Name: a method to study the c924t polymorphism of the thromboxane a2 receptor gene
Uploaded: 2019-04-01T12:30:00
Duration: 7 min
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene at JoVE.com

Dit project werd gedeeltelijk gefinancierd door 60% Ateneo Ministero dell'Università, Italië S.M., en E.T. verleent We ontvangen ook gedeeltelijke bijdragen om het onderzoek van de uitgaven van de afdeling medische, orale en biotechnologische wetenschappen, Universiteit van Chieti "G. d'Annunzio".

Het protocol volgt de richtsnoeren van de medische ethiek Commissie voor onderzoek van de Universiteit van Chieti.
1. reagens Setup
<ol><li>De Tris-EDTA (TE) buffer (pH 8.0) voor te bereiden. Voeg 200 µL van het EDTA 0.5 M en 1 mL Tris-Cl 1 M in een bekerglas en breng met steriel water tot 100 mL. De definitieve concentratie van TE buffer: 10 mM Tris-Cl, 1 mM EDTA. Bewaren bij kamertemperatuur (RT).</li>
	<li>1 L van de 10 x stockoplossing elektroforese buffer (FSME) voor te bereiden. Ontbinden 108 g voor Tris Base, 55 g boorzuur en 40 mL EDTA 0.5 M (pH 8) in een bekerglas en brengen hoeveelheid 1 L met steriel water. Winkel op RT.</li>
	<li>De gel laden kleurstof voor te bereiden. Los 0,25 g bromophenol blauw, 0,25 g xyleen cyanol FF, 50 g glycerol, 1 mM van EDTA (pH 8) in 60 mL gedeïoniseerd of gedistilleerd water, en breng aan een volume van 100 mL met steriel water. Bewaren bij 4 ° C (voor een paar maanden) of bij-20 ° C (al jaren)</li>
	<li>
200 mL 2% agarose gel voor te bereiden. Gebruik het vers of, subsidiair, slaan gestold op RT voor tot enkele weken.
	<ol>
<li>Los 4 g agarose in 200 mL voor 1 x TBE buffer in een bekerglas van 600 mL. Roer met een magnetische mixer voor ongeveer 5 minuten totdat de agarose is volledig geschorst.</li>
		<li>Verwarm de oplossing van de 2% agarose in kokend-water of op een hete plaat (voor ongeveer 10 minuten, totdat de agarose volledig is opgelost). Merk op dat het bekerglas af met de agarose gel moet worden afgedekt met aluminiumfolie. Als alternatief, Verwarm de ongedekte bekerglas in een magnetron op een hoge temperatuur voor ongeveer 3-5 min.</li>
		<li>Swirl de 2% agarose oplossing om met een magnetische mixer, controleren dat de agarose volledig is opgelost. Opmerking: Deeltjes van agarose verschijnen als doorschijnend korrels vóór volledige ontbinding. Het mogelijk moet opwarmen deeltjes gedurende enkele minuten (ongeveer 5 – 10 min).</li>
		<li>Als een opgeslagen gedeelte van het agarose gel wordt gebruikt Verwarm het bekerglas, bedekt met aluminiumfolie, in een bad met warm water (op ongeveer 60 ° C) tot de agarose wordt ontbonden. Verwijder met een pipet van Pasteur "sporen" van gestolde agarose van het oppervlak vóór gieten.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. DNA zuivering
<ol><li>
Voer de volgende handelingen uit voordat u begint de zuivering:
	<ol>
<li>Het gebruik van menselijke vers volledig bloedmonsters, of ontdooien van bevroren monsters snel (voor ongeveer 2-3 min) in een waterbad (bij 37 ° C) toe te passen van een milde agitatie volbloed en vervolgens equilibreer aan RT vóór gebruik.</li>
		<li>Meng verse of ontdooide bloedmonsters omkeren de buizen meerdere malen.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Start de procedure van de zuivering door het volgen van de leverancier protocollen voor 100 µL van het elutievolume.</li>
	<li>
Kwantificeren en berekenen de zuiverheid van DNA voor het meten van de absorptie bij 260, 280 en 320 nm.
	<ol>
<li>Steriel water verdunnen van de monsters en kalibreren van de spectrofotometer gebruiken</li>
		<li>Toepassing van de volgende formule om te berekenen van de concentratie van DNA-monster = 50 µg/mL x (een260 − A320) x verdunningsfactor, en de zuiverheid van DNA = (een260 − A320) / (een280 − A320), met een aanvaardbare verhouding tussen de 1,7 en 1,9.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. de PCR versterking van DNA-monsters
<ol><li>Bereiden 25 µL van reactiemengsel in een 0,2 mL micro-amplificatie buis, zoals aangegeven in tabel 1.</li>
	<li>Verrichten van een PCR-amplificatie van de gezuiverde DNA-monsters met behulp van een geautomatiseerde thermische cycler, na het programma van de versterking in tabel 2aangegeven.</li>
	<li>Aan het einde van de PCR versterking, de PCR reacties te stoppen door het verlaten van de DNA-monsters bij 4 ° C.</li>
</ol>4. RFLP van PCR producten
<ol><li>Bereiden 22.5 µL van meester-mix oplossing voor elk monster, zodat de geselecteerde restrictie-enzym de PCR producten, verteert zoals aangegeven in tabel 3.</li>
	<li>2.5 µL van het PCR product overbrengen in een nieuwe PCR-buis voor elk monster met behulp van een pipet en filter tips.</li>
	<li>22.5 µL van spijsvertering meester-mix oplossing aan de buizen met het PCR-product van elk monster, met behulp van een pipet en filter tips toevoegen.</li>
	<li>Incubeer het reactiemengsel (master-mix oplossing en PCR product) bij 37 ° C gedurende 4 uur.</li>
</ol>5. gel elektroforese analyse van PCR-RFLP monsters
<ol><li>Vlek het agarose gel door ethidiumbromide (EtBr) bij 0,5 µg/mL toe te voegen aan de gel gedurende 10 minuten EtBr bindt aan het DNA, die kan worden gevisualiseerd onder ultraviolet (UV) licht. Let op: Het is belangrijk om handschoenen en andere beschermende apparaten gebruiken tijdens de afhandeling, opslag en verwijdering van EtBr, omdat het een mutagene stof met potentiële carcinogeniteit.</li>
	<li>Giet de bereid agarose gel in de lade van een gel met de goed kam op zijn plaats, en wachten tot het is gestold.</li>
	<li>Plaats de gestolde agarose gel in het vak van de gel (elektroforese eenheid).</li>
	<li>Vul het vak gel met 1 x TBE totdat de gel is gedekt.</li>
	<li>Met een pipet en filter tips, 6 µL van het versterkte digest DNA (specifiek, belasting 5 µL van elk monster en 1 µL van gel laden kleurstof) in de putten van het agarose gel te laden. Een DNA grootte markering toevoegen in een afzonderlijke, goed en in parallel met de monsters.</li>
	<li>Stel de gel voor 20-30 min. bij 100 V.</li>
