Name: replication of the ordered, nonredundant library of pseudomonas aeruginosa strain pa14 transposon insertion mutants
Uploaded: 2018-05-04T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Replication of the Ordered, Nonredundant Library of Pseudomonas aeruginosa strain PA14 Transposon Insertion Mutants at JoVE.com

We bedank Lisa Philpotts van de MGH Treadwell virtuele bibliotheek voor haar begeleiding in de database zoeken. Dit werk werd gesteund door de Cystic Fibrosis Stichting (YONKER16G0 en HURLEY16G0) en NIH NIAID (BPH en ADE: R01 A1095338).

Let op: Gebruik standaard BSL-2 veiligheidsmaatregelen bij het verwerken van P. aeruginosa, een menselijke pathogenen. Als u een immuungecompromitteerde individu bent of een medische aandoening die uw gevoeligheid voor bacteriële infectie verhoogt, bijzondere voorzichtigheid nemen bij het werken met P. aeruginosa. Raadpleeg de bioveiligheid-kantoor in uw instelling en toestemming van uw arts voordat u gaat werken met de de PA14 NR instellen of de mutant bibliotheken van bacteriële pathogenen.
<p c...

De P. aeruginosa PA14NR ligt een waardevolle bron voor de wetenschappelijke gemeenschap. Volgens de maart 2017 dataset uit Clarivate Analytics belangrijke indicatoren van de Science database, Liberati et al. (2006) 37, waarin de bouw van de PA14NR Set, is gerangschikt in de top 1% van de publicaties van de microbiologie. Google Scholar rapporten meer dan 600 citaten van de Liberati et al. (2006) originele manuscript vanaf augustus 2017. De bibliotheek heeft een ...

