Name: detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis
Uploaded: 2018-11-02T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data An

Yazarlar için finansman Avustralya Araştırma Konseyi tarafından sağlanan (gelecek bursu FT120100926 BRW için), Ulusal Sağlık ve tıbbi araştırma Konseyi, Avustralya'da (Program grant ve kıdemli araştırma bursu için JGB; Erken kariyer bursu JSR; Altyapı araştırma enstitüleri destek düzeni Grant Burnet Enstitüsü için), ve Victoria Eyalet hükümeti operasyonel alt yapıyı desteklemek Burnet Enstitüsü için Grant. Bay Finlay Shanks enstrümantal desteği anıyoruz.

Lütfen uygun malzeme güvenlik veri sayfaları (MSDS) başvurun ve uygun seviye 2 (BSL-2) eğitim aramak. Tüm kodlamayla adımları aseptik teknik kullanılarak, eğer zararlı UV ışınlarına maruz dekontaminasyon adımları, iğne sopa yaralanmalar ve biyolojik etkilenme olasılığını ortadan kaldırmak ve enfeksiyon riski olduğu anlamına gelir bir BSL-2 dolapta yapılmalıdır parazit kültür herhangi bir yaralanma girer. Ayrıca, stok kan kan bankalardan belirli hastalıklar ve kan hastalıkları kaynaklı ...

<ol>
	<li>Hommel, M., Gilles, H., Collier, L., Balows, A., Sussman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+20.">Chapter 20.</a> Topley &amp; Wilson's Microbiology and Microbial Infections. Vol. 5 Parasitology. , 361 (1998).</li><li>World Health Organization. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> World Malaria Report 2016. , (2016).</li><li>Rogers, W., Murray, P., Baron, E., Pflaller, M., Tenover, F., Yolken, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+105.">Chapter 105.</a> Manual of Clinical Microbiology. , 1355 (1999).</li><li>White, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+9.">Chapter 9.</a> Manson's Tropical Infectious Diseases. 23, 532-600 (2014).</li><li>Lindblade, K. A., Steinhardt, L., Samuels, A., Kachur, S. P., Slutsker, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+silent+threat:+asymptomatic+parasitemia+and+malaria+transmission.">The silent threat: asymptomatic parasitemia and malaria transmission.</a> Expert Rev Anti Infect Ther. 11 (6), 623-639 (2013).</li><li>Hanscheid, T., Grobusch, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+useful+is+PCR+in+the+diagnosis+of+malaria.">How useful is PCR in the diagnosis of malaria.</a> Trends Parasitol. 18 (9), 395-398 (2002).</li><li>Joanny, F., L&#246;hr, S. J., Engleitner, T., Lell, B., Mordm&#252;ller, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Limit+of+blank+and+limit+of+detection+of+Plasmodium+falciparum+thick+blood+smear+microscopy+in+a+routine+setting+in+Central+Africa.">Limit of blank and limit of detection of Plasmodium falciparum thick blood smear microscopy in a routine setting in Central Africa.</a> Malar J. 13 (1), 234-241 (2014).</li><li>World Health Organisation. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Malaria Rapid Diagnostic Test Performance: results of WHO product testing of malaria RDTs: round 6 (2014-2015). , (2014).</li><li>Khoshmanesh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+quantification+of+early-stage+malaria+parasites+in+laboratory+infected+erythrocytes+by+attenuated+total+reflectance+infrared+spectroscopy+and+multivariate+analysis.">Detection and quantification of early-stage malaria parasites in laboratory infected erythrocytes by attenuated total reflectance infrared spectroscopy and multivariate analysis.</a> Anal Chem. 86, 4379-4386 (2014).</li><li>Martin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+common+anticoagulants+in+detection+and+quantification+of+malaria+parasitemia+in+human+red+blood+cells+by+ATR-FTIR+spectroscopy.">The effect of common anticoagulants in detection and quantification of malaria parasitemia in human red blood cells by ATR-FTIR spectroscopy.</a> Anal. 142 (8), 1192-1199 (2017).</li><li>Fabian, H., M&#228;ntele, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of Vibrational Spectroscopy. , (2006).</li><li>Whelan, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscoptMonitoring+the+reversible+B+to+A-like+transition+of+DNA+in+eukaryotic+cells+using+Fourier+transform+infrared+spectroscopy.">Monitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscoptMonitoring the reversible B to A-like transition of DNA in eukaryotic cells using Fourier transform infrared spectroscopy.</a> Nucleic Acid Res. 39 (13), 5439-5448 (2011).</li><li>Wood, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+importance+of+hydration+and+DNA+conformation+in+interpreting+infrared+spectra+of+cells+and+tissues.">The importance of hydration and DNA conformation in interpreting infrared spectra of cells and tissues.</a> Chem Soc Rev. 45, 1980-1998 (1980).</li><li>Plyler, E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Infrared+spectra+of+methanol,+ethanol,+and+rn-propanol.">Infrared spectra of methanol, ethanol, and rn-propanol.</a> J Res Natl Bur Stand. 48 (4), (1952).</li></ol>

