Name: contrast-matching detergent in small-angle neutron scattering experiments for membrane protein structural analysis and ab initio modeling
Uploaded: 2018-10-21T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling at JoVE.com

Отделение биологических и экологических исследований поддерживает исследования в центре ORNL в структурной молекулярной биологии (CSMB) и био-использования средств, поддерживаемых научный отдел помещений пользователя, Управление основных энергетических наук, Департамента США энергии. Строительные работы на мембранных белков в лаборатории Либерман была поддержана NIH (DK091357, GM095638) и NSF (0845445).

1. подготовить и представить нейтрона фонда луч время и предложение инструмент
<ol><li>Обратитесь к онлайн-ресурсы для выявления помещений рассеяния нейтронов, которые обеспечивают общего пользователя нейтрона луч время доступа, например Oak Ridge национальной лаборатории (ORNL). Карта нейтро...

Структурная биология исследователи воспользоваться преимуществами дополнительных структурных методов как решение рассеяния для получения биохимических и структурных деталей (например, общий размер и форма) от биомолекул в растворе. SANS является особенно привлекательным техника для ...

Мембранные белки кодируются с примерно 30% от всех генов1 и представляют собой значительное большинство целей для современных лекарственных препаратов. 2 эти белки выполняют множество жизненно важных клеточных функций,3 , но несмотря на обилие и важности — представляют только около 1% от общей структуры, депонируется в совместную исследований для протеина структурного биоинформатики (RCSB) Банк данных. 4 из-за их частично гидрофобная природа, структурные определения белков мембранных привязкой был чрезвычайно сложным. 5 , 6 , 7
Как многие биофизические методы требуют монодисперсных частиц в растворе для измерения, изолируя мембранных белков из родной мембраны и стабилизации этих белков в растворимые мнемосхемы родной мембран был активной областью исследований в последние годы десятилетия. 8 , 9 , 10 эти исследования привели к разработке многих Роман амфифильных сборок солюбилизировать последнего мембранных белков, таких как nanodiscs,11,12,13 bicelles,14,15 и amphipols. 16 , 17 однако, использование моющего средства мицеллы остается одним из наиболее распространенных и простой подходов для удовлетворения требований растворимость данного белка. 18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23 , 24 , 25 к сожалению, нет единого моющего средства или Волшебная смесь моющих средств в настоящее время существует удовлетворяющего всех мембранных белков; Таким образом эти условия должны проверяться эпирически для уникальных потребностей каждого белка. 26 , 27
Моющие средства самостоятельно собрать в растворе выше их концентрации мицеллообразования критической форме статистические структуры, называемые мицеллы. Мицеллы состоят из многих стиральный порошок мономеров (обычно начиная от 20-200) с гидрофобным алкил цепи, образуя ядром мицеллы и гидрофильные головы группы организованы в слое оболочки мицеллы, стоящих перед водного растворителя. Поведение моющих средств и формирования мицеллы классически был описан Чарльзом Tanford Гидрофобным эффектом,28 и размеров и формы мицелл из часто используемых моющих средств в мембранных белков исследования были характеризуется, с помощью малых угол рассеяния. 29 , 30 моющего средства Организации о мембранных белков также были изучены, и образование комплексов протеина-моющее средство (PDC) ожидается молекулами моющего средства, окружающих белка в договоренность, которая напоминает аккуратно моющего средства Мицеллы. 31
Один добавил, что преимущество использования моющих средств, что результирующая мицеллы свойств может быть манипулирован включения других моющих средств. Многие моющие средства экспонат идеальное смешивание, и выберите пункт Свойства смешанные мицеллы даже может быть предсказано от компонентов и соотношение смешивания. 22 однако, присутствие моющего средства может по-прежнему создают проблемы для биофизические характеристики, способствуя общий сигнал. Например с рентгеновской и рассеяние света методы, сигнал от моющих средств в PDC практически неотличима от белка. 32 с одной частицы крио электронной микроскопии (крио ЭМ) расследования обычно полагаются на ловушку частицы (замороженных); структурные детали белка по-прежнему скрываются определенного моющих средств или высокой концентрации моющего средства, который добавляет к фону. 33 альтернативные подходы к интерпретации полную структуру PDC (включая моющих средств) были сделаны через вычислительных методов, которые стремятся восстановить моющее вокруг данной мембранный белок. 34
