Name: detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis
Uploaded: 2018-11-02T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data An

מימון ליוצרים סופק על ידי המועצה מחקר אוסטרלי (העתיד מלגת FT120100926 כדי BRW), הלאומי לבריאות, רפואי מחקר המועצה של אוסטרליה (תוכנית גרנט, בכיר מחקר לאגודה כדי JGB; הקריירה המוקדמת מלגות JSR; תשתית למחקר מוסדות תמיכה גרנט ערכת למכון ברנט), התשתית המבצעית של הממשלה ויקטוריאני המדינה לתמוך גרנט למכון ברנט. אנו להכיר מר פינלי שאנקס לקבלת תמיכה אינסטרומנטלית.

נא להתייעץ עם המתאים חומר בטיחות נתונים גיליונות (MSDS) ומחפשים הכשרה מתאימה אבטחה ברמה 2 (BSL-2). כל השלבים culturing חייב להיעשות בארון BSL-2 באמצעות הטכניקה aseptic, כלומר יש סיכון של חשיפה לקרינה UV המזיקות של שלבי טיהור, המחט מקל פציעות, וחשיפה ביולוגית אפשרית זיהום אם התרבות טפיל מזין פציעות. יתר על כן,...

<ol>
	<li>Hommel, M., Gilles, H., Collier, L., Balows, A., Sussman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+20.">Chapter 20.</a> Topley &amp; Wilson's Microbiology and Microbial Infections. Vol. 5 Parasitology. , 361 (1998).</li><li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> World Malaria Report 2016. , (2016).</li><li>Rogers, W., Murray, P., Baron, E., Pflaller, M., Tenover, F., Yolken, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+105.">Chapter 105.</a> Manual of Clinical Microbiology. , 1355 (1999).</li><li>White, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+9.">Chapter 9.</a> Manson's Tropical Infectious Diseases. 23, 532-600 (2014).</li><li>Lindblade, K. A., Steinhardt, L., Samuels, A., Kachur, S. P., Slutsker, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+silent+threat:+asymptomatic+parasitemia+and+malaria+transmission.">The silent threat: asymptomatic parasitemia and malaria transmission.</a> Expert Rev Anti Infect Ther. 11 (6), 623-639 (2013).</li><li>Hanscheid, T., Grobusch, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+useful+is+PCR+in+the+diagnosis+of+malaria.">How useful is PCR in the diagnosis of malaria.</a> Trends Parasitol. 18 (9), 395-398 (2002).</li><li>Joanny, F., L&#246;hr, S. J., Engleitner, T., Lell, B., Mordm&#252;ller, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Limit+of+blank+and+limit+of+detection+of+Plasmodium+falciparum+thick+blood+smear+microscopy+in+a+routine+setting+in+Central+Africa.">Limit of blank and limit of detection of Plasmodium falciparum thick blood smear microscopy in a routine setting in Central Africa.</a> Malar J. 13 (1), 234-241 (2014).</li><li>World Health Organisation. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Malaria Rapid Diagnostic Test Performance: results of WHO product testing of malaria RDTs: round 6 (2014-2015). , (2014).</li><li>Khoshmanesh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+quantification+of+early-stage+malaria+parasites+in+laboratory+infected+erythrocytes+by+attenuated+total+reflectance+infrared+spectroscopy+and+multivariate+analysis.">Detection and quantification of early-stage malaria parasites in laboratory infected erythrocytes by attenuated total reflectance infrared spectroscopy and multivariate analysis.</a> Anal Chem. 86, 4379-4386 (2014).</li><li>Martin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+common+anticoagulants+in+detection+and+quantification+of+malaria+parasitemia+in+human+red+blood+cells+by+ATR-FTIR+spectroscopy.">The effect of common anticoagulants in detection and quantification of malaria parasitemia in human red blood cells by ATR-FTIR spectroscopy.</a> Anal. 142 (8), 1192-1199 (2017).</li><li>Fabian, H., M&#228;ntele, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of Vibrational Spectroscopy. , (2006).</li><li>Whelan, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscoptMonitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscopy.">Monitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscoptMonitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscopy.</a> Nucleic Acid Res. 39 (13), 5439-5448 (2011).</li><li>Wood, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+hydration+and+DNA+conformation+in+interpreting+infrared+spectra+of+cells+and+tissues.">The importance of hydration and DNA conformation in interpreting infrared spectra of cells and tissues.</a> Chem Soc Rev. 45, 1980-1998 (1980).</li><li>Plyler, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Infrared+spectra+of+methanol,+ethanol,+and+rn-propanol.">Infrared spectra of methanol, ethanol, and rn-propanol.</a> J Res Natl Bur Stand. 48 (4), (1952).</li></ol>

