Name: growing protein crystals with distinct dimensions using automated crystallization coupled with in situ dynamic light scattering
Uploaded: 2018-08-14T13:00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering at JoVE.com

Авторы признают, что финансирование от Европейского союза Horizon 2020 исследований и инновационной программы под Мария Склодовская-Кюри акроним «X-Зонд» Грант соглашение № 637295 и поддержка через BMBF Грант 05K16GUA и «Гамбургский центр для сверхскоростной Imaging – структуры, динамики и контроль вопрос на атомной шкале» совершенство кластер Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG).

Примечание: На протяжении всего протокола, микро лекарственных система, используемая для добавления воды будет именоваться Pump0 в то время как микро лекарственных система, используемая для добавления осадителя будет называться Pump1. Результаты этого эксперимента будут далее обсуждены и называют THM2_micro-кристаллы.
1. параметры и настройка решения
<ol><li>Фильтр 16 мл Na-тартрата раствор (1,2 М) и 16 мл дистиллированной воды с помощью фильтра 0,2 мкм стерильным шприцем. Примечание: Na тартрата раствор представляет осадителя раствора для кристаллизации эксперимента.</li>
	<li>Заполните осадителя и бутылки воды с 5 мл отфильтрованных решений. Примечание: Бутылки имеют максимальной вместимостью 5 мл.</li>
	<li>Смонтируйте бутылки в насос Держатели экспериментальной камеры.</li>
	<li>Установите экспериментальные параметры в окне программного обеспечения на следующие значения: температура 20 ° C, относительная влажность воздуха при 20 и растворителя как вода. Примечание: На рисунке 2 показывает окно, где пользователь может вставить правильные значения для каждого параметра, например температуры, относительной влажности и растворителя. Программное обеспечение окно показывает также некоторые дополнительные параметры, такие как добавки. Это только важно для экспериментов, где присутствуют добавки в осадителя раствора.</li>
	<li>Открыть дверь экспериментальной камеры и удалить coverslip перевозчика.</li>
	<li>Место чистой и силиконизированный coverslip на перевозчика и поместите его обратно в устройстве. Примечание: Coverslip имеет размер 2,2 см.</li>
	<li>Закройте экспериментальный камере для обеспечения экологических условий от шага 1.4. Примечание: Протокол может быть приостановлена здесь.</li>
</ol>2. микро дозировка систем регулировки
<ol><li>Переключение на Pump0 с использованием основной насос характеристики на рисунке 3 и создать поток воды. Примечание: Траектории поток воды будет создана на основе некоторые характеристики насоса, которые могут быть скорректированы. Рисунок 3 показывает, характеристики основного насоса и оптимальные значения, которые должны использоваться для этого эксперимента.</li>
	<li>Отрегулируйте поток воды, направленный позиции по отношению к центру coverslip вручную операционной его назначенный регулировочный винт. Переключение от Pump0.</li>
	<li>Перейдите на Pump1 и создать поток жидкости, как ранее сделали в шаге 2.1. Отрегулируйте положение поток Pump1 к позиции, установленной для Pump0. Переключение от Pump1.</li>
	<li>Замените используемые coverslip с новой и чистой один для кристаллизации эксперимент. Примечание: Обычно мягкие салфетки рекомендуются для очистки новый coverslip от остаточной пыли, до использования в эксперименте кристаллизации.</li>
</ol>3. Установка тауматина падение в экспериментальной камеры
<ol><li>Создайте новый экспериментальный файл, используя пакет программного обеспечения. Введите следующую информацию в файле экспериментальной: белков (тауматина от Thaumatococcus обращения), концентрацию протеина (14 мг/мл), осадителя (Na-тартрат) и осадителя концентрации (1,2 М). Примечание: Эта информация будет служить для автоматических расчетов осадителя и белка концентрации во время эксперимента кристаллизации.</li>
	<li>Загрузите новый файл эксперимент для того чтобы активировать всю информацию от шаг 3.1.</li>
	<li>Отметьте положение протеина капель, добавив небольшой воды падение с помощью Pump0. Примечание: Цель является создание небольших воды падение, который будет служить в качестве ориентира, на котором будет размещаться образец протеина.</li>
	<li>Нажмите на кнопку Tare установить значимость микровзвешивания к нулю. Примечание: Это будет удалить вес coverslip и лишний вес, добавил небольшой воды ориентир, созданный на шаге 3.3.</li>
	<li>Открыть крышку верхней палаты экспериментальная и Пипетка 8 мкл раствора тауматина на воде ориентир.</li>
	<li>Зарегистрируйте новое падение тауматина, следуя следующей команды.<ol>