В случае рассеяния нейтронов ядро оболочка расположение моющего средства в мицеллы производит форм-фактор, который способствует наблюдаемых рассеяния. К счастью компоненты решения могут быть изменены таким образом, что они не способствуют чистой наблюдаемых рассеяния. Этот процесс «контраст соответствия» достигается путем замены дейтерия для водорода для достижения рассеяния длина плотности, что соответствует фона (буфер). Разумный выбор моющего средства (с доступных транс коллегами) и их соотношение смешивания должны рассматриваться. Для моющего средства мицеллы эта замена могут выполняться с использованием моющих средств с той же головы группы, но имеющие транс алкильной цепи (d хвост вместо h хвост). Так как моющие средства перемешанных,35 их агрегатов будет иметь рассеяния длина плотности, что моль фракция взвешенный средний из двух компонентов (h хвосты и d хвосты). Когда этот контраст средней согласуется с этим глава группы, чтобы удалить все взносы в наблюдаемых рассеяния единообразные статистические структуры могут совпасть полностью.
Мы представляем здесь протокол манипулировать нейтронов контраст стиральный порошок мицелл, включив химически идентичны стиральный порошок молекул дейтерия меченых алкильной цепи. 19 , 36 , 37 это позволяет полный Одновременный контраст соответствия мицеллы ядро и оболочка, которая является уникальной возможностью рассеяния нейтронов. 35 , 38 с этим значительно изысканный уровнем детализации, контраст соответствия можно включить иначе неосуществимым исследования мембранных белков структур. Кроме того этот контраст соответствующий подход может быть распространен на другие системы, связанные с моющим средством, например полимер обмен реакции39 и нефть вода диспергентов,40 или даже другие solubilizing агентов, таких как bicelles,41 nanodiscs,42 или блок сополимеры. Аналогичный подход 43 A как указано в этой рукописи, но применение одного вида моющего средства с частичным дейтерия замен на алкильной цепи и/или руководитель группы, был недавно опубликован. 37 в то время как это можно ожидать улучшения случайное распределение водорода и дейтерия во всем моющего средства по сравнению с подходом, представленные здесь, ограниченное количество доступных позиций на моющее средство для замещения и двухступенчатый стиральный порошок синтеза требуются создает дополнительные проблемы для рассмотрения.
Шаги 1 и 2 протокола подробно ниже часто перекрываются, так как начальный эксперимент планирование должно быть сделано представить предложение качества. Однако, считается представления предложений здесь как первый шаг, чтобы подчеркнуть, что этот процесс должен быть запущен задолго до начала эксперимента нейтронов. Следует также отметить, что необходимого шага, который должно быть подкреплено предложение, должен иметь биохимические и физические характеристики (в том числе чистоту и стабильности) образца, поддерживая необходимость нейтронных исследований. Общее обсуждение малых угол нейтронного рассеяния (SANS) выходит за рамки этой статьи. Краткий, но тщательное введение доступен в работе ссылка, которую Характеризация материалов Кауфман,44 и всеобъемлющий учебник сосредоточена на биологических малых угол решение рассеяния недавно был опубликован. 45 далее рекомендовал чтение приводится в разделе обсуждения. Малоуглового рассеяния использует так называемые рассеяния вектора Q в качестве центральной количество, которое описывает процесс рассеяния. Эта статья использует широко признанного определения Q = 4π sin (θ) / λ, где θ — половина угол между входящей и рассеянного пучка и λ является длина волны нейтронного излучения в ангстремы. Существуют другие определения, что использовать различные символы, такие как ' вектор рассеяния и что могут отличаться 2π фактор или с помощью нанометров вместо Ангстрем (см. также обсуждение рис. 10).

