Name: building up a high-throughput screening platform to assess the heterogeneity of her2 gene amplification in breast cancers
Uploaded: 2017-12-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers at JoVE.com

وأقر هذه الدراسة "مجالس المراجعة المؤسسية" من "كاليفورنيا إيرككس" ' مؤسسة غراندا، مستشفى Policlinico، ميلانو، إيطاليا.
1-اختيار المرضى وعينات الأنسجة
<ol><li>استرداد الشرائح المحفوظات لجميع الحالات تحليلها، بما في ذلك جميع الهيماتوكسيلين المتاحة وويوزين (H & E) والشرائح المدينة من ا?...

<ol>
	<li>Allison, K. H., Dintzis, S. M., Schmidt, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+of+HER2+heterogeneity+by+fluorescence+in+situ+hybridization+according+to+CAP+expert+panel+recommendations:+time+for+a+new+look+at+how+to+report+heterogeneity.">Frequency of HER2 heterogeneity by fluorescence in situ hybridization according to CAP expert panel recommendations: time for a new look at how to report heterogeneity.</a> Am J Clin Pathol. 136 (6), 864-871 (2011).</li><li>Montemurro, F., Scaltriti, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomarkers+of+drugs+targeting+HER-family+signalling+in+cancer.">Biomarkers of drugs targeting HER-family signalling in cancer.</a> J Pathol. 232 (2), 219-229 (2014).</li><li>Wolff, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+human+epidermal+growth+factor+receptor+2+testing+in+breast+cancer:+American+Society+of+Clinical+Oncology/College+of+American+Pathologists+clinical+practice+guideline+update.">Recommendations for human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer: American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists clinical practice guideline update.</a> J Clin Oncol. 31 (31), 3997-4013 (2013).</li><li>Ng, C. K., Pemberton, H. N., Reis-Filho, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breast+cancer+intratumor+genetic+heterogeneity:+causes+and+implications.">Breast cancer intratumor genetic heterogeneity: causes and implications.</a> Expert Rev Anticancer Ther. 12 (8), 1021-1032 (2012).</li><li>Vance, G. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+heterogeneity+in+HER2+testing+in+breast+cancer:+panel+summary+and+guidelines.">Genetic heterogeneity in HER2 testing in breast cancer: panel summary and guidelines.</a> Arch Pathol Lab Med. 133 (4), 611-612 (2009).</li><li>Murthy, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+HER2/Neu+status+by+fluorescence+in+situ+hybridization+in+immunohistochemistry-equivocal+cases+of+invasive+ductal+carcinoma+and+aberrant+signal+patterns:+a+study+at+a+tertiary+cancer+center.">Assessment of HER2/Neu status by fluorescence in situ hybridization in immunohistochemistry-equivocal cases of invasive ductal carcinoma and aberrant signal patterns: a study at a tertiary cancer center.</a> Indian J Pathol Microbiol. 54 (3), 532-538 (2011).</li><li>Ohlschlegel, C., Zahel, K., Kradolfer, D., Hell, M., Jochum, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+genetic+heterogeneity+in+breast+carcinoma.">HER2 genetic heterogeneity in breast carcinoma.</a> J Clin Pathol. 64 (12), 1112-1116 (2011).</li><li>Chang, M. C., Malowany, J. I., Mazurkiewicz, J., Wood, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term='Genetic+heterogeneity'+in+HER2/neu+testing+by+fluorescence+in+situ+hybridization:+a+study+of+2,522+cases.">'Genetic heterogeneity' in HER2/neu testing by fluorescence in situ hybridization: a study of 2,522 cases.</a> Mod Pathol. 25 (5), 683-688 (2012).</li><li>Bartlett, A. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneous+HER2+gene+amplification:+impact+on+patient+outcome+and+a+clinically+relevant+definition.">Heterogeneous HER2 gene amplification: impact on patient outcome and a clinically relevant definition.</a> Am J Clin Pathol. 136 (2), 266-274 (2011).</li><li>Seol, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intratumoral+heterogeneity+of+HER2+gene+amplification+in+breast+cancer:+its+clinicopathological+significance.">Intratumoral heterogeneity of HER2 gene amplification in breast cancer: its clinicopathological significance.</a> Mod Pathol. 25 (7), 938-948 (2012).</li><li>Hanna, W. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+in+situ+hybridization+in+breast+cancer:+clinical+implications+of+polysomy+17+and+genetic+heterogeneity.">HER2 in situ hybridization in breast cancer: clinical implications of polysomy 17 and genetic heterogeneity.</a> Mod Pathol. 27 (1), 4-18 (2014).</li><li>Sanguedolce, F., Bufo, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+assessment+by+silver+in+situ+hybridization:+where+are+we+now?.">HER2 assessment by silver in situ hybridization: where are we now?.</a> Expert Rev Mol Diagn. 15 (3), 385-398 (2015).