Pseudomonas aeruginosa is een fenotypische en genotypisch divers en flexibel gram-negatieve bacterie aanwezig in de bodem, water, en de meeste menselijke omgevingen, evenals huid microflora. Vergeleken bij veel bacteriesoorten, heeft P. aeruginosa een relatief grote genoom van 5.5-7 Mbp met hoge G + C inhoud (65-67%). Bovendien een aanzienlijk deel van de genen betrokken zijn bij de metabole aanpassingsvermogen en zijn onderdeel van regulerende netwerken, grote flexibiliteit in reactie op de milieudruk1. P. aeruginosa geeft uiting aan een overvloed van virulentiefactoren, neiging naar formulier biofilms vertoont, bezit het vermogen om te coördineren van de reacties via meerdere quorum sensing trajecten en bevat een opmerkelijke capaciteit te ontwikkelen resistentie tegen antibiotica en tolerantie2,3,4,5,6,7,8. Deze kenmerken stellen belangrijke uitdagingen voor de behandeling van infecties veroorzaakt door P. aeruginosa.
Chronische P. aeruginosa infecties kunnen optreden in talrijke ziekte staten. Cystic fibrosis (CF), een genetische ziekte die wordt veroorzaakt door mutatie van het gen Cystic Fibrosis Transmembrane huidgeleiding Regulator (CFTR) , resulteert in inspissated, besmette afscheidingen binnen de luchtwegen, progressieve Bronchiëctasie en uiteindelijk dood van respiratoire insufficiëntie9. Door volwassenheid, zijn de meerderheid van de patiënten met CF chronisch geïnfecteerd met P. aeruginosa, dat een sleutelrol in de morbiditeit en mortaliteit die zijn gekoppeld aan deze ziekte10 speelt. Bovendien hebben patiënten met ernstige branden verwondingen11, tracheostomies12, gewrichtsprothesen13of inwonende katheters14 risico op P. aeruginosa infectie gerelateerd aan van de bacteriën vermogen om vorm biofilms en ontsnappen host15van de inflammatoire reacties. Verder, kolonisatie zonder concurrentie treedt op nadat een bevolking meerdere antibiotica resistentie of tolerant is geselecteerd door middel van breedspectrum, sequentiële antimicrobiële behandeling12,16,17 , 18. beter begrijpen van de pathogenese van P. aeruginosa zal belangrijke gevolgen hebben voor talloze ziekte staten.
Verschillende P. aeruginosa klinische isolaten, met inbegrip van stammen PAO1, PA103, PA14 en PAK, zijn uitvoerig bestudeerd om te onderzoeken van de verschillende functies van P. aeruginosa pathogenese. Stam PA14 is een klinische isolaat die behoort tot een van de meest voorkomende klonale groepen wereldwijd19,20 en heeft niet uitgebreid in het laboratorium is gepasseerd. PA14is zeer virulente in gewervelde modellen van infectie, met een opmerkelijke endotoxine profile21, pili structuur22, pathogeniteit eilanden23, III secretie typesysteem (TTSS), cytotoxiciteit naar zoogdieren cellen24 en profielen van antibiotische weerstand en volharding25. Bovendien, PA14 is ook zeer virulente in talrijke gastheer-pathogeen modelsystemen, met inbegrip van plant blad infiltratie modellen26,27,Caenorhabditis elegans infectie modellen28, 29, insect modellen30,31, evenals muis longontsteking modellen32,,33 en huid branden modellen34.
Genoom-brede mutant bibliotheken zijn verzamelingen van isogene mutanten in niet-essentiële genen die zeer krachtige tools om te begrijpen van de biologie van een organisme door analyse van de genfunctie toe te staan op een genomic schaal vormen. Twee in de buurt van-saturation transposon invoeging mutant bibliotheken gebouwd in P. aeruginosa zijn momenteel beschikbaar voor distributie. De sites van de invoeging van de transposons zijn vastgesteld voor beide bibliotheken. Deze zogenaamde nonredundant bibliotheken genoom-brede studie van bacteriestammen vergemakkelijken door het aanzienlijk verlagen van de tijd en kosten genfunctieonderzoek screening willekeurige transposon mutanten. De P. aeruginosa PAO1 transposon mutant bibliotheek, gebouwd in de MPAO1 isoleren van de stam PAO1 met behulp van transposons ISphoA/ hah en ISlacZ/ hah35, is samengesteld door het Manoil laboratorium, Universiteit van Washington. De bibliotheek bestaat uit een reeks-geverifieerd verzameling 9,437 transposon mutanten die biedt brede genoom dekking en omvat twee mutanten voor de meeste genen36. Informatie over de PAO1 van de P. aeruginosa transposon mutant library is beschikbaar op de openbare, internet toegankelijke Manoil lab-website op http://www.gs.washington.edu/labs/manoil/libraryindex.htm. De P. aeruginosa stam PA14 nonredundant transposon invoeging mutant bibliotheek (PA14NR ingesteld) gebouwd in stam PA14 met behulp van de MAR2xT7 en Tn transposonsphoA37 wordt momenteel gedistribueerd door de afdeling kindergeneeskunde in het Massachusetts General Hospital. De PA14NR Set bestaat uit een verzameling van meer dan 5.800 mutanten met één transposon invoegingen in niet-essentiële genen37. Details over de bouw van de PA14NR Set zijn beschreven in de openbare, toegankelijke internet site http://pa14.mgh.harvard.edu/cgi-bin/pa14/home.cgi?section=NR_LIB, waarin ook een scala aan online zoekprogramma's om het gebruik van de PA14NR Instellen.
De oorspronkelijke PA14NR Set bestond uit 5,459 mutanten, geselecteerd uit een uitgebreide bibliotheek van ongeveer 34.000 willekeurige transposon insertiemutanten, die overeenkomen met 4,596 voorspelde PA14 genen 77% van alle voorspelde PA14 genen37. Sinds de bouw van de bibliotheek in 2006 nieuwe mutanten werden toegevoegd, en momenteel de PA14NR Set omvat meer dan 5.800 mutanten38 die vertegenwoordigen ongeveer 4.600 PA14 genen. De meerderheid van de PA14 transposon mutanten werden gegenereerd in het wild type achtergrond37. Details over elk lid van de mutant bibliotheek, met inbegrip van genetische achtergrond, zijn beschikbaar via de online database zoeken, of door het downloaden van de Nonredundant bibliotheek spreadsheet, beide functies beschikbaar op de website van PA14 (http:// PA14.MGH.Harvard.edu/cgi-bin/PA14/Home.cgi). De meerderheid van mutanten werden gemaakt met behulp van de MAR2xT7 (MrT7) transposon, met een kleine set gemaakt met behulp van de TnPhoA (phoA) transposon37. Elke transposon heeft een antibiotica-resistentie-cassette, waarmee een mutant selectie met gentamicine (MrT7) of kanamycine (phoA). De PA14NR-set van mutanten in drieënzestig 96-wells-platen is opgeslagen en omvat twee extra controle van de 96-wells-platen, die bestaan uit wild type PA14 geënt en niet-geënte wells tussenliggende in een vooraf ingesteld patroon. De indeling van de 96-wells-plaat gecombineerd met de online zoekprogramma's sterk vergemakkelijkt de aangepaste ontwikkeling van screening tests waarmee gebruikers gemakkelijk om genen te identificeren mutant fenotypen is gekoppeld. De online zoekprogramma's vergemakkelijken ook de zoek- en selectie van aanvullende relevante mutanten vereist voor verdere studies.
De PA14 en PAO1 transposon mutant bibliotheken zijn zeer belangrijke wereldwijde resources voor de wetenschappelijke gemeenschap, en zij elkaar aanvullen bij het valideren van de functie van onbekende genen en trajecten van deze bacteriële pathogenen. Toevallig, sinds de bouw van de PAO1 en PA14 transposon mutatie Bibliotheken, heeft full-DNA sequentiebepaling genoomanalyse van vele P. aeruginosa isolaten aangetoond dat PAO1 en PA14 tot verschillende belangrijke subclades van de P. aeruginosa behoren fylogenie7,39,40,41. Omdat klinisch P. aeruginosa isolaten vindt u verspreid over de fylogenie, het feit dat PAO1 en PA14 tot verschillende P. aeruginosa behoren subgroepen verhoogt de waarde van de twee transposon mutatie bibliotheken voor vergelijkende studies.
Publicaties met een beschrijving van de bouw en screening van bacteriële mutant Bibliotheken, waaronder P. aeruginosa bibliotheken35,zijn37,42, beschikbaar in de literatuur. Echter tot de beste van onze kennis, geen gepubliceerde protocollen beschrijven gedetailleerde procedures en technieken die worden gebruikt voor replicatie, onderhoud en validatie van bacteriële mutant bibliotheken zijn beschikbaar.
De methodologie uiteengezet in deze publicatie beschrijft een set van drie protocollen die het gebruik vergemakkelijken en onderhoud van de PA14NR Set. Het eerste protocol beschrijving van replicatie van de bibliotheek zoals aanbevolen voor de ontvangers van de PA14NR Set. Het tweede protocol bevat richtsnoeren voor de strepen, groeiende en opslaan van individuele mutanten geïdentificeerd met behulp van de PA14NR Set. Het derde protocol beschrijft kwaliteitscontrole technieken, met inbegrip van PCR versterking van fragmenten van transposon mutanten en de daaropvolgende sequencing mutant identiteit te bevestigen. Deze set van protocollen kan ook worden aangepast voor de replicatie en het onderhoud van andere bacteriële mutant bibliotheken of collecties. De replicatie van bacteriële mutant bibliotheken of collecties is zeer aangeraden voor het behoud van de integriteit van de "master copy" (originele exemplaar ontvangen). Replicatie van meerdere kopieën van de PA14NR Set voor routinematige laboratoriumgebruik minimaliseert de kans op besmetting van de interwell van het originele exemplaar.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Materials for Library Replication</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 96-well Tissue-culture treated, case of 50</td>
			<td>Corning Life Sciences</td>
			<td>353072</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 96 Well Clear V-Bottom 2000&#956;L Deep Well Plates, case of 25</td>
			<td>Corning Life Sciences</td>
			<td>3960</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nunc OmniTray (rectangular plates), case of 60</td>
			<td>Thermo Scientific Rochester</td>
			<td>242811</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rectangular Ice Pan, Midi (4L)</td>
			<td>Corning Life Sciences</td>
			<td>432104</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secure-Gard Cone Mask, case of 300</td>
			<td>Cardinal Health</td>
			<td>AT7509</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AluminaSeal, pack of 100</td>
			<td>Diversified Biotech</td>
			<td>ALUM-100</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Breathe-Easy membrane, pack of 100</td>
			<td>Diversified Biotech</td>
			<td>BEM-1</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile, individually wrapped, 50mL Solution Trough/Reagent Reservoir, case of 100</td>
			<td>Sorenson</td>
			<td>S50100</td>
			<td>via Westnet Incorporated</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plate roller</td>
			<td>VWR</td>
			<td>60941-118</td>
			<td>via VWR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cryo Laser Labels - CRYOLAZRTAG 2.64&#34; x 0.277&#34;, pack of 16 sheets</td>
			<td>GA International</td>
			<td>RCL-11T1-WH</td>
			<td>via Labtag.com (template for printing also available from Labtag.com)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-well replicator</td>
			<td>V &#38; P Scientific, Inc.</td>
			<td>Custom 407C, 3.18mm pin diameter, 57mm long</td>
			<td>via V &#38; P Scientific, Inc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multitron Pro, 3mm Shaking incubator</td>
			<td>Infors HT</td>
			<td>l10003P</td>
			<td>via Infors HT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Picus 12 Channel 50-1200&#956;L Electronic Pipette</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>735491PR</td>
			<td>via Sartorius</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter Tips 50-1200&#956;L, pack of 960</td>
			<td>Biohit</td>
			<td>14-559-512</td>
			<td>via Fisher Scientific; use electronic multichannel-compatible tips</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dry Ice</td>
			<td>User-specific vendor</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Materials for Individual Mutant Storage</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-408-130</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettes (P1000, P200, P20, P2)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F167370</td>
			<td>via Gilson</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Materials for Quality Control PCR</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-408-130</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td>via ThermoFisher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Thermocycler</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Omnistrips PCR Tubes with domed lids</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>AB0404</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ART Barrier low-retention pipette tips (10 uL, 100 uL, 1000 uL)</td>
			<td>Molecular BioProducts, Inc.</td>
			<td>Z676543 (10 uL), Z676713 (100 uL), Z676802 (1000 uL)</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettes (P1000, P200, P20, P2)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F167370</td>
			<td>via Gilson</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-408-130</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MasterPure DNA Purification Kit</td>
			<td>Epicentre</td>
			<td>MCD85201</td>
			<td>via Epicentre Technologies Corp</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder, ready-to-use</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>SM1333</td>
			<td>via ThermoFisher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RediLoad Loading Buffer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>750026</td>
			<td>via ThermoFisher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chemicals</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chemicals for Library and Individual Mutant Storage</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol MB Grade, 1L</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>G5516</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Broth</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Per 1L dH2O: 10g tryptone, 5g yeast extract, 5g NaCl, 1ml 1N NaOH (Current Protocols in Molecular Biology.&#160; Wiley, 1994.)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T7293</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>Y1625</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S7653</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Hydroxide</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S8045</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB&#160; agar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>See preparation above, add 15g Bacto Agar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto Agar</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A5306</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamicin sulfate, 10g</td>
			<td>BioReagent</td>
			<td>1405-41-0</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin sulfate</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>11815024</td>
			<td>via ThermoFisher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol, 190 proof</td>
			<td>Decon</td>
			<td>04-355-221</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chemicals for Quality Control PCR</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primers</td>
			<td>User-preferred vendor</td>
			<td></td>
			<td>See primers listed in Table 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning cellgro Molecular Biology Grade Water</td>
			<td>Corning</td>
			<td>46000CV</td>
			<td>via Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq Polymerase Buffer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10342020</td>
			<td>via ThermoFisher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq DNA Polymerase, recombinant</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10342020</td>
			<td>via ThermoFisher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTPs</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10297018</td>
			<td>via ThermoFisher</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A9539</td>
			<td>via Sigma-Aldrich</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