<li>Нажмите на кнопку New падение приписать начальные условия из экспериментальной файла.</li>
		<li>Нажмите на кнопку Const для компенсации естественной испарения воды из капли.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Проверить с камеры на ПЗС, если Pump0 стремится в падении белок. Если поток воды направлен за пределами падение скорректировать положение Pump0. Примечание: С этого момента протеина капель останется на постоянный вес, добавлением автоматизированных воды, которая компенсирует природной воды испарения из протеина капель. Вес протеина капель, а также другие параметры, такие как температура и относительная влажность можно контролировать в режиме реального времени с помощью окна отображения. Эксперимент может быть приостановлена здесь.</li>
</ol>4. в Situ измерения DLS
<ol><li>Переключатель на DLS лазерные и лазерный луч в падение белка вручную с помощью регулировочных винтов.</li>
	<li>Введите следующие параметры DLS: измерение продолжительности (60 s), время ожидания между двумя измерениями (10 s) и количество измерений (300). Примечание: Первые 30 измерений будет служить в качестве ссылки измерения для белка стабильности чек. Остальная часть измерений будет служить в качестве полного расследования протеина капель в течение общая продолжительность процесса кристаллизации.</li>
	<li>Нажмите на кнопку начать для начала измерения DLS. Проверьте качество образца, выбрав один из DLS графические изображения. Примечание: Образец должен показывают высокую степень моно дисперсности, без каких-либо агрегатов в решении. DLS результаты могут быть показано и читать как: радиус распределение, радиус гистограммы, радиус сюжет, измерения суммарных, или как обзор всего показатель интенсивности.</li>
</ol>5. пример испарения шаг
<ol><li>Введите условия для испарения шаг в Расписание с помощью данных, показанные в таблице 1. Примечание: Знак «-» в столбце «Молярность/процент» во второй строке представляет собой потерю воды из протеина капель, в то время как значение «25» означает, что объем капли будет страдать сокращение на 25%. Это означает, что концентрация белка капли увеличится с 25%.</li>
	<li>Активируйте образца испарения шаг, нажав на кнопку автом. Нажмите на кнопку остановки по завершении шаг испарения образца.</li>
	<li>Активируйте кнопку Const для поддержания постоянной падение после остановки образца испарения.</li>
</ol>6. шаг осадителя дополнение
<ol><li>Введите условия для шага осадителя дополнение в таблице график показан на рисунке 4 с использованием данных, представленных в таблице 2. Примечание: Первая строка таблицы представляет собой шаг калибровки, во время которой программное обеспечение вычисляет скорость естественным испарение капли белков, основанный на количестве осадителя, который должен быть добавлен к протеина капель. Программное обеспечение экстраполирует это значение и автоматически регулирует съемки частоты для Pump0 для того, чтобы автоматически компенсировать испарения воды для следующего шага осадителя сложения.</li>
	<li>Активируйте осадителя дополнение шаг, нажав на кнопку автом. Примечание: Добавление осадителя является автоматизированный процесс, после ввода из таблицы расписания.</li>
</ol>7. Отслеживание эволюции кристаллизации капли со временем
<ol><li>Проверьте внешний вид кристаллов тауматина с помощью камеры на ПЗС.</li>
	<li>Проверьте распределение частиц по размерам, используя графические изображения DLS.</li>
	<li>Проверьте эволюция веса и экспериментальной параметров с помощью окна отображения. Примечание: Когда Na тартрата раствор достигает концентрации 0,74 М в падении белок, капли становится богатой тауматина микро кристаллы, как показано на рисунке 7.</li>
</ol>8. Восстановление кристаллизации капелька
<ol><li>Слой чистой стандартных Terasaki плита с парафинового масла.<ol>
<li>Добавьте 3 мл парафинового масла к пластине.</li>
		<li>Разогнать парафиновое масло на лунках, осторожно двигаться пластину под разными углами так, что нефть охватывает все 72 скважины пластины.</li>
		<li>Удалите избыток парафинового масла, наливая нефти, что плавает на табличке.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Нажмите на кнопку остановить для завершения кристаллизации эксперимент. Осторожно извлеките держатель образца, содержащие капелька кристаллизации.</li>
	<li>С помощью пипетки место тома 2 мкл аликвоты каплю кристаллизации в скважинах Terasaki пластины. Примечание: Путем восстановления кристаллизации капелька в пластине под нефть, образец можно периодически проверяться для стабильности и роста кристаллов с использованием микроскопа или других DLS методов, которые работают с стандартным Terasaki пластинами.</li>
</ol>

