Name: detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis
Uploaded: 2018-11-02T13:30:00
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लेखकों को वित्त पोषण ऑस्ट्रेलियाई अनुसंधान परिषद (फ्यूचर फैलोशिप FT120100926 to BRW), ऑस्ट्रेलिया के राष्ट्रीय स्वास्थ्य और चिकित्सा अनुसंधान परिषद (प्रोग्राम अनुदान और JGB को वरिष्ठ अनुसंधान फैलोशिप द्वारा प्रदान किया गया था; अर्ली करियर फैलोशिप JSR; अनुसंधान संस्थानों के लिए बुनियादी ढांचा सहायता योजना Burnet संस्थान को अनुदान), और विक्टोरियन राज्य सरकार Burnet संस्थान को बुनियादी ढांचा सहायता अनुदान । हम वाद्य समर्थन के लिए श्री फिनले टांगें स्वीकार करते हैं ।

कृपया उचित सामग्री सुरक्षा डाटा शीट (MSDS) से परामर्श करें और उपयुक्त सुरक्षा स्तर 2 (बीएसएल-2) प्रशिक्षण की तलाश । सभी संवर्धन कदम एक बीएसएल में किया जाना चाहिए-2 अपूतित तकनीक का उपयोग कर कैबिनेट, जिसका अर्थ ?...

<ol>
	<li>Hommel, M., Gilles, H., Collier, L., Balows, A., Sussman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+20.">Chapter 20.</a> Topley &amp; Wilson's Microbiology and Microbial Infections. Vol. 5 Parasitology. , 361 (1998).</li><li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> World Malaria Report 2016. , (2016).</li><li>Rogers, W., Murray, P., Baron, E., Pflaller, M., Tenover, F., Yolken, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+105.">Chapter 105.</a> Manual of Clinical Microbiology. , 1355 (1999).</li><li>White, N. 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J., Engleitner, T., Lell, B., Mordm&#252;ller, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Limit+of+blank+and+limit+of+detection+of+Plasmodium+falciparum+thick+blood+smear+microscopy+in+a+routine+setting+in+Central+Africa.">Limit of blank and limit of detection of Plasmodium falciparum thick blood smear microscopy in a routine setting in Central Africa.</a> Malar J. 13 (1), 234-241 (2014).</li><li>World Health Organisation. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Malaria Rapid Diagnostic Test Performance: results of WHO product testing of malaria RDTs: round 6 (2014-2015). , (2014).</li><li>Khoshmanesh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+quantification+of+early-stage+malaria+parasites+in+laboratory+infected+erythrocytes+by+attenuated+total+reflectance+infrared+spectroscopy+and+multivariate+analysis.">Detection and quantification of early-stage malaria parasites in laboratory infected erythrocytes by attenuated total reflectance infrared spectroscopy and multivariate analysis.</a> Anal Chem. 86, 4379-4386 (2014).</li><li>Martin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+common+anticoagulants+in+detection+and+quantification+of+malaria+parasitemia+in+human+red+blood+cells+by+ATR-FTIR+spectroscopy.">The effect of common anticoagulants in detection and quantification of malaria parasitemia in human red blood cells by ATR-FTIR spectroscopy.</a> Anal. 142 (8), 1192-1199 (2017).</li><li>Fabian, H., M&#228;ntele, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of Vibrational Spectroscopy. , (2006).</li><li>Whelan, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscoptMonitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscopy.">Monitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscoptMonitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscopy.</a> Nucleic Acid Res. 39 (13), 5439-5448 (2011).</li><li>Wood, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+hydration+and+DNA+conformation+in+interpreting+infrared+spectra+of+cells+and+tissues.">The importance of hydration and DNA conformation in interpreting infrared spectra of cells and tissues.</a> Chem Soc Rev. 45, 1980-1998 (1980).</li><li>Plyler, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Infrared+spectra+of+methanol,+ethanol,+and+rn-propanol.">Infrared spectra of methanol, ethanol, and rn-propanol.</a> J Res Natl Bur Stand. 48 (4), (1952).</li></ol>

PLS-R मॉडल एक निगरानी बहुभिंनरूपी विधि है कि एक रैखिक संबंध पाता है, y = bX + ई, के बीच पूर्वानुमान चर X (यहां, प्रत्येक wavenumber पर अवशोषक) और एक सतत चर y (यहां, parasitemia स्तर) । संक्षेप में, मॉडल एक्स में चर को जोड़ती है अव्यक्...

