Name: building up a high-throughput screening platform to assess the heterogeneity of her2 gene amplification in breast cancers
Uploaded: 2017-12-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers at JoVE.com

Cette étude a été approuvée par le Conseil de révision institutionnelle de IRCCS Ca' Granda Foundation, l’hôpital Policlinico, Milan, Italie.
1. sélection des Patients et des échantillons de tissus
<ol><li>Récupérer les slides d’archivage de tous les cas à analyser, y compris toutes les disponible hématoxyline et éosine (H & E) IHC diapositives depuis le diagnostic initial et, le cas échéant, un H & E d’égalé le tissu mammaire non néoplasiques (p. ex., marge ...

<ol>
	<li>Allison, K. H., Dintzis, S. M., Schmidt, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency+of+HER2+heterogeneity+by+fluorescence+in+situ+hybridization+according+to+CAP+expert+panel+recommendations:+time+for+a+new+look+at+how+to+report+heterogeneity.">Frequency of HER2 heterogeneity by fluorescence in situ hybridization according to CAP expert panel recommendations: time for a new look at how to report heterogeneity.</a> Am J Clin Pathol. 136 (6), 864-871 (2011).</li><li>Montemurro, F., Scaltriti, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomarkers+of+drugs+targeting+HER-family+signalling+in+cancer.">Biomarkers of drugs targeting HER-family signalling in cancer.</a> J Pathol. 232 (2), 219-229 (2014).</li><li>Wolff, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+human+epidermal+growth+factor+receptor+2+testing+in+breast+cancer:+American+Society+of+Clinical+Oncology/College+of+American+Pathologists+clinical+practice+guideline+update.">Recommendations for human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer: American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists clinical practice guideline update.</a> J Clin Oncol. 31 (31), 3997-4013 (2013).</li><li>Ng, C. K., Pemberton, H. N., Reis-Filho, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breast+cancer+intratumor+genetic+heterogeneity:+causes+and+implications.">Breast cancer intratumor genetic heterogeneity: causes and implications.</a> Expert Rev Anticancer Ther. 12 (8), 1021-1032 (2012).</li><li>Vance, G. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+heterogeneity+in+HER2+testing+in+breast+cancer:+panel+summary+and+guidelines.">Genetic heterogeneity in HER2 testing in breast cancer: panel summary and guidelines.</a> Arch Pathol Lab Med. 133 (4), 611-612 (2009).</li><li>Murthy, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+HER2/Neu+status+by+fluorescence+in+situ+hybridization+in+immunohistochemistry-equivocal+cases+of+invasive+ductal+carcinoma+and+aberrant+signal+patterns:+a+study+at+a+tertiary+cancer+center.">Assessment of HER2/Neu status by fluorescence in situ hybridization in immunohistochemistry-equivocal cases of invasive ductal carcinoma and aberrant signal patterns: a study at a tertiary cancer center.</a> Indian J Pathol Microbiol. 54 (3), 532-538 (2011).</li><li>Ohlschlegel, C., Zahel, K., Kradolfer, D., Hell, M., Jochum, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+genetic+heterogeneity+in+breast+carcinoma.">HER2 genetic heterogeneity in breast carcinoma.</a> J Clin Pathol. 64 (12), 1112-1116 (2011).</li><li>Chang, M. C., Malowany, J. I., Mazurkiewicz, J., Wood, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term='Genetic+heterogeneity'+in+HER2/neu+testing+by+fluorescence+in+situ+hybridization:+a+study+of+2,522+cases.">'Genetic heterogeneity' in HER2/neu testing by fluorescence in situ hybridization: a study of 2,522 cases.</a> Mod Pathol. 25 (5), 683-688 (2012).</li><li>Bartlett, A. 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M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+in+situ+hybridization+in+breast+cancer:+clinical+implications+of+polysomy+17+and+genetic+heterogeneity.">HER2 in situ hybridization in breast cancer: clinical implications of polysomy 17 and genetic heterogeneity.</a> Mod Pathol. 27 (1), 4-18 (2014).</li><li>Sanguedolce, F., Bufo, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+assessment+by+silver+in+situ+hybridization:+where+are+we+now?.">HER2 assessment by silver in situ hybridization: where are we now?.