Name: automated slide scanning and segmentation in fluorescently-labeled tissues using a widefield high-content analysis system
Uploaded: 2018-05-03T14:00:00
Duration: 9 min 33 s
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इस परियोजना के स्वास्थ्य अनुसंधान और अलबर्टा के कनाडाई संस्थानों से एक अनुदान द्वारा वित्त पोषित किया गया-स्वास्थ्य समाधान/ लेखक अपने उपकरणों के उपयोग के लिए तंत्रिका जीव विज्ञान कोर सुविधा में पुनर्जनन इकाई को स्वीकार करना चाहते हैं, जो नींव पर WHCAS पर स्कैनिंग स्लाइड संभव बनाया गया था, और उत्पादों के निर्माता के निर्माण में पाउला Gedraitis का काम इस अनुच्छेद में उल्लेख किया है, आणविक उपकरणों ।

<ol>
	<li>Hua, Y., Shun, T. Y., Strock, C. J., Johnston, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-content+positional+biosensor+screening+assay+for+compounds+to+prevent+or+disrupt+androgen+receptor+and+transcriptional+intermediary+factor+2+protein-protein+interactions.">High-content positional biosensor screening assay for compounds to prevent or disrupt androgen receptor and transcriptional intermediary factor 2 protein-protein interactions.</a> Assay and Drug Development Technologies. 12 (7), 395-418 (2014).</li><li>Rishal, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=WIS-NeuroMath+enables+versatile+high+throughput+analyses+of+neuronal+processes.">WIS-NeuroMath enables versatile high throughput analyses of neuronal processes.</a> Developmental Neurobiology. 73 (3), 247-256 (2013).</li><li>Kanungo, J., Lantz, S., Paule, M. 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A., Tsang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+automated+imaging+and+analysis+for+zebrafish+chemical+screens.">Development of automated imaging and analysis for zebrafish chemical screens.</a> Journal of Visualized Experiments. (40), e1900 (2010).</li><li>Bravo-San Pedro, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+quantification+of+GFP-LC3++dots+by+automated+fluorescence+microscopy.">High-throughput quantification of GFP-LC3+ dots by automated fluorescence microscopy.</a> Methods in Enzymology. , 71-86 (2017).</li><li>Varga, V. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+multichannel+fluorescent+whole+slide+imaging+and+its+application+for+cytometry.">Automated multichannel fluorescent whole slide imaging and its application for cytometry.</a> Cytometry Part A. 75 (12), 1020-1030 (2009).</li><li>Narayan, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+fibrinogen+extravasation+into+Alzheimer's+disease+brain+using+high-content+screening+of+brain+tissue+microarrays.">Assessing fibrinogen extravasation into Alzheimer's disease brain using high-content screening of brain tissue microarrays.</a> Journal of Neuroscience Methods. 247, 41-49 (2015).</li><li>Du, Y., Budman, H. M., Duever, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Segmentation+and+quantitative+analysis+of+apoptosis+of+Chinese+hamster+ovary+cells+from+fluorescence+microscopy+images.">Segmentation and quantitative analysis of apoptosis of Chinese hamster ovary cells from fluorescence microscopy images.</a> Microscopy and Microanalysis. 23 (3), 569-583 (2017).</li><li>Mueller, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+segmentation+of+fluorescence+microscopy+images+of+heterogeneous+tissue:+application+to+the+detection+of+residual+disease+in+tumor+margins.">Quantitative segmentation of fluorescence microscopy images of heterogeneous tissue: application to the detection of residual disease in tumor margins.</a> PLoS One. 8 (6), e66198 (2013).</li><li>Donnelly, D. J., Gensel, J. C., Ankeny, D. P., van Rooijen, N., Popovich, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+efficient+and+reproducible+method+for+quantifying+macrophages+in+different+experimental+models+of+central+nervous+system+pathology.">An efficient and reproducible method for quantifying macrophages in different experimental models of central nervous system pathology.</a> Journal of Neuroscience Methods. 181 (1), 36-44 (2009).</li><li>Kozlowski, C., Weimer, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+method+to+quantify+microglia+morphology+and+application+to+monitor+activation+state+longitudinally+in+vivo.">An automated method to quantify microglia morphology and application to monitor activation state longitudinally in vivo.</a> PLoS One. 7 (2), e31814 (2012).</li><li>Fish, K. N., Sweet, R. A., Deo, A. J., Lewis, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+segmentation+methodology+for+quantifying+immunoreactive+puncta+number+and+fluorescence+intensity+in+tissue+sections.">An automated segmentation methodology for quantifying immunoreactive puncta number and fluorescence intensity in tissue sections.</a> Brain Research. 1240, 62-72 (2008).</li><li>Zock, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Applications+of+high+content+screening+in+life+science+research.">Applications of high content screening in life science research.</a> Combinatorial Chemistry &amp; High Throughput Screening. 12 (9), 870-876 (2009).</li></ol>