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Contrasting+Role+of+p16Ink4A+Patterns+of+Expression+in+Neuroendocrine+and+Non-Neuroendocrine+Lung+Tumors:+A+Comprehensive+Analysis+with+Clinicopathologic+and+Molecular+Correlations.">The Contrasting Role of p16Ink4A Patterns of Expression in Neuroendocrine and Non-Neuroendocrine Lung Tumors: A Comprehensive Analysis with Clinicopathologic and Molecular Correlations.</a> PLoS One. 10 (12), e0144923 (2015).</li><li>Albanghali, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Construction+of+tissue+microarrays+from+core+needle+biopsies+-+a+systematic+literature+review.">Construction of tissue microarrays from core needle biopsies - a systematic literature review.</a> Histopathology. 68 (3), 323-332 (2016).</li><li>Navani, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Manual+evaluation+of+tissue+microarrays+in+a+high-throughput+research+project:+The+contribution+of+Indian+surgical+pathology+to+the+Human+Protein+Atlas+(HPA)+project.">Manual evaluation of tissue microarrays in a high-throughput research project: The contribution of Indian surgical pathology to the Human Protein Atlas (HPA) project.</a> Proteomics. 16 (8), 1266-1270 (2016).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+in+gastric+cancer:+a+digital+image+analysis+in+pre-neoplastic,+primary+and+metastatic+lesions.">HER2 in gastric cancer: a digital image analysis in pre-neoplastic, primary and metastatic lesions.</a> Mod Pathol. 26 (6), 816-824 (2013).</li><li>Amin, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> AJCC Cancer Staging Manual. , (2017).</li><li>Lakhani, S. R., Ellis, I. O., Schnitt, S. J., Tan, P. H., van de Vijver, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> WHO Classification of Tumours of the Breast. , (2012).</li><li>Kononen, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+microarrays+for+high-throughput+molecular+profiling+of+tumor+specimens.">Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens.</a> Nat Med. 4 (7), 844-847 (1998).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+quandaries:+basaloid+adenoid+cystic+carcinoma+or+breast+cylindroma?+The+role+of+massively+parallel+sequencing.">Resolving quandaries: basaloid adenoid cystic carcinoma or breast cylindroma? The role of massively parallel sequencing.</a> Histopathology. 68 (2), 262-271 (2016).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+events+in+the+progression+of+adenoid+cystic+carcinoma+of+the+breast+to+high-grade+triple-negative+breast+cancer.">Genetic events in the progression of adenoid cystic carcinoma of the breast to high-grade triple-negative breast cancer.</a> Mod Pathol. 29 (11), 1292-1305 (2016).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recurrent+NAB2-STAT6+gene+fusions+and+oestrogen+receptor-&#945;+expression+in+pulmonary+adenofibromas.">Recurrent NAB2-STAT6 gene fusions and oestrogen receptor-&#945; expression in pulmonary adenofibromas.</a> Histopathology. 70 (6), 906-917 (2017).</li><li>Hammond, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=American+Society+of+Clinical+Oncology/College+Of+American+Pathologists+guideline+recommendations+for+immunohistochemical+testing+of+estrogen+and+progesterone+receptors+in+breast+cancer.">American Society of Clinical Oncology/College Of American Pathologists guideline recommendations for immunohistochemical testing of estrogen and progesterone receptors in breast cancer.</a> J Clin Oncol. 28 (16), 2784-2795 (2010).</li><li>Fusco, N., Bosari, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+aberrations+and+heterogeneity+in+cancers+of+the+digestive+system:+Implications+for+pathologists+and+gastroenterologists.">HER2 aberrations and heterogeneity in cancers of the digestive system: Implications for pathologists and gastroenterologists.</a> World J Gastroenterol. 22 (35), 7926-7937 (2016).</li><li>Dowsett, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+Ki67+in+breast+cancer:+recommendations+from+the+International+Ki67+in+Breast+Cancer+working+group.">Assessment of Ki67 in breast cancer: recommendations from the International Ki67 in Breast Cancer working group.</a> J Natl Cancer Inst. 103 (22), 1656-1664 (2011).</li><li>Dekker, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determining+sensitivity+and+specificity+of+HER2+testing+in+breast+cancer+using+a+tissue+micro-array+approach.">Determining sensitivity and specificity of HER2 testing in breast cancer using a tissue micro-array approach.</a> Breast Cancer Res. 14 (3), R93 (2012).</li><li>De Sio, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+MALDI-Mass+Spectrometry+Imaging+method+applicable+to+different+formalin-fixed+paraffin-embedded+human+tissues.">A MALDI-Mass Spectrometry Imaging method applicable to different formalin-fixed paraffin-embedded human tissues.</a> Mol Biosyst. 11 (6), 1507-1514 (2015).</li></ol>