</a> Expert Rev Mol Diagn. 15 (3), 385-398 (2015).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Contrasting+Role+of+p16Ink4A+Patterns+of+Expression+in+Neuroendocrine+and+Non-Neuroendocrine+Lung+Tumors:+A+Comprehensive+Analysis+with+Clinicopathologic+and+Molecular+Correlations.">The Contrasting Role of p16Ink4A Patterns of Expression in Neuroendocrine and Non-Neuroendocrine Lung Tumors: A Comprehensive Analysis with Clinicopathologic and Molecular Correlations.</a> PLoS One. 10 (12), e0144923 (2015).</li><li>Albanghali, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Construction+of+tissue+microarrays+from+core+needle+biopsies+-+a+systematic+literature+review.">Construction of tissue microarrays from core needle biopsies - a systematic literature review.</a> Histopathology. 68 (3), 323-332 (2016).</li><li>Navani, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Manual+evaluation+of+tissue+microarrays+in+a+high-throughput+research+project:+The+contribution+of+Indian+surgical+pathology+to+the+Human+Protein+Atlas+(HPA)+project.">Manual evaluation of tissue microarrays in a high-throughput research project: The contribution of Indian surgical pathology to the Human Protein Atlas (HPA) project.</a> Proteomics. 16 (8), 1266-1270 (2016).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+in+gastric+cancer:+a+digital+image+analysis+in+pre-neoplastic,+primary+and+metastatic+lesions.">HER2 in gastric cancer: a digital image analysis in pre-neoplastic, primary and metastatic lesions.</a> Mod Pathol. 26 (6), 816-824 (2013).</li><li>Amin, M. 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The role of massively parallel sequencing.</a> Histopathology. 68 (2), 262-271 (2016).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+events+in+the+progression+of+adenoid+cystic+carcinoma+of+the+breast+to+high-grade+triple-negative+breast+cancer.">Genetic events in the progression of adenoid cystic carcinoma of the breast to high-grade triple-negative breast cancer.</a> Mod Pathol. 29 (11), 1292-1305 (2016).</li><li>Fusco, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recurrent+NAB2-STAT6+gene+fusions+and+oestrogen+receptor-&#945;+expression+in+pulmonary+adenofibromas.">Recurrent NAB2-STAT6 gene fusions and oestrogen receptor-&#945; expression in pulmonary adenofibromas.</a> Histopathology. 70 (6), 906-917 (2017).</li><li>Hammond, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=American+Society+of+Clinical+Oncology/College+Of+American+Pathologists+guideline+recommendations+for+immunohistochemical+testing+of+estrogen+and+progesterone+receptors+in+breast+cancer.">American Society of Clinical Oncology/College Of American Pathologists guideline recommendations for immunohistochemical testing of estrogen and progesterone receptors in breast cancer.</a> J Clin Oncol. 28 (16), 2784-2795 (2010).</li><li>Fusco, N., Bosari, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HER2+aberrations+and+heterogeneity+in+cancers+of+the+digestive+system:+Implications+for+pathologists+and+gastroenterologists.">HER2 aberrations and heterogeneity in cancers of the digestive system: Implications for pathologists and gastroenterologists.</a> World J Gastroenterol. 22 (35), 7926-7937 (2016).</li><li>Dowsett, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+Ki67+in+breast+cancer:+recommendations+from+the+International+Ki67+in+Breast+Cancer+working+group.">Assessment of Ki67 in breast cancer: recommendations from the International Ki67 in Breast Cancer working group.</a> J Natl Cancer Inst. 103 (22), 1656-1664 (2011).</li><li>Dekker, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determining+sensitivity+and+specificity+of+HER2+testing+in+breast+cancer+using+a+tissue+micro-array+approach.">Determining sensitivity and specificity of HER2 testing in breast cancer using a tissue micro-array approach.</a> Breast Cancer Res. 14 (3), R93 (2012).</li><li>De Sio, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+MALDI-Mass+Spectrometry+Imaging+method+applicable+to+different+formalin-fixed+paraffin-embedded+human+tissues.">A MALDI-Mass Spectrometry Imaging method applicable to different formalin-fixed paraffin-embedded human tissues.</a> Mol Biosyst. 11 (6), 1507-1514 (2015).</li></ol>

