Name: optimizing the use of a liquid handling robot to conduct a high throughput forward chemical genetics screen of arabidopsis thaliana
Uploaded: 2018-04-30T13:30:00
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우리가 건설 하 고 중요 한 토론을 위한 Jozsef 황새, 미첼 리치몬드, Jarrad Gollihue, 그리고 안드레아 산체스 감사합니다. Phenotypic 사진에 대 한 박사 Sharyn 페리입니다. 이 자료는 협력 계약 번호 1355438에서 국립 과학 재단에서 지 원하는 작업을 기반으로 합니다.

1. 희석 라이브러리 만들기
<ol><li>레이블을 625 희석 도서관 판, 화학 라이브러리에서 해당 그들의 접시에 일치 하는지 확인. 또한, 5 갤런 저수지에 콘솔 드라이브를 통해 그들을 전달 하 여 흐름 및 흐름 호스를 멀티 채널 팁 세척 자동화 기구 포지 셔 너 (ALP)를 연결 ( 재료의 표참조).</li>
	<li>컴퓨터에 액세스 하 고 물을 회람 하기 위하여 멀티 채널 팁 세척 ALP 장치 컨트롤러의 연결을...

<ol>
	<li>Blackwell, H. E., Zhao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+genetic+approaches+to+plant+biology.">Chemical genetic approaches to plant biology.</a> Plant Physiol. 133 (2), 448-455 (2003).</li><li>Dejonghe, W., Russinova, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+chemical+genetics:+From+phenotype-based+screens+to+synthetic+biology.">Plant chemical genetics: From phenotype-based screens to synthetic biology.</a> Plant Physiol. 174 (1), 5-20 (2017).</li><li>McCourt, P., Desveaux, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+chemical+genetics.">Plant chemical genetics.</a> New Phytol. 185 (1), 15-26 (2010).</li><li>Lumba, S., Cutler, S., McCourt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+nuclear+hormone+receptors:+A+role+for+small+molecules+in+protein-protein+interactions.">Plant nuclear hormone receptors: A role for small molecules in protein-protein interactions.</a> Annu Rev Cell Dev Biol. 26, 445-469 (2010).</li><li>Hicks, G. R., Raikhel, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Opportunities+and+challenges+in+plant+chemical+biology.">Opportunities and challenges in plant chemical biology.</a> Nat Chem Biol. 5 (5), 268-272 (2009).</li><li>De Rybel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+role+for+the+root+cap+in+root+branching+revealed+by+the+non-auxin+probe+naxillin.">A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin.</a> Nat Chem Biol. 8 (9), 798-805 (2012).</li><li>Koornneef, M., Meinke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+development+of+Arabidopsis+as+a+model+plant.">The development of Arabidopsis as a model plant.</a> Plant J. 61 (6), 909-921 (2010).</li><li>Serrano, M., Kombrink, E., Meesters, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Considerations+for+designing+chemical+screening+strategies+in+plant+biology.">Considerations for designing chemical screening strategies in plant biology.</a> Front Plant Sci. 6, 131 (2015).</li><li>Yoshitani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+structure-based+strategy+for+discovery+of+small+ligands+binding+to+functionally+unknown+proteins:+Combination+of+in+silico+screening+and+surface+plasmon+resonance+measurements.">A structure-based strategy for discovery of small ligands binding to functionally unknown proteins: Combination of in silico screening and surface plasmon resonance measurements.</a> Proteomics. 5 (6), 1472-1480 (2005).</li><li>Macarron, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+high-throughput+screening+in+biomedical+research.">Impact of high-throughput screening in biomedical research.</a> Nat Rev Drug Discov. 10 (3), 188-195 (2011).</li><li>DeBolt, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morlin,+an+inhibitor+of+cortical+microtubule+dynamics+and+cellulose+synthase+movement.">Morlin, an inhibitor of cortical microtubule dynamics and cellulose synthase movement.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (14), 5854-5859 (2007).</li><li>Christian, M., Hannah, W. B., Luthen, H., Jones, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+auxins+by+a+chemical+genomics+approach.">Identification of auxins by a chemical genomics approach.</a> J Exp Bot. 59 (10), 2757-2767 (2008).</li><li>Drakakaki, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clusters+of+bioactive+compounds+target+dynamic+endomembrane+networks+in+vivo.">Clusters of bioactive compounds target dynamic endomembrane networks in vivo.</a> PNAS. 108 (43), 17850-17855 (2011).