Name: guided protocol for fecal microbial characterization by 16s rrna-amplicon sequencing
Uploaded: 2018-03-19T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Guided Protocol for Fecal Microbial Characterization by 16S rRNA-Amplicon Sequencing at JoVE.com

Diese Arbeit wurde zum Teil unterstützt von Programms-CORE (Zuschüsse Nr. 41/11), Israel Science Foundation (Grant Nr. 908/15), und die europäischen Morbus Crohn und Colitis Organisation (ECCO).

Ethische, Genehmigung für die Studie wurde von der lokalen Forschungsethikkommission Sheba gewährt und alle Methoden wurden gemäß den einschlägigen Richtlinien und Verordnungen durchgeführt. Das Protokoll erhalten eine Zustimmung des Patienten-Ausnahme von der lokalen ethischen Review Board, seit der Fäkalien, die verwendet wurden wurden bereits vorgelegt der Mikrobiologie-Kern im Rahmen des klinischen Aufarbeitung und ohne erkennbare Patienteninformationen als Alter, Geschlecht und mikrobielle Ergebnisse. Geschri...

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	<li>Braun, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fecal+microbial+characterization+of+hospitalized+patients+with+suspected+infectious+diarrhea+shows+significant+dysbiosis.">Fecal microbial characterization of hospitalized patients with suspected infectious diarrhea shows significant dysbiosis.</a> Scientific Reports. 7, 1088 (2017).</li><li>De Filippo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+diet+in+shaping+gut+microbiota+revealed+by+a+comparative+study+in+children+from+Europe+and+rural+Africa.">Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 14691-14696 (2010).</li><li>Yatsunenko, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+gut+microbiome+viewed+across+age+and+geography.">Human gut microbiome viewed across age and geography.</a> Nature. 486, 222-227 (2012).</li><li>Rodriguez, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+composition+of+the+gut+microbiota+throughout+life,+with+an+emphasis+on+early+life.">The composition of the gut microbiota throughout life, with an emphasis on early life.</a> Microbial Ecology in Health and Disease. 26, 26050 (2015).</li><li>Turnbaugh, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+obesity-associated+gut+microbiome+with+increased+capacity+for+energy+harvest.">An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest.</a> Nature. 444, 1027-1031 (2006).</li><li>McDonald, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+Greengenes+taxonomy+with+explicit+ranks+for+ecological+and+evolutionary+analyses+of+bacteria+and+archaea.">An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea.</a> The ISME Journal. 6, 610-618 (2012).</li><li>Bakken, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Treating+Clostridium+difficile+infection+with+fecal+microbiota+transplantation.">Treating Clostridium difficile infection with fecal microbiota transplantation.</a> Clinical Gastroenterology and Hepatology. 9, 1044-1049 (2011).</li><li>Khoruts, A., Dicksved, J., Jansson, J. K., Sadowsky, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+the+composition+of+the+human+fecal+microbiome+after+bacteriotherapy+for+recurrent+Clostridium+difficile-associated+diarrhea.">Changes in the composition of the human fecal microbiome after bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficile-associated diarrhea.</a> Journal of Clinical Gastroenterology. 44, 354-360 (2010).</li><li>Nood, E. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Duodenal+infusion+of+donor+feces+for+recurrent+Clostridium+difficile.">Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile.</a> The New England Journal of Medicine. 368, 407-415 (2013).</li><li>Koplan, J. P., Benfari Ferraro, M. J., Fineberg, H. V., Rosenberg, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Value+of+stool+cultures.">Value of stool cultures.</a> The Lancet. 316, 413-416 (1980).</li><li>Platts-Mills, J. A., Liu, J., Houpt, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+concepts+in+diagnostics+for+infectious+diarrhea.">New concepts in diagnostics for infectious diarrhea.</a> Mucosal Immunology. 6, 876-885 (2013).</li><li>Bokulich, N. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality-filtering+vastly+improves+diversity+estimates+from+Illumina+amplicon+sequencing.">Quality-filtering vastly improves diversity estimates from Illumina amplicon sequencing.</a> Nature Methods. 10, 57-59 (2013).</li><li>Leek, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tackling+the+widespread+and+critical+impact+of+batch+effects+in+high-throughput+data.">Tackling the widespread and critical impact of batch effects in high-throughput data.</a> Nature Reviews Genetics. 11, (2010).</li><li>Dubilier, N., McFall-Ngai, M., Zhao, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Create+a+global+microbiome+effort.">Create a global microbiome effort.</a> Nature. 526, 631-634 (2015).</li><li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+patterns+of+16S+rRNA+diversity+at+a+depth+of+millions+of+sequences+per+sample.">Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample.</a> PNAS. 108, 4516-4522 (2011).</li><li>Flores, G. E., Henley, J. B., Fierer, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+direct+PCR+approach+to+accelerate+analyses+of+human-associated+microbial+communities.">A direct PCR approach to accelerate analyses of human-associated microbial communities.</a> PloS One. 7, (2012).</li><li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data.">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nature Methods. 7, 335-336 (2010).</li><li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DADA2:+High-resolution+sample+inference+from+Illumina+amplicon+data.">DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data.</a> Nature Methods. 13, 581-583 (2016).</li><li>Lozupone, C., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UniFrac:+A+new+phylogenetic+method+for+comparing+microbial+communities.">UniFrac: A new phylogenetic method for comparing microbial communities.</a> Applied and Environmental Microbiology. 71, 8228-8235 (2005).</li><li>Lozupone, C., Lladser, M. E., Knights, D., Stombaugh, J., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UniFrac:+An+effective+distance+metric+for+microbial+community+comparison.">UniFrac: An effective distance metric for microbial community comparison.</a> The ISME Journal. 5, 169-172 (2011).</li><li>Srinivasan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+16S+rRNA+gene+for+identification+of+a+broad+range+of+clinically+relevant+bacterial+pathogens.">Use of 16S rRNA gene for identification of a broad range of clinically relevant bacterial pathogens.</a> PloS One. 10, e0117617 (2015).</li><li>Hiergeist, A., Gl&#228;sner, J., Reischl, U., Gessner, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analyses+of+intestinal+microbiota:+culture+versus+sequencing.">Analyses of intestinal microbiota: culture versus sequencing.</a> ILAR Journal. 56, 228-240 (2015).</li><li>Didelot, X., Bowden, R., Wilson, D. J., Peto, T. E. A., Crook, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transforming+clinical+microbiology+with+bacterial+genome+sequencing.">Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing.</a> Nature Reviews Genetics. 13, 601-612 (2012).</li><li>Salipante, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+16S+rRNA+next-generation+sequencing+of+polymicrobial+clinical+samples+for+diagnosis+of+complex+bacterial+infections.">Rapid 16S rRNA next-generation sequencing of polymicrobial clinical samples for diagnosis of complex bacterial infections.</a> PloS One. 8, e65226 (2013).</li><li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultra-high-throughput+microbial+community+analysis+on+the+Illumina+HiSeq+and+MiSeq+platforms.">Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms.</a> The ISME Journal. 6, 1621-1624 (2012).</li></ol>

16 s rRNA-Amplifikate und Metagenomik Shotgun Sequencing haben Popularität in klinischer Mikrobiologie Anwendungen21,22,23gewonnen. Diese Techniken sind vorteilhaft in ihre erhöhte Fähigkeit, kultivierbare und nicht-kultivierbare Taxa, die Bereitstellung von Daten über die relative Häufigkeit der pathogenen Inokulum und ihre Fähigkeit, genauer gesagt eine infektiöse Biofilm zu identifizieren zu erfassen Fingerabdruck-24. Die Fortsch...