इस पांडुलिपि में वर्णित उत्पादों में लेखकों का कोई वित्तीय हित नहीं है और न ही इसका खुलासा करने के लिए कुछ और है ।

एक आम समस्या अभी भी जैविक विज्ञान अनुसंधान की दक्षता में बाधा, के लिए प्रोटोकॉल का विकास है निष्पक्ष, सटीक, और सटीक ठहराव की फ्लोरोसेंट-लेबल के ऊतकों और उनके संरचनाओं के भीतर । समय और प्रयास की महत्वपूर्ण मात्रा में ऊतक स्लाइड का विश्लेषण करने के तरीके एक बार वे imaged गया है खोजने की दिशा में निर्देशित कर रहे हैं । कई मौजूदा विधियां उपयोगकर्ताओं को प्रोग्राम के भीतर12,13,14फिर से बनाने के लिए एल्गोरिदम प्रदान करते हैं । इन पद्धतियों स्वीकार्य हैं, लेकिन इस रिपोर्ट का महत्व है कि यह उपयोगकर्ता सक्षम बनाता है आसानी से और जल्दी से एक समग्र छवि अधिग्रहण और विश्लेषण प्रोटोकॉल स्थापित यदि उपयोगकर्ता एक WHCAS के लिए उपयोग किया है । परख है कि कोशिका प्रकार अंतर और एकाधिक संरचनाओं और प्रक्रियाओं, कोशिका चक्र विश्लेषण, और परमाणु translocation, उदाहरण के लिए, पहले से ही संबद्ध सॉफ्टवेयर में उपलब्ध है यों तो ।
सेटअप में कुछ महत्वपूर्ण चरण शामिल हैं । सबसे पहले, स्लाइड के स्थानिक मापदंडों के रूप में परिभाषित कर रहे है अगर यह एक थाली थे । दूसरे, एक कम आवर्धन अवलोकन स्कैन बनाया गया है जिसमें से ब्याज के क्षेत्रों उच्च आवर्धन इमेजिंग के लिए चुना जाता है । अंत में, सटीकता और बाद में विश्लेषण की परिशुद्धता को प्रभावित साइटों को बाहर रखा गया है । इस तकनीक की सबसे बड़ी सीमा है कि इसकी प्रयोज्यता पर निर्भर करता है अगर उपयोगकर्ता एक WHCAS के लिए उपयोग किया है । हालांकि, उच्च सामग्री विश्लेषण प्रणालियों के लिए बढ़ती जरूरत के साथ, कई संस्थाओं को अपने शोधकर्ताओं को इन प्रदान कर रहे है प्रतिस्पर्धी रहने के लिए15। समस्या निवारण सबसे अधिक आवश्यक है जब ऊतक वर्गों एक ही मोटाई नहीं है । यदि ब्याज के कई क्षेत्रों का चयन किया जाता है, कुछ ध्यान में होगा, जबकि दूसरों को नहीं होगा । आदर्श रूप में, अनुभाग के दौरान, उपयोगकर्ता के लिए सजातीय नमूने बनाने के ख्याल रखना होगा । हालांकि, अगर नमूने असंगत हैं, परमाणु दाग तरंग दैर्ध्य पर ध्यान केंद्रित (या उपयोगकर्ता के प्रतिभाशाली fluorophore), जो ध्यान केंद्रित करने के लिए प्रयोग किया जाता है, प्रत्येक के बाहर-फोकस क्षेत्र के लिए पुनः समायोजन किया जा सकता है ब्याज की और यहां तक कि देखने के प्रत्येक क्षेत्र के लिए । के रूप में अंय तरंग दैर्ध्य बस परमाणु दाग तरंग दैर्ध्य से भरपाई कर रहे हैं, केवल इस तरंग दैर्ध्य पुनर्समायोजन की जरूरत है ।
इस रिपोर्ट में, हम विस्तार से एक WHCAS और संबद्ध सॉफ़्टवेयर का उपयोग करके स्लाइड को स्कैन और विश्लेषित कैसे करें । बहु-तरंग दैर्ध्य कोशिका स्कोरिंग मॉड्यूल उपयोगकर्ता स्वचालित रूप से किसी भी परमाणु या cytoplasmic मार्करों कि फ्लोरोसेंट लेबल कर रहे हैं गिनती करने के लिए अनुमति देता है. फोकस सेटिंग्स को समायोजित करने और चौड़ाई और क्षेत्र के रूप में सेलुलर विशेषताओं को परिभाषित करने के लिए छवि के लिए मॉड्यूल अनुकूलित करने के बाद, वहां छवि स्लाइड और मात्रात्मक डेटा प्राप्त करने के लिए उपयोगकर्ता के हस्तक्षेप के लिए कोई आगे की जरूरत है । अप करने के लिए तीन स्लाइड एक समय में imaged किया जा सकता है और ब्याज के कई क्षेत्रों परिभाषित किया जा सकता है । यह प्रोटोकॉल WHCAS उपयोगकर्ताओं को स्लाइडों का विश्लेषण करने की आवश्यकता है जो अनुकूलन, बहुउद्देशीय, स्वचालित कार्यप्रवाह है कि कोई अनुकूलन के लिए कम की आवश्यकता का लाभ ले और भविष्य में किसी भी परियोजनाओं में लागू किया जा सकता है कि ऊतक के ऊतकवैज्ञानिक विश्लेषण शामिल ।

