Name: dissecting multi-protein signaling complexes by bimolecular complementation affinity purification (bicap)
Uploaded: 2018-06-15T13:30:00
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D.R.C 암 연구소 NSW 동료 이며 D.N.S 이전 암 연구소 NSW 동료 이었다. 이 원고에 제시 하는 연구 결과 암 연구소 NSW (13/FRL/1-02과 09/CDF/2-39), NHMRC (프로젝트 그랜트 GNT1052963), 과학 재단 아일랜드 (11/SIRG/B2157), 뉴 사우스 웨일즈 과학 및 의료 연구, 이용 가족에 의해 투자 되었다 친목 그리고 모스 틴 가족 재단입니다. J.F.H.와 텍 오스트레일리아 대학원 포상의 수령인 이었다.

1. 플라스 미드 복제
참고: N-말단 이나 C-말단 관심사의 유전자의 융합 V1 또는 v 2 태그와 플라스 미드 벡터 생성, BiFC 대상 벡터 입금 되었습니다 Addgene와 [N 맨끝 태그: pDEST-V1-ORF (#73635), pDEST-V2-ORF (#73636). 태그 C 터미널: pDEST-ORF-V1 (#73637), pDEST-ORF-V2 (#73638)]. 관심사의 유전자/s 복제 진행 정지 codons 없이 특정 재조합 호환 항목 벡터 (즉, pDONR223 또는 pENTR221), 복제에 있이 필요 합...

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	<li>Kolch, W., Pitt, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+proteomics+to+dissect+tyrosine+kinase+signalling+pathways+in+cancer.">Functional proteomics to dissect tyrosine kinase signalling pathways in cancer.</a> Nat Rev Cancer. 10 (9), 618-629 (2010).</li><li>Pawson, T., Kofler, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kinome+signaling+through+regulated+protein-protein+interactions+in+normal+and+cancer+cells.">Kinome signaling through regulated protein-protein interactions in normal and cancer cells.</a> Curr Opin Cell Biol. 21 (2), 147-153 (2009).</li><li>Croucher, D. 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M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Split-BioID+a+conditional+proteomics+approach+to+monitor+the+composition+of+spatiotemporally+defined+protein+complexes.">Split-BioID a conditional proteomics approach to monitor the composition of spatiotemporally defined protein complexes.</a> Nat Commun. 8, 15690 (2017).</li></ol>

BiCAP 개별 구성 요소와 그들의 경쟁 바인딩 파트너3을 제외 하는 동안 특정 단백질 이합체를 격리 하기 위한 강력한 방법입니다. BiCAP은 BiFC6라는 형광 단백질 보완성 분석 결과의 적응을 기반으로 합니다. BiFC와 근접 결 찰 분석을 포함 하 여 기존 방법 시각화 하 고 라이브 셀7상호 작용 단백질 정량에 광범위 하 게 사용 되었습니다 하지만 격리...

