Name: automated slide scanning and segmentation in fluorescently-labeled tissues using a widefield high-content analysis system
Uploaded: 2018-05-03T14:00:00
Duration: 9 min 33 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automated Slide Scanning and Segmentation in Fluorescently-labeled Tissues Using a Widefield High-content Analysis System at JoVE.com

وكان هذا المشروع ممول بمنحه من المعاهد الكندية للبحوث الصحية ويبتكر ألبرتا-صحة الحلول/ألبرتا مؤسسة مكافحة السرطان. الكتاب يود الاعتراف "وحدة التجدد" في بيولوجيا الأعصاب الأساسية مرفق لاستخدام معداتهم، عمل جيدريتيس بولا في بناء الأساس الذي تسنى الشريحة المسح على وكاس، والخالق من المنتجات المشار إليها في هذه المادة، "الأجهزة الجزيئية".

<ol>
	<li>Hua, Y., Shun, T. Y., Strock, C. J., Johnston, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-content+positional+biosensor+screening+assay+for+compounds+to+prevent+or+disrupt+androgen+receptor+and+transcriptional+intermediary+factor+2+protein-protein+interactions.">High-content positional biosensor screening assay for compounds to prevent or disrupt androgen receptor and transcriptional intermediary factor 2 protein-protein interactions.</a> Assay and Drug Development Technologies. 12 (7), 395-418 (2014).</li><li>Rishal, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=WIS-NeuroMath+enables+versatile+high+throughput+analyses+of+neuronal+processes.">WIS-NeuroMath enables versatile high throughput analyses of neuronal processes.</a> Developmental Neurobiology. 73 (3), 247-256 (2013).</li><li>Kanungo, J., Lantz, S., Paule, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+imaging+and+quantitative+analysis+of+changes+in+axon+length+using+transgenic+zebrafish+embryos.">In vivo imaging and quantitative analysis of changes in axon length using transgenic zebrafish embryos.</a> Neurotoxicology and Teratology. 33 (6), 618-623 (2011).</li><li>Schurmann, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analyzing+illumina+gene+expression+microarray+data+from+different+tissues:+methodological+aspects+of+data+analysis+in+the+MetaXpress+Consortium.">Analyzing illumina gene expression microarray data from different tissues: methodological aspects of data analysis in the MetaXpress Consortium.</a> PLoS ONE. 7 (12), e50938 (2012).</li><li>Vogt, A., Codore, H., Day, B. W., Hukriede, N. A., Tsang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+automated+imaging+and+analysis+for+zebrafish+chemical+screens.">Development of automated imaging and analysis for zebrafish chemical screens.</a> Journal of Visualized Experiments. (40), e1900 (2010).</li><li>Bravo-San Pedro, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+quantification+of+GFP-LC3++dots+by+automated+fluorescence+microscopy.">High-throughput quantification of GFP-LC3+ dots by automated fluorescence microscopy.</a> Methods in Enzymology. , 71-86 (2017).</li><li>Varga, V. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+multichannel+fluorescent+whole+slide+imaging+and+its+application+for+cytometry.">Automated multichannel fluorescent whole slide imaging and its application for cytometry.</a> Cytometry Part A. 75 (12), 1020-1030 (2009).</li><li>Narayan, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+fibrinogen+extravasation+into+Alzheimer's+disease+brain+using+high-content+screening+of+brain+tissue+microarrays.">Assessing fibrinogen extravasation into Alzheimer's disease brain using high-content screening of brain tissue microarrays.</a> Journal of Neuroscience Methods. 247, 41-49 (2015).</li><li>Du, Y., Budman, H. M., Duever, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Segmentation+and+quantitative+analysis+of+apoptosis+of+Chinese+hamster+ovary+cells+from+fluorescence+microscopy+images.">Segmentation and quantitative analysis of apoptosis of Chinese hamster ovary cells from fluorescence microscopy images.</a> Microscopy and Microanalysis. 23 (3), 569-583 (2017).</li><li>Mueller, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+segmentation+of+fluorescence+microscopy+images+of+heterogeneous+tissue:+application+to+the+detection+of+residual+disease+in+tumor+margins.">Quantitative segmentation of fluorescence microscopy images of heterogeneous tissue: application to the detection of residual disease in tumor margins.</a> PLoS One. 8 (6), e66198 (2013).</li><li>Donnelly, D. J., Gensel, J. C., Ankeny, D. P., van Rooijen, N., Popovich, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+efficient+and+reproducible+method+for+quantifying+macrophages+in+different+experimental+models+of+central+nervous+system+pathology.">An efficient and reproducible method for quantifying macrophages in different experimental models of central nervous system pathology.</a> Journal of Neuroscience Methods. 181 (1), 36-44 (2009).</li><li>Kozlowski, C., Weimer, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+method+to+quantify+microglia+morphology+and+application+to+monitor+activation+state+longitudinally+in+vivo.">An automated method to quantify microglia morphology and application to monitor activation state longitudinally in vivo.</a> PLoS One. 7 (2), e31814 (2012).</li><li>Fish, K. N., Sweet, R. A., Deo, A. J., Lewis, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+segmentation+methodology+for+quantifying+immunoreactive+puncta+number+and+fluorescence+intensity+in+tissue+sections.">An automated segmentation methodology for quantifying immunoreactive puncta number and fluorescence intensity in tissue sections.</a> Brain Research. 1240, 62-72 (2008).</li><li>Zock, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Applications+of+high+content+screening+in+life+science+research.">Applications of high content screening in life science research.</a> Combinatorial Chemistry &amp; High Throughput Screening. 12 (9), 870-876 (2009).</li></ol>