</li><li>Armstrong, J. I., Yuan, S., Dale, J. M., Tanner, V. N., Theologis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+inhibitors+of+auxin+transcriptional+activation+by+means+of+chemical+genetics+in+Arabidopsis.">Identification of inhibitors of auxin transcriptional activation by means of chemical genetics in Arabidopsis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (41), 14978-14983 (2004).</li><li>Brown, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+small+molecule+with+differential+effects+on+the+PTS1+and+PTS2+peroxisome+matrix+import+pathways.">A small molecule with differential effects on the PTS1 and PTS2 peroxisome matrix import pathways.</a> Plant J. 65 (6), 980-990 (2011).</li><li>De Rybel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+inhibition+of+a+subset+of+Arabidopsis+thaliana+GSK3-like+kinases+activates+brassinosteroid+signaling.">Chemical inhibition of a subset of Arabidopsis thaliana GSK3-like kinases activates brassinosteroid signaling.</a> Chem Biol. 16 (6), 594-604 (2009).</li><li>Arkin, M. R., Tang, Y., Wells, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small-molecule+inhibitors+of+protein-protein+interactions:+progressing+toward+the+reality.">Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality.</a> Chem Biol. 21 (9), 1102-1114 (2014).</li><li>St Onge, R., Schlecht, U., Scharfe, C., Evangelista, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Forward+chemical+genetics+in+yeast+for+discovery+of+chemical+probes+targeting+metabolism.">Forward chemical genetics in yeast for discovery of chemical probes targeting metabolism.</a> Molecules. 17 (11), 13098-13115 (2012).</li><li>Vassilev, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+activation+of+the+p53+pathway+by+small-molecule+antagonists+of+MDM2.">In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2.</a> Science. 303 (5659), 844-848 (2004).</li><li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+genetic+interrogation+of+natural+variation+uncovers+a+molecule+that+is+glycoactivated.">Chemical genetic interrogation of natural variation uncovers a molecule that is glycoactivated.</a> Nat Chem Biol. 3 (11), 716-721 (2007).</li><li>Walsh, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+emerging+field+of+chemical+genetics:+Potential+applications+for+pesticide+discovery.">The emerging field of chemical genetics: Potential applications for pesticide discovery.</a> Pest Manag Sci. 63 (12), 1165-1171 (2007).</li><li>. Seed Handling Available from: <a target="_blank" href="https://abrc.osu.edu/seed-handling">https://abrc.osu.edu/seed-handling</a> (2013)</li><li>Knoth, C., Salus, M. S., Girke, T., Eulgem, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+synthetic+elicitor+3,5-dichloroanthranilic+acid+induces+NPR1-dependent+and+NPR1-independent+mechanisms+of+disease+resistance+in+Arabidopsis.">The synthetic elicitor 3,5-dichloroanthranilic acid induces NPR1-dependent and NPR1-independent mechanisms of disease resistance in Arabidopsis.</a> Plant Physiol. 150 (1), 333-347 (2009).</li><li>Conway, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scalable+96-well+Plate+based+iPSC+culture+and+production+using+a+robotic+liquid+handling+system.">Scalable 96-well Plate based iPSC culture and production using a robotic liquid handling system.</a> J Vis Exp. , (2015).</li><li>Daniszewski, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+cell+culture+systems+and+their+applications+to+human+pluripotent+stem+cell+studies.">Automated cell culture systems and their applications to human pluripotent stem cell studies.</a> SLAS Technol. , (2017).</li><li>Popa-Burke, I., Russell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compound+precipitation+in+high-concentration+DMSO+solutions.">Compound precipitation in high-concentration DMSO solutions.</a> J Biomol Screen. 19 (9), 1302-1308 (2014).</li><li>Partridge, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+high-throughput+system+for+phenotypic+screening+of+chemical+libraries+on+C.+elegans+and+parasitic+nematodes.">An automated high-throughput system for phenotypic screening of chemical libraries on C. elegans and parasitic nematodes.</a> Cold Spring Harb Protoc. , (2017).</li></ol>