PLS-R modeli Doğrusal bir ilişki, Y bulduğu bir yöntemdir denetimli birden fazla varyasyon = bX + E on, akıllı değişken X arasındaki (burada, her wavenumber absorbans) ve sürekli değişken Y (burada, parasitemia düzey). Kısacası, model değişkenleri x korelasyon x ile Y farkı yakalamak gizli değişkenler (LVs) yeni bir dizi oluşturmak için birleştirir ve regresyon vektör (b) hesaplar bu y değeri tahmin yeni bir spektrum sonuçları ile çarpılır. İki değer modeli gücünü alınabilir: R2</...

Sıtma bizim zaman en yıkıcı hastalıklar arasında olduğunu; endemik bölgelerde risk yarım nüfus yaşıyor ve orantısız yoksul1,2,3,4durumu. Sorunun büyük bir parçası asemptomatik taşıyıcılar ve toplumlarda kalıcı olması izin ve sivri enfeksiyon sırasında ıslak mevsim neden rezervuarlar için sivrisinek vektörel çizimler5, aracı olarak erken sahne hastalar var. Sıtma en ölümcül hastalık2en ağır formu neden P. falciparum olduğunu beş Plasmodium parazitler tarafından nedeniyle oluşur.
Şu anda, sıtma tanısı için mükemmel daha az tekniklerdir. Optik mikroskobu, geçerli altın standart, sadece 62-88 parazitler/µL kullanılan yöntem6bağlı olarak algılayabilir. Ayrıca, intensiveness ve yüksek beceri gerekli, birçok bölgeler mikroskopi misdiagnoses nedeniyle > özellikle düşük parasitaemia sahip olanlar doğrudan kaynakları alanında ve sonuçlarında eksikliği bağlanabilir2, seviyesi %50 Olguların anti-sıtma ilaçları suistimal. Hızlı tanı antikorlar algılama ve ayırımcılık ve parazitlerin DNA'ölçmek polimeraz zincir tepkimesi (PCR) deneyleri için kullanan testleri (RDTs), diğer 2 ana tanı yöntemleri vardır. Şu anda, RDTs sadece P. falciparum ve P. bağlı en az 100 parazit/µL kan hastalığı tedavi edilmezse nadir formlarda kaynaklanan tespit edebiliyoruz. 7 , 8 buna ek olarak, PCR deneyleri ayırımcılık ve Plasmodium farklı tür bir duyarlılık 0.0004-5, ölçmek parazitler/µL kan. Ancak, bu pahalı reaktifler, ekipman ve teknik beceri gerektirir ve böylece alan uygulama için uygun değildir.
Son derece hassas, güvenilir ve uygun fiyatlı bir teknik tanı kez, böylece hasta sonuçları iyileştirilmesi ve hastalık ortadan kaldırılması mümkün hale geliştirmek için önemlidir. Zayıflatılmış toplam yansıma Fourier dönüşümü (ATR-FTIR) spektroskopisi bu sorun için olası bir çözüm sunar. Önceki çalışma algılamak ve P. falciparum kan filmler algılama sınırları elde sabit metanol ölçmek mümkün olduğunu göstermiştir < 1 parazit/µL kan (< %0.0002 parasitemia) PCR yöntemleri için karşılaştırılabilir olan9,. Son yıllarda yapılan çalışmalarda algılamak ve parazitler sulu örneklerinde ölçmek ve böylece fiksasyon adım ortadan kaldırmak mümkün olduğunu göstermiştir. Ancak, su buharı, spektral gürültü ve veri tedavi gibi faktörler en iyi sonuçları10için dikkate alınması gerekir.
Yeni kullanıcılar ATR-FTIR spectra almak ve sulu kırmızı kan hücreleri (RBC) örnekleri10 P. falciparum tespiti için bir regresyon modeli hazırlamak nasıl göstermek için bu protokolü amaçlamaktadır.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Donor blood</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Must be collected by a trained medical practitioner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stock blood</td>
			<td>Australian Red Cross`</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3D7 Plasmodium falciparum</td>
			<td>The Burnet Institute</td>
			<td>-</td>
			<td>Laboratory strain wild type equivalent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RPMI-1640 media with L-hepes without Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>R6504</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Albumax (Gibco)</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>E003000PJ</td>
			<td>Aliquot into 50 mL falcon tubes and store in freezer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S5761</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Giemsa Stain</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>48900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorbitol</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S1876</td>
			<td>Must be filtered before use in culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blood collection tubes (Vacutainers)</td>
			<td>Becton, Dickonson and Company</td>
			<td>367671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Immersion Oil</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>M3004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL culture dishes</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>353025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357515</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10mL pipette tips</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Slides</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S8902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge tubes 50 mL</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T2318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated pipette controller</td>
			<td>Integra-biosciences</td>
			<td>155 015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend X1R Centrifuge</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>75004260</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forma&#8482; 310 Direct Heat CO2 Incubators</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>310TS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nikon Eclipse E-100 Binocular Microscope</td>
			<td>Nikon Instruments</td>
			<td>E100_2CE-MRTK-1</td>
			<td>When purchasing ensure that the 100x lens is an oil immersion lens</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bruker Alpha Ft-IR Spectrometer with ATR Quick Snap Attachment</td>
			<td>Bruker</td>
			<td>9308-3700</td>
			<td>Be sure to request &#34;Eco-ATR&#34; attachment when purchasing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Matlab</td>
			<td>Mathworks Inc</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>The Unscrambler X</td>
			<td>CAMO</td>
			<td></td>
			<td>Multivariate data analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PLS-Toolbox</td>
			<td>Mathworks, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>GUI for Matlab</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection and quantification of plasmodium falciparum in aqueous red blood cells by attenuated total reflection infrared spectroscopy and multivariate data analysis