मलेरिया हमारे समय के सबसे विनाशकारी रोगों के बीच है; आधी से अधिक आबादी स्थानिकमारी वाले क्षेत्रों में जोखिम में रहती है और यह अधिकतर बोझ गरीब1,2,3,4। इस मुद्दे का एक बड़ा हिस्सा स्पर्शोन्मुख वाहक और प्रारंभिक चरण के रोगियों है कि मच्छर वैक्टर5के लिए जलाशयों के रूप में कार्य, गीला मौसम के दौरान संक्रमण के spikes के कारण और यह समुदायों में जारी रखने के लिए अनुमति देता है । मलेरिया पाँच प्लाज्मोडियम परजीवी के कारण होता है, जिनमें से सर्वाधिक घातक पी. फाल्सीपेरम है जो रोग के सबसे गंभीर रूप2का कारण बनता है.
वर्तमान में, मलेरिया के निदान के लिए तकनीक सही से कम कर रहे हैं । ऑप्टिकल माइक्रोस्कोपी, वर्तमान सोने के मानक, केवल 62-88 परजीवी का पता लगा सकते है/µ एल विधि के आधार पर6का इस्तेमाल किया । इसके अलावा, गहन और उच्च कौशल की आवश्यकता के कारण, कई क्षेत्रों में सूक्ष्म निदान > 50% मामलों के, विशेष रूप से कम parasitaemia2स्तर है, जो सीधे क्षेत्र और परिणामों में संसाधनों की कमी के लिए जिंमेदार ठहराया जा सकता है के साथ उन में विरोधी मलेरिया दवाओं का दुरुपयोग । अंय 2 मुख्य नैदानिक तरीकों रैपिड नैदानिक परीक्षण (RDTs), जो पता लगाने के लिए एंटीबॉडी का उपयोग कर रहे हैं, और पोलीमरेज़ श्रृंखला प्रतिक्रिया (पीसीआर) परख, जो भेदभाव और डीएनए से परजीवी मात्रा । वर्तमान में, RDTs ही कर रहे है पी फाल्सीपेरम और पी vivax का पता लगाने के कम १०० परजीवी/µ एल के रक्त रोग के दुर्लभ रूपों में जिसके परिणामस्वरूप इलाज किया जा रहा है । 7 , 8 इसके विपरीत, पीसीआर परख भेदभाव और 0.0004 की एक संवेदनशीलता-5 परजीवी/µ एल रक्त में प्लाज्मोडियम की विभिंन प्रजातियों को बढ़ाता है । हालांकि, यह महंगा रिएजेंट, उपकरण और तकनीकी कौशल की आवश्यकता है, और इस प्रकार क्षेत्र आवेदन के लिए उपयुक्त नहीं है ।
एक अति संवेदनशील, विश्वसनीय और सस्ती तकनीक निदान समय में सुधार करने के लिए आवश्यक है, और इस प्रकार रोगी परिणामों में सुधार, और रोग उन्मूलन संभव बनाने. तनु कुल प्रतिबिंब रूपान्तर रूपांतर (एटीआर-स्विचेज) स्पेक्ट्रोस्कोपी इस समस्या का एक संभावित समाधान प्रदान करता है । पिछले काम से पता चला है कि यह संभव था पता लगाने के लिए और मेथनॉल में P. फाल्सीपेरम मात्रा तय रक्त फिल्मों < 1 परजीवी/µ एल रक्त (< 0.0002% parasitemia)9, जो पीसीआर तरीकों के बराबर है की पहचान की सीमा को प्राप्त करने । हाल के अध्ययनों से पता चला है कि यह पता लगाने और जलीय नमूनों में परजीवी मात्रा और इस तरह निर्धारण कदम को खत्म करने के लिए संभव है । हालांकि, जल वाष्प, वर्णक्रमीय शोर और डेटा उपचार के रूप में कारकों इष्टतम परिणाम10के लिए ध्यान में रखा जाना चाहिए ।
इस प्रोटोकॉल के लिए नए उपयोगकर्ताओं को कैसे एटीआर-स्विचेज स्पेक्ट्रा प्राप्त करने के लिए और फाल्सीपेरम का पता लगाने के लिए एक प्रतिगमन मॉडल तैयार जलीय लाल रक्त कोशिकाओं से (आरबीसी)10नमूनों को दिखाने के लिए करना है ।