이 프로토콜은 애기에 앞으로 화학 유전학 스크린 달성에 연구자를 지원 하도록 설계 되었습니다. 우리가 제공 하는 대표적인 결과 50000 화합물 (그림 2 및 그림 3)의 화면에서 가장 큰 앞으로 화학 유전학 스크린 중의 하나는9,,1323날짜에 애기에 수행. 액체 처리 로봇의 사용에는 더 ?...

지난 20 년 동안에서 식물 생물학 분야에서 연구자는 큰 진전을 화학 유전학 방법, 앞으로 및 역방향, 세포 벽 생 합성, 골격, 호르몬 생 합성에 대 한 우리의 이해를 개량 하 고 신호, gravitropism, 병 인, 퓨 린 생 합성, 그리고 endomembrane,12,3,,45를 인신 매매. 앞으로 화학 유전학 기술을 관심의 고기 식별 가능 하며 특정 프로세스의 genotypic 토대를 이해 연구 반대로, 반대로 화학 유전학 미리 결정된 단백질 대상6상호 작용 하는 화학 물질을 찾고 있습니다. 애기 때문에 매핑되고 주석 그것의 게놈은 작은, 식물 생물학에서 이러한 발견의 최전선에 왔다. 그것은 짧은 생성 시간, 그리고 여러 돌연변이/기자 라인 탈 subcellular 기계7의 식별을 용이 하 게 사용할 수 있다.
천천히 앞으로 화학 유전 스크린의 진행, 초기 심사 과정 및 관심8의 화합물의 목표를 결정 하는 두 가지 주요 병목을 확인 하 고 있습니다. 작은 분자 선택의 속도 증가에서 주요 원조 자동화 및 자동화 된 장비9의 사용 이다. 액체 처리 로봇 작은 분자의 큰 도서관을 처리 하기 위한 훌륭한 도구입니다 그리고 생물 과학10에서 진행을 운전에 도움이 되었습니다. 여기에 제시 된 프로토콜은. 빠른 속도로 생리 활성 작은 분자의 식별 사용 심사 프로세스와 관련 된 병목을 완화 하도록 설계 되었습니다. 이 기술은 노동의 원리 탐정에 경제적 비용 감소 연산자 대신 시간 부담 감소.
지금까지, 대부분의 화학 라이브러리 분석으로 150, 000와 일부 몇 가지 709,,1112,,1314, 로 일부 10000 그리고 20000 화합물 사이 개최 15 , 16. 여기 소개 하는 프로토콜 ( 재료의 표참조) 50000 화합물의 분자 라이브러리에 구현 된, 더 큰 앞으로 화학 유전학 중 화면 날짜에 실시 애기. 이 프로토콜 발견 제 초 제, 살충제의 발견, 살 균 제에 관련 된으로 특히 증가 효율성과 속도 앞으로 화학 유전학에 관한 현재 트렌드에 맞는 발견, 발견, 및 암 생물학17 마약 ,,1819,,2021. 비록 여기 애기와 구현,이 프로토콜을 쉽게 될 수 세포 배양, 포자, 그리고 잠재적으로 심지어 곤충을 96-384 / 1536-잘 접시에서 액체 매체에서. 작은 크기로 인해 애기는 의무가 96 잘 접시에서 심사. 그러나, 우물에 고르게 씨앗 배포는 도전 이다. 손 시드 노동 집약, 하지만 정확한 이며 96 잘 접시에 씨앗을 분배 하도록 하는 장치는, 그들은 저렴 하 게 구입할. 여기, 우리가 어떻게이 단계 피할 수 단지 작은 손실 정확도에 보여줍니다.
이 방법의 전반적인 목표는 애기 더 관리에 대 한 큰 화학 라이브러리 사용을 통해 액체 처리 로봇의 정확도 저하 없이 심사 수 있도록 했다. 이 메서드를 사용 하 여 초기 희석 시리즈 관리 및 후속 phenotypic 화면, 빠른 시각화 해 현미경 그리고 급속 한 샘플의 수를 완료 하는 데 걸린 시간을 감소 하 여 연구원의 효율성 향상 새로운 생리 활성 작은 분자의 id입니다. 그림 1 4 단계에서이 프로토콜의 주요 결과를 보여 줍니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57393/57393fig1.jpg"> 그림 1: 앞으로 화학 유전학 스크린의 전체 워크플로. 4 주요 단계의 각각에 대 한 몇 가지 세부 사항에 설명 하는 프로토콜의 개요. 1: 화학 라이브러리, 2 수신: 3 희석 라이브러리 만들기: 심사 접시, 및 4: 잠복기 및 심사 번호판을 시각화. <a href="/files/ftp_upload/57393/57393fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Keyboard</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Used for protocol design and operating the Biomek FX</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Used for protocol design and operating the Biomek FX</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Computer Screen</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Used for protocol design and operating the Biomek FX</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Computer</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Used for protocol design and operating the Biomek FX</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DIVERSet Diverse Screening Library</td>
			<td>ChemBridge</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Chemical library</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek Software</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Runs and designs the Biomek FX</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Device Controller</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>719366</td>
			<td>Operates the water pump/tip washing station</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stacker Carousel Pendent</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>148240</td>
			<td>Manual operation of Biomek Stacker Carousel</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek Stacker Carousel</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>148520</td>
			<td>Rotary unit that houses all FX Stacker 10&#39;s</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FX Stacker 10</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>148522</td>
			<td>Elevator unit that houses components for screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FX Stacker 10</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>148522</td>
			<td>Elevator unit that houses components for screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FX Stacker 10</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>148522</td>
			<td>Elevator unit that houses components for screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FX Stacker 10</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>148522</td>
			<td>Elevator unit that houses components for screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek FX</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>https://www.beckman.com/liquid-handlers</td>
			<td>Robot that performs the desired operations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Accuframe</td>
			<td>Artisan Technology Group</td>
			<td>76853-4</td>
			<td>Frames arm to place components corretly</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Framing Fixture</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>719415</td>
			<td>Centers arm in the Accuframe</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multichannel Tip Wash ALP</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>719662</td>
			<td>Washes the tips after the ethanol bath</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tip Loader ALP</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>719356</td>
			<td>Pneumatically loads tips onto the arm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Air Compressor</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Provides air for pneumatic tip loading</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MasterFlex Console Drive</td>