هنا، نحن تفصيلية استراتيجيات مختبر لإجراء تحليلات سايش الجين HER2 والسنترومير المقابلة لها في طرفية عالية الغلة من سرطان الثدي بين المجهزة. هذا الأسلوب هو فعالة من حيث التكلفة، ويمكن أن تنفذ في معظم المختبرات لدراسة التغاير التضخيم الجين HER2 في أفواج كبيرة من الثدي السرطان استردا?...

HER2 هو بروتوونكوجيني أوفيريكسبريسيد وتضخيمه في 15-30 ٪ من سرطانات الثدي الغازية كل1،2. HER2 overexpression يتم الاستدلال بالوجود > الخلايا 10% بغشاء قوي المناعي (المدينة) تلوين (3 +)، بينما يمكن تقييم التضخيم الجيني عند نسبة HER2/السنترومير لا إيه تو أو عدد نسخ الجينات هو إيه سيكس، في فرز الأصوات في خلايا أقل 20 في الموقع التهجين (العش)3.
التغاير الوراثي داخل ورم وصفت على نطاق واسع في سرطان الثدي، كونه من مساهمين ضارة المحتملة لتقييم المؤشرات الحيوية وعلاجات الاستجابة4. وفقا لكلية الأطباء الأمريكية (CAP) تغاير HER2 موجود إذا كان يتم تضخيمه HER2 في > 5% و < % 50 من التسلل إلى ورم الخلايا5. ومن المؤسف أن الإصابة الفعلية بالتغاير HER2 المكانية في سرطان الثدي يبقى موضع جدل بين علماء ومع بعض المؤلفين الحفاظ على أن حدث نادر جداً والبعض الآخر مما يوحي بأن تصل إلى 40% من الحالات HER2 متغايرة1،5،،من67،،من89،10. وعلى الرغم من الآليات البيولوجية التي يرتكز عليها هذا الشرط لا بعد بالكامل تتضح، آثار الورم داخل HER2 التغايرية السريرية وتنبؤاتها حاسمة بالنسبة ل مرضى سرطان الثدي11.
في الآونة الأخيرة، ظهرت التقنيات الجزيئية مشرق الحقل، مثل ايش اللونية (CISH) والعش الفضي (سيش)، كوسائل موثوق بها للكشف عن تغاير HER2 في الأنسجة FFPE، مع بعض المزايا مقارنة الفلورية العش (الأسماك)12. وللأسف، لا يزال تحليل الجزء الأكبر من حالات فردية غير عملي في دراسات بحثية كبيرة الأتراب. وقد اقترح العديد من المجموعات أن مزيج هيستوتشيميستري، المدينة، والعش مع التكنولوجيات الجمعية التونسية للأمهات يمكن أن تمثل استراتيجية قيمة في دراسة سرطان علم الأحياء13،14،،من1516. مع هذا الأسلوب معتمداً على نطاق واسع، وعينات الأنسجة من مختلف المرضى يمكن تحليلها في الوقت ذاته، تقليل الأنسجة والكواشف المستخدمة، ومما يعزز تحليل موحد لمجموعة كبيرة من الحالات14. ومع ذلك، لا يوجد أية بروتوكولات متاحة متزامنة الفائق الجزيئية توصيف عينات الأنسجة المتعددة التي خضعت للتجهيز من حيث الكواشف وأوقات التثبيت، وأساليب الحفظ العاملون بهذه المحفوظات كما مختلفة كتل.
النظر إلى الآثار السريرية وتنبؤاتها للتباين المكاني HER2 في سرطان الثدي، قمنا بتطوير منصة جزيئية متكاملة لتقييم ذلك في سلسلة كبيرة من الحالات تقوم المجهزة. هنا، نحن تصور استراتيجيات معمل لتوليد وتحليل التباين داخل ورم التضخيم HER2 في طرفية عالية الغلة من سرطان الثدي عن طريق سايش. تم وضع بروتوكول التالية للأورام قياس > 5 ملم (> pT1b وفقا لعام 2017 تنم)17. لآفات أصغر، نوصي بإجراء التحليل على مقاطع المسلسل قلق. لدينا إجراء يسمح لتحليل المدينة وسيش المتزامن لسرطان الثدي يصل إلى 30، يشمل متوسط 6 مجالات متميزة (مجموعة 4-8) لكل حالة على حدة. بالإجمال، سيتم إنشاء 180 النوى الأنسجة من 1 مم في القطر، مع 500 ميكرومتر بين النوى، ومم 2 بين الشبكة والحواف لكل كتلة الجمعية التونسية للأمهات.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1127">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Surgipath Paraplast</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">39601006</td>
			<td style="width:383px;">Tissue embedding medium, 56 &#176;C melting point</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Eosin Y&#160; 1% water solution</td>
			<td style="width:328px;">Bio Optica, Milan, Italy, EU</td>
			<td style="width:120px;">510002</td>
			<td style="width:383px;">Eosin yellowish, water-soluble</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Carazzi&#8217;s hematoxylin</td>
			<td style="width:328px;">Bio Optica, Milan, Italy, EU</td>
			<td style="width:120px;">506012</td>
			<td style="width:383px;">Alum hematoxylin ripened using potassium iodate</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Diamond quality</td>
			<td style="width:328px;">Laboindustria, Arzergrande, Italy, EU</td>
			<td style="width:120px;">33533</td>
			<td style="width:383px;">26x76 mm microscope slides</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Leica CV Mount</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">14046430011</td>
			<td style="width:383px;">Mounting medium, with no monomers, based on polymers of butylmethacrylate in xylene</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:297px;">FLEX IHC microscope slides</td>
			<td style="width:328px;">Agilent Technologies (Dako),&#160; Santa Clara, CA, USA</td>
			<td style="width:120px;">K8020</td>
			<td style="width:383px;">Coated microscope slides for adhesion of FFPE for use in IHC</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:297px;">BenchMark ULTRA</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">N750-BMKU-FS</td>
			<td style="width:383px;">Slide staining system</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">CONFIRM anti-Estrogen Receptor (ER) (SP1) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-4324</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">CONFIRM anti-Progesterone Receptor (PR) (1E2) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-2223</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">CONFIRM anti-Ki-67 (30-9) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-4286</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">PATHWAY HER2 (4B5) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-4493</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">ultraView Universal DAB Detection Kit</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">760-500</td>
