Name: a method for targeted 16s sequencing of human milk samples
Uploaded: 2018-03-23T12:30:00
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हम प्रोटोकॉल के विकास के लिए Helty Adisetiyo, पीएचडी और Shangxin यांग, पीएचडी शुक्रिया अदा करना चाहूंगा । अंतर्राष्ट्रीय मातृ बाल चिकित्सा किशोर एड्स नैदानिक परीक्षण समूह (IMPAACT) के लिए कुल मिलाकर राष्ट्रीय एलर्जी और संक्रामक रोगों (NIAID) के राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान (NIH) पुरस्कार संख्या के अंतर्गत द्वारा प्रदान किया गया था UM1AI068632 (IMPAACT एलओसी), UM1AI068616 (IMPAACT एसडीएमसी) और UM1AI106716 (IMPAACT LC), सह-वित्त पोषण के साथ Eunice कैनेडी श्राइवर राष्ट्रीय बाल स्वास्थ्य और मानव विकास संस्थान (niched) और राष्ट्रीय मानसिक स्वास्थ्य संस्थान (NIMH) । सामग्री पूरी तरह से लेखकों की जिंमेदारी है और जरूरी नहीं कि NIH के सरकारी विचारों का प्रतिनिधित्व करते हैं ।

सभी प्रोटोकॉल चरणों के लिए, उचित व्यक्तिगत सुरक्षात्मक उपकरण (पीपीई) पहना जाना चाहिए, और कड़े संदूषण रोकथाम दृष्टिकोणों को लिया जाना चाहिए । पूर्व प्रवर्धन कार्य क्षेत्रों से काम के प्रवाह के बाद प्रव...