Ici, nous avons détaillé les stratégies de laboratoire pour effectuer les analyses SISH du gène HER2 et son centromère correspondante dans la TMA de rendement élevé des cancers du sein traités de façon hétérogène. Cette méthode est rentable et peut être effectuée dans la plupart des laboratoires pour l’étude de l’hétérogénéité amplification du gène HER2 dans des cohortes des archives de pathologie du sein Cancer Récupérée forme.
En raison de l’i...

HER2 est un proto-oncogène qui est surexprimé et amplifié dans 15 à 30 % de tous les invasive breast cancer1,2. La surexpression de HER2 est déduite par la présence de > 10 % des cellules avec membrane forte immunohistochimie (IHC) coloration (3 +), tandis que l’amplification de gène peut être évaluée lorsque le ratio de HER2/centromère est ≥ 2 ou que le nombre de copies du gène est ≥6, sur le comptage au moins 20 cellules par in situ hybridation (ISH)3.
Une hétérogénéité génétique intra-tumeur a été largement décrite dans les cancers du sein, étant un contributeur néfastes à l’évaluation de biomarqueurs et traitements réponse4. Selon le College of American Pathologists (CAP), hétérogénéité HER2 existe si HER2 est amplifié chez > 5 % et < 50 % d’infiltration tumorale sériés5. Malheureusement, l’incidence réelle de l’hétérogénéité spatiale HER2 dans les cancers du sein reste un sujet de controverse entre les pathologistes, avec certains auteurs soutenant que c’est un événement extrêmement rare, et d’autres suggérant que jusqu'à 40 % des cas sont HER2-hétérogènes1,5,6,7,8,9,10. Malgré les mécanismes biologiques qui sous-tendent cette condition sont pas encore totalement clarifiées, les effets cliniques et pronostiques de l’hétérogénéité intra-tumeurs HER2 sont cruciales pour breast cancer patients11.
Récemment, lumineux-zone des techniques moléculaires, comme chromogène ISH (CISH) et argent ISH (SISH), étaient devenus des méthodes fiables pour détecter les HER2 hétérogénéité dans les tissus FFIP, avec quelques avantages par rapport aux fluorescents ISH (poisson)12. Malheureusement, l’analyse en vrac des cas unique reste impraticable dans les études de cohorte importante. Plusieurs groupes ont suggéré que la combinaison d’histochimie, IHC et ISH avec technologies TMA pourrait constituer une stratégie utile dans l’étude du cancer biology13,14,15,16. Avec cette méthode largement adoptée, des échantillons de tissus provenant de patients différents peuvent être analysés en même temps, réduisant au minimum le tissu et les réactifs utilisés et favorisant ainsi l’analyse uniforme d’une grande série de cas14. Cependant, aucun des protocoles ne sont disponibles pour la caractérisation moléculaire simultanée de haut débit de plusieurs échantillons de tissus qui a subi une transformation différente en termes de réactifs, temps de fixation et des méthodes de conservation indépendants, par exemple sous le nom d’archives pâtés de maisons.
Étant donné les implications pronostiques et cliniques de l’hétérogénéité spatiale HER2 dans les cancers du sein, nous avons développé une plateforme intégrée moléculaire pour évaluer en grande série de cas hétérogène transformés. Ici, nous dépeindre les stratégies de laboratoire pour générer et analyser l’hétérogénéité intra-tumorale de HER2 amplification dans la TMA de rendement élevé de cancer du sein au moyen de l'ES. Le protocole suivant a été développé pour les tumeurs mesurant > 5 mm (> pT1b selon la classification TNM 2017)17. Pour les lésions plus petites, nous recommandons de procéder l’analyse sur des coupes sériées intégral. Notre procédure permet l’analyse simultanée d’IHC et recueillent des jusqu'à 30 cancers du sein, qui englobe une moyenne de 6 zones distinctes (intervalle de 4 à 8) pour chaque cas. Au total, 180 carottes de tissu de 1 mm de diamètre, avec 500 µm entre les noyaux et de 2 mm entre la grille et les bords seront générés pour chaque bloc TMA.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1127">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Surgipath Paraplast</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">39601006</td>
			<td style="width:383px;">Tissue embedding medium, 56 &#176;C melting point</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Eosin Y&#160; 1% water solution</td>
			<td style="width:328px;">Bio Optica, Milan, Italy, EU</td>
			<td style="width:120px;">510002</td>
			<td style="width:383px;">Eosin yellowish, water-soluble</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Carazzi&#8217;s hematoxylin</td>
			<td style="width:328px;">Bio Optica, Milan, Italy, EU</td>
			<td style="width:120px;">506012</td>
			<td style="width:383px;">Alum hematoxylin ripened using potassium iodate</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Diamond quality</td>
			<td style="width:328px;">Laboindustria, Arzergrande, Italy, EU</td>
			<td style="width:120px;">33533</td>
			<td style="width:383px;">26x76 mm microscope slides</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Leica CV Mount</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">14046430011</td>
			<td style="width:383px;">Mounting medium, with no monomers, based on polymers of butylmethacrylate in xylene</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:297px;">FLEX IHC microscope slides</td>
			<td style="width:328px;">Agilent Technologies (Dako),&#160; Santa Clara, CA, USA</td>
			<td style="width:120px;">K8020</td>
			<td style="width:383px;">Coated microscope slides for adhesion of FFPE for use in IHC</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:297px;">BenchMark ULTRA</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">N750-BMKU-FS</td>