מודל PLS-R היא שיטה רב משתנית תחת פיקוח המוצאת הקשר הליניארי, Y = bX + E, בין המשתנים חזוי X (כאן, את ספיגת-כל מספר גל) ו- Y משתנה רציף (כאן, רמת parasitemia). בקיצור, המודל משלב את המשתנים ב- X כדי ליצור קבוצה חדשה של המשתנים החבויים (אותו) כי ללכוד את השונות ב- X בקורלציה עם Y, ולאחר מחשבת את וקטור רגרסיה (b) זה מו...

מלריה היא בין המחלות ההרסניות ביותר של זמננו; ממחצית האוכלוסייה בסיכון באזורים אנדמיים וחיים זה פרופורציה מוטלת המסכן1,2,3,4. חלק גדול של הנושא הוא נשאים ללא תסמינים בתחילת שלב חולים לשמש מאגרים עבור יתושים וקטורים5, גורם קוצים של זיהום בעונות רטובות ומאפשר שזה נמשכות בקהילות. מלריה נגרמת על ידי טפילים הפלזמודיום חמש, הקטלני ביותר מהם הוא falciparum פ הגורמת הצורה החמורה ביותר של המחלה2.
נכון לעכשיו, טכניקות לאבחון של מלריה הם פחות ממושלם. מיקרוסקופ אופטי, תקן הזהב הנוכחי, יכול לזהות רק 62-88 טפילים/µL בהתאם שיטת6. יתר על כן, עקב intensiveness מיומנות גבוהה הנדרשים, המוצאות מיקרוסקופ אזורים רבים > 50% מהמקרים, במיוחד אלה עם parasitaemia נמוך רמות2, אשר ניתן ישירות לייחס חוסר משאבים באזור ותוצאות ניצול לרעה של תרופות נגד מלריה. 2 ראשי אבחון לשיטות אחרות הן בדיקות אבחון מהיר (RDTs), אשר מנצלים נוגדנים עבור זיהוי וכן מבחני פולימראז תגובת שרשרת (PCR), אשר מפלים ולכמת טפילים מ- DNA. כיום, RDTs הם רק מסוגלים לזהות falciparum פ ו פ vivax לפחות 100 טפילים µL הדם וכתוצאה מכך צורות נדירות יותר של המחלה להיות מטופל. 7 , 8 לעומת זאת, מבחני ה-PCR להפלות ולכמת מינים שונים של הפלזמודיום -רגישות של 0.0004-5 טפילים/µL של דם. עם זאת, שזה דורש ריאגנטים יקר, ציוד, מיומנות טכנית, ולכן אינה מתאימה עבור היישום בשדה.
טכניקה מאוד רגיש, אמין ובמחיר חיוני כדי לשפר את האבחון פעמים, ובכך שיפור תוצאות המטופל ואני עושה מחלות חיסול אפשרי. הקלוש הכולל השתקפות (ATR-FTIR) ספקטרוסקופיית פורייה מציעה פתרון אפשרי לבעיה זו. עבודה קודמים הראו כי ניתן היה לזהות ולכמת falciparum פ ב מתנול קבוע סרטים דם בהשגת זיהוי גבולות < טפיל 1/µL של דם (< 0.0002% parasitemia)9, אשר דומה לדקל שיטות PCR. מחקרים שנעשו לאחרונה הראו שניתן לזהות, לכמת טפילים בדגימות מימית ולהסיר ובכך לשלב קיבוע. עם זאת, גורמים כמו אדי מים, רעש ספקטרלי וטיפול נתונים צריך להילקח בחשבון לקבלת תוצאות אופטימליות10.
פרוטוקול זה נועד להראות משתמשים חדשים כיצד לרכוש ATR-FTIR ספקטרה ולהכין מודל רגרסיה איתור falciparum פ מ דגימות מימית של תאי דם אדומים (RBC)10.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Donor blood</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Must be collected by a trained medical practitioner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stock blood</td>
			<td>Australian Red Cross`</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3D7 Plasmodium falciparum</td>
			<td>The Burnet Institute</td>
			<td>-</td>
			<td>Laboratory strain wild type equivalent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RPMI-1640 media with L-hepes without Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>R6504</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Albumax (Gibco)</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>E003000PJ</td>
			<td>Aliquot into 50 mL falcon tubes and store in freezer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S5761</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Giemsa Stain</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>48900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorbitol</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S1876</td>
			<td>Must be filtered before use in culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blood collection tubes (Vacutainers)</td>
			<td>Becton, Dickonson and Company</td>
			<td>367671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Immersion Oil</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>M3004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL culture dishes</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>353025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357515</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Slides</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S8902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge tubes 50 mL</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T2318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated pipette controller</td>
			<td>Integra-biosciences</td>
			<td>155 015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend X1R Centrifuge</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>75004260</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forma&#8482; 310 Direct Heat CO2 Incubators</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>310TS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nikon Eclipse E-100 Binocular Microscope</td>
			<td>Nikon Instruments</td>
			<td>E100_2CE-MRTK-1</td>
			<td>When purchasing ensure that the 100x lens is an oil immersion lens</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker Alpha Ft-IR Spectrometer with ATR Quick Snap Attachment</td>
			<td>Bruker</td>
			<td>9308-3700</td>
			<td>Be sure to request &#34;Eco-ATR&#34; attachment when purchasing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Matlab</td>
			<td>Mathworks Inc</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Unscrambler X</td>
			<td>CAMO</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PLS-Toolbox</td>
			<td>Mathworks, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>GUI for Matlab</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis

נדגים שיטה של כימות וזיהוי של טפילים של כדוריות דם אדומות מימית (RBCs) באמצעות benchtop פשוטה של ספקטרומטר הקלוש הכולל השתקפות פורייה להפוך אינפרא-אדום (ATR-FTIR) בשילוב עם ניתוח נתונים Multivariate ( MVDA). 3D 7 falciparum פ היו בתרבית כדי 10% parasitemia הטבעת הבמה טפילים, נהגה ספייק RBCs התורם טריים מבודד כדי ליצור לדילול סדרת בין 0-1%. 10 µL של כל מדגם הוצבו במרכז החלון יהלום ATR לרכוש את הספקטרום. הנתונים לדוגמה התייחסו כדי לשפר את האות לרעש יחס, כדי להסיר את התרומה של מים, אז הנגזרת השנייה הוחל לפתרון תכונות ספקטרליות. הנתונים נותחו לאחר מכן באמצעות שני סוגים של MVDA: הראשון העיקרי רכיב ניתוח (PCA) כדי לקבוע כל ליניאריים ולאחר מכן הריבועים הפחותים חלקית רגרסיה (PLS-R) כדי לבנות את הדגם כמת.

הריבועים הפחותים חלקית (PLS-R) מגרש ולהראות שלה רגרסיה המשויך וקטור, איור 1a ו 1b בהתאמה, כי האות תוזנה נבדלים מספיק RBCs כי הם יכולים לשמש כדי ליצור מודל רגרסיה ליניארית לשמש חיזוי של טפילים בערכות נתונים בעתיד.
מודל PLS-R...

Watch this Scientific Journal Video about Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data An

Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

זיהוי, כימות של הפלזמודיום falciparum ב מימית כדוריות דם אדומות על ידי הקלוש הכולל השתקפות ספקטרוסקופית אינפרא אדום וניתוח נתונים Multivariate

כאן, אנו מציגים פרוטוקול זיהוי, כימות של הפלזמודיום falciparum מימית אדום דם תאים נגועים באמצעות ספקטרומטר אינפרא-אדום השתקפות הכולל הקלוש של ניתוח נתונים רב משתנית.

We demonstrate a method of quantification and detection of parasites in aqueous red blood cells (RBCs) by using a simple benchtop Attenuated Total ...