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="848">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:396px;">Amicon Ultra MWCO 50KDa concentrator&#160;</td>
			<td style="width:209px;">EMD Millipore</td>
			<td style="width:108px;">UFC905096</td>
			<td style="width:135px;">labware</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium citrate dibasic</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A663</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ammonium sulfate</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>2150</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Bioflo 310 Bioreactor System</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>M1287-2110</td>
			<td>equipment</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Calcium chloride dihydrate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>423525000</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Carbenicillin</td>
			<td>IBI Scientific</td>
			<td>IB02025</td>
			<td>antibiotic</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Chloramphenicol</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>3130</td>
			<td>antibiotic</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Cobalt (II) chloride</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC21413-0050</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Copper (II) sulfate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC19771-1000&#160;</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Deuterium oxide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>756822</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Drierite Gas Purifier</td>
			<td>W.A. Hammond Drierite Co. Ltd.</td>
			<td>27068</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">EDTA, disodium, dihydrate</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>4010</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Emulsiflex-C3</td>
			<td>Avestin</td>
			<td>EF-C3</td>
			<td>equipment</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">&#196;kta Purifier UPC100</td>
			<td>GE Healthcare&#160;</td>
			<td></td>
			<td>equipment</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Glycerol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G5516</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">HEPES</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>H4034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">HiPrep 16/60 Sephacryl S-300 HR column</td>
			<td>GE Healthcare&#160;</td>
			<td>17116701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Imidazole</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97064-622</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">IPTG</td>
			<td>Teknova</td>
			<td>I3325</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Iron(III) chloride hexahydrate</td>
			<td>MP Biochemicals</td>
			<td>ICN19404590</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">LB Agar Miller</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1425-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Magnesium sulfate heptahydrate</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97062-134</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:396px;">Manganese(II) sulfate monohydrate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC20590-5000</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">MaxQ 6000 Incubated/Refrigerated Shaker</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>SHKE6000-7&#160;</td>
			<td>equipment</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">n-Dodecyl-d25-&#946;-D-maltopyranoside</td>
			<td>Anatrace</td>
			<td>D310T</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">n-Dodecyl-&#946;-D-maltopyranoside</td>
			<td>Anatrace</td>
			<td>D310A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Potassium phosphate monobasic</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97062-346</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:396px;">RC 6 Plus Centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific Sorvall</td>
			<td>46910</td>
			<td>equipment</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">SIGMAFAST protease inhibitor cocktail tablets, EDTA-free</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S8830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S3014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium hydroxide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>795429</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sodium phosphate dibasic</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S7907</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sterile 25mm syringe filter with 0.2&#181;m PES membrane</td>
			<td>VWR</td>
			<td>28145-501</td>
			<td>labware</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Sterile disposable bottle top filter with 0.2&#181;m PES membrane</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>596-4520&#160;</td>
			<td>labware</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Superdex 200 10/300 GL&#160;</td>
			<td>GE Healthcare&#160;</td>
			<td>17517501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Superose-12 10/300 GL column&#160;</td>
			<td>GE Healthcare&#160;</td>
			<td>17517301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ultrospec 10 Cell Density Meter</td>
			<td>GE Healthcare&#160;</td>
			<td>80211630</td>
			<td>equipment</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Zinc sulfate monohydrate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC38980-2500&#160;</td>
			<td>medium component</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

contrast-matching detergent in small-angle neutron scattering experiments for membrane protein structural analysis and ab initio modeling

Биологических малого угол нейтронного рассеяния инструмент в высоких-Flux изотоп реактора из Oak Ridge национальной лаборатории предназначен для исследования биологических материалов, переработка биотоплива и био вдохновил материалы, охватывающие нанометр до Микрометр длина шкалы. Методы, представленные здесь для изучения физических свойств (например, размер и форма) мембранных белков (здесь, MmIAP, intramembrane аспартил протеазы от Methanoculleus marisnigri) в растворах формирования мицеллы являются моющих средств хорошо подходит для этого инструмента рассеяния нейтронов небольшой угол, среди других. Другие методы биофизические характеристики препятствуют их неспособность решить стиральный порошок взносы в сложной структуре белка-моющего средства. Кроме того доступ к био-Deuteration Lab предоставляет уникальные возможности для подготовки крупномасштабного культивирования и выражая дейтерия меченых белков для расширения рассеяние сигнала от белка. Хотя этот метод не предоставляет структурные детали в высоком разрешении, структурного разрыва для мембранных белков содержит много адресуемой области исследований не требуя вблизи атомных резолюции. Например эти области включают определение олигомерных государств, комплекс формирования, конформационные изменения во время возмущений и складные/разворачивающихся событий. Эти расследования может быть легко достигнуто путем применения этого метода.

