Name: genome-wide surveillance of transcription errors in eukaryotic organisms
Uploaded: 2018-09-13T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Surveillance of Transcription Errors in Eukaryotic Organisms at JoVE.com

Esta publicação foi viabilizada pelo financiamento do grant T32ES019851 (C. Fritsch), R01AG054641 e um jovem investigador do AFAR concedem (para M. Vermulst).

1. preparação
<ol><li>RNases são onipresentes; Portanto, limpe a área de trabalho completamente pulverizando-o para baixo com um reagente de descontaminação (por exemplo,, RNase afastado) e 70% de etanol. Pulverizador para baixo qualquer pipetas, canetas ou tubo racks para remover as possíveis fontes de contaminação de RNase.</li>
	<li>Para aumentar a prevenção de RNases contamine as amostras, vestir uma bata ou camiseta de manga longa durante a experimentação. Evite o contacto e...

<ol>
	<li>Kireeva, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transient+reversal+of+RNA+polymerase+II+active+site+closing+controls+fidelity+of+transcription+elongation.">Transient reversal of RNA polymerase II active site closing controls fidelity of transcription elongation.</a> Molecular Cell. 30, 557-566 (2008).</li><li>Walmacq, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rpb9+subunit+controls+transcription+fidelity+by+delaying+NTP+sequestration+in+RNA+polymerase+II.">Rpb9 subunit controls transcription fidelity by delaying NTP sequestration in RNA polymerase II.</a> The Journal of Biological Chemistry. 284, 19601-19612 (2009).</li><li>Strathern, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fidelity+of+transcription:+RPB1+(RPO21)+mutations+that+increase+transcriptional+slippage+in+S.+cerevisiae.">The fidelity of transcription: RPB1 (RPO21) mutations that increase transcriptional slippage in S. cerevisiae.</a> The Journal of Biological Chemistry. 288, 2689-2699 (2013).</li><li>Irvin, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+assay+for+transcription+errors+reveals+multilayer+control+of+RNA+polymerase+II+fidelity.">A genetic assay for transcription errors reveals multilayer control of RNA polymerase II fidelity.</a> PLoS Genetics. 10, e1004532 (2014).</li><li>Gout, J. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+landscape+of+transcription+errors+in+eukaryotic+cells.">The landscape of transcription errors in eukaryotic cells.</a> Science Advances. 3, e1701484 (2017).</li><li>Gout, J. F., Thomas, W. K., Smith, Z., Okamoto, K., Lynch, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+detection+of+in+vivo+transcription+errors.">Large-scale detection of in vivo transcription errors.</a> Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 110, 18584-18589 (2013).</li><li>Viswanathan, A., You, H. J., Doetsch, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+change+caused+by+transcriptional+bypass+of+uracil+in+nondividing+cells.">Phenotypic change caused by transcriptional bypass of uracil in nondividing cells.</a> Science. 284, 159-162 (1999).</li><li>Bregeon, D., Doddridge, Z. A., You, H. J., Weiss, B., Doetsch, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+mutagenesis+induced+by+uracil+and+8-oxoguanine+in+Escherichia+coli.">Transcriptional mutagenesis induced by uracil and 8-oxoguanine in Escherichia coli.</a> Molecular Cell. 12, 959-970 (2003).</li><li>Saxowsky, T. T., Doetsch, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+polymerase+encounters+with+DNA+damage:+transcription-coupled+repair+or+transcriptional+mutagenesis.">RNA polymerase encounters with DNA damage: transcription-coupled repair or transcriptional mutagenesis.</a> Chemical Reviews. 106, 474-488 (2006).</li><li>Saxowsky, T. T., Meadows, K. L., Klungland, A., Doetsch, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=8-Oxoguanine-mediated+transcriptional+mutagenesis+causes+Ras+activation+in+mammalian+cells.">8-Oxoguanine-mediated transcriptional mutagenesis causes Ras activation in mammalian cells.</a> Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 18877-18882 (2008).