단백질 복잡 한 어셈블리 많은 신호 경로1,2의 spatiotemporal 특이성을 유지 하는 핵심 과정 이다. 이 규제 역할의 중요 한 특성은 넓게 인식 된다, 그러나 실험적인 기술이이 단지 유심히 사용할 수의 부족이 이다. 대부분 상호작용체학 연구 개별 단백질, 또는 개별 복잡 한 부품의 순차 농축 상호 작용에 초점. 여기 선물이 특정 단백질 이합체의 고립에 대 한 기술 파트너3바인딩 경쟁 형성 복합물 뿐만 아니라 구성 요소 단백질의 개별 moieties 제외 하는 동안. 우리는이 기술을 라는 분자 보완성 친 화력 정화 (BiCAP), 그것은 기존 단백질 조각 보완성 분석 결과의 분자 형광 보완성 (BiFC), 조합의 소설 사용을 GFP와 그 파생 상품 나 란 특정 재조합 nanobody (참조 테이블의 재료).
전형적인 단백질 조각 보완성 분석 결과 분할 luciferase4, β-galactosidase5, 녹색 형광 단백질 (GFP)6 ( 등 기자 들의 파편을 융합 하는 "미끼" 및 "먹이" 단백질의 표현에 사용 그림 1A). 미끼와 먹이 단백질의 상호 작용을 통해 분할 기자 도메인, 미끼의 상호 작용을 허용 하는 기능 구조로 refold 및 시각에 계량 단백질을 먹이 것이 좋습니다. BiCAP 만든이 기술은의 버전에서 적응 시켰다 GFP 변종 비너스의 조각을 사용. 형광 단백질 보완성 분석 실험은 살아있는 세포에 있는 단백질 단백질 상호 작용을 시각화를 위한 인기 있는 방법 하지만 지금까지이 하나의 함수7로 제한 되었습니다. BiCAP 나타냅니다 중요 한 사전을 이와 관련,이 기술은 뿐만 아니라 시각화, 하지만 또한 격리와 심문 결과 단백질 단백질 상호 작용의 수 있습니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57109/57109fig1.jpg"> 그림 1: BiCAP 기술 뒤에 구조 교장. (A) 회로도 분자 형광 보완성 표시 뒤에 교장 개요 '미끼' 그리고 '먹이' 단백질 태그로 N 맨끝 V1 또는 v 2의 C-터미널 전체 길이 금성 단백질의 파편. GFP nanobody (녹색)과 재결합 금성, (회색) V1 및 V2 (오렌지) 조각 (PDB 취득 3OGO)의 위치를 보여주는 사이 상호 작용 인터페이스 (사이안)의 (B) 구조 분석. 이 그림은 재 fromCroucher 외3 Reprinted AAAS 허가입니다. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57109/57109fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
기법 BiCAP 선호도 낮은 수준의 상호 작용 그들의 퓨전 파트너 사이 발생 하지 않는 한 연관 금성 (v 1과 v 2 라는)의 2 개의 비 형광 파편의 사용 합니다. 이 경우 두 개의 분할 도메인 refold fluorophore (그림 1B)6의 기능 β 배럴 구조. BiCAP의 주요 혁신 재조합 GFP nanobody, β-총 신 GFP (금성 같은 변종)의 재결합 올바르고 접힌 fluorophore ( 에만에 3 차원 epitope를 인식의 소개에서 온다 그림 1B)8. 결정적인 GFP nanobody 개별 비너스 조각 중 하나에 바인딩할 하지 않습니다. 이 두 가지 단백질의 그들의 자신의 지, 그 취득 하는 방법에서 화학적으로 유도 된, 강제 상호 작용9의 사용 보다 더 대표적인 결과 복잡 한 형성 후에 단백질 이합체의 분리를 촉진 한다.
BiCAP 다운스트림 응용 프로그램 역할 이러한 단지 신호 변환에서의 우리의 이해의 세분성을 향상 시킬 수와 잠재적으로 결합 될 수 있는 다중 단백질 복합물에 특히 초점을 맞추고 있는 강력한 기술입니다. . 그것은 또한 단백질 상호 작용 제자리의 시각화를 허용의 중요 한 기능을 포함. 날짜 하려면, BiCAP 수용 체 티로신 키 니 아 제 (RTK) 이합체3위하여 분석의 효과적인 방법으로 입증 되었습니다 하지만이 방법의 적응성 거의 모든 단백질 상호 작용의 맥락에서 채택 될 수 있다.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>LR Clonase II Plus enzyme</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>12538120</td>
			<td>Recombinase enzyme required for Gateway cloning (Step 1) into pDEST BiFC destination vectors</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K, recombinant, PCR grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>EO0491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 mL round-bottomed polypropylene tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352059</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Roche Diagnostics Australia</td>
			<td>10835242001</td>
			<td>Stock solution prepared at 100 &#956;g/mL in distilled water.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Miniprep kit</td>
			<td>Promega Corporation</td>
			<td>A1330</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Maxiprep kit</td>
			<td>Life Technologies Australia</td>
			<td>K2100-07</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>11995-073</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FBS</td>
			<td>Life Technologies Australia</td>
			<td>10099-141</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin/Streptomycin</td>
			<td>Life Technologies Australia</td>
			<td>15070-063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>jetPRIME transfection buffer</td>
			<td>Polyplus</td>
			<td>114-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>jetPRIME transfection reagent</td>
			<td>Polyplus</td>
			<td>114-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosSTOP (Phosphatase inhibitor)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>4906837001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cOmplete, Mini, EDTA-free Protease inhibitor cocktail</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11873580001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell Scraper</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>83.1832</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GFP-Trap_A</td>
			<td>Chromotek Gmbh</td>
			<td>gta-100</td>
			<td>GFP nanobody coupled to agarose beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-terminal GFP monoclonal antibody&#160;</td>
			<td>Covance</td>
			<td>MMS-118P</td>
			<td>Will detect the V1 tag within the BiFC vectors</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C-terminal GFP monoclonal antibody</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11814460001</td>
			<td>Will detect the V2 tag within the BiFC vectors</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sample buffer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>NP0008</td>
			<td>Supplemented with 1 mL &#946;-mercaptoethanol.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing grade modified trypsin</td>
			<td>Promega Corporation</td>
			<td>V5117h</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LoBind microcentrifuge tubes</td>
			<td>Point of Care Diagnostics</td>
			<td>0030 108 116</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iodoacetamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I1149-5G</td>
			<td>Prepared at 5 mg/mL in ultrapure water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic Acid - Sequanal Grade</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>10628494</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3M Empore solid phase extraction C18 disks (octadecyl) - 4.7 cm</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>14-386-2</td>
			<td>To prepare stage tips, cut 1 mm disks using an appropriately sized hole punch. Alternatively, pre-prepared stage tips can also be purchased, see below.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C18 Stage Tips, 10 &#181;L bed</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>87782</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid OPTIMA for LC/MS grade 50mL</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>FSBA117-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.9 &#956;m C18 ReproSil particles</td>
			<td>Dr. Maisch GmbH</td>
			<td>r119.aq.</td>
			<td>Stationary phase particles</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile OPTIMA LC/MS grade&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>FSBA955-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Easy-nLC HPLC&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LTQ Orbitrap Velos Pro</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T8787</td>
			<td>Non-ionic detergent (100%)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DH5&#945; cells</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td>Heat-shock-competent cells</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dissecting multi-protein signaling complexes by bimolecular complementation affinity purification (bicap)

