Name: two-dimensional gel electrophoresis coupled with mass spectrometry methods for an analysis of human pituitary adenoma tissue proteome
Uploaded: 2018-04-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome at JoVE.com

עבודה זו נתמכה על ידי הקרן הלאומית למדע הטבע של סין (מענק מס ' 81572278 ו- 81272798 כדי XZ), המענקים של סין "863" תוכנית הפרוייקט (מענק מס ' 2014AA020610-1 כדי XZ), את הכספים בבית החולים Xiangya עבור הכישרון מבוא (XZ) של הונאן קרן מחוזי מדעי הטבע של סין (מענק מס 14JJ7008 כדי XZ). המחברים גם להכיר את התרומה המדעית של ד ר דומיניק מ Desiderio ב המרכז למדעי הבריאות אוניברסיטת טנסי. X.Z. ברציפות פיתח, השתמשו בשיטות 2DE-MS כדי לנתח גידול בבלוטת יותרת המוח פרוטאום החל מ- 2001 הגה את הרעיון של היד, כתב, תוקן כתב היד, תיאם את העבודה הרלוונטי, היה אחראי תמיכה כספית, עבודה המתאימה. ובמקורות השתתפו תיקון של כתב היד. Y.H השתתף אוסף של הפניות, ובחינה של כתב היד. כל המחברים אישרה את כתב היד הסופי.

בפרוטוקול הנוכחי עוקב אחר הקווים המנחים של Xiangya חולים לרפואה אתיקה ועדת של אוניברסיטת דרום מרכז, סין. כובע ראש וכפפות לענידה במהלך כל התהליך ניסיוני למנוע זיהום קרטין מן העור והשיער8.
1. הכנת דוגמאות
<ol><li>לאסוף רקמות הרשות הפלסטינית (0.2 - 0.5 מ ג) המחלקה הנוירוכירור...