Biz miktar yöntemi ve parazitler ve sulu kırmızı kan hücrelerinde (RBCs) algılama çok değişkenli veri analizi () ile birlikte basit benchtop zayıflatılmış toplam yansıma Fourier Transform Infrared (ATR-FTIR) spektrometresi kullanılarak göstermek MVDA). 3D 7 P. falciparum % 10 parasitemia yüzük sahne parazitler için kültürlü ve seri 0-1 arasında bir seyreltme oluşturmak için taze donör izole RBCs spike için kullanılan %. Her örneğinin 10 µL spektrum elde etmek için ATR elmas pencerenin ortasına yerleştirildi. Örnek verileri sinyal gürültü oranı artırmak için ve su katkısını kaldırmak için tedavi edildi ve sonra ikinci türev spektral özellikleri gidermek için uygulandı. Verileri daha sonra MVDA iki tür kullanarak analiz edildi: ilk asıl bileşen analizi (herhangi bir aykırı ve sonra kısmi en küçük kareler regresyon (PLS-R) miktar model oluşturmak için belirlemek için PCA).

Kısmi en küçük kareler (PLS-R) Arsa ve onun ilişkili regresyon vektör, Şekil 1a ve 1b sırasıyla, parazit sinyal bir doğrusal regresyon modeli için kullanılacak form için kullanılabilir RBCs yeterince farklı olduğunu göstermektedir tahmin parazitler ve gelecekteki veri kümesi.
Sağlam, doğrusal PLS-R modeli 0,87 bir R-kare değeri ile oluşturulan ve %0.13 parasite...

Watch this Scientific Journal Video about Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data An

Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

Algılama ve miktar için Plasmodium falciparum içinde sulu kırmızı kan hücreleri tarafından toplam yansıma kızılötesi spektroskopi zayıflatılmış ve çok değişkenli veri analizi

Burada, bir protokol için Plasmodium falciparum miktar virüslü sulu kırmızı kan hücrelerinde bir zayıflatılmış toplam yansıma kızılötesi Spektrometre ve çok değişkenli veri analizi kullanarak ve algılama mevcut.

We demonstrate a method of quantification and detection of parasites in aqueous red blood cells (RBCs) by using a simple benchtop Attenuated Total ...