단백질 복합물의 조립은 많은 세포 신호 통로의 규칙을 기본 중앙 메커니즘입니다. 어떻게 이러한 동적 단백질 복합물 특정 생물학 응답을 직접 하기 위해 여러 소스 로부터 신호를 통합 하 고 어떻게이 많은 질병 설정에서 폐지 된다 생물 의학 연구의 주요 초점 해독 됩니다. 이 주요 생 화 학적 메커니즘의 중요성에도 불구 하 고이 다 분자 신호 복합물의 구체적이 고 민감한 deconvolution을 촉진할 수 있다 실험적인 기술의 부족이 이다.
여기이 단점 분자 보완성 친 화력 정화 (BiCAP) 불리는 우리 나 란 특정 nanobody는 단백질 보완성 분석 결과의 조합을 통해 해결 됩니다. 이 새로운 기술은 특정 격리 및 유엔 complexed 개별 단백질과 경쟁 바인딩 파트너와 함께 형성 하는 복합물의 배타에 상호 작용 단백질의 어떤 쌍 든 지의 다운스트림 proteomic 특성화를 촉진 한다.
BiCAP 기술은 다양 한 다운스트림 실험적인 분석 실험에 이며이 기술에서 제공 하는 특이성의 고차 수 더 nuanced 조사 단백질 복잡 한 어셈블리의 역학에 현재 가능한 것 보다 사용 하 여 표준 선호도 정화 기술입니다.

재결합 v 1과 v 2의 생성을 복제의 사용에 따라 BiFC pDEST 플라스 미드를 가진 관심사의 유전자, 단백질의 상호 작용 쌍을 포함 하는 두 개의 플라스 미드의 공동 transfection 후 금성 형광 신호 생성 될 수 약 8-24 시간입니다. 수에서 단백질 상호 작용 셀 라인의 선택으로 인해 발생 될 수 있습니다 긍정적인 신호가 없을 경우에는 낮은 transfection 효율 또는 BiFC 태그의 방향을 하지 ...