المؤلفون أية مصالح مالية في المنتجات الموصوفة في هذه المخطوطة ولها أن تكشف عن أي شيء آخر.

ما زالت مشكلة مشتركة التي تعوق كفاءة بحوث العلوم البيولوجية هو وضع بروتوكولات للتحديد الكمي غير متحيزة ودقيقة، ودقيقة للأنسجة المسمى فلوريسسينتلي وهياكلها داخل. كميات كبيرة من الوقت والجهد تتجه نحو إيجاد طرق لتحليل شرائح الأنسجة بمجرد أنهم قد تم تصويرها. توفر العديد من الأساليب القائمة خوارزميات للمستخدمين لإعادة داخل البرامج12،،من1314. هذه الأساليب مقبولة، ولكن أهمية هذا التقرير أنه يمكن للمستخدم بسهولة وبسرعة إنشاء الحصول على صورة شاملة وتحليل البروتوكول إذا كان المستخدم لديه حق الوصول إلى وكاس. فحوصات أن التفريق بين أنواع الخلايا وقياس عدة هياكل وعمليات وتحليل دورة الخلية والنووية إزفاء، على سبيل المثال، متاحة بالفعل في البرنامج المقترن.
ويشمل برنامج الإعداد بضع خطوات حاسمة. أولاً، يتم تعريف المعلمات المكانية للشريحة كما لو كانت لوحة. ثانيا، يتم إنشاء تفحص نظرة عامة على تكبير منخفض الذي يتم تحديد المناطق ذات الاهتمام لتصوير التكبير عالية. وأخيراً، يتم استبعاد المواقع التي تؤثر على دقة ودقة التحاليل اللاحقة. الحد الأكبر من هذا الأسلوب أن تطبيقه يعتمد على إذا كان المستخدم لديه حق الوصول إلى وكاس. ومع ذلك، مع تزايد الحاجة إلى نظم تحليل المحتوى السامي، يقدمون العديد من المؤسسات هذه للباحثين على أن تظل قادرة على المنافسة15. استكشاف الأخطاء وإصلاحها هو الحاجة الأكثر شيوعاً عند أبواب الأنسجة لا تملك نفس سمك. إذا لم يتم تحديد مناطق متعددة من الفائدة، سيكون بعض في التركيز، بينما الآخرين لن. ومن الناحية المثالية، أن العناية خلال تمزيقها، المستخدم لإنشاء عينات متجانسة. ومع ذلك، إذا كانت العينات غير متناسقة، يمكن تعديل التركيز على الطول الموجي وصمة عار النووية (أو ألمع fluorophore المستخدم)، الذي يستخدم للتركيز، لكل منطقة خارج نطاق التركيز للاهتمام، وحتى بالنسبة لكل حقل من عرض. ويقابل الأطوال الموجية الأخرى ببساطة من الطول الموجي النووية وصمة عار، فقط هذا الطول الموجي تحتاج التعديل.
في هذا التقرير، نحن بالتفصيل كيفية مسح وتحليل الشرائح باستخدام وكاس والبرامج المرتبطة بها. الوحدة النمطية "سجل خلية" متعددة الطول الموجي يسمح للمستخدم بالعد تلقائياً أي من علامات النووية أو هيولى المسماة فلوريسسينتلي. بعد ضبط إعدادات التركيز وتحديد الخصائص الخلوية مثل العرض والمجال لتخصيص وحدة للأنسجة المصورة، هناك أي حاجة لتدخل المستخدم للحصول على الشرائح المصورة والبيانات الكمية. يمكن تصويرها ما يصل إلى ثلاث شرائح في وقت واحد، ويمكن تعريفها بمناطق متعددة من الفائدة. يتيح هذا البروتوكول وكاس المستخدمين الذين هم بحاجة إلى تحليل الشرائح الاستفادة من التخصيص، متعددة الأغراض، الآلي مهام سير العمل التي تتطلب القليل إلى أي التحسين ويمكن تطبيقها في أي مشاريع في المستقبل التي تنطوي على التحليل النسيجي للأنسجة.