Bu işlemin genel amacı, çok değişkenli veri analizi ile ATR-FTIR spektroskopisi kullanarak sıtma paraziti tahmini için bir regresyon modeli oluşturmaktır. Bu yöntem, gelecekte hasta sonuçlarını iyileştirmeye yardımcı olabilecek bakım noktası tanılarının hızlandırılabına yardımcı olabilir. Bu tekniğin en büyük avantajı, modelin oluşturulması biraz zaman alsa da, son derece taşınabilir, kullanıcı dostu, son derece hassas ve düşük maliyetli olmasıdır.Bu yöntem sıtma parazitlerinin sayısallaştırılmasını mümkün kılmasına rağmen, antimikrobiyal ajanlara bağlı parazit bileşimindeki değişiklikler gibi çevresel değişikliklere yapılan fenotipik yanıtı gözlemlemek için de kullanılabilir. Bu fikir, Avustralya Senkrotron'da sıtma yalıtılmış hücreler üzerinde yaptığımız çalışmalardan gelişti. Bu tek hücreli seviyedeydi.Oradan, atr-FTIR spektroskopisi aslında tanı testi geliştirmek için kullanmaya karar verdi. Senkronizasyon prosedürübaşlamadan önce, kültür 30 mililitre 3D7 zorlanma Plasmodium falciparum parazitler metin protokolünde açıklandığı gibi. Otomatik bir pipet kullanarak, kültürü yeniden askıya alın ve 50 mililitrelik konik bir tüpe aktarın.Kültürü standart laboratuvar koşullarında 300-400 kat g olarak beş dakika santrifüj edin. Peleti bozmadan otomatik bir pipetle çizerek süpernatantı çıkarın. Atık ortamı %10 çamaşır suyu çözeltisine atın.Yavaş yavaş pelet için% 4 sorbitol çözeltisi 12 ila 15 mililitre ekleyin ve kültür homojen olana kadar tüp kapama ve ters çevirerek kültürü karıştırın. Kültürü 37 derecede 15 dakika kuluçkaya yatırın. 15 dakika sonra, beş dakika için kültür santrifüj.Peletrahatsız etmeden supernatant kaldırmak için otomatik bir pipet kullanın. Pelete %0,9 tuz 10 ila 15 mililitre ekleyin ve kültür homojen olana kadar tüpü kaplayıp ters çevirerek çözeltiyi karıştırın. Santrifüj ve tuzlu çözeltisi sorbitol tüm kalıntıları kaldırmak için iki kez daha yıkayın tekrarlayın.Bu prosedürü başlatmak için, stok kırmızı kan hücreleri santrifüj, veya RBC. Supernatant çıkarın ve üç kez toplam% 0.9 tuzlu ile yıkayın. Stok RBC'leri ve kültürü 5 dakika boyunca 300 ila 400 kez g olarak santrifüj edin ve her tüpten süpernatant atın.Sekiz mikrosantrifüj tüpünü belirtildiği gibi etiketle. Sonra her tüp için kültür uygun miktarda eklemek için 0,2 ila 20 mikrolitrelik pipet kullanın. Daha sonra, istenilen parazitseyreltme elde etmek için her tüp stok RBC uygun miktarda ekleyin.Antikoagülan tüplerde toplanan taze donör kanı 1,200 kez g ve standart laboratuvar koşullarında 10 dakika santrifüj edin. Bir pipet ile çizerek ve% 10 çamaşır suyu çözeltisi içine atarak plazma çıkarın. Her mikrosantrifüj tüpüne 900 mikrolitre izole donör RBC ekleyin ve 10 kez ters çevirerek iyice karıştırın.Basit bir tezgah üstü Zayıflatılmış Toplam Yansıma Fourier Transform Infrared veya ATR-FTIR spektrometresi spektrum elde etmek için kullanılacaktır. Kristali dairesel bir hareketle hafifçe temizlemek için ultra saf suyla nemlendirilmiş tüy bırakmayan mendiller kullanarak kristali hazırlayın ve temizleyin. Daha sonra, iyice kristal kurutmak için başka bir tiftik içermeyen silme kullanın.Arka Plan Ölçümü'ne tıklayarak havanın arka plan ölçümlerini alın. Her 20 dakikada bir kristali temizleyin ve bu ölçümü tekrarlayın. Önizleme'yi tıklatarak canlı görünümü açın.Kristalin temiz olduğunu gösteren düz, yatay bir taban çizgisini gözlemleyin. Pipet 10 mikrolitre deiyonize su doğrudan kristalin ortasına ve Ölçü Örneği'ni tıklatın. Tüy bırakmayan bir silme ve hafif dairesel bir hareket kullanarak kristali kurulayın.Pipet 10 mikrolitre numune kristalin ortasına ve Ölçü Örneği'ni tıklatın. Kristali numuneler arasında temizleyin. Bu gösteride MATLAB kullanılarak çok değişkenli veri analizi yapılacaktır.Veri işlemeye başlamak için, grafik kullanıcı arabirimini açmak için komut penceresine giriş çözümlemesi. Alma Verilerini bulmak için X kutusuna sağ tıklayın. Çözümleme için dosya türünü seçin.Her kümedeki tüm spektrumları ayrı ayrı seçerek, Aç'ı tıklatarak ve her kümeye kısa bir ad vererek, örnek, su ve temel spektrumları işyerine veri kümesi olarak aktarın. Komut penceresinde Yeni Değişken'i tıklatın ve vektöre Parazitmia adını verin. Her numunenin Paraziti'ni girdirin.