Name: zika virus specific diagnostic epitope discovery
Uploaded: 2017-12-12T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Zika Virus Specific Diagnostic Epitope Discovery at JoVE.com

الدعم الحالي من قبل منحة ملحق إداري SBIR (بحوث الابتكار الأعمال الصغيرة) من NIDCRR44 DE024456. منح منحة NIDCR فيروس نقص المناعة البشرية التي تطورت من أصل NIDCR U01 DE017855 لوضع تشخيص نقطة الرعاية المؤكدة لفيروس نقص المناعة البشرية. ونعترف Weisenburger(PEPperPRINT Heidelberg, Germany) سيلك امتنان للمساعدة التقنية والدعم الكريم. ونشكر أيضا جامعة نيويورك Langone المركز الطبي للي كو "أوديسي التصوير النظام".

هذه البيانات هي جزء من دراسة البحوث الجارية في "كلية جامعة نيويورك لطب الأسنان"، وأقرها "مجلس المراجعة المؤسسية" نيويورك جامعة كلية الطب، الكندي # H10-01894. وكانت العينات السريرية المستخدمة في هذه الدراسة المحددة دي العينات المستخدمة سابقا للتشخيص، ومع الإذن من "مركز ادسورث نيويورك الدولة وز?...

<ol>
	<li>Kelser, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Meet+dengue's+cousin.">Meet dengue's cousin.</a> Zika. Microbes Infect. 18 (3), 163-166 (2016).</li><li>Musso, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Zika+virus+in+saliva.">Detection of Zika virus in saliva.</a> J Clin Virol. 68, 53-55 (2015).</li><li>Siqueira, W. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+Clinical+Manifestations+of+Patients+Infected+with+Zika+Virus.">Oral Clinical Manifestations of Patients Infected with Zika Virus.</a> Oral Health. , (2016).</li><li>Duarte, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+of+Zika+Virus+Infection+in+Pregnant+Women.">Challenges of Zika Virus Infection in Pregnant Women.</a> Rev Bras Ginecol Obstet. 38 (6), 263-265 (2016).</li><li>Buus, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+mapping+of+linear+antibody+epitopes+using+ultrahigh-density+peptide+microarrays.">High-resolution mapping of linear antibody epitopes using ultrahigh-density peptide microarrays.</a> Mol Cell Proteomics. 11 (12), 1790-1800 (2012).</li><li>Kouzmitcheva, G. A., Petrenko, V. A., Smith, G. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+diagnostic+peptides+for+lyme+disease+through+epitope+discovery.">Identifying diagnostic peptides for lyme disease through epitope discovery.</a> Clin Diagn Lab Immunol. 8 (1), 150-160 (2001).</li><li>Hamby, C. V., Llibre, M., Utpat, S., Wormser, G. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+Peptide+library+screening+to+detect+a+previously+unknown+linear+diagnostic+epitope:+proof+of+principle+by+use+of+lyme+disease+sera.">Use of Peptide library screening to detect a previously unknown linear diagnostic epitope: proof of principle by use of lyme disease sera.</a> Clin Diagn Lab Immunol. 12 (7), 801-807 (2005).</li><li>t Hoen, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phage+display+screening+without+repetitious+selection+rounds.">Phage display screening without repetitious selection rounds.</a> Anal Biochem. 421 (2), 622-631 (2012).</li><li>Townend, J. E., Tavassoli, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Traceless+Production+of+Cyclic+Peptide+Libraries+in+E.+coli.">Traceless Production of Cyclic Peptide Libraries in E. coli.</a> ACS Chem Biol. 11 (6), 1624-1630 (2016).</li><li>Turchetto, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+expression+of+animal+venom+toxins+in+Escherichia+coli+to+generate+a+large+library+of+oxidized+disulphide-reticulated+peptides+for+drug+discovery.">High-throughput expression of animal venom toxins in Escherichia coli to generate a large library of oxidized disulphide-reticulated peptides for drug discovery.</a> Microbial Cell Factories. 16 (1), 6 (2017).</li><li>Carmona, S. J., Sartor, P. A., Leguizamon, M. S., Campetella, O. E., Aguero, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnostic+Peptide+Discovery:+Prioritization+of+Pathogen+Diagnostic+Markers+Using+Multiple+Features.">Diagnostic Peptide Discovery: Prioritization of Pathogen Diagnostic Markers Using Multiple Features.</a> Plos One. 7 (12), e50748 (2012).</li><li>Lagatie, O., Van Dorst, B., Stuyver, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+three+immunodominant+motifs+with+atypical+isotype+profile+scattered+over+the+Onchocerca+volvulus+proteome.">Identification of three immunodominant motifs with atypical isotype profile scattered over the Onchocerca volvulus proteome.</a> PLoS Negl Trop Dis. 11 (1), e0005330 (2017).</li><li>Basile, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+validation+of+an+ELISA+kit+(YF+MAC-HD)+to+detect+IgM+to+yellow+fever+virus.">Development and validation of an ELISA kit (YF MAC-HD) to detect IgM to yellow fever virus.</a> J Virol Methods. 225, 41-48 (2015).</li><li>Madden, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+BLAST+Sequence+Analysis+Tool.">The BLAST Sequence Analysis Tool.</a> The NCBI Handbook. , (2013).</li><li>Services, U. S. D. o. H. a. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories (BMBL). , (2009).</li><li>Pellois, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Individually+addressable+parallel+peptide+synthesis+on+microchips.">Individually addressable parallel peptide synthesis on microchips.</a> Nat Biotech. 20 (9), 922-926 (2002).</li><li>Stafford, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physical+Characterization+of+the+"Immunosignaturing+Effect".">Physical Characterization of the "Immunosignaturing Effect".</a> Mol Cell Proteomics. 11 (4), (2012).</li><li>Gardner, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+screening+for+anti-CMV+biologics+identifies+a+broadly+neutralizing+epitope+of+an+essential+envelope+protein.">Functional screening for anti-CMV biologics identifies a broadly neutralizing epitope of an essential envelope protein.</a> Nat Commun. 7, (2016).</li><li>Nixon, C. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+protective+B-cell+epitopes+within+the+novel+malaria+vaccine+candidate+P.+falciparum+Schizont+Egress+Antigen-1.">Identification of protective B-cell epitopes within the novel malaria vaccine candidate P. falciparum Schizont Egress Antigen-1.</a> Clin Vaccine Immunol. , (2017).</li></ol>

