Name: using crispr/cas9 gene editing to investigate the oncogenic activity of mutant calreticulin in cytokine dependent hematopoietic cells
Uploaded: 2018-01-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Using CRISPR/Cas9 Gene Editing to Investigate the Oncogenic Activity of Mutant Calreticulin in Cytokine Dependent Hematopoietic Cells at JoVE.com

עבודה זו נתמכה על ידי NIH (R01HL131835), פרס החוקר הקליני דיימון ראניון. האיחוד סרטן סטאר.

1. sgRNA עיצוב באמצעות כלים מקוונים13
<ol><li>
עיצוב sgRNAs מיקוד הגן עניין באמצעות כלי מקוון זמינה בחופשיות.
	<ol>
<li>העתק והדבק את רצף ההתייחסות NCBI הגן עניין בכלי אינטרנט מעצבים במכון sgRNA: (http://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design). הערה: כלי זה מזהה רצפי sgRNA עם מחשוף אתרי בתוך exons,...

<ol>
	<li>DeWitt, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selection-free+genome+editing+of+the+sickle+mutation+in+human+adult+hematopoietic+stem/progenitor+cells.">Selection-free genome editing of the sickle mutation in human adult hematopoietic stem/progenitor cells.</a> Sci Trans Med. 8, 360 (2016).</li><li>Sander, J. D., Joung, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR-Cas+systems+for+editing,+regulating+and+targeting+genomes.">CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes.</a> Nat Biotechnol. 4, 347-355 (2014).</li><li>Gaj, T., Gerbach, C. A., Barbas, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ZFN,+TALEN,+CRISPR/Cas-based+methods+for+genome+engineering.">ZFN, TALEN, CRISPR/Cas-based methods for genome engineering.</a> Trends Biotechnol. 31 (7), 397-405 (2013).</li><li>Jinek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+programmable+dual-RNA-guided+DNA+endonuclease+in+adaptive+bacterial+immunity.">A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity.</a> Science. 337 (6096), 816-821 (2012).</li><li>Wiedenheft, B., Samuel, S. H., Doudna, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-guided+genetic+silencing+systems+in+bacteria+and+archea.">RNA-guided genetic silencing systems in bacteria and archea.</a> Nature. 482 (7385), 331-338 (2012).</li><li>Slaymaker, I. M., Gao, L., Zetsche, B., Scott, D. A., Yan, W. X., Zhang, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rationally+engineered+Cas9+nucleases+with+improved+specificity.">Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity.</a> Science. 351 (6268), 84-88 (2016).</li><li>Ran, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Double+nicking+by+RNA-guided+CRISPR+Cas9+for+enhanced+genome+editing+specificity.">Double nicking by RNA-guided CRISPR Cas9 for enhanced genome editing specificity.</a> Cell. 154 (6), 1380-1389 (2013).</li><li>Larson, M. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR+interference+(CRISPRi)+for+sequence-specific+control+of+gene+expression.">CRISPR interference (CRISPRi) for sequence-specific control of gene expression.</a> Nat Protoc. 8 (11), 2180-2196 (2013).</li><li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One-step+generation+of+mice+carrying+reporter+and+conditional+alleles+by+CRISPR/Cas-mediated+genome+engineering.">One-step generation of mice carrying reporter and conditional alleles by CRISPR/Cas-mediated genome engineering.</a> Cell. 153 (4), 910-918 (2013).</li><li>Kim, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR/Cas9-mediated+Gene-knockout+screens+and+target+identification+via+Whole+genome+sequencing+uncover+host+genes+required+for+picornavirus+infection.">CRISPR/Cas9-mediated Gene-knockout screens and target identification via Whole genome sequencing uncover host genes required for picornavirus infection.</a> J Biol Chem. 10, 1074 (2017).