Name: carip-seq and chip-seq: methods to identify chromatin-associated rnas and protein-dna interactions in embryonic stem cells
Uploaded: 2018-05-25T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells at JoVE.com

यह काम वेन राज्य विश्वविद्यालय, Karmanos कैंसर संस्थान, राष्ट्रीय हार्ट, फेफड़े और रक्त संस्थान (1K22HL126842-01A1) से अनुदान का समर्थन किया गया था B.L.K. को संमानित किया इस काम की गणना संसाधनों के लिए वेन राज्य विश्वविद्यालय उच्च प्रदर्शन कंप्यूटिंग ग्रिड का उपयोग (< https://www.grid.wayne.edu/>) । CARIP-Seq डाटा एनालिसिस के साथ सहायता के लिए हम जीजी कुरुप को धन्यवाद देते हैं ।
लेखकों का योगदान:
B.L.K. CARIP-Seq विधि की कल्पना, डिजाइन और चिप Seq और CARIP-Seq प्रयोगों से बाहर किया, अनुक्रमण डेटा का विश्लेषण, और पांडुलिपि का मसौदा तैयार । सभी लेखकों को पढ़ा है और इस पांडुलिपि के अंतिम संस्करण को मंजूरी दे दी है ।

1. फीडर में माउस ES कोशिकाओं की संस्कृति-मुक्त शर्तों ।
नोट: माउस ES कोशिकाओं पारंपरिक मीडिया में एक सेल संस्कृति जिलेटिन और एक मोनो माउस की परत भ्रूण fibroblasts (MEF) है, जो mitotically निष्क्रिय किया गया है (iMEFs) के ?...

<ol>
	<li>Barski, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+profiling+of+histone+methylations+in+the+human+genome.">High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.</a> Cell. 129 (4), 823-837 (2007).</li><li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+external+signaling+pathways+with+the+core+transcriptional+network+in+embryonic+stem+cells.">Integration of external signaling pathways with the core transcriptional network in embryonic stem cells.</a> Cell. 133 (6), 1106-1117 (2008).</li><li>Boyer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Core+transcriptional+regulatory+circuitry+in+human+embryonic+stem+cells.">Core transcriptional regulatory circuitry in human embryonic stem cells.</a> Cell. 122 (6), 947-956 (2005).</li><li>Kim, J., Chu, J., Shen, X., Wang, J., Orkin, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+extended+transcriptional+network+for+pluripotency+of+embryonic+stem+cells.">An extended transcriptional network for pluripotency of embryonic stem cells.</a> Cell. 132 (6), 1049-1061 (2008).</li><li>Kidder, B. L., Hu, G., Yu, Z. 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L., Hu, G., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KDM5B+focuses+H3K4+methylation+near+promoters+and+enhancers+during+embryonic+stem+cell+self-renewal+and+differentiation.">KDM5B focuses H3K4 methylation near promoters and enhancers during embryonic stem cell self-renewal and differentiation.</a> Genome Biol. 15 (2), R32 (2014).</li><li>Zhao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+identification+of+polycomb-associated+RNAs+by+RIP-seq.">Genome-wide identification of polycomb-associated RNAs by RIP-seq.</a> Mol Cell. 40 (6), 939-953 (2010).</li><li>Baltz, A. 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L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2.">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li><li>Zang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+clustering+approach+for+identification+of+enriched+domains+from+histone+modification+ChIP-Seq+data.">A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data.</a> Bioinformatics. 25 (15), 1952-1958 (2009).</li><li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Model-based+analysis+of+ChIP-Seq+(MACS).">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137 (2008).</li><li>Liu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+model-based+Analysis+of+ChIP-Seq+(MACS)+to+analyze+short+reads+generated+by+sequencing+protein-DNA+interactions+in+embryonic+stem+cells.">Use model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) to analyze short reads generated by sequencing protein-DNA interactions in embryonic stem cells.</a> Methods Mol Biol. 1150, 81-95 (2014).</li><li>Kidder, B. L., Hu, G., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-Seq:+technical+considerations+for+obtaining+high-quality+data.">ChIP-Seq: technical considerations for obtaining high-quality data.</a> Nat Immunol. 12 (10), 918-922 (2011).</li><li>Quail, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+large+genome+center's+improvements+to+the+Illumina+sequencing+system.">A large genome center's improvements to the Illumina sequencing system.</a> Nat Methods. 5 (12), 1005-1010 (2008).</li><li>Schmidl, C., Rendeiro, A. F., Sheffield, N. C., Bock, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIPmentation:+fast,+robust,+low-input+ChIP-seq+for+histones+and+transcription+factors.">ChIPmentation: fast, robust, low-input ChIP-seq for histones and transcription factors.</a> Nat Methods. 12 (10), 963-965 (2015).</li></ol>

चिप Seq वैश्विक प्रोटीन के स्थान का मूल्यांकन करने के लिए एक उपयोगी तरीका है डीएनए बातचीत (उदा, प्रतिलेखन कारकों/ES कोशिकाओं में एंजाइमों/हिस्टोन संशोधनों और डीएनए को संशोधित हिस्टोन), जबकि नव विकसित CAR...

