Name: detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis
Uploaded: 2018-11-02T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data An

Finansiering till författarna tillhandahölls av det australiska forskningsrådet (framtiden gemenskap FT120100926 till BRW), nationella hälso- och medicinsk forskning rådet i Australien (Program grant och Senior Research Fellowship till Anja; Tidig karriär stipendier JSR; Infrastruktur för forskning institut Support system bidrag till Burnet Institute), och den viktorianska statliga regeringen operativa infrastrukturen stöder bidrag till Burnet Institute. Vi erkänner Mr Finlay Shanks för instrumental stöd.

Vänligen konsultera lämpligt Material säkerhetsdatablad (MSDS) och söka lämplig biosäkerhetsnivå 2 (BSL-2) utbildning. Alla culturing åtgärder måste göras i ett BSL-2 skåp med aseptisk teknik, vilket innebär att det finns en risk för exponering för skadlig UV-strålning från sanering steg, nålsticksskador, och potentiella biologiska exponering och infektion om parasiten kulturen kommer in några skador. Dessutom är lager blod från blodbanker är bara screenas för vissa sjukdomar och risken för spridn...

<ol>
	<li>Hommel, M., Gilles, H., Collier, L., Balows, A., Sussman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+20.">Chapter 20.</a> Topley &amp; Wilson's Microbiology and Microbial Infections. Vol. 5 Parasitology. , 361 (1998).</li><li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> World Malaria Report 2016. , (2016).</li><li>Rogers, W., Murray, P., Baron, E., Pflaller, M., Tenover, F., Yolken, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+105.">Chapter 105.</a> Manual of Clinical Microbiology. , 1355 (1999).</li><li>White, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+9.">Chapter 9.</a> Manson's Tropical Infectious Diseases. 23, 532-600 (2014).</li><li>Lindblade, K. A., Steinhardt, L., Samuels, A., Kachur, S. P., Slutsker, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+silent+threat:+asymptomatic+parasitemia+and+malaria+transmission.">The silent threat: asymptomatic parasitemia and malaria transmission.</a> Expert Rev Anti Infect Ther. 11 (6), 623-639 (2013).</li><li>Hanscheid, T., Grobusch, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+useful+is+PCR+in+the+diagnosis+of+malaria.">How useful is PCR in the diagnosis of malaria.</a> Trends Parasitol. 18 (9), 395-398 (2002).</li><li>Joanny, F., L&#246;hr, S. J., Engleitner, T., Lell, B., Mordm&#252;ller, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Limit+of+blank+and+limit+of+detection+of+Plasmodium+falciparum+thick+blood+smear+microscopy+in+a+routine+setting+in+Central+Africa.">Limit of blank and limit of detection of Plasmodium falciparum thick blood smear microscopy in a routine setting in Central Africa.</a> Malar J. 13 (1), 234-241 (2014).</li><li>World Health Organisation. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Malaria Rapid Diagnostic Test Performance: results of WHO product testing of malaria RDTs: round 6 (2014-2015). , (2014).</li><li>Khoshmanesh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+quantification+of+early-stage+malaria+parasites+in+laboratory+infected+erythrocytes+by+attenuated+total+reflectance+infrared+spectroscopy+and+multivariate+analysis.">Detection and quantification of early-stage malaria parasites in laboratory infected erythrocytes by attenuated total reflectance infrared spectroscopy and multivariate analysis.</a> Anal Chem. 86, 4379-4386 (2014).</li><li>Martin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+common+anticoagulants+in+detection+and+quantification+of+malaria+parasitemia+in+human+red+blood+cells+by+ATR-FTIR+spectroscopy.">The effect of common anticoagulants in detection and quantification of malaria parasitemia in human red blood cells by ATR-FTIR spectroscopy.</a> Anal. 142 (8), 1192-1199 (2017).</li><li>Fabian, H., M&#228;ntele, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of Vibrational Spectroscopy. , (2006).</li><li>Whelan, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscoptMonitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscopy.">Monitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscoptMonitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscopy.</a> Nucleic Acid Res. 39 (13), 5439-5448 (2011).</li><li>Wood, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+hydration+and+DNA+conformation+in+interpreting+infrared+spectra+of+cells+and+tissues.">The importance of hydration and DNA conformation in interpreting infrared spectra of cells and tissues.</a> Chem Soc Rev. 45, 1980-1998 (1980).</li><li>Plyler, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Infrared+spectra+of+methanol,+ethanol,+and+rn-propanol.">Infrared spectra of methanol, ethanol, and rn-propanol.</a> J Res Natl Bur Stand. 48 (4), (1952).</li></ol>

PLS-R-modellen är en övervakad multivariat metod som finner en linjär relation, Y = bX + E, mellan de prediktiva variablerna X (här, absorbansen vid varje Vågtal) och en kontinuerlig variabel Y (här, parasitemia nivån). Kort sagt, modellen kombinerar variabler i X för att skapa en ny uppsättning av latenta variabler (LVs) som fångar variansen på X korrelerade med Y, och beräknar en regression vektor (b) som multipliceras med en nya spektrum resultat vid uppskattning av y-värde. Styrkan i modellen kan tas fr?...