</li><li>Vermulst, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+errors+induce+proteotoxic+stress+and+shorten+cellular+lifespan.">Transcription errors induce proteotoxic stress and shorten cellular lifespan.</a> Nature Communications. 6, 8065 (2015).</li><li>van Leeuwen, F. W., Burbach, J. P., Hol, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+RNA:+a+first+example+of+molecular+misreading+in+Alzheimer's+disease.">Mutations in RNA: a first example of molecular misreading in Alzheimer's disease.</a> Trends in Neurosciences. 21, 331-335 (1998).</li><li>van Leeuwen, F. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frameshift+mutants+of+beta+amyloid+precursor+protein+and+ubiquitin-B+in+Alzheimer's+and+Down+patients.">Frameshift mutants of beta amyloid precursor protein and ubiquitin-B in Alzheimer's and Down patients.</a> Science. 279, 242-247 (1998).</li><li>Morreall, J. F., Petrova, L., Doetsch, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+mutagenesis+and+its+potential+roles+in+the+etiology+of+cancer+and+bacterial+antibiotic+resistance.">Transcriptional mutagenesis and its potential roles in the etiology of cancer and bacterial antibiotic resistance.</a> Journal of Cellular Physiology. 228, 2257-2261 (2013).</li><li>Strathern, J. N., Jin, D. J., Court, D. L., Kashlev, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+characterization+of+transcription+fidelity+mutants.">Isolation and characterization of transcription fidelity mutants.</a> Biochimica et Biophysica Acta. 1819, 694-699 (2012).</li><li>Acevedo, A., Andino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Library+preparation+for+highly+accurate+population+sequencing+of+RNA+viruses.">Library preparation for highly accurate population sequencing of RNA viruses.</a> Nature Protocols. 9, 1760-1769 (2014).</li><li>Traverse, C. C., Ochman, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-Wide+Spectra+of+Transcription+Insertions+and+Deletions+Reveal+That+Slippage+Depends+on+RNA:DNA+Hybrid+Complementarity.">Genome-Wide Spectra of Transcription Insertions and Deletions Reveal That Slippage Depends on RNA:DNA Hybrid Complementarity.</a> mBio. 8, (2017).</li><li>Martin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cutadapt+Removes+Adapter+Sequences+From+High-Throughput+Sequencing+Reads.">Cutadapt Removes Adapter Sequences From High-Throughput Sequencing Reads.</a> EMBnet.journal. 17 (1), 10-12 (2011).</li><li>Kent, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BLAT--the+BLAST-like+alignment+tool.">BLAT--the BLAST-like alignment tool.</a> Genome Research. 12, 656-664 (2002).</li><li>Kim, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TopHat2:+accurate+alignment+of+transcriptomes+in+the+presence+of+insertions,+deletions+and+gene+fusions.">TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions.</a> Genome Biology. 14, R36 (2013).</li><li>Zhou, Y. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+characterization+of+RNA+polymerase+rpoB+mutations+that+alter+transcription+slippage+during+elongation+in+Escherichia+coli.">Isolation and characterization of RNA polymerase rpoB mutations that alter transcription slippage during elongation in Escherichia coli.</a> The Journal of Biological Chemistry. 288, 2700-2710 (2013).</li><li>Reid-Bayliss, K. S., Loeb, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+RNA+consensus+sequencing+for+high-fidelity+detection+of+transcriptional+mutagenesis-induced+epimutations.">Accurate RNA consensus sequencing for high-fidelity detection of transcriptional mutagenesis-induced epimutations.</a> Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 114, 9415-9420 (2017).</li></ol>

Aqui, descrevemos um protocolo otimizado para a preparação das bibliotecas C-seq para a detecção de erros de transcrição em Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogastere Caenorhabditis elegans. Este protocolo tem numerosas vantagens sobre os protocolos existentes, bem como técnicas alternativas.
Nos últimos 15 anos, numerosos repórter foram desenvolvidos sistemas que dependem do luciferase7,8 ou...