<ol>
	<li>Zhan, X., Wang, X., Cheng, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+pituitary+adenoma+proteomics:+new+progresses+and+perspectives.">Human pituitary adenoma proteomics: new progresses and perspectives.</a> Front. Endocrinol. 7 (54), (2016).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomics+analysis+of+human+pituitary+adenomas:+Current+status+and+future+perspectives.">Comparative proteomics analysis of human pituitary adenomas: Current status and future perspectives.</a> Mass Spectrom. Rev. 24 (6), 783-813 (2005).</li><li>Wang, X., Guo, T., Peng, F., Long, Y., Mu, Y., Yang, H., Ye, N., Li, X., Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+and+functional+profiles+of+a+follicle-stimulating+hormone-positive+human+nonfunctional+pituitary+adenoma.">Proteomic and functional profiles of a follicle-stimulating hormone-positive human nonfunctional pituitary adenoma.</a> Electrophoresis. 36 (11-12), 1289-1304 (2015).</li><li>Karppinen, A., Kivipelto, L., Vehkavaara, S., Ritvonen, E., Tikkanen, E., Kivisaari, R., Hernesniemi, J., Set&#228;l&#228;, K., Schalin-J&#228;ntti, C., Niemel&#228;, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transition+from+microscopic+to+endoscopic+transsphenoidal+surgery+for+nonfunctional+pituitary+adenomas.">Transition from microscopic to endoscopic transsphenoidal surgery for nonfunctional pituitary adenomas.</a> World Neurosurg. 84 (1), 48-57 (2015).</li><li>Liu, X., Ma, S., Dai, C., Cai, F., Yao, Y., Yang, Y., Feng, M., Deng, K., Li, G., Ma, W., Xin, B., Lian, W., Xiang, G., Zhang, B., Wang, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antiproliferative,+antiinvasive,+and+proapoptotic+activity+of+folate+receptor+&#945;-targeted+liposomal+doxorubicin+in+nonfunctional+pituitary+adenoma+cells.">Antiproliferative, antiinvasive, and proapoptotic activity of folate receptor &#945;-targeted liposomal doxorubicin in nonfunctional pituitary adenoma cells.</a> Endocrinol. 154 (4), 1414-1423 (2013).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pituitary+adenoma+nitroproteomics:+current+status+and+perspectives.">Pituitary adenoma nitroproteomics: current status and perspectives.</a> Oxid. Med. Cell. Longev. 2013, 580710 (2013).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+analysis+of+nitrotyrosine-containing+proteins.">Mass spectrometry analysis of nitrotyrosine-containing proteins.</a> Mass Spectrom. Rev. 34 (4), 423-448 (2015).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reference+map+of+a+pituitary+adenoma+proteome.">A reference map of a pituitary adenoma proteome.</a> Proteomics. 3 (5), 699-713 (2003).</li><li>Desiderio, D. M., Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+study+of+the+human+pituitary+proteome:+The+characterization+of+differentially+expressed+proteins+in+an+adenoma+compared+to+a+control.">A study of the human pituitary proteome: The characterization of differentially expressed proteins in an adenoma compared to a control.</a> Cell. Mol. Biol. 49 (5), 689-712 (2003).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+analysis+of+the+human+pituitary+proteome.">Heterogeneity analysis of the human pituitary proteome.</a> Clin. Chem. 49 (10), 1740-1751 (2003).</li><li>Zhan, X., Evans, C. O., Oyesiku, N. M., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomics+and+tanscriptomics+analyses+of+secretagogin+down-regulation+in+human+non-functional+pituitary+adenomas.">Proteomics and tanscriptomics analyses of secretagogin down-regulation in human non-functional pituitary adenomas.</a> Pituitary. 6 (4), 189-202 (2003).</li><li>Moreno, C. S., Evans, C. O., Zhan, X., Okor, M., Desiderio, D. M., Oyesiku, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+molecular+signaling+in+human+clinically+non-functional+pituitary+adenomas+identified+by+gene+expression+profiling+and+proetomic+analyses.">Novel molecular signaling in human clinically non-functional pituitary adenomas identified by gene expression profiling and proetomic analyses.</a> Cancer Res. 65 (22), 10214-10222 (2005).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Long, Y., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+analysis+of+the+proteomes+in+clinically+nonfunctional+pituitary+adenomas.">Heterogeneity analysis of the proteomes in clinically nonfunctional pituitary adenomas.</a> BMC Med. Genomics. 7, (2014).</li><li>Zhan, X., Giorgianni, F., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomics+analysis+of+growth+hormone+isoforms+in+the+human+pituitary.">Proteomics analysis of growth hormone isoforms in the human pituitary.</a> Proteomics. 5 (5), 1228-1241 (2005).</li><li>Kohler, M., Thomas, A., P&#252;schel, K., Sch&#228;nzer, W., Thevis, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+pituitary+growth+hormone+variants+by+mass+spectrometry.">Identification of human pituitary growth hormone variants by mass spectrometry.