Name: two-dimensional gel electrophoresis coupled with mass spectrometry methods for an analysis of human pituitary adenoma tissue proteome
Uploaded: 2018-04-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome at JoVE.com

この作品は、国家自然科学基金中国 (許可番 81572278 と 81272798 XZ)、中国「863」計画プロジェクト (XZ にグラント号 2014AA020610-1)、才能入門 (XZ)、xiangya の第 3 病院の資金と、湖南省からの補助金によって支えられました。中国の地方の自然科学基礎 (XZ にグラント号 14JJ7008)。著者はまた博士ドミニク M. でテネシー大学健康科学センターでの科学の貢献を認めます。X.Z. 継続的に開発し 2001 年から始まって下垂体腺腫プロテオームを解析する 2DE MS メソッドを使用、現在の原稿のための概念を考案した、書いた原稿に、関連の仕事の調整し、に責任があった、財政支援と対応する作業。Y.L. は、原稿の修正に参加しました。YH は参加する参照のコレクションと原稿の修正。すべての著者は、最終原稿を承認しました。

この議定書、xiangya の第 2 病院医療倫理委員会の中央南大学、中国のガイドラインに従います。肌や髪の8からケラチン汚染を避けるために全体の実験手順ヘッド キャップと手袋を着用する必要があります。
1. 試料の調製
<ol><li>脳神経外科部から PA 組織 (0.2 - 0.5 mg) を収集します。すぐに液体窒素で凍結し、-80 ° C、ストレージに転送します。</li>
	<li>0....