המטרה הכוללת של הליך זה היא לבנות מודל רגרסיה לחיזוי של טפיל מלריה באמצעות ספקטרוסקופיה ATR-FTIR עם ניתוח נתונים רב-תכליתי. שיטה זו יכולה לעזור לזרז אבחון נקודת טיפול אשר יכול לעזור לשפר את תוצאות המטופל בעתיד. היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא כי בעוד המודל עשוי לקחת קצת זמן לבנות, הוא נייד מאוד, ידידותי למשתמש, רגיש מאוד, ועלות נמוכה.למרות שיטה זו מאפשרת כימות של טפילי מלריה, זה יכול לשמש גם כדי לבחון תגובה פנוטיפית לשינויים סביבתיים כגון שינויים בהרכב טפילים עקב סוכנים מיקרוביאלית. הרעיון התפתח מעבודה שעשינו בסנכרון האוסטרלי על תאים נגועים במלריה. זה היה ברמת התא הבודד.משם החלטנו להשתמש בספקטרוסקופיית ATR-FTIR כדי לפתח את בדיקת האבחון. לפני תחילת הליך הסנכרון, תרבות 30 מיליליטר של טפילי פלסמודיום פלציפארום זן 3D7 כמתואר בפרוטוקול הטקסט. באמצעות פיפטה אוטומטית, השתמש מחדש בתרבות והעבר אותה לצינור חרוט 50 מיליליטר.צנטריפוגה התרבות ב 300 עד 400 פעמים g בתנאי מעבדה סטנדרטיים במשך חמש דקות. הסר את supernatant על ידי ציור אותו עם פיפטה אוטומטית מבלי להפריע גלולה. השלך את אמצעי הפסולת לתווך של 10%bleach.לאט להוסיף 12 עד 15 מיליליטר של פתרון סורביטול 4% לכדור ולערבב את התרבות על ידי capping ו היפוך הצינור עד התרבות היא הומוגנית. הדגירה את התרבות ב 37 מעלות צלזיוס במשך 15 דקות. לאחר 15 דקות, צנטריפוגה התרבות במשך חמש דקות.השתמש פיפטה אוטומטית כדי להסיר את supernatant מבלי להפריע גלולה. מוסיפים 10 עד 15 מיליליטר של 0.9% מלוחים לכדור ומערבבים את הפתרון על ידי מכסה והפך את הצינור עד שהתרבות הומוגנית. חזור על צנטריפוגה ותמיסת מלח לשטוף פעמיים נוספות כדי להסיר את כל שרידי סורביטול.כדי להתחיל בהליך זה, צנטריפוגה של תאי הדם האדומים במלאי, או RBCs. הסר את העל-טבעי ושטף עם 0.9% מלוחים בסך הכל שלוש פעמים. צנטריפוגה RBCs המניה ואת התרבות ב 300 עד 400 פעמים g במשך חמש דקות ולהשליך את supernatant מכל צינור.סמן שמונה צינורות מיקרוצנטריפוגה כמצוין. לאחר מכן השתמש פיפטה 0.2 כדי 20 microliter להוסיף את הכמות המתאימה של תרבות לכל צינור. לאחר מכן, להוסיף את הכמות המתאימה של RBCs מלאי לכל צינור כדי לקבל את דילול טפילים הרצוי.צנטריפוגה הדם התורם טרי שנאסף צינורות נוגדי קרישה ב 1, 200 פעמים גרם ותנאי מעבדה סטנדרטיים במשך 10 דקות. הסר את הפלזמה על ידי ציור אותו עם פיפטה והשליך אותו לתוך פתרון 10%bleach. הוסף 900 microliters של RBCs תורם מבודד לתוך כל צינור microcentrifuge ומערבבים ביסודיות על ידי היפוך 10 פעמים.ספסל פשוט השתקפות סה"כ השתקפות פורייה טרנספורמציה אינפרא אדום, או ספקטרומטר ATR-FTIR ישמש לרכישת הספקטרום. הכינו ונקו את הקריסטל באמצעות מגבונים נטולי מוך עם מים טהורים במיוחד כדי לקרצף בעדינות את הגביש בתנועה מעגלית. לאחר מכן, השתמשו בעוד מגבון ללא מוך לייבוש יסודי של הקריסטל.קח מדידת רקע של האוויר על ידי לחיצה על מדידת רקע. כל 20 דקות, לנקות את הגביש ולחזור על מדידה זו. פתח את התצוגה החיה על-ידי לחיצה על תצוגה מקדימה.שימו לב לקו בסיס שטוח ואופקי המציין שהקריסטל נקי. פיפטה 10 מיקרוליטרים של מים deionized ישירות על אמצע הגביש ולחץ על מדידת מדגם. יבש את הקריסטל באמצעות ניגוב ללא מוך ותנועה מעגלית עדינה.פיפטה 10 מיקרוליטרים של מדגם על אמצע הגביש ולחץ על מדידת מדגם. נקה את הגביש בין הדגימות. בהדגמה זו, ניתוח נתונים רב-תכליתיים יתבצע באמצעות MATLAB.