			<td style="width:383px;">Slide staining system</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">CONFIRM anti-Estrogen Receptor (ER) (SP1) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-4324</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">CONFIRM anti-Progesterone Receptor (PR) (1E2) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-2223</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">CONFIRM anti-Ki-67 (30-9) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-4286</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">PATHWAY HER2 (4B5) Rabbit Monoclonal Primary Antibody</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-4493</td>
			<td style="width:383px;">Primary antibody, ready-to-use</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">ultraView Universal DAB Detection Kit</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">760-500</td>
			<td style="width:383px;">Indirect, biotin-free system for detecting mouse IgG, mouse IgM and rabbit primary antibodies</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">INFORM HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-4422</td>
			<td rowspan="3" style="width:383px;">INFORM HER2 Dual ISH assay - Dual color in situ hybridization FDA approved automated assay for determining HER2 gene status in breast cancer patients&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ultraView Silver ISH DNP Detection Kit</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">800-098</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ultraView Red ISH DIG Detection Kit</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">800-505</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">ISH Protease 3</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-4149</td>
			<td style="width:383px;">Used in the ISH process to remove protein that surrounds the target DNA sequences of interest</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">Hematoxylin</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">760-2021</td>
			<td style="width:383px;">Modified Gill&#39;s hematoxylin counterstain reagent</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">Hematoxylin II Counterstaining</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">790-2208</td>
			<td style="width:383px;">Modified Meyer&#39;s hematoxylin counterstain reagent</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Bluing reagent</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">760-2037</td>
			<td style="width:383px;">Aqueous solution of buffered lithium carbonate for bluing hematoxylin stained sections on glass slides</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">HybReady</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-4409</td>
			<td style="width:383px;">Formamide-based buffer for ISH assays</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">EZ Prep (10x)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-102</td>
			<td style="width:383px;">Concentrate solution for paraffin removal from tissue samples during IHC and ISH reactions, and to dilute 1:10.</td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;width:297px;">SSC Buffer (10X)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-110</td>
			<td style="width:383px;">Sodium Chloride Sodium Citrate buffer solution is used for stringency washes and to rinse slides between staining steps and provide a stable aqueous environment for the in situ hybridization reactions. Dilute 1:5.</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:297px;">ULTRA LCS</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">650-210</td>
			<td style="width:383px;">Prediluted (ready-to-use) coverslip solution used as a barrier between the aqueous reagents and the air to prevent evaporation in the IHC and ISH reactions</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Reaction Buffer (10x)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-300</td>
			<td style="width:383px;">Tris based buffer solution (pH 7.6 &#177; 0.2) to rinse slides between staining steps during IHC and ISH. Dilute 1:10.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ULTRA Cell Conditioning (ULTRA CC2)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-223</td>
			<td rowspan="2" style="width:383px;">Pretreatment steps in the processing of tissue samples during IHC and ISH. Ready to use.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">ULTRA Cell Conditioning (ULTRA CC1)</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">950-224</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">ultraView Silver Wash II</td>
			<td style="width:328px;">Ventana medical system, Tucson, AZ, USA</td>
			<td style="width:120px;">780-003</td>
			<td style="width:383px;">Ready-to-use solution to rinse slides between IHC and ISH staining steps</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Microtome</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">RM 2255</td>
			<td style="width:383px;">Automated rotary microtome</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Multistainer</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">ST 5020</td>
			<td style="width:383px;">Workstation for automated staining and coverslipping</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:297px;">Minicore 1</td>
			<td style="width:328px;">Alphelys, Plaisir, France, EU</td>
			<td style="width:120px;">00-MICO-1</td>
			<td style="width:383px;">Semi-automatic arrayer for TMA contruction with TMA Designer 2 embedded software</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:297px;">Aperio ScanScope CS2</td>
			<td style="width:328px;">Leica Biosystems, Wetzlar, Germany, EU</td>
			<td style="width:120px;">K080254</td>
			<td style="width:383px;">Image capture device - digital pathology scanner</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tissue-Tek III Uni-Cassette</td>
			<td>Sakura Finetek Europe B.V</td>
			<td style="width:120px;">4135</td>
			<td>Cassette</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:297px;">Tissue-Tek Paraform Standard Base Mold</td>
			<td>Sakura Finetek Europe B.V</td>
			<td style="width:120px;">7055</td>
			<td>Stainless-Steel base metal mold</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