كوانتيتيشن صحيحة ودقيقة للأنسجة المسمى فلوريسسينتلي على الشرائح تقنية عالية رواجا في كثير من الميادين العلمية. غير أن الباحثين غالباً ما يدوياً عد عينات أو تنفق قدرا كبيرا من الوقت تطوير تقنيات الآلي مقصور على فئة معينة لتحقيق هذا الهدف. هنا، نحن نقدم بروتوكولا للشريحة الآلي المسح الضوئي وكوانتيتيشن من الخلايا باستخدام وكاس والبرمجيات المرتبطة بها، مع الخلايا المناعية الفطرية في أقسام ورم الدماغ البشري المجمدة كمثال. البرمجيات المرتبطة بها تشكيلة واسعة من المدمج في وحدات قابلة للتخصيص من ثمرة نيوريتي عد إلى التفريق بين الخلية أنواع1،2،3،،من45، 6-والهدف من هذا الأسلوب تزويد الباحثين ببروتوكول بدء-إلى-انتهاء، واستنساخه بسهولة للحصول على صور وكوانتيتاتي الكيانات المسماة فلوريسسينتلي في أي أنسجة مثبتة على الشريحة.
في هذا البروتوكول، وكاس يستخدم أساسا لتصوير لوحات للتحليل اللاحق على البرمجيات المرتبطة بها على الرغم من أن محول شريحة والاساسيات الشريحة المسح7 متاحة. كان مانعة لشرائح الصورة نظراً لأن هناك حاجة إلى معايرة المكاني الدقيق في مجال اقتناء واختيار المجلات المناسبة وإنشاء loadouts مصممة واتصال مع ممثلي المنتج. في الجسم أوسع من الأدب، بدلاً من شراء تصوير شريحة مخصصة و جهاز تحليل8، التحايل تقرير تكنولوجية سابقة مع إمكانية الوصول إلى هذا البرنامج الحصول على الصور من الشرائح في الإجمال وكاس9. إجراء تحليل اقتناء أو صورة صورة على منصات مختلفة تتطلب العمل الإضافي لضمان كل متوافق مع الآخر.
القدرة على استخدام وكاس والبرامج الخاصة به لالتقاط الصور من شأنه تجنب التعقيدات غير الضرورية للبحث عن أو النامية غريبة سير عمل بهذه الأدوات. في هذه المقالة، الخطوات المطلوبة لإنشاء تفحص نظرة عامة على تضخم منخفض والصور عالية التكبير المقابلة بعلاج الشريحة كلوحة، والتحاليل اللاحقة استخدام الوحدة النمطية لتجزئة "سجل خلية" متعددة الطول الموجي تسمح repurposing وكاس. يوفر هذا البروتوكول جاهزة للاستعمال ميزة على تقنيات بديلة لأنه ليس هناك حاجة لتطوير خوارزميات أو بروتوكولات متعددة خطوة العد10،11 مرة تكتسب الصور على وكاس. هذا البروتوكول تقليل الوقت المطلوب لتحسين أسلوب كوانتيتيشن، وهو أكثر دقة12 وكفاءة من العد اليدوي وتعظيم استخدام وكاس. هذا البروتوكول على نطاق واسع وسهولة استخدامها نظراً لأنه تمكن من تصوير وتحليل أي أنسجة المسمى فلوريسسينتلي على الشرائح.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1640">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">ImageXpress MicroXLS</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td style="width:1087px;">Apparatus for image acquisition</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">MetaXpress 5.1</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>Associated software for ImageXpress MicroXL (runs on a PC with the Windows operating system).</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">Slide adapter</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>Metal slide holder that fits into ImageXpress MicroXL</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Slide_Region_Acquisition_revA.jzp</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>The journal can be obtained from metamorph.moleculardevices.com/forum/showthread.php?tid=218&#38;highlight=slide or from contacting a Molecular Devices representative</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">Slide_Region_Acquisition_Setup.JNL</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>Select this journal in Step 6.6.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated slide scanning and segmentation in fluorescently-labeled tissues using a widefield high-content analysis system