	<li>Met een UV-transilluminator, visualiseer de gekloofd DNA-fragmenten of de onverteerd PCR producten, fragmenten te vergelijken met de DNA grootte markering, en registreren van de resultaten door fotografie na instructies van de fabrikant. Let op: Gebruik beschermingsinrichtingen (veiligheidsbril of een gezichtsmasker) rond UV-lichtbronnen.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Shen, R. F., Tai, H. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thromboxanes:+synthase+and+receptors.">Thromboxanes: synthase and receptors.</a> J Biomed Sci. 5 (3), 153-172 (1998).</li><li>Nusing, R. M., Hirata, M., Kakizuka, A., Eki, T., Ozawa, K., Narumiya, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+and+chromosomal+mapping+of+the+human+thromboxane+A2+receptor+gene.">Characterization and chromosomal mapping of the human thromboxane A2 receptor gene.</a> J Biol Chem. 268 (33), 25253-25259 (1993).</li><li>Cyrus, T., Ding, T., Pratic&#242;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+thromboxane+synthase,+prostacyclin+synthase+and+thromboxane+receptor+in+atherosclerotic+lesions:+correlation+with+plaque+composition.">Expression of thromboxane synthase, prostacyclin synthase and thromboxane receptor in atherosclerotic lesions: correlation with plaque composition.</a> Atherosclerosis. 208 (2), 376-381 (2010).</li><li>Cipollone, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Polymorphism+in+the+Cyclooxygenase+2+Gene+as+an+Inherited+Protective+Factor+Against+Myocardial+Infarction+and+Stroke.">A Polymorphism in the Cyclooxygenase 2 Gene as an Inherited Protective Factor Against Myocardial Infarction and Stroke.</a> JAMA. 291 (18), 2221-2228 (2004).</li><li>Fontana, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+functional+polymorphisms+of+the+thromboxane+A2+receptor+gene+in+healthy+volunteers.">Identification of functional polymorphisms of the thromboxane A2 receptor gene in healthy volunteers.</a> Thromb Haemost. 96 (3), 356-360 (2006).</li><li>De Iuliis, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+TBXA2+receptor+transcript+stability+is+dependent+on+the+C924T+polymorphism.+Prostaglandins+Other+Lipid+Mediat.">Differential TBXA2 receptor transcript stability is dependent on the C924T polymorphism. Prostaglandins Other Lipid Mediat.</a> pii. (17), (2017).</li><li>Saiki, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+amplification+of+beta-globin+genomic+sequences+and+restriction+site+analysis+for+diagnosis+of+sickle+cell+anemia.">Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia.</a> Science. 230 (4732), 1350-1354 (1985).</li><li>Collins, F. S., Brooks, L. D., Chakravarti, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+DNA+polymorphism+discovery+resource+for+research+on+human+genetic+variation.">A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation.</a> Genome Res. 8 (12), 1229-1231 (1998).</li><li>Lee, J. C. -. I., Chang, J. -. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ABO+genotyping+by+polymerase+chain+reaction.">ABO genotyping by polymerase chain reaction.</a> J. Forensic Sci. 37 (5), 1269-1275 (1992).</li><li>Masao, O., Hirofumi, F., Jerzy, K. K., Hidetoshi, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+nucleotide+polymorphism+detection+by+polymerase+chain+reaction-restriction+fragment+length+polymorphism.">Single nucleotide polymorphism detection by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism.</a> Nature Protocols. 2 (11), 2857-2864 (2007).</li><li>Iwasaki, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accuracy+of+genotyping+for+single+nucleotide+polymorphisms+by+a+microarray-based+single+nucleotide+polymorphism+typing+method+involving+hybridization+of+short+allele-specific+oligonucleotides.">Accuracy of genotyping for single nucleotide polymorphisms by a microarray-based single nucleotide polymorphism typing method involving hybridization of short allele-specific oligonucleotides.</a> DNA Res. 9 (2), 59-62 (2002).</li><li>Papp, A. C., Pinsonneault, J. K., Cooke, G., Sadee, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+nucleotide+polymorphism+genotyping+using+allele-specific+PCR+and+fluorescence+melting+curves.">Single nucleotide polymorphism genotyping using allele-specific PCR and fluorescence melting curves.</a> Biotechniques. 34 (5), 1068-1072 (2003).</li><li>O'Meara, D., Ahmadian, A., Odeberg, J., Lundeberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+typing+by+apyrase-mediated+allele-specific+primer+extension+on+DNA+microarrays.">SNP typing by apyrase-mediated allele-specific primer extension on DNA microarrays.</a> Nucleic Acids Res. 30 (15), e75 (2002).</li><li>Pickering, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+DNA+ligation+and+rolling+circle+amplification+for+the+homogeneous,+end-point+detection+of+single+nucleotide+polymorphisms.">Integration of DNA ligation and rolling circle amplification for the homogeneous, end-point detection of single nucleotide polymorphisms.</a> Nucleic Acids Res. 30 (12), e60 (2002).</li><li>Chatterjee, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+sequencing+of+bacterial+and+P1+artificial+chromosome-nested+deletions+for+identifying+position-specific+single-nucleotide+polymorphisms.">Direct sequencing of bacterial and P1 artificial chromosome-nested deletions for identifying position-specific single-nucleotide polymorphisms.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (23), 13276-13281 (1999).</li><li>Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelic+discrimination+using+fluorogenic+probes+and+the+5'+nuclease+assay.">Allelic discrimination using fluorogenic probes and the 5' nuclease assay.</a> Genet. Anal. 14 (5-6), 143-149 (1999).</li><li>Haff, L. A., Smirnov, I. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-nucleotide+polymorphism+identification+assays+using+a+thermostable+DNA+polymerase+and+delayed+extraction+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Single-nucleotide polymorphism identification assays using a thermostable DNA polymerase and delayed extraction MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Genome Res. 7 (4), 378-388 (1997).</li><li>Gunderson, K. L., Steemers, F. L., Lee, G., Mendoza, L. G., Chee, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+scalable+SNP+genotyping+assay+using+microarray+technology.">A genome-wide scalable SNP genotyping assay using microarray technology.</a> Nat. Genet. 37 (5), 549-554 (2005).</li></ol>