स्लाइडों पर फ्लोरोसेंट-लेबल वाले ऊतकों की सटीक और सटीक quantitation कई वैज्ञानिक क्षेत्रों में एक अत्यधिक मांग के बाद तकनीक है । हालांकि, शोधकर्ताओं अक्सर मैंयुअल रूप से नमूनों की गिनती या समय के काफी मात्रा में खर्च गूढ़ स्वचालित तकनीक विकसित करने के लिए इस लक्ष्य को प्राप्त । इस के साथ साथ, हम स्वचालित स्लाइड स्कैनिंग और एक उदाहरण के रूप में जमे हुए मानव मस्तिष्क ट्यूमर वर्गों में सहज प्रतिरक्षा कोशिकाओं के साथ एक WHCAS और उसके संबद्ध सॉफ्टवेयर का उपयोग कर कोशिकाओं के quantitation के लिए एक प्रोटोकॉल प्रदान करते हैं । संबद्ध सॉफ्टवेयर की एक विस्तृत श्रृंखला प्रदान करता है निर्मित neurite से अनुकूलन मॉड्यूल में सेल प्रकार के भेदभाव के लिए गिनती1,2,3,4,5, 6. इस विधि का लक्ष्य एक शुरू करने के लिए खत्म, आसानी से reproducible प्रोटोकॉल की छवियों को प्राप्त करने के लिए और किसी भी स्लाइड-माउंटेड ऊतकों में quantitate फ्लोरोसेंट-लेबल संस्थाओं के साथ शोधकर्ताओं प्रदान करने के लिए है ।
इस प्रोटोकॉल में, WHCAS मुख्य रूप से संबंधित सॉफ़्टवेयर पर क्रमिक विश्लेषण के लिए इमेजिंग प्लेट्स के लिए उपयोग किया जाता है भले ही कोई स्लाइड एडेप्टर और7 स्कैन करने के लिए मूल बातें उपलब्ध थीं । यह छवि स्लाइड के लिए निषिद्ध था क्योंकि अधिग्रहण क्षेत्र के सावधान स्थानिक अंशांकन, उपयुक्त पत्रिकाओं के चयन, सिलवाया loadouts के निर्माण, और उत्पाद के प्रतिनिधियों के साथ एक संपर्क की आवश्यकता थी । साहित्य के व्यापक शरीर में, एक समर्पित स्लाइड-इमेजिंग और विश्लेषण उपकरण8खरीद के एवज में, इस सॉफ्टवेयर के उपयोग के साथ एक पिछले तकनीकी रिपोर्ट WHCAS पर स्लाइड की छवि अधिग्रहण दरकिनार9। विभिंन प्लेटफार्मों पर छवि अधिग्रहण या छवि विश्लेषण प्रदर्शन आवश्यक अतिरिक्त काम करने के लिए सुनिश्चित करने के लिए प्रत्येक दूसरे के साथ संगत है ।
WHCAS और छवि पर कब्जा करने के लिए अपने सॉफ्टवेयर का उपयोग करने की क्षमता के लिए खोज या एक कार्यप्रवाह इन उपकरणों के लिए विदेशी विकासशील की अनावश्यक जटिलताओं से बचना होगा । इस अनुच्छेद में, एक थाली के रूप में स्लाइड के इलाज के द्वारा एक कम आवर्धन अवलोकन स्कैन और इसी उच्च आवर्धन छवियों बनाने के लिए आवश्यक कदम, और बाद के विश्लेषण बहु तरंग दैर्ध्य सेल स्कोरिंग विभाजन मॉड्यूल का उपयोग कर के लिए अनुमति repurposing का WHCAS । यह आसानी से प्रयोग करने योग्य प्रोटोकॉल वैकल्पिक तकनीक पर एक लाभ प्रदान करता है क्योंकि वहां कोई एल्गोरिदम या बहु कदम गिनती प्रोटोकॉल10,11 एक बार छवियों WHCAS पर अधिग्रहीत कर रहे है विकसित करने की जरूरत है । इस प्रोटोकॉल को एक quantitation तकनीक का अनुकूलन करने के लिए आवश्यक समय कम है, और अधिक सटीक है12 और मैनुअल गिनती से कुशल और WHCAS के उपयोग को अधिकतम । इस प्रोटोकॉल व्यापक रूप से किया जा सकता है और आसानी से इस्तेमाल के बाद से यह इमेजिंग और स्लाइड पर किसी भी फ्लोरोसेंट-लेबल ऊतकों का विश्लेषण सक्षम बनाता है ।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1640">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">ImageXpress MicroXLS</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td style="width:1087px;">Apparatus for image acquisition</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">MetaXpress 5.1</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>Associated software for ImageXpress MicroXL (runs on a PC with the Windows operating system).</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">Slide adapter</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>Metal slide holder that fits into ImageXpress MicroXL</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Slide_Region_Acquisition_revA.jzp</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>The journal can be obtained from metamorph.moleculardevices.com/forum/showthread.php?tid=218&#38;highlight=slide or from contacting a Molecular Devices representative</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:220px;">Slide_Region_Acquisition_Setup.JNL</td>
			<td style="width:227px;">Molecular Devices</td>
			<td style="width:108px;">NA</td>
			<td>Select this journal in Step 6.6.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated slide scanning and segmentation in fluorescently-labeled tissues using a widefield high-content analysis system