<ol>
	<li>Zhan, X., Wang, X., Cheng, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+pituitary+adenoma+proteomics:+new+progresses+and+perspectives.">Human pituitary adenoma proteomics: new progresses and perspectives.</a> Front. Endocrinol. 7 (54), (2016).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+proteomics+analysis+of+human+pituitary+adenomas:+Current+status+and+future+perspectives.">Comparative proteomics analysis of human pituitary adenomas: Current status and future perspectives.</a> Mass Spectrom. Rev. 24 (6), 783-813 (2005).</li><li>Wang, X., Guo, T., Peng, F., Long, Y., Mu, Y., Yang, H., Ye, N., Li, X., Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+and+functional+profiles+of+a+follicle-stimulating+hormone-positive+human+nonfunctional+pituitary+adenoma.">Proteomic and functional profiles of a follicle-stimulating hormone-positive human nonfunctional pituitary adenoma.</a> Electrophoresis. 36 (11-12), 1289-1304 (2015).</li><li>Karppinen, A., Kivipelto, L., Vehkavaara, S., Ritvonen, E., Tikkanen, E., Kivisaari, R., Hernesniemi, J., Set&#228;l&#228;, K., Schalin-J&#228;ntti, C., Niemel&#228;, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transition+from+microscopic+to+endoscopic+transsphenoidal+surgery+for+nonfunctional+pituitary+adenomas.">Transition from microscopic to endoscopic transsphenoidal surgery for nonfunctional pituitary adenomas.</a> World Neurosurg. 84 (1), 48-57 (2015).</li><li>Liu, X., Ma, S., Dai, C., Cai, F., Yao, Y., Yang, Y., Feng, M., Deng, K., Li, G., Ma, W., Xin, B., Lian, W., Xiang, G., Zhang, B., Wang, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antiproliferative,+antiinvasive,+and+proapoptotic+activity+of+folate+receptor+&#945;-targeted+liposomal+doxorubicin+in+nonfunctional+pituitary+adenoma+cells.">Antiproliferative, antiinvasive, and proapoptotic activity of folate receptor &#945;-targeted liposomal doxorubicin in nonfunctional pituitary adenoma cells.</a> Endocrinol. 154 (4), 1414-1423 (2013).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pituitary+adenoma+nitroproteomics:+current+status+and+perspectives.">Pituitary adenoma nitroproteomics: current status and perspectives.</a> Oxid. Med. Cell. Longev. 2013, 580710 (2013).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+analysis+of+nitrotyrosine-containing+proteins.">Mass spectrometry analysis of nitrotyrosine-containing proteins.</a> Mass Spectrom. Rev. 34 (4), 423-448 (2015).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reference+map+of+a+pituitary+adenoma+proteome.">A reference map of a pituitary adenoma proteome.</a> Proteomics. 3 (5), 699-713 (2003).</li><li>Desiderio, D. M., Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+study+of+the+human+pituitary+proteome:+The+characterization+of+differentially+expressed+proteins+in+an+adenoma+compared+to+a+control.">A study of the human pituitary proteome: The characterization of differentially expressed proteins in an adenoma compared to a control.</a> Cell. Mol. Biol. 49 (5), 689-712 (2003).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+analysis+of+the+human+pituitary+proteome.">Heterogeneity analysis of the human pituitary proteome.</a> Clin. Chem. 49 (10), 1740-1751 (2003).</li><li>Zhan, X., Evans, C. O., Oyesiku, N. M., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomics+and+tanscriptomics+analyses+of+secretagogin+down-regulation+in+human+non-functional+pituitary+adenomas.">Proteomics and tanscriptomics analyses of secretagogin down-regulation in human non-functional pituitary adenomas.</a> Pituitary. 6 (4), 189-202 (2003).</li><li>Moreno, C. S., Evans, C. O., Zhan, X., Okor, M., Desiderio, D. M., Oyesiku, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+molecular+signaling+in+human+clinically+non-functional+pituitary+adenomas+identified+by+gene+expression+profiling+and+proetomic+analyses.">Novel molecular signaling in human clinically non-functional pituitary adenomas identified by gene expression profiling and proetomic analyses.</a> Cancer Res. 65 (22), 10214-10222 (2005).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Long, Y., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heterogeneity+analysis+of+the+proteomes+in+clinically+nonfunctional+pituitary+adenomas.">Heterogeneity analysis of the proteomes in clinically nonfunctional pituitary adenomas.</a> BMC Med. Genomics. 7, (2014).</li><li>Zhan, X., Giorgianni, F., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomics+analysis+of+growth+hormone+isoforms+in+the+human+pituitary.">Proteomics analysis of growth hormone isoforms in the human pituitary.</a> Proteomics. 5 (5), 1228-1241 (2005).</li><li>Kohler, M., Thomas, A., P&#252;schel, K., Sch&#228;nzer, W., Thevis, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+pituitary+growth+hormone+variants+by+mass+spectrometry.">Identification of human pituitary growth hormone variants by mass spectrometry.