Name: using phylogenetic analysis to investigate eukaryotic gene origin
Uploaded: 2018-08-14T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Using Phylogenetic Analysis to Investigate Eukaryotic Gene Origin at JoVE.com

Detta arbete stöds av den nationella naturvetenskap Foundation i Kina (31371596), Bio-technology Research Center, Kina tre raviner universitet (2016KBC04) och stiftelsen naturvetenskap i Jiangsu-provinsen, Kina (BK20151424).

1. sequence Alignment
<ol><li>
Samla aminosyresekvenser eukaryota söta och prokaryota SemiSWEET i separata dokument och lista dem i FASTA format. Hämta sekvenser från National Center för Biotechnology Information (NCBI), Europeiska Molecular Biology Laboratory (EMBL) och DNA Data Bank of Japan (DDBJ) databaser genom likheten Sök med verktyget grundläggande lokala Alignment Search Tool (BLAST).
	<ol>
<li>I exempelfiler, samla 228 förmodad söta proteinsekvenser som har två MtN3/saliv domäner (7...

<ol>
	<li>Nei, M., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Molecular Evolution and Phylogenetics. , (2000).</li><li>Foth, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analysis+to+uncover+organellar+origins+of+nuclear-encoded+genes.">Phylogenetic analysis to uncover organellar origins of nuclear-encoded genes.</a> Methods Mol Biol. 390, 467-488 (2007).</li><li>Baldauf, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogeny+for+the+faint+of+heart:+a+tutorial.">Phylogeny for the faint of heart: a tutorial.</a> Trends Genet. 19, 345-351 (2003).</li><li>Feng, D. F., Doolittle, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progressive+sequence+alignment+as+a+prerequisite+to+correct+phylogenetic+trees.">Progressive sequence alignment as a prerequisite to correct phylogenetic trees.</a> J Mol Evol. 25, 351-360 (1987).</li><li>Persson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioinformatics+in+protein+analysis.">Bioinformatics in protein analysis.</a> EXS. 88, 215-231 (2000).</li><li>Sievers, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast,+scalable+generation+of+high-quality+protein+multiple+sequence+alignments+using+Clustal+Omega.">Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.</a> Mol Syst Biol. 7, 539 (2011).</li><li>Sievers, F., Higgins, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clustal+omega.">Clustal omega.</a> Curr Protoc Bioinformatics. 48, 1-16 (2014).</li><li>Yang, Z., Rannala, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+phylogenetics:+principles+and+practice.">Molecular phylogenetics: principles and practice.</a> Nat Rev Genet. 13, 303-314 (2012).</li><li>Hall, B. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+accuracies+of+several+phylogenetic+methods+using+protein+and+DNA+sequences.">Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences.</a> Mol Biol Evol. 22, 792-802 (2005).</li><li>Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MEGA6:+Molecular+Evolutionary+Genetics+Analysis+version+6.0.">MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.</a> Mol Biol Evol. 30, 2725-2729 (2013).</li><li>Ronquist, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MrBayes+3.2:+efficient+Bayesian+phylogenetic+inference+and+model+choice+across+a+large+model+space.">MrBayes 3.2: efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space.</a> Syst Biol. 61, 539-542 (2012).</li><li>Chen, L. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sugar+transporters+for+intercellular+exchange+and+nutrition+of+pathogens.">Sugar transporters for intercellular exchange and nutrition of pathogens.</a> Nature. 468, 527-532 (2010).</li><li>Xuan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+role+of+oligomerization+for+bacterial+and+plant+SWEET+sugar+transporter+family.">Functional role of oligomerization for bacterial and plant SWEET sugar transporter family.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110, 3685-3694 (2013).</li><li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+evidence+for+a+fusion+of+archaeal+and+bacterial+SemiSWEETs+to+form+eukaryotic+SWEETs+and+identification+of+SWEET+hexose+transporters+in+the+amphibian+chytrid+pathogen+Batrachochytrium+dendrobatidis.">Phylogenetic evidence for a fusion of archaeal and bacterial SemiSWEETs to form eukaryotic SWEETs and identification of SWEET hexose transporters in the amphibian chytrid pathogen Batrachochytrium dendrobatidis.</a> FASEB J. 30, 3644-3654 (2016).</li><li>Holder, M. T., Zwickl, D. J., Dessimoz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+robustness+of+phylogenetic+methods+to+among-site+variability+in+substitution+processes.">Evaluating the robustness of phylogenetic methods to among-site variability in substitution processes.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 363, 4013-4021 (2008).</li><li>Alfaro, M. E., Holder, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Posterior+and+the+Prior+in+Bayesian+Phylogenetics.">The Posterior and the Prior in Bayesian Phylogenetics.</a> Annu Rev Ecol Evol Syst. 37, 19-42 (2006).</li><li>Suchard, M., Rambaut, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Many-core+algorithms+for+statistical+phylogenetics.">Many-core algorithms for statistical phylogenetics.</a> Bioinformatics. 25, 1370-1376 (2009).</li><li>Zierke, S., Bakos, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FPGA+acceleration+of+the+phylogenetic+likelihood+function+for+Bayesian+MCMC+inference+methods.">FPGA acceleration of the phylogenetic likelihood function for Bayesian MCMC inference methods.</a> BMC Bioinformatics. 11, 184 (2010).</li></ol>