لقد قمنا بتصميم بروتوكول استخدام ميكرواري ببتيد عالي الكثافة التي تحتوي على تسلسل البروتين فيروس زيكا كامل (سلالة بولينيزيا الفرنسية). ميكرواري تم تصنيعها من قبل الطباعة الببتيدات 3,423 مختلفة الخطية المتداخلة. وكان 15 من الأحماض الأمينية كل الببتيد ومتنوعة من بقايا واحد فقط من جارتها الأقر...

تشخيص الفيروس (زيكف) Zika استناداً إلى الأعراض السريرية يمثل تحديا نظراً لأنها تشاطر نواقل، والتوزيع الجغرافي، والأعراض بحمى الضنك وداء شيكونغونيا الإصابة بالفيروس1. نظراً للخطر لنتائج الحمل السلبية في النساء المصابات زيكف أثناء الحمل، من المهم التمييز بين الفيروسات 3. على الرغم من أن اختبارات التشخيص الجزيئي الحالية محددة، أنها مفيدة فقط في الدم أو اللعاب خلال فترة قصيرة نسبيا من الإصابة الحادة2،3. الاختبارات المصلية ضرورية للتشخيص خارج هذه الفترة الأولية من الإصابة4.
تطوير زيكف المقايسة المصلية محددة يمثل تحديا لسببين: أولاً، ليست معروفة حاليا المستضدات Zika يستجيب جهاز المناعة البشري؛ وتسلسل الأحماض الأمينية فلافيفيروسيس الثاني، وحفظت حمل جسم ه. وكان هدفنا لاكتشاف فريد زيكف الببتيدات محددة لاستخدامها في تشخيص. وضعت نهج مختلفة للشاشة الببتيد مكتبات تغطي كامل البروتينات بما في ذلك بالعاثية، البكتيرية، وعرض سطح الخميرة5،،من67،،من89، 10. كان لدينا استراتيجية لاستخدام ميكرواري ببتيد عالية الكثافة التي تسمح بالفحوص المصلية سريعة وغير مكلفة في الفائق11،12 ، وبعد ذلك يمكن استخدام الببتيدات التي تم تحديدها لتحسين الحالية المصلية فحوصات للكشف عن الإصابة زيكف.
ويتيح هذا البروتوكول اكتشاف الببتيدات Zika تشخيصية محددة الفيروس استخدام ميكرواري ببتيد عالي الكثافة (الشكل 1). وأنتج ميكرواري الببتيد عالي الكثافة باستخدام تكنولوجيا الطباعة الليزر الببتيد. تسلسل البروتين زيكف أسرة تتألف من بقايا الأحماض الأمينية 3,423 استناداً إلى سلالة بولينيزيا الفرنسية (بنك الجينات: KJ776791.2)، تمت طباعته على شريحة زجاج قياسية في كتل من بقايا خطي 15 مع تداخل 14 مخلفات الأحماض الأمينية في تكرار إجمالي 6,846 الببتيد البقع. بالإضافة إلى أسرة Zika بروتين تسلسل الببتيدات، يستخدم ميكرواري هيماغلوتينين إنفلونزا الببتيدات (ها) للضوابط الداخلية.
زيكا التحقق من صحة إيجابية المصل العينة التي تم الحصول عليها من مركز ادسورث (ألباني، نيويورك)، استخدمت لتحديد محددة غلوبيولين مناعي M (IgM) والببتيدات رد الفعل "ز الغلوبولين المناعي" (IgG). بعد حضانة مع العينة بين عشية وضحاها، ميكرواري ملطخة بجسم مترافق fluorochrome ثانوي (IgM المضادة الإنسان أو الإنسان المضادة IgG)، وحلل على ماسح ضوئي ميكرواري. التحديد الكمي لكثافة بقعة والشرح الببتيد أجرى مع برمجيات خاصة المقدمة من نفس الشركة المصنعة ميكرواري.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>PEPperCHIP Custom Peptide Microarray</td>
			<td>PEPperPRINT</td>
			<td>PPC.001.001</td>