כדי להתחיל בטיפול בנתונים, ניתוח קלט לחלון הפקודה כדי לפתוח את ממשק המשתמש הגרפי. לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על התיבה X כדי לחפש נתוני ייבוא. בחר את סוג הקובץ לניתוח.יבא ספקטרום לדוגמה, מים וספקטרום בסיסי כערכות נתונים במקום העבודה על-ידי בחירת כל הספקטרום בכל קבוצה בנפרד, לחיצה על פתח ומתן שם קצר לכל קבוצה. לחצו על 'משתנה חדש' בחלון הפקודה ותנו לווקטור את השם Parasitemia. הזן את הטפילים של כל דגימה.לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על התיבה X כדי למצוא נתוני התוויה. לחץ על סמל התווה נתונים כדי להתוות את הנתונים. בדוק את הספקטרום עבור אפקטים אדי מים על ידי לחיצה על זום התקרבות על 1, 800 כדי 1, 400 אחוזים, נצפה בבירור כמו קצר, חד, פסגות צרות לאורך המדרונות של הלהקות Amide I ו Amide II.במקרים של אדי מים קיצוניים, פתחו את הכרטיסייה 'עריכת תהליך מקדים' ובחרו 'החלקה'. צמצם את הרעש ו/או את תרומת אדי המים החזקים על-ידי החלקת הדגימה וספקטרום המים. לאחר טיפול נוסף בנתונים כמתואר בפרוטוקול הטקסט, פתח את הכרטיסיה עריכת נתונים, ובמקתני עמודה, בחר 2980 עד 2800 ס"מ ו- 1750 עד 850 ס"מ על-ידי כך שתוודא שרק התיבות שלהם מסומנות.הנתונים מוכנים כעת לניתוח. כדי לבצע ניתוח רכיבים ראשיים, או PCA, לחץ על פירוק ניתוח ובחר PCA. לחץ על בנה מודל.שים לב למגבלת הביטחון של 95%,, הטבעת המקווקות, על חלקת הציונים בין מחשב 1 למחשב 2. השתמשו בכלי בחירת ספקטרום כדי לסמן את הספקטרום לדוגמה עם ציונים המתרחשים מחוץ למגבלה כחריגים פוטנציאליים. כדי לבצע רגרסיה חלקית פחות ריבועים, או PLSR, לחץ על רגרסיה ניתוח ובחר PLSR.לחצו לחיצה ימנית על בלוק ה-Y ובחרו במודל הבנייה הווקטורי Parasitemia. לנתח את מודל הרגרסיה ואת וקטור הרגרסיה ולזהות את הרצועות הביולוגיות. חלק חלקי פחות ריבועים רגרסיה העלילה של RBCs זינק בין אפס לאחוז אחד Parasitemia יצר ערך R בריבוע של 0.87 ו ממוצע שורש בריבוע צלב אימות שגיאה של 0.13%Parasitemia.זה מדגים את היכולת של המודל לחזות אתטפילים בכל מדגם עם Parasitemia הידוע על ציר x ואת Parasitemia החזוי על ציר y. מקדם הרגרסיה המשויך מתאר את תרומתו של כל רצועה ליכולת החיזוי של המודל. ככל שהרצועה אינטנסיבית יותר, כך היא תורמת יותר למודל, וכך הטפיל משנה את ההרכב הכימי של הדם.התוצאות מראות כי האות מפני טפילים נבדלים מספיק מן RBCs כי הם יכולים לשמש כדי ליצור מודל רגרסיה ליניארית לחיזוי של טפילים בערכות נתונים עתידיות. לאחר השליטה, טכניקה זו יכולה להימשך פחות משלוש דקות לכל מדגם אם מבוצע כראוי. בעת ניסיון הליך זה, חשוב לזכור לנקות את גבישי ATR של כל השאריות.בעקבות הליך זה, מינים אחרים של מלריה כגון P vivax ו P מלריה ניתן לדגמן על מנת לענות על שאלות כגון, האם ספקטרוסקופיה ATR-FTIR רגיש מספיק כדי להבחין בין מינים? לאחר התפתחותה, טכניקה זו סללה את הדרך לחוקרים בתחום הביוספקטרוסקופיה לחקור את הגילוי והכימות של פתוגנים אחרים המועברים בדם ואף לנתח בדם כגון גלוקוז ואוריאה. לאחר צפייה בסרטון זה, אתה צריך הבנה טובה של ספקטרוסקופיה ATR-FTIR וניתוח NVDA כדי לבנות מודל רגרסיה.אל תשכח כי עבודה עם דגימות דם ומלריה החולה יכול להיות מסוכן, אימון ברמה biosafety מתאים בלימה תמיד צריך להיעשות בעת ניסיון הליך זה.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