Det blir allt populärare i biologisk forskning att göra ett fylogenetiskt träd baserat på nucleotide eller amino syra ordnar8. Generellt finns det tre kritiska stadier av praxis inklusive sekvens justering, utvärdering av justerad sekvenser med lämplig metod eller algoritm och visualisering av computational resultatet som ett fylogenetiskt träd. I den presenterade studien genomfördes tre rundor av sekvens justering: först, de söta proteinsekvenser, inklusive domänen första och andra Mt...

DNA eller RNA sekvenser bär genetisk information för underliggande fenotyper som kan analyseras genom fysiologiska och biokemiska metoder eller observerat genom morfologiska och fossila bevis. I en mening är genetiska information mer tillförlitliga än utvärdera externa fenotyper eftersom den förstnämnda är grunden för den senare. I evolutionär studie är fossila bevis mycket direkt och övertygande. Många organismer, såsom mikroorganismer, har dock små möjligheter att bilda en fossil under långa geologiska åldrar. Molekylär information såsom nukleotidsekvenser och amino syra ordnar från relaterade bevarade organismer är därför av värde för att utforska evolutionära relationer1. I den aktuella studien, var en enkel introduktion av fylogenetiska baskunskaper och ett lätt att lära-protokollet föreskrivs nykomlingar som behöver konstruera ett fylogenetiskt träd på egen hand.
Både DNA (nukleotid) och (aminosyror) proteinsekvenser kan användas för att härleda släktskapsförhållanden mellan homologa gener, organeller, eller ens organismer2. DNA-sekvenser är mer benägna att påverkas av förändringar under evolutionen. Amino syra ordnar är däremot mycket mer stabil med tanke på att synonymt mutationer i nukleotidsekvenser inte orsakar mutationer i amino syra ordnar. Som ett resultat, är DNA-sekvenser användbara för jämförelse av homologa gener från närbesläktade organismer, medan amino syra ordnar är lämpliga för homologa gener från avlägset besläktade organismer3.
En fylogenetisk analys börjar med anpassningen av aminosyra eller nukleotid sekvenser4 Hämtad från en kommenterad genome sequencing databasen5 som anges i FASTA format, dvs, förmodad eller uttryckta protein sekvenser, RNA-sekvenser , eller DNA-sekvenser. Det är värt att notera att det är viktigt att samla högkvalitativa sekvenser för analys, och endast homologa sekvenser kan användas för att analysera släktskapsförhållanden. Många olika plattformar såsom Clustal W, Clustal X, muskel, T-coffee, MAFFT, kan användas för sekvens justering. De mest använda är Clustal Omega6,7 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/), som kan användas online eller kan laddas ner gratis kostnadsfritt. Linjeringsverktyget har många parametrar som användaren kan justera innan justeringen, men standardparametrarna fungerar bra i de flesta fall. När processen är klar, ska de arrangera i rak linje sekvenserna sparas i rätt format för nästa steg. De ska sedan redigeras eller trimmas med hjälp av ett redigeringsprogram, till exempel BioEdit, eftersom fylogenetiska träd konstruktion av MEGA kräver sekvenserna vara lika långa (inklusive både aminosyra förkortningar och bindestreck. I den justerade sekvensen, någon position utan en aminosyra eller nukleotid representeras av ett bindestreck ”-”). Generellt bör alla utskjutande aminosyror och nukleotider i vardera änden av justeringen tas bort. Kolumner som innehåller dåligt justerad sekvenser i justeringen kan dessutom tas bort eftersom de förmedla lite värdefull information, och kan ibland ge förvirrande eller felaktig information3. De kolumner som innehåller en eller flera bindestreck kan tas bort vid denna tid eller i senare träd konstruktion scenen. Alternativt kan de användas för fylogenetiska uträkning. När sekvensen justering och trimning är klar ska de arrangera i rak linje sekvenserna sparas i FASTA format eller önskat format, för senare användning.
Många mjukvaruplattformar ge träd konstruktion funktioner med hjälp av olika metoder eller algoritmer. Metoderna kan i allmänhet klassificeras som antingen avstånd matrismetoder eller diskreta datametoder. Avstånd matrismetoder är enkel och snabb att beräkna, medan diskreta datametoder är komplicerade och tidskrävande. För mycket närbesläktade taxa med en hög grad av utbyte av aminosyra eller nucleotide sequence identitet, en avstånd matrix metod (granne att gå: NJ; Ovägda par grupp metod med aritmetiska medelvärdet: UPGMA) är lämpligt. för avlägset besläktade taxa, en diskret datametod (Maximum Likelihood: ML; Maximala snålhet: MP; Bayesiansk inferens) är optimal3,8. I denna studie användes ML metoderna i MEGA (6.0.6) och Bayesiansk inferens (MrBayes 3.2) för att konstruera fylogenetiska träd9. Helst när korrekt modell och parametrar används, resultaten härrör från olika metoder kan vara konsekvent och de är således mer tillförlitliga och övertygande.
