Name: plant-microbe interaction: transcriptional response of bacillus mycoides to potato root exudates
Uploaded: 2018-07-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates at JoVE.com

Vi tackar Jakob Viel för hans hjälpsamma kommentarer och förslag. Vi tackar också Anne de Jong för hans hjälp i bioinformatik analysen. Yanglei Yi och Zhibo Li stöds av Kina stipendium rådet (CSC). Vi tackar NWO-TTW Perspectief Programma Back2Roots (TKI-AF-15510) för sitt finansiella stöd till OPK.

1. gror potatis i steriliserade villkor
<ol><li>Skölj potatis ytan med sterilt vatten. Bada i potatis i 70% etanol och sedan i 3% natriumhypoklorit, för 5 min varje. Skölj igen med sterilt vatten för att avlägsna alla återstående natriumhypoklorit.</li>
	<li>Förbereda material behövs för gror och växer potatisknölar; sterilisera plast krukor, engraftment korgar, vermikulit och vatten genom autoklavering dem vid 121 ° C i 20 min. Anmärkning: Se till att alla material som används är autoklaverbart. Ann...

<ol>
	<li>Haichar, F. e. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+host+habitat+and+root+exudates+shape+soil+bacterial+community+structure.">Plant host habitat and root exudates shape soil bacterial community structure.</a> The ISME Journal: Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology. 2 (12), 1221-1230 (2008).</li><li>Badri, D. V., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+and+function+of+root+exudates.">Regulation and function of root exudates.</a> Plant, Cell &amp; Environment. 32 (6), 666-681 (2009).</li><li>Rohrbacher, F., St-Arnaud, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+exudation:+the+ecological+driver+of+hydrocarbon+rhizoremediation.">Root exudation: the ecological driver of hydrocarbon rhizoremediation.</a> Agronomy Journal. 6 (1), 19 (2016).</li><li>Mark, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome+profiling+of+bacterial+responses+to+root+exudates+identifies+genes+involved+in+microbe-plant+interactions.">Transcriptome profiling of bacterial responses to root exudates identifies genes involved in microbe-plant interactions.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (48), 17454-17459 (2005).</li><li>Fan, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+profiling+of+Bacillus+amyloliquefaciens+FZB42+in+response+to+maize+root+exudates.">Transcriptomic profiling of Bacillus amyloliquefaciens FZB42 in response to maize root exudates.</a> BMC Microbiology. 12 (1), 116 (2012).</li><li>Yoshitomi, K. J., Shann, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Corn+(Zea+mays+L.)+root+exudates+and+their+impact+on+14C-pyrene+mineralization.">Corn (Zea mays L.) root exudates and their impact on 14C-pyrene mineralization.</a> Soil Biology and Biochemistry. 33 (12), 1769-1776 (2001).</li><li>Lambert, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clover+root+exudate+produces+male-biased+sex+ratios+and+accelerates+male+metamorphic+timing+in+wood+frogs.">Clover root exudate produces male-biased sex ratios and accelerates male metamorphic timing in wood frogs.</a> Royal Society Open Science. 2 (12), (2015).</li><li>Tuason, M. M. S., Arocena, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+organic+acid+exudates+and+properties+of+rhizosphere+soils+of+white+spruce+(Picea+glauca)+and+subalpine+fir+(Abies+lasiocarpa).">Root organic acid exudates and properties of rhizosphere soils of white spruce (Picea glauca) and subalpine fir (Abies lasiocarpa).</a> Canadian Journal of Soil Science. 89 (3), 287-300 (2009).</li><li>Grayston, S. J., Vaughan, D., Jones, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rhizosphere+carbon+flow+in+trees,+in+comparison+with+annual+plants:+the+importance+of+root+exudation+and+its+impact+on+microbial+activity+and+nutrient+availability.">Rhizosphere carbon flow in trees, in comparison with annual plants: the importance of root exudation and its impact on microbial activity and nutrient availability.</a> Applied Soil Ecology. 