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	<li>Ahern, P. P., Faith, J. J., Gordon, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mining+the+human+gut+microbiota+for+effector+strains+that+shape+the+immune+system.">Mining the human gut microbiota for effector strains that shape the immune system.</a> Immunity. 40 (6), 815-823 (2014).</li><li>Postler, T. S., Ghosh, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+the+Holobiont:+How+Microbial+Metabolites+Affect+Human+Health+and+Shape+the+Immune+System.">Understanding the Holobiont: How Microbial Metabolites Affect Human Health and Shape the Immune System.</a> Cell Metab. , (2017).</li><li>Hall, M. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inter-personal+diversity+and+temporal+dynamics+of+dental,+tongue,+and+salivary+microbiota+in+the+healthy+oral+cavity.">Inter-personal diversity and temporal dynamics of dental, tongue, and salivary microbiota in the healthy oral cavity.</a> NPJ Biofilms Microbiomes. 3, 2 (2017).</li><li>Perez Perez, G. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Body+Site+Is+a+More+Determinant+Factor+than+Human+Population+Diversity+in+the+Healthy+Skin+Microbiome.">Body Site Is a More Determinant Factor than Human Population Diversity in the Healthy Skin Microbiome.</a> PLoS One. 11 (4), e0151990 (2016).</li><li>Hamady, M., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+community+profiling+for+human+microbiome+projects:+Tools,+techniques,+and+challenges.">Microbial community profiling for human microbiome projects: Tools, techniques, and challenges.</a> Genome Res. 19 (7), 1141-1152 (2009).</li><li>Human Microbiome Project, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+framework+for+human+microbiome+research.">A framework for human microbiome research.</a> Nature. 486 (7402), 215-221 (2012).</li><li>Kim, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimizing+methods+and+dodging+pitfalls+in+microbiome+research.">Optimizing methods and dodging pitfalls in microbiome research.</a> Microbiome. 5 (1), 52 (2017).</li><li>Hugerth, L. W., Andersson, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysing+Microbial+Community+Composition+through+Amplicon+Sequencing:+From+Sampling+to+Hypothesis+Testing.">Analysing Microbial Community Composition through Amplicon Sequencing: From Sampling to Hypothesis Testing.</a> Front Microbiol. 8, 1561 (2017).</li><li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultra-high-throughput+microbial+community+analysis+on+the+Illumina+HiSeq+and+MiSeq+platforms.">Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms.</a> ISME J. 6 (8), 1621-1624 (2012).</li><li>Pannaraj, P. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Association+Between+Breast+Milk+Bacterial+Communities+and+Establishment+and+Development+of+the+Infant+Gut+Microbiome.">Association Between Breast Milk Bacterial Communities and Establishment and Development of the Infant Gut Microbiome.</a> JAMA Pediatr. , (2017).</li><li>Ho, F. C., Wong, R. L., Lawton, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+colostral+and+breast+milk+cells.+A+light+and+electron+microscopic+study.">Human colostral and breast milk cells. A light and electron microscopic study.</a> Acta Paediatr Scand. 68 (3), 389-396 (1979).</li><li>Parmely, M. J., Beer, A. E., Billingham, R. 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M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maternal+HIV+infection+influences+the+microbiome+of+HIV-uninfected+infants.">Maternal HIV infection influences the microbiome of HIV-uninfected infants.</a> Sci Transl Med. 8 (349), 349ra100 (2016).</li><li>Cox, M. J., Cookson, W. O., Moffatt, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequencing+the+human+microbiome+in+health+and+disease.">Sequencing the human microbiome in health and disease.</a> Hum Mol Genet. 22 (R1), R88-R94 (2013).</li><li>Lauder, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+placenta+samples+with+contamination+controls+does+not+provide+evidence+for+a+distinct+placenta+microbiota.">Comparison of placenta samples with contamination controls does not provide evidence for a distinct placenta microbiota.