Malaria är bland de mest förödande sjukdomarna i vår tid; över hälften av befolkningen lever i riskzonen i endemiska områden och det bördor oproportionerligt dåliga1,2,3,4. En stor del av problemet är asymtomatiska bärare och tidiga skede patienter som fungerar som reservoarer för mygga vektorer5, orsaka spikar av infektion under våta säsonger och gör det möjligt att kvarstå i samhällen. Malaria orsakas av fem Plasmodium parasiter, den mest dödliga som är P. falciparum som orsakar den svåraste formen av sjukdomen2.
Tekniker för diagnos av malaria närvarande mindre än perfekt. Optisk mikroskopi, nuvarande guldmyntfoten, kan endast upptäcka 62-88 parasiter/µL beroende på metod som används för6. Dessutom tack vare riskkällan och hög kompetens krävs, i många regioner mikroskopi feldiagnoser > 50% av fallen, särskilt de med låga parasitaemia nivåer2, som direkt kan hänföras till bristen på resurser i området och resultaten i missbruk av läkemedel mot malaria. De andra 2 viktigaste diagnostiska metoderna är snabba diagnostiska tester (RDTs), som använder antikroppar för påvisande och Polymerase Chain Reaction (PCR)-analyser, som diskriminerar och kvantifiera parasiter från DNA. RDTs för närvarande endast kunna upptäcka P. falciparum och P. vivax av minst 100 parasiter/µL blod vilket resulterar i ovanligare former av sjukdomen är obehandlade. 7 , 8 däremot PCR assays diskriminera och kvantifiera olika arter av Plasmodium på en känslighet på 0,0004-5 parasiter/µL blod. Dock kräver dyra reagenser, utrustning och tekniska skicklighet, och därmed är inte lämplig för programmet fältet.
En mycket känslig, pålitlig och prisvärd teknik är nödvändigt att förbättra diagnos gånger, och därmed förbättra behandlingsresultaten och gör sjukdomen avskaffande möjligt. Försvagade Total reflektion Fourier transform (ATR-FTIR) spektroskopi erbjuder en möjlig lösning på problemet. Tidigare arbete har visat att det var möjligt att upptäcka och kvantifiera P. falciparum i metanol fast blod filmer att nå detektionsgränser < 1 parasit/µL blod (< 0,0002% parasitemia)9, som är jämförbar med PCR-metoder. Nyligen genomförda studier har visat att det är möjligt att upptäcka och kvantifiera parasiter i vattenlösning prover och därmed eliminera det fixering steget. Faktorer såsom vattenånga, spektrala buller och data behandling måste dock beaktas för optimalt resultat10.
Detta protokoll syftar till hur nya användare kan förvärva ATR-FTIR spectra och förbereda en regressionsmodell för detektion av P. falciparum från aqueous röda blodkroppar (RBC) prover10.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Donor blood</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Must be collected by a trained medical practitioner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stock blood</td>
			<td>Australian Red Cross`</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3D7 Plasmodium falciparum</td>
			<td>The Burnet Institute</td>
			<td>-</td>
			<td>Laboratory strain wild type equivalent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RPMI-1640 media with L-hepes without Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>R6504</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Albumax (Gibco)</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>E003000PJ</td>
			<td>Aliquot into 50 mL falcon tubes and store in freezer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S5761</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Giemsa Stain</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>48900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorbitol</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S1876</td>
			<td>Must be filtered before use in culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blood collection tubes (Vacutainers)</td>
			<td>Becton, Dickonson and Company</td>
			<td>367671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Immersion Oil</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>M3004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL culture dishes</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>353025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357515</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Slides</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S8902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge tubes 50 mL</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T2318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated pipette controller</td>
			<td>Integra-biosciences</td>
			<td>155 015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend X1R Centrifuge</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>75004260</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forma&#8482; 310 Direct Heat CO2 Incubators</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>310TS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nikon Eclipse E-100 Binocular Microscope</td>
			<td>Nikon Instruments</td>
			<td>E100_2CE-MRTK-1</td>
			<td>When purchasing ensure that the 100x lens is an oil immersion lens</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker Alpha Ft-IR Spectrometer with ATR Quick Snap Attachment</td>
			<td>Bruker</td>
			<td>9308-3700</td>
			<td>Be sure to request &#34;Eco-ATR&#34; attachment when purchasing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Matlab</td>
			<td>Mathworks Inc</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Unscrambler X</td>
			<td>CAMO</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PLS-Toolbox</td>
			<td>Mathworks, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>GUI for Matlab</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis

Vi visar en metod för kvantifiering och upptäckt av parasiter i vattenlösning röda blodkroppar (RBC) med hjälp av en enkel bänkmonterade försvagade Total reflektion Fourier Transform infraröd (ATR-FTIR) spektrometer tillsammans med multivariat dataanalys ( MVDA). 3D 7 P. falciparum odlade till 10% parasitemia ringen scenen parasiter och användes att spika frisk donator isolerade röda blodkropparna för att skapa en utspädning serie mellan 0 – 1%. 10 µL av varje prov placerades på mitten av fönstret ATR diamond att förvärva spektrumet. Exempeldata behandlades att förbättra signal-brusförhållande och ta bort bidraget av vatten, och sedan andraderivatan tillämpades lös spektrala funktioner. Data analyserades sedan med hjälp av två typer av MVDA: första Principal komponent analys (PCA) att fastställa eventuella extremvärden och sedan delvis minstakvadratmetoden Regression (PLS-R) att bygga en kvantifiering modell.

Partiell minsta kvadratmetoden (PLS-R) tomt och dess associerade regression vektor, figur 1a och 1b respektive visar att signalen från parasiter skiljer sig nog från de röda blodkropparna som de kan användas för att bilda en linjär regression modell som ska användas för den Prediktion av parasiter i framtida datamängder.
En robust, linjär PLS-R modell genererades med ett R...

Watch this Scientific Journal Video about Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data An

Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

Identifiering och kvantifiering av Plasmodiumfalciparum i vattenlösning röda blodkroppar av försvagade Total reflektion infraröd spektroskopi och multivariat dataanalys

Här presenterar vi ett protokoll för påvisande och kvantifiering av Plasmodiumfalciparum i infekterade aqueous röda blodkroppar med hjälp av ett försvagat total reflektion IR spektrometer och multivariat dataanalys.

We demonstrate a method of quantification and detection of parasites in aqueous red blood cells (RBCs) by using a simple benchtop Attenuated Total ...