replication of the ordered, nonredundant library of pseudomonas aeruginosa strain pa14 transposon insertion mutants

Pseudomonas aeruginosa is een fenotypische en genotypisch divers en flexibel gram-negatieve bacterie alomtegenwoordig in de menselijke omgevingen. P. aeruginosa vermag vormen van biofilms, ontwikkelen van resistentie tegen antibiotica, produceren van virulentiefactoren en snel evolueren in de loop van een chronische infectie. Dus P. aeruginosa kan leiden tot zowel acute en chronische, moeilijk te behandelen van infecties, resulterend in significante morbiditeit in bepaalde patiënt populaties. P. aeruginosa stam PA14 is een menselijke klinische isolaat met een geconserveerde genoom structuur die een verscheidenheid aan zoogdieren en nonvertebrate gastheren maken PA14 een aantrekkelijke stam voor de studie van deze ziekteverwekker infecteert. In 2006, werd een nonredundant transposon invoeging mutant bibliotheek met 5,459 mutanten overeenkomt met 4,596 voorspelde PA14 genen geproduceerd. Sindsdien heeft de distributie van de bibliotheek PA14 de onderzoeksgemeenschap om beter te begrijpen de functie van afzonderlijke genen en complexe trajecten van P. aeruginosatoegestaan. Handhaving van de integriteit van de bibliotheek door middel van het replicatieproces vereist goede behandeling en precieze technieken. Te dien einde stelt dit manuscript protocollen die beschrijven in detail de stappen bij bibliotheek replicatie, de controle van de kwaliteit van de bibliotheek en correcte opslag van individuele mutanten betrokken.