För en ML fylogenetiska träd konstruerade med MEGA10, måste justerad sekvens filen i FASTA format laddas in i programmet. Det första steget är då att välja den optimala substitution modellen för överförda data. Alla tillgängliga substitution modeller jämförs utifrån de uppladdade sekvenserna och deras slutliga poäng kommer att visas i en resultat-tabell. Välj modellen med minsta Bayesian Information kriterium (BIC) poäng (anges först i tabellen), ange ML parametrar enligt rekommenderade modellen och starta uträkningen. Beräkningstiden varierar från några minuter till flera dagar, beroende på komplexiteten i den inlästa data (längd av sekvenser och antal taxa) och prestanda för datorn som programmen körs. När beräkningen är klar, visas ett fylogenetiskt träd i ett nytt fönster. Spara filen som ”FileName.mat”. Efter inställning parametrar för att ange utseendet på trädet, spara en gång till. Med den här metoden kan MEGA generera publikation grade fylogenetiskt träd siffror.
För träd konstruktion med MrBayes11är det första steget att omvandla sekvensen arrangera i rak linje, som vanligtvis anges i FASTA format, till nexus format (.nex som filtyp). Omvandla FASTA filer till nexus format kan bearbetas i MEGA. Nästa, justerad sekvensen i nexus-format kan laddas in MrBayes. När filen har överförts, ange detaljerade parametrar för träd uträkningen. Dessa parametrar innehålla till exempel aminosyra substitution modell, variant priser, kedja nummer för Markov chain Monte Carlo (MCMC) koppling, ngen nummer, genomsnittlig standardavvikelse av split frekvenser och så vidare. När dessa parametrar har angetts, starta uträkningen. Till slut visas två träd figurer i ASC II kod, en visar klad trovärdighet och de andra visar gren längderna, på skärmen.
Träd resultatet sparas automatiskt som ”FileName.nex.con”. Denna tree fil kan öppnas och redigeras av FigTree, och siffran visas i Nacka kan ändras ytterligare för att göra den mer lämplig för publicering.
I denna studie analyserades 228 söta proteiner, inklusive 35 godis från encelliga eukaryoter och 57 SemiSWEETs från prokaryoter, som ett exempel. Både godis och SemiSWEETs karakteriserades som glukos, fruktos och sackaros transportörer över membran12,13. Fylogenetisk analys tyder på att de två MtN3/saliv domäner som innehåller godis kan härledas från en evolutionär fusion av en bakteriell SemiSWEET och ett archaeon14.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1132px;" width="1130">
	<colgroup>
		<col span="3" />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:127px;">Adobe Illustration</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a graphical tool developed by Adobe Systems Software Ireland Ltd. Copyright &#169; 2017</td>
		</tr>
		<tr height="36">
			<td height="36" style="height:36px;width:127px;">BioEdit</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a biological sequence alignment editor written for Windows 95/98/NT/2000/XP/7. Copyright &#169; Tom Hall</td>
		</tr>
		<tr height="36">
			<td height="36" style="height:36px;width:127px;">Clustal Omega</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a package for making multiple sequence alignments of amino acid or nucleotide sequences.&#160; http://www.clustal.org/</td>
		</tr>
		<tr height="37">
			<td height="37" style="height:37px;width:127px;">CorelDRAW</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a graphic design software. Copyright &#169; 2017 Corel Corporation</td>
		</tr>
		<tr height="34">
			<td height="34" style="height:34px;width:127px;">FigTree</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a graphical viewer of phylogenetic trees designed by the University of Edinburgh</td>
		</tr>
		<tr height="34">
			<td height="34" style="height:34px;width:127px;">MEGA</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">MolecularEvolutionary Genetics Analysis version6.0 http://www.megasoftware.net/home</td>
		</tr>
		<tr height="33">
			<td height="33" style="height:33px;width:127px;">MrBayes</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">an Bayesian phylogenetic inference tool</td>
		</tr>
		<tr height="36">
			<td height="36" style="height:36px;width:127px;">NVIDIA</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a company designs graphics processing units (GPUs) for the gaming and professional markets. Corporation Copyright &#169; 2017</td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;width:127px;">PAUP</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">Phylogenetic Analysis Using Parsimony. David Swofford&#39;s program implements the maximum likelihood method under a number of nucleotide models.</td>
		</tr>
		<tr height="35">
			<td height="35" style="height:35px;width:127px;">Photoshop</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a raster graphics editor developed and published by Adobe Systems Software Ireland Ltd. Copyright &#169; 2017</td>
		</tr>
		<tr height="28">
			<td height="28" style="height:28px;width:127px;">RHYTHM</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a knowledge based prediction of hekix contacts. Charit&#233; Berlin &#8211; Protein Formatics Group - Copyright 2007-2009</td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:127px;">TMHMM</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">a tool for prediction of transmembrane helices in proteins. http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/</td>
		</tr>
		<tr height="34">
			<td height="34" style="height:34px;width:127px;">Compter</td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
			<td style="width:752px;">4GB memory, Core 2 or above CPU. Windows 7, Windows 10</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