building up a high-throughput screening platform to assess the heterogeneity of her2 gene amplification in breast cancers

Des thérapies ciblées contre le récepteur de facteur de croissance épidermique humain (HER2) de 2 ont changé radicalement les résultats des patients atteints de cancers du sein HER2-positif. Cependant, une minorité de cas affiche une distribution hétérogène de cellules HER2-positif, qui génère des défis cliniques majeurs. A ce jour, aucun protocole fiable et standardisé pour la caractérisation et la quantification des hétérogène amplification de gène HER2 dans des cohortes n’ont été proposées. Nous présentons ici une méthode de haut débit afin d’évaluer en même temps le statut HER2 dans différentes zones topographiques de plusieurs cancers du sein. En particulier, nous illustrons la procédure de laboratoire pour construire des microarrays de tissu amélioré (TMA) incorporant un mappage ciblé des tumeurs. Tous les paramètres TMA ont été spécialement optimisés pour l’hybridation d’argent in situ (SISH) fixés au formol les tissus mammaires (FFIP) inclus en paraffine. L’analyse immunohistochimique des biomarqueurs pronostiques et prédictifs (c.-à-d., ER, PR, Ki67 et HER2) doit être effectuée à l’aide de procédures automatisées. Un protocole SISH personnalisé a été appliqué pour permettre une analyse moléculaire de haute qualité à travers de nombreux tissus qui ont subi des procédures de fixation, de traitement et de stockage différentes. Dans cette étude, nous fournissons une preuve du principe que les séquences d’ADN spécifiques pourraient être cancers mammaires simultanément localisées dans des zones distinctes de topographiques de multiple et hétérogène transformés à l’aide d’une méthode efficace et rentable.

Au total, 444 du sein envahissant les cancers ont été incorporées au 15 TMAs spécialement optimisés pour les analyses de l’ISH. Parmi les 2 664 points échantillonnés, 2 651 (99,5 %) étaient représentatifs des domaines précédemment sélectionnés et donc considérés comme propices pour les analyses suivantes. L’hétérogénéité intra-tumeur a été déterminée par IHC et SIH, avec un accent particulier sur la répartition hétérogène de clones de HER2-positif dans les ...

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Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers

Une distribution hétérogène de cellules HER2-positif peut être observée dans un sous-ensemble des cancers du sein et génère des dilemmes cliniques. Ici, nous introduisons un protocole fiable et rentable pour définir, quantifier et comparer HER2 une hétérogénéité génétique intra-tumeur dans une grande série de cancers du sein traités de façon hétérogène.

Mise en place d’une plateforme de criblage à haut débit afin d’évaluer l’hétérogénéité d’Amplification de gène HER2 dans les Cancers du sein

Targeted therapies against the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) have radically changed the outcome of patients with HER2-positive breast ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

An In vitro Model to Study Heterogeneity of Human Macrophage Differentiation and Polarization

An In vitro Model to Study Heterogeneity of Human Macrophage Differentiation and Polarization

Une<em&gt; In vitro</em&gt; Modèle pour étudier l&#39;hétérogénéité de la différenciation des macrophages humains et de la polarisation

Monocyte-derived macrophages represent an important cell type of the innate immune system. Mouse models studying macrophage biology suffer from the ...

Recherche

Immunologie et infection

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

Un test phénotypique microscopique pour la quantification des mycobactéries intracellulaires adaptées au criblage à haut débit /haute teneur

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

Criblage à haut débit pour à large spectre inhibiteurs chimiques de l&#39;ARN virus

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

Haut-débit Gene Tagging dans<em&gt; Trypanosoma brucei</em

Improvements in mass spectrometry, sequencing and bioinformatics have generated large datasets of potentially interesting genes. Tagging these proteins ...

A Fluorescence-based Lymphocyte Assay Suitable for High-throughput Screening of Small Molecules

A base Fluorescence-lymphocytaire Assay Convient pour Criblage à haut débit des petites molécules

High-throughput screening (HTS) is currently the mainstay for the identification of chemical entities capable of modulating biochemical reactions or ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Une plate-forme haut débit pour la détection de Salmonella spp /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

Haut débit mesure de Membrane plasmique réapposition de sceau sur l’efficacité des cellules de mammifères

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...

A High-throughput Assay to Assess and Quantify Neutrophil Extracellular Trap Formation

Un test haut débit pour évaluer et quantifier les neutrophiles piège extracellulaire Formation

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High-throughput Screening of Chemical Compounds to Elucidate Their Effects on Bacterial Persistence

Criblage à haut débit des composés chimiques pour élucider leurs effets sur la persistance bactérienne

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High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

Analyse du transcriptome à haut débit pour l’étude des interactions hôte-pathogène

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