Çizim Verilerini bulmak için X kutusuna sağ tıklayın. Verileri çizmek için Verileri Çiz simgesini tıklatın. Zum'u tıklatarak ve 1, 800-1, 400 santimetreyi yakınlaştırarak su buharı etkileri için spektrumları inceleyin, en açık şekilde Amide I ve Amide II bantlarının yamaçlarında kısa, keskin, dar zirveler olarak gözlendi.Aşırı su buharı durumlarında, İşlem Öncesi Edit veri sekmesini açın ve Düzleme'yi seçin. Numuneyi ve su spektrumlarını yumuşatarak gürültüyü ve/veya güçlü su buharı katkılarını azaltın. Metin protokolünde açıklandığı gibi daha fazla veri işlemden sonra Verileri Edit sekmesini açın ve sütun değişkenlerinde yalnızca kutularının işaretli olduğundan emin olarak 2980-2800 santimetre ve 1750-850 santimetre seçin.Veriler analiz için hazır. Ana bileşen çözümlemesi veya PCA gerçekleştirmek için Çözümlü Çözümayrış'ı tıklatın ve PCA'yı seçin. Model Oluştur'u tıklatın.PC 1 ve PC 2 arasındaki skorlar arsa% 95 güven sınırı, kesik halka, gözlemleyin. Örnek spektrumları, sınırın dışında potansiyel aykırılayıcılar olarak gösteren puanlarla işaretlemek için Spectra'yı seç aracını kullanın. Kısmi en az kareregresyon veya PLSR gerçekleştirmek için Çözümleme Regresyonu'na tıklayın ve PLSR'yi seçin.Sağ tıklayın Y bloğu ve vektör Paraziti yapı modeli seçin. Regresyon modelini ve regresyon vektörü analiz edin ve biyolojik bantları tanımlayın. RBC'lerin kısmi en az kareregresyon çizimi sıfır ile yüzde bir arasında yükselir Parasitemi0,87 R kare değeri ve %0,13 Parazitmi kök ortalama kare çapraz doğrulama hatası oluşturmıştır.Bu, modelin x ekseninde bilinen Parazitmia ve y ekseninde öngörülen Parazitmiye ile her örnekte Parazitmi tahmin etme yeteneğini gösterir. İlişkili regresyon katsayısı, her bandın modelin tahmin yeteneğine katkısını açıklar. Grup ne kadar yoğunsa, modele o kadar çok katkıda bulunur ve böylece parazitin kanın kimyasal bileşimini nasıl değiştirdiği.Sonuçlar, parazitlerden gelen sinyalin RBC'lerden yeterince farklı olduğunu ve gelecekteki veri kümelerinde parazitlerin tahmini için doğrusal bir regresyon modeli oluşturmak için kullanılabileceğini göstermektedir. Bir kez hakim, bu teknik düzgün yapılırsa örnek başına üç dakikadan az sürebilir. Bu prosedürü çalışırken, tüm kalıntı ATR kristalleri temizlemek için hatırlamak önemlidir.Bu prosedürü takiben, P vivax ve P sıtma gibi diğer sıtma türleri gibi sorulara cevap vermek için modellenebilir, ATR-FTIR spektroskopisi türler arasında ayrım yapmak için yeterince duyarlı mı? Bu teknik, geliştirildikten sonra biyospektroskopi alanında araştırmacıların kanyoluyla bulaşan diğer patojenlerin tespiti ve niceliklerini keşfetmelerinin ve hatta kanda glikoz ve üre gibi analizlerinin yolunu açmıştır. Bu videoyu izledikten sonra, bir regresyon modeli oluşturmak için ATR-FTIR spektroskopisi ve NVDA analizi iyi bir anlayışa sahip olmalıdır.Hasta kan ve sıtma örnekleri ile çalışan tehlikeli olabilir unutmayın, ve uygun biyogüvenlik düzeyi eğitim ve çevreleme her zaman bu prosedürü çalışırken yapılmalıdır.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Detection and Quantification of Plasmodium falciparum in Aqueous Red Blood Cells by Attenuated Total Reflection Infrared Spectroscopy and Multivariate Data Analysis