Луч время и инструмент предложение должно четко передают всю информацию, необходимую для Комитета по обзору, таким образом, чтобы можно было произвести действительный оценку предлагаемого эксперимента. Связь с NSS настоятельно рекомендуется для неопытных пользовател...

Watch this Scientific Journal Video about Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling at JoVE.com

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Контраст соответствия моющего средства в малых угол нейтронного рассеяния экспериментов мембраной протеина структурного анализа и моделирования Ab Initio

Этот протокол демонстрирует как получить модель с низким разрешением ab initio и структурные детали моющих средств солюбилизирован мембранный белок в растворе с использованием малых угол нейтронного рассеяния с контраст подбор моющего средства.

The biological small-angle neutron scattering instrument at the High-Flux Isotope Reactor of Oak Ridge National Laboratory is dedicated to the ...

Этот метод может помочь ответить на ключевые вопросы о интегральных мембранных белках, таких как олигомерное состояние, их размер, общая форма и структура низкого разрешения в растворе. Решение исследований мембранных белков требует стабилизации молекул, таких как моющие средства. Этот метод имеет то преимущество, что он делает моющие средства невидимыми и подчеркивает сигнал от мембранного белка.Последствия этого метода распространяются на многие биологические и медицинские исследования вопросы, потому что более 1 / 3 белков находятся в мембранах, где они выполняют многие жизненно важные клеточные функции. Визуальная демонстрация этого метода имеет решающее значение, поскольку дейтерия маркировки и нейтронного рассеяния шаги трудно узнать, потому что очень немногие учреждения предлагают обучение в этих методах. Для начала определите плотность длины рассеяния нейтронов или SLD с помощью веб-приложения MULCh, модулей для анализа данных контрастных вариаций.Откройте контрастный модуль, нажав контраст, расположенный в левом навигационном стекле. Предоставьте текст для названия проекта и введите подробную информацию ниже для двух компонентов в качестве подразделения один и подразделение два. Введите молекулярную формулу для каждого компонента в текстовом поле формулы.Затем введите объем в кубических ангстремах для каждого компонента в коробке ниже объема. Наконец, введите сведения о компонентах буфера. Нажмите представить для выполнения нейтронных контрастных расчетов.Создается страница результатов, которая обеспечивает таблицу плотности длины рассеяния и точек контрастного матча, а также формулы для определения этих параметров в любом данном проценте D2O в буфере. Просмотрите параметры рассеяния с особым вниманием к точкам контрастности компонентов. Выращивай клетки E.coli, укрывая неизгладимый вектор экспрессии для последовательности целевого белка в среде LB до оптической плотности в 600 нанометров или OD 600 примерно одного.Адаптация клеток E.coli к дейтерия помечены среды до масштабирования для чрезмерного выражения дейтератированного белка путем разбавления культуры LB от одного до 20 в трех миллилитров минимальной среды. После роста до OD 600 примерно одного, повторите от одного до 20 разбавлений, используя минимальную среду, содержащую 50, 75 и 100%D2O. После адаптации, продолжать расти культуры в биореактор для увеличения урожайности дейтетерированной массы клеток.По мере увеличения содержания D2O темпы роста будут снижаться. Приступайте к сбору, облысе и очистке клеток, как описано в текстовом протоколе. Далее equilibrate столбец исключения размера с более чем двумя томами столбца окончательного буфера обмена с помощью быстрой белковой жидкой хроматографии системы.После введения образца запустите столбец в изоляционных фракциях, соответствующих интересного белка. Зарезервировать aliquot соответствует буфер для небольшого угла рассеяния нейтронов или SANS фон вычитания. Для сбора данных SANS сначала загрузите образцы и буферы в кварцевые ячейки.После обеспечения того, чтобы затвор луча был закрыт, подойди к области среды образца и поместите кварцевые ячейки в смену образца. Завехать положение смены выборки для каждой ячейки образца. Проверьте область и убедитесь, что луч путь свободен от препятствий, прежде чем покинуть область окружающей среды образца.Затем откройте затвор луча. Выполните сканирование таблицы для автоматического сбора данных. Следуйте инструкциям по эксплуатации приборов, предоставленным ученым по рассеянию нейтронов.Используйте программное обеспечение Mantid Plot и скрипт Python для уменьшения данных SANS с 2D-изображения до 1D-сюжета. Для этого войдите в кластер удаленного анализа и выполните сюжет Mantid из командной строки. Затем откройте предоставленный скрипт сокращения пользователей и поместите соответствующие номера сканирования или идентификацию для образца в буферные пары в соответствующем списке.