</a> Microbiome. 4 (1), 29 (2016).</li><li>Salter, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reagent+and+laboratory+contamination+can+critically+impact+sequence-based+microbiome+analyses.">Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses.</a> BMC Biol. 12, 87 (2014).</li><li>Walker, A. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=16S+rRNA+gene-based+profiling+of+the+human+infant+gut+microbiota+is+strongly+influenced+by+sample+processing+and+PCR+primer+choice.">16S rRNA gene-based profiling of the human infant gut microbiota is strongly influenced by sample processing and PCR primer choice.</a> Microbiome. 3, 26 (2015).</li><li>Glassing, A., Dowd, S. E., Galandiuk, S., Davis, B., Chiodini, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inherent+bacterial+DNA+contamination+of+extraction+and+sequencing+reagents+may+affect+interpretation+of+microbiota+in+low+bacterial+biomass+samples.">Inherent bacterial DNA contamination of extraction and sequencing reagents may affect interpretation of microbiota in low bacterial biomass samples.</a> Gut Pathog. 8, 24 (2016).</li><li>Kennedy, K., Hall, M. W., Lynch, M. D., Moreno-Hagelsieb, G., Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+bias+of+illumina-based+bacterial+16S+rRNA+gene+profiles.">Evaluating bias of illumina-based bacterial 16S rRNA gene profiles.</a> Appl Environ Microbiol. 80 (18), 5717-5722 (2014).</li><li>Weiss, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+down+the+sources+of+experimental+contamination+in+microbiome+studies.">Tracking down the sources of experimental contamination in microbiome studies.</a> Genome Biol. 15 (12), 564 (2014).</li><li>Aho, V. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microbiome+of+the+human+lower+airways:+a+next+generation+sequencing+perspective.">The microbiome of the human lower airways: a next generation sequencing perspective.</a> World Allergy Organ J. 8 (1), 23 (2015).</li><li>Charlson, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topographical+continuity+of+bacterial+populations+in+the+healthy+human+respiratory+tract.">Topographical continuity of bacterial populations in the healthy human respiratory tract.</a> Am J Respir Crit Care Med. 184 (8), 957-963 (2011).</li><li>Bittinger, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+characterization+of+medically+relevant+fungi+in+the+human+respiratory+tract+using+next-generation+sequencing.">Improved characterization of medically relevant fungi in the human respiratory tract using next-generation sequencing.</a> Genome Biol. 15 (10), 487 (2014).</li><li>Jervis-Bardy, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deriving+accurate+microbiota+profiles+from+human+samples+with+low+bacterial+content+through+post-sequencing+processing+of+Illumina+MiSeq+data.">Deriving accurate microbiota profiles from human samples with low bacterial content through post-sequencing processing of Illumina MiSeq data.</a> Microbiome. 3, 19 (2015).</li><li>Knights, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bayesian+community-wide+culture-independent+microbial+source+tracking.">Bayesian community-wide culture-independent microbial source tracking.</a> Nat Methods. 8 (9), 761-763 (2011).</li><li>Lazarevic, V., Gaia, N., Girard, M., Schrenzel, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Decontamination+of+16S+rRNA+gene+amplicon+sequence+datasets+based+on+bacterial+load+assessment+by+qPCR.">Decontamination of 16S rRNA gene amplicon sequence datasets based on bacterial load assessment by qPCR.</a> BMC Microbiol. 16, 73 (2016).</li><li>Kurilshikov, A., Wijmenga, C., Fu, J., Zhernakova, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+Genetics+and+Gut+Microbiome:+Challenges+and+Perspectives.">Host Genetics and Gut Microbiome: Challenges and Perspectives.</a> Trends Immunol. 38 (9), 633-647 (2017).</li><li>. Mock microbial communities Available from: <a target="_blank" href="https://www.atcc.org/en/Products/Microbiome_Standards.aspx?utm_id=t170601524l1">https://www.atcc.org/en/Products/Microbiome_Standards.aspx?utm_id=t170601524l1</a> (2017)</li></ol>