</li><li>Heckl, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generation+of+mouse+models+of+myeloid+malignancies+with+combinatorial+genetic+lesions+using+CRISPR-Cas9+genome+editing.">Generation of mouse models of myeloid malignancies with combinatorial genetic lesions using CRISPR-Cas9 genome editing.</a> Nat Biotechnol. 32 (9), 941-946 (2014).</li><li>Daley, G. Q., Baltimore, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transformation+of+an+interleukin+3-dependent+hematopoietic+cell+line+by+the+chronic+myelogenous+leukemia-specific+bcr/abl+protein.">Transformation of an interleukin 3-dependent hematopoietic cell line by the chronic myelogenous leukemia-specific bcr/abl protein.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 85, 9312-9316 (1988).</li><li>Ran, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+engineering+using+the+CRISPR-Cas9+system.">Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system.</a> Nat Protoc. 8 (11), 2281-2308 (2013).</li><li>Haeussler, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+off-target+and+on-target+scoring+algorithms+and+integration+into+the+guide+RNA+selection+tool+CRISPOR.">Evaluation of off-target and on-target scoring algorithms and integration into the guide RNA selection tool CRISPOR.</a> Genome Biol. 17, 148 (2016).</li><li>Doench, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rational+design+of+highly+active+sgRNAs+for+CRISPR-Cas9-mediated+gene+inactivation.">Rational design of highly active sgRNAs for CRISPR-Cas9-mediated gene inactivation.</a> Nat Biotechnol. 32, 1262-1267 (2014).</li><li>Brinkman, E. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Easy+quantitative+assessment+of+genome+editing+by+sequence+trace+decomposition.">Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition.</a> Nucl Acid Res. 42, e168 (2014).</li><li>Klampfl, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Somatic+mutations+of+calreticulin+in+myeloproliferative+neoplasms.">Somatic mutations of calreticulin in myeloproliferative neoplasms.</a> N Engl J Med. 369, 2379-2390 (2013).</li><li>Nangalia, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Somatic+CALR+mutations+in+myeloproliferative+neoplasms+with+nonmutated+JAK2.">Somatic CALR mutations in myeloproliferative neoplasms with nonmutated JAK2.</a> N Engl J Med. 369, 2391-2405 (2013).</li><li>Elf, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutant+Calreticulin+requires+both+its+mutant+C-terminus+and+the+thrombopoietin+receptor+for+oncogenic+transformation.">Mutant Calreticulin requires both its mutant C-terminus and the thrombopoietin receptor for oncogenic transformation.</a> Cancer Discovery. 6 (4), 368-381 (2016).</li><li>Bauer, D. E., Canver, M. C., Orkin, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generation+of+Genomic+Deletions+in+Mammalian+Cell+lines+via+CRISPR/Cas9.">Generation of Genomic Deletions in Mammalian Cell lines via CRISPR/Cas9.</a> J. Vis. Exp. (95), e52118 (2015).</li><li>Watanabe-Smith, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+acquired+mutations+in+transgenes+arising+in+Ba/F3+transformation+assays:+findings+and+recommendations.">Analysis of acquired mutations in transgenes arising in Ba/F3 transformation assays: findings and recommendations.</a> Oncotarget. 8, 12596-12606 (2017).</li><li>Fu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+CRISPR-Cas+nuclease+specificity+using+truncated+guide+RNAs.">Improving CRISPR-Cas nuclease specificity using truncated guide RNAs.</a> NatBiotechnol. 32, 279-284 (2014).</li></ol>

כאן אנחנו מדגימים את השימוש CRISPR/Cas9 ג'ין עריכה כדי לחקור את תפקוד ביולוגי CALR מוטציות בתאים hematopoietic. ההצלחה של פרוטוקול זה תלויה מאוד גורמים רבים. ראשית, חשוב לדעת אילו סוגים של מוטציות עשויים להיות אחראים פנוטיפ רצויה. פרוטוקול זה, המדידה הוא הטרנספורמציה של תאים Ba/F3 לעצמאות mIL-3, סוגי מוט...