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

In Situ SIMS and IR Spectroscopy of Well-defined Surfaces Prepared by Soft Landing of Mass-selected Ions

Kütle-Seçilen İyonlar Yumuşak İniş Hazırlayan İyi tanımlanmış Yüzeyler Yerinde SIMS ve IR spektroskopisi

Soft landing of mass-selected ions onto surfaces is a powerful approach for the highly-controlled preparation of materials that are inaccessible using ...

Radiolabeling and Quantification of Cellular Levels of Phosphoinositides by High Performance Liquid Chromatography-coupled Flow Scintillation

Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografi-birleştiğinde Akış Parıldama tarafından Radyoetiketleme ve Fosfoinosititler Hücresel Düzeylerinin Quantification

Phosphoinositides (PtdInsPs) are essential signaling lipids responsible for recruiting specific effectors and conferring organelles with molecular ...

Construction of Models for Nondestructive Prediction of Ingredient Contents in Blueberries by Near-infrared Spectroscopy Based on HPLC Measurements

HPLC Ölçümleri dayanarak Yakın kızılötesi Spektroskopisi Yaban mersini içinde Hammadde İçeriği tahribatsız Tahmininde Modellerinin İnşaatı

Nondestructive prediction of ingredient contents of farm products is useful to ship and sell the products with guaranteed qualities. Here, near-infrared ...

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

Situ Algılama ve Metal Oksit nano tanecikleri nükleer Microprobe analizi ile tek hücre miktar

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

Electrochemical Impedance Spectroscopy as a Tool for Electrochemical Rate Constant Estimation

Elektrokimyasal empedans spektroskopisi elektrokimyasal oranı sürekli tahmini için bir araç olarak

Electrochemical impedance spectroscopy (EIS) was used for advanced characterization of organic electroactive compounds along with cyclic voltammetry (CV). ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

DNA Manyetik Parçacık dinamik ve elektroforetik ışık saçılma göre analiz bağlama

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy (TIRAS) for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

Total Internal Reflection Absorption Spectroscopy TIRAS for the Detection of Solvated Electrons at a Plasma-liquid Interface

Toplam iç yansıma soğurma spektroskopisi (TIRAS) Solvated elektron vasıl bir plazma-sıvı arayüzey tespiti için

The total internal reflection absorption spectroscopy (TIRAS) method presented in this article uses an inexpensive diode laser to detect solvated ...

Elemental-sensitive Detection of the Chemistry in Batteries through Soft X-ray Absorption Spectroscopy and Resonant Inelastic X-ray Scattering

Pil ile yumuşak x-ışını soğurma spektroskopisi ve rezonans esnek olmayan x-ışını saçılması kimyada Elemental duyarlı tespiti

Energy storage has become more and more a limiting factor of today's sustainable energy applications, including electric vehicles and green electric grid ...

Characterizing Lewis Pairs Using Titration Coupled with In Situ Infrared Spectroscopy

Situ Kızılötesi Spektroskopi ile Birleştiğinde Titrasyon Kullanarak Lewis Çiftleri Karakterize

Lewis acid-activation of carbonyl-containing substrates is a fundamental basis for facilitating transformations in organic chemistry. Historically, ...

Covalent Attachment of Single Molecules for AFM-based Force Spectroscopy

AFM tabanlı Kuvvet Spektroskopisi için Tek Moleküllerin Kovalent Eki

Atomic force microscopy (AFM)-based single molecule force spectroscopy is an ideal tool for investigating the interactions between a single polymer and ...