komet analysen jämfört med traditionella metoder av DNA skada upptäckt, och är direkt, känslig, billig och relativt enkel.
Strålbehandling och kemoterapi är gemensamma strategier för cancerbehandling genom att generera enda strand och dubbel strand DNA bryter i kromosomer6. Senaste befordran i DNA reparation hämmare tillåter en effektivare genotoxisk effekt genom kombinationskemoterapi, och därför minskar potentiellt systemiska biverkningar såsom anemi, infektion och benmärgen dämpning7, 8. i denna studie visade vi utredningen av en poly (ADP-ribos) (PARP) polymerashämmare, olaparib (Ola)9. PARP är en riklig nukleära protein och ansvarar för DNA base excision repair genom att bilda en poly (ADP-ribos) polymer10. Temozolomide (TMZ) är en oralt tillgänglig alkylerare och har använts för gliom patientbehandling. Genom att använda komet analysen för att kvantifiera DNA-skador, visar vi att kombinera olaparib med temozolomid djupt förbättrar de DNA-skador i glioma celler, vilket tyder på olaparib/temozolomide kombinationsbehandling är en effektiv strategi att behandla gliom, som jämfört med temozolomid ensam11.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="603">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Reagents</td>
			<td style="width:101px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;width:216px;">10x PBS(Ca++, Mg++ free)</td>
			<td style="width:101px;">TEKnova</td>
			<td style="width:119px;">P0196</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">NaCl</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">S5886</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">EDTA</td>
			<td style="width:101px;">TEKnova</td>
			<td style="width:119px;">E0308</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Trizma base</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">T1503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">NaOH</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">72068</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Sodium lauryl sarcosinate</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">L7414</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Triton X-100</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">93443</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Sodium acetate</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">32318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Glacial acetic acid</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">695092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Ammonium acetate</td>
			<td style="width:101px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">A1542</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">SYBR Green</td>
			<td style="width:101px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">S33102</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Low melting point agarose</td>
			<td style="width:101px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">16520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Agarose</td>
			<td style="width:101px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">16500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">95% ethanol</td>
			<td style="width:101px;">WARNER-GRAHAM</td>
			<td style="width:119px;">#64-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Trypsin</td>
			<td style="width:101px;">GIBICO</td>
			<td style="width:119px;">25300-054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Name</td>
			<td style="width:101px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Consumables</td>
			<td style="width:101px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:216px;">Glass tissue slides</td>
			<td style="width:101px;">ELECTRON MICROSCOPY SCIENCES</td>
			<td style="width:119px;">63422-11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Kimwipes</td>
			<td style="width:101px;">KIMberly-Clark</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">1.5 mL Microcentrifuge Tubes</td>
			<td style="width:101px;">DENVILLE</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Pipette Tips</td>
			<td style="width:101px;">SHARP</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Name</td>
			<td style="width:101px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Equipments</td>
			<td style="width:101px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Microwave</td>
			<td style="width:101px;">Avanti</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Waterbath</td>
			<td style="width:101px;">PRECISION</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Horizontal electrophoresis chamber</td>
			<td style="width:101px;">TREVIGEN</td>
			<td style="width:119px;">Cometassay ES II</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Power supply</td>
			<td style="width:101px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Incubator</td>
			<td style="width:101px;">Quincy Lab</td>
			<td style="width:119px;">Model 12-140E</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Fluorescent microscope</td>
			<td style="width:101px;">Zeiss</td>
			<td style="width:119px;">LSM700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Micropipettor</td>
			<td style="width:101px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

evaluating in vitro dna damage using comet assay

DNA-skador är ett vanligt fenomen för varje cell under dess livslängd och definieras som en förändring av den kemiska strukturen hos genomiskt DNA. Cancerbehandlingar, såsom radio- och kemoterapi, införa enorm mängd ytterligare DNA-skador, vilket leder till cellcykelarrest och apoptos att begränsa cancer progression. Kvantitativ bedömning av DNA-skador under experimentell cancerterapi är ett viktigt steg att motivera effektiviteten av en genotoxisk agent. I denna studie, vi fokuserar på en enda cell elektrofores analys, även känd som komet analysen, som kan kvantifiera enda och dubbel-strand DNA avbrott in vitro. Komet analysen är en DNA skador kvantifiering metod som är effektiv och lätt att utföra, och har låga tid/budget krav och hög reproducerbarhet. Här, belysa vi nyttan av komet analysen för en preklinisk studie genom att utvärdera genotoxiska effekten av olaparib/temozolomide kombinationsbehandling till U251 glioma celler.

