Name: carip-seq and chip-seq: methods to identify chromatin-associated rnas and protein-dna interactions in embryonic stem cells
Uploaded: 2018-05-25T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells at JoVE.com

Эта работа была поддержана Уэйн государственного университета, Карманос институт рака, Грант от национального сердца, легких и крови института (1K22HL126842-01A1) присуждена B.L.K. Эта работа использовали Уэйн государственного университета высокой производительности вычислительной сетки для вычислительных ресурсов (< https://www.grid.wayne.edu/>). Мы благодарим Jiji Куруп за помощь с CARIP-Seq анализа данных.
АВТОРОВ ВЗНОСОВ:
B.L.K. задуман метода CARIP-Seq, разработаны и проведены эксперименты чип-Seq и CARIP-Seq, проанализировали данные последовательности и составлен рукопись. Все авторы прочитал и одобрила окончательный вариант этой рукописи.

1. Культура мыши ES клеток в условиях свободной подачи.
Примечание: Клетки мыши ES условно культивировали в СМИ на клетки культуры блюдо покрытием с желатином и моно слой мыши эмбриональных фибробластов (MEF), которые были mitotically инактивированных (iMEFs). Однако MEFs должны быть уда?...

<ol>
	<li>Barski, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+profiling+of+histone+methylations+in+the+human+genome.">High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.</a> Cell. 129 (4), 823-837 (2007).</li><li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+external+signaling+pathways+with+the+core+transcriptional+network+in+embryonic+stem+cells.">Integration of external signaling pathways with the core transcriptional network in embryonic stem cells.</a> Cell. 133 (6), 1106-1117 (2008).</li><li>Boyer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Core+transcriptional+regulatory+circuitry+in+human+embryonic+stem+cells.">Core transcriptional regulatory circuitry in human embryonic stem cells.</a> Cell. 122 (6), 947-956 (2005).</li><li>Kim, J., Chu, J., Shen, X., Wang, J., Orkin, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+extended+transcriptional+network+for+pluripotency+of+embryonic+stem+cells.">An extended transcriptional network for pluripotency of embryonic stem cells.</a> Cell. 132 (6), 1049-1061 (2008).</li><li>Kidder, B. L., Hu, G., Yu, Z. X., Liu, C., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extended+self-renewal+and+accelerated+reprogramming+in+the+absence+of+Kdm5b.">Extended self-renewal and accelerated reprogramming in the absence of Kdm5b.</a> Mol Cell Biol. 33, 4793-4810 (2013).</li><li>Kidder, B. L., Hu, G., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KDM5B+focuses+H3K4+methylation+near+promoters+and+enhancers+during+embryonic+stem+cell+self-renewal+and+differentiation.">KDM5B focuses H3K4 methylation near promoters and enhancers during embryonic stem cell self-renewal and differentiation.</a> Genome Biol. 15 (2), R32 (2014).</li><li>Zhao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+identification+of+polycomb-associated+RNAs+by+RIP-seq.">Genome-wide identification of polycomb-associated RNAs by RIP-seq.</a> Mol Cell. 40 (6), 939-953 (2010).</li><li>Baltz, A. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mRNA-bound+proteome+and+its+global+occupancy+profile+on+protein-coding+transcripts.">The mRNA-bound proteome and its global occupancy profile on protein-coding transcripts.</a> Mol Cell. 46 (5), 674-690 (2012).</li><li>Castello, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insights+into+RNA+biology+from+an+atlas+of+mammalian+mRNA-binding+proteins.">Insights into RNA biology from an atlas of mammalian mRNA-binding proteins.</a> Cell. 149 (6), 1393-1406 (2012).</li><li>Hudson, W. H., Ortlund, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure,+function+and+evolution+of+proteins+that+bind+DNA+and+RNA.">The structure, function and evolution of proteins that bind DNA and RNA.</a> Nat Rev Mol Cell Bio. 15 (11), 749-760 (2014).</li><li>Khalil, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Many+human+large+intergenic+noncoding+RNAs+associate+with+chromatin-modifying+complexes+and+affect+gene+expression.">Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression.</a> P Natl Acad Sci USA. 106 (28), 11667-11672 (2009).</li><li>Hendrickson, D. G., Kelley, D. R., Tenen, D., Bernstein, B., Rinn, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Widespread+RNA+binding+by+chromatin-associated+proteins.">Widespread RNA binding by chromatin-associated proteins.</a> Genome Biol. 17, 28 (2016).</li><li>Kelley, R. L., Kuroda, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noncoding+RNA+genes+in+dosage+compensation+and+imprinting.">Noncoding RNA genes in dosage compensation and imprinting.</a> Cell. 103 (1), 9-12 (2000).</li><li>Koziol, M. J., Rinn, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+traffic+control+of+chromatin+complexes.">RNA traffic control of chromatin complexes.</a> Curr Opin Genet Dev. 20 (2), 142-148 (2010).</li><li>Mercer, T. R., Mattick, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+function+of+long+noncoding+RNAs+in+epigenetic+regulation.">Structure and function of long noncoding RNAs in epigenetic regulation.</a> Nat Struct Mol Bio. 20 (3), 300-307 (2013).</li><li>Chu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+discovery+of+Xist+RNA+binding+proteins.">Systematic discovery of Xist RNA binding proteins.</a> Cell. 161 (2), 404-416 (2015).</li><li>Mak, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reactivation+of+the+paternal+X+chromosome+in+early+mouse+embryos.">Reactivation of the paternal X chromosome in early mouse embryos.</a> Science. 303 (5658), 666-669 (2004).</li><li>Garfield, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Derivation+of+primary+mouse+embryonic+fibroblast+(PMEF)+cultures.">Derivation of primary mouse embryonic fibroblast (PMEF) cultures.</a> Methods Mol Biol. 633, 19-27 (2010).</li><li>Conner, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mouse+embryo+fibroblast+(MEF)+feeder+cell+preparation.">Mouse embryo fibroblast (MEF) feeder cell preparation.</a> Curr Protoc Mol Biol. , (2001).</li><li>Ying, Q. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ground+state+of+embryonic+stem+cell+self-renewal.">The ground state of embryonic stem cell self-renewal.</a> Nature. 453 (7194), 519-523 (2008).</li><li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2.">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li><li>Zang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+clustering+approach+for+identification+of+enriched+domains+from+histone+modification+ChIP-Seq+data.">A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data.</a> Bioinformatics. 25 (15), 1952-1958 (2009).</li><li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Model-based+analysis+of+ChIP-Seq+(MACS).">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137 (2008).</li><li>Liu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+model-based+Analysis+of+ChIP-Seq+(MACS)+to+analyze+short+reads+generated+by+sequencing+protein-DNA+interactions+in+embryonic+stem+cells.">Use model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) to analyze short reads generated by sequencing protein-DNA interactions in embryonic stem cells.</a> Methods Mol Biol. 1150, 81-95 (2014).</li><li>Kidder, B. L., Hu, G., Zhao, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIP-Seq:+technical+considerations+for+obtaining+high-quality+data.">ChIP-Seq: technical considerations for obtaining high-quality data.</a> Nat Immunol. 12 (10), 918-922 (2011).</li><li>Quail, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+large+genome+center's+improvements+to+the+Illumina+sequencing+system.">A large genome center's improvements to the Illumina sequencing system.</a> Nat Methods. 5 (12), 1005-1010 (2008).</li><li>Schmidl, C., Rendeiro, A. F., Sheffield, N. C., Bock, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ChIPmentation:+fast,+robust,+low-input+ChIP-seq+for+histones+and+transcription+factors.">ChIPmentation: fast, robust, low-input ChIP-seq for histones and transcription factors.</a> Nat Methods. 12 (10), 963-965 (2015).</li></ol>