Det övergripande målet med detta förfarande är att bygga en regressionsmodell för förutsägelse av malariaparasitmi med atr-FTIR-spektroskopi med multivariat dataanalys. Denna metod kan bidra till att påskynda point-of-care diagnostik som kan bidra till att förbättra patientens resultat i framtiden. Den största fördelen med denna teknik är att medan modellen kan ta lite tid att bygga, det är mycket portabel, användarvänlig, mycket känslig, och låg kostnad.Även om denna metod möjliggör kvantifiering av malariaparasiter, kan den också användas för att observera fenotypiska svar på miljöförändringar såsom förändringar i parasitsammansättning på grund av antimikrobiella medel. Idén utvecklades från arbetet vi gjorde på Australian Synchrotron på malaria-infekterade celler. Detta var på encellsnivå.Därifrån bestämde vi oss för att använda ATR-FTIR-spektroskopi för att faktiskt utveckla det diagnostiska testet. Innan du börjar synkroniseringsförfarandet, kultur 30 milliliter av 3D7 stam Plasmodium falciparum parasiter som beskrivs i textprotokollet. Med hjälp av en automatiserad pipett, återanvänder kulturen och överföra den till en 50-milliliter koniska röret.Centrifugera kulturen på g 300 till 400 tider under standart laboratorium villkorar för fem noterar. Ta bort supernatanten genom att dra upp den med en automatiserad pipett utan att störa pelleten. Kassera avfallsmediet till en 10%-blekmedelslösning.Tillsätt långsamt 12 till 15 milliliter av en 4%sorbitol lösning till pelleten och blanda kulturen genom tak och invertering av röret tills kulturen är homogen. Inkubera kulturen vid 37 grader Celsius i 15 minuter. Efter 15 minuter centrifuger kulturen i fem minuter.Använd en automatiserad pipett för att ta bort supernatanten utan att störa pelleten. Tillsätt 10 till 15 milliliter på 0,9%koksaltlösning till pelleten och blanda lösningen genom att tak och invertera röret tills kulturen är homogen. Upprepa centrifugeringen och saltlösningen tvätta två gånger till för att avlägsna alla rester av sorbitol.För att påbörja detta förfarande, centrifug beståndet röda blodkroppar, eller RBCs. Ta bort supernatanten och tvätta med 0,9%koksaltlösning totalt tre gånger. Centrifugera beståndet RBCs och kulturen på 300 till 400 gånger g i fem minuter och kasta supernatanten från varje rör.Etikett åtta mikrocentrifugrör som anges. Använd sedan en 0,2 till 20 mikroliterpipett för att lägga till lämplig mängd kultur till varje rör. Därefter lägger lämplig mängd lager RBCs till varje rör för att få önskad parasitemia utspädning.Centrifugera det färska donatorblod som samlats i antikoaguleringsrör vid 1, 200 gånger g och vanliga laboratorieförhållanden i 10 minuter. Ta bort plasman genom att dra upp den med en pipett och kasta den till en 10%blekmedelslösning. Tillsätt 900 mikroliter av isolerade givare RBCs i varje mikrocentrifugrör och blanda noggrant genom att invertera 10 gånger.En enkel bänkskiva försvagad Total Reflection Fourier Transform Infrared, eller ATR-FTIR spektrometer kommer att användas för att förvärva spektrumet. Förbered och rengör kristallen genom att använda luddfria våtservetter som dämpats med ultrarent vatten för att försiktigt skrubba kristallen i en cirkelrörelse. Använd sedan en annan luddfri torka för att grundligt torka kristallen.Ta en bakgrundsmätning av luften genom att klicka på Bakgrundsmätning. Var 20:e minut, rengör kristallen och upprepa den här mätningen. Öppna livevisningen genom att klicka på Förhandsgranska.Observera en plan, horisontell baslinje som indikerar att kristallen är ren. Pipett 10 mikroliter av avjoniserat vatten direkt på mitten av kristallen och klicka på Mät Prov. Torka kristallen med hjälp av en luddfri torka och en mild cirkulär rörelse.Pipett 10 mikroliter prov på mitten av kristallen och klicka på Mät Prov. Rengör kristallen mellan proverna. I denna demonstration kommer multivariat dataanalys att utföras med hjälp av MATLAB.Påbörja databehandling genom att mata in analys i kommandofönstret för att öppna det grafiska användargränssnittet. Högerklicka på rutan X för att hitta Importera data. Välj typ av fil för analys.Importera exempel,vatten och baslinjespektra som datauppsättningar till arbetsplatsen genom att välja alla spektra i varje uppsättning separat, klicka på Öppna och ge varje uppsättning ett kort namn. Klicka på Ny variabel i kommandofönstret och ge vektorn namnet Parasitemia. Mata in parasitemia av varje prov.Högerklicka på rutan X för att hitta Plot Data. Klicka på plotdata-ikonen om du vill rita upp data. Inspektera spektra för vattenånga effekter genom att klicka Zooma och zooma in på 1, 800 till 1, 400 per centimeter, mest tydligt observeras som kort, skarpa, smala toppar längs sluttningarna av Amide I och Amide II band.Vid extrem vattenånga öppnar du fliken Redigera förprocessdata och väljer Utjämning. Minska bruset och/eller starka vattenångbidrag genom att jämna ut provet och vattenspektra. Efter ytterligare databehandling enligt beskrivningen i textprotokollet öppnar du fliken Redigera data och i kolumnvariabler väljer du 2980 till 2800 per centimeter och 1750 till 850 per centimeter genom att se till att endast deras rutor är kryssade.Uppgifterna är nu redo för analys. Om du vill utföra huvudkomponentanalys, eller PCA, klickar du på Analysdekomposition och väljer PCA. Klicka på Byggmodell.Observera 95%s konfidensgränsen, den streckade ringen, på noterna tomt mellan PC 1 och PC 2. Använd verktyget Välj spectra för att markera provspektra med poäng som uppstår utanför gränsen som potentiella extremvärden. Om du vill utföra partiell minsta kvadratisk regression, eller PLSR, klickar du på Analysregression och väljer PLSR.Högerklicka på Y-blocket och välj vektorn Parasitemia build-modellen. Analysera regressionsmodellen och regressionsvektorn och identifiera de biologiska banden. En partiell minst kvadrat regression tomt av RBCs spetsade mellan noll till en procent Parasitemia genererade en R-kvadrat värde av 0,87 och en rot betyder kvadrat kors validering fel på 0,13%Parasitemia.Detta visar förmågan hos modellen att förutsäga Parasitemia i varje prov med den kända Parasitemia på x-axeln och den förutsagda Parasitemia på y-axeln. Den tillhörande regressionskoefficienten beskriver bidraget från varje band till modellens prediktiva förmåga. Ju intensivare bandet är, desto mer bidrar det till modellen, och därmed, hur parasiten förändrar blodets kemiska sammansättning.Resultaten visar att signalen från parasiter är tillräckligt distinkta från rbcs att de kan användas för att bilda en linjär regressionsmodell för förutsägelse av parasiter i framtida datamängder. När behärskar, denna teknik kan ta mindre än tre minuter per prov om de utförs på rätt sätt. Samtidigt försöker detta förfarande, Det är viktigt att komma ihåg att rengöra ATR kristaller av alla rester.Efter detta förfarande, andra malaria arter såsom P vivax och P malariae kan modelleras för att besvara sådana frågor som, Är ATR-FTIR spektroskopi känslig nog att skilja mellan arter? Efter dess utveckling banade denna teknik vägen för forskare inom biospektrakop för att utforska detektion och kvantifieringar av andra blodburna patogener och även analysera i blodet som glukos och urea. Efter att ha sett den här videon, bör du ha en god förståelse för ATR-FTIR spektroskopi och NVDA analys för att bygga en regressionsmodell.Glöm inte att arbeta med patientblod och malaria prover kan vara farligt, och lämplig biosäkerhet nivå utbildning och inneslutning bör alltid göras när du försöker detta förfarande.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