16S rRNA के लक्षित अगली पीढ़ी के अनुक्रमण एक व्यापक रूप से इस्तेमाल किया, microbiome लक्षण वर्णन18के लिए तेजी से तकनीक है । हालांकि, कई कारकों, सहित बैच प्रभाव, पर्यावरण संदूषण, नमूना पार-संदूषण, संवेदनशीलत?...

माइक्रोबियल समुदायों कि उपनिवेश मनुष्यों को गंभीर मानव स्वास्थ्य और रोग चयापचय को प्रभावित करने के लिए महत्वपूर्ण माना जाता है, प्रतिरक्षा विकास, रोग के लिए संवेदनशीलता, और टीकाकरण और ड्रग थेरेपी के लिए प्रतिक्रियाएं1, 2. मानव स्वास्थ्य पर microbiota के प्रभाव को समझने के प्रयास वर्तमान में परिभाषित शारीरिक डिब्बों के साथ जुड़े रोगाणुओं की पहचान पर जोर (यानी, त्वचा, पेट, मौखिक, आदि), साथ ही साथ स्थानीयकृत साइटों के भीतर ये कंपार्टमेंट3,4. Underpinning इन खोजी प्रयासों तेजी से उद्भव और अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (NGS) प्रौद्योगिकियों कि एक नमूना के माइक्रोबियल आनुवंशिक सामग्री (microbiome) के विश्लेषण के लिए एक व्यापक समानांतर मंच प्रदान की वृद्धि की पहुंच है । कई शारीरिक नमूनों के लिए, संबद्ध microbiome दोनों जटिल और प्रचुर मात्रा में है (यानी, मल), लेकिन, कुछ नमूनों के लिए, microbiome कम माइक्रोबियल बायोमास (यानी, मानव दूध, लोअर श्वसन तंत्र) द्वारा प्रतिनिधित्व किया जाता है जहां संवेदनशीलता, प्रयोगात्मक कलाकृतियों, और संभावित संदूषण प्रमुख मुद्दे बन जाते हैं । microbiome अध्ययन और उचित प्रयोगात्मक डिजाइन की आम चुनौतियों एकाधिक समीक्षा लेख5,6,7,8का विषय रहा है ।
प्रस्तुत करवायी rRNA 16S V4 क्षेत्र9 के लक्षित अनुक्रमण पर आधारित एक सुदृढ़ NGS प्रायोगिक पाइपलाइन है जो मानव दूध की microbiome को चिह्नित करने के लिए है । मानव दूध के Microbiome विश्लेषण न केवल एक स्वाभाविक कम माइक्रोबियल बायोमास10द्वारा जटिल है, लेकिन इसके अतिरिक्त मानव डीएनए पृष्ठभूमि के उच्च स्तर से11,12,13,14 और पीसीआर अवरोधकों के संभावित carryover15,16 में निकाले न्यूक्लिक एसिड । यह प्रोटोकॉल व्यावसायिक रूप से उपलब्ध निष्कर्षण किटों और अर्द्ध-स्वचालित प्लेटफ़ॉर्म पर निर्भर करता है जो नमूना तैयारी बैचेस में परिवर्तनशीलता को ंयूनतम करने में मदद कर सकते हैं । यह एक अच्छी तरह से परिभाषित बैक्टीरियल नकली समुदाय है कि नमूनों के साथ एक गुणवत्ता नियंत्रण के रूप में संसाधित है प्रोटोकॉल में हर कदम को मांय और पाइपलाइन मजबूती के एक स्वतंत्र मीट्रिक प्रदान शामिल है । हालांकि के रूप में वर्णित प्रोटोकॉल मानव दूध के नमूनों के लिए विशिष्ट है, यह आसानी से मल, गुदा, योनि, त्वचा, areolar, और मौखिक झाड़ू सहित अंय नमूना प्रकार के लिए अनुकूलनीय है10,17, और के लिए एक प्रारंभिक बिंदु के रूप में सेवा कर सकते है जो microbiome विश्लेषण प्रदर्शन की इच्छा शोधकर्ताओं ।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="956">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">AllPrep RNA/DNA Mini Kit</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td style="width:153px;">80204</td>
			<td style="width:395px;">DNA/RNA extraction kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Eliminase</td>
			<td style="width:115px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:153px;">435532</td>
			<td>RNase, DNase, DNA decontaminant&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Thermo Mixer</td>
			<td style="width:115px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:153px;"></td>
			<td>temperature-controlled vortexer&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Buffer RLT plus</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td>1053393</td>
			<td>guanidinium thiocyanate lysis buffer/ Part of Allprep kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">&#223;-Mercaptoethanol&#160;</td>
			<td style="width:115px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>63689-25ML-F</td>
			<td>&#223;-ME is a reducing agent that will irreversibly denature RNases by reducing disulfide bonds</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">LME Beads</td>
			<td style="width:115px;">MP Biomedicals</td>
			<td>116914050</td>
			<td>bead tube</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">QIAgen TissueLyzer</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td>85300</td>
			<td>automated sample disruptor adapter set</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">QIAshredder column</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td>&#160;79654</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">QIAgen RB tube</td>
			<td style="width:115px;"></td>
			<td></td>
			<td>manufacturer&#39;s microcentrifuge tube in kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">QIAcube and related plasticware</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td>9001292</td>
			<td>automated DNA/RNA purification instrument</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">DNA exitus plus</td>
			<td style="width:115px;">Applichem</td>
			<td>A7089</td>
			<td>non-enzymatic decontamination solution</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">EB Buffer</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td style="width:153px;">19086</td>
			<td>elution buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QIAgility and related plasticware</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td>9001532</td>
			<td>robotic liquid handler</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PCR water</td>
			<td style="width:115px;">MO BIO</td>
			<td>17000-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">5PRIME HotMasterMix</td>
			<td style="width:115px;">Quantabio</td>
			<td>2200400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Barcoded reverse primers</td>
			<td style="width:115px;">Eurofin</td>
			<td style="width:153px;">No Catalog #&#39;s</td>
			<td>designed and ordered</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">&#160;96 well PCR plate</td>
			<td style="width:115px;">USA scientific</td>
			<td style="width:153px;">1402-9708</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Tapestation 2200 and related plasticware</td>
			<td style="width:115px;">Agilent</td>
			<td>G2964AA</td>
			<td>automated DNA/RNA fragment analyzer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">D1000 reagents for Tapestation&#160;</td>
			<td style="width:115px;">Agilent</td>
			<td>5067-5585</td>
			<td>Sample buffer and ladder are part of this kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">OneStep PCR Inhibitor Removal Kit&#160;</td>
			<td style="width:115px;">Zymo Research</td>
			<td style="width:153px;">50444470</td>
			<td>PCR inhibitor removal is done per the manufacturer&#39;s instructions.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td style="width:115px;">Qiagen</td>
			<td style="width:153px;">28104</td>
			<td>DNA clean up kit: silica-membrane-based purification of PCR products</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td style="width:115px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:153px;">Q32854</td>
			<td>dimethylsulfoxide-based dilution buffer and dye are part of this kit.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">Qubit Fluorometer</td>
			<td style="width:115px;">Thermo Fisher</td>
			<td>Q33216</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">NanoDrop</td>
			<td style="width:115px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:153px;"></td>
			<td>microvolume spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">MiSeq 300 V2 kit</td>
			<td style="width:115px;">Illumina</td>
			<td>15033624/15033626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:295px;">MiSeq&#160;&#160;&#160;</td>
			<td style="width:115px;">Illumina</td>
			<td style="width:153px;">No Catalog #&#39;s</td>
			<td>next generation sequencer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a method for targeted 16s sequencing of human milk samples