בSIMS אתרו וIR ספקטרוסקופיה של משטחים מוגדרים היטב הוכן על ידי רכה נחיתה של יונים המוניים שנבחרו

Soft landing of mass-selected ions onto surfaces is a powerful approach for the highly-controlled preparation of materials that are inaccessible using ...

Radiolabeling and Quantification of Cellular Levels of Phosphoinositides by High Performance Liquid Chromatography-coupled Flow Scintillation

Radiolabeling וכימות של רמות סלולריות של Phosphoinositides ידי נצנץ זרימה מצמיד כרומטוגרפיה נוזלית ביצועים גבוהים

Phosphoinositides (PtdInsPs) are essential signaling lipids responsible for recruiting specific effectors and conferring organelles with molecular ...

Construction of Models for Nondestructive Prediction of Ingredient Contents in Blueberries by Near-infrared Spectroscopy Based on HPLC Measurements

בניית מודלים לחיזוי הורס של תוכן מרכיב האוכמניות ידי ספקטרוסקופיה האינפרה-אדום הקרוב בהתבסס על מדידות HPLC

Nondestructive prediction of ingredient contents of farm products is useful to ship and sell the products with guaranteed qualities. Here, near-infrared ...

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

בחיי עיר זיהוי, כימות תא בודד של תחמוצת מתכת חלקיקים באמצעות ניתוח Microprobe גרעיני

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

Electrochemical Impedance Spectroscopy as a Tool for Electrochemical Rate Constant Estimation

עכבה אלקטרוכימי ספקטרוסקופיה ככלי הערכה מתמדת קצב אלקטרוכימי

Electrochemical impedance spectroscopy (EIS) was used for advanced characterization of organic electroactive compounds along with cyclic voltammetry (CV). ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

חלקיקים מגנטיים-DNA מחייב ניתוח לפי פיזור אור דינאמי, Electrophoretic

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy (TIRAS) for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy TIRAS for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

ספקטרוסקופיית בליעה גמורה (TIRAS) עבור זיהוי Solvated אלקטרונים על ממשק פלזמה-נוזל

The total internal reflection absorption spectroscopy (TIRAS) method presented in this article uses an inexpensive diode laser to detect solvated ...

Elemental-sensitive Detection of the Chemistry in Batteries through Soft X-ray Absorption Spectroscopy and Resonant Inelastic X-ray Scattering

זיהוי רגיש היסודות של הכימיה בסוללות דרך בליעה רכה רנטגן, רנטגן פלסטית תהודה פיזור

Energy storage has become more and more a limiting factor of today's sustainable energy applications, including electric vehicles and green electric grid ...

Characterizing Lewis Pairs Using Titration Coupled with In Situ Infrared Spectroscopy

אפיון לואיס זוגות שימוש בטיטור בשילוב עם ספקטרוסקופיה אינפרא-אדום באתרו

Lewis acid-activation of carbonyl-containing substrates is a fundamental basis for facilitating transformations in organic chemistry. Historically, ...

Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy

חיבור קוולנטי של מולקולות בודדות לספקטרוסקופיית כוחות מבוססי AFM

Atomic force microscopy (AFM)-based single molecule force spectroscopy is an ideal tool for investigating the interactions between a single polymer and ...