भ्रूण स्टेम (ES) सेल भाग्य निर्णय extracellular संकेतों और transcriptional-नियामकों के एक मेजबान के बीच संचार द्वारा विनियमित रहे हैं, हिस्टोन संशोधक सहित, और हिस्टोन पूंछ के बाद अनुवाद संशोधन । ये बातचीत दो राज्यों में से एक में क्रोमेटिन की क्रोमेटिन पहुंच और पैकेजिंग की सुविधा प्रदान करते हैं: euchromatin, जो खुला और transcriptionally सक्रिय है, और heterochromatin, जो कॉम्पैक्ट है और आम तौर पर निष्क्रिय transcriptionally । डीएनए अनुक्रम के साथ प्रतिलेखन कारकों-विशिष्ट बाध्यकारी समानताएं और epigenetic संशोधक euchromatic क्षेत्रों के साथ सहयोगी जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करने में भाग लेने के लिए । अगली पीढ़ी के अनुक्रमण विधियों, चिप-Seq1सहित, जीनोम-वाइड transcriptional नेटवर्क है कि ES सेल सेल्फ नवीकरण और pluripotency2,3,4 के लिए मौलिक है मानचित्रण में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई है ,5,6. इसके अलावा, जबकि आरएनए immunopreciation अगली पीढ़ी के अनुक्रमण द्वारा पीछा किया (चीर-Seq) शाही सेना के7 मूल्यांकन-प्रोटीन बातचीत सुझाव है कि डीएनए बंधन प्रोटीन RNAs के साथ बातचीत transcriptional घटनाओं को विनियमित करने के लिए7, 8 , 9 , 10 , 11 , 12, कुछ अध्ययनों क्रोमेटिन12, या आरएनए और हिस्टोन संशोधनों के बीच वैश्विक बातचीत के साथ जुड़े RNAs के जीनोम व्यापक स्थानीयकरण की जांच की है । लंबे समय से गैर कोडिंग RNAs (lncRNAs) RNAs के एक वर्ग है जो क्रोमेटिन से जुड़े प्रोटीन13,14,15की गतिविधि को विनियमित पाया गया है । उदाहरण के लिए, Xist एक lncRNA है कि, महिला स्तनधारी कोशिकाओं में विनियमित, एक एक्स गुणसूत्र की निष्क्रियता, epigenetic दमन के16,17की भर्ती के माध्यम से । हालांकि, क्रोमेटिन से जुड़े RNAs का पूरा स्पेक्ट्रम काफी हद तक अनजान है । यहां, हम एक उपंयास प्रोटोकॉल, क्रोमेटिन-एसोसिएटेड आरएनए immunoprecipitation (CARIP) अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (CARIP-Seq), के बाद का वर्णन करने के लिए ES कोशिकाओं में एक जीनोम व्यापक आधार पर क्रोमेटिन संबद्ध RNAs की पहचान, पुस्तकालय की तैयारी सहित अगली पीढ़ी के अनुक्रमण, और चिप-Seq हिस्टोन संशोधनों, प्रतिलेखन कारकों, और epigenetic संशोधक के वैश्विक अधिभोग नक्शा करने के लिए । अंय चीर-Seq तरीकों के विपरीत7, CARIP-Seq में crosslinking और sonication के चरण शामिल हैं, जो RNAs से संबद्ध क्रोमेटिन की प्रत्यक्ष पहचान के लिए अनुमति देते हैं । एक साथ, चिप-Seq जीनोम-वाइड प्रोटीन-डीएनए बातचीत की पहचान करने के लिए एक शक्तिशाली उपकरण है, जबकि CARIP-Seq क्रोमेटिन घटकों के साथ जुड़े सर्वेक्षण RNAs के लिए एक शक्तिशाली तरीका है ।