الشريحة المسح الآلي وتجزئة للأنسجة المسمى فلوريسسينتلي هو الطريقة الأكثر فعالية لتحليل الشرائح كاملة أو أجزاء كبيرة من الأنسجة. لسوء الحظ، العديد من الباحثين أنفاق مبالغ كبيرة من الوقت والموارد في تطوير وتحسين سير العمل ذات الصلة بالتجارب الخاصة بهم فقط. في هذه المقالة، نحن تصف بروتوكول التي يمكن أن يستخدمها أولئك مع إمكانية الوصول إلى نظام تحليل محتوى عالية ويديفيلد (وكاس) للصورة أي أنسجة مثبتة على الشريحة، مع خيارات للتخصيص ضمن وحدات بنيت قبل العثور على البرمجيات المرتبطة بها. المقصود ليس أصلاً لمسح الشرائح، بالخطوات المفصلة في هذه المادة تجعل من الممكن الحصول على الشريحة مسح الصور في وكاس التي يمكن استيرادها إلى البرنامج المقترن. في هذا المثال، يتجلى الآلي تقسيم الشرائح ورم الدماغ، لكن من الممكن تجزئة الآلي لأي علامة النووية أو هيولى المسمى فلوريسسينتلي. وعلاوة على ذلك، هناك مجموعة متنوعة من وحدات كمية البرامج الأخرى بما في ذلك فحوصات للبروتين التعريب/إزفاء، انتشار الهاتف الخلوي/السلامة/المبرمج والأوعية التي يمكن تشغيلها. هذا الأسلوب سيتم حفظ الباحثين من الوقت والجهد وإنشاء بروتوكولا الآلي لتحليل الشريحة.

ويمكن مشاهدة الصور داخل البرنامج وكاس. يبين الشكل 8 التكبير عالية الصور المصغرة لكافة المواقع داخل منطقة محددة من الفائدة. استعراض كل موقع لتحديد تلك التي ينبغي استبعادها من التحليل (أمثلة تظهر في تضخم منخفضة وعالية في الرقم 8 و الرقم 9، على التوالي). على سبيل المثال، الموقع 149 من التركيز (الشكل 9 ألف)، 219 موقع فقاعات (9B الشكل)، و 54 موقع يحتوي على إضعاف (الشكل 9)، وينبغي أن تستبعد. ومن المعتاد لاستبعاد 10-15 في المائة من جميع مواقع تصويرها. في المثال، تم استبعاد 15.3 في المائة المواقع (25/300 قد فقاعات 17/300 من التركيز، وكانت مطوية 3/300، و 1/300 وكان على الحافة). هو الرقم 10 ألف صورة ممثل الذي اختير للتحليل (مصغر تضخم منخفض المقابلة لها هو مبين في الشكل 8). هنا، توضح تراكبات المقابلة التي تم إنشاؤها بواسطة وحدة متعددة "الطول الموجي خلية سجل" نتائج تجزئة الآلي يقوم على الموقع 59، مخصصة للمواصفات صاحبي (نويات الحد الأدنى للعرض = 2.5 ميكرون، الحد الأقصى للعرض = 7.5 ميكرومتر، وكثافة أعلاه الخلفية المحلية = جرايليفيلس 35؛ الحد الأدنى للعرض CD11b--إيجابية الخلايا = 4 ميكرومتر، الحد الأقصى للعرض = 18 ميكرومتر، الحد الأدنى الملون المجال = 15 ميكرون2، وكثافة أعلاه الخلفية المحلية = جرايليفيلس 310؛ والحد الأدنى لعرض الخلايا CD45 إيجابية = 4 ميكرومتر، الحد الأقصى للعرض = 18 ميكرومتر، الحد الأدنى الملون المجال = 15 ميكرون2، وكثافة أعلاه الخلفية المحلية = 50 جرايليفيلس). بعد التجزئة، والبيانات الكمية من نسبة الخلايا تلطيخ إيجابية بالنسبة لكل علامة (6.2 ± 5، 1% و 2.1 3.8 ± في المائة من CD11b+ و CD45 الخلايا+ ، على التوالي)، علامات على حد سواء (3.5 ± 2.1% CD11b+CD45+ الخلايا)، لا علامات (86.6 ± 9.0% CD11b–CD45 الخلايا– ؛ الرقم 10 باء)، يعني الملون منطقة (40.0 ميكرومتر ± 9.2 و 36.7 ± 7.6 ميكرومتر من CD11b+ و CD45 الخلايا+ ، على التوالي؛ الشكل 10)، وتعني كثافة الفلورية (408.9 ± 40.3 fluorescence النسبي الوحدات ووحدات fluorescence النسبي ± 38.1 373.9 CD11b+ و CD45 الخلايا+ ، على التوالي؛ الرقم 10) يمكن الحصول عليها.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig1.jpg"> رقم 1: إعدادات لاقتناء شريحة في تضخم منخفض. أ. هذه الصورة يعرض إعدادات لوحة. ب. هنا، يتم عرض الإعدادات أسفل اللوحة. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig1large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig2.jpg"> رقم 2: إعدادات لاقتناء شريحة في التكبير عالية. يعرض هذا الشكل التحديد من دفاتر اليومية المناسبة. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig2large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig3.jpg"> الشكل 3: البيان العملي لكيفية تحميل الشرائح باستخدام محول الشريحة. أ. يتم وضع الشريحة ساترة إلى أسفل مع التسمية على جانب الشق محول الشريحة. ب. يتم تحميل محول الشرائح في نظام تحليل محتوى عالي ويديفيلد. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig3large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig4.jpg"> الشكل 4: إعدادات معاينة الشريحة. أ. هذا الرقم تعرض المعلمات للحصول على. ب. هنا، يتم عرض قيم إعدادات الطول الموجي هويخست/DAPI. ج. تظهر هذه الصورة إعدادات دفتر اليومية. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig4large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig5.jpg"> رقم 5: رسم منطقة شريحة. أ. أداة منطقة مستطيلة (لا يمكن استخدام أدوات الرسم الأخرى) تستخدم لتحديد منطقة المسح الضوئي المعاينة وإنشاء مناطق للفائدة على الفحص DAPI. ب-مخطط أزرق مخضر في هذا الشكل يبين كيف يجب تحديد المنطقة بأكملها من الشريحة (بما في ذلك التسمية). <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig5large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig6.jpg"> رقم 6: إنشاء المناطق ذات الاهتمام على الفحص معاينة. معاينة أو مسح DAPI يمثل منطقة الشريحة بأكملها. في هذا المثال، هناك ثلاثة أقسام أنسجة الدماغ المسلسل (صلبة بيضاء مستطيلة الخطوط العريضة). تمثل المنطقة أعلاه هذه المقاطع التسميات التعميم على الشريحة. لن يحد من قسم مختلف الترتيبات اللاحقة اختيار المناطق ذات الاهتمام. يتم عرض منطقة الفائدة في هذا المثال خاصة مع مخطط مستطيل أبيض متقطع. سكليبر = 1 مم. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig6large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig7.jpg"> رقم 7: التقاط صور windows الأساسية للتكبير عالية. أ-سوف تظهر نافذة "اقتناء موقع الإعداد" هي كم عدد الأعمدة والصفوف داخل region(s) للفائدة. ب. التأكد من العدد الصحيح للأعمدة والصفوف هو مبين في الشكل 7 ألف يتم إدخالها في مربع "الإعداد اقتناء لوحة" والمواقع التي يتم تجانب. ج-من الضروري الحفاظ على إطار ويلبوسيشنز مفتوحة لمدة الحصول على الصورة حتى ولو كان فارغاً. د. يجب إبراز العدد المناسب من المناطق ذات الاهتمام. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig7large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig8.jpg"> الشكل 8: صورة الممثل لمنطقة الاهتمام. يمكن عرض كل موقع في صورة مصغرة مركب لمنطقة الاهتمام. ويرد في تكبير أعلى المواقع التمثيلية التي تم استبعاد (ملحوظ مع مربعات حمراء) ومثال موقع شملت (ملحوظ مع مربع أخضر). من المستحسن أن تستعرض كل موقع للتأكد من أنها ذات نوعية كافية للتحليل. سكليبر = 1 مم. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig8large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig9.jpg"> الشكل 9: أمثلة للمواقع التي ينبغي استبعادها من التحليل- أ-أقسام ورم الدماغ البشري قد تم الملون مع CD11b (الأخضر) و CD45 (أحمر)، علامات microglia والضامة. هذه الصورة خارج التركيز وقد استبعدت من التحليل. ب-فقاعات موجودة في هذه الصورة التي استبعدت من التحليل النهائي. ج. تم استبعاد هذا الموقع من التحليل بسبب إضعاف في الأنسجة. هي أشرطة مقياس 20 ميكرومتر. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig9large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig10.jpg"> رقم 10: الصور التمثيلية والتحليل- أ. يتم عرض كل صورة بجوار التراكبات تمثل نتائج تجزئة الآلي. في التراكب، نويات يتم عرضها باللون الأبيض وتظهر الخلايا الملون إيجابيا في الأخضر CD11b والأحمر ل CD45. وبعد استبعاد هذه المواقع ذات نوعية غير كافية من التحليل، والجمع بين النتائج من جميع المواقع المتبقية، ب. نسب متوسط العدد الإجمالي للخلايا في كل موقع الملون إيجابية بالنسبة لكل علامة وشارك المسمى لكل علامات، ج. المتوسط الملون المنطقة، ود. خلية متوسط الكثافة تمثيلاً رسومياً. رفو = وحدات fluorescence النسبي. يتم التعبير عن البيانات يعني ± الانحراف المعياري. هي أشرطة مقياس 20 ميكرومتر. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig10large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-</a>