using phylogenetic analysis to investigate eukaryotic gene origin

Fylogenetisk analys använder nukleotid eller amino syra ordnar eller andra parametrar, såsom domän sekvenser och tredimensionella struktur, för att konstruera ett träd för att visa evolutionära förhållandet mellan olika taxa (klassificering enheter) på molekylära nivå. Fylogenetisk analys kan också användas att undersöka domän relationer inom en enskild taxon, bestämt för organismer som har genomgått betydande ändra i morfologi och fysiologi, men för vilka forskare saknar fossila bevis på grund av organismers långa evolutionära historia eller brist på fossiliseras.
I denna text beskrivs ett detaljerat protokoll för fylogenetiska metoden, inklusive aminosyra sekvens justering med hjälp av Clustal Omega och efterföljande fylogenetiska träd konstruktion använder båda högsta sannolikheten (ML) av molekylär Evolutionär genetik Analys (MEGA) och Bayesiansk inferens via MrBayes. För att undersöka ursprunget för eukaryota Sockerarter kommer så småningom vara exporteras transportörer (SWEET) gener, analyserades 228 godis inklusive 35 söta proteiner från encelliga eukaryoter och 57 SemiSWEET proteiner från prokaryoter. Intressant SemiSWEETs hittades i prokaryoter, men godis hittades i Eukaryoter. Två fylogenetiska träd byggda med teoretiskt skilda metoder har genomgående föreslagit att den första eukaryota söta genen kan stamceller från fusionen av en bakteriell SemiSWEET och genen en archaeal SemiSWEET. Det är värt att notera att man bör vara försiktig att dra en slutsats baserat endast på fylogenetisk analys, även om det är användbart att förklara det underliggande förhållandet mellan olika taxa, som är svårt eller omöjligt att urskilja genom experimentella metoder .

Fylogenetiska träd visar att alla första MtN3/saliv domäner av de 35 söta sekvenserna klustrade som en klad och andra MtN3/saliv domäner av de söta sekvenser klustrade som en annan klad. Dessutom visar justering resultaten av sötsaker och SemiSWEETs att vissa SemiSWEETs från α-Proteobacteria i linje med den första MtN3/saliv domänen av söta sekvenser, medan SemiSWEETs från Methanobacteria (arkéer) i linje med andra MtN3/saliv domänen för söta sekvenser. Tillsammans tyder ...