			<td style="width:383px;">Indirect, biotin-free system for detecting mouse IgG, mouse IgM and rabbit primary antibodies</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">INFORM HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-4422</td>
			<td rowspan="3" style="width:383px;">INFORM HER2 Dual ISH assay - Dual color in situ hybridization FDA approved automated assay for determining HER2 gene status in breast cancer patients&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ultraView Silver ISH DNP Detection Kit</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">800-098</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ultraView Red ISH DIG Detection Kit</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">800-505</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">ISH Protease 3</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-4149</td>
			<td style="width:383px;">Used in the ISH process to remove protein that surrounds the target DNA sequences of interest</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">Hematoxylin</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">760-2021</td>
			<td style="width:383px;">Modified Gill&#39;s hematoxylin counterstain reagent</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">Hematoxylin II Counterstaining</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-2208</td>
			<td style="width:383px;">Modified Meyer&#39;s hematoxylin counterstain reagent</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Bluing reagent</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">760-2037</td>
			<td style="width:383px;">Aqueous solution of buffered lithium carbonate for bluing hematoxylin stained sections on glass slides</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">HybReady</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-4409</td>
			<td style="width:383px;">Formamide-based buffer for ISH assays</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">EZ Prep (10x)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-102</td>
			<td style="width:383px;">Concentrate solution for paraffin removal from tissue samples during IHC and ISH reactions, and to dilute 1:10.</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;width:297px;">SSC Buffer (10X)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-110</td>
			<td style="width:383px;">Sodium Chloride Sodium Citrate buffer solution is used for stringency washes and to rinse slides between staining steps and provide a stable aqueous environment for the in situ hybridization reactions. Dilute 1:5.</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:297px;">ULTRA LCS</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">650-210</td>
			<td style="width:383px;">Prediluted (ready-to-use) coverslip solution used as a barrier between the aqueous reagents and the air to prevent evaporation in the IHC and ISH reactions</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Reaction Buffer (10x)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-300</td>
			<td style="width:383px;">Tris based buffer solution (pH 7.6 &#177; 0.2) to rinse slides between staining steps during IHC and ISH. Dilute 1:10.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ULTRA Cell Conditioning (ULTRA CC2)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-223</td>
			<td rowspan="2" style="width:383px;">Pretreatment steps in the processing of tissue samples during IHC and ISH. Ready to use.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ULTRA Cell Conditioning (ULTRA CC1)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-224</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">ultraView Silver Wash II</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-003</td>
			<td style="width:383px;">Ready-to-use solution to rinse slides between IHC and ISH staining steps</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Microtome</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">RM 2255</td>
			<td style="width:383px;">Automated rotary microtome</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Multistainer</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">ST 5020</td>
			<td style="width:383px;">Workstation for automated staining and coverslipping</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Minicore 1</td>
			<td style="width:328px;">Alphelys, Plaisir, France, EU</td>
			<td style="width:120px;">00-MICO-1</td>
			<td style="width:383px;">Semi-automatic arrayer for TMA contruction with TMA Designer 2 embedded software</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Aperio ScanScope CS2</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">K080254</td>
			<td style="width:383px;">Image capture device - digital pathology scanner</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tissue-Tek III Uni-Cassette</td>
			<td>Sakura Finetek Europe B.V</td>
			<td style="width:120px;">4135</td>
			<td>Cassette</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">Tissue-Tek Paraform Standard Base Mold</td>
			<td>Sakura Finetek Europe B.V</td>
			<td style="width:120px;">7055</td>
			<td>Stainless-Steel base metal mold</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