			<td>Cole-Parmer</td>
			<td>77200-65</td>
			<td>Pump used to circulate water through the Multichannel Tip Washer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Air Hose</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Provides air from air compressor to Tip Loader</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water Hose</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Provides water from 5 Gallon Reserviour to Tip Washer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Static ALP&#39;s</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>Comes with Biomek FX</td>
			<td>Supports equipment for the Screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 Gallon Reserviour</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Recirculates the dirty water from cleaning the tips</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Grippers</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>Comes with Biomek FX</td>
			<td>Grabs and moves the equipment to the correct places</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-Channel 200 &#181;L Head</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>Comes with Biomek FX</td>
			<td>Holds the 96 tips used within the screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AP96 P200 Pipette Tips</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>717251</td>
			<td>Used to make the screening library</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96 Well Flat Bottom Plate</td>
			<td>Costar</td>
			<td>9018</td>
			<td>Aids in visulization of screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96 Well V-Bottom Plate</td>
			<td>Costar</td>
			<td>3897</td>
			<td>Aids in storing of dilution library</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AlumaSeal 96 Sealing Film</td>
			<td>MedSci</td>
			<td>F-96-100</td>
			<td>Seals for storage both the chemicle library and dilution library</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic ziplock sandwich bags</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Used to ensure a humid environment for screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AP96 P20 Pipette Tips</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>717254</td>
			<td>Used in the dilution library creation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Growth Chamber</td>
			<td>Percival</td>
			<td>AR36L3</td>
			<td>Germinates seeds for phenotypic visulization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spatula</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Holds seeds to add into wells where liquid seeding failed seed adequatly</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Toothpick</td>
			<td>Local Provider</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Pushes seeds from spatula to wells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige and Skoog Basal Salt Mixture</td>
			<td>PhytoTechnology Laboratories</td>
			<td>M524</td>
			<td>Add to MS media mixture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MES Free Acid Monohydrate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>ICN19483580</td>
			<td>Added to MS media to decrease pH</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar Powder</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>9002-18-0</td>
			<td>Increases thickness of media to support seed suspension</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5M KOH</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>484016</td>
			<td>Increases pH to adequate levels</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1L Media Storage Bottle</td>
			<td>Corning</td>
			<td>1395-1L</td>
			<td>Holds enough media for a screen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene Centrifuge Tubes</td>
			<td>Corning</td>
			<td>431470</td>
			<td>Sterilizes seeds prior to vernilization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH Probe</td>
			<td>Davis Instruments</td>
			<td>YX-58825-26</td>
			<td>Used for making media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ALPs (Automated Labware Positioners) Users Manual</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>PN 987836</td>
			<td>Aids in setting up the accompaning equipment for the Biomek FX</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek 2000 Stacker Carousel Users Guide</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>609862-AA</td>
			<td>Aids in setting up the Stacker Carousel</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek FX and FXP Laboratory Automation Workstations Users Manual</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>PN 987834</td>
			<td>Used to frame the Multichannel Pod</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek FXP Laboratory Automation Workstation Customer Startup Guide</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>PN B32335AB</td>
			<td>Used to aid in setting up the Biomek FX</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biomek Software User&#39;s Manual</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>PN 987835</td>
			<td>Used to set up and understand the Software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optimizing the use of a liquid handling robot to conduct a high throughput forward chemical genetics screen of arabidopsis thaliana