De auteurs hebben niets te onthullen.

In de huidige studie, hebben we een methodologie waarmee patiënten genotypering te onderzoeken van de post-transcriptional rol van C924T polymorfisme (rs4523) gelegen op de 3'-regio van de TBXA2R-gen beschreven. Eerst, is deze methode gebaseerd op DNA-extractie uit volbloed. Met name bestaat dit eerste proces uit een zuivering van totale menselijke DNA genomic en mitochondriale, vanuit volbloed monsters vers of bevroren, met EDTA (citraat of heparine) behandeld. Voor korte termijn opslag van geheel bloedmonsters, bewaren bij 2-8 ° C voor maximaal 10 dagen. Voor opslag over 10 dagen, slaan monsters op 70 ° C. De geautomatiseerde zuiveringsproces bestaat uit 4 stappen: lyse, binden, wassen en elueer. Ten tweede, de methode is gebaseerd op PCR versterking van het TBXA2R gene gedeelte met de C924T mutatie. Tot slot, de identificatie van de wild type en/of de mutant genotype met behulp van een restrictie-enzym-analyse (RFLP) op agarose gel wordt uitgevoerd.
Kritische stappen in het protocol zijn de volgende: (i) In het geval dat een gedeelte van het agarose gel opgeslagen op RT wordt gebruikt, de gestolde agarose kan opnieuw opgeloste op een kokend waterbad (bij 60 ° C gedurende ongeveer 15-20 min) of in de magnetron (3-5 min) vóór het gieten. Opmerking: draai het GLB wanneer opnieuw smelten agarose in een fles. (ii), bovendien, wanneer opnieuw verwarming agarose, verdamping zal veroorzaken een toename van de concentratie ervan. Om deze reden zou het nuttig zijn om te compenseren door een kleine hoeveelheid water toe te voegen. (iii) DNA-fragmenten van minder dan 1000 bp werden onderscheiden zich door agarose gel en FSME buffer wordt aanbevolen voor de best mogelijke scheiding. (iv) wij liever met een agarose gel in plaats van een polyacrylamide-gel, omdat de voorbereiding van de laatste moeilijker is, en het duurt veel langer om in te stellen. (v) de keuze van de looptijd van de Elektroforese van het gel, is afhankelijk van de verwachte omvang van de amplificatie producten. Op basis van dit protocol, is het voldoende voor het uitvoeren van een elektroforese voor 20-30 min. bij 100 V in de 2% agarose gel, aangezien de grootte van de PCR fragmenten varieert van 100-500 bp. (vi) het is verplicht om te verkrijgen van 10 tot 50 ng van een goede kwaliteit sjabloon DNA geëxtraheerd uit menselijke specimens . Om deze reden liever we met een geautomatiseerde DNA-zuivering in plaats van een semi-automatische of handmatige. (vii) voorbereiden de reactie van de meester-mix voor PCR versterking en de oplossing van de meester-mix voor PCR producten spijsvertering, 10% meer (ter verantwoording voor verlies van vloeistof tijdens pipetteren) toe te voegen aan het volume berekend vermenigvuldigd met het aantal monsters voor het volume vereist voor een DNA-monster.
De meest voorkomende valkuil van de methode is de aanwezigheid van extra versterking producten als gevolg van een onjuiste thermische cycler programma's, de voorbereiding van een onjuiste amplificatie meester-mix of een DNA sjabloon besmetting. Bovendien, het ontbreken van PCR producten kan worden veroorzaakt door geïnactiveerd Taq polymerase of een onjuiste thermische cycler uitvoeren. Bovendien, de aanwezigheid van onverwachte fragmenten mogelijk als gevolg van PCR product verontreiniging of aan een onvolledige spijsvertering van een geïnactiveerd enzym, te weinig bedrag van restrictie-enzym volume of een te korte incubatietijd.
In de afgelopen jaren, hebben de volgende methoden gebruikt voor SNP analyse met behulp van de PCR-techniek: kruising van korte allele-specifieke oligonucleotides11, allele-specifieke PCR12, primer extensie op DNA microarrays13 , oligonucleotide afbinding assay14, directe het rangschikken van DNA voor het identificeren van positie-specifieke enig-nucleotidepolymorfisme15, Taqman methode16, extractie Matrix-Assisted Laser desorptie/ionisatie Time-Of-Flight (MALDI-TOF) massaspectrometrie17, en GeneChips18. Deze methoden zijn niet ideaal omdat ze niet eenvoudig te gebruiken en/of dure apparatuur nodig. Omgekeerd, de methode van de PCR-RFLP beschreven in deze studie is goedkoop, eenvoudig te gebruiken, handig, heeft een hoog rendement en snelle identificatie van de C924T polymorfisme kunt. Een beperking aan de huidige methode is dat het alleen kan worden gebruikt voor een klein aantal SNPs en voor een paar monsters aan een werkvergadering.
Voor toekomstige toepassingen, kan deze methode worden gebruikt voor voorspellende studies over plaque vorming en atherosclerose progressie door het analyseren van de patiënt genotypen voor het polymorfisme van de TBXA2R C924T. Bovendien, deze methode konden de proefpersonen meer vatbaar voor atherotrombotische processen, in het bijzonder met een hoog risico patiënten behandeld met aspirine. Ten slotte, deze methode kan worden toegepast om te bestuderen van andere polymorfismen betrokken in gepersonaliseerde geneeskunde voor bepaalde geneesmiddelen (bijvoorbeeld anticoagulantia en anti-epileptica) om te begrijpen de juiste drug dosering en de farmacologische individu en klinische respons voor elke patiënt vóór het begin van de therapie en nadelige effecten te vermijden.