Чип-Seq является полезным методом для оценки местоположения глобального белка ДНК взаимодействий (например., транскрипция факторы/гистона модификации ДНК и ферменты/гистона изменения) в ES клеток, в то время как недавно разработанный протокол CARIP-Seq является полезным в допрос генома ...

Решения судьбы клетки эмбриональных стволовых (ES), регулируются связь между внеклеточных сигналов и множество transcriptional регуляторы, включая модификаторы гистонов и после перевода изменения гистона хвосты. Эти взаимодействия облегчить доступность хроматина и упаковка хроматина в одном из двух состояний: euchromatin, которая является открытой и транскрипционно активных, и гетерохроматина, который является компактным и вообще транскрипционно неактивным. Факторы транскрипции с ДНК последовательности конкретные привязки сходство и эпигеномные модификаторы ассоциированных с эухроматиновых регионов участвовать в контроле экспрессии генов. Секвенирование нового поколения методов, в том числе чип-Seq1, сыграли важную роль в картирования генома общесистемной транскрипционный анализ сетей, которые являются основополагающими для ES клеток самообновления и плюрипотентности2,3,4 ,5,6. Кроме того во время immunopreciation РНК, следуют следующего поколения виртуализации (RIP-Seq)7 оценок РНК белковых взаимодействий предположить, что протеины дна binding взаимодействуют с РНК регулировать транскрипционный анализ событий7, 8 , 9 , 10 , 11 , 12, несколько исследований изучили генома всей локализации РНК, связанные с хроматином12, или глобальных взаимодействий между изменения РНК и гистонов. Один класс молекул РНК, которые были найдены регулировать активность хроматина связанных белков13,,1415длиной некодирующих РНК (lncRNAs). К примеру Xist является lncRNA, который регулирует, в женских mammalian клеток, инактивацию одной Х-хромосомы, путем набора эпигеномные подавляющего16,17. Однако полный спектр РНК, связанные с хроматином практически неизвестны. Здесь мы описываем Роман протокол, связанные хроматина РНК иммунопреципитации (CARIP) следуют секвенирование нового поколения (CARIP-Seq), чтобы идентифицировать связанные хроматина РНК в масштабах геном-ES клеток, включая подготовку библиотека для Секвенирование нового поколения и чип-Seq для сопоставления глобальные размещение изменения гистона, факторов транскрипции и эпигеномные модификаторы. В отличие от других методов RIP-Seq7CARIP-Seq включает сшивки и sonication меры, которые позволяют для прямого определения РНК, связанные с хроматином. Вместе чип-Seq является мощным инструментом для выявления генома общесистемной протеин дна взаимодействий, в то время как CARIP-Seq является мощный метод обследования РНК, связанные с компонентами хроматина.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Mouse leukemia inhibitory factor (ESGRO LIF)</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td></td>
			<td>106 or 107 units</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GSK3&#946; inhibitor CHIR99021 (GSK3i)</td>
			<td>Stemgent</td>
			<td></td>
			<td>Solvent: DMSO 10mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEK inhibitor PD0325901 (MEKi)</td>
			<td>Stemgent</td>
			<td></td>
			<td>Solvent: DMSO 10mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s Modified Eagle Medium (DMEM), high glucose</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11965092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS (phosphate buffered saline)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10010031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin-EDTA (0.25%), phenol red</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>25200056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>15140122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Mercaptoethanol (50 mM)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>31350010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEM Non-Essential Amino Acids Solution (100X)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>11140076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EmbryoMax ES Cell Qualified Fetal Bovine Serum, 500 ml</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>ES-009-B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EmbryoMax 0.1% Gelatin Solution</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>ES-006-B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G7126-500G</td>
			<td>1.25 M stock conentration in water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>F8775-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TE (Tris EDTA) pH 8.0 1X</td>
			<td>Quality Biological</td>
			<td>351-011-131</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF) solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>93482-250ML-F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cOmplete Protease Inhibitor Cocktail</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11697498001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate solution (20%)</td>
			<td>Quality Biological</td>
			<td>A611-0837-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q125 sonifier</td>
			<td>Qsonica</td>
			<td>4422</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100 solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>93443-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium deoxycholate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>30970</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S7653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads Protein G for Immunoprecipitation</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10004D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads Protein A for Immunoprecipitation</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10002D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads Protein A/Protein G and Magnet Starter Pack</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10015D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lithium chloride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L4408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IGEPAL CA-630</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>I8896</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNeasy Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>74104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads mRNA Purification Kit (for mRNA purification from total RNA preps)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>61006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SuperScript Double-Stranded cDNA Synthesis Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>11917010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>End-It DNA End-Repair Kit</td>
			<td>Lucigen</td>
			<td>ER81050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Klenow Fragment (3&#39;&#8594;5&#39; exo-)</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0212L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dATP (10 mM)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>18252015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 DNA ligase</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0202L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TrackIt 1 Kb Plus DNA Ladder</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10488085</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E-gel EX agarose gels, 2%</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>G402002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion high-fidelity 2X master mix with HF buffer</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>F531LPM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ChIPAb+ Trimethyl-Histone H3 (Lys4) - ChIP Validated Antibody</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>17-614</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Histone H3 (di methyl K4) antibody [Y47] - ChIP Grade (ab32356)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab32356</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning Costar Flat Bottom Cell Culture Plates (6-well)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>720083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon Standard Tissue Culture Dishes (10cm)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>08772E</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioruptor pico</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>B01010001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Flurometer 2.0</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>Q32851</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinElute Reaction Cleanup Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinElute Gel Extraction Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28604</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Histone H4 (tri methyl K20) antibody - ChIP Grade (ab9053)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab9053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labquake rotator</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>400110Q</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Illumina HiSeq platform</td>
			<td>Illumina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TURBO DNase</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>AM2238</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

carip-seq and chip-seq: methods to identify chromatin-associated rnas and protein-dna interactions in embryonic stem cells

Эмбриональных стволовых (ES) мобильный самообновления и дифференциация регулируется внешние сигналы и внутренней сети факторов транскрипции, эпигеномные регуляторов и после перевода модификаций гистонами влияют combinatorially гена Выражение состояния близлежащих генов. Также было показано, что РНК взаимодействовать с различными белками, чтобы регулировать динамику хроматина и экспрессии генов. Хроматин связанные РНК иммунопреципитации (CARIP) следуют секвенирование нового поколения (CARIP-Seq) — роман метод обследования РНК, связывается с белками хроматина, а иммунопреципитации chromatin, следуют (секвенирование нового поколения ChIP-Seq) является мощным геномики техника для сопоставления расположения столб-поступательные изменения гистонов, факторов транскрипции и эпигеномные модификаторов в глобальном масштабе в ES клеток. Здесь мы описываем методы для выполнения CARIP-Seq и чип-Seq, включая строительство библиотеки для виртуализации нового поколения, для создания глобальных хроматина связанные РНК и epigenomic карт в ES клеток.