화학 유전학은 점점 해독 식물 유전자 중복 또는 치 전통 유전학에 고집 불통 될 수 있는 특성을 채용 되 고 있습니다. 그러나, 생리 되는 합성 분자의 확률이 낮습니다; 따라서, 분자의 수천은 그 관심을 찾기 위해 테스트 되어야 한다. 액체 처리 로봇 시스템은 샘플, 속도는 화학 라이브러리 오류 최소화/표준화 이외에 상영 될 수 증가의 큰 숫자를 처리 하기 위해 설계 되었습니다. 벤치 탑 멀티 채널 액체를 사용 하 여 프로토콜 애기 thaliana (애기)에 50000 작은 분자의 도서관의 높은 처리량 앞으로 화학 유전학 스크린을 달성 하기 위해 필요한 최소한의 개발 되었다 로봇을 처리 기술 자가 참여. 이러한 프로토콜을 3,271 작은 분자는 그 표시 phenotypic 변경 발생 발견 되었다. 1,563 화합물 짧은 뿌리, 1,148 화합물 변경 채색, 383 화합물 발생 루트 머리와 다른, 비-, 분류 변경 및 177 화합물 저해 발 아를 유도 한다.

정확 하 고 효율적으로 특성화 해 현미경 농도 검사에서 작은 분자의 추가에 따라 고기 기능은 애기. 에 앞으로 화학 유전학의이 방법의 최종 목표 모든 50000 화합물 상영 되어 했다 때 관찰 하는 고기 다양 한 되었고 여러 가지 클래스 (그림 2)에 깨진 수 있습니다. 그림 3A -F 해 현미경 저 배율에서 관찰 된 고?...

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Optimizing the Use of a Liquid Handling Robot to Conduct a High Throughput Forward Chemical Genetics Screen of Arabidopsis thaliana

높은 처리량 앞으로 화학 유전학의 화면 애기 thaliana 을 액체 처리 로봇의 사용을 최적화

합성 작은 분자의 높은 처리량 화면 모델 식물 종, 애기 thaliana에 실시 됐다. 액체 처리 로봇에 대 한 개발이 프로토콜 앞으로 화학 유전학 스크린, 식물 생리학에 영향을 미치는 새로운 작은 분자의 발견을 가속의 속도가 증가 합니다.