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Donor blood</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Must be collected by a trained medical practitioner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stock blood</td>
			<td>Australian Red Cross`</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3D7 Plasmodium falciparum</td>
			<td>The Burnet Institute</td>
			<td>-</td>
			<td>Laboratory strain wild type equivalent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RPMI-1640 media with L-hepes without Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>R6504</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Albumax (Gibco)</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>E003000PJ</td>
			<td>Aliquot into 50 mL falcon tubes and store in freezer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S5761</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Giemsa Stain</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>48900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorbitol</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S1876</td>
			<td>Must be filtered before use in culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blood collection tubes (Vacutainers)</td>
			<td>Becton, Dickonson and Company</td>
			<td>367671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Immersion Oil</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>M3004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL culture dishes</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>353025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357515</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Slides</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S8902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge tubes 50 mL</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T2318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated pipette controller</td>
			<td>Integra-biosciences</td>
			<td>155 015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend X1R Centrifuge</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>75004260</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forma&#8482; 310 Direct Heat CO2 Incubators</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>310TS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nikon Eclipse E-100 Binocular Microscope</td>
			<td>Nikon Instruments</td>
			<td>E100_2CE-MRTK-1</td>
			<td>When purchasing ensure that the 100x lens is an oil immersion lens</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker Alpha Ft-IR Spectrometer with ATR Quick Snap Attachment</td>
			<td>Bruker</td>
			<td>9308-3700</td>
			<td>Be sure to request &#34;Eco-ATR&#34; attachment when purchasing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Matlab</td>
			<td>Mathworks Inc</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Unscrambler X</td>
			<td>CAMO</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PLS-Toolbox</td>
			<td>Mathworks, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>GUI for Matlab</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis

हम ठहराव का एक तरीका है और जलीय लाल रक्त कोशिकाओं में परजीवी का पता लगाने का प्रदर्शन (RBCs) एक सरल benchtop का उपयोग करके तनु कुल परावर्तन रूपान्तर स्पेक्ट्रोमीटर डेटा विश्लेषण के साथ संयोजन के रूप में अवरक्त (एटीआर-स्विचेज) बहुभिंनरूपी रूपांतरण ( MVDA) । 3D7 P. फाल्सीपेरम 10% parasitemia अंगूठी चरण परजीवी को प्रसंस्कृत थे और ताजा दाता अलग RBCs के बीच एक कमजोर पड़ने वाली श्रृंखला बनाने के लिए 0-1% कील थे । 10 प्रत्येक नमूने के µ एल एटीआर हीरे की खिड़की के केंद्र पर रखा स्पेक्ट्रम प्राप्त किया गया । नमूना डेटा शोर अनुपात करने के लिए संकेत में सुधार करने के लिए और पानी के योगदान को दूर करने के लिए इलाज किया गया था, और फिर दूसरी व्युत्पंन वर्णक्रमीय सुविधाओं को हल करने के लिए लागू किया गया था । डेटा तो MVDA के दो प्रकार: पहले मुख्य घटक विश्लेषण (पीसीए) का उपयोग कर किसी भी outliers निर्धारित करने के लिए और फिर आंशिक कम वर्गों प्रतिगमन (PLS-R) ठहराव मॉडल बनाने के लिए विश्लेषण किया गया ।

आंशिक ंयूनतम वर्ग (PLS-R) साजिश और उसके जुड़े प्रतिगमन वेक्टर, आंकड़ा 1a और 1b क्रमशः, पता चलता है कि परजीवी से संकेत काफी RBCs से अलग है कि वे एक रैखिक प्रतिगमन के लिए इस्तेमाल किया ज...

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Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

पता लगाना और प्लाज्मोडियम फाल्सीपेरम के जलीय लाल रक्त कोशिकाओं में ठहराव तनु कुल प्रतिबिंब अवरक्त स्पेक्ट्रोस्कोपी और बहुभिंनरूपी डेटा विश्लेषण द्वारा

यहां, हम पता लगाने और संक्रमित जलीय लाल रक्त कोशिकाओं में प्लाज्मोडियम फाल्सीपेरम के ठहराव के लिए एक प्रोटोकॉल वर्तमान एक तनु कुल प्रतिबिंब अवरक्त स्पेक्ट्रोमीटर और बहुभिंनरूपी डेटा विश्लेषण का उपयोग कर ।

We demonstrate a method of quantification and detection of parasites in aqueous red blood cells (RBCs) by using a simple benchtop Attenuated Total ...