Мы успешно допрашивали генома всей привязки H3K4me3, H3K4me2 и KDM5B в клетки ES, используя этот чип-Seq протокол6. Клетки ES были культивировали в условиях свободной подачи (рис. 1) и сшитого как описано выше. Sonication был впоследствии выполняется, как описа?...

Watch this Scientific Journal Video about CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells at JoVE.com

CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells

Здесь мы описываем методы для выполнения чип-Seq и CARIP-Seq, включая подготовку библиотека для виртуализации нового поколения, для создания глобального epigenomic и связанные хроматина РНК карт в ES клеток.

CARIP-Seq и чип Seq: методы для идентификации связанных Chromatin РНК и ДНК белковых взаимодействий в эмбриональных стволовых клеток

Embryonic stem (ES) cell self-renewal&#160;and differentiation is governed by extrinsic signals and intrinsic networks of transcription factors, ...

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Derivation of Cardiac Progenitor Cells from Embryonic Stem Cells

Вывод сердца клеток-предшественников из эмбриональных стволовых клеток

Cardiac progenitor cells (CPCs) have the capacity to differentiate into cardiomyocytes, smooth muscle cells (SMC), and endothelial cells and hold great ...

Genome-wide Snapshot of Chromatin Regulators and States in Xenopus Embryos by ChIP-Seq

Genome-wide Snapshot of Chromatin Regulators and States in Xenopus Embryos by ChIP-Seq

Генома Снимок хроматина регуляторов и государства в<em&gt; Xenopus</em&gt; Эмбрионы по чип-Seq

The recruitment of chromatin regulators and the assignment of chromatin states to specific genomic loci are pivotal to cell fate decisions and tissue and ...

Neural Differentiation of Mouse Embryonic Stem Cells in Serum-free Monolayer Culture

Дифференциация нейронных эмбриональных стволовых клеток мыши в бессывороточной монослоя культуры

The ability to differentiate mouse embryonic stem cells (ESC) to neural progenitors allows the study of the mechanisms controlling neural specification as ...

Generating CRISPR/Cas9 Mediated Monoallelic Deletions to Study Enhancer Function in Mouse Embryonic Stem Cells

Создание CRISPR / cas9 опосредованного моноаллельной Пропуски для изучения Enhancer Функция в эмбриональных стволовых клетках мышей

Enhancers control cell identity by regulating tissue-specific gene expression in a position and orientation independent manner. These enhancers are often ...

Epigenetic Regulation of Cardiac Differentiation of Embryonic Stem Cells and Tissues

Эпигенетическое регуляции сердечной дифференциации эмбриональных стволовых клеток и тканей

Specific gene transcription is a key biological process that underlies cell fate decision during embryonic development. The biological process is mediated ...

Isolation of Murine Embryonic Hemogenic Endothelial Cells

Выделение мышиной эмбриональных кроветворных эндотелиальных клеток

The specification of hemogenic endothelial cells from embryonic vascular endothelium occurs during brief developmental periods within distinct tissues, ...

A Simple Method to Identify Kinases That Regulate Embryonic Stem Cell Pluripotency by High-throughput Inhibitor Screening

Простой метод для идентификации киназ, которые регулируют плюрипотентность эмбриональных стволовых клеток посредством высокопроизводительного скрининга ингибиторов

Embryonic stem cells (ESCs) can self-renew or differentiate into all cell types, a phenomenon known as pluripotency. Distinct pluripotent states have been ...

Horizontal Whole Mount: A Novel Processing and Imaging Protocol for Thick, Three-dimensional Tissue Cross-sections of Skin

Горизонтальная целая гора: новый протокол обработки и обработки изображений для толстых, трехмерных поперечных сечений кожи

Processing a tissue of interest to generate a microscopic image that supports a scientific argument can be challenging. The acquisition of high-quality ...

Rapid, Directed Differentiation of Retinal Pigment Epithelial Cells from Human Embryonic or Induced Pluripotent Stem Cells

Быстрое, режиссер дифференциация клеток эпителия сетчатки пигмента от человеческого эмбриона или индуцированных плюрипотентных стволовых клеток

We describe a robust method to direct the differentiation of pluripotent stem cells into retinal pigment epithelial cells (RPE). The purpose of providing ...

Single-cell Photoconversion in Living Intact Zebrafish

Photoconversion одноклеточных в живых нетронутыми данио рерио

Animal and plant tissue is composed of distinct populations of cells. These cells interact over time to build and maintain the tissue and can cause ...