माइक्रोबियल समुदायों के अध्ययन अपेक्षाकृत सस्ती, तेजी से, और उच्च प्रवाह अनुक्रमण के विकास के साथ बड़े पैमाने पर हो गए हैं । हालांकि, इन सभी तकनीकों के साथ के रूप में, reproducible परिणाम एक प्रयोगशाला कार्यप्रवाह है कि उचित सावधानियों और नियंत्रण को शामिल पर निर्भर करते हैं । यह कम बायोमास के नमूनों के साथ विशेष रूप से महत्वपूर्ण है जहां बैक्टीरिया का डीएनए भ्रामक परिणाम उत्पन्न कर सकता है । यह लेख एक अर्द्ध स्वचालित कार्यप्रवाह 16S राइबोसोमल आरएनए (rRNA) V4 क्षेत्र के लक्षित अनुक्रमण का उपयोग कर मानव स्तन दूध नमूनों से रोगाणुओं की पहचान करने के लिए एक कम-मध्य प्रवाह पैमाने पर विवरण । प्रोटोकॉल सहित पूरे दूध से नमूना तैयारी का वर्णन: नमूना lysis, न्यूक्लिक एसिड निष्कर्षण, 16S rRNA जीन के V4 क्षेत्र के प्रवर्धन, और गुणवत्ता नियंत्रण उपायों के साथ पुस्तकालय तैयारी. महत्वपूर्ण बात, प्रोटोकॉल और चर्चा मुद्दों है कि तैयारी और उचित सकारात्मक और नकारात्मक नियंत्रण, पीसीआर अवरोधक हटाने, पर्यावरण द्वारा नमूना संदूषण, रिएजेंट, या सहित कम बायोमास नमूनों के विश्लेषण के लिए मुख्य है पर विचार प्रायोगिक सूत्रों, और प्रयोगात्मक सर्वोत्तम reproducibility सुनिश्चित करने के लिए डिजाइन प्रथाओं । जबकि प्रोटोकॉल के रूप में वर्णित मानव दूध के नमूनों के लिए विशिष्ट है, यह कई कम और उच्च बायोमास नमूना प्रकार, झाड़ू पर एकत्र नमूनों, जमे हुए स्वच्छ, या एक संरक्षण बफर में स्थिर सहित के लिए अनुकूलनीय है ।

प्रोटोकॉल यहां प्रस्तुत महत्वपूर्ण गुणवत्ता नियंत्रण (QC) कदम सुनिश्चित करने के लिए कि डेटा प्रोटोकॉल संवेदनशीलता, विशिष्टता, और संदूषण नियंत्रण के लिए मिलने के मानक उत्पंन शामिल हैं । प्?...