इस प्रक्रिया का समग्र लक्ष्य मल्टीवेरिएट डेटा विश्लेषण के साथ एटीआर-एफटीआर स्पेक्ट्रोस्कोपी का उपयोग करके मलेरिया परजीवी की भविष्यवाणी के लिए एक प्रतिगमन मॉडल का निर्माण करना है। यह विधि पॉइंट-ऑफ-केयर डायग्नोस्टिक्स में तेजी लाने में मदद कर सकती है जो भविष्य में रोगी परिणामों को बेहतर बनाने में मदद कर सकती है। इस तकनीक का मुख्य लाभ यह है कि मॉडल को बनाने में कुछ समय लग सकता है, लेकिन यह अत्यधिक पोर्टेबल, उपयोगकर्ता के अनुकूल, अत्यधिक संवेदनशील और कम लागत वाला है।हालांकि यह विधि मलेरिया परजीवी के मात्राकरण को सक्षम बनाती है, लेकिन इसका उपयोग पर्यावरणीय परिवर्तनों जैसे एंटीमाइक्रोबियल एजेंटों के कारण परजीवी संरचना में परिवर्तन के लिए फेनोटाइपिक प्रतिक्रिया का निरीक्षण करने के लिए भी किया जा सकता है। यह विचार काम से विकसित हुआ जो हमने मलेरिया संक्रमित कोशिकाओं पर ऑस्ट्रेलियाई सिंक्रोट्रॉन में किया था। यह सिंगल सेल लेवल पर था ।वहां से, हमने वास्तव में नैदानिक परीक्षण विकसित करने के लिए एटीआर-एफटीआर स्पेक्ट्रोस्कोपी का उपयोग करने का फैसला किया। सिंक्रोनाइजेशन प्रक्रिया शुरू करने से पहले, संस्कृति 3D7 तनाव प्लाज्मोडियम फाल्सीपेरम परजीवी के 30 मिलीलीटर के रूप में पाठ प्रोटोकॉल में वर्णित है। एक स्वचालित पिपेट का उपयोग करके, संस्कृति को फिर से खर्च करें और इसे 50-मिलीलीटर शंकुवाणु में स्थानांतरित करें।पांच मिनट के लिए मानक प्रयोगशाला की स्थिति के तहत 300 से 400 गुना ग्राम पर संस्कृति को अपकेंद्रित्र करें। गोली को परेशान किए बिना एक स्वचालित पिपेट के साथ इसे खींचकर सुपरनेट निकालें। अपशिष्ट मीडिया को 10% ब्लीच समाधान में फेंकें।धीरे-धीरे गोली के लिए 4% सॉर्बिटोल समाधान के 12 से 15 मिलीलीटर जोड़ें और संस्कृति सजातीय होने तक ट्यूब को कैपिंग और उलटा करके संस्कृति को मिलाएं। 15 मिनट के लिए 37 डिग्री सेल्सियस पर संस्कृति इनक्यूबेट। 15 मिनट के बाद, पांच मिनट के लिए संस्कृति अपकेंद्रित्र ।गोली को परेशान किए बिना सुपरनैट को हटाने के लिए एक स्वचालित पिपेट का उपयोग करें। गोली के लिए 0.9% खारा के 10 से 15 मिलीलीटर जोड़ें और कैपिंग और ट्यूब उलटा जब तक संस्कृति सजातीय है द्वारा समाधान मिश्रण। सेंट्रीपोल के सभी अवशेषों को हटाने के लिए अपकेंद्रित्र और खारा समाधान दो बार धोएं।इस प्रक्रिया को शुरू करने के लिए, स्टॉक लाल रक्त कोशिकाओं, या आरबीसी को अपकेंद्री करें। सुपरनेट को हटा दें और कुल तीन बार 0.9% नमकीन के साथ धोएं। पांच मिनट के लिए 300 से 400 बार जी पर स्टॉक आरबीसी और संस्कृति को सेंट्रलाइज करें और प्रत्येक ट्यूब से सुपरनैंट को त्याग दें।संकेत के अनुसार आठ माइक्रोसेंट्रफ्यूज ट्यूबों को लेबल करें। फिर प्रत्येक ट्यूब में संस्कृति की उचित मात्रा जोड़ने के लिए 0.2 से 20 माइक्रोलीटर पिपेट का उपयोग करें। इसके बाद, वांछित परजीवी कमजोर पड़ने को प्राप्त करने के लिए प्रत्येक ट्यूब में स्टॉक आरबीसी की उचित मात्रा जोड़ें।