स्वचालित स्लाइड स्कैनिंग और फ्लोरोसेंट-लेबल वाले ऊतकों के विभाजन पूरी स्लाइड या बड़े ऊतक वर्गों का विश्लेषण करने के लिए सबसे कारगर तरीका है । दुर्भाग्य से, कई शोधकर्ताओं समय और संसाधनों की बड़ी मात्रा में खर्च के विकास और कार्यप्रवाह है कि केवल अपने प्रयोगों के लिए प्रासंगिक है अनुकूलन । इस अनुच्छेद में, हम एक प्रोटोकॉल है कि एक widefield उच्च सामग्री विश्लेषण प्रणाली (WHCAS) के लिए उपयोग के साथ उन द्वारा उपयोग किया जा सकता है किसी भी स्लाइड-घुड़सवार ऊतक छवि, पूर्व में अनुकूलन के लिए विकल्प के साथ, निर्मित मॉड्यूल में पाया संबंधित सॉफ्टवेयर में मिला वर्णन । नहीं मूल रूप से स्लाइड स्कैनिंग के लिए, इस लेख में विस्तृत कदम यह संभव WHCAS जो संबद्ध सॉफ्टवेयर में आयात किया जा सकता है में स्लाइड स्कैनिंग छवियों को प्राप्त करने के लिए करना । इस उदाहरण में, ब्रेन ट्यूमर स्लाइड के स्वचालित विभाजन प्रदर्शन किया है, लेकिन किसी भी फ्लोरोसेंट-लेबल परमाणु या cytoplasmic मार्कर के स्वचालित विभाजन संभव है । इसके अलावा, वहाँ प्रोटीन स्थानीयकरण के लिए परख सहित अन्य मात्रात्मक सॉफ्टवेयर मॉड्यूल की एक किस्म है/translocation, सेलुलर प्रसार/व्यवहार्यता/apoptosis, और angiogenesis कि चलाया जा सकता है । इस तकनीक के शोधकर्ताओं समय और प्रयास को बचाने और स्लाइड विश्लेषण के लिए एक स्वचालित प्रोटोकॉल बनाने होगा ।