<ol>
	<li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Patent "Vorrichtung und Verfahren zur Kontrolle der Kristallisation". , (2010).</li><li>Chapman, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Femtosecond+X-ray+protein+nanocrystallography.">Femtosecond X-ray protein nanocrystallography.</a> Nature. 470 (7332), 73-77 (2011).</li><li>Kupitz, C., Grotjohann, I., Conrad, C. E., Roy-Chowdhury, S., Fromme, R., Fromme, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microcrystallization+techniques+for+serial+femtosecond+crystallography+using+photosystem+II+from+Thermosynechococcuselongatus+as+a+model+system.">Microcrystallization techniques for serial femtosecond crystallography using photosystem II from Thermosynechococcuselongatus as a model system.</a> Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 369 (1647), 20130316 (2014).</li><li>Schlichting, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+femtosecond+crystallography:+the+first+five+years.">Serial femtosecond crystallography: the first five years.</a> IUCrJ. 2 (2052-2525), 246-255 (2015).</li><li>Stevenson, H. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+transmission+electron+microscopy+to+identify+nanocrystals+of+challenging+protein+targets.">Use of transmission electron microscopy to identify nanocrystals of challenging protein targets.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111 (23), 8470-8475 (2014).</li><li>Meyer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-drop+optimization+of+protein+crystallization.">Single-drop optimization of protein crystallization.</a> Acta. Crystallogr. Sect. F. Biol. Cryst. Commun. 68 (Pt 8), 994-998 (2012).</li><li>Ferr&#233;-D'Amar&#233;, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Crystallization of Biological Macromolecules. 5 (7), 847-848 (1999).</li><li>Asherie, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+crystallization+and+phase+diagrams.">Protein crystallization and phase diagrams.</a> Methods. 34 (3), 266-272 (2004).</li><li>Sauter, C., Lorber, B., Kern, D., Cavarelli, J., Moras, D., Giege, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystallogenesis+studies+on+yeast+aspartyl-tRNAsynthetase:+use+of+phase+diagram+to+improve+crystal+quality.">Crystallogenesis studies on yeast aspartyl-tRNAsynthetase: use of phase diagram to improve crystal quality.</a> Acta. Cystallogr. D. Biol. Crystallogr. 55 (Pt 1), 149-156 (1999).</li><li>Ewing, F., Forsythe, E., Pusey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Orthorhombic+lysozyme+solubility.">Orthorhombic lysozyme solubility.</a> Acta. Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. 50 (Pt 4), 424-428 (1994).</li><li>Saridakis, E. E. G., Steward, P. D. S., Lloyd, L. F., Blow, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phase+diagram+and+dilution+experiments+in+the+crystallization+of+carboxypeptidase+G2.">Phase diagram and dilution experiments in the crystallization of carboxypeptidase G2.</a> Acta. Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. 50 (Pt 3), 293-297 (1994).</li><li>McPherson, A., Cudney, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+crystallization+conditions+for+biological+macromolecules.">Optimization of crystallization conditions for biological macromolecules.</a> Acta. Crystallogr. F. Struct. Biol. Commun. 70 (Pt 11), 1445-1467 (2014).</li><li>Sleutel, M., Van Driessche, A. E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+clusters+in+nanoclassical+nucleation+and+growth+of+protein+crystals.">Role of clusters in nanoclassical nucleation and growth of protein crystals.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 111 (5), 546-553 (2014).</li><li>Schubert, R., Meyer, A., Baitan, D., Dierks, K., Perbandt, M., Betzel, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+observation+of+protein+dense+liquid+cluster+evolution+during+nucleation+in+protein+crystallization.">Real-time observation of protein dense liquid cluster evolution during nucleation in protein crystallization.</a> Cryst. Growth Des. 17 (3), 954-958 (2017).</li><li>Vekilov, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+two-step+mechanism+of+nucleation+of+crystals+in+solution.">The two-step mechanism of nucleation of crystals in solution.</a> Nanoscale. 2 (11), 2346-2357 (2010).</li><li>Vekilov, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dense+liquid+precursor+for+the+nucleation+of+ordered+solid+phases+from+solution.">Dense liquid precursor for the nucleation of ordered solid phases from solution.</a> Crystal Growth &amp; Design. 4 (4), 671-685 (2004).</li><li>Dierks, K., Meyer, A., Einspahr, H., Betzel, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+light+scattering+in+protein+crystallization+droplets:+adaptations+for+analysis+and+optimization+of+crystallization+processes.">Dynamic light scattering in protein crystallization droplets: adaptations for analysis and optimization of crystallization processes.</a> Cryst. Growth Des. 8 (5), 1628-1634 (2008).</li><li>Schubert, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reliably+distinguishing+protein+nanocrystals+from+amorphous+precipitate+by+means+of+depolarized+dynamic+light+scattering.">Reliably distinguishing protein nanocrystals from amorphous precipitate by means of depolarized dynamic light scattering.</a> J. Appl. Cryst. 48, 1476-1484 (2015).</li><li>Brown, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Dynamic light scattering: the method and some applications. , 978 (1993).</li></ol>