Twaalf nieuwe exemplaren van de PA14NR Set werden gerepliceerd met behulp van Protocol I, en een beoordeling van de kwaliteitscontrole van de nieuwe kopieën gegenereerd werd uitgevoerd met behulp van Protocol III.
PA14NR Set mutant platen samen met controle platen, die bestaan uit wild type PA14 geënt en niet-geënte wells tussenliggende in een vooraf ingesteld patroon (figuur 4A), werden gereplic...

Watch this Scientific Journal Video about Replication of the Ordered, Nonredundant Library of Pseudomonas aeruginosa strain PA14 Transposon Insertion Mutants at JoVE.com

Replication of the Ordered, Nonredundant Library of Pseudomonas aeruginosa strain PA14 Transposon Insertion Mutants (Video) | JoVE

Replicatie van de besteld, Nonredundant bibliotheek van Pseudomonas aeruginosa stam PA14 Transposon insertiemutanten

Pseudomonas aeruginosa infectie veroorzaakt significante morbiditeit in kwetsbare hosts. De nonredundant transposon invoeging mutant bibliotheek van P. aeruginosa stam PA14, uitgeroepen tot PA14NR ingesteld, vergemakkelijkt de analyse van gene functionaliteit in tal van processen. Hier gepresenteerd is een protocol voor het genereren van hoge kwaliteit kopieën van de PA14NR ingesteld mutant bibliotheek.

Pseudomonas aeruginosa is a phenotypically and genotypically diverse and adaptable Gram-negative bacterium ubiquitous in human environments. P. aeruginosa ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Replication of the Ordered, Nonredundant Library of Pseudomonas aeruginosa strain PA14 Transposon Insertion Mutants

Co-culture Models of Pseudomonas aeruginosa Biofilms Grown on Live Human Airway Cells

Co-culture Models of Pseudomonas aeruginosa Biofilms Grown on Live Human Airway Cells (Video) | JoVE

Co-cultuur modellen van Pseudomonas aeruginosa Biofilms Grown op Live menselijke luchtwegen cellen

Bacterial biofilms have been associated with a number of different human diseases, but biofilm development has generally been studied on non-living ...

Pseudomonas aeruginosa and Saccharomyces cerevisiae Biofilm in Flow Cells

Pseudomonas aeruginosa and Saccharomyces cerevisiae Biofilm in Flow Cells (Video) | JoVE

Pseudomonas aeruginosa en Saccharomyces cerevisiae Biofilm in Flow cellen

Many microbial cells have the ability to form sessile microbial communities defined as biofilms that have altered physiological and pathological ...