</a> J. Proteome Res. 8 (2), 1071-1076 (2009).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+human+pituitary+nitroproteome:+detection+of+nitrotyrosyl-proteins+with+two-dimensional+Western+blotting,+and+amino+acid+sequence+determination+with+mass+spectrometry.">The human pituitary nitroproteome: detection of nitrotyrosyl-proteins with two-dimensional Western blotting, and amino acid sequence determination with mass spectrometry.</a> Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4), 1180-1186 (2004).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitroproteins+from+a+human+pituitary+adenoma+tissue+discovered+with+a+nitrotyrosine+affinity+column+and+tandem+mass+spectrometry.">Nitroproteins from a human pituitary adenoma tissue discovered with a nitrotyrosine affinity column and tandem mass spectrometry.</a> Anal. Biochem. 354 (2), 279-289 (2006).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Linear+ion-trap+mass+spectrometric+characterization+of+human+pituitary+nitrotyrosine-containing+proteins.">Linear ion-trap mass spectrometric characterization of human pituitary nitrotyrosine-containing proteins.</a> Int. J. Mass Spectrom. 259, 96-104 (2007).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M., Wang, X., Zhan, X., Guo, T., Li, M., Peng, F., Chen, X., Yang, H., Zhang, P., Li, X., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+the+proteomic+variations+of+invasive+relative+to+noninvasive+nonfunctional+pituitary+adenomas.">Identification of the proteomic variations of invasive relative to noninvasive nonfunctional pituitary adenomas.</a> Electrophoresis. 35 (15), 2184-2194 (2014).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signal+pathway+networks+mined+from+human+pituitary+adenoma+proteomics+data.">Signal pathway networks mined from human pituitary adenoma proteomics data.</a> BMC Med. Genomics. 3, 13 (2010).</li><li>O&#8217;Farrell, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+two-dimensional+electrophoresis+of+proteins.">High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins.</a> J. Biol. Chem. 250 (10), 4007-4021 (1975).</li><li>Klose, J., Kobalz, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+electrophoresis+of+proteins:+an+updated+protocol+and+implications+for+a+functional+analysis+of+the+genome.">Two-dimensional electrophoresis of proteins: an updated protocol and implications for a functional analysis of the genome.</a> Electrophoresis. 16 (6), 1034-1059 (1995).</li><li>Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+status+of+two-dimensional+gel+electrophoresis+and+multi-dimensional+liquid+chromatography+as+proteomic+separation+techniques.">Current status of two-dimensional gel electrophoresis and multi-dimensional liquid chromatography as proteomic separation techniques.</a> Ann. Chromatogr. Sep. Tech. 1 (2), 1009 (2015).</li><li>Wasinger, V. C., Cordwell, S. J., Cerpa-Poljak, A., Yan, J. X., Gooley, A. A., Wilkins, M. R., Duncan, M. W., Harris, R., Williams, K. L., Humphery-Smith, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progress+with+gene-product+mapping+of+the+Mollicutes:+Mycoplasma+genitalium.">Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium.</a> Electrophoresis. 16, 1090-1094 (1995).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differences+in+the+spatial+and+quantitative+reproducibility+between+two+second-dimensional+gel+electrophoresis.">Differences in the spatial and quantitative reproducibility between two second-dimensional gel electrophoresis.</a> Electrophoresis. 24 (11), 1834-1846 (2003).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spot+volume+vs.+amount+of+protein+loaded+onto+a+gel.+A+detailed,+statistical+comparison+of+two+gel+electrophoresis+systems.">Spot volume vs. amount of protein loaded onto a gel. A detailed, statistical comparison of two gel electrophoresis systems.</a> Electrophoresis. 24 (11), 1818-1833 (2003).</li><li>Zhan, X., Zheng, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+electrophoresis.">Two-dimensional electrophoresis.</a> Experimental Protocols for Medical Molecular Biology in Chinese and English. , 93-108 (2005).</li><li>Westermeier, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Electrophoresis in Practice: A guide to Methods and Applications of DNA and Protein Separations. , (1997).</li><li>Zhan, X., Yang, H., Peng, F., Li, J., Mu, Y., Long, Y., Cheng, T., Huang, Y., Li, Z., Lu, M., Li, N., Li, M., Liu, J., Jungblut, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+many+proteins+can+be+identified+in+a+2DE+gel+spot+within+an+analysis+of+a+complex+human+cancer+tissue+proteome?.">How many proteins can be identified in a 2DE gel spot within an analysis of a complex human cancer tissue proteome?.</a> Electrophoresis. , (2018).</li></ol>