Мы заявляем, что авторы Арне Мейер, Карстен Диркс и Кристиан Бетцель являются акционерами компании Xtal-концепции GmbH, производителя XtalController900 технологии.

Кристаллизации устройство предназначено для контролировать и манипулировать важнейших параметров во время кристаллизации эксперимент, основанный на методе изменение пара диффузии. Этот метод позволяет мониторинга и забил эксперимент кристаллизации белка на всех этапах, позволяя пользователям иметь точные знания и управления раствора белка во всем кристаллизации фасы диаграм, основе в situ DLS анализ образца подвески.
Кристаллизации устройство включает в себя экспериментальные камеры (рис. 1) подключен к CCD камера, которая позволяет в реальном времени мониторинг капелька кристаллизации. Камера является адаптированы к микроскоп с различным увеличением линзы, обеспечивая максимальное пространственное разрешение примерно 2,5 мкм. Ядром экспериментальной камеры является сверхчувствительная микровзвешивания для отслеживания эволюции масса образца с течением времени. Процесс кристаллизации соответствует сидя капли пара диффузии эксперимент, где белок падение помещается на силиконизированной coverslip, который помещается на микровзвешивания. На основании изменений веса капли, которые вызваны осадителя сложения, добавлением воды/добавки или образец испарения, микровзвешивания дает точного вклад алгоритм для немедленного расчета концентрации белков и осадителя со временем . Кроме того важные кристаллизации такие параметры, как температура и относительная влажность точно контролируются и под контролем.
Чтобы выполнить эксперимент кристаллизации, устройство оснащено двух микро дозировка систем (контакт бесплатные пьезоэлектрический насосы), которые работают в масштабе пиколитр для добавления осадителя и воды. Работая с таким небольшим количеством вещества, градиенты концентрации и конвекции явление в рамках протеина капель сведены к минимуму. Основная роль пьезоэлектрический насосов является добавление осадителя или воды, последний для примера, используется в качестве компенсации за естественным испарение протеина капель. Микро дозировка системы имеют набор функций, которые могут диктовать добавлением вещества. Такие возможности включают: частота повторения для добавления вещества, количество капель добавил в секунду, ширина и высота вещество поток траектории, и т.д. Кроме того позиция насосов можно вручную отрегулировать, позволяя пользователю иметь точную позицию для добавления веществ в протеина капель.
Уникальный обратной связи контролируемых манипуляции каплю кристаллизации достигается в situ DLS данных, который может показать возможные изменения в состоянии олигомерных белка на протяжении всей экспериментальной процедуры. Методика позволяет постоянной оценки распределения частиц по размерам с течением времени, таким образом выявления неизвестных белков-механизмы. DLS оптика оборудование размещается стратегически ниже области coverslip, позволяя детектор и лазерный луч пройти через coverslip и далее через капли белка в моды в situ ; Таким образом из DLS пути записываются только изменения внутри капли. Чтобы разрешить легкой управляемостью, устройство имеет два отверстия: входная дверь для оптимального позиционирования coverslip и верхней крышкой, который может быть удален, так что пользователь может настроить съемки положение микро дозировка систем, а также установка с точностью новая dro белка plet на coverslip.
Метод интерактивный кристаллизации, с использованием вышеупомянутого устройства — это надежный метод контролируемые размер производства белковых кристаллов. Хотя в настоящее время доступны многие методы кристаллизации, внутри информация о кристаллизации сам механизм не легко достижимо. В целом применение обычных кристаллизации методов позволяет лишь ограниченный контроль решения в схеме фаза кристаллизации, с только несколько возможностей изменения ее курс после начала эксперимента. При выполнении кристаллизации экспериментировать и применения такой технологии автоматизированной кристаллизации, в сочетании с в situ DLS, большой получили знания о переходах в фасы диаграм. В целом регионы, аморфный осадок и индукции однородных нуклеации близки друг другу в фасы диаграм. Таким образом, манипулируя курс капельку кристаллизации, основанные на реальном времени информации о ее распределения частиц, это позволяет избежать осадков белок, постепенно регулируя кристаллизации условий к нуклеации и формирования кристалла.
В настоящее время многие кристаллизации условия включают осадителя решения, где широко присутствуют производных полиэтиленгликоля (PEG). Такие соединения, как правило, имеют высокую вязкость, которой может обладать трудности для пипетирования или выдачи. В настоящем тематическом исследовании микро дозировка систем, которые используются для подачи осадителя применяются очень тонкие капилляры, которые делают возможным добавление пл приращениями. Как следствие существуют некоторые ограничения в работе с высоко-вязких веществ. В течение ряда прошлых экспериментов, система дала положительные результаты, используя следующие производные PEG: PEG200 50%, PEG3000 20%, PEG6000 10%, PEG800010%. Хотя до настоящего времени были протестированы только вышеупомянутые решения, системы микро дозировка содержат специальный Отопление механизм, который может использоваться для того, чтобы снизить вязкость раствора. Еще одним фактором является солевых растворов, которые должны быть рассмотрены при использовании в качестве осадителя белка. При работе с высокой концентрацией соли, небольшое количество может кристаллизоваться в сопла системы микро дозировка, вызывая поверхностные блокирование микро дозировка насоса во время осадителя сложения; даже когда очень высокая относительная влажность воздуха присутствует в зале экспериментальной. Для преодоления этой проблемы, эксперимент должен быть отложена, так, что соль из сопла могут быть удалены. Это может потребовать специальной обработки и может производить ошибки на этапе осадителя сложения.
Основываясь на ценную информацию, которая может быть достигнута при выполнении таких автоматизированных кристаллизации экспериментов, этот метод может также распространяться на исследования, изучения аспектов физической химии белка кристаллизации. Нуклеации и кристалл реакции темпы роста являются кинетических явлений, которые могут быть получены и рассчитаны на основе информации зависимость от времени изображали из эксперимента например температуры, рост размера частиц, и белка и осадителя концентрация.