5 (1), 29-56 (1997).</li><li>Rovira, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+root+exudates.">Plant root exudates.</a> Botanical Review. 35 (1), 35-57 (1969).</li><li>Bargabus, R. L., Zidack, N. K., Sherwood, J. E., Jacobsen, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+systemic+resistance+in+sugar+beet+elicited+by+a+non-pathogenic,+phyllosphere-colonizing+Bacillus+mycoides,+biological+control+agent.">Characterisation of systemic resistance in sugar beet elicited by a non-pathogenic, phyllosphere-colonizing Bacillus mycoides, biological control agent.</a> Physiological and Molecular Plant Pathology. 61 (5), 289-298 (2002).</li><li>Peng, Y. -. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibition+of+cucumber+Pythium+damping-off+pathogen+with+zoosporicidal+biosurfactants+produced+by+Bacillus+mycoides.">Inhibition of cucumber Pythium damping-off pathogen with zoosporicidal biosurfactants produced by Bacillus mycoides.</a> Journal of Plant Diseases and Protection. 124 (5), 481-491 (2017).</li><li>Ambrosini, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diazotrophic+bacilli+isolated+from+the+sunflower+rhizosphere+and+the+potential+of+Bacillus+mycoides+B38V+as+biofertiliser.">Diazotrophic bacilli isolated from the sunflower rhizosphere and the potential of Bacillus mycoides B38V as biofertiliser.</a> Annals of Applied Biology. 168 (1), 93-110 (2016).</li><li>de Jong, A., van der Meulen, S., Kuipers, O. P., Kok, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-REx:+transcriptome+analysis+webserver+for+RNA-seq+expression+data.">T-REx: transcriptome analysis webserver for RNA-seq expression data.</a> BMC Genomics. 16 (1), 663 (2015).</li><li>Yi, Y., de Jong, A., Frenzel, E., Kuipers, O. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+transcriptomics+of+Bacillus+mycoides+strains+in+response+to+potato-root+exudates+reveals+different+genetic+adaptation+of+endophytic+and+soil+isolates.">Comparative transcriptomics of Bacillus mycoides strains in response to potato-root exudates reveals different genetic adaptation of endophytic and soil isolates.</a> Frontiers in Microbiology. 8, 1487 (2017).</li><li>Nwokeoji, A. O., Kilby, P. M., Portwood, D. E., Dickman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNASwift:+a+rapid,+versatile+RNA+extraction+method+free+from+phenol+and+chloroform.">RNASwift: a rapid, versatile RNA extraction method free from phenol and chloroform.</a> Analytical Biochemistry. 512, 36-46 (2016).</li><li>Ramirez-Gonzalez, R. H., Bonnal, R., Caccamo, M., MacLean, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bio-samtools:+Ruby+bindings+for+SAMtools,+a+library+for+accessing+BAM+files+containing+high-throughput+sequence+alignments.">Bio-samtools: Ruby bindings for SAMtools, a library for accessing BAM files containing high-throughput sequence alignments.</a> Source Code for Biology and Medicine. 7 (1), 6 (2012).</li><li>Quinlan, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BEDTools:+the+Swiss-army+tool+for+genome+feature+analysis.">BEDTools: the Swiss-army tool for genome feature analysis.</a> Current Protocols in Bioinformatics. , (2014).</li><li>Boria, I., Boatti, L., Pesole, G., Mignone, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NGS-trex:+next+generation+sequencing+transcriptome+profile+explorer.">NGS-trex: next generation sequencing transcriptome profile explorer.</a> BMC Bioinformatics. 14 (7), S10 (2013).</li></ol>

Växt-mikrobinteraktioner har antagit hypotesen för att bestämmas av ett finstämt balans mellan bakterier och växter. Sådana interaktioner är mycket komplexa och svåra att studera i ett naturligt system, som omfattar olika mikrobiella arter, potentiellt egenskap konsortier. Detta dokument beskriver ett förenklat protokoll för att studera den bakteriella svaren på roten exudat under väl kontrollerade förhållanden. Transkriptom profilen för rhizobacteria, vid exponering för roten exudat, ger detaljerad infor...