2DE MS PMF と 2DE ・ MS/MS を含む MS 方式と相まって、2DE は正常に私たちの長期的なプログラム - 人間の NFPA プロテオーム変動と分子機構の解明に向けた分子ネットワーク変動を研究するプロテオミクスの使用で使用されているとNFPAs に効果的なバイオ マーカーの発見。再現性の良い 2DE ベースの比較プロテオミクス NFPA プロテオーム変動9,10、<...

PA は、ひと下垂体腺で人間の内分泌系で重要な役割を果たす器官の視床下部-下垂体-ターゲット軸システムで発生する一般的な腫瘍です。PA には、臨床的に機能的および非機能的 (FPA と NFPA) PAs1,2が含まれています。NFPA はだけ小高いホルモン レベル (例えばLH と FSH) FPA 血3,4 に対応するホルモンのレベルを増加している大幅に比較して血液中のため初期段階の診断と治療における困難 ,5。分子機構の解明と効果的なバイオ マーカーの発見、診断、治療、および NFPA の予後に重要な臨床的意義。私たちの長期的な目標は、開発しプロテオーム メソッドを使用して、その分子メカニズムを明らかにする信頼性の高いバイオ マーカーの発見のための NFPA の研究し、効果的な治療上のターゲットとして診断と予後マーカーを認識することです。MS 方式と相まって 2 デは人間 PA プロテオーム1,2,6、7、プロテオーム参照の設立を含むに関する長期研究プログラムで広く使用されています。3、8、発現タンパク質プロファイル9,10、11,12,13, ホルモンの亜種14 の分析マップします。 ,15、リン酸化チロシンと14ニトロ化16,17,など18のポスト翻訳の修正、関連する侵襲のプロテオーム変化非侵襲的 NFPAs19、および NFPA サブタイプ13、複数の重要な経路ネットワーク (ミトコンドリア、細胞周期調節不全、酸化ストレス、MAPK シグナルの発見につながったのプロテオームの不均一性システム異常) NFPA13,,1920に変更します。
2DE は、等電点 (pI) (等電集中、IEF) と分子量 (ナトリウム dodecyl 硫酸塩ポリアクリルアミドゲル電気泳動、SDS ページ) 経由で蛋白質を分ける1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23. プロテオームと 1995年24プロテオ ミックスの概念の導入以来、プロテオミクスの分野で一般的で古典的な分離技術は、これ。MS は PMF と MS/MS の戦略を含む、2DE で区切られた蛋白質のアイデンティティを見つけることの重要な技法です。検出感度と LC システムの改善との組み合わせで、解像度の面で特に、MS の器械の非常に急速な開発向上を最大化するプロテオームの低または非常に低の豊富な蛋白質のアイデンティティ、プロテオームの報道。それはまた従来の概念を課題に 1 つまたは 2 つのタンパク質が第 2 ゲルの複雑な人体組織のプロテオームの分析にスポットに存在し第 2 ゲルの複雑な人体組織の分析にスポットで複数の蛋白質を識別する機会を提供しますプロテオームと NFPA プロテオームのカバレッジを最大化します。
ここで述べる 2DE MALDI MS PMF、2DE MALDI MS の詳しいプロトコル/MS と 2DE-クロマトグラフィー-タンデム質量人間 NFPA プロテオーム解析で正常に使用されています。プロトコルの準備は、サンプルの最初の寸法 (等電集中、IEF)、2 番目の次元 (SDS-PAGE)、タンパク質 (銀製の汚損とクマシー ブルー染色) の可視化、画像 2次元ゲル、ゲルのトリプシンの消化力の解析3,8,25,26の焼け付くようなデータベース ・ MS/MS、PMF 由来ペプチドの精製。また、このプロトコルは、他の人間の組織のプロテオームの分析のため簡単に変換します。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="706">
	<tbody>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:207px;">Ettan IPGphor 3&#160;</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">isoelectric focusing system.</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ettan DALTsix multigel caster</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="59">
			<td height="59" style="height:59px;width:207px;">Ettan DALT II System</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">The vertical electrophoresis system</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ettan IPGphor strip holder</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ettan DALTsix multigel caster</td>
			<td style="width:264px;">Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">Multigel caster</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Voyager DE STR MALDI-TOF MS&#160;</td>
			<td style="width:264px;">ABI, Foster City,CA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MALDI-MS PMF</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">MALDI-TOF-TOF</td>
			<td style="width:264px;">Autoflex III, Bruker</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MALDI-MS/MS mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">LTQ-OrbiTrap Velos Pro ETD</td>
			<td style="width:264px;">Thermo Scientific, Waltham, MA, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">ESI-MS/MS mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">EASY-nano LC system&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Proxeon Biosystems, Odense, Denmark</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">High performance liquid chromatography system</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">PepMap C18 trap column&#160;</td>
			<td style="width:264px;">300 &#956;m i.d. &#215; 5 mm length; Dionex Corp., Sunnyvale, CA, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">RP C18 column</td>
			<td style="width:264px;">75 &#956;m i.d., 15 cm length; Dionex Corp., Sunnyvale, CA, USA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">KimWipe</td>
			<td style="width:264px;">Kimvipe&#160;</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">Insoluble paper towel</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Watter</td>
			<td style="width:264px;">Made by PURELAB flex instrument</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Polytron Model P710/35 homogenizer</td>
			<td style="width:264px;">Brinkmann Instruments, Westbury, NY</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">PDQuest</td>
			<td style="width:264px;">Bio-Rad,&#160; Hercules, CA</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">2D gel image analysis software</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">SEQUEST&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Thermo Proteome Discoverer 1.3 (version No. 1.3.0.339)</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">DataExplore (ver. 4.0.0.0) software</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS spectrum-processing software</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Mascot software</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">PMF-based protein searching software&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Mascot software</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS-based protein searching software</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Proteome Discoverer software v.1.3 beta</td>
			<td style="width:264px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Xcalibur software v.2.1</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS data-acquired management software&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">Uniprot version 201410.1_HUMAN.fasta</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">Human protein database</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">SEQUEST (version No. 1.3.0.339)&#160;</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS-based protein searching software I</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">MASCOT (version 2.3.02)&#160;</td>
			<td style="width:264px;"></td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;">MS/MS-based protein searching software II</td>
		</tr>
		<tr height="47">
			<td height="47" style="height:47px;width:207px;">C18 ZipTip microcolumn</td>
			<td style="width:264px;">Millipore</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="33">
			<td height="33" style="height:33px;width:207px;">PeptideMass Standard kit&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Perspective Biosystems</td>
			<td style="width:76px;"></td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Pierce BCA Protein Assay Kit&#160;</td>
			<td style="width:264px;">Thermo&#160;Fisher Scientific</td>
			<td style="width:76px;">23227</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">2-D Quant Kit</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;">80-6483-56</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">BIS-ACRYLAMIDE</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0172</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">ACRYLAMIDE</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0341</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">DTT</td>
			<td style="width:264px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:76px;">D0632</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Thiourea</td>
			<td style="width:264px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:76px;">T8656</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Urea</td>
			<td style="width:264px;">VETEC</td>
			<td style="width:76px;">V900119</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">SDS</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0227</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">CHAPS</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">0465</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">TEMED</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">M146</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Ammonium Persulfate</td>
			<td style="width:264px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:76px;">M133</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Trypsin</td>
			<td style="width:264px;">Promega, Madison, WI, USA</td>
			<td style="width:76px;">V5111</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">IPG buffer pH 3-10, NL</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;">17-6000-87</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:207px;">Immobiline Dry Strip pH 3-10NL,18cm</td>
			<td style="width:264px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:76px;">17-1235-01</td>
			<td style="width:160px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

two-dimensional gel electrophoresis coupled with mass spectrometry methods for an analysis of human pituitary adenoma tissue proteome

ひと下垂体腺腫 (PA) は、視床下部下垂体標的臓器軸システムのひと下垂体腺で発生し、臨床的に機能または機能しない PA (FPA と NFPA) として分類されるかもしれない一般的な腫瘍です。NFPA は、初期段階の診断とやっと FPA と比較して血液中のホルモンを高めるための治療困難です。私たちの長期的な目標は、PA の分子メカニズムの解明と効果的な診断、予後マーカーや治療標的の認識のための信頼性の高いバイオ マーカーを発見するプロテオミクス メソッドを使用します。効果的な二次元ゲル電気泳動 (2DE) 質量分析 (MS) 法と相まってがここで示されたサンプル、第 2 ゲルの電気泳動、タンパク質の可視化、画像解析、ゲルでの準備を含む人間の PA プロテオームの分析トリプシンの消化力、ペプチドマスフィンガー プリント (PMF)、タンデム質量分析 (MS/MS)2 二次元のゲルの電気泳動マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析法 PMF (2DE MALDI MS PMF) 2DE MALDI MS/MS、および 2DE 液体クロマトグラフィー (LC) MS/MS プロシージャを正常に NFPA プロテオームの解析に適用されています。高感度質量分析計を用いる多くの蛋白質は 2DE-LC ・ MS/MS メソッドを各第 2 ゲル人間 PA プロテオームのカバレッジを最大化する複雑な PA 組織の分析にスポットしました。

1 です 2DE MALDI MS PMF: FSH 表現 NFPA 組織から抽出した 150 μ g 蛋白質の合計上記実験の手順と (女性; 50 歳、ACTH (-), GH (-), PRL (-)、LH (-), FSH (+) と TSH (-)) 18 cm で配列と。IPG ストリップ (pH 3-10 NL) と銀染色で可視化し、大規模な形式の SDS-PAGE のゲル。NFPA 組織のプロテオーム (図 1)、1.98 ± 0.75 mm IEF 方向の平均位置偏差と 1.62 ± 0.68 ...

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Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome

ひと下垂体腺腫の組織のプロテオームの分析のための質量分析法と相まって二次元ゲル電気泳動

二次元ゲル電気泳動 (2DE) 質量分析 (MS) を人間の下垂体腺腫組織プロテオーム良いと再現可能な 2DE パターンを提示を区別して結合を紹介します。高感度 MS を使って複雑ながんのプロテオームを解析するとき、多くの蛋白質は各 2DE スポットで観察されます。

Human pituitary adenoma (PA) is a common tumor that occurs in the human pituitary gland in the hypothalamus-pituitary-targeted organ axis systems, and may ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Modified Terminal Restriction Fragment Analysis for Quantifying Telomere Length Using In-gel Hybridization

In-gelハイブリダイゼーションを用いたテロメア長の定量化のための末端制限制限断片の解析

There are several different techniques for measuring telomere length, each with their own advantages and disadvantages. The traditional approach, Telomere ...

Phosphopeptide Enrichment Coupled with Label-free Quantitative Mass Spectrometry to Investigate the Phosphoproteome in Prostate Cancer

前立腺癌におけるリン酸化プロテオームを調べる定量的ラベル無料質量と相まってリン酸化ペプチド濃縮

Phosphoproteomics involves the large-scale study of phosphorylated proteins. Protein phosphorylation is a critical step in many signal transduction ...

Capturing Small Molecule Communication Between Tissues and Cells Using Imaging Mass Spectrometry

組織や細胞イメージング質量分析を使用しての間の小分子通信をキャプチャ

Imaging mass spectrometry (IMS) has routinely been applied to three types of samples: tissue sections, spheroids, and microbial colonies. These sample ...

Extraction of Aqueous Metabolites from Cultured Adherent Cells for Metabolomic Analysis by Capillary Electrophoresis-Mass Spectrometry

毛細血管電気泳動質量分析によるメタボロミクス解析のための培養付着細胞からの水性代謝産物の抽出

Metabolomic analysis is a promising omics approach to not only understand the specific metabolic regulation in cancer cells compared to normal cells but ...

Measuring Real-time Drug Response in Organotypic Tumor Tissue Slices

組織性腫瘍組織スライスにおけるリアルタイム薬物応答の測定

Tumor tissues are composed of cancerous cells, infiltrated immune cells, endothelial cells, fibroblasts, and extracellular matrix. This complex milieu ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

大腸癌細胞の3次元スフェロイド培養におけるプロバイオティクスの細胞遊離上清を用いた細胞死の評価

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...

Chemical Conjugation of a Purified DEC-205-Directed Antibody with Full-Length Protein for Targeting Mouse Dendritic Cells In Vitro and In Vivo

Chemical Conjugation of a Purified DEC-205-Directed Antibody with Full-Length Protein for Targeting Mouse Dendritic Cells In Vitro and In Vivo

インビボおよびインビボでマウス樹状細胞を標的とする全長タンパク質を用いた精製DEC-205指向抗体の化学的結合

Targeted antigen delivery to cross-presenting dendritic cells (DC) in vivo efficiently induces T effector cell responses and displays a valuable approach ...

Three Differential Expression Analysis Methods for RNA Sequencing: limma, EdgeR, DESeq2

RNAシーケンシング用の3つの微分発現解析方法:リンマ、エッジャー、DESeq2

RNA sequencing (RNA-seq) is one of the most widely used technologies in transcriptomics as it can reveal the relationship between the genetic alteration ...

Preparation of Human Tissues Embedded in Optimal Cutting Temperature Compound for Mass Spectrometry Analysis

質量分析のための最適な切削温度化合物に包埋されたヒト組織の調製

Sphingolipids are cellular components that have well-established roles in human metabolism and disease. Mass spectrometry can be used to determine whether ...

Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples

ホルマリン固定およびパラフィン包埋組織サンプルの質量分析イメージングを用いた腫瘍微小環境の理解を広げる

Advances in immune-based therapies have revolutionized cancer treatment and research. This has triggered growing demand for the characterization of the ...