За последние несколько лет рост белков микро - и нанокристаллов привлекла к себе внимание сообщества белка кристаллография, особенно с непрерывное развитие серийный Фемтосекундный кристаллографии (SFX). Благодаря блеск Роман рентгеновского излучения источников и основанный на успешные результаты, полученные до настоящего времени, производство белков микро - и нанокристаллов стало большое значение, что создает высокий спрос на подготовку таких кристаллической суспензии 2 , 3. из-за небольшой кристалл размер диапазона, требуемого для сбора данных на свободных электронах лазеры (XFELs) и ограниченная доступность экспериментальной beamtime, характеристика образца до сбора данных имеет важное значение. Наиболее распространенные методы для того чтобы характеризовать микро - или Нанокристаллические суспензии белка являются до теперь электронной микроскопии и порошковой дифракции рентгеновских лучей.
До настоящего времени несколько подходов были адаптированы из общих методов кристаллизации с целью получения массового количества белковых кристаллов с размерами в диапазоне малых микрометра. Пакетный метод используется для быстрого смешивания высокой концентрации белка и осадителя решения, таким образом заставляя образец решения сильно пересыщенных фазу, где nanocrystallization может быть благоприятствования4. Другие методы включают в себя дробление крупных белковых кристаллов в форме суспензии кристалл, который может служить в качестве нанокристаллических суспензий, которые будут использоваться для сбора данных5. Однако результаты иногда может привести к снижению дифракционного качества, как ухудшение кристаллы имеют меньше внутреннего порядка. Nanocrystallization, основанный на свободный интерфейс диффузии альтернативен также доступны, где белок решение добавляется в небольших количествах в высококонцентрированных осадителя раствора3. Однако среди всех методов, наиболее эффективные методы, как представляется, быть пакетного кристаллизации и более инновационные манипулятивных техник, с использованием методов пара диффузии в сидя капель6.
В общем для кристаллизации белка необходимо пройти энергетического барьера для поддержки нуклеации - термодинамические первый шаг в формировании кристалла. В заказ переехать пересыщение раствора белка от термодинамически стабильного состояния и наконец навести фазового перехода, некоторые переменные, связанные с решением белков должны быть изменены. Такие переменные, как правило, концентрация раствора белка, экологические изменения (например., температура, влажность), растворителя характеристиками (например, pH, ионной силы), концентрации и буфера свойств, и т.д.7 ,8 обзор параметров выборки, которые могут быть изменены обычно представлены с помощью фазовых диаграмм, которые позволяют различные режимы представления, например диаграмм растворимости, нуклеации фасы диаграм или даже более подробные описания, где трехмерной или более сложных схем может вступить в рассмотрение8,9,10. Наиболее привлекательных видов фасы диаграм обычно двумерны, где главной переменной является концентрация белка как функции другого параметра, в то время как остальные параметры хранятся постоянные6,11. После того, как образуются одна или несколько ядер, более крупные кристаллы могут расти, поднимая дополнительного белка из массовых решения. При наведении на микро - и Нанокристаллические производства, такой подход обычных кристаллизации не возможно больше из-за небольшое количество кристаллов, которые присутствуют в растворе. Нанокристаллических суспензий обычно должны быть богатым в кристаллических образований, таким образом, что кристаллизации путь должен быть подрегулировано, таким образом, что есть Максима нуклеации событий в образце. Следовательно это требует расследования некоторых новых, до теперь неисследованных нуклеации пути для белков, которые также пока еще не полностью понял12,13. Основываясь на основы диаграмма фаза, упомянутых ранее, Классическая теория была распространена на новые гипотезы, где нуклеации описан как двухступенчатый механизм: во-первых, переход к более высокой концентрации белка имеет место (густая жидкость фаза) и во-вторых, переход от фазы плотной-богатые люди к выше внутреннего порядка (кристалл ядер с архитектурой решетки)14,,1516. Кристаллизации белка зависит от многих факторов, и поэтому при кристаллизации рецепты подрегулировано приведет к различных размеров кристаллов, нельзя всегда полагаться рецепты на предыдущих знаниях. Новые идеи должны быть созданы для каждой цели индивидуальных белков: Настройка буфера композиции, чистоты и стабильности образец, точное знание растворимость белков и т.д.
Динамическое рассеяние света является сегодня устоявшихся метод для анализа и оптимизации процессов кристаллизации белка, из-за широкий диапазон размеров частиц, которые могут быть исследованы: от мономерных белки нанокристаллов и малых микрокристаллов. Этот метод использует частиц в растворе проходят броуновского движения и что средняя скорость этого движения определяется размер частиц, их тепловой энергии и по вязкости среды и геометрии частиц. Во-первых жидкой среды загорана последовательной источник света с использованием лазера. Света, рассеянного частиц образуется интерференционной картины. Поскольку частицы находятся в постоянном движении интерференционной картины также меняется навсегда. При поиске в определенном направлении, могут наблюдаться колебания интенсивности. Эти колебания теперь показывают движение частиц, вызванные броуновского движения. От измеренной интенсивностью колебания вычисляется автокорреляционной функции (АКФ). Анализ АКФ даст мера распределения скорости (более точно коэффициент диффузии) частиц и используя уравнение Стокса-Эйнштейн, преобразуется в распределения частиц в радиус17. Дополнительную информацию, относящиеся к DLS функции и принцип работы можно найти в различных публикациях и книги18,19.
Здесь мы применяем и описать устройство уникальный автоматизированный кристаллизации, XtalController900, обновленной версии XtalController технологии6, точно разработана для мониторинга интерактивных белка кристаллизации экспериментов. Этот метод показывает высокий потенциал для идентификации и отслеживания нуклеации событий в режиме реального времени, позволяя точной маневрирования через кристаллизации фасы диаграм. Цель этой процедуры конкретного кристаллизации заключается в оптимизации кристаллизации белка для получения высококачественного белка микро - и нанокристаллов, подходят для приложений, используя микро сосредоточены синхротрона рентгеновских источников, дифракция электронов, или SFX.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Thaumatin from Thaumatococcus daniellii</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>1002365940</td>
			<td>Protein for protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bis-Tris 14880</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>2302377</td>
			<td>Buffer for protein solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>di-Sodium tartrate dihydrate</td>
			<td>AppliChem</td>
			<td>A0451,0500</td>
			<td>Precipitant for protein solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silliconized coverslips</td>
			<td>Heinz Herenz Medizinalbedarf GmbH</td>
			<td>1051203</td>
			<td>Coverslips for crystallization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe filter</td>
			<td>Starstedt</td>
			<td>831826001</td>
			<td>Filter pore 0.2 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe</td>
			<td>Omnifix</td>
			<td>4617207V</td>
			<td>Luer Lock Solo 20 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paraffin oil</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>2323842</td>
			<td>Oil for coating the plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Standard Terakasi plate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M5812270EA</td>
			<td>Plate for recovering the crystallization droplet</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Soft wipes</td>
			<td>KIMTECH Science</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>XtalController900</td>
			<td>Xtal-Concepts GmbH</td>
			<td>XTC900</td>
			<td>Crystallization device</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