O genoma fornece um modelo biológico preciso de vida. Para implementar esta planta corretamente, é importante para o genoma para ser transcrito com grande precisão. No entanto, a transcrição é improvável que seja livre de erros. Por exemplo, a ARN-polimerase tem sido conhecido para ser propenso em vitro1,2, e recentemente foi demonstrado que cometem erros na vivo assim3,5,6, particularmente quando confrontado com DNA danos7,8,9,10. Tomados em conjunto, estas observações indicam que os erros de transcrição ocorrem continuamente em todas as células vivas, sugerindo que poderia ser uma potente fonte de proteínas mutantes.
Este processo, denominado transcriptional mutagênese, difere de mutagénese clássica de duas maneiras. Em primeiro lugar, em contraste com as mutações genéticas, erros de transcrição afetam células mitóticas e pós mitóticas, como eles não dependem de replicação do DNA. Estudar os mecanismos que a fidelidade da transcrição de impacto, portanto, proporcionará insights valiosos sobre a carga de mutação das células mitóticas e pós mitóticas. Curiosamente, erros de transcrição recentemente têm sido implicados na promoção da agregação de proteínas11,12,13 e tem sido a hipótese para contribuir para ambos de carcinogênese10 e o desenvolvimento da resistência aos antibióticos em bactérias14.
Em segundo lugar, em contraste com as mutações genéticas, erros de transcrição são transitórios na natureza. Sua existência temporária é particularmente desafiadora porque erros de transcrição torna extremamente difícil de detectar. Por exemplo, enquanto vários laboratórios desenvolveram ensaios repórter valioso para o estudo de mutagénese transcriptional, estes ensaios só são capazes de medir erros de transcrição em um número limitado de contextos e de4,de organismos modelo15. Para superar essas limitações, muitos pesquisadores se voltaram para a tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-seq), que teoricamente permite erros de transcrição que gravassem em todo a transcriptoma de qualquer espécie. No entanto, estes estudos são facilmente confundidos por artefatos de construção de biblioteca, tais como erros de transcrição reversa, erros de amplificação da PCR e a natureza propensa de sequenciamento em si. Por exemplo, reversa transcriptases cometer um erro de aproximadamente todas as bases de ~ 20.000, enquanto ARN-polimerase (RNAPs) é esperado para fazer apenas um erro cada 300.000 bases5,6. Porque a taxa de erro de transcrição reversa sozinha anões a taxa de erro de polymerases do RNA no interior das células, é virtualmente impossível de distinguir os erros de transcrição verdadeira de artefatos causados pela preparação biblioteca em dados de RNA-Seq tradicional ( Figura 1a).
Para resolver este problema, desenvolvemos uma versão otimizada do círculo-sequenciamento (Cirseq, ou C-seq doravante) ensaio5,16. Este ensaio permite ao usuário detectar erros de transcrição e outras variantes raras no ARN em todo o transcriptoma5. O ensaio da circular-sequenciamento leva este nome porque uma etapa chave neste ensaio gira em torno de circularização de RNA. Uma vez que as metas de RNA são circularizou, são reversos transcrito em uma forma de círculo rolante, para produzir moléculas de cDNA linear que contêm várias cópias do mesmo modelo do RNA. Se um erro estava presente em um desses modelos, esse erro também estaria presente em cada repetição única contida dentro da molécula de cDNA. Em contraste, os erros introduzidos por transcrição reversa, amplificação por PCR ou sequenciamento tendem a surgir aleatoriamente e assim estará presentes em apenas uma ou duas repetições. Assim, gerando uma sequência de consenso para cada molécula de cDNA, e distinção entre erros aleatórios de erros que ocorrem em todas as repetições, artefatos de construção de biblioteca podem efetivamente ser separados de erros de transcrição de verdade (Figura 1b).
Se usado corretamente, o ensaio de seq-C pode ser usado para detectar com precisão a taxa de base substituições, inserções e exclusões no RNA ao longo da transcriptoma de qualquer espécie (por exemplo, ver Traverse e Ochman17). Por exemplo, nós usamos o ensaio C-seq para fornecer medidas de todo o genoma da taxa de erro de transcrição em Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogastere Caenorhabditis elegans com uma única resolução base5 (inédita observações). Originalmente usado para sequenciar com precisão as populações de vírus de RNA, esta versão otimizada do ensaio C-seq foi racionalizado para minimizar as condições adversas durante a preparação da biblioteca que contribuem para os artefatos de construção de biblioteca. Além disso, usando um número de kits comercialmente disponíveis, a taxa de transferência do ensaio é muito melhorada, além de sua facilidade de utilização. Se usado corretamente, este teste pode detectar com precisão a milhares de erros de transcrição por replicar, melhorando desse modo extremamente em anteriores estudos6. Em geral, este método fornece uma ferramenta poderosa para estudar transcriptional mutagênese e permitirá ao usuário a ganhar novos insights sobre os mecanismos que controlam a fidelidade da transcrição em uma ampla gama de organismos.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>RiboPure RNA purification kit</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>AM1926</td>