TBXA2R is een lid van het G-eiwit gekoppelde superfamilie met zeven-transmembraan regio's, die zijn grote schaal uitgedrukt en gelokaliseerd op de membranen van de cel of op de intracellulaire structuren1,2. De TBXA2R signalering traject is betrokken bij geavanceerde atherosclerotische processen3. Verhoogde expressie van de TBXA2 receptor was aangetoond tijdens de atherogenese progressie en klinische en experimentele studies toonde haar relevante rol in ischemie en myocardiaal infarct4. C924T, een single nucleotide polymorphism (SNP) van het TBXA2R gen, werd erkend als een functionele polymorfisme bij gezonde vrijwilligers en is gekoppeld aan klinische aandoeningen5. Bovendien, onze vorige studie6 aangetoond dat het polymorfisme van de C924T van de TBXA2R-gen is betrokken bij transcript stabiliteit; in het bijzonder, is er een toenemende instabiliteit van de mutant (TT) type afschrift met betrekking tot de wild-type (CC). Bovendien veroorzaakte verschillende prikkels zoals adenosinedifosfaat (ADP), adrenaline en collageen in verschillende concentraties een aggregatie van de bloedplaatjes minder effectief voor het mutant type (TT). Dit komt overeen met een vorming van verminderde trombose en hemostase. Dus, de instabiliteit van het afschrift van de TBXA2R en de bijbehorende vermindering van de aggregatie van de bloedplaatjes kunnen gepaard gaan met een beschermende rol voor de TBXA2R TT-genotype tegen atherothrombosis en de complicaties in risicovolle aspirine-behandelde patiënten6 .
Hier beschrijven we een methodologie voor de patiënt genotypering te onderzoeken van de post-transcriptional rol van C924T polymorfisme (rs4523) gelegen op de 3'-regio van de TBXA2 receptor gen. Deze methode berust op de volgende stappen: (1) DNA-extractie van volbloed, (2) PCR versterking van het TBXA2R gene gedeelte met de C924T mutatie, en (3) de identificatie van wild type en/of mutant genotypen met beperking fragment lengte polymorfisme (RFLP) op agarose gel. RFLP is een techniek die gebruik maakt van de variaties in homologe DNA-sequenties7. Deze toepassing werd detecteren DNA-polymorfismen, vooral SNPs, te zoeken en koppelen van biologische relevantie in genetische variaties8gebruikt. Het polymorfisme geanalyseerd voor de eerste keer met behulp van de RFLP-PCR bij de mens was de ABO bloed9. De RFLP-PCR-methode kan de analyse van genetische mutaties in homologe DNA-sequenties te evalueren van de aanwezigheid van fragmenten van verschillende lengtes na de spijsvertering van DNA met zeer specifieke beperkingsendonucleases10.
In afgelopen jaren de volgende methoden hebben gebruikt voor SNP analyse met behulp van de PCR-techniek: kruising van korte allele-specifieke oligonucleotides11, allele-specifieke PCR12, primer extensie op DNA microarrays13, Oligonucleotide afbinding assay14, directe DNA sequencing voor identificerende positie-specifieke enig-nucleotidepolymorfisme15, Taqman methode16, extractie () Matrix-Assisted Laser desorptie/ionisatie Time-Of-Flight MALDI-TOF) massaspectrometrie17en18van de GeneChips. Deze technieken zijn niet eenvoudig te gebruiken en voorschrijven dure apparatuur. Omgekeerd, de PCR-RFLP-methode is goedkoop, handig en eenvoudig te gebruiken, heeft een hoog rendement en snelle identificatie van de C924T polymorfisme kunt. Bovendien, bevestigd we de resultaten door het TBXA2R-gen met behulp van de methode Sanger15sequencing.
Deze benadering biedt een voorspellende studie van plaque vorming en atherosclerose progressie door het analyseren van de patiënt genotypen voor het polymorfisme van de TBXA2R C924T. Deze methode kan de proefpersonen meer vatbaar voor atherotrombotische processen, met name degenen onder met een hoog risico, aspirine-behandelde patiënten.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:972px;" width="972">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">QIAsymphony SP</td>
			<td style="width:211px;">QIAGEN</td>
			<td style="width:136px;">937055</td>
			<td style="width:376px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Spectrophotometer</td>
			<td style="width:211px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:136px;">6131-02222</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">UV-transilluminator</td>
			<td style="width:211px;">UVP</td>
			<td style="width:136px;">732-110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PCR tubes</td>
			<td style="width:211px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:136px;">H0030121589</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PCR thermal cycler</td>
			<td style="width:211px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:136px;">5331-03721</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:249px;">Pipettors and filter tips</td>
			<td style="width:211px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:136px;">H4910000018/42/69 AND 0030067037/10/02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:249px;">Horizontal minigel electrophoresis apparatus</td>
			<td style="width:211px;">DIATECH PHORESIS 10</td>
			<td style="width:136px;">RI002-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Dry block heater</td>
			<td style="width:211px;">TWIN INCUBATOR</td>
			<td style="width:136px;">DG210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">QIAsymphony DNA Midi Kit</td>
			<td style="width:211px;">QIAGEN</td>
			<td style="width:136px;">931255</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:249px;">10X PCR buffer (usually supplied by the manufacturer with the Taq polymerase)</td>
			<td style="width:211px;">DIATECH AND TAKARA</td>
			<td style="width:136px;">T0100 AND R0001DM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Taq polymerase</td>
			<td style="width:211px;">TAKARA</td>
			<td style="width:136px;">R0001DM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">dNTP mixture</td>
			<td style="width:211px;">DIATECH&#160; pharmacogenetics</td>
			<td style="width:136px;">NM001</td>
			<td>dNTP MIX 10X 100 microliters, 10mM</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">PCR primers</td>
			<td>DIATECH&#160; pharmacogenetics</td>
			<td style="width:136px;">\\</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Restriction enzyme RsaI</td>
			<td style="width:211px;">New England biolabs</td>
			<td style="width:136px;">R0167L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Restriction enzyme 10X buffer</td>
			<td style="width:211px;">New England biolabs</td>
			<td style="width:136px;">R0167L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Agarose</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">A9539</td>
			<td>DNA fragments are best separated in TBE buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Tris base</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">T6066</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Boric acid</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">B7901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">0.5 M EDTA, pH 8.0</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">E7889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">10% (wt/vol) ammonium persulfate</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">E3678</td>
			<td>prepared fresh each time</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">EtBr (0.5 &#956;g/&#956;L)</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">E8751</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Bromophenol blue</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">B0126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Xylene cyanol FF</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">X4126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Glycerol</td>
			<td style="width:211px;">Sigma</td>
			<td style="width:136px;">G5516</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">DNA size marker</td>
			<td style="width:211px;">DIATECH&#160; pharmacogenetics</td>
			<td style="width:136px;">R1002-10</td>
			<td>Plasmide pBluescript II SK (+) restrict MSPI</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:249px;">Sterile water (autoclaved)</td>
			<td style="width:211px;">DIATECH&#160; pharmacogenetics</td>
			<td style="width:136px;">\\</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a method to study the c924t polymorphism of the thromboxane a2 receptor gene