growing protein crystals with distinct dimensions using automated crystallization coupled with in situ dynamic light scattering

Устройство автоматического кристаллизации является запатентованная техника1 разработан специально для мониторинга белка кристаллизации эксперименты с целью точно маневр зарождения и роста кристаллов направлении желаемых размеров кристаллов белков. Контролируемой кристаллизации основана на образец расследования на месте динамического рассеяния света (DLS), в то время как все визуальные изменения в капли контролируются онлайн с помощью микроскопа, в сочетании с ПЗС-камеры, что позволяет полный Исследование протеина капель на всех этапах кристаллизации. Использование в situ DLS измерений на протяжении всего эксперимента позволяет более точное определение решения сильно пересыщенных белка, переходит на новый этап – формирование кристалл ядер. Путем определения стадии зарождения белка, кристаллизации могут быть оптимизированы от крупных белковых кристаллов для производства белковых микрокристаллов. Экспериментальный протокол показывает интерактивный кристаллизации, подход, основанный на точных автоматизированных шагов, таких как осадителя дополнение, испарение воды для вызывающих высокое Пересыщение, и разбавления образца для замедления индуцированной однородной нуклеации или вспять фазовых переходов.

Результаты, полученные в ходе эксперимента кристаллизации DLS измерений показывают подробную эволюции гидродинамических частиц радиусов в двух фракций распределения основных частиц, которые развиваются с течением времени в результате. В первой части эксперимента образец медленно испаряется, для достижения более высокой концентрации белка. Как показано на рисунке 5B, белок падение было сосредоточено от 14 мг/мл до 19,5 мг/мл. В это время, согласно плану распределения радиус Рисунок 5A, белок показывает мономерных поведение в растворе с постоянной частиц размером около 2,5 Нм. Как образец далее испаряется, мономерных белка остается стабильным в растворе, без каких-либо признаков образец агрегации или денатурации.
Добавление осадителя раствора белка падение сразу после испарения образца и выделены серым в радиус шаблон и баланс кривые распределения для лучшей визуализации (рис. 5). На основании расчетов, производный от веса пробы, выделенные частиц фракции приписывается начало кристалл нуклеации, что приводит к радиус размером около 200-400 Нм. Это явление (известный как нуклеации) инициируется в осадителя концентрации 0,6 М в протеина капель, в период времени приблизительно 66 мин от начала эксперимента и примерно 23 мин в отношении инициации осадителя Добавление. Как концентрация осадителя увеличивается радиус распределение показывает широкое распределение частиц в растворе. Как больше ядер, первоначальный кристаллических образований растет в размерах, достигнув радиус распределение между 800-1300 нм. Можно сделать вывод о том, что на данном этапе, кристалл ядер продолжают расти, и постепенно становится беднее как белковых молекул принятых до, микрокристаллы белковые фракции. Как осадителя концентрация в падении белок медленно увеличивается, формирование микрокристаллов легко определяется после 75 мин, когда радиус распределения продолжает развиваться между 500 и 1500 Нм. Эволюции распределения радиус подтверждается также изображения CCD камеры, где белок микрокристаллов видны в осадителя концентрации 0,7 М в растворе (рис. 7). Как закончил осадителя сложения и кристаллизации падение остается неизменной, радиус распределение показывает преобладает фаза между 1000 и 3000 Нм, в то время как доля нуклеации событий уменьшается с течением времени. На данный момент никаких дальнейших событий нуклеации присутствуют в растворе и кристаллизации капля полностью насыщен микрокристаллов.
Используя в качестве экспериментального ввода данных обратной связи, предоставленных микровзвешивания, было привлечено кристаллизации фасы диаграм для полного понимания процесса кристаллизации тауматина. На рисунке 6экспериментальный этап диаграмма показывает три независимых кристаллизации экспериментов, где производство тауматина т. Даниелли микрокристаллов помечается как THM_2 микро кристаллы (протокол). Два дополнительных кристаллизации эксперименты, обозначенные THM_1 макро кристаллы и THM_3 макро кристаллы были использованы в качестве входных данных для того чтобы иметь правильное сопоставление различных областей в фасы диаграм (например., растворимость или метастабильных региона). Поскольку протоколы для этих экспериментов следовать пути разные кристаллизации, выявление нуклеации региона становится легче и следовательно более точным. Для каждого эксперимента кристаллизации путь выделен номера, чтобы подчеркнуть различные подходы и количество кристаллизации шаги, которые были использованы для конкретного результата, в то время как серые стрелки представляют оценки окончательного белка концентрация, когда кристалл роста поглощения молекул белка из раствора в формировании четкой стабильные белковых кристаллов.