</a> J. Proteome Res. 8 (2), 1071-1076 (2009).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+human+pituitary+nitroproteome:+detection+of+nitrotyrosyl-proteins+with+two-dimensional+Western+blotting,+and+amino+acid+sequence+determination+with+mass+spectrometry.">The human pituitary nitroproteome: detection of nitrotyrosyl-proteins with two-dimensional Western blotting, and amino acid sequence determination with mass spectrometry.</a> Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4), 1180-1186 (2004).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitroproteins+from+a+human+pituitary+adenoma+tissue+discovered+with+a+nitrotyrosine+affinity+column+and+tandem+mass+spectrometry.">Nitroproteins from a human pituitary adenoma tissue discovered with a nitrotyrosine affinity column and tandem mass spectrometry.</a> Anal. Biochem. 354 (2), 279-289 (2006).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linear+ion-trap+mass+spectrometric+characterization+of+human+pituitary+nitrotyrosine-containing+proteins.">Linear ion-trap mass spectrometric characterization of human pituitary nitrotyrosine-containing proteins.</a> Int. J. Mass Spectrom. 259, 96-104 (2007).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M., Wang, X., Zhan, X., Guo, T., Li, M., Peng, F., Chen, X., Yang, H., Zhang, P., Li, X., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+the+proteomic+variations+of+invasive+relative+to+noninvasive+nonfunctional+pituitary+adenomas.">Identification of the proteomic variations of invasive relative to noninvasive nonfunctional pituitary adenomas.</a> Electrophoresis. 35 (15), 2184-2194 (2014).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signal+pathway+networks+mined+from+human+pituitary+adenoma+proteomics+data.">Signal pathway networks mined from human pituitary adenoma proteomics data.</a> BMC Med. Genomics. 3, 13 (2010).</li><li>O&#8217;Farrell, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+two-dimensional+electrophoresis+of+proteins.">High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins.</a> J. Biol. Chem. 250 (10), 4007-4021 (1975).</li><li>Klose, J., Kobalz, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+electrophoresis+of+proteins:+an+updated+protocol+and+implications+for+a+functional+analysis+of+the+genome.">Two-dimensional electrophoresis of proteins: an updated protocol and implications for a functional analysis of the genome.</a> Electrophoresis. 16 (6), 1034-1059 (1995).</li><li>Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+status+of+two-dimensional+gel+electrophoresis+and+multi-dimensional+liquid+chromatography+as+proteomic+separation+techniques.">Current status of two-dimensional gel electrophoresis and multi-dimensional liquid chromatography as proteomic separation techniques.</a> Ann. Chromatogr. Sep. Tech. 1 (2), 1009 (2015).</li><li>Wasinger, V. C., Cordwell, S. J., Cerpa-Poljak, A., Yan, J. X., Gooley, A. A., Wilkins, M. R., Duncan, M. W., Harris, R., Williams, K. L., Humphery-Smith, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progress+with+gene-product+mapping+of+the+Mollicutes:+Mycoplasma+genitalium.">Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium.</a> Electrophoresis. 16, 1090-1094 (1995).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differences+in+the+spatial+and+quantitative+reproducibility+between+two+second-dimensional+gel+electrophoresis.">Differences in the spatial and quantitative reproducibility between two second-dimensional gel electrophoresis.</a> Electrophoresis. 24 (11), 1834-1846 (2003).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spot+volume+vs.+amount+of+protein+loaded+onto+a+gel.+A+detailed,+statistical+comparison+of+two+gel+electrophoresis+systems.">Spot volume vs. amount of protein loaded onto a gel. A detailed, statistical comparison of two gel electrophoresis systems.</a> Electrophoresis. 24 (11), 1818-1833 (2003).</li><li>Zhan, X., Zheng, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+electrophoresis.">Two-dimensional electrophoresis.</a> Experimental Protocols for Medical Molecular Biology in Chinese and English. , 93-108 (2005).</li><li>Westermeier, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Electrophoresis in Practice: A guide to Methods and Applications of DNA and Protein Separations. , (1997).</li><li>Zhan, X., Yang, H., Peng, F., Li, J., Mu, Y., Long, Y., Cheng, T., Huang, Y., Li, Z., Lu, M., Li, N., Li, M., Liu, J., Jungblut, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+many+proteins+can+be+identified+in+a+2DE+gel+spot+within+an+analysis+of+a+complex+human+cancer+tissue+proteome?.">How many proteins can be identified in a 2DE gel spot within an analysis of a complex human cancer tissue proteome?.</a> Electrophoresis. , (2018).</li></ol>