			<td>Total RNA purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Genelute mRNA purification kit</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>MRN70-1KT</td>
			<td>mRNA purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-free Water</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9937</td>
			<td>Elution and dilution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ambion RNase III</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>AM2290</td>
			<td>RNA fragmentation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 RNA Ligase 1 (ssRNA Ligase)</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0204S</td>
			<td>RNA circularization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ribolock</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>EO0381</td>
			<td>RNase inhibitor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SuperScript III Reverse Transcriptase</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>18080044</td>
			<td>Rolling circle reverse transcription</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 mM dNTP mix</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>18427013</td>
			<td>Rolling circle reverse transcription</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Random hexamers (50 ng/&#181;l)</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>N8080127</td>
			<td>Rolling circle reverse transcription</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEB Second Strand Synthesis Module</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>E6111S</td>
			<td>Second Strand Synthesis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>E7370S</td>
			<td>cDNA library preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEB Next index primers</td>
			<td>NEB</td>
			<td>E7335S</td>
			<td>Multiplex PCR primers</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligo Clean &#38; Concentrator</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>D4061</td>
			<td>Clean up of RNA and DNA samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag-2 Magnet</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>12321D</td>
			<td>Magnetic bead purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td>Magnetic bead purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5424 Microcentrifuge</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>05-403-93</td>
			<td>centrifugation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>INCU-Shaker 10L</td>
			<td>Benchmark Scientific</td>
			<td>H1010</td>
			<td>Cell culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T100 Thermal Cycler</td>
			<td>BIO RAD</td>
			<td>1861096</td>
			<td>Medium to High temperature cycling conditions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTC-200 Thermal Cycler</td>
			<td>GMI</td>
			<td>8252-30-0001&#160;</td>
			<td>Low temperature cycling conditions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNase Away</td>
			<td>Molecular Bioproducts</td>
			<td>700S-11</td>
			<td>Sterilization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml Centrifuge Tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430290</td>
			<td>Nuclease-free</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 ml Centrifuge Tube</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430052</td>
			<td>Nuclease-free</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf tubes</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>1615-5500</td>
			<td>Nuclease-free</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4200 Tapestation System</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2991AA</td>
			<td>Nucleotide analysis instrument for quality control of RNA and single stranded DNA samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Sensitivity RNA Screen Tape</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-5579</td>
			<td>Quality control of RNA and single stranded DNA samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNA ScreenTape Sample Buffer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-5577</td>
			<td>Quality control of RNA and single stranded DNA samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNA ScreenTape Ladder</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-5578</td>
			<td>Quality control of RNA and single stranded DNA samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2100 Bioanalyzer Instrument</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td>Double stranded DNA quality control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High Sensitivity DNA Kit</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-4626</td>
			<td>Quality control for double stranded cDNA samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water Bath</td>
			<td>VWR</td>
			<td>462-0244</td>
			<td>Incubation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop 2000/2000C Spectrophotometer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>ND-2000C</td>
			<td>Determination of RNA concentration</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