Выполните скрипт для генерации уменьшенных данных в качестве текстового файла с четырьмя столбецами в указанном месте. Право нажмите соответствующее рабочее пространство и mantid участок и выбрать участок с ошибками для первоначального изучения рассеяния профилей. Загрузите набор программного обеспечения ATSAS и используйте PRIMUS для построения данных, масштабирования буфера и вычитания и анализа Guinier.Запустите приложение ATSAS, SAS для анализа данных и загрузите уменьшенные файлы данных, соответствующие выборке и буферной паре. Чтобы правильно масштабировать буфер, выберите диапазон данных на высоком уровне, где оба профиля похожи по квартире, и нажмите кнопку масштаба, расположенную под вкладкой операций. Увеличьте диапазон данных, чтобы просмотреть все точки, нажмите вычесть для выполнения этой операции.Выполните анализ данных буфера, вычитаемого из буфера, используя вкладку анализа приложения анализа данных SAS. Убедитесь, что правильный файл выбран в списке и нажмите радиус gyration. Автоматизированная попытка выполнить подгонку Guinier будет предоставлена, нажав на кнопку auto RG.Расширьте диапазон данных, используемых для включения всех данных с низким уровнем качества, и начните сужать диапазон данных, забирая высокие точки до тех пор, пока максимальная точка RG не будет ниже 1,3. Используйте участок остатков, чтобы убедиться, что данные являются линейными в нужном диапазоне. Внесите небольшие коррективы в подходящий регион и отслеживаем чувствительность этих значений к диапазону данных, используемых в пригонках.Получить функцию распределения вероятности P R в гноме. Теперь запустите мастер распределения расстояния в вкладке анализа. Получение хорошей подгонки к данным имеет важное значение для получения качественной модели.Определите Dmax, максимальное межатомное расстояние внутри молекулы. Оцените значение для Dmax, контролируя коробку, чтобы заставить Rmax равен нулю и ввод большого значения для Dmax. Первый X перехват в участке P R дает эту оценку.Внести дополнительные изменения в это значение Dmax, а также диапазон данных, используемых для количества точек, используемых для оптимизации гнома подходят к данным и в результате P кривой R. Запустите мастер формы PRIMUS с кнопки dammif на вкладке анализа анализа данных SAS и используйте ручной выбор параметров. Определите диапазон Guinier от подгонки и перейти к следующему шагу с помощью кнопок навигации.Определите значения подгонки из участка P of R и перейти к следующему шагу. Предоставьте параметры процесса моделирования ab initio. Затем инициируют процесс с помощью кнопки коммит.Наложение и наложение окончательного без конверта с связанной моделью высокого разрешения с использованием supcomb в ATSAS. Поместите копию модели PDB высокого разрешения, чтобы соответствовать конверту SANS в рабочем каталоге. Затем выполните supcomb из командной строки, используя имена файлов PDB в качестве двух аргументов со структурой шаблона, перечисленной в первую очередь.Наконец визуализировать ab initio результаты модели с помощью PyMOL, 3D молекулярной графики просмотра программы. После того, как оболочка SANS и структура высокого разрешения были наложены, эти модели могут быть визуализированы с помощью любой программы просмотра молекулярной графики. Отображается обзор процесса визуализации PyMOL.После того, как файлы структуры PDB были открыты в PyMOL, модели должны быть видны в окне просмотра PyMOL. Представления каждой модели могут быть изменены с помощью кнопки S рядом с каждым именем файла. Здесь для оболочки SANS используется представление поверхности, а для белковой основы модели с высоким разрешением используется мультяшное представление.Подходящая цветовая гамма может быть выбрана из опций, доступных под кнопкой C. Для белковых цепей, цепная окраска обеспечивает градиент цвета от N до C терминуса, чтобы помочь интерпретации. Прозрачность применяется к представлению поверхности, чтобы лучше визуализировать структуру белка в оболочке.Для публикации изображений рекомендуется белый фон. После того, как эти сигналы визуализации были применены 3D структуры могут быть рассмотрены путем нажатия и перетаскивания структуры. Манипуляции перспективы и вращения молекулы и перевода могут быть выполнены.При попытке этой процедуры важно помнить, чтобы точно соответствовать нейтронный контраст моющего средства головы и хвоста групп с D2O H2O растворителя. После своего развития, эта техника проложила путь для изучения структуры внутримембранных аспарто proteases. Эти белки участвуют в иммунном ответе, гепатите С и болезни Альцгеймера.Не забывайте, что работа в биохимических лабораториях и на объектах нейтронных лучей может быть опасной. Меры предосторожности, такие как ношение средств индивидуальной защиты и следование всем правилам безопасности объекта и радиологические проводки, являются обязательными при выполнении этой процедуры.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Contrast-Matching Detergent in Small-Angle Neutron Scattering Experiments for Membrane Protein Structural Analysis and Ab Initio Modeling