Konzentrierte Anstrengungen wurden unternommen, Microbiome Vielfalt und Fülle, als ein weiterer Aspekt für den Fang von Unterschiede und Ähnlichkeiten zwischen den Individuen in gesunden und pathologischen Bedingungen besser zu verstehen. Alter2,3, Geographie4, Lebensstil5,6, und Krankheit5 zeigten sich die Zusammensetzung der Darm Microbiome zugeordnet werden, aber viele Bedingungen und Populationen wurden noch nicht vollständig gekennzeichnet. Vor kurzem wurde berichtet, dass das Mikrobiom für therapeutische Anwendungen7,8,9geändert werden kann. Daher ist zusätzliche Einblicke in die Beziehung zwischen verschiedenen physiologischen Bedingungen und der mikrobiellen Zusammensetzung der erste Schritt zur Optimierung der potenzielle zukünftige Änderungen.
Die traditionelle mikrobielle Kultur-Methoden sind durch niedrige Erträge10,11begrenzt und sind konzipiert als einen binären Zustand, wo ein Bakterium ist entweder, im Darm zu präsentieren, oder nicht. Hochdurchsatz-DNA-basierte Sequenzierung hat mikrobielle Ökologie, ermöglichen die Erfassung aller Mitglieder der mikrobiellen Gemeinschaft revolutioniert. Länge und Qualität bleiben erhebliche Hindernisse für genaue Taxonomie Zuordnung12lesen Sequenz jedoch. Darüber hinaus können Batch-Effekte, Hochdurchsatz-basierte Experimente leiden an denen Messungen von nicht-biologischen oder nichtwissenschaftlichen Variablen13betroffen sind. In den letzten Jahren haben mehrere Programme eingerichtet, um der menschlichen Mikrobiom, einschließlich der amerikanischen Darm-Projekt, die Vereinigten Staaten (US) Human Microbiome Project und das Vereinigte Königreich (UK) MetaHIT Projekt zu studieren. Diese Initiativen haben Unmengen an Daten generiert, die nicht aufgrund mangelnder Konsistenz in ihren Ansätzen leicht vergleichbar sind. Eine Vielzahl von internationalen Projekten wie International Human Microbiome Consortium, das Projekt International Human Microbiome Standards und der National Institute of Standards and Technology (NIST) versucht, einige dieser Probleme14-Adresse , und entwickelt Standards für Microbiome Messungen, die das Erreichen der reproduktiven Ergebnisse ermöglichen sollte. Hier beschriebene ist ein integriertes Protokoll mehrere allgemein verwendeten Methoden15,16 für die 16 s rRNA Hochdurchsatz-Sequenzierung (16 s-Seq) ab Kotprobe Sammlung durch Datenanalysen. Das Protokoll beschreibt einen stützenfreien PCR-Ansatz, ursprünglich für direkte Extraktion von pflanzlichen DNA16, ermöglichen das gleichzeitige Handling einer großen Zahl von fäkalen Proben in relativ kurzer Zeit mit hoher Qualität verstärkt DNA für eine gezielte Sequenzierung der mikrobiellen Variable V4 Region auf einer gemeinsamen Plattform der Sequenzierung. Dieses Protokoll soll Wissenschaftler, die Verwendung der 16 s rRNA-Amplifikate Sequenzierung gewissermaßen robuste, reproduktive, einfach zu bedienen, ausführliche Einleitung mit wichtigen Kontrollen führen. Eine geführte und detaillierte Schritt-für-Schritt-Protokoll kann Batch-Effekt minimieren und so wird mehr vergleichbare Ergebnisse der Sequenzierung zwischen Labors zulassen.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Primers</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (IDT)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Extraction solution</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7526</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dilution solution</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D5688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kapa HiFi HotStart ReadyMix PCR Kit</td>
			<td>KAPABIOSYSTEMS</td>
			<td>KK2601</td>
			<td>PCR Master mix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quant-iT PicoGreen dsDNA Reagent kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>P7589</td>
			<td>dsDNA quantify reagent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinElute Gel extraction kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28606</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose</td>
			<td>Amresco</td>
			<td>0710-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultra Pure Water Dnase and Rnase Free</td>
			<td>Biological Industries</td>
			<td>01-866-1A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS assay kit</td>
			<td>Molecular probes</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>dsDNA detecting kit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Sensitivity D1000</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>Screen Tape 5067-5582</td>
			<td>separation and analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Screen Tape Assay</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>Reagents 5067-5583</td>
			<td>for DNA libraries</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhiX Control v3</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>15017666</td>
			<td>control library</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq Reagent Kit v2 (500 cycle)</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>MS-102-2003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethidium Bromide</td>
			<td>Amresco</td>
			<td>E406-10mL-TAM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 mL collection tubes</td>
			<td>SARSTEDT</td>
			<td>72.695.400</td>
			<td>Safe Seal collection tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic stick swab in PP test tube</td>
			<td>STERILE INTERIOR</td>
			<td>23117</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Machine</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>2720 Thermal Cycler</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequncing Machine</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>Miseq</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR workstation</td>
			<td>Biosan</td>
			<td>UV-cleaner</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>scissors</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>vortexer</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>Vortex-Genie 2</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

guided protocol for fecal microbial characterization by 16s rrna-amplicon sequencing

Der menschliche Darm Microbiome spielt eine zentrale Rolle beim Schutz der Zellen vor Verletzungen, bei der Verarbeitung von Energie und Nährstoffen und bei der Förderung der Immunität. Abweichungen von was als eine gesunde Mikrobiota Komposition (Dysbiose gilt) können lebenswichtige Funktionen führt zu pathologischen Bedingungen beeinträchtigen. Bisherigen und laufenden Forschung Bemühungen haben auf die Charakterisierung der Zusammenhänge zwischen mikrobiellen Zusammensetzung und menschliche Gesundheit und Krankheit.
Fortschritte in der Sequenzierung von Hochdurchsatz-Technologien ermöglichen Charakterisierung der mikrobiellen Zusammensetzung Darm. Diese Methoden umfassen 16 s rRNA-Amplifikate Sequenzierung und Schrotflinte Sequenzierung. 16 s rRNA-Amplifikate Sequenzierung wird verwendet, um taxonomische Zusammensetzung Profil während Schrotflinte Sequenzierung zusätzliche Informationen über Gene Vorhersagen und funktionellen Annotation bietet. In einer gezielte Sequenzierung Methode der 16 s rRNA Gens Variable Region von Vorteil ist die wesentlich geringeren Kosten im Vergleich zu Schrotflinte Sequenzierung. Sequenzunterschiede in der 16 s rRNA-Gen dienen als mikrobieller Fingerabdruck zur Identifikation und Quantifizierung von verschiedenen Taxa innerhalb einer einzelnen Probe.
Große internationale Anstrengungen haben Standards für die 16 s rRNA-Amplifikate Sequenzierung eingetragen. Mehrere Studien berichten jedoch eine Sourceschaltung der Variation von Batch-Effekt verursacht. Zur Minimierung dieser Effekt, uniformierten Protokolle für die Probenentnahme, müssen Verarbeitung und Sequenzierung umgesetzt werden. Dieses Protokoll schlägt die Integration von allgemein verwendeten Protokolle ab Kotprobe Sammlung auf Datenanalysen. Dieses Protokoll beinhaltet einen stützenfreie, direkt-PCR Ansatz, der gleichzeitige Handling und DNA-Extraktion einer großen Zahl von Stuhlproben, zusammen mit PCR Verstärkung der V4 Region ermöglicht. Darüber hinaus wird das Protokoll beschreibt die Analyse Pipeline und liefert ein Skript mit der neuesten Version des QIIME (QIIME-2-Version 2017.7.0 und DADA2). Dieses schrittweise Protokoll zielt darauf ab, die Interessenten bei der Einleitung der Verwendungdes der 16 s rRNA-Amplifikate Sequenzierung in einer robusten, reproduktive, einfach zu bedienen, detaillierte Weise zu führen.

Eine schematische Darstellung des Protokolls ist in Abbildung 1dargestellt.
Wir haben prospektiv Stuhlproben von hospitalisierten Patienten mit vermuteten infektiösen Durchfall gesammelt. Diese Proben wurden klinische Mikrobiologielabor am Sheba Medical Center zwischen Februar und Mai 2015 vorgelegt wie zuvor beschrieben1war. Stuhlproben wurden herkömmliche mikrobiologische...