genome-wide surveillance of transcription errors in eukaryotic organisms

Transcrição exata é necessária para a expressão fiel da informação genética. Surpreendentemente, porém, pouco é conhecido sobre os mecanismos que controlam a fidelidade da transcrição. Para preencher esta lacuna no conhecimento científico, nós aperfeiçoamos recentemente o ensaio de círculo-sequenciamento para detectar erros de transcrição durante o transcriptoma de Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogastere Caenorhabditis de elegans. Este protocolo irá fornecer aos pesquisadores uma nova ferramenta poderosa para mapear a paisagem de erros de transcrição em células eucarióticas para que os mecanismos que controlam a fidelidade da transcrição podem ser elucidados em detalhes sem precedentes.

Como todas as aproximações de sequenciamento em paralelo, cada experimento C-seq produz um conjunto de dados grande, difícil de manejar. Para usuários de primeira viagem, pode ser difícil lidar com esses conjuntos de dados; assim, é recomendável que todos os usuários entre em contato com um experiente bio-informático antes da experimentação. Em média, a expectativa é que os usuários irão gerar aproximadamente 55 – 70 Giga bases (Gbases) por execução na maioria das plata...

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Genome-wide Surveillance of Transcription Errors in Eukaryotic Organisms

Este protocolo fornece aos pesquisadores uma nova ferramenta para monitorar a fidelidade da transcrição em vários organismos modelo.

Vigilância de todo o genoma de erros de transcrição em organismos eucarióticos

Accurate transcription is required for the faithful expression of genetic information. Surprisingly though, little is known about the mechanisms that ...

Research

JoVE Journal

Genetics

In Vitro Transcription Assays and Their Application in Drug Discovery

In Vitro Transcription Assays and Their Application in Drug Discovery

Transcrição in vitro Ensaios e sua aplicação em Drug Discovery

In vitro transcription assays have been developed and widely used for many years to study the molecular mechanisms involved in transcription. This process ...

Genética

Leveraging CyVerse Resources for De Novo Comparative Transcriptomics of Underserved (Non-model) Organisms

Leveraging CyVerse Resources for De Novo Comparative Transcriptomics of Underserved Non-model Organisms

Aproveitando os Recursos CyVerse para<em&gt; De Novo</em&gt; Transcriptômica Comparativa de Organismos Não Servidos (não Modelos)

This workflow allows novice researchers to leverage advanced computational resources such as cloud computing to carry out pairwise comparative ...

Genome-wide Determination of Mammalian Replication Timing by DNA Content Measurement

Determinação do genoma de sincronismo Replication Mammalian por DNA Medição conteúdo

Replication of the genome occurs during S phase of the cell cycle in a highly regulated process that ensures the fidelity of DNA duplication. Each genomic ...

Analysis of Termination of Transcription Using BrUTP-strand-specific Transcription Run-on (TRO) Approach

Analysis of Termination of Transcription Using BrUTP-strand-specific Transcription Run-on TRO Approach

Análise de terminação da transcrição Usando Approach (TRO) específico BrUTP vertente Transcrição Run-on

This manuscript describes a protocol for detecting transcription termination defect in vivo. The strand-specific TRO protocol using BrUTP described here ...

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

Mapeamento genômico de interações proteína-DNA com ChEC-seq em<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Genome-wide mapping of protein-DNA interactions is critical for understanding gene regulation, chromatin remodeling, and other chromatin-resident ...

Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

Mapeamento de genoma-larga acessível cromatina em linfócitos T humana primária pela ATAC-Seq

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) is a method used for the identification of open (accessible) regions ...

Determining Genome-wide Transcript Decay Rates in Proliferating and Quiescent Human Fibroblasts

Determinação das taxas de decaimento transcrição de todo o genoma em quiescentes e proliferação de fibroblastos humanos

Quiescence is a temporary, reversible state in which cells have ceased cell division, but retain the capacity to proliferate. Multiple studies, including ...

Real-time Analysis of Transcription Factor Binding, Transcription, Translation, and Turnover to Display Global Events During Cellular Activation

Análise em tempo real do fator de transcrição, ligação, transcrição, tradução e volume de negócios para exibir eventos globais durante a ativação celular

Upon activation, cells rapidly change their functional programs and, thereby, their gene expression profile. Massive changes in gene expression occur, for ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Geração de todo o genoma da cromatina conformação captura bibliotecas de firmemente encenado embriões adiantados da drosófila

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

Promotor captura Oi-c: Alta resolução, todo o genoma caracterização das interações do promotor

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...