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Mouse leukemia inhibitory factor (ESGRO LIF)</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td></td>
			<td>106 or 107 units</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GSK3&#946; inhibitor CHIR99021 (GSK3i)</td>
			<td>Stemgent</td>
			<td></td>
			<td>Solvent: DMSO 10mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEK inhibitor PD0325901 (MEKi)</td>
			<td>Stemgent</td>
			<td></td>
			<td>Solvent: DMSO 10mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s Modified Eagle Medium (DMEM), high glucose</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11965092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS (phosphate buffered saline)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10010031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin-EDTA (0.25%), phenol red</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>25200056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>15140122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Mercaptoethanol (50 mM)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>31350010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEM Non-Essential Amino Acids Solution (100X)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>11140076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EmbryoMax ES Cell Qualified Fetal Bovine Serum, 500 ml</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>ES-009-B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EmbryoMax 0.1% Gelatin Solution</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>ES-006-B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G7126-500G</td>
			<td>1.25 M stock conentration in water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>F8775-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TE (Tris EDTA) pH 8.0 1X</td>
			<td>Quality Biological</td>
			<td>351-011-131</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF) solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>93482-250ML-F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cOmplete Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11697498001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate solution (20%)</td>
			<td>Quality Biological</td>
			<td>A611-0837-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q125 sonifier</td>
			<td>Qsonica</td>
			<td>4422</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100 solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>93443-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium deoxycholate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>30970</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S7653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads Protein G for Immunoprecipitation</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10004D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads Protein A for Immunoprecipitation</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10002D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads Protein A/Protein G and Magnet Starter Pack</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10015D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lithium chloride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L4408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IGEPAL CA-630</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>I8896</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNeasy Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>74104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads mRNA Purification Kit (for mRNA purification from total RNA preps)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>61006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SuperScript Double-Stranded cDNA Synthesis Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11917010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>End-It DNA End-Repair Kit</td>
			<td>Lucigen</td>
			<td>ER81050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Klenow Fragment (3&#39;&#8594;5&#39; exo-)</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0212L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dATP (10 mM)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>18252015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 DNA ligase</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0202L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10488085</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E-gel EX agarose gels, 2%</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>G402002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion high-fidelity 2X master mix with HF buffer</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>F531LPM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ChIPAb+ Trimethyl-Histone H3 (Lys4) - ChIP Validated Antibody</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>17-614</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Histone H3 (di methyl K4) antibody [Y47] - ChIP Grade (ab32356)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab32356</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning Costar Flat Bottom Cell Culture Plates (6-well)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>720083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon Standard Tissue Culture Dishes (10cm)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>08772E</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioruptor pico</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>B01010001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Flurometer 2.0</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>Q32851</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinElute Reaction Cleanup Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinElute Gel Extraction Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28604</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Histone H4 (tri methyl K20) antibody - ChIP Grade (ab9053)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab9053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labquake rotator</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>400110Q</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Illumina HiSeq platform</td>
			<td>Illumina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TURBO DNase</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>AM2238</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

carip-seq and chip-seq: methods to identify chromatin-associated rnas and protein-dna interactions in embryonic stem cells

भ्रूण स्टेम (ते) सेल स्व नवीकरण और भेदभाव बाह्य संकेतों और प्रतिलेखन कारकों, epigenetic नियामकों के आंतरिक नेटवर्क द्वारा नियंत्रित किया जाता है, और histones के बाद अनुवाद संशोधनों कि combinatorially प्रभाव जीन आसपास के जीन की अभिव्यक्ति राज्य । आरएनए भी क्रोमेटिन गतिशीलता और जीन अभिव्यक्ति को विनियमित करने के लिए विभिन्न प्रोटीन के साथ बातचीत करने के लिए दिखाया गया है । क्रोमेटिन-एसोसिएटेड आरएनए immunoprecipitation (CARIP) अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (CARIP-Seq) द्वारा पीछा RNAs प्रोटीन के साथ जुड़े क्रोमेटिन सर्वेक्षण करने के लिए एक उपंयास विधि है, जबकि क्रोमेटिन immunoprecipitation अगली पीढ़ी के अनुक्रमण द्वारा पीछा ( चिप-Seq) ES कोशिकाओं में एक वैश्विक पैमाने पर histones, प्रतिलेखन कारकों, और epigenetic संशोधक के पोस्ट-शोधों के संशोधन के स्थान को मैप करने के लिए एक शक्तिशाली जीनोमिक्स तकनीक है । यहां, हम अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए पुस्तकालय निर्माण सहित CARIP-Seq और चिप-Seq, प्रदर्शन करने के तरीकों का वर्णन, वैश्विक क्रोमेटिन-संबद्ध आरएनए और ES कोशिकाओं में epigenomic नक्शे उत्पन्न करने के लिए.

हम सफलतापूर्वक H3K4me3, H3K4me2, और ES कोशिकाओं में KDM5B के जीनोम व्यापक बाध्यकारी इस चिप-Seq प्रोटोकॉल6का उपयोग कर पूछताछ की । ES कक्षों को फीडर-फ़्री शर्तों (चित्र 1) में कल्चरित किया गय?...