2DE, בשילוב עם שיטות MS כולל PMF 2DE-MS ו- 2DE-MS/MS, שימש בהצלחה בתוכנית שלנו לטווח ארוך - השימוש פרוטאומיקס ללמוד האנושי NFPA פרוטיאומיה מבנית וריאציות ווריאציות רשת מולקולרית עבור הבהרה של המנגנונים המולקולריים ו גילוי של סמנים ביולוגיים יעיל עבור NFPAs. מבוסס על 2DE פרוטאומיקס השוואתית עם הפארמצבטית טו...

הרשות הפלסטינית הוא גידול נפוצה המתרחשת ב בלוטת יותרת המוח האנושי במערכות ציר היפותלמוס-יותרת המוח-ממוקד איברים, ממלאים תפקיד חשוב במערכת האנדוקרינית האנושית. הרשות הפלסטינית כולל קלינית ולא פעולות PAs (FPA ו- NFPA)1,2. NFPA קשה לאבחון בשלב מוקדם, טיפול בגלל רמות ההורמונים רק מעט יותר גבוהה מהרגיל (למשל, LH ו- FSH) בדם בהשוואה FPA, המגדילה באופן משמעותי את רמות של הורמונים המתאימים דם3,4 ,5. ההבהרה של המנגנונים המולקולריים וגילוי של סמנים ביולוגיים יעיל יש משמעות קלינית חשוב באבחון, טיפול, ולאחר הפרוגנוזה של NFPA. מטרתנו לטווח ארוך היא לפתח להשתמש בשיטות פרוטיאומיה מבנית ללמוד NFPA גילוי סמנים ביולוגיים אמין כדי להבהיר את המנגנונים המולקולריים שלה ושל לזהות מטרות טיפולית יעילה, כמו גם סמנים אבחון ו prognostic. 2-DE בשילוב עם שיטות MS היו בשימוש נרחב בתוכנית מחקר ארוך טווח שלנו לגבי האדם הרשות הפלסטינית פרוטאום1,2,6,7, כולל הקמת פרוטאום הפניה מפות3,8, ניתוח של חלבון באופן שונה ביטוי פרופילים9,10,11,12,13, הורמון גרסאות14 ,15, שינויים post-translational כגון זרחון14 וטירוזין ניטרציה16,17,18, הווריאציות פרוטיאומיה מבנית של פולשני יחסית NFPAs לא פולשנית19, והטרוגניות פרוטיאומיה מבנית של NFPA יחוברו13, אשר הוביל אל הגילוי של ריבוי רשתות מסלול חשוב (תפקוד מיטוכונדריאלי dysregulation מחזור התא, סטרס חמצוני, MAPK איתות מערכת חריגות) זה שונו ב- NFPA13,19,20.
2DE מפריד חלבונים על פי שלהם נקודה איזואלקטרית (pI) (לגירויי כאב תוך התמקדות, הפורום הישראלי לאנרגיה), משקל מולקולרי (באמצעות סודיום dodecyl סולפט לזיהוי בג'ל, עמודים מרחביות)1,2,3, 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 , 16 , 17 , 18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23. זוהי טכניקה קלאסית ומקובל ההפרדה בתחום פרוטאומיקס, מאז כניסתה של המושגים של פרוטאום ו פרוטאומיקס ב 199524. MS היא הטכניקה מכריע בשביל לגלות את זהותו של חלבונים מופרדת 2DE, כולל אסטרטגיות PMF ו- MS/MS. ההתפתחות המהירה מאוד של כלי MS, במיוחד בהיבטים של איתור רגישות ורזולוציה, בשילוב עם השיפור של מערכת LC, משפר באופן משמעותי את זהותו של חלבונים שפע נמוך או נמוך ביותר ב פרוטאום כדי למקסם סיקור פרוטאום. גם האתגרים שלנו מושגים מסורתיים שרק אחת או שני חלבונים הנמצאים במקום ניתוח של רקמות אנושיות מורכבות פרוטאום ג'ל דו-ממדי, ומספק הזדמנות לזהות חלבונים מרובים ב- 2D ג'ל במקום ניתוח של רקמות אנושיות מורכבות פרוטאום ולמקסם את הכיסוי של NFPA פרוטאום.
כאן נתאר הפרוטוקולים מפורט של PMF MS 2DE-MALDI, 2DE-MALDI MS/MS, ו 2DE-LC-MS/MS אשר שימשו בהצלחה בניתוח פרוטאום NFPA אנושי. הפרוטוקולים כוללים הכנה של דגימות, תחילה dimension (לגירויי כאב תוך התמקדות, הפורום הישראלי לאנרגיה), המימד השני (מרחביות-עמוד), ויזואליזציה של חלבונים (צביעת כסף, כחול Coomassie מכתים), ניתוח של ג'ל דו-ממדי, עיכול בג'ל טריפסין, תמונה טיהור של פפטידים tryptic, PMF, MS/MS מסד הנתונים כובש3,8,25,26. יתר על כן, פרוטוקול זה מתרגם בקלות לניתוח של אחרים proteomes רקמה אנושית.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="706">
	<tbody>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:207px;">Ettan IPGphor 3&#160;</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">isoelectric focusing system.</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ettan DALTsix multigel caster</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="59">
			<td height="59" style="height:59px;width:207px;">Ettan DALT II System</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">The vertical electrophoresis system</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ettan IPGphor strip holder</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ettan DALTsix multigel caster</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">Multigel caster</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Voyager DE STR MALDI-TOF MS&#160;</td>
			<td style="width:264px;">ABI, Foster City,CA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MALDI-MS PMF</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">MALDI-TOF-TOF</td>
			<td style="width:264px;">Autoflex III, Bruker</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MALDI-MS/MS mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">LTQ-OrbiTrap Velos Pro ETD</td>
			<td style="width:264px;">Thermo Scientific, Waltham, MA, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">ESI-MS/MS mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">EASY-nano LC system&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Proxeon Biosystems, Odense, Denmark</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">High performance liquid chromatography system</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">PepMap C18 trap column&#160;</td>
			<td style="width:264px;">300 &#956;m i.d. &#215; 5 mm length; Dionex Corp., Sunnyvale, CA, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">RP C18 column</td>
			<td style="width:264px;">75 &#956;m i.d., 15 cm length; Dionex Corp., Sunnyvale, CA, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">KimWipe</td>
			<td style="width:264px;">Kimvipe&#160;</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">Insoluble paper towel</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Watter</td>
			<td style="width:264px;">Made by PURELAB flex instrument</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Polytron Model P710/35 homogenizer</td>
			<td style="width:264px;">Brinkmann Instruments, Westbury, NY</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">PDQuest</td>
			<td style="width:264px;">Bio-Rad,&#160; Hercules, CA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">2D gel image analysis software</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">SEQUEST&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Thermo Proteome Discoverer 1.3 (version No. 1.3.0.339)</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">DataExplore (ver. 4.0.0.0) software</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS spectrum-processing software</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Mascot software</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">PMF-based protein searching software&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Mascot software</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS-based protein searching software</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Proteome Discoverer software v.1.3 beta</td>
			<td style="width:264px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Xcalibur software v.2.1</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS data-acquired management software&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Uniprot version 201410.1_HUMAN.fasta</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">Human protein database</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">SEQUEST (version No. 1.3.0.339)&#160;</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS-based protein searching software I</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">MASCOT (version 2.3.02)&#160;</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS-based protein searching software II</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">C18 ZipTip microcolumn</td>
			<td style="width:264px;">Millipore</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="33">
			<td height="33" style="height:33px;width:207px;">PeptideMass Standard kit&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Perspective Biosystems</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Pierce BCA Protein Assay Kit&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Thermo&#160;Fisher Scientific</td>
			<td style="width:76px;">23227</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">2-D Quant Kit</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;">80-6483-56</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">BIS-ACRYLAMIDE</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0172</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">ACRYLAMIDE</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0341</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">DTT</td>
			<td style="width:264px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:76px;">D0632</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Thiourea</td>
			<td style="width:264px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:76px;">T8656</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Urea</td>
			<td style="width:264px;">VETEC</td>
			<td style="width:76px;">V900119</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">SDS</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0227</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">CHAPS</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0465</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">TEMED</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">M146</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ammonium Persulfate</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">M133</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Trypsin</td>
			<td style="width:264px;">Promega, Madison, WI, USA</td>
			<td style="width:76px;">V5111</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">IPG buffer pH 3-10, NL</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;">17-6000-87</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Immobiline Dry Strip pH 3-10NL,18cm</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;">17-1235-01</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

two-dimensional gel electrophoresis coupled with mass spectrometry methods for an analysis of human pituitary adenoma tissue proteome

גידול בבלוטת יותרת המוח האנושי (PA) הוא גידול נפוצה המתרחשת ב בלוטת יותרת המוח האנושי במערכות ציר היפותלמוס-יותרת המוח-ממוקד איברים, והוא עשוי להיות מסווגת כ- PA או פונקציונלי קלינית או מתפקד (FPA ו- NFPA). NFPA קשה לאבחון בשלב מוקדם וטיפול בשל בקושי היא מרוממת הורמונים בדם בהשוואה FPA. מטרתנו לטווח ארוך היא להשתמש בשיטות פרוטאומיקס כדי לגלות סמנים ביולוגיים אמין עבור הבהרה של המנגנונים המולקולריים הרשות הפלשתינית והכרה של סמנים אבחון, prognostic יעילה לבין מטרות טיפוליות. יעיל דו-ממדית בג'ל (2DE) בשילוב עם שיטות ספקטרומטר מסה (MS) הוצגו כאן כדי לנתח את האדם proteomes הרשות הפלסטינית, כולל הכנת דוגמאות דו-ממדית בג'ל, חלבון ויזואליזציה, ניתוח תמונות, בג'ל עיכול טריפסין, פפטיד המוני טביעות אצבע (PMF) וטנדם מסה ספקטרומטר (MS/MS). 2-ממדי ג'ל אלקטרופורזה לייזר בסיוע מטריקס desorption/יינון ספקטרומטר מסה PMF (2DE-MALDI MS PMF), 2DE-MALDI MS/MS ופרוצדורות MS/MS 2DE נוזלי כרומטוגרפיה (LC) בהצלחה יושמו ניתוח של NFPA פרוטאום. עם השימוש של ספקטרומטר מסה רגישות גבוהה, חלבונים רבים זוהו עם שיטת 2DE-LC-MS/MS כל ג'ל 2D במקום ניתוח של רקמות מורכבות הרשות הפלסטינית כדי למקסם את הכיסוי של האדם פרוטאום הרשות הפלסטינית.

1. 2DE-MALDI MS PMF: עם ההליך ניסיוני שתוארו לעיל, סכום כולל של 150 חלבונים µg חולצו רקמות NFPA הביע-FSH (נקבה; בן 50, זינק (-), GH (-), PRL (-), (-) LH, FSH (+), ו- TSH (-)) והציב עם 18 ס מ רצועת IPG (NL pH 3-10), ג'ל מרחביות עמודים בפורמט גדול, אז דמיינו צביעת כסף. השגנו דפוס ג'ל 2DE טוב הדירים פרוטאום רק...

Watch this Scientific Journal Video about Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome at JoVE.com

Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome

אלקטרופורזה דו-ממדית בג'ל בשילוב עם שיטות ספקטרומטר מסה על ניתוח של רקמת גידול בבלוטת יותרת המוח האנושי פרוטאום

כאן, אנו מציגים דו-ממדית בג'ל (2DE) בשילוב עם ספקטרומטר מסה (MS) להפריד ולזהות פרוטאום רקמת גידול בבלוטת יותרת המוח האנושי, אשר מציג תבנית לשחזור וטוב 2DE. חלבונים רבים שנצפו במקום כל 2DE בעת ניתוח סרטן מורכב פרוטאום עם השימוש של MS רגישות גבוהה.

Human pituitary adenoma (PA) is a common tumor that occurs in the human pituitary gland in the hypothalamus-pituitary-targeted organ axis systems, and may ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Modified Terminal Restriction Fragment Analysis for Quantifying Telomere Length Using In-gel Hybridization

שינוי מסוף הגבלת שבירת ניתוח לכימות אורך הטלומרים באמצעות הכלאה ב-ג&#39;ל

There are several different techniques for measuring telomere length, each with their own advantages and disadvantages. The traditional approach, Telomere ...

Phosphopeptide Enrichment Coupled with Label-free Quantitative Mass Spectrometry to Investigate the Phosphoproteome in Prostate Cancer

העשרה Phosphopeptide בשילוב עם ספקטרומטר מסה ללא תווית כמותיים כדי לחקור את Phosphoproteome סרטן הערמונית

Phosphoproteomics involves the large-scale study of phosphorylated proteins. Protein phosphorylation is a critical step in many signal transduction ...

Capturing Small Molecule Communication Between Tissues and Cells Using Imaging Mass Spectrometry

לכידת תקשורת מולקולה קטנה בין רקמות ותאים באמצעות הדמיה ספקטרומטר מסה

Imaging mass spectrometry (IMS) has routinely been applied to three types of samples: tissue sections, spheroids, and microbial colonies. These sample ...

Extraction of Aqueous Metabolites from Cultured Adherent Cells for Metabolomic Analysis by Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry

הפקת מיכלי מטבוליטים מחומרים מתורבתים מMetabolomic לניתוח באמצעות אלקטרופורזה בספקטרומטר המסה

Metabolomic analysis is a promising omics approach to not only understand the specific metabolic regulation in cancer cells compared to normal cells but ...

Measuring Real-time Drug Response in Organotypic Tumor Tissue Slices

מדידת תגובת התרופה בזמן אמת בפרוסות רקמה אורגנוטימית לגידול

Tumor tissues are composed of cancerous cells, infiltrated immune cells, endothelial cells, fibroblasts, and extracellular matrix. This complex milieu ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

הערכת מוות תאים באמצעות Supernatant ללא תאים של פרוביוטיקה בתרביות כדוריות תלת מימדיות של תאים סרטניים המעי הגס

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...

Chemical Conjugation of a Purified DEC-205-Directed Antibody with Full-Length Protein for Targeting Mouse Dendritic Cells In Vitro and In Vivo

Chemical Conjugation of a Purified DEC-205-Directed Antibody with Full-Length Protein for Targeting Mouse Dendritic Cells In Vitro and In Vivo

הטיות כימיות של נוגדן מטוהר מכוון DEC-205 עם חלבון באורך מלא למיקוד תאים דנדריטיים של עכבר במבחנה וב- In Vivo

Targeted antigen delivery to cross-presenting dendritic cells (DC) in vivo efficiently induces T effector cell responses and displays a valuable approach ...

Three Differential Expression Analysis Methods for RNA Sequencing: limma, EdgeR, DESeq2

שלוש שיטות לניתוח ביטויים דיפרנציאליים לרצף RNA: לימה, EdgeR, DESeq2

RNA sequencing (RNA-seq) is one of the most widely used technologies in transcriptomics as it can reveal the relationship between the genetic alteration ...

Preparation of Human Tissues Embedded in Optimal Cutting Temperature Compound for Mass Spectrometry Analysis

הכנת רקמות אנושיות משובצות בתרכובת טמפרטורת חיתוך אופטימלית לניתוח ספקטרומטריית מסה

Sphingolipids are cellular components that have well-established roles in human metabolism and disease. Mass spectrometry can be used to determine whether ...

Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples

הרחבת ההבנה של המיקרו-סביבה של הגידול באמצעות הדמיית ספקטרומטריית מסה של דגימות רקמה קבועות פורמלין ומשובצות פרפין

Advances in immune-based therapies have revolutionized cancer treatment and research. This has triggered growing demand for the characterization of the ...