Три тауматина эксперименты, представлен на рисунке 6 показывают различные условия, при въезде в регионе нуклеации, и следовательно различные окончательный кристаллизации результаты, как это видно из картинки ниже фасы диаграм. В случае THM1 и THM3 белок решение проходит стадии зарождения и повторно входит метастабильных региона, где она лежит до формы кристаллов. Следовательно эксперименты приводят к большой, четко формы кристаллов, окруженный мать ликера. Однако для эксперимента, представленные в разделе протокол, THM2_micro-кристаллы, кристаллизации путь определяется конкретный подход. В предыдущем разделе мы упомянули, что пример дать микрокристаллов, белка решение должно находиться в глубине на этапе зарождения, так что нуклеации события могут образовывать с максимальной скоростью. В случае THM2_micro-кристаллы, соотношение белка к осадителя концентрация была скорректирована таким образом, что образец не только входит в область нуклеации, но как осадителя далее добавляется в решение белка, и условия не перейти к другой регион в фасы диаграм, но остаются в состоянии сильно пересыщенных в регионе зародышеобразования. В результате энтропии решения резко уменьшается как капелька белка немедленно становится насыщенным с небольшой кристаллических образований.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig1.jpg"> Рисунок 1. Схематическое представление эксперимента кристаллизации. Рисунок показывает обзор экспериментальных палаты кристаллизации с всех деталей, необходимых для проведения эксперимента автоматизированных кристаллизации. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57070/57070fig1large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig2.jpg"> Рисунок 2: окно программного обеспечения для DLS образец параметров, которые актуальны для кристаллизации эксперимента и. Параметры включают температура, относительная влажность, вязкость, и т.д.
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig3.jpg"> Рисунок 3: окно управления программного обеспечения для микро дозировка систем, участвующих в эксперименте кристаллизации. Особенности позволяют регулировка конкретных параметров для поколения капель или решения потока.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig4.jpg"> Рисунок 4: окно программного обеспечения для таблицы расписания, описании процесса кристаллизации участвующих в эксперименте. Начальные условия капелька кристаллизации также интегрированы в этом окне.
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig5.jpg"> Рисунок 5. Обзор тауматина производства т. обращения микрокристаллов. (A) радиус распределения размера частиц в падении белок в процессе всего кристаллизации. (B) контролируется обзор экспериментальных параметров. Участки представляют эволюцию со временем для веса белка капли (черная кривая) вместе с вычисляемого белка концентрацию (красная кривая) и осадителя концентрацию (синяя кривая). <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57070/57070fig5large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig6.jpg"> Рисунок 6: экспериментальная кристаллизации фасы диаграм для тауматина т. Даниелли вместе с конечных результатов. Все участки являются производными от экспериментальных данных, основанные на обратной связи, представленная микровзвешивания. Цифры, приписываемых каждого эксперимента которые видны между скобках представляют порядок и количество шагов во время кристаллизации протокол. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57070/57070fig6large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig7.jpg"> Рисунок 7: записанные фотография для THM2_Micro-кристаллы (протокол) показаны обильное количество микрокристаллов, насыщенных в растворе. Фотография была сделана на 4 часа (240 минут) после установки протеина капель в экспериментальной камеры для кристаллизации. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57070/57070fig7large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig8.jpg"> Рисунок 8: записанные фотография для THM_1 макро кристаллы показаны несколько крупных тауматина кристаллы стабильной в растворе. Снимок был сделан 20 h после установки протеина капель в экспериментальной камеры для кристаллизации. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57070/57070fig8large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57070/57070fig9.jpg"> Рисунок 9: записанные фотография для THM_3 макро кристаллы показаны различные размеры кристаллов тауматина в растворе. Снимок был сделан 20 h после установки протеина капель в экспериментальной камеры для кристаллизации. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57070/57070fig9large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы посмотреть большую версию этой фигуры.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Вещество</td>
			<td>Молярность/процент</td>
			<td>Время (ов)</td>
		</tr>
<tr>
<td>воды</td>
			<td>0</td>
			<td>100</td>
		</tr>
<tr>
<td>воды</td>
			<td>-25</td>
			<td>2100</td>
		</tr>
<tr>
<td>воды</td>
			<td>0</td>
			<td>2100</td>
		</tr>
</tbody></table>Таблица 1: Автоматизированная графика ввода для испарения образца шаг в производстве тауматина микрокристаллов.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Вещество</td>
			<td>Молярность/процент</td>
			<td>Время (ов)</td>
		</tr>
<tr>
<td>воды</td>
			<td>0</td>
			<td>100</td>
		</tr>
<tr>
<td>плакированных драгоценными металлами</td>
			<td>0,8</td>
			<td>1800</td>
		</tr>
<tr>
<td>воды</td>
			<td>0</td>
			<td>18000</td>
		</tr>
</tbody></table>Таблица 2: Автоматизированная графика ввода для включения осадителя шаг в производстве тауматина микрокристаллов.