			<td>Custom peptide micarray: our microarray contains the entire Zika virus protein sequence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PEPperCHIP incubation tray 3/1</td>
			<td>PEPperPRINT</td>
			<td>PPC.004.001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PEPperCHIP Staining Kit (680 nm) (anti-HA, DyLight labeling)</td>
			<td>PEPperPRINT</td>
			<td>PPC.037.002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PepSLide Analyzer</td>
			<td>PEPperPRINT</td>
			<td>PSA.004.001</td>
			<td>14-days free License for Windows</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rockland Blocking buffer</td>
			<td>Rockland</td>
			<td>MB-070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>anti-human IgM (mu chain) DyLight 800</td>
			<td>Rockland</td>
			<td>609-145-007</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>anti-human IgG Fc DyLight 680</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>SA5-10138</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LI-COR Odyssey Imaging System</td>
			<td>LI-COR</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Orbital shaker device</td>
			<td>IKA</td>
			<td>MTS 2/4 digital microtiter shaker</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adobe Illustrator</td>
			<td>Adobe</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deltagraph</td>
			<td>Redrocks</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

zika virus specific diagnostic epitope discovery

[ميكروارس] هضميد عالي الكثافة السماح الفرز لأكثر من ستة آلاف الببتيدات على شريحة مجهرية معيار واحد. ويمكن تطبيق هذا الأسلوب لاكتشاف المخدرات وتحديد الهدف العلاجي، ووضع التشخيص. نقدم هنا، بروتوكول اكتشاف محددة Zika الفيروسات (زيكف) التشخيص الببتيدات استخدام ميكرواري ببتيد عالية الكثافة. طباعة عينة مصل الإنسان التحقق من صحة للإصابة زيكف كان المحتضنة مع ميكرواري ببتيد عالي الكثافة التي تحتوي على بروتين زيكف كامل ترجمة فريدة من نوعها 3,423 15 من مخلفات الخطي من الأحماض الأمينية (أإ) مع تداخل بقايا 14-aa مكررة. تلطيخ مع الأجسام المضادة الثانوية المختلفة داخل نفس الصفيف، اكتشفنا الببتيدات التي تربط غلوبيولين مناعي M (IgM) والأجسام المضادة "ز الغلوبولين المناعي" (IgG) في مصل الدم. واختيرت هذه الببتيدات لمزيد من التحقق من صحة التجارب. في هذا البروتوكول، يصف لنا الاستراتيجية المتبعة لتصميم ومعالجة وتحليل ميكرواري ببتيد عالي الكثافة.

يتم إظهار النتائج المتحصل عليها باستخدام البروتوكول هو موضح في الشكل 2 و الرقم 3. ولوحظت لا تفاعلات الخلفية عندما قبل تلطيخ ميكرواري مع الثانوي الإنسان المضادة IgM (البيانات لا تظهر). تلطيخ مع الإنسان المضادة IgM المتقارن أسفرت عن ال...