Växter kan exsudat upp till 20% av kolet fast under fotosyntesen genom rötter i odlingsbädden1, dvs, den smala zonen av jord nära rötterna. På grund av den högre näringsämnen tillgängligheten är odlingsbädden en lämpliga habitat för olika mikroorganismer, inklusive växt-tillväxt främjande bakterier. De roten exudat innehåller en rad oorganiska föreningar som joner, oorganiska syror, syre och vatten. Men bildas majoriteten av de roten exudat av organiskt material, som kan delas in i lågmolekylära föreningar och hög molekylvikt föreningar. De lågmolekylära föreningarna inkluderar aminosyror, organiska syror, sockerarter, fenolföreningar, fettsyror och en rad sekundära metaboliter. Den höga molekylvikt föreningar består av algblomningen och proteiner2,3. Odlingsbädden mikroorganismer kan använda några av dessa föreningar som energikälla för tillväxt och utveckling. De roten exudat spelar en viktig roll i att forma rhizobacterial gemenskapen eftersom de växtproducerade föreningarna i exudat kan påverka beteendet hos odlingsbädden-associerade bakterier genom som påverkar uttrycket av specifika gener.
Förstå den bakteriella svaren på roten exudat är ett viktigt steg i att dechiffrera växt-mikrob interaktion mekanismer. Växt-mikrobinteraktioner bakteriell svar är produkten av differentiell genuttryck, kan det studeras genom transkriptom analys. Med den här metoden identifieras tidigare studier flera viktiga gener som är involverade i växt-mikrobinteraktioner. I Pseudomonas aeruginosavisat gener involverade i ämnesomsättning, Kemotaxis och typ II sekretion sig svara på sockerbetor rot exudat4. Fläkten et al. 5 studerade transcriptomic profilering av B. amyloliquefaciens FZB42 svar på majs rot exudat. Resultaten visar att flera grupper av gener starkt induceras av de roten exudat, är involverade i metaboliska vägar rör näringsämnen utnyttjande, Kemotaxis, motilitet och icke-ribosomal syntesen av antimikrobiella peptider och polypetider.
Riktigheten i dessa studier bygger på insamling av roten exudat. Även om flera metoder har beskrivit insamling av roten exudat för olika ändamål, de antingen kräver sofistikerade instrument eller utförs inte i välkontrollerade förhållanden6,7,8. Dessutom odlingsbädden-hämmande mikroorganismer kan påverka rot exsudat sammansättning genom att påverka växten cellmembranet permeabilitet och skada roten vävnader, särskilt i fråga om konsortier av mikroorganismer9. När du undersöker den mikrobiella svaren på roten exudat, är det viktigt att använda väl definierade villkor för att undvika förändring av föreningar av andra mikroorganismer10. Dessutom krävs hög kvalitet RNA för RNA-seq baserade transkriptom studier. Dock när man arbetar med icke-modell-bakteriella stammar, har den standard protokoll eller kommersiella kit oftast en låg verkningsgrad på grund av särskilda tillväxt egenskaper eller okända faktorer.
Protokollet beskrivs här verifierades med B. mycoides, som är en grampositiv, sporbildande bakterie Firmicute Kongospråken. Det är allestädes närvarande i odlingsbädden av olika växtarter. Flera växt tillväxt att främja boenden har rapporterats för denna art, inklusive induktion av systematiska motstånd (ISR) i sockerbetor11, hämning av dämpning-off patogenen Pythium för gurka12, liksom kväve fixering i solros odlingsbädden13. Molekylära mekanismer för dess interaktion med en värdväxt är dock inte väl studerat.
Syftet med de experiment som presenteras här är att studera transcriptomic svar endosphere-isolerade B. mycoides potatis rot exudat. Kort sagt, protokollet består av följande steg: först, samla potatis rot exudat under sterila förhållanden. Extrahera sedan högkvalitativa RNA från bakterieceller som behandlats med roten exudat. Det sista steget är dataanalys med hjälp av den webbaserade T-REx pipeline14. Detta protokoll användes för att identifiera B. mycoides gener som visar en förändring i uttrycket nivåer vid kontakt med root-exudat och därmed kan spela en viktig roll i växt-mikrobinteraktioner.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="987">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">sodium hypochlorite</td>
			<td style="width:236px;">Sigma</td>
			<td style="width:152px;">&#160;CAS: 7681-52-9&#160;</td>
			<td style="width:339px;">10-15%&#160; active chlorine</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Luria-Bertani (LB) broth</td>
			<td style="width:236px;"></td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">incubater</td>
			<td style="width:236px;">New Brunswick Scientific</td>
			<td style="width:152px;">Innova 4000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">spectrophotometer</td>
			<td style="width:236px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:152px;">Genesys 20</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">liquid nitrogen</td>
			<td style="width:236px;"></td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">glass beads</td>
			<td style="width:236px;">Sigma</td>
			<td style="width:152px;">G8893</td>
			<td>0.5 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">2.0 ml tube with screw cap</td>
			<td style="width:236px;"></td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td>RNase free</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">1.5 ml and 2.0 ml eppendorf tube</td>
			<td style="width:236px;"></td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td>RNase free</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bead mill homogenizer</td>
			<td>BioSpec</td>
			<td style="width:152px;">607</td>
			<td>Mini_beadbeater</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">centrifuge</td>
			<td style="width:236px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:152px;">5430</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Diethyl pyrocarbonate (DEPC)</td>
			<td style="width:236px;">sigma</td>
			<td style="width:152px;">CAS: 1609-47-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td>
			<td style="width:236px;">sigma</td>
			<td style="width:152px;">CAS: 151-21-3&#160;</td>
			<td>10% solution prepared with DEPC treated MQ water</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">TE buffer</td>
			<td style="width:236px;"></td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td>10 mM Tris-HCl; 1 mM EDTA, pH=8</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">phenol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td>RNA grade</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">chloroform-isoamyl alcohol&#160;</td>
			<td style="width:236px;"></td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td>prepare 24:1 of chloroform:isoamyl alcohol, store at room temperature</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">High pure RNA isolation kit</td>
			<td style="width:236px;">Roche</td>
			<td style="width:152px;">11828665001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">RNase Decontamination Solution</td>
			<td style="width:236px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:152px;">AM9780</td>
			<td>RNase-Zap</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Automated electrophoresis instrument</td>
			<td style="width:236px;">Agilent</td>
			<td style="width:152px;">2100</td>
			<td>Bioanalyzer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microvolume spectrophotometer</td>
			<td style="width:236px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:152px;">Nanodrop ND-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">RNA quality analysis kit</td>
			<td style="width:236px;">Agilent</td>
			<td style="width:152px;">RNA 6000 Nano kit&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">RNase inhibitor</td>
			<td style="width:236px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:152px;">RiboLock</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Directional RNA library Prep kit</td>
			<td style="width:236px;">NEB</td>
			<td style="width:152px;">Ultra</td>
			<td style="width:339px;">For Illumina</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