In Situ SIMS och IR-spektroskopi väldefinierade ytor förbehandlade av Soft Landing av Mass-utvalda Joner

Soft landing of mass-selected ions onto surfaces is a powerful approach for the highly-controlled preparation of materials that are inaccessible using ...

Radiolabeling and Quantification of Cellular Levels of Phosphoinositides by High Performance Liquid Chromatography-coupled Flow Scintillation

Radiomärkning och kvantifiering av cellulära nivåerna av fosfoinositider från High Performance Liquid Chromatography kopplade Flow Scintillation

Phosphoinositides (PtdInsPs) are essential signaling lipids responsible for recruiting specific effectors and conferring organelles with molecular ...

Construction of Models for Nondestructive Prediction of Ingredient Contents in Blueberries by Near-infrared Spectroscopy Based on HPLC Measurements

Konstruktion av modeller för oförstörande Prediction av ingrediens innehåll i blåbär med nära infraröd spektroskopi Baserat på HPLC-mätningar

Nondestructive prediction of ingredient contents of farm products is useful to ship and sell the products with guaranteed qualities. Here, near-infrared ...

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Upptäckt och enda Cell kvantifiering av metalloxid nanopartiklar med nukleära Microprobe analys

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

Electrochemical Impedance Spectroscopy as a Tool for Electrochemical Rate Constant Estimation

Elektroimpedansspektroskopi som ett verktyg för elektrokemisk hastighet konstant uppskattning

Electrochemical impedance spectroscopy (EIS) was used for advanced characterization of organic electroactive compounds along with cyclic voltammetry (CV). ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

DNA-magnetiska partikel bindande analys av dynamiska och elektroforetiska ljusspridning

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy (TIRAS) for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy TIRAS for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

Totalreflexion Absorption spektroskopi (TIRAS) för detektion av solvatiserade elektroner på en Plasma-flytande gränssnitt

The total internal reflection absorption spectroscopy (TIRAS) method presented in this article uses an inexpensive diode laser to detect solvated ...

Elemental-sensitive Detection of the Chemistry in Batteries through Soft X-ray Absorption Spectroscopy and Resonant Inelastic X-ray Scattering

Elemental-känslig detektion av kemi i batterier genom mjuk X-ray Absorption spektroskopi och Resonant oelastisk X-ray Scattering

Energy storage has become more and more a limiting factor of today's sustainable energy applications, including electric vehicles and green electric grid ...

Characterizing Lewis Pairs Using Titration Coupled with In Situ Infrared Spectroscopy

Karakterisera Lewis par med titrering tillsammans med In Situ Infraröd spektroskopi

Lewis acid-activation of carbonyl-containing substrates is a fundamental basis for facilitating transformations in organic chemistry. Historically, ...

Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy

Kovalent fastsättning av enstaka molekyler för AFM-baserad force spectroscopy

Atomic force microscopy (AFM)-based single molecule force spectroscopy is an ideal tool for investigating the interactions between a single polymer and ...