Watch this Scientific Journal Video about Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering at JoVE.com

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Здесь мы представляем протокол для контролируемого производства белка микрокристаллов. Этот процесс использует автоматизированный устройство, позволяя контролируемых манипуляции нескольких параметров кристаллизации. Кристаллизации белка осуществляется добавлением контролируемых и автоматизированных кристаллизации растворов во время мониторинга и расследования радиус распределения частиц в кристаллизации капли.

Растущий белок кристаллы с отдельных измерений с помощью автоматизированных кристаллизации, в сочетании с в Situ Динамическое рассеяние света

The automated crystallization device is a patented technique1 especially developed for monitoring protein crystallization experiments with the aim to ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Microcrystallography of Protein Crystals and In Cellulo Diffraction

Microcrystallography of Protein Crystals and In Cellulo Diffraction

Микрокристаллизация кристаллов белков и<em&gt; Разное</em&gt; Дифракция

The advent of high-quality microfocus beamlines at many synchrotron facilities has permitted the routine analysis of crystals smaller than 10 &#181;m in ...

Ion Exchange Chromatography (IEX) Coupled to Multi-angle Light Scattering (MALS) for Protein Separation and Characterization

Ion Exchange Chromatography IEX Coupled to Multi-angle Light Scattering MALS for Protein Separation and Characterization

Ионообменной хроматографии (IEX) в сочетании с мульти-угол рассеяния света (MALS) для разделения белков и характеристика

Ion-exchange chromatography with multi-angle light scattering (IEX-MALS) is a powerful method for protein separation and characterization. The combination ...

Characterization of Proteins by Size-Exclusion Chromatography Coupled to Multi-Angle Light Scattering (SEC-MALS)

Characterization of Proteins by Size-Exclusion Chromatography Coupled to Multi-Angle Light Scattering SEC-MALS

Характеристика белков по размеру-исключение хроматографии в сочетании с многоугловой рассеяния света (SEC-MALS)

Analytical size-exclusion chromatography (SEC), commonly used for the determination of the molecular weight of proteins and protein-protein complexes in ...

MS2-Affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria

MS2-аффинная очистка в сочетании с секвенированием РНК у грамположительных бактерий

Although small regulatory RNAs (sRNAs) are widespread among the bacterial domain of life, the functions of many of them remain poorly characterized ...

Derivatization of Protein Crystals with I3C using Random Microseed Matrix Screening

Вывод белковых кристаллов с I3C с помощью случайного скрининга матрицы микросея

Protein structure elucidation using X-ray crystallography requires both high quality diffracting crystals and computational solution of the diffraction ...

Optimizing the Growth of Endothiapepsin Crystals for Serial Crystallography Experiments

Оптимизация роста кристаллов эндотиапепсина для серийных кристаллографических экспериментов

Here, a protocol is presented to facilitate the creation of large volumes (&#62; 100 &#181;L) of micro-crystalline slurries suitable for serial ...

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Количественная метаболомика Saccharomyces Cerevisiae с использованием жидкостной хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией

Metabolomics is a methodology used for the identification and quantification of many low-molecular-weight intermediates and products of metabolism within ...

Pulldown Assay Coupled with Co-Expression in Bacteria Cells as a Time-Efficient Tool for Testing Challenging Protein-Protein Interactions

Анализ вытягивания в сочетании с коэкспрессией в клетках бактерий как эффективный по времени инструмент для тестирования сложных белково-белковых взаимодействий

Pulldown is an easy and widely used protein-protein interaction assay. However, it has limitations in studying protein complexes that do not assemble ...

High-Throughput Screening for Protein Crystallization

High-Throughput Screening to Obtain Crystal Hits for Protein Crystallography

High-Throughput Screening to Obtain Crystal Hits for Protein Crystallography (Video) | JoVE 

Высокопроизводительный скрининг для получения кристаллических попаданий для кристаллографии белка

X-ray crystallography is the most commonly employed technique to discern macromolecular structures, but the crucial step of crystallizing a protein into ...