plant-microbe interaction: transcriptional response of bacillus mycoides to potato root exudates

Nyttiga växt-associerade bakterier har en viktig roll i att främja tillväxt och förebygga sjukdom hos växter. Tillämpningen av växt tillväxt-främja rhizobacteria (PGPR) som biogödsel eller Agrilus agenter har blivit ett effektivt alternativ till användning av konventionella gödningsmedel och kan öka grödornas avkastning till låg kostnad. Växt-mikrobinteraktioner beror på värd växt-utsöndras signaler och en reaktion härefter av deras associerade bakterier. Men svarar molekylära mekanismer för hur nyttiga bakterier på deras associerade vegetabiliska signaler inte är helt klarlagda. Att bedöma transcriptomic svar bakterier root exudat är en kraftfull metod att bestämma bakteriell genuttryck och förordning under rhizospheric förhållanden. Sådan kunskap är nödvändigt att förstå de underliggande mekanismerna som är involverade i växt-mikrobinteraktioner. Detta dokument beskriver ett detaljerat protokoll för att studera transcriptomic svar B. mycoides EG18, en stam som isolerad från potatis endosphere, i potatis rot exudat. Med hjälp av senaste hög genomströmning sekvenseringsteknologi, kan detta protokoll utföras i flera veckor och producerar massiva datamängder. Först, vi samlar in de roten exudat under sterila förhållanden, varefter de läggs till B. mycoides kulturer. RNA från dessa kulturer är isolerade med en fenol/kloroform-metoden kombinerat med ett kommersiella kit och utsattes för kvalitetskontroll av ett automatiserat elektrofores instrument. Efter sekvensering, analys av data sker med rörledningen webbaserade T-REx och en grupp av Differentiellt uttryckta gener har identifierats. Denna metod är ett användbart verktyg för att underlätta nya upptäckter på bakteriell genernas växt-mikrobinteraktioner.