Het Thromboxaan A2-receptor (TBXA2R) gen is een lid van het G-eiwit gekoppelde superfamilie met zeven-transmembraan regio's. Het is betrokken bij de atherogenese progressie, ischemie en myocardiaal infarct. Hier presenteren we een methode voor patiënt genotypering te onderzoeken van de post-transcriptional rol van de C924T polymorfisme (rs4523) gelegen op de 3'-regio van de TBXA2 receptor gen. Deze methode is gebaseerd op DNA-extractie van volbloed, polymerase kettingreactie (PCR) versterking van het TBXA2 gene gedeelte met de C924T mutatie, en de identificatie van wild type en/of mutant genotypen met behulp van een beperking digest analyse, specifiek een beperking fragment length polymorphism (RFLP) op agarose gel. Daarnaast werden de resultaten bevestigd door het TBXA2R gen sequencing. Deze methode beschikt over verschillende potentiële voordelen, zoals hoog rendement en de snelle identificatie van het polymorfisme van de C924T door PCR en restrictie-enzym-analyse. Deze benadering biedt een voorspellende studie voor de vorming van de plaque en atherosclerose progressie door het analyseren van de patiënt genotypen voor het polymorfisme van de TBXA2R C924T. Toepassing van deze methode heeft de potentie om de proefpersonen meer gevoelig zijn voor atherotrombotische processen, in bepaalde onderwerpen in een groep met een hoog risico, aspirine-behandeld.

Het doel van deze methode is om te evalueren van het Thromboxaan A2-receptor genotype ten aanzien van het polymorfisme van de C924T. Het menselijk TBXA2R-gen bevindt zich op 19p13.3 omvat 15 kbp en bestaat uit drie exons gescheiden door twee introns. Polymorfismen van de C924T van het TBXA2R gen (van 539 bp) werd versterkt met behulp van de PCR inleidingen afgebeeld in Figuur 1, die waren goed ontworpen om aan te vullen een specifieke DNA regio maar niet een orthologous of paralogous niet-specifieke regio. Daarnaast een RFLP-analyse met behulp van een RsaI restrictie-enzym (Figuur 1) op de PCR producten werd uitgevoerd en de resultaten waren gevisualiseerd op een agarose gel, teneinde de specifieke bestudeerde SNP karakteriseren.
Op basis van de aanwezigheid van verschillende fragment lengtes na spijsvertering van DNA, is het mogelijk om te discrimineren van een patiënt genotype voor de C924T polymorfisme. In feite, zoals in Figuur 2weergegeven, de homozygosity van de grote allel (CC) wordt weergegeven, twee bands (395 en 144 bp), omdat de restrictie-enzym precies het TBXA2R gen gedeelte op de site van C924T polymorfisme snijdt. De homozygosity van de kleine allel (TT) wordt aangetoond door een enkele band (539 bp), omdat het beperkingsenzym snijden doet zich niet voor. De heterozygoot (CT)-allel toont drie bands (539, 395 en 144 bp). Zoals blijkt uit Figuur 2, is de C924T polymorfisme, gedefinieerd door RsaI spijsvertering op PCR product, bevestigd door sequentieanalyse.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Component</td>
			<td>Volume (µL)</td>
			<td>Eindconcentratie</td>
		</tr>
<tr>
<td>10 x PCR buffer-Tween-20 (15 M MgCl2)</td>
			<td>0,25</td>
			<td>1.5 MgCl2 mmol/L</td>
		</tr>
<tr>
<td>dNTP mix (10 mM)</td>
			<td>1</td>
			<td>200 ΜM</td>
		</tr>
<tr>
<td>Primer (voorwaarts) (10 pmol/µM)</td>
			<td>1</td>
			<td>0.4 ΜM/ΜL</td>
		</tr>
<tr>
<td>Primer (omgekeerde) (10 pmol/µM)</td>
			<td>1</td>
			<td>0.4 ΜM/ΜL</td>
		</tr>
<tr>
<td>
Taq polymerase (5 U/µL)</td>
			<td>0.2</td>
			<td>1 U/ΜL</td>
		</tr>
<tr>
<td>Proeven van DNA (42 ng/µL)</td>
			<td>1</td>
			<td>42 ng/µL</td>
		</tr>
<tr>
<td>DNase-gratis-water</td>
			<td>20.55</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Totaal</td>
			<td>25</td>
			<td></td>
		</tr>
</tbody></table>Tabel 1: PCR versterking setup. Een 25 µL meester-mix reactiemengsel instellen in een tube van 0,2 mL PCR te versterken van een enkele DNA-monster.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td colspan="4">Standaardpcr</td>
		</tr>
<tr>
<td>Eerste stap in activeren</td>
			<td>5 min</td>
			<td></td>
			<td>95 ° C</td>
		</tr>
<tr>
<td>3-staps fietsen</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Denaturatie</td>
			<td>30 s</td>
			<td></td>
			<td>94 ° C</td>
		</tr>
<tr>
<td>Gloeien</td>
			<td>60 s</td>
			<td></td>
			<td>55 ° C</td>
		</tr>
<tr>
<td>Uitbreiding</td>
			<td>60 s</td>
			<td></td>
			<td>72 ° C</td>
		</tr>
<tr>
<td>Aantal cycli</td>
			<td></td>
			<td>30 cycli</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Laatste uitbreiding</td>
			<td>8 min</td>
			<td></td>
			<td>72 ° C</td>
		</tr>
</tbody></table>Tabel 2: PCR versterking programma. Instellen van een geautomatiseerde thermische cycler om het uitvoeren van PCR en versterken van de sjabloon DNA. PCR reacties worden gestopt door koeling bij 4 ° C.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Component</td>
			<td>Volume (µL) (n = 1)</td>
			<td>Volume (µL) (n = 10) *</td>
		</tr>
<tr>
<td>10 x enzym buffer</td>
			<td>2.5</td>
			<td>27,5</td>
		</tr>
<tr>
<td>Restrictie-enzym (5 U/µL)</td>
			<td>0,5</td>
			<td>5.5</td>
		</tr>
<tr>
<td>DNase-gratis-water</td>
			<td>19,5</td>
			<td>214.5</td>
		</tr>
<tr>
<td>Totaal</td>
			<td>22,5</td>
			<td>247,5</td>
		</tr>
</tbody></table>Tabel 3: Restrictie-enzym vertering van PCR producten. Een master-mix-oplossing is bereid, zodat de geselecteerde restrictie-enzym de PCR producten verteert. *: Voor het instellen van een master-mix-oplossing voor 10 monsters, voeg 10% meer, ten slotte strop 11 monsters.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57289/57289fig1v2.jpg"> Figuur 1: PCR primers en restrictie-enzym RsaI. De voorwaartse en omgekeerde inleidingen ontworpen voor het versterken van het TBXA2R gene gedeelte van 539 bp met het polymorfisme van de C924T. RsaI is de restrictie-enzym geselecteerd om te herkennen van de GTAC sites. ˅: snijden site van RsaI enzym. C(/T): C924T polymorfisme. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57289/57289fig1v2large.jpg" target="_blank">Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57289/57289fig2v2.jpg"> Figuur 2: elektroforetisch patroon en DNA-sequentie analyse. (A) de C924T genotype wordt herkend door de RFLP patroon na vertering met de specifieke RsaI-enzym. (B) DNA-sequentie analyse: de resultaten verkregen door RFLP na vertering met het enzym van de beperking van de RsaI waren bevestigd met sequentieanalyse tonen de C924T polymorfisme. Dit cijfer is gewijzigd van De Iuliis et al., prostaglandines & andere bemiddelaars van het lipide-6. <a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57289/57289fig2v2large.jpg" target="_blank">Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.</a>