Watch this Scientific Journal Video about Zika Virus Specific Diagnostic Epitope Discovery at JoVE.com

Zika Virus Specific Diagnostic Epitope Discovery

في هذا البروتوكول، يصف لنا تقنية لاكتشاف الببتيدات زيكا تشخيصية محددة الفيروس استخدام ميكرواري ببتيد عالية الكثافة. هذا البروتوكول يمكن تكييفها مع ريادلي للأمراض المعدية الناشئة.

اكتشاف حانمه تشخيصية محددة الفيروس Zika

High-density peptide microarrays allow screening of more than six thousand peptides on a single standard microscopy slide. This method can be applied for ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Peptide:MHC Tetramer-based Enrichment of Epitope-specific T cells

الببتيد: MHC Tetramer القائم على إثراء خلايا T حاتمة محددة

A  basic necessity for researchers studying adaptive immunity with in vivo experimental models is an  ability to identify T cells based on their T cell ...

Assays for the Identification of Novel Antivirals against Bluetongue Virus

فحوصات لتحديد رواية الأدوية المضادة للفيروسات ضد فيروس اللسان الأزرق

To identify potential antivirals against BTV, we have  developed, optimized and validated three assays presented here. The CPE-based  assay was the first ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

عزل وتحليل العدلة لتحديد ما دورها في الغدد اللمفاوية حساسية الخلية وكلاء العلاجية

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

Zika Virus Infectious Cell Culture System and the In Vitro Prophylactic Effect of Interferons

Zika Virus Infectious Cell Culture System and the In Vitro Prophylactic Effect of Interferons

زيكا الفيروسات نظام المعدية خلية الثقافة و<em&gt; في المختبر</em&gt; وقائية تأثير الانترفيرونات

Zika Virus (ZIKV) is an emerging pathogen that is linked to fetal developmental abnormalities such as microcephaly, eye defects, and impaired growth. ZIKV ...

Rescue and Characterization of Recombinant Virus from a New World Zika Virus Infectious Clone

إنقاذ وتوصيف الفيروسات المؤتلف من عالم جديد زيكا الفيروسات استنساخ العدوى

Infectious cDNA clones allow for genetic manipulation of a virus, thus facilitating work on vaccines, pathogenesis, replication, transmission and viral ...

A Simple Flow Cytometry Based Assay to Determine In Vitro Antibody Dependent Enhancement of Dengue Virus Using Zika Virus Convalescent Serum

A Simple Flow Cytometry Based Assay to Determine In Vitro Antibody Dependent Enhancement of Dengue Virus Using Zika Virus Convalescent Serum

قياس تدفق بسيط على أساس التحليل تحديد في المختبر جسم تعزيز التابعة لفيروس حمى الضنك باستخدام مصل فيروس Zika النقاهة

Antibody dependent enhancement of infection has been shown to play a major role in Dengue viral pathogenesis. Traditional assays that measure the capacity ...

Evaluation of Zika Virus-specific T-cell Responses in Immunoprivileged Organs of Infected Ifnar1-/- Mice

Evaluation of Zika Virus-specific T-cell Responses in Immunoprivileged Organs of Infected Ifnar1-/- Mice

تقييم الاستجابات الخاصة بفيروس زيكا تي خلية في أجهزة إيمونوبريفيليجيد من الفئران المصابة Ifnar1-/-

The Zika virus (ZIKV) can induce inflammation in immunoprivileged organs (e.g., the brain and testis), leading to the Guillain-Barr&#233; syndrome and ...

Quantification of Antibody-dependent Enhancement of the Zika Virus in Primary Human Cells

التحديد الكمي لتعزيز تعتمد على جسم مضاد الفيروس Zika في خلايا الإنسان الأولية

The recent emergence of the flavivirus Zika and neurological complications, such as Guillain-Barr&#233; syndrome and microcephaly in infants, has brought ...

Rescue of Recombinant Zika Virus from a Bacterial Artificial Chromosome cDNA Clone

إنقاذ فيروس زيكا المؤتلف من استنساخ cDNA كروموسوم اصطناعي جرثومي

The association of Zika virus (ZIKV) infection with neurological complications during the recent worldwide outbreak and the lack of approved vaccines ...

Isolation and Quantification of Zika Virus from Multiple Organs in a Mouse

عزل وتقدير كمية لفيروس زيكا من أجهزة متعددة في الماوس

The methods being presented demonstrate laboratory procedures for the isolation of organs from Zika virus infected animals and the quantification of viral ...