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Dissecting Multi-protein Signaling Complexes by Bimolecular Complementation Affinity Purification BiCAP

해 다중 단백질 신호 복합물 분자 보완성 친 화력 정화 (BiCAP)에 의해

이 원고는 분자 보완성 친 화력 정화 (BiCAP)에 대 한 프로토콜을 설명합니다. 이 새로운 방법은 경쟁 바인딩 파트너와 함께 형성 된 복합물 뿐만 아니라 유엔 complexed 개별 단백질을 제외 하는 동안 특정 격리 및 어떤 두 상호 작용 단백질의 다운스트림 proteomic 특성화를 촉진 한다.

The assembly of protein complexes is a central mechanism underlying the regulation of many cell signaling pathways. A major focus of biomedical research ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Dissecting Multi-protein Signaling Complexes by Bimolecular Complementation Affinity Purification (BiCAP)

Purification of Specific Cell Population by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS)

Purification of Specific Cell Population by Fluorescence Activated Cell Sorting FACS

형광 활성 세포 정렬 (외과)에 의해 특정 세포 인구의 정제

Experimental and clinical studies often require highly purified cell populations.  FACS is a technique of choice to purify cell populations of known ...

연구

면역학 및 감염병학

Quantitative Assessment of Immune Cells in the Injured Spinal Cord Tissue by Flow Cytometry:  a Novel Use for a Cell Purification Method

유동세포계측법에 의해 피해를 입은 척수 조직에서 면역 세포의 양적 평가 : 세포 정제 방법에 대한 소설을 사용

Detection of immune cells in the injured central nervous system (CNS) using morphological or histological techniques has not always provided true ...

Dissecting Host-virus Interaction in Lytic Replication of a Model Herpesvirus

모델 Herpesvirus의 Lytic 복제의 해부 호스트 바이러스 상호 작용

In response to viral infection, a host develops various defensive responses, such as activating innate immune signaling pathways that lead to antiviral ...

Purification and Visualization of Lipopolysaccharide from Gram-negative Bacteria by Hot Aqueous-phenol Extraction

핫 수성 - 페놀 추출에 의한 그람 음성 박테리아에서 정화와 Lipopolysaccharide의 시각화

Lipopolysaccharide (LPS)  is a major component of Gram-negative bacterial outer membranes. It is a tripartite molecule consisting of  lipid A, which is ...

Affinity Purification of Influenza Virus Ribonucleoprotein Complexes from the Chromatin of Infected Cells

감염된 세포의 염색질에서 인플루엔자 바이러스 Ribonucleoprotein 컴플렉스의 동질 정제

Like all negative-strand RNA viruses, the genome of influenza viruses is packaged in the form of viral ribonucleoprotein complexes (vRNP), in which the ...

Purification of Pathogen Vacuoles from Legionella-infected Phagocytes

Purification of Pathogen Vacuoles from Legionella-infected Phagocytes

병원체 Vacuoles의 정제에서<em&gt; Legionella</em&gt; - 감염된 Phagocytes

The opportunistic pathogen Legionella pneumophila is an amoeba-resistant bacterium, which also replicates in alveolar macrophages thus causing the severe ...

Real-time Live Imaging of T-cell Signaling Complex Formation

T 세포의 실시간 라이브 영상은 복잡한 형성을 신호

Protection against infectious diseases is mediated by the immune system 1,2. T lymphocytes are the master coordinators of the immune system, regulating ...

Dissecting Innate Immune Signaling in Viral Evasion of Cytokine Production

사이토 카인 생산의 바이러스 성 회피에 타고난 면역 신호를 해부

In response to a viral infection, the host innate immune response is activated to up-regulate gene expression and production of antiviral cytokines. ...

Rapid and Robust Analysis of Cellular and Molecular Polarization Induced by Chemokine Signaling

케모카인 시그널링에 의해 유도 된 세포 및 분자 양극화의 신속하고 강력한 분석

Cells respond to chemokine stimulation by losing their round shape in a process called polarization, and by altering the subcellular localization of many ...

Measurement of In Vitro Integration Activity of HIV-1 Preintegration Complexes

Measurement of In Vitro Integration Activity of HIV-1 Preintegration Complexes

측정<em&gt; 체외</em&gt; HIV-1 사전 통합 단지의 통합 활동

HIV-1 envelope proteins engage cognate receptors on the target cell surface, which leads to viral-cell membrane fusion followed by the release of the ...