Watch this Scientific Journal Video about A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene at JoVE.com

A Method to Study the C924T Polymorphism of the Thromboxane A2 Receptor Gene

In de huidige studie, beschrijven we een methodologie voor het analyseren van het genotype van de C924T. Het protocol bestaat uit drie fasen: DNA-extractie, versterking van de Kettingreactie van de polymerase (PCR) en een analyse van de beperking fragment length polymorphism (RFLP) op agarose gel.

Een methode om te studeren het C924T polymorfisme van het Thromboxaan A2-Receptor gen

The thromboxane A2 receptor (TBXA2R) gene is a member of the G-protein coupled superfamily with seven-transmembrane regions. It is involved in ...

Deze methode kan helpen bij het beantwoorden van belangrijke vragen in het trombose- en hemostaseveld met kenmerken die gevoeliger zijn voor atherothrombotische processen, met name patiënten met een hoog risico die met aspirine worden behandeld. Het belangrijkste voordeel van deze techniek is dat het goedkoop, eenvoudig te gebruiken, handig, heeft een hoge efficiëntie en maakt een snelle identificatie van de C924T polymorfismen. Hoewel deze methode inzicht kan geven in het atherothromboseveld, kan het ook worden toegepast op andere systemen, zoals polymorfismen waarbij gepersonaliseerde geneeskunde of specifieke geneesmiddelen betrokken zijn om de farmacologische individuele respons te begrijpen.Het aantonen van de procedure zal Doctor Sebastiano Ursi, een technicus van ons laboratorium. Om de Tris EDTA-buffer bij pH 8.0 voor te bereiden, voeg je 200 microliter edta van 0,5 molar en één milliliter van één molaire Trischloride in een bekerglas toe en pas het volume aan op 100 milliliter met steriel water en bewaar je op kamertemperatuur. Bereid vervolgens een liter 10X voorraadoplossing van elektroforese buffer door alle reagentia toe te voegen en bewaar de buffer vervolgens bij kamertemperatuur.Bereid vervolgens de gel laden kleurstof door het toevoegen van alle reagentia breng het volume tot 100 milliliter met steriel water. Eenmaal voorbereid, bewaar de kleurstof op vier graden Celsius voor een paar maanden. Voeg 450 milliliter water toe aan 50 milliliter 10X TBE buffer om een oplossing van 1X TBE buffer voor te bereiden.Voeg vier gram agarose in 200 milliliter 1X TBE buffer samen in een 600 milliliter beker om 200 milliliter van 2%agarose gel voor te bereiden. Gestolde agarose gel opgeslagen bij kamertemperatuur kan worden opgelost over een kokend waterbad op 60 graden gedurende 15 tot 20 minuten of in een magnetron gedurende 35 minuten door het toevoegen van een klein volume water om de toename van de agarose concentratie te compenseren. Blijf roeren het bekerglas op een magnetische mixer gedurende ongeveer vijf minuten tot de agarose wordt opgehangen dan verwarm de agarose op een hete plaat voor ongeveer 10 minuten of in een magnetron gedurende drie minuten voor het volledig op te lossen.Meng na de zuivering van DNA de verse DNA-monsters voorzichtig door buizen meerdere keren te pipetten. Het is verplicht om 10 tot 50 nanogram van een goede kwaliteit sjabloon DNA gewonnen uit menselijke monsters te verkrijgen. Daarom gebruiken we liever een geautomatiseerde DNA-zuivering dan een semi-geautomatiseerde of handmatige.Om te beginnen met zuiveren, eerst kwantificeren en berekenen van de zuiverheid van het DNA door het meten van de absorberenden op 260, 280 en 320 nanometer, dan verdunnen van de monsters met behulp van steriel water. Kalibreer vervolgens de spectrofotometer. Om de PCR-reactie te vormen, voeg alle reagentia toe om 25 microliter pcr-mastermix voor te bereiden in een 0,2 milliliter microamplificatiebuis.Plaats vervolgens de PCR-buizen in een geautomatiseerde thermocycler en versterk de gezuiverde DNA-monsters. Zodra het programma is voltooid, stop de reactie door het verlaten van de buizen op vier graden Celsius. Voeg 10X enzymbuffer vijf eenheden per microliter beperkingsenzym toe in dna's vrij water aan een volume van 22,5 microliter.Voeg vervolgens 2,5 microliter PCR-product toe aan een nieuwe PCR-buis en voeg vervolgens de 22,5 microliter van de beperkingsverteringsmix toe aan het PCR-product. Incubeer de PCR product beperking spijsvertering master mix op 37 graden Celsius gedurende vier uur, voeg dan 0,5 microgram per milliliter Ethidium bromide om de gel vlek gedurende 10 minuten. Giet de gel op de gellade met de putkam op zijn plaats om de gel te stollen.Giet nu de geldoos met 1X TBE buffer tot de gel bedekt is. Gebruik fijne tips om zes microliters van het versterkte verteerde DNA te laden in de putten die in de gel zijn gevormd en voeg vervolgens ook een DNA-marker toe in een aparte put parallel aan het monster. Schakel vervolgens de elektroforese-eenheid in.Om het C924T genetische polymorfisme in het TBXA2R-gen te identificeren, wordt RFLP-analyse uitgevoerd. In de gel, het toont twee banden op 395 en 144 basisparen voor de wild-type versie van de grote allel, terwijl een enkele band op 539 basisparen voor de mutant versie van de kleine allel wordt gezien die wijst op geen cut door de beperking enzym. Interessant is dat drie bands op 395, 144 en 539 basisparen aanwezig zijn voor het heterozygoot.Vervolgens wordt het C924T polymorfisme bevestigd aan de hand van sequentieanalyse. De gemarkeerde sequentie vertegenwoordigt het polymorfisme. Eenmaal onder de knie, kan deze techniek worden gedaan in ongeveer acht uur als het goed wordt uitgevoerd.Tijdens het proberen van deze procedure, is het belangrijk om te onthouden dat deze methode alleen kan worden gebruikt voor een klein aantal knipsels en de voor enkele monsters in een werksessie. Na deze procedure kunnen andere methoden zoals knipanalyse worden uitgevoerd om aanvullende vragen te beantwoorden, zoals het belang van andere trajecten met atherothrombotische processen. Na de ontwikkeling maakte deze techniek de weg vrij voor onderzoekers op het gebied van moleculaire biologie om genetische variaties te onderzoeken die uitstekend uitblinken in deze beginnende ontwikkeling en progressie.Na het bekijken van deze video, moet u een goed begrip van hoe de Thromboxane A2 receptor genotype te evalueren met betrekking tot de C924T polymorfisme met behulp van gel elektroforese analyse van de PCR-RFLP monsters. Vergeet niet dat het werken met Ethidium bromide en UV-lichtbronnen zeer gevaarlijk kan zijn en voorzorgsmaatregelen zoals handschoenen, veiligheidsbril, of een gezichtsmasker en andere beschermende apparaten moeten altijd worden genomen tijdens het uitvoeren van deze procedure.