building up a high-throughput screening platform to assess the heterogeneity of her2 gene amplification in breast cancers

العلاجات الموجهة ضد مستقبلات عامل نمو البشرة البشرية 2 (HER2) قد تغيرت تغيرا جذريا النتيجة للمرضى الذين يعانون من سرطان الثدي إيجابية HER2. ومع ذلك، يعرض أقلية حالات توزيعاً غير متجانسة من الخلايا إيجابية HER2، الذي يولد التحديات السريرية الكبرى. وحتى الآن، وقد اقترحت لا بروتوكولات موحدة وموثوقة للتوصيف والتحديد الكمي ل HER2 التضخيم الجيني غير متجانسة في أفواج كبيرة. وهنا، نقدم منهجية الفائق لتقييم حالة HER2 في وقت واحد عبر مختلف المناطق الطبوغرافية من سرطانات الثدي متعددة. على وجه الخصوص، نحن لتوضيح الإجراءات المختبرية لبناء الأنسجة معزز [ميكروارس] (طرفية) تتضمن تعيين مستهدفة من الأورام. لقد تم تحسين كافة معلمات الجمعية التونسية للأمهات على وجه التحديد للفضة في الموقع التهجين (سيش) الفورمالين--الثابتة جزءا لا يتجزأ من البارافين (FFPE) أنسجة الثدي. يجب إجراء تحليل المناعي المؤشرات الحيوية التنبؤية وتنبؤاتها (أي، ER، العلاقات العامة، Ki67 و HER2) باستخدام إجراءات التشغيل الآلي. تم تنفيذ بروتوكول سايش مخصصة للسماح بتحليل الجزيئات عالية الجودة عبر الأنسجة المتعددة التي خضعت لإجراءات التثبيت وتجهيز وتخزين مختلفة. في هذه الدراسة، ونحن نقدم دليلاً لمبدأ أن تسلسل الحمض النووي معين يمكن أن يكون سرطان الثدي بين المجهزة ومترجمة في نفس الوقت في مناطق طبوغرافية متميزة متعددة باستخدام وسيلة كفؤة وفعالة من حيث التكلفة.