Watch this Scientific Journal Video about Using Phylogenetic Analysis to Investigate Eukaryotic Gene Origin at JoVE.com

Using Phylogenetic Analysis to Investigate Eukaryotic Gene Origin

En metod för att konstruera ett fylogenetiskt träd baserat på sekvenshomologi sötsaker från Eukaryoter och SemiSWEETs från prokaryoter beskrivs. Fylogenetisk analys är ett användbart verktyg för att förklara den evolutionära släktskap mellan homologa proteiner eller gener från olika organismgrupper.

Använda fylogenetisk analys för att undersöka eukaryota gen ursprung

Phylogenetic analysis uses nucleotide or amino acid sequences or other parameters, such as domain sequences and three-dimensional structure, to construct ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Molecular Biology

Immunology and Infection

Unit 2

Genomes and Evolution

SCIENTISTS IN ACTION

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Använda Bioluminescent Imaging för att undersöka synergi mellan Streptococcus pneumoniae Och influensa A-virus i modersmjölksersättning Möss

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Generation of Multivirus-specific T Cells to Prevent/treat Viral Infections after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplant

Generering av Multivirus-specifika T-celler för att förhindra / behandla virusinfektioner efter allogen hematopoetisk stamcellstransplantation

Viral infections cause morbidity and mortality in allogeneic hematopoietic stem cell transplant (HSCT) recipients. We and others have successfully ...

Using Reverse Genetics to Manipulate the NSs Gene of the Rift Valley Fever Virus MP-12 Strain to Improve Vaccine Safety and Efficacy

Använda omvänd genetik att manipulera NSS Gene i Rift Valley Fever Virus MP-12 Strain att förbättra vaccin säkerhet och effekt

Rift Valley fever virus (RVFV), which causes hemorrhagic fever, neurological disorders or blindness in humans, and a high rate abortion and fetal ...

The Insect Galleria mellonella as a Powerful Infection Model to Investigate Bacterial Pathogenesis

The Insect Galleria mellonella as a Powerful Infection Model to Investigate Bacterial Pathogenesis

Insekten<em&gt; Galleria mellonella</em&gt; Som en kraftfull infektion modell för att undersöka bakteriell patogenes

The study of bacterial virulence often requires a suitable animal model. Mammalian models of infection are costly and may raise ethical issues. The use of ...

Generation of Lymph Node-fat Pad Chimeras for the Study of Lymph Node Stromal Cell Origin

The stroma is a key component of the lymph node structure and function. However, little is known about its origin, exact cellular composition and the ...

Imaging InlC Secretion to Investigate Cellular Infection by the Bacterial Pathogen Listeria monocytogenes

Imaging InlC Secretion to Investigate Cellular Infection by the Bacterial Pathogen Listeria monocytogenes

Imaging INLC Sekre att undersöka Cellular Infektion av bakteriell patogen<em&gt; Listeria monocytogenes</em

Bacterial intracellular  pathogens can be conceived as molecular tools to dissect cellular signaling  cascades due to their capacity to exquisitely ...

Cell-based Flow Cytometry Assay to Measure Cytotoxic Activity

Cell-baserade flödescytometri analys för att mäta cytotoxisk aktivitet

Cytolytic activity of CD8+ T cells is rarely evaluated. We describe here a new cell-based assay to measure the capacity of antigen-specific CD8+ T cells ...

Using RNA-interference to Investigate the Innate Immune Response in Mouse Macrophages

Att använda RNA-interferens för att undersöka det medfödda immunsvar i musmakrofager

Macrophages are key phagocytic innate immune cells.  When macrophages encounter a pathogen, they produce antimicrobial proteins and compounds to kill the ...

Using Fluorescent Proteins to Monitor Glycosome Dynamics in the African Trypanosome

Använda fluorescerande proteiner till Monitor Glycosome Dynamics i den afrikanska trypanosom

Trypanosoma brucei is a kinetoplastid parasite that causes human African trypanosomiasis (HAT), or sleeping sickness, and a wasting disease, nagana, in ...

Biolistic Transformation of a Fluorescent Tagged Gene into the Opportunistic Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans

Biolistic Transformation of a Fluorescent Tagged Gene into the Opportunistic Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans

Biolistisk Transformation av en fluorescerande taggade gen i Opportunistic svamppatogen<em&gt; Cryptococcus neoformans</em

The basidiomycete Cryptococcus neoformans, an invasive opportunistic pathogen of the central nervous system, is the most frequent cause of fungal ...