CRISPR/Cas9 טכנולוגיה יש מהפכה לאחרונה הגנום יישוב עריכה בתוך תאים חיים ואורגניזמים. זה הפך להיות כלי רב עוצמה עבור המחקר הביו-רפואי, כעת להיות מנוצל כמו שדרה פוטנציאל לטיפול של מחלות גנטיות1. הבסיס של כל הגנום כלי עריכה מסתמך על בריאת הנוצרות על-ידי נוקלאז DNA כפול נטושים הפסקה (DSB)-מיקומה גנומית כדי להיות שונה. DSBs אפשר לתקן על ידי שאינם הומולוגיים סוף-הצטרפות (NHEJ) או תיקון מכוון הומולוגיה (HDR)2,3. היתרון של נוקלאז Cas9 על פני אחרים הגנום הנדסה nucleases, כגון אבץ אצבע nucleases (ZFNs), nucleases אפקטור כמו מפעיל שעתוק (TALENs) הוא תלותה RNA הכוונת של נוקלאז לרצף DNA הרצוי, בהשוואה כדי אינטראקציות חלבון-DNA שנמצאו ZFNs ו TALENs2,3.
לאחר הגילוי של הנתיב נוקלאז CRISPR/Cas9 כמו מערכת חיסונית אדפטיבית תאים prokaryotic4,5, מאמץ הושקעה התאמת מסלול לשימוש שורות תאים בתרבית של מודל אורגניזמים2, 3. ככלי לעריכה ג'ין, מסלול CRISPR/Cas9 מנצל שני רכיבים מרכזיים: הפישחה ינפל תומימת סטרפטוקוקוס (Sp) נגזר נוקלאז Cas9 ו- sgRNAs מיקוד הגן של הריבית2,3. SgRNA מורכב נוקלאוטידים 20 את Cas9 ישירות למקום ספציפי על הגנום באמצעות ה-RNA-DNA זוג בסיסים משלימים את החסר2,3. אתר היעד של sgRNA חייב לשקר סמוכים לאתר מוטיב סמוכים (פאם) protospacer בצורה של 5' הגולה, אשר הוכר על ידי נוקלאז SpCas9. עם כלים אלה, Cas9 ויכולה להיות מכוונת לסייע כל רצף ה-DNA על-ידי עיצוב sgRNAs את המטרה האזור של ריבית. בנוסף ל Sp נגזר Cas9, יש גירסאות נוספות עבור Cas9 עם תכונות שונות בהתאם ליישום מסוים. לדוגמה, ישנן גרסאות Cas9 עם הם ברמת פירוט גבוהה לעריכה--יעד או יכולת המחשוף יחיד-גדיל DNA חותך6,7. יתר על כן, Cas9 catalytically לא פעיל לאחרונה פותחה עבור גנים ברמת השעתוק תקנה8. מדענים עכשיו להשתמש במערכת CRISPR/Cas9 עבור מגוון של יישומים, כגון גן knockin נוקאאוט ללמוד על תפקודים ביולוגיים של גנים9, אובדן-של-פונקציה ורווח-של-פונקציה ספריית מסכי10 ותעשיה הנדסה של אורגניזמים דגם11.
ב פרוטוקול זה, אנו משלבים את המתודולוגיה CRISPR/Cas9 עם וזמינותו טרנספורמציה הסלולר Ba/F3 כדי להבין את התפקוד הביולוגי של מוטציות CALR . Ba/F3 תאים הם קו מהתא hematopoietic IL-3 מאתר יכולה לבצע רינדור של IL-3 עצמאית על ביטוי של oncogenes מסוימים כגון BCR-ABL12. על מנת להבין אם המוטציה calreticulin יכול להפוך תאים Ba/F3 לצמיחה עצמאית ציטוקין, אנו ממוקד אקסון 9 של מיקומה Calr אנדוגני באמצעות CRISPR/Cas9 להציג ויאסין מוטציות, ואז נסוגו IL-3 מן התאים כדי להחיל לחץ חיובי הבחירה, עם המטרה של recapitulating רווח-של-פונקציה CALR מוטציות נמצאו בחולים MPN. הפרוטוקול כולל של עיצוב, שיבוט, משלוח של sgRNAs, התפתחותם של תאים לביטוי יציב של Cas9, הקרנה של CRISPR--יעד ג'ין עריכה. פרוטוקול זה ניתן להחיל על גנים שונים וקווים תא תלויי-ציטוקינים שונים של עניין, והוא יקר במיוחד ב דוגמנות ולימוד הפונקציה הביולוגי של גנים המעורבים ב סרטן.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>BsmBI</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R0580L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blasticidin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>15025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Puromycin</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>A1113803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stbl3 cells</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>C737303</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TransIT-LT1</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>MIR2300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Opti-MEM</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>51985034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RPMI</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>MT10040CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>10-017-CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum (FBS)</td>
			<td>Omega Scientific</td>
			<td>FB-11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin/streptomycin/L-glutamine</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>10378016</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>mIL-3</td>
			<td>Peprotech</td>
			<td>213-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>psPAX2</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pCMV-VSV-G</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pLX_TRC311-Cas9</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>polybrene</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>H9268</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pXPR-011</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Genessee Scientific</td>
			<td>25-507</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TAE buffer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>FERB49</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LentiGuide-Puro</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>Plasmid #52963</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PNK</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR purification kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Miniprep kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>27104</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