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A Method for Targeted 16S Sequencing of Human Milk Samples

एक अर्द्ध स्वचालित कार्यप्रवाह मानव दूध और अन्य कम बायोमास नमूना प्रकार से 16S rRNA के लक्षित अनुक्रमण के लिए प्रस्तुत किया है ।

मानव दूध नमूनों की लक्षित 16S अनुक्रमण के लिए एक विधि

Studies of microbial communities have become widespread with the development of relatively inexpensive, rapid, and high throughput sequencing. However, as ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

V3 के एचआईवी -1 tropism के genotypic निष्कर्ष का प्रयोग जनसंख्या आधारित अनुक्रमण

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

एक पैन वायरल माइक्रोएरे परख (Virochip) का प्रयोग वायरल रोगज़नक़ों के लिए नैदानिक ​​नमूनों स्क्रीन

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

Averaging of Viral Envelope Glycoprotein Spikes from Electron Cryotomography Reconstructions using Jsubtomo

Jsubtomo का उपयोग इलेक्ट्रॉन Cryotomography पुनर्निर्माण से वायरल लिफाफा ग्लाइकोप्रोटीन spikes के औसत

Enveloped viruses utilize membrane glycoproteins on their surface to mediate entry into host cells. Three-dimensional structural analysis of these ...

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

-16 RRNA लक्ष्य निर्धारण एक Digoxin लेबल डीएनए जांच का उपयोग आयल एम्बेडेड ऊतकों के भीतर जीवाणुओं की सीटू का पता लगाने में

The presence of bacteria within the pocket epithelium and underlying connective tissue in gingival biopsies from patients with periodontitis has been ...

Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS

-16 RRNA जीन अनुक्रमण और MALDI-TOF एमएस द्वारा दुर्लभ बैक्टीरियल रोगज़नक़ों की पहचान

There are a number of rare and, therefore, insufficiently described bacterial pathogens which are reported to cause severe infections especially in ...

A RAPID Method for Blood Processing to Increase the Yield of Plasma Peptide Levels in Human Blood

रक्त प्रसंस्करण के लिए एक तेजी से विधि मानव रक्त में प्लाज्मा पेप्टाइड स्तर की पैदावार बढ़ाने के लिए

Research in the field of food intake regulation is gaining importance. This often includes the measurement of peptides regulating food intake. For the ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

पर सतहों मानव Norovirus की जांच के लिए स्वाब नमूने विधि

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...

Magnetic Stirrer Method for the Detection of Trichinella Larvae in Muscle Samples

Magnetic Stirrer Method for the Detection of Trichinella Larvae in Muscle Samples

की जांच के लिए चुंबकीय उत्तेजक विधि<em&gt; त्रिचिनेल्ला</em&gt; स्नायु नमूने में लार्वा

Trichinellosis is a debilitating disease in humans and is caused by the consumption of raw or undercooked meat of animals infected with the nematode ...

Utilization of Capsules for Negative Staining of Viral Samples within Biocontainment

Biocontainment के भीतर वायरल नमूने के नकारात्मक धुंधले के लिए कैप्सूल का उपयोग

Transmission electron microscopy (TEM) is used to observe the ultrastructure of viruses and other microbial pathogens with nanometer resolution. Most ...

Identification of Mouse and Human Antibody Repertoires by Next-Generation Sequencing

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण द्वारा माउस और मानव एंटीबॉडी रिपरटोअर्स की पहचान

The immense adaptability of antigen recognition by antibodies is the basis of the acquired immune system. Despite our understanding of the molecular ...