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Используя строительные леса, липосом Развести липидами проксимальный белок-белковых взаимодействий<em&gt; In Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

Сочетая рентгеноструктурного анализа с малоуглового рентгеновского рассеяния для моделирования неструктурированных регионов Nsa1 от S. Cerevisiae

Determination of the full-length structure of ribosome assembly factor Nsa1 from Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) is challenging because of the ...

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Растущий белок кристаллы с отдельных измерений с помощью автоматизированных кристаллизации, в сочетании с в Situ Динамическое рассеяние света

The automated crystallization device is a patented technique1 especially developed for monitoring protein crystallization experiments with the aim to ...

Detection of Detergent-sensitive Interactions Between Membrane Proteins

Обнаружение моющих средств чувствительных взаимодействия между мембранные белки

Our ability to explore protein-protein interactions is the key to understanding regulatory connections in the cell. However, detection of protein-protein ...

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

Калибровка бесплатно в Vitro количественная оценка белка гомо олигомеризации с использованием коммерческих приборов и свободным, открытым исходным кодом программное обеспечение для анализа яркости

Number and brightness is a calibration-free fluorescence fluctuation spectroscopy (FFS) technique for detecting protein homo-oligomerization. It can be ...

Structural Studies of Macromolecules in Solution using Small Angle X-Ray Scattering

Структурные исследования макромолекул в решения с помощью небольшой угол рентгеновского рассеяния

Protein-protein interactions involving proteins with multiple globular domains present technical challenges for determining how such complexes form and ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

Флуоресценции колебания спектроскопии Assay белок белковых взаимодействий в ячейке контакты

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

Analysis of Protein Folding, Transport, and Degradation in Living Cells by Radioactive Pulse Chase

Анализ сворачивание белков, транспорта и деградации в живых клетках, радиоактивных пульс Чейз

Radioactive pulse-chase labeling is a powerful tool for studying the conformational maturation, the transport to their functional cellular location, and ...

Ion Exchange Chromatography (IEX) Coupled to Multi-angle Light Scattering (MALS) for Protein Separation and Characterization

Ion Exchange Chromatography IEX Coupled to Multi-angle Light Scattering MALS for Protein Separation and Characterization

Ионообменной хроматографии (IEX) в сочетании с мульти-угол рассеяния света (MALS) для разделения белков и характеристика

Ion-exchange chromatography with multi-angle light scattering (IEX-MALS) is a powerful method for protein separation and characterization. The combination ...

Characterization of Proteins by Size-Exclusion Chromatography Coupled to Multi-Angle Light Scattering (SEC-MALS)

Characterization of Proteins by Size-Exclusion Chromatography Coupled to Multi-Angle Light Scattering SEC-MALS

Характеристика белков по размеру-исключение хроматографии в сочетании с многоугловой рассеяния света (SEC-MALS)

Analytical size-exclusion chromatography (SEC), commonly used for the determination of the molecular weight of proteins and protein-protein complexes in ...