1, 200 गुना ग्राम और मानक प्रयोगशाला की स्थिति में एंटीकोगुलैंट ट्यूबों में एकत्र ताजा दाता रक्त को 10 मिनट के लिए अपकेंद्रित्र करें। प्लाज्मा को एक पिपेट के साथ खींचकर निकालें और इसे 10% ब्लीच समाधान में त्याग दें। प्रत्येक माइक्रोसेंट्रफ्यूज ट्यूब में अलग-थलग पड़े डोनर आरबीसी के 900 माइक्रोलीटर जोड़ें और 10 बार उलटा करके अच्छी तरह से मिलाएं।स्पेक्ट्रम प्राप्त करने के लिए एक साधारण बेंचटॉप तनु टोटल रिफ्लेक्शन फोरियर ट्रांसफॉर्म इन्फ्रारेड, या एटीआर-एफटीआर स्पेक्ट्रोमीटर का उपयोग किया जाएगा। एक गोलाकार गति में क्रिस्टल को धीरे-धीरे साफ करने के लिए अल्ट्रा-शुद्ध पानी से घटा लिंट-फ्री वाइप्स का उपयोग करके क्रिस्टल को तैयार और साफ करें। फिर, क्रिस्टल को अच्छी तरह से सूखने के लिए एक और लिंट-फ्री वाइप का उपयोग करें।बैकग्राउंड मेजरमेंट पर क्लिक करके हवा का बैकग्राउंड मेजरमेंट लें। हर 20 मिनट में क्रिस्टल को साफ करें और इस माप को दोहराएं। पूर्वावलोकन पर क्लिक करके लाइव व्यू खोलें।एक फ्लैट, क्षैतिज बेसलाइन का निरीक्षण करें जो इंगित करता है कि क्रिस्टल साफ है। पिपेट 10 माइक्रोलीटर डिएकाइज्ड पानी सीधे क्रिस्टल के बीच पर और उपाय नमूने पर क्लिक करें। एक लिंट-फ्री वाइप और एक सौम्य परिपत्र गति का उपयोग करके क्रिस्टल को सुखाएं।पिपेट क्रिस्टल के बीच पर नमूने के 10 माइक्रोलीटर और उपाय नमूना क्लिक करें। नमूनों के बीच क्रिस्टल को साफ करें। इस प्रदर्शन में, मैटलैब का उपयोग करके बहुविरंगी डेटा विश्लेषण किया जाएगा।डेटा उपचार शुरू करने के लिए, ग्राफिक यूजर इंटरफेस खोलने के लिए कमांड विंडो में इनपुट विश्लेषण। आयात डेटा खोजने के लिए एक्स बॉक्स पर राइट-क्लिक करें। विश्लेषण के लिए फ़ाइल के प्रकार का चयन करें।प्रत्येक सेट में सभी स्पेक्ट्रा का चयन करके, ओपन क्लिक करके, और प्रत्येक सेट को एक छोटा नाम देकर कार्यस्थल में डेटासेट के रूप में नमूना, पानी और बेसलाइन स्पेक्ट्रा आयात करें। कमांड विंडो में नए चर पर क्लिक करें और वेक्टर को परजीवी नाम दें। प्रत्येक नमूने के परजीवी मिया इनपुट करें।प्लॉट डेटा खोजने के लिए एक्स बॉक्स पर राइट-क्लिक करें। डेटा को प्लॉट करने के लिए प्लॉट डेटा आइकन पर क्लिक करें। ज़ूम पर क्लिक करके और 1, 800 से 1, 400 प्रति सेंटीमीटर पर ज़ूम करके जल वाष्प प्रभावों के लिए स्पेक्ट्रा का निरीक्षण करें, सबसे स्पष्ट रूप से अमीड I और अमीड II बैंड की ढलानों के साथ छोटी, तेज, संकीर्ण चोटियों के रूप में मनाया जाता है।अत्यधिक जल वाष्प के मामलों में, एडिट प्रीप्रोसेस डेटा टैब खोलें और स्मूदिंग का चयन करें। नमूना और पानी स्पेक्ट्रा चौरसाई द्वारा शोर और/या मजबूत जल वाष्प योगदान को कम करें । टेक्स्ट प्रोटोकॉल में वर्णित आगे डेटा उपचार के बाद, एडिट डेटा टैब खोलें, और कॉलम वेरिएबल्स में, 2980 से 2800 प्रति सेंटीमीटर और 1750 से 850 प्रति सेंटीमीटर का चयन करें ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि केवल उनके बक्से टिक गए हैं।