Research

JoVE Journal

Genetics

Tools to Study the Role of Architectural Protein HMGB1 in the Processing of Helix Distorting, Site-specific DNA Interstrand Crosslinks

Tools om de rol van de Architectural eiwit HMGB1 Bestudeer in de verwerking van Helix vervormen, site-specifieke DNA InterStrand Crosslinks

High mobility group box 1 (HMGB1) protein is a non-histone architectural protein that is involved in regulating many important functions in the genome, ...

Studying Cell Cycle-regulated Gene Expression by Two Complementary Cell Synchronization Protocols

Het bestuderen van celcyclusreguleerde genuitdrukking door twee complementaire celsynchronisatieprotocollen

The gene expression program of the cell cycle represents a critical step for understanding cell cycle-dependent processes and their role in diseases such ...

High-resolution Melting PCR for Complement Receptor 1 Length Polymorphism Genotyping: An Innovative Tool for Alzheimer's Disease Gene Susceptibility Assessment

Hoge resolutie smeltende PCR voor Complement Receptor 1 Lengte Polymorfisme Genotypering: Een Innovatief Gereedschap voor Alzheimer&#39;s Ziekte Geneesbaarheid Beoordeling

Complement receptor 1 (CR1), a transmembrane glycoprotein that plays a key role in the innate immune system, is expressed on many cell types, but ...

Using Mouse Oocytes to Assess Human Gene Function During Meiosis I

Met behulp van de muis eicellen te beoordelen van menselijke genfunctie tijdens de meiose I

Embryonic aneuploidy is the major genetic cause of infertility in humans. Most of these events originate during female meiosis, and albeit positively ...

Exploring the Root Microbiome: Extracting Bacterial Community Data from the Soil, Rhizosphere, and Root Endosphere

Verkennen van de wortel Microbiome: extraheren van gegevens van de bacteriële Gemeenschap uit de bodem, de rhizosfeer, en de wortel Endosphere

The intimate interaction between plant host and associated microorganisms is crucial in determining plant fitness, and can foster improved tolerance to ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

High-throughput identificatie van regelgevende gensequenties met behulp van Next-generation Sequencing van circulaire chromosoom conformatie Capture (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Using In Vitro and In-cell SHAPE to Investigate Small Molecule Induced Pre-mRNA Structural Changes

Met behulp van In Vitro en In cel vorm te onderzoeken klein molecuul veroorzaakte structurele veranderingen van de Pre-mRNA

In the process of drug development of RNA-targeting small molecules, elucidating the structural changes upon their interactions with target RNA sequences ...

A Fluorescence-based Method to Study Bacterial Gene Regulation in Infected Tissues

Een fluorescentie gebaseerde methode om te studeren van bacteriële genregulatie in geïnfecteerde weefsels

Bacterial virulence genes are often regulated at the transcriptional level by multiple factors that respond to different environmental signals. Some ...

In vivo Application of the REMOTE-control System for the Manipulation of Endogenous Gene Expression

In vivo toepassing van het systeem van de afstandsbediening voor de manipulatie van de endogene genexpressie

Here we describe a protocol for implementing the REMOTE-control system (Reversible Manipulation of Transcription at Endogenous loci), which allows for ...

A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants

Een bioinformatica-pijpleiding om de MicroRNA Transcriptomes in fabrieken nauwkeurig en efficiënt te analyseren

MicroRNAs (miRNAs) are 20- to 24-nucleotide (nt) endogenous small RNAs (sRNAs) extensively existing in plants and animals that play potent roles in ...