Watch this Scientific Journal Video about Automated Slide Scanning and Segmentation in Fluorescently-labeled Tissues Using a Widefield High-content Analysis System at JoVE.com

Automated Slide Scanning and Segmentation in Fluorescently-labeled Tissues Using a Widefield High-content Analysis System

هنا يصف لنا بروتوكول لتجزئة الآلي للأنسجة المسمى فلوريسسينتلي على الشرائح باستخدام نظام تحليل محتوى عالية ويديفيلد (وكاس). هذا البروتوكول له تطبيقات واسعة النطاق في أي حقل الذي ينطوي كوانتيتيشن علامات مضيئة في الأنسجة البيولوجية، بما في ذلك العلوم البيولوجية والهندسة الطبية، والعلوم الصحية.

مسح الشرائح الآلي وتجزئة في الأنسجة المسمى فلوريسسينتلي باستخدام نظام تحليل ويديفيلد عالية-المحتوى

Automated slide scanning and segmentation of fluorescently-labeled tissues is the most efficient way to analyze whole slides or large tissue sections. ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Specimen Preparation, Imaging, and Analysis Protocols for Knife-edge Scanning Microscopy

تحضير العينة ، والتصوير ، وتحليل بروتوكولات لالميكروسكوب الضوئي سكين الحافة

Major advances in high-throughput, high-resolution, 3D microscopy techniques have enabled the acquisition of large volumes of neuroanatomical data at ...

Video-rate Scanning Confocal Microscopy and Microendoscopy

فيديو معدل الميكروسكوب متحد البؤر المسح الضوئي وMicroendoscopy

Confocal microscopy has become an invaluable tool in biology and the biomedical sciences, enabling rapid, high-sensitivity, and high-resolution optical ...

Systematic Analysis of In Vitro Cell Rolling Using a Multi-well Plate Microfluidic System

Systematic Analysis of In Vitro Cell Rolling Using a Multi-well Plate Microfluidic System

التحليل المنهجي لل<em&gt; في المختبر</em&gt; الخليوي المتداول باستخدام نظام ميكروفلويديك لوحة متعددة جيدا

A major challenge for cell-based therapy is the inability to systemically target a large quantity of viable cells with high efficiency to tissues of ...

Ordering Single Cells and Single Embryos in 3D Confinement: A New Device for High Content Screening

طلب خلايا واحدة والأجنة واحدة في 3D الحبس: جهاز جديد لفحص المحتوى العالي

Biological cells are usually observed on flat (2D) surfaces. This condition is not physiological, and phenotypes and shapes are highly variable. Screening ...

Generation of a Three-dimensional Full Thickness Skin Equivalent and Automated Wounding

جيل من سمك ثلاثي الأبعاد الجلد كامل أي ما يعادل واصابة الآلي

In vitro models are a cost effective and ethical alternative to study cutaneous wound healing processes. Moreover, by using human cells, these models ...

Large-area Scanning Probe Nanolithography Facilitated by Automated Alignment and Its Application to Substrate Fabrication for Cell Culture Studies

منطقة كبيرة Nanolithography مسبار المسح يسرت بمحاذاة تلقائية وتطبيقه على تصنيع الركيزة لدراسات ثقافة الخلية

Scanning probe microscopy has enabled the creation of a variety of methods for the constructive (&#39;additive&#39;) top-down fabrication of ...

Stiffness Measurement of Soft Silicone Substrates for Mechanobiology Studies Using a Widefield Fluorescence Microscope

قياس صلابة من ركائز السيليكون لينة للدراسات ميتشانوبيولوجي باستخدام مجهر الأسفار ويديفيلد

Soft tissues in the human body typically have stiffness in the kilopascal (kPa) range. Accordingly, silicone and hydrogel flexible substrates have been ...

Live Cell Analysis of Shear Stress on Pseudomonas aeruginosa Using an Automated Higher-Throughput Microfluidic System

Live Cell Analysis of Shear Stress on Pseudomonas aeruginosa Using an Automated Higher-Throughput Microfluidic System

يعيش "خلية التحليل من إجهاد القص" على الزائفة الزّنجاريّة باستخدام نظام موائع جزيئية العالي الإنتاجية الآلي

A higher-throughput microfluidic in vitro bioreactor coupled with fluorescence microscopy has been used to study bacterial biofilm growth and morphology, ...

Purification and Analytics of a Monoclonal Antibody from Chinese Hamster Ovary Cells Using an Automated Microbioreactor System

تنقية وتحليل الأجسام المضادة أحادية النسيلة من خلايا المبيض الهامستر الصينية باستخدام نظام مفاعل ميكروبيوم الآلي

Monoclonal antibodies (mAbs) are one of the most popular and well-characterized biological products manufactured today. Most commonly produced using ...

Electric and Magnetic Field Devices for Stimulation of Biological Tissues

أجهزة المجال الكهربائي والمغناطيسي لتحفيز الأنسجة البيولوجية

Electric fields (EFs) and magnetic fields (MFs) have been widely used by tissue engineering to improve cell dynamics such as proliferation, migration, ...