Chemical genetics is increasingly being employed to decode traits in plants that may be recalcitrant to traditional genetics due to gene redundancy or ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Optimizing the Use of a Liquid Handling Robot to Conduct a High Throughput Forward Chemical Genetics Screen of Arabidopsis thaliana

Adaptation of a Haptic Robot in a 3T fMRI

3T의 fMRI에 Haptic 로봇의 적응

Functional magnetic resonance imaging (fMRI) provides excellent functional brain imaging via the BOLD signal 1 with advantages including non-ionizing ...

연구

생체공학

High-throughput Protein Expression Generator Using a Microfluidic Platform

마이크로 유체 플랫폼을 사용하여 높은 처리량 단백질 표현 생성기

Rapidly increasing fields, such as systems biology, require the development and implementation of new technologies, enabling high-throughput and ...

High-throughput Synthesis of Carbohydrates and Functionalization of Polyanhydride Nanoparticles

Polyanhydride의 Nanoparticles의 높은 처리량 탄수화물의 합성과 작용화

Transdisciplinary approaches involving areas such as material design, nanotechnology, chemistry, and immunology have to be utilized to rationally design ...

Designing a Bio-responsive Robot from DNA Origami

DNA 종이 접기에서 바이오 반응 로봇을 설계

Nucleic acids are astonishingly versatile. In addition to their natural role as storage medium for biological information1, they can be utilized in ...

High-throughput, Automated Extraction of DNA and RNA from Clinical Samples using TruTip Technology on Common Liquid Handling Robots

일반적인 액체 취급 로봇에 TruTip 기술을 사용하여 임상 샘플에서 DNA와 RNA의 높은 처리량, 자동 추출

TruTip is a simple nucleic acid extraction  technology whereby a porous, monolithic binding matrix is inserted into a  pipette tip. The geometry of the ...

Optimizing Attachment of Human Mesenchymal Stem Cells on Poly(&#949;-caprolactone) Electrospun Yarns

Optimizing Attachment of Human Mesenchymal Stem Cells on PolyÃƒÅ½Ã‚Âµ-caprolactone Electrospun Yarns

폴리 (ε 카프로 락톤) 전기 방사 원사에 인간 중간 엽 줄기 세포의 첨부 파일을 최적화

Research into biomaterials and tissue engineering often includes cell-based in vitro investigations, which require initial knowledge of the starting cell ...

Use of a High-throughput In Vitro Microfluidic System to Develop Oral Multi-species Biofilms

Use of a High-throughput In Vitro Microfluidic System to Develop Oral Multi-species Biofilms

높은 처리량의 사용<em&gt; 체외</em&gt; 미세 유체 시스템 구강 다중 종의 바이오 필름을 개발하는

There are few high-throughput in vitro systems which facilitate the development of multi-species biofilms that contain numerous species commonly detected ...

Generation of Scalable, Metallic High-Aspect Ratio Nanocomposites in a Biological Liquid Medium

생물 액체 배지에서 확장 성, 금속 높은 가로 세로 비율 나노 복합 재료의 생성

The goal of this protocol is to describe the synthesis of two novel biocomposites with high-aspect ratio structures. The biocomposites consist of copper ...

Automated Robotic Liquid Handling Assembly of Modular DNA Devices

모듈형 DNA 장치 조립 로봇 액체 처리 자동화

Recent advances in modular DNA assembly techniques have enabled synthetic biologists to test significantly more of the available &#34;design space&#34; ...

Synthesis of Biocompatible Liquid Crystal Elastomer Foams as Cell Scaffolds for 3D Spatial Cell Cultures

3D 공간 세포 배양을위한 세포 발판으로 생체 적합성 액정 엘라스토머 거품의 합성

Here, we present a step-by-step preparation of a 3D, biodegradable, foam-like cell scaffold. These scaffolds were prepared by cross-linking star block ...