छवियों WHCAS सॉफ्टवेयर के भीतर देखा जा सकता है । चित्रा 8 ब्याज की परिभाषित क्षेत्र के भीतर सभी साइटों की उच्च आवर्धन थंबनेल से पता चलता है । उन लोगों को पहचानने के लिए प्रत्येक साइट की समीक्षा करें जिंहें विश्लेषण से बाहर रखा जाना चाहिए (उदाहरण निंन और उच्च आवर्धन में चित्र 8 और चित्र 9, क्रमशः) में दिखाए जाते हैं । उदाहरण के लिए, साइट १४९ फ़ोकस (चित्र 9A) से बाहर है, साइट २१९ में बबल (चित्र 9B) हैं, और साइट ५४ में एक फ़ोल्ड (आरेख 9C) है और इसे शामिल नहीं किया जाना चाहिए । यह सभी imaged साइटों के 10-15% बाहर करने के लिए विशिष्ट है । प्रदान उदाहरण में, साइटों के १५.३% बाहर रखा गया था (25/300 बुलबुले था, 17/300 ध्यान से बाहर थे, 3/300 जोड़ रहे थे, और 1/300 किनारे पर था) । चित्रा 10A विश्लेषण के लिए चुना एक प्रतिनिधि छवि है (इसकी इसी कम इज़ाफ़ा थंबनेल चित्रा 8में दिखाया गया है). यहाँ, इसी ओवरले बहु-तरंग दैर्ध्य कोशिका स्कोरिंग मॉड्यूल द्वारा उत्पन्न प्रदर्शन साइट ५९ पर प्रदर्शन स्वचालित विभाजन के परिणाम प्रदर्शित करता है, लेखकों के विनिर्देशों के लिए अनुकूलित (नाभिक न्यूनतम चौड़ाई = २.५ µm, अधिकतम चौड़ाई = ७.५ µm, और स्थानीय पृष्ठभूमि के ऊपर तीव्रता = ३५ graylevels; CD11b-सकारात्मक कोशिकाओं ' न्यूनतम चौड़ाई = 4 µm, अधिकतम चौड़ाई = 18 µm, न्यूनतम दाग क्षेत्र = 15 µm2, और स्थानीय पृष्ठभूमि के ऊपर तीव्रता = ३१० graylevels; और CD45-सकारात्मक ' कोशिकाओं ंयूनतम चौड़ाई = 4 µm, अधिकतम चौड़ाई = 18 µm, ंयूनतम दाग क्षेत्र = 15 µm2, और स्थानीय पृष्ठभूमि के ऊपर तीव्रता = ५० graylevels) । विभाजन के बाद, प्रत्येक मार्कर के लिए सकारात्मक धुंधला कोशिकाओं के अनुपात के मात्रात्मक डेटा (६.२ ± ५.१% और ३.८ ± २.१% CD11b+ और CD45+ कोशिकाओं, क्रमशः), दोनों मार्करों (३.५ ± २.१% CD11b+CD45+ कोशिकाओं), कोई मार्करों (८६.६ ± ९.०% CD11b-CD45- कोशिकाओं; चित्रा 10B), मतलब दाग क्षेत्र (४०.० ± ९.२ µm और ३६.७ ± ७.६ µm के CD11b+ और CD45+ कोशिकाओं, क्रमशः; चित्रा 10C), और मतलब प्रतिदीप्ति तीव्रता (४०८.९ ± ४०.३ सापेक्ष प्रतिदीप्ति इकाइयों और ३७३.९ ± ३८.१ रिश्तेदार प्रतिदीप्ति इकाइयों के CD11b+ और CD45+ कोशिकाओं, क्रमशः; चित्रा 10D) प्राप्त किया जा सकता है ।
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig1.jpg"> चित्र 1: कम आवर्धन पर स्लाइड प्राप्ति के लिए सेटिंग्स । A. यह छवि प्लेट सेटिंग्स प्रदर्शित करता है । यहां, प्लेट नीचे सेटिंग्स प्रदर्शित कर रहे हैं बी. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig1large.jpg" target="_blank">कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig2.jpg"> चित्र 2: उच्च आवर्धन पर स्लाइड प्राप्ति के लिए सेटिंग । यह आंकड़ा उपयुक्त पत्रिकाओं का चयन प्रदर्शित करता है । <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig2large.jpg" target="_blank">कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig3.jpg"> चित्र 3: स्लाइड एडेप्टर का उपयोग करके स्लाइड लोड करने के तरीके का प्रदर्शन. A. स्लाइड को स्लाइड एडेप्टर पायदान के किनारे लेबल के साथ coverslip नीचे रखा गया है । B. स्लाइड एडेप्टर widefield उच्च-सामग्री विश्लेषण सिस्टम में लोड किया गया है । <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig3large.jpg" target="_blank">कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig4.jpg"> चित्र 4: स्लाइड सेटिंग्स का पूर्वावलोकन करें. A. यह आंकड़ा प्राप्ति के लिए पैरामीटर्स प्रदर्शित करता है । B. यहां, Hoescht/DAPI तरंग दैर्ध्य सेटिंग्स के लिए मान प्रदर्शित होते हैं । C. यह छवि जर्नल सेटिंग्स दिखाता है । <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig4large.jpg" target="_blank">कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig5.jpg"> चित्र 5: स्लाइड क्षेत्र आरेखित करना. A. आयताकार क्षेत्र उपकरण (अंय आरेखण उपकरण उपयोग नहीं किए जा सकते) का पूर्वावलोकन स्कैन क्षेत्र का चयन करने और DAPI स्कैन पर रुचि के क्षेत्रों को बनाने के लिए किया जाता है । B. इस चित्रा में चैती रूपरेखा से पता चलता है कि कैसे (लेबल सहित) स्लाइड के पूरे क्षेत्र का चयन किया जाना चाहिए । <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig5large.jpg" target="_blank">कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig6.jpg"> चित्र 6: पूर्वावलोकन स्कैन पर रुचि के क्षेत्र बनाना. पूर्वावलोकन या DAPI स्कैन पूरे स्लाइड क्षेत्र का प्रतिनिधित्व करता है । इस उदाहरण में, वहाँ तीन धारावाहिक मस्तिष्क ऊतक वर्गों रहे हैं (ठोस सफेद आयताकार रूपरेखा). इन अनुभागों के ऊपर का क्षेत्र स्लाइड पर गोलाकार लेबल्स का प्रतिनिधित्व करता है । विभिंन अनुभाग व्यवस्थाएं ब्याज के क्षेत्रों के बाद के चयन को सीमित नहीं करेंगी । इस विशेष उदाहरण में रुचि के क्षेत्र को एक डैश्ड सफेद आयताकार बाह्यरेखा के साथ दिखाया गया है । scalebar = 1 मिमी. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig6large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig7.jpg"> चित्रा 7: उच्च आवर्धन छवि अधिग्रहण के लिए आवश्यक खिड़कियां । A. प्राप्ति साइट सेटअप विंडो दिखाएगी कि कितने स्तंभ और पंक्तियां रुचि के क्षेत्र (ओं) के भीतर हैं । B. सुनिश्चित करें कि चित्रा 7A में दर्शाई गई स्तंभों और पंक्तियों की सही संख्या को प्लेट अधिग्रहण सेटअप बॉक्स में दर्ज किया गया है और साइट्स टाइल की गई हैं । C. यह रिक्त है, भले ही छवि प्राप्ति की अवधि के लिए WellPositions विंडो खुली रखने के लिए आवश्यक है । Dब्याज के क्षेत्रों की उपयुक्त संख्या को हाइलाइट किया जाना चाहिए । <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig7large.jpg" target="_blank">कृपया यहां क्लिक करें इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण को देखने के लिए ।</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig8.jpg"> चित्र 8: रुचि के क्षेत्र की प्रतिनिधि छवि. प्रत्येक साइट के हित के क्षेत्र के एक समग्र थंबनेल में प्रदर्शित किया जा सकता है । प्रतिनिधि साइटें जिन्हें बाहर रखा गया है (लाल बक्सों से चिह्नित) और एक शामिल साइट का उदाहरण (हरा बॉक्स से चिह्नित) उच्चतर आवर्धन पर दिखाया गया है. यह विश्लेषण के लिए पर्याप्त गुणवत्ता की है यह सुनिश्चित करने के लिए प्रत्येक साइट की समीक्षा करने की सिफारिश की है । scalebar = 1 मिमी. <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig8large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig9.jpg"> चित्र 9: उन साइटों के उदाहरण जिन्हें विश्लेषण से बाहर रखा जाना चाहिए. A. मानव मस्तिष्क ट्यूमर वर्गों CD11b (हरा) और CD45 (लाल), microglia और मैक्रोफेज के मार्करों के साथ दाग दिया गया है । इस छवि को ध्यान से बाहर है और विश्लेषण से बाहर रखा गया है । बीबुलबुले इस छवि है जो अंतिम विश्लेषण से बाहर रखा गया है में मौजूद हैं । सी. इस साइट के ऊतकों में गुना की वजह से विश्लेषण से बाहर रखा गया था । स्केल पट्टियां 20 µm हैं । <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig9large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57440/57440fig10.jpg"> चित्र 10: प्रतिनिधि छवियां और विश्लेषण । A. प्रत्येक छवि स्वचालित सेगमेंटेशन के परिणामों का प्रतिनिधित्व करने वाले ओवरले के बगल में प्रदर्शित होती है. ओवरले में, नाभिक सफेद और सकारात्मक रूप से दाग कोशिकाओं में प्रदर्शित कर रहे हैं CD11b और CD45 के लिए लाल के लिए हरे रंग में दिखाया गया है । विश्लेषण से अपर्याप्त गुणवत्ता की साइटों को छोड़कर और सभी शेष साइटों के परिणाम के संयोजन के बाद, बी प्रत्येक साइट में कोशिकाओं की कुल संख्या का औसत अनुपात है कि प्रत्येक मार्कर और सह के लिए सकारात्मक दाग दोनों मार्करों, सीके लिए लेबल । औसत सना हुआ क्षेत्र, और D। औसत सेल तीव्रता रेखांकन का प्रतिनिधित्व कर रहे हैं । RFU = सापेक्ष प्रतिदीप्ति इकाइयां । डेटा अर्थ ± मानक विचलन के रूप में व्यक्त कर रहे हैं । स्केल पट्टियां 20 µm हैं । <a href="/files/ftp_upload/57440/57440fig10large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें.</a>