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Guided Protocol for Fecal Microbial Characterization by 16S rRNA-Amplicon Sequencing

Dieses Manuskript beschreibt ein detaillierte standardisierte Protokoll von Hochdurchsatz-16 s rRNA-Amplifikate Sequenzierung. Das Protokoll stellt eine integrierte, uniformierte Machbare und preiswerte Protokoll Kotprobe Sammlung durch Datenanalysen ab. Dieses Protokoll ermöglicht die Analyse einer großen Anzahl von Proben mit strengen Standards und mehrere Steuerelemente.

Geführte Protokoll für fäkale mikrobielle Charakterisierung von 16 s rRNA-Amplifikate Sequenzierung

The human intestinal microbiome plays a central role in protecting cells from injury, in processing energy and nutrients, and in promoting immunity. ...

Research

JoVE Journal

Biology

Pyrosequencing for Microbial Identification and Characterization

Pyrosequencing für Mikrobielle Identifizierung und Charakterisierung

Pyrosequencing is a versatile technique that facilitates microbial genome sequencing that can be used to identify bacterial species, discriminate ...

Forschung

Biologie

Next-generation Sequencing of 16S Ribosomal RNA Gene Amplicons

Next-Generation-Sequenzierung der ribosomalen 16S-RNA Gene Amplikons

One of the major questions in microbial ecology is &#8220;who is there?&#8221; This question can be answered using various tools, but one of the ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

Gezielte DNA Methylierungsanalyse von Next-Generation-Sequencing

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Isolation of Specific Genomic Regions and Identification of Associated Molecules by enChIP

Isolierung von spezifischen genomischen Regionen und Identifizierung von assoziierten Moleküle durch enChIP

The identification of molecules associated with specific genomic regions of interest is required to understand the mechanisms of regulation of the ...

Fecal Glucocorticoid Analysis: Non-invasive Adrenal Monitoring in Equids

Fecal Glucocorticoid-Analyse: Nicht-invasive Monitoring-Adrenal in Equids

Adrenal activity can be assessed in the equine species by analysis of feces for corticosterone metabolites. During a potentially aversive situation, ...

Efficient Nucleic Acid Extraction and 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Community Characterization

Effiziente Nukleinsäure-Extraktion und 16S rRNA Gen-Sequenzierung für bakterielle Gemeinschaft Charakterisierung

There is a growing appreciation for the role of microbial communities as critical modulators of human health and disease. High throughput sequencing ...

A Protocol for Functional Assessment of Whole-Protein Saturation Mutagenesis Libraries Utilizing High-Throughput Sequencing

Ein Protokoll für Functional Assessment of Whole-Protein Sättigungsmutagenese-Bibliotheken mit Hilfe von High-Throughput Sequencing

Site-directed mutagenesis has long been used as a method to interrogate protein structure, function and evolution. Recent advances in massively-parallel ...

Interactome-Seq: A Protocol for Domainome Library Construction, Validation and Selection by Phage Display and Next Generation Sequencing

Interaktom-Seq: Ein Protokoll zur Domainome Bibliotheksbau, Validierung und Auswahl von Phagen-Display und Next Generation Sequencing

Folding reporters are proteins with easily identifiable phenotypes, such as antibiotic resistance, whose folding and function is compromised when fused to ...

Tick Microbiome Characterization by Next-Generation 16S rRNA Amplicon Sequencing

Tick Microbiome Charakterisierung von Next-Generation-16 s rRNA Amplikons Sequenzierung

In recent decades, vector-borne diseases have re-emerged and expanded at alarming rates, causing considerable morbidity and mortality worldwide. Effective ...

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Mikrobiota-Analyse mit zweistufiger PCR- und 16S-rRNA-Gensequenzierung der nächsten Generation

The human gut is colonized by trillions of bacteria that support physiologic functions such as food metabolism, energy harvesting, and regulation of the ...