using crispr/cas9 gene editing to investigate the oncogenic activity of mutant calreticulin in cytokine dependent hematopoietic cells

באשכולות interspaced בקביעות קצר palindromic חזרה (CRISPR) היא מערכת חסינות מסתגלת ב אאוקריוטים, כי יש כבר לשנות את ייעודו על ידי מדענים לייצר nucleases מונחה RNA, כגון CRISPR-הקשורים (Ca) 9 עבור גנום האיקריוטים בייעודי לאתר עריכה. הנדסה הגנום על ידי Cas9 משמש לשינוי ביעילות, בקלות, robustly גנים אנדוגני שורות תאים בתרבית של רלוונטיות biomedically ואורגניזמים רבים. הנה אנחנו מראים כיצד לנצל את המתודולוגיה CRISPR/Cas9 להבין את התפקוד הביולוגי של מוטציות גנטיות מסוימות. אנחנו מודל calreticulin (CALR) מוטציות בתאים מאתר אינטרלוקין-3 (mIL-3) התלויים pro-B (Ba/F3) על ידי משלוח של מדריך בודד RNAs (sgRNAs) מיקוד של לוקוס Calr אנדוגני באזור ספציפי שבו הכניסה ו/או מחיקה (ויאסין ) CALR מוטציות מתרחשות אצל חולים עם myeloproliferative neoplasms (MPN), סוג של סרטן הדם. SgRNAs ליצור מעברי חוט כפול (DSBs) באזור יישוב שבו תוקנו עד סוף שאינם הומולוגיים להצטרף (NHEJ) לתת indels בגדלים שונים. ואז נשתמש וזמינותו טרנספורמציה הסלולר Ba/F3 סטנדרטי כדי להבין את השפעת פיזיולוגיים רמת ביטוי של מוטציות Calr על טרנספורמציה הסלולר hematopoietic. גישה זו ניתן ליישם את הגנים האחרים ללמוד תפקידם הביולוגי בקווים בתרבית של תאים שונים.

שימוש בשיטת המתוארים כאן, מטרת ניסוי זה היא לבחון את השפעות פונקציונלי היכרות עם מוטציות ויאסין על מיקומה Calr אנדוגני-תא hematopoietic טרנספורמציה. מערכת CRISPR/Cas9 משמש ככלי ליצירת מוטציות Calr אנדוגני בתאים Ba/F3. SgRNAs שני נבחרו כדי להתמקד אקסון 9 של Calr (איור 1</s...

Watch this Scientific Journal Video about Using CRISPR/Cas9 Gene Editing to Investigate the Oncogenic Activity of Mutant Calreticulin in Cytokine Dependent Hematopoietic Cells at JoVE.com

Using CRISPR/Cas9 Gene Editing to Investigate the Oncogenic Activity of Mutant Calreticulin in Cytokine Dependent Hematopoietic Cells

ג'ין יישוב עריכה באמצעות CRISPR/Cas9 הנחתה במידה רבה את ההבנה של פונקציות ביולוגיות של גנים. כאן, אנו מנצלים את המתודולוגיה CRISPR/Cas9 כדי דגם calreticulin מוטציות בתאים hematopoietic תלויי-ציטוקין לשם פעילותם oncogenic למידה.