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Automated Slide Scanning and Segmentation in Fluorescently-labeled Tissues Using a Widefield High-content Analysis System

यहां हम एक widefield उच्च सामग्री विश्लेषण प्रणाली (WHCAS) का उपयोग कर स्लाइड पर फ्लोरोसेंट से लेबल किए गए ऊतकों के स्वचालित विभाजन के लिए एक प्रोटोकॉल का वर्णन । इस प्रोटोकॉल व्यापक है किसी भी क्षेत्र है जो जैव विज्ञान, चिकित्सा अभियांत्रिकी, और स्वास्थ्य विज्ञान सहित जैविक ऊतकों में फ्लोरोसेंट मार्करों के quantitation शामिल में आवेदन पत्र ।

स्वचालित स्लाइड स्कैनिंग और एक Widefield उच्च सामग्री विश्लेषण प्रणाली का उपयोग कर फ्लोरोसेंट-लेबल ऊतकों में विभाजन

Automated slide scanning and segmentation of fluorescently-labeled tissues is the most efficient way to analyze whole slides or large tissue sections. ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Specimen Preparation, Imaging, and Analysis Protocols for Knife-edge Scanning Microscopy

चाकू बढ़त स्कैनिंग माइक्रोस्कोपी के लिए नमूना तैयार करना, इमेजिंग और विश्लेषण प्रोटोकॉल

Major advances in high-throughput, high-resolution, 3D microscopy techniques have enabled the acquisition of large volumes of neuroanatomical data at ...

Video-rate Scanning Confocal Microscopy and Microendoscopy

वीडियो दर स्कैन Confocal माइक्रोस्कोपी और Microendoscopy

Confocal microscopy has become an invaluable tool in biology and the biomedical sciences, enabling rapid, high-sensitivity, and high-resolution optical ...

Systematic Analysis of In Vitro Cell Rolling Using a Multi-well Plate Microfluidic System

Systematic Analysis of In Vitro Cell Rolling Using a Multi-well Plate Microfluidic System

के व्यवस्थित विश्लेषण<em&gt; इन विट्रो</emएक मल्टी अच्छी तरह से थाली microfluidic प्रणाली का उपयोग करना&gt; सेल रोलिंग

A major challenge for cell-based therapy is the inability to systemically target a large quantity of viable cells with high efficiency to tissues of ...

Ordering Single Cells and Single Embryos in 3D Confinement: A New Device for High Content Screening

एकल कक्षों और 3 डी कारावास में एकल भ्रूण आदेश: उच्च सामग्री स्क्रीनिंग के लिए एक नई डिवाइस

Biological cells are usually observed on flat (2D) surfaces. This condition is not physiological, and phenotypes and shapes are highly variable. Screening ...

Generation of a Three-dimensional Full Thickness Skin Equivalent and Automated Wounding

एक तीन आयामी पूर्ण मोटाई त्वचा की पीढ़ी के बराबर है और स्वचालित लोग घायल हो गए

In vitro models are a cost effective and ethical alternative to study cutaneous wound healing processes. Moreover, by using human cells, these models ...

Large-area Scanning Probe Nanolithography Facilitated by Automated Alignment and Its Application to Substrate Fabrication for Cell Culture Studies

बड़े क्षेत्र स्कैनिंग जांच Nanolithography स्वचालित संरेखण और सेल संस्कृति अध्ययन के लिए सब्सट्रेट निर्माण के लिए अपने आवेदन द्वारा सुविधा

Scanning probe microscopy has enabled the creation of a variety of methods for the constructive (&#39;additive&#39;) top-down fabrication of ...

Stiffness Measurement of Soft Silicone Substrates for Mechanobiology Studies Using a Widefield Fluorescence Microscope

एक Widefield प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोप का उपयोग Mechanobiology अध्ययन के लिए नरम सिलिकॉन सब्सट्रेट की कठोरता माप

Soft tissues in the human body typically have stiffness in the kilopascal (kPa) range. Accordingly, silicone and hydrogel flexible substrates have been ...

Live Cell Analysis of Shear Stress on Pseudomonas aeruginosa Using an Automated Higher-Throughput Microfluidic System

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Pseudomonas aeruginosa पर कतरनी तनाव के लाइव सेल विश्लेषण एक स्वचालित उच्च प्रवाह Microfluidic प्रणाली का उपयोग

A higher-throughput microfluidic in vitro bioreactor coupled with fluorescence microscopy has been used to study bacterial biofilm growth and morphology, ...

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चीनी हम्सटर अंडाशय कोशिकाओं से एक मोनोक्लोनल एंटीबॉडी का शोधन और विश्लेषण एक स्वचालित माइक्रोबायोरिएक्टर सिस्टम का उपयोग करते हुए

Monoclonal antibodies (mAbs) are one of the most popular and well-characterized biological products manufactured today. Most commonly produced using ...

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Electric fields (EFs) and magnetic fields (MFs) have been widely used by tissue engineering to improve cell dynamics such as proliferation, migration, ...