وعموما، 444 الثدي الغازية السرطان قد أدرجت في طرفية 15 على وجه التحديد الأمثل لتحليلات العش. بين البقع 2,664 عينات، 2,651 (99.5%) ممثلة للمناطق المحددة سابقا ولذلك تعتبر قابلة للتحاليل اللاحقة. تقرر عدم التجانس داخل الورم عن طريق المدينة وسيح، مع تركيز بوجه خاص على التوزيعات غير مت...

Watch this Scientific Journal Video about Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers at JoVE.com

Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers

التوزيع غير متجانسة من الخلايا إيجابية HER2 يمكن ملاحظتها في مجموعة فرعية سرطانات الثدي ويولد المعضلات السريرية. وهنا، نقدم بروتوكول موثوق بها وفعالة من حيث التكلفة لتحديد وقياس ومقارنة HER2 الورم داخل التغاير الوراثي في سلسلة كبيرة من سرطان الثدي بين المجهزة.

بناء منصة فرز الفائق لتقييم عدم تجانس التضخيم الجين HER2 في سرطان الثدي

Targeted therapies against the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) have radically changed the outcome of patients with HER2-positive breast ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

An In vitro Model to Study Heterogeneity of Human Macrophage Differentiation and Polarization

An In vitro Model to Study Heterogeneity of Human Macrophage Differentiation and Polarization

على<em&gt; في المختبر</em&gt; نموذج لدراسة عدم تجانس التمايز بلعم الإنسان والاستقطاب

Monocyte-derived macrophages represent an important cell type of the innate immune system. Mouse models studying macrophage biology suffer from the ...

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

فحص فينوطيبيك مجهري للقياس الكمي للبكتيريا الفطرية داخل الخلايا المكيفة للفحص عالي الإنتاجية/عالي المحتوى

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

الإنتاجية العالية للفحص واسع الطيف الكيميائية مثبطات الحمض النووي الريبي الفيروسات

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

الإنتاجية العالية جين توصيف في<em&gt; المثقبية البروسية</em

Improvements in mass spectrometry, sequencing and bioinformatics have generated large datasets of potentially interesting genes. Tagging these proteins ...

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules

ومضان القائم على الخلايا الليمفاوية الفحص مناسبة لفحص إنتاجية عالية من الجزيئات الصغيرة

High-throughput screening (HTS) is currently the mainstay for the identification of chemical entities capable of modulating biochemical reactions or ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

منصة الفائق لفحص السالمونيلا spp./دوسنتاريا spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

قياس الإنتاجية العالية من غشاء البلازما إعادة ختم الكفاءة في خلايا الثدييات

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...

A High-throughput Assay to Assess and Quantify Neutrophil Extracellular Trap Formation

مقايسة الفائق تقييم وتقدير حجم تشكيل العَدلات فخ خارج الخلية

Neutrophil extracellular traps (NETs) are immunogenic extracellular DNA structures that can be released by neutrophils upon a wide variety of triggers. ...

High-throughput Screening of Chemical Compounds to Elucidate Their Effects on Bacterial Persistence

فحص عالي الإنتاجية للمركبات الكيميائية لتوضيح آثارها على الثبات البكتيري

Bacterial persisters are defined as a small subpopulation of phenotypic variants with the capability of tolerating high concentrations of antibiotics. ...

High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

تحليل النسخ عالي الإنتاجية للتحقيق في التفاعلات بين المضيف ومسببات الأمراض

Pathogens can cause a wide variety of infectious diseases. The biological processes induced by the host in response to infection determine the severity of ...