RNA Isolation of Pseudomonas aeruginosa Colonizing the Murine Gastrointestinal Tract

RNA Isolation of Pseudomonas aeruginosa Colonizing the Murine Gastrointestinal Tract (Video) | JoVE

Isolatie van RNA Pseudomonas aeruginosa Kolonisatie van de muizen Maagdarmkanaal

Pseudomonas aeruginosa (PA) infections result in significant morbidity and mortality in hosts with compromised immune systems, such as patients with ...

Long Term Chronic Pseudomonas aeruginosa Airway Infection in Mice

Long Term Chronic Pseudomonas aeruginosa Airway Infection in Mice (Video) | JoVE

Long Term Chronische<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em&gt; Luchtweginfectie in Muizen

A mouse model of chronic airway infection is a key asset in cystic fibrosis (CF) research, although there are a number of concerns regarding the model ...

Identification of Novel Genes Associated with Alginate Production in Pseudomonas aeruginosa Using Mini-himar1 Mariner Transposon-mediated Mutagenesis

Identification of Novel Genes Associated with Alginate Production in Pseudomonas aeruginosa Using Mini-himar1 Mariner Transposon-mediated Mutagenesis (Video) | JoVE

Identificatie van nieuwe genen geassocieerd met alginaat Productie in<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em&gt; Het gebruik van mini-<em&gt; Himar1</em&gt; Mariner transposon-gemedieerde mutagenese

Pseudomonas aeruginosa is a Gram-negative, environmental bacterium with versatile metabolic capabilities. P. aeruginosa is an opportunistic bacterial ...

Pseudomonas aeruginosa Induced Lung Injury Model

Pseudomonas aeruginosa Induced Lung Injury Model (Video) | JoVE

In order to study human acute lung injury and pneumonia, it is important to develop animal models to mimic various pathological features of this disease. ...

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants (Video) | JoVE

Generatie en Multi-fenotypische High-inhoud Screening van<em&gt; Coxiella burnetii</em&gt; Transposon Mutants

Invasion and colonization of host cells by bacterial pathogens depend on the activity of a large number of prokaryotic proteins, defined as virulence ...

Creation of a Dense Transposon Insertion Library Using Bacterial Conjugation in Enterobacterial Strains Such As Escherichia Coli or Shigella flexneri

Creation of a Dense Transposon Insertion Library Using Bacterial Conjugation in Enterobacterial Strains Such As Escherichia Coli or Shigella flexneri (Video) | JoVE

Oprichting van een dichte Transposon invoeging bibliotheek met behulp van bacteriële Woordherkomst en-opbouw in de Enterobacterial stammen zoals Escherichia Coli of Shigella flexneri

Transposon mutagenesis is a method that allows gene disruption via the random genomic insertion of a piece of DNA called a transposon. The protocol below ...

High-throughput Parallel Sequencing to Measure Fitness of Leptospira interrogans Transposon Insertion Mutants During Golden Syrian Hamster Infection

High-throughput Parallel Sequencing to Measure Fitness of Leptospira interrogans Transposon Insertion Mutants During Golden Syrian Hamster Infection (Video) | JoVE

High-throughput parallelle Sequencing maatregel fitness van Leptospira interrogans Transposon invoeging mutanten tijdens Golden Syrische Hamster infectie

In this manuscript, we describe a transposon sequencing (Tn-Seq) technique to identify and quantify Leptospira interrogans mutants altered in fitness ...

Generation of In-Frame Gene Deletion Mutants in Pseudomonas aeruginosa and Testing for Virulence Attenuation in a Simple Mouse Model of Infection

Generation of In-Frame Gene Deletion Mutants in Pseudomonas aeruginosa and Testing for Virulence Attenuation in a Simple Mouse Model of Infection (Video) | JoVE

Generatie van in-frame Gendeletie mutanten in Pseudomonas aeruginosa en testen op virulentie demping in een eenvoudig muis model van infectie

Microorganisms are genetically versatile and diverse and have become a major source of many commercial products and biopharmaceuticals. Though some of ...