Protokolls beskriver ett stegvis arbetsflöde för komet assay utförande och dataanalys (figur 1). Resultaten från de basiska och neutrala komet analyserna visade att komet svansen av doxorubicin-behandlade U251 celler (1 µM, 20 h) var längre och hade högre DNA intensitet, vilket tyder på en betydande ansamling av fragmenterade DNA på grund av kemoterapi (figur 2).
<p class="jove_content" fo:keep-together.within-page="...

Watch this Scientific Journal Video about Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay at JoVE.com

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

Utvärdera In Vitro DNA-skador med komet-analys

Komet analysen är en effektiv metod att upptäcka DNA-skador inklusive enkel- och dubbel-strängat DNA bryter. Vi beskriver basiska och neutrala komet analyser för att mäta DNA-skador i cancerceller att utvärdera den terapeutiska effekten av kemoterapi.

DNA damage is a common phenomenon for each cell during its lifespan, and is defined as an alteration of the chemical structure of genomic DNA. Cancer ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

Moving Upwards: A Simple and Flexible In Vitro Three-dimensional Invasion Assay Protocol

Moving Upwards: A Simple and Flexible In Vitro Three-dimensional Invasion Assay Protocol

Flytta uppåt: Ett enkelt och flexibelt In Vitro tredimensionella Invasion Assay protokoll

Although 3D invasion assays have been developed, the challenge remains to study cells without affecting the integrity of their microenvironment. ...

A Comprehensive Procedure to Evaluate the In Vitro Performance of the Putative Hemangioblastoma Neovascularization Using the Spheroid Sprouting Assay

A Comprehensive Procedure to Evaluate the In Vitro Performance of the Putative Hemangioblastoma Neovascularization Using the Spheroid Sprouting Assay

Ett omfattande förfarande för att utvärdera In Vitro den förmodade hemangioblastom kärlnybildning använder den sfäroid groning Assay

The inactivation of the von Hippel-Lindau (VHL) tumor suppressor gene plays a crucial role in the development of hemangioblastomas (HBs) within the human ...

Real Time Detection of In Vitro Tumor Cell Apoptosis Induced by CD8+ T Cells to Study Immune Suppressive Functions of Tumor-infiltrating Myeloid Cells

Real Time Detection of In Vitro Tumor Cell Apoptosis Induced by CD8+ T Cells to Study Immune Suppressive Functions of Tumor-infiltrating Myeloid Cells

Realtid upptäcka i Vitro tumör Cell apoptos induceras av CD8+ T celler att studera suppressiv immunförsvaret av tumör-infiltrera myeloida celler

Potentiation of the tumor-killing ability of CD8+ T cells in tumors, along with their efficient tumor infiltration, is a key element of successful ...

In Vitro Assay to Study Tumor-macrophage Interaction

In vitro-analys för att studera interaktion med tumör-makrofage

Tumor associated macrophages (TAMs) account for a large percentage of cells in the tumor mass for different types of cancers. Glioblastoma (GBM), a ...

Evaluating the Differentiation Capacity of Mouse Prostate Epithelial Cells Using Organoid Culture

Utvärdering av differentierings kapacitet av mus prostata epitelceller med Organoid kultur

The prostate epithelium is comprised predominantly of basal and luminal cells. In vivo lineage tracing has been utilized to define the differentiation ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

Utvärdera celldöd med hjälp av cellfri supernatant av probiotika i tredimensionella sfäroidkulturer av kolorektalcancerceller

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...

Immunofluorescence Imaging of DNA Damage and Repair Foci in Human Colon Cancer Cells

Immunofluorescens imaging av DNA-skador och reparation foci i mänskliga kolon cancerceller

The purpose of the manuscript is to provide a step-by-step protocol for performing immunofluorescence microscopy to study the radiation-induced DNA damage ...

In Vitro Evaluation of Oncogenic Transformation in Human Mammary Epithelial Cells

In Vitro Utvärdering av Oncogenic Transformation i mänskliga mammary Epitelial celler

Tumorigenesis is a multi-step process in which cells acquire capabilities&#160;that allow their growth, survival, and dissemination under hostile ...

Three-Dimensional In Vitro Biomimetic Model of Neuroblastoma Using Collagen-Based Scaffolds

Three-Dimensional In Vitro Biomimetic Model of Neuroblastoma Using Collagen-Based Scaffolds

Tredimensionell in vitro biomimetisk modell av neuroblastom med hjälp av kollagenbaserade strukturer

Neuroblastoma is the most common extracranial solid tumor in children, accounting for 15% of overall pediatric cancer deaths. The native tumor tissue is a ...

High-Throughput In Vitro Assay using Patient-Derived Tumor Organoids

High-Throughput In Vitro Assay using Patient-Derived Tumor Organoids

In vitro-analys med hög genomströmning med patient-härledda tumörorganoider

Patient-derived tumor organoids (PDOs) are expected to be a preclinical cancer model with better reproducibility of disease than traditional cell culture ...