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CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells

यहाँ, हम अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए पुस्तकालय तैयारी सहित चिप Seq और CARIP-Seq, प्रदर्शन करने के लिए तरीकों का वर्णन, ES कोशिकाओं में वैश्विक epigenomic और क्रोमेटिन-जुड़े आरएनए नक्शे उत्पन्न करने के लिए.

CARIP-Seq और चिप-Seq: क्रोमेटिन-संबद्ध RNAs और प्रोटीन-भ्रूण स्टेम कोशिकाओं में डीएनए बातचीत की पहचान करने के तरीके

Embryonic stem (ES) cell self-renewal&#160;and differentiation is governed by extrinsic signals and intrinsic networks of transcription factors, ...

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Derivation of Cardiac Progenitor Cells from Embryonic Stem Cells

भ्रूण स्टेम कोशिकाओं से कार्डिएक पूर्वपुस्र्ष कोशिकाओं की व्युत्पत्ति

Cardiac progenitor cells (CPCs) have the capacity to differentiate into cardiomyocytes, smooth muscle cells (SMC), and endothelial cells and hold great ...

Genome-wide Snapshot of Chromatin Regulators and States in Xenopus Embryos by ChIP-Seq

Genome-wide Snapshot of Chromatin Regulators and States in Xenopus Embryos by ChIP-Seq

Chromatin नियामकों और अमेरिका में जीनोम चौड़ा स्नैपशॉट<em&gt; Xenopus</emचिप Seq द्वारा&gt; भ्रूण

The recruitment of chromatin regulators and the assignment of chromatin states to specific genomic loci are pivotal to cell fate decisions and tissue and ...

Neural Differentiation of Mouse Embryonic Stem Cells in Serum-free Monolayer Culture

सीरम मुक्त Monolayer संस्कृति में माउस भ्रूणीय स्टेम कोशिकाओं के तंत्रिका भेदभाव

The ability to differentiate mouse embryonic stem cells (ESC) to neural progenitors allows the study of the mechanisms controlling neural specification as ...

Generating CRISPR/Cas9 Mediated Monoallelic Deletions to Study Enhancer Function in Mouse Embryonic Stem Cells

सृजन CRISPR / Cas9 मध्यस्थता Monoallelic विलोपन माउस भ्रूणीय स्टेम कोशिकाओं में बढ़ाने समारोह का अध्ययन करने

Enhancers control cell identity by regulating tissue-specific gene expression in a position and orientation independent manner. These enhancers are often ...

Epigenetic Regulation of Cardiac Differentiation of Embryonic Stem Cells and Tissues

भ्रूण स्टेम कोशिकाओं और ऊतकों के हृदय भेदभाव के Epigenetic विनियमन

Specific gene transcription is a key biological process that underlies cell fate decision during embryonic development. The biological process is mediated ...

Isolation of Murine Embryonic Hemogenic Endothelial Cells

Murine भ्रूण Hemogenic endothelial कोशिकाओं के अलगाव

The specification of hemogenic endothelial cells from embryonic vascular endothelium occurs during brief developmental periods within distinct tissues, ...

A Simple Method to Identify Kinases That Regulate Embryonic Stem Cell Pluripotency by High-throughput Inhibitor Screening

उच्च-थ्रूपुट इन्हिबिटर स्क्रीनिंग द्वारा भ्रूणीय स्टेम सेल प्लूरिपोटेंसी को नियंत्रित करने वाले किनेसेस को पहचानने के लिए एक सरल विधि

Embryonic stem cells (ESCs) can self-renew or differentiate into all cell types, a phenomenon known as pluripotency. Distinct pluripotent states have been ...

Horizontal Whole Mount: A Novel Processing and Imaging Protocol for Thick, Three-dimensional Tissue Cross-sections of Skin

क्षैतिज पूरे माउंट: मोटा, तीन आयामी ऊतक के लिए एक उपन्यास प्रसंस्करण और इमेजिंग प्रोटोकॉल

Processing a tissue of interest to generate a microscopic image that supports a scientific argument can be challenging. The acquisition of high-quality ...

Rapid, Directed Differentiation of Retinal Pigment Epithelial Cells from Human Embryonic or Induced Pluripotent Stem Cells

मानव भ्रूण या प्रेरित Pluripotent स्टेम कोशिकाओं से रेटिना वर्णक उपकला कोशिकाओं के तेजी से, निर्देशित भेदभाव

We describe a robust method to direct the differentiation of pluripotent stem cells into retinal pigment epithelial cells (RPE). The purpose of providing ...

Single-cell Photoconversion in Living Intact Zebrafish

सिंगल सेल Photoconversion में रह Zebrafish बरकरार

Animal and plant tissue is composed of distinct populations of cells. These cells interact over time to build and maintain the tissue and can cause ...