שימוש CRISPR/Cas9 ג'ין עריכה כדי לחקור את פעילות Oncogenic Calreticulin מוטציה בתאים Hematopoietic תלויי ציטוקין

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) is an adaptive immunity system in prokaryotes that has been repurposed by scientists to ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

ה<em&gt; תסיסנית</em&gt; דגם גידול דיסק דמותי: ויזואליזציה וכימות של ביטוי גנים סרטניים הפולשנות שימוש פסיפסים גנטי

Drosophila melanogaster has emerged as a powerful experimental system for functional and mechanistic studies of tumor development and progression in the ...

Fabrication of Tongue Extracellular Matrix and Reconstitution of Tongue Squamous Cell Carcinoma In Vitro

Fabrication of Tongue Extracellular Matrix and Reconstitution of Tongue Squamous Cell Carcinoma In Vitro

ייצור של הלשון מטריצה חוץ-תאית, שיחזור של הלשון קרצינומה של תאים קשקשיים במבחנה

In order to construct an effective and realistic model for tongue squamous cell carcinoma (TSCC) in vitro, the methods were created to produce ...

Phosphopeptide Enrichment Coupled with Label-free Quantitative Mass Spectrometry to Investigate the Phosphoproteome in Prostate Cancer

העשרה Phosphopeptide בשילוב עם ספקטרומטר מסה ללא תווית כמותיים כדי לחקור את Phosphoproteome סרטן הערמונית

Phosphoproteomics involves the large-scale study of phosphorylated proteins. Protein phosphorylation is a critical step in many signal transduction ...

Investigation of Genetic Dependencies Using CRISPR-Cas9-based Competition Assays

החקירה של תלות גנטית באמצעות מבחני תחרות המבוססות על CRISPR-Cas9

Gene perturbation studies have been extensively used to investigate the role of individual genes in AML pathogenesis. For achieving complete gene ...

Using CRISPR/Cas9 to Knock Out GM-CSF in CAR-T Cells

שימוש CRISPR/Cas9 כדי לשדוד את GM-שדרתי ב-T מכונית תאים

Chimeric antigen receptor T (CAR-T) cell therapy is a cutting edge and potentially revolutionary new treatment option for cancer. However, there are ...

Oncogenic Gene Fusion Detection Using Anchored Multiplex Polymerase Chain Reaction Followed by Next Generation Sequencing

היתוך גנים אונגניים באמצעות שרשרת מעוגנת התגובה השרשרת מעוגן ואחריו רצף הדור הבא

Gene fusions frequently contribute to the oncogenic phenotype of many different types of cancer. Additionally, the presence of certain fusions in samples ...

Isolation and Expansion of Cytotoxic Cytokine-induced Killer T Cells for Cancer Treatment

בידוד והתרחבות של Cy, ציטוטוקאין ציטוטופין המושרה הרוצח T תאים לטיפול בסרטן

Adoptive cellular immunotherapy focuses on restoring cancer recognition via the immune system and improves effective tumor cell killing. Cytokine-induced ...

Mapping the Structure-Function Relationships of Disordered Oncogenic Transcription Factors Using Transcriptomic Analysis

מיפוי קשרי מבנה-פונקציה של גורמי שעתוק אונקוגניים מופרעים באמצעות ניתוח תמלול

Many cancers are characterized by chromosomal translocations which result in the expression of oncogenic fusion transcription factors. Typically, these ...

Isolation of Proximal Fluids to Investigate the Tumor Microenvironment of Pancreatic Adenocarcinoma

בידוד של נוזלים פרוקסימליים כדי לחקור את המיקרו-סביבה של הגידול של אדנוקרצינומה של הלבלב

Pancreatic adenocarcinoma (PDAC) is the fourth leading cause of cancer-related death, and soon to become the second. There is an urgent need of variables ...