अब आंकड़े विश्लेषण के लिए तैयार हैं। प्रमुख घटक विश्लेषण, या पीसीए करने के लिए, विश्लेषण अपघटन पर क्लिक करें और पीसीए का चयन करें। बिल्ड मॉडल पर क्लिक करें।पीसी 1 और पीसी 2 के बीच स्कोर प्लॉट पर 95% कॉन्फिडेंस लिमिट, धराशायी रिंग का निरीक्षण करें। संभावित आउटलियर के रूप में सीमा के बाहर होने वाले स्कोर के साथ नमूना स्पेक्ट्रा को चिह्नित करने के लिए चुनिंदा स्पेक्ट्रा टूल का उपयोग करें। आंशिक रूप से कम से कम वर्ग प्रतिगमन, या पीएलएसआर करने के लिए, विश्लेषण प्रतिगमन पर क्लिक करें और पीएलएसआर का चयन करें।वाई ब्लॉक पर राइट-क्लिक करें और वेक्टर पैराजीवीमिया बिल्ड मॉडल का चयन करें। प्रतिगमन मॉडल और प्रतिगमन वेक्टर का विश्लेषण करें और जैविक बैंड की पहचान करें। शून्य से एक प्रतिशत परजीवी के बीच नुकीला आरबीसी के आंशिक कम वर्ग प्रतिगमन भूखंड ने 0.87 का आर-चुकता मूल्य उत्पन्न किया और एक रूट मतलब 0.13% परजीवी की क्रॉस सत्यापन त्रुटि।यह एक्स-एक्सिस पर ज्ञात परजीवी और वाई-एक्सिस पर भविष्यवाणी किए गए परजीवी के साथ प्रत्येक नमूने में परजीवी की भविष्यवाणी करने की मॉडल की क्षमता को दर्शाता है। संबद्ध प्रतिगमन गुणांक मॉडल की भविष्य कहनेवाला क्षमता के लिए प्रत्येक बैंड के योगदान का वर्णन करता है । बैंड जितना अधिक तीव्र होता है, उतना ही यह मॉडल में योगदान देता है, और इस प्रकार, परजीवी रक्त की रासायनिक संरचना को कैसे बदल देता है।परिणाम बताते हैं कि परजीवी से संकेत आरबीसी से काफी अलग हैं कि उनका उपयोग भविष्य के डेटासेट में परजीवी की भविष्यवाणी के लिए एक रैखिक प्रतिगमन मॉडल बनाने के लिए किया जा सकता है। एक बार महारत हासिल होने के बाद, इस तकनीक को ठीक से प्रदर्शन करने पर प्रति नमूना तीन मिनट से भी कम समय लग सकता है। इस प्रक्रिया का प्रयास करते समय, सभी अवशेषों के एटीआर क्रिस्टल को साफ करना याद रखना महत्वपूर्ण है।इस प्रक्रिया के बाद, अन्य मलेरिया प्रजातियों जैसे पी विवाक्स और पी मलेरिया को मॉडलिंग किया जा सकता है ताकि ऐसे सवालों का जवाब दिया जा सके, क्या एटीआर-एफटीआर स्पेक्ट्रोस्कोपी प्रजातियों के बीच अंतर करने के लिए पर्याप्त संवेदनशील है? इसके विकास के बाद, इस तकनीक ने बायोस्पेक्ट्रोस्कोपी के क्षेत्र में शोधकर्ताओं के लिए अन्य रक्त जनित रोगजनकों का पता लगाने और मात्रा का पता लगाने और यहां तक कि ग्लूकोज और यूरिया जैसे रक्त में विश्लेषण करने का मार्ग प्रशस्त किया। इस वीडियो को देखने के बाद, आपको प्रतिगमन मॉडल बनाने के लिए एटीआर-एफटीआर स्पेक्ट्रोस्कोपी और एनवीडीए विश्लेषण की अच्छी समझ होनी चाहिए।यह न भूलें कि रोगी के रक्त और मलेरिया के नमूनों के साथ काम करना खतरनाक हो सकता है, और इस प्रक्रिया का प्रयास करते समय उचित जैव बचाव स्तर का प्रशिक्षण और रोकथाम हमेशा किया जाना चाहिए।

Research

JoVE Journal

Chemistry

Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

जन चयनित आयनों की नरम लैंडिंग द्वारा तैयार अच्छी तरह से परिभाषित सतहों सीटू एस और आईआर स्पेक्ट्रोस्कोपी

Soft landing of mass-selected ions onto surfaces is a powerful approach for the highly-controlled preparation of materials that are inaccessible using ...

Radiolabeling and Quantification of Cellular Levels of Phosphoinositides by High Performance Liquid Chromatography-coupled Flow Scintillation

उच्च प्रदर्शन तरल क्रोमैटोग्राफी मिलकर प्रवाह जगमगाहट से radiolabeling और Phosphoinositides की सेलुलर स्तर की मात्रा

Phosphoinositides (PtdInsPs) are essential signaling lipids responsible for recruiting specific effectors and conferring organelles with molecular ...

Construction of Models for Nondestructive Prediction of Ingredient Contents in Blueberries by Near-infrared Spectroscopy Based on HPLC Measurements

नियर-इन्फ्रारेड स्पेक्ट्रोस्कोपी द्वारा ब्लूबेरी में संघटक सामग्री की Nondestructive भविष्यवाणी के लिए मॉडल के निर्माण एचपीएलसी माप के आधार पर

Nondestructive prediction of ingredient contents of farm products is useful to ship and sell the products with guaranteed qualities. Here, near-infrared ...

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

सीटू में परमाणु Microprobe विश्लेषण का उपयोग करके मेटल ऑक्साइड नैनोकणों का पता लगाना और एकल सेल ठहराव

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

Electrochemical Impedance Spectroscopy as a Tool for Electrochemical Rate Constant Estimation

विद्युत दर लगातार अनुमान के लिए एक उपकरण के रूप में विद्युत प्रतिबाधा स्पेक्ट्रोस्कोपी

Electrochemical impedance spectroscopy (EIS) was used for advanced characterization of organic electroactive compounds along with cyclic voltammetry (CV). ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

डीएनए-चुंबकीय कण गतिशील और Electrophoretic प्रकाश कैटरिंग द्वारा बाध्यकारी विश्लेषण

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy (TIRAS) for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy TIRAS for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

कुल आंतरिक प्रतिबिंब अवशोषण स्पेक्ट्रोस्कोपी (TIRAS) एक प्लाज्मा तरल इंटरफेस में Solvated इलेक्ट्रॉनों का पता लगाने के लिए

The total internal reflection absorption spectroscopy (TIRAS) method presented in this article uses an inexpensive diode laser to detect solvated ...

Elemental-sensitive Detection of the Chemistry in Batteries through Soft X-ray Absorption Spectroscopy and Resonant Inelastic X-ray Scattering

नरम एक्स-रे अवशोषण स्पेक्ट्रोस्कोपी और गुंजयमान के माध्यम से बैटरी में रसायन विज्ञान के तात्विक-संवेदनशील पता लगाना लोचदार एक्स-रे कैटरिंग

Energy storage has become more and more a limiting factor of today's sustainable energy applications, including electric vehicles and green electric grid ...

Characterizing Lewis Pairs Using Titration Coupled with In Situ Infrared Spectroscopy

लुईस जोड़े की विशेषता के साथ Titration का उपयोग कर सीटू इन्फ्रारेड स्पेक्ट्रोस्कोपी में साथ मिलकर

Lewis acid-activation of carbonyl-containing substrates is a fundamental basis for facilitating transformations in organic chemistry. Historically, ...

Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy

एएफएम आधारित फोर्स स्पेक्ट्रोस्कोपी के लिए एकल अणुओं का सहसंयोजक लगाव

Atomic force microscopy (AFM)-based single molecule force spectroscopy is an ideal tool for investigating the interactions between a single polymer and ...