Växt-associerade mikroorganismer kan positivt påverka växternas tillväxt och hälsa. Mekanismerna av komplexa interaktioner mellan växter och deras mikrobiell symbionter är dock inte helt klarlagt. Root exudat spelar en viktig roll i reglering av rhizobacterial verksamhet och beteende, och det antas allmänt att mikrobiell kolonisering av rötter inleder med dragningen av mikrober till roten exudat. Syftet med detta arbete var att undersöka transcriptomic svar rhizobacterial B....

Watch this Scientific Journal Video about Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates at JoVE.com

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

Målet med det protokoll som presenteras här är att studera transcriptomic svar endosphere-isolerade Bacillus mycoides potatis rot exudat. Denna metod underlättar identifiering av viktiga bakteriella gener som är involverade i växt-mikrobinteraktioner och är i princip tillämplig på andra endophytes och växter, med mindre justeringar.

Växt-mikrob interaktion: Transkriptionell svar av Bacillus Mycoides potatis Root exudat

Beneficial plant-associated bacteria play an important role in promoting growth and preventing disease in plants. The application of plant ...

Research

JoVE Journal

Biology

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-induced Gene Silencing VIGS in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-inducerad geners uttryck (VIGS) i Nicotiana benthamiana Och Tomat

RNA interference (RNAi) is a highly specific gene-silencing phenomenon triggered by dsRNA1. This silencing mechanism uses two major classes of RNA ...

Imaging Mismatch Repair and Cellular Responses to DNA Damage in Bacillus subtilis

Imaging Mismatch Repair and Cellular Responses to DNA Damage in Bacillus subtilis

Imaging Mismatch Reparation och cellulära svaren på DNA-skador i Bacillus subtilis</em

Both prokaryotes and eukaryotes respond to DNA damage through a complex set of physiological changes. Alterations in gene expression, the redistribution ...

Single Cell Transcriptional Profiling of Adult Mouse Cardiomyocytes

Single Cell transkriptionell Profilering av Vuxen mus Cardiomyocytes

While numerous studies have examined gene expression changes from homogenates of heart tissue, this prevents studying the inherent stochastic variation ...

Using Flatbed Scanners to Collect High-resolution Time-lapsed Images of the Arabidopsis Root Gravitropic Response

Använda Flatbed Scanner för att samla Högupplösta Tids förfallit Bilder av Arabidopsis Root Gravitropic Response

Research efforts in biology increasingly require use of methodologies that enable high-volume collection of high-resolution data. A challenge laboratories ...

Collection and Analysis of Arabidopsis Phloem Exudates Using the EDTA-facilitated Method

Collection and Analysis of Arabidopsis Phloem Exudates Using the EDTA-facilitated Method

Insamling och analys av<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Phloem utsöndringar Använda EDTA-underlättas Metod

The plant phloem is essential for the long-distance transport of (photo-) assimilates as well as of signals conveying biotic or abiotic stress. It ...

Methods to Discover Alternative Promoter Usage and Transcriptional Regulation of Murine Bcrp1

Metoder för att upptäcka alternativa Promoter Användning och transkriptionsreglering av murin Bcrp1

Gene expression in different tissues is often controlled by alternative promoters that result in the synthesis of mRNA with unique &#8212; usually ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

Hög genomströmning crispr Vektorkonstruktion och karakterisering av DNA Ändringar av Generation tomat håriga Roots

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

A Hydroponic Co-cultivation System for Simultaneous and Systematic Analysis of Plant/Microbe Molecular Interactions and Signaling

Ett hydroponisk samodlingssystem för samtidig och systematisk analys av molekylära interaktioner och signalering av växt / mikrob

An experimental design mimicking natural plant-microbe interactions is very important to delineate the complex plant-microbe signaling processes. ...

Single-cell Microfluidic Analysis of Bacillus subtilis

Single-cell Microfluidic Analysis of Bacillus subtilis

Encelliga mikroflödessystem analys av Bacillus subtilis

Microfluidic technology overcomes many of the limitations to traditional analytical methods in microbiology. Unlike bulk-culture methods, it offers ...

An Improved Chemotaxis Assay for the Rapid Identification of Rhizobacterial Chemoattractants in Root Exudates

En förbättrad Chemotaxis-analys för snabb